요지

(1심 판결과 같음) 과세처분 취소소송의 감면요건에 관하여 일반적으로 납세의무자에게 증명책임이 있는 점 등을 고려하면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 주택의 연면적이 이 사건 상가의 연면적을 초과하는 사실을 인정하기에는 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2018. 5. 1. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 430,435,200원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 5, 9, 10호증, 을 제1, 2호증, 을 제8호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고의 1필지 토지 및 위 지상 주택 1동, 상가 1동 건물의 취득과 양도

1) ○○ ○○○구 ○○동 669-9 대 456㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)에 관한 건축물대장에는 ① 1971. 12. 1. 사용승인을 받은 지하1층 100.2㎡, 1층 123.21㎡, 2층 70.51㎡의 철근콘크리트 구조, 스라브 지붕으로 된 주택 용도 건물(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다)과 ② 1974. 7. 25. 건축허가를 받고 1974. 8. 31. 사용승인을 받은 지하 1층, 1층, 2층 각 97.69㎡의 철근콘크리트 구조, 스라브 지붕으로 된 점포 용도 건물(이하 ⁠‘이 사건 상가’라 한다)이 각 기재되어 있었다.

2) 원고의 아버지인 망 오DD은 1989. 12. 22. 이 사건 토지, 주택, 상가에 관하여 망 오DD 명의의 소유권이전등기를 하였는데, 이 사건 주택에 대한 등기부의 표제부에는 건축물대장의 층수, 면적 기재와 동일하게 건물의 표시가 되어 있으나, 이 사건상가에 대한 등기부의 표제부에는 건축물대장의 층수(지하 1층, 지상 2층), 면적(각 97.69㎡) 기재와 달리 건물의 표시가 ⁠“지상 3층”의 각 ⁠“97.67㎡”로 기재되어 있었다.

3) 원고는 2003. 6. 16. 이 사건 토지 및 주택을 상속하여 2003. 12. 24. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기를, 2003. 6. 18. 이 사건 상가를 상속하여 2004. 3. 8. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기를 각 하였다.

4) 이 사건 상가의 건축물대장에는, ① 2013. 2. 18. 이 사건 상가의 층수를 ⁠“지하 1층, 지상 2층”에서 ⁠“지상 3층”으로 정정하고, ② 2013. 4. 24. 이 사건 상가의 1층에 6.555㎡의 벽돌 구조로 된 제2종근린생활시설(사무소) 용도 건물을 증축하였다고 기재되어 있다.

5) 원고는 2017. 10. 24. ① 이 사건 상가에 관하여, ㈀ 신청착오를 원인으로 하여 각 층의 면적을 ⁠“97.67㎡”에서 ⁠“97.69㎡”로, ㈁ 표시변경을 원인으로 하여 ⁠“점포”를 ⁠“근린생활시설”로, ㈂ 증축을 원인으로 하여 1층 면적을 ⁠“97.69㎡”에서 ⁠“104.245㎡”로 각 건물의 표시를 변경하는 내용의 등기를 함과 동시에, ② 이 사건 토지, 주택, 상가에 관하여 윤CC 명의로 2017. 5. 17. 대금 합계 37억 5,000만 원의 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 하였다.

6) 윤CC은 2018년 5월 무렵부터 6월 무렵까지 이 사건 주택 및 상가를 철거하였다.

나. 원고의 양도소득세 신고, 납부와 피고의 경정, 고지

1) 원고는 2017. 12. 31. 피고에게 전체 양도차익 3,112,835,556원에서 1세대 1주택 비과세가 적용되는 9억 원을 제외한 과세대상 양도차익 2,365,755,022원에서, 이 사건 주택 및 상가 전부에 대하여 1세대 1주택에 따른 장기보유특별공제율 80%를 적용한 1,892,604,018원을 장기보유특별공제액으로 공제한 나머지 473,151,004원을 양도소득금액으로 계산하고, 여기에 양도소득기본공제 250만 원을 차감한 470,651,004원을 과세표준으로 하여 양도소득세 159,447,381원을 신고하였다.

2) 원고는 2018. 2. 20. 피고에게 이 사건 주택 및 상가가 곧 철거될 예정이라는 이유로 양도소득세 실지조사 조기착수 신청을 하였고, 피고 소속 세무공무원은 2018.2. 23.부터 2018. 3. 14.까지 실지조사를 실시한 다음 피고에게 ⁠“이 사건 주택의 연면적이 이 사건 상가의 연면적보다 작다는 이유로 이 사건 주택에 대하여는 1세대 1주택에 따른 80%의 장기보유특별공제율을 적용하고, 이 사건 상가에 대하여는 30%의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다”라는 취지의 의견을 보고하였고, 위 의견에 따라 피고는 2018. 5. 1.2) 원고에게 이미 납부한 세액을 공제하고 2017년 귀속 양도소득세로 430,435,200원을 경정하여 고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 행정심판 청구 등

1) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 5. 15. 피고에게 이의신청을 하였으나, 피고는 2018. 7. 16. 원고의 이의신청을 기각하였다.

2) 원고는 2018. 9. 27. 조세심판원에 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2019. 4. 5. 원고의 청구를 기각하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

1) 원고는 1세대 1주택을 보유하는 경우로서 10년 이상 이 사건 주택 및 상가를 보유하며 이 사건 주택을 주택의 용도로 사용하였다.

2) 이 사건 상가는 이 사건 주택에 딸린 토지에 있어 구 소득세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제3항 본문에 따라 이 사건 주택 및 상가 전부를 주택으로 보아야 한다.

3) 따라서 이 사건 주택은 물론 이 사건 상가에 대하여도 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항 단서의 장기보유특별공제율 80%를 적용하여야 한다.

4) 그럼에도 이 사건 상가에 대하여 30%의 장기보유특별공제율만을 적용하여 추가로 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

구 소득세법 제95조 제2항, 구 소득세법 시행령 제159조의3에 의하면, 보유기간이 10년 이상인 토지 또는 건물에 해당하는 자산의 경우에는, 원칙적으로 그 자산의 양도차익에 100분의 30의 공제율을 곱하여 장기보유특별공제액을 계산하되, 다만 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하는 1세대 1주택의 경우에는 100분의 80에 해당하는 장기보유특별공제율을 적용한다.

구 소득세법 시행령 제154조 제3항은 ⁠“하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 한편, 여기서 주택이라고 하는 것은 양도자와 가족이 거주용으로 사용하는 공간을 말하고, 사람의 주거에 공하는 공간이라도 타인에게 임대하는 것을 목적으로 하는 것은 ⁠“주택 외의 부분”이라 할 것이다(대법원 1990. 12. 26. 선고 90누6385 판결 등 참조). 또한, 구 소득세법 시행령 제154조 제3항 본문에 의하여 겸용주택 전부가 비과세대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있는 것이나, 그것이 구 소득세법 시행령 제154조 제3항 단서의 규정에 의하여 주택 외의 부분이 비과세에서 제외된다는 점은 과세관청에게 그 입증책임이 있다(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 등 참조). 나아가, 구 소득세법 제91조 제1항은 ⁠“미등기양도자산에 대하여는 이 법 또는 이 법 외의 법률 중 양도소득에 대한 소득세의 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니한다.”라고 규정하고 있는바, 본래 비과세대상인 1세대 1주택의 건물이라도 그 건물이 미등기인 경우에는 등기를 하지 아니한 이유가 건축법에 의한 건축허가를 받지 아니하여 등기가 불가능하기 때문이 아닌 이상 비과세 대상에서 제외된다(대법원 1986. 11. 11. 선고 85누773 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 처분의 경위에서 인정한 내용과 앞서 본 증거를 포함하여 이 사건 기록에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정 등에 비추어 보면, 원고가 소유하다가 양도한 이 사건 상가는 주택 외의 부분으로서 1세대 1주택의 장기보유특별공제혜택에서 제외된다고 한 이 사건 처분은 적법하다.

1) 이 사건 주택 및 상가의 각 등기부 기재에 따르면, 이 사건 주택의 연면적 ⁠(293.92㎡)은 이 사건 상가의 연면적(299.625㎡)보다 적다. 따라서 만약 원고와 원고의 가족이 이 사건 주택 전체를 거주용으로 사용하였다고 본다 하더라도, 이 사건 상가는 구 소득세법 시행령 제15조 제3항 단서의 규정에 의한 주택 외의 부분으로서 1세대 1주택의 장기보유특별공제혜택에서 제외된다.

2) 또한 원고는 원고와 원고의 가족인 아버지 망 오DD, 어머니 망 이EE, 딸 오FF이 이 사건 주택 전체를 거주용으로 사용하였다고 주장하나, 이에 관한 자료는 원고와 오FF의 주민등록초본이 전부인 반면, 망 오DD의 사망 일시, 오FF의 나이와 주민등록 이전 내역, 이 사건 주택의 전체 규모와 구조, 특히 이 사건 주택은 지하1층 전체, 지상 2층의 실외계단으로 진입하는 방실, 실내계단으로 이동이 가능한 지상 1, 2층 등 3개 부분으로 각자 구조적으로 독립되어 있고 지상 1층에는 실내 화장실과 다른 구조의 별도 화장실까지 설치되어 있는 점, 원고와 윤CC 사이에 작성된 부동산 매매계약서 특약사항 제5항에는 ⁠“주택 및 상가 건물의 임차인 명도 또는 소유주가 거주하고 있는 주택, 옥상 안테나는 잔금지급 기일 전 명도”라고 기재되어 있어 주택 임차인의 존재 가능성도 있어 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고와 원고의 가족이 이 사건 주택을 전부 거주용으로 사용하였다고 선뜻 받아들이기 어렵고, 만일 이 사건 주택 중 임대한 부분이 있다면 그 부분은 오히려 1세대 1주택의 장기보유특별공제혜택에서 제외되어야 한다.

3) 원고는 이 사건 주택의 실제 연면적이 이 사건 상가의 실제 연면적보다 크다고 하면서 구 소득세법 시행령 제154조 제3항 본문에 따라 이 사건 상가에 대하여도 1세대 1주택의 장기보유특별공제혜택을 적용하여야 한다고 주장하나, 만약 이 사건 주택의 보유 및 양도 당시 실제 연면적이 등기부 기재보다 크거나 넓다 하더라도, 미등기 양도자산을 비과세 대상에서 제외하는 소득세법 규정의 취지에 비추어 보면, 미등기 건물부분을 이 사건 주택의 연면적에 산입하지 않는 것이 소득세법 규정의 취지에 더 부합한다고 볼 것이므로, 미등기건물부분의 존재와 규모 등을 고려하지 아니한 이 사건 처분은 정당하다.

4) 나아가 원고는 이 사건 주택의 실제 연면적이 이 사건 상가의 실제 연면적보다 크다는 점에 대한 근거자료로 2018년 3월과 4월 무렵으로 작성일 등이 기재된 건축사무소 작성의 이 사건 주택에 대한 계측 평면도 1개, 측량회사 작성의 이 사건 토지에 대한 현황측량도 1개, ○○○○○○공사 작성의 이 사건 토지에 대한 지적측량 결과부 1개를 제출하고 있으나, 이 사건 토지에 대한 현황측량도와 지적측량결과부는 건축법 등이 정한 연면적 산정 기준에 따라 이루어진 것이 아니므로 이를 근거로 소득세법에 따른 비과세 여부를 판단할 것은 아닌 점, 원고와 윤CC 사이에 작성된 부동산 매매계약서 특약사항 제3항은 ⁠“본 계약은 토지 및 건축물에 대하여 공부상의 면적으로 한 것이므로 향후 측량 등의 방법으로 실측면적이 공부상 면적과 차이가 있더라도 매도자, 매수자 상호 이의를 제기치 않는다.”라고 기재하고 있을 뿐만 아니라, 일반적인 부동산 매매의 경우에도 면적이 넓을수록 매매대금이 상승하므로 매도인인 원고로서는 공부상 면적보다 실제 면적이 더 넓을 경우 이를 공부에 반영하는 것이 더 이익이 될 것으로 보이는 점, 그럼에도 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 토지, 주택, 상가를 모두 양도하면서 이 사건 상가에 관하여는 매수인에 대한 소유권이전등기와 동시에 신청착오와 증축 등을 원인으로 한 각 면적 변경의 등기를 통하여 공부상 면적을 실제 면적에 따라 더 넓게 하면서도 이 사건 주택에 대하여는 면적 변경의 등기를 하지 아니하였는바, 달리 원고가 이 사건 주택의 면적 변경의 등기를 하지 못할 만한 특별한 사정이 있다고 볼 만한 정황이 없음에도 이 사건 주택에 관하여 변경 등의 등기를 하지 아니한 것은 실제 주택의 면적이 공부보다 더 큰 상태에서의 매도인의 행위로서 선뜻 납득하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 주택 및 상가가 모두 철거된 현 상황에서 건축사무소의 이 사건 주택에 대한 계측 평면도만으로 이 사건 주택의 실제 연면적이 등기부의 기재보다 더 큰 상태에서 원고가 이 사건 주택을 보유하다가 양도하였다고 인정할 수는 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산고등법원 2020. 08. 26. 선고 부산고등법원 2020누20217 판결 | 국세법령정보시스템