요지

출자의 원인행위와 그 이행 또는 효력 발생시 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 출자의 원인행위시를 기준으로 특수관계가 존재하는지 여부를 판단하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 6. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 ***,***,***원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 2011. 11. 주식회사 CCC(이하 ⁠‘CCC’라 한다)와 사이에 CCC가 유상증자로 발행하는 주식 97,547주를 ***,***,***원에 취득하기로 하는 신주인수계약(이하 ⁠‘이 사건 신주인수계약’이라 한다)을 체결하고, 같은 날 CCC와 사이에 원고가 보유하는 주식회사 AAA(이하 ⁠‘AAA’이라 한다)의 주식 33,166주를 CCC에 ***,***,***원에 양도하기로 하는 주식매매계약(이하 ⁠‘이 사건 주식매매계약’이라 한다)을 체결하였다.

  나. 원고는 2011. 11. CCC에 직원으로 입사하였으며, 2011. 11. CCC로부터 이 사건 주식매매계약에 따른 매매대금을 지급받고, 같은 날 CCC에 이 사건 신주인수계약에서 정한 인수대금을 납입하여 CCC 주식 97,547주를 인수하였다.

  다. CCC는 2014. 10. 주식회사 BBB커뮤니케이션(이하 ⁠‘BBB’이라 한다)에 흡수합병되었고(이하 ⁠‘이 사건 합병’이라 한다), 원고는 같은 날 CCC 주식 97,547주에 대하여 합병비율(BBB : CCC = 1 : 1.5555139)에 따른 BBB 주식 151,735주를 배정받았다.

  라. 원고는 아래 표 기재와 같이 2015년도에 BBB 주식 합계 90,453주를 양도하고, 피고에게 위 주식의 양도차익에 대하여 양도소득세 합계 ***,***,***원을 신고 납부․납부하였다.

  마. 원고는 2018. 4. 원고가 2015년도에 양도한 BBB 주식 중 주식매수선택권 행사 또는 우리사주 매수신청을 통해 취득한 주식을 제외한 나머지 72,386주(이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)에 대하여, 위 주식의 양도가 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항 제4호, 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항에서 규정한 벤처기업 출자에 따른 양도소득세 비과세특례(이하 ⁠‘이 사건 과세특례’라 한다) 적용대상이라고 주장하면서, 피고를 상대로 위 주식의 양도차익에 대하여 신고 납부 납부한 양도소득세 ***,***,***원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

  바. 피고는 2018. 6. 원고에 대하여, ’원고가 2011. 11. 출자한 CCC는 2014. 10. 흡수합병으로 해산되었으므로 이 사건 주식은 이 사건 과세특례에 따른 3년 보유 요건을 충족하지 않는다’는 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

  사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2019. 2. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 당사자의 주장

   1) 원고

    아래와 같은 점에 비추어 이 사건 주식의 양도에 대하여 이 사건 과세특례가 적용되므로 양도소득세가 부과될 수 없다.

    가) 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제2호에서 규정한 특수관계가 부존재하는지 여부는 출자계약 체결일을 기준으로 판단해야 하는바, 이 사건 신주인수계약이 체결된 2011. 11.을 기준으로 원고와 CCC 사이에 특수관계가 존재하지 않는다.

    나) 이 사건 주식의 취득시기는 피합병법인인 CCC의 주식 취득시기를 기준으로 판단해야 하는바, 이 사건 주식은 CCC에 출자하여 주식을 취득한 날부터 3년이 경과된 후 양도되었으므로, 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항의 ⁠‘출자일로부터 3년이 경과된 것’의 요건을 충족한다.

   2) 피고

    아래와 같은 점에 비추어 이 사건 주식의 양도에 대하여 이 사건 과세특례가 적용될 수 없으므로 양도소득세가 부과되어야 한다.

    가) 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제2호에서 규정한 특수관계가 부존재하는지 여부는 증자대금을 실제로 납입한 날을 기준으로 판단해야 하는바, 원고가 이 사건 신주인수계약에 따른 인수대금을 납입한 2011. 11. 기준으로 원고와 CCC 사이에 특수관계가 존재한다. 설령 출자계약 체결일을 기준으로 판단하더라도, 이 사건 주식매매계약의 계약서에 원고가 CCC에 입사하는 것을 전제로 하여 상근의무 등을 규정하고 있는 점에 비추어, 이 사건 신주인수계약 체결 당시 이미 원고와 CCC가 사이에 특수관계가 존재한다.

    나) BBB은 벤처기업이 아니므로, 원고가 이 사건 합병 이후 BBB 주식을 보유한 기간은 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항의 ⁠‘출자일로부터 3년이 경과된 것’의 기간 산정에 포함될 수 없어, 이 사건 주식의 양도는 위 기간 요건을 충족하지 못하였다.

  나. 관계 법령

   별지 기재와 같다.

  다. 판단

   1) 이 사건 과세특례의 적용 요건 및 이 사건의 쟁점

    가) 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호, 제13조 제2항, 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항은 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식의 양도에 대하여 양도소득세를 비과세하는 이 사건 과세특례를 규정하면서, 개인이 출자한 경우 그 비과세 요건으로 ① 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것(구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제1호), ② 개인이 그와 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것(구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제2호), ③ 양도대상 주식은 ⁠‘해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법(제1호)’, ⁠‘해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법(제2호)’, ⁠‘해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입하는 방법(제3호)’, ⁠‘해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법(제4호)’ 중 어느 하나의 방법으로 취득하였을 것(구 조세특례제한법 제14조 제1항 본문, 제13조 제2항), ④ 주식을 그 출자일부터 3년이 경과한 후에 양도하였을 것(구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 본문) 등을 들고 있다. 위 규정의 입법취지는 벤처기업이 창업자금 및 신기술사업화 자금 등을 원활하게 공급받을 수 있도록 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 부여하고자 함에 있다(대법원 2014. 10. 27. 선고 2013두6633 판결 등 참조).

    나) 이 사건에서는 이 사건 과세특례의 적용 요건 중 ② 특수관계 부존재 요건, ④ 출자일부터 3년 경과 요건이 문제된다(피고는 이 사건 처분 당시에는 위 ② 요건을 처분사유로 주장하지 않았으나, 이 사건에서 처분사유로 추가하였다).

   2) 특수관계 부존재 여부

    가) 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제2호는 이 사건 과세특례의 적용요건으로 ⁠‘개인이 그와 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것’을 들고 있는바, 이 사건 과세특례 및 관계 법령의 내용, 체계 및 취지 등을 종합하여 인정할 수 있는 BBB과 같은 점들에 비추어 보면, 출자의 원인행위와 그 이행 또는 효력 발생시 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 출자의 원인행위시를 기준으로 특수관계가 존재하는지 여부를 판단해야 한다고 보는 것이 타당하다.

    ① 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 그렇지만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2017. 10. 12. 선고 2016다212722 판결 등 참조).

    ② 일반적으로 ⁠‘출자’라 함은 ⁠‘자본의 증가를 위한 출연행위’를 의미하고, 구 조세특례제한법 제13조 제2항 각 호에 의하면 이 사건 과세특례는 ⁠‘출자’ 중에서도 특히 실제로 금전 등의 지출을 수반하거나 이에 준하는 방법으로 주식을 취득하는 새로운 출자가 이루어진 경우에만 적용되는 것으로 이해된다(대법원 2014. 10. 27. 선고 2013두6633 판결). 그런데 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제2호의 문언만으로는 특수관계 존재 여부를 판단하는 기준시점을 출자의 원인행위시로 보아야 할 것인지 출자의 이행행위시 또는 효력 발생시로 보아야 할 것인지 분명하지 않으므로, 그 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석에 의하여 그 의미를 밝혀야 한다.

    ③ 이 사건 과세특례에서 특수관계가 있는 벤처기업에 대하여 출자한 경우를 비과세혜택에서 제외하는 것은 특수관계가 있어 회사의 경영에 사실상 영향력을 행사하는 자에 대하여는 비과세혜택까지 부여하면서 벤처기업에 대한 출자를 유인할 현실적인 필요성이 크지 않다는 정책적 판단에서 비롯된 것으로 보인다. 따라서 출자의 결과 경영에 사실상 영향력을 행사하는 지위에 있게 된 것에 불과한 경우에는 이 사건 과세특례의 적용에 지장이 없다(대법원 2013. 7. 25. 선고 2011두22358 판결 참조). 이처럼 이 사건 과세특례가 특수관계가 없는 벤처기업에 대한 출자를 활성화하기 위한 유인책이라는 점에 비추어 볼 때, 당초 아무런 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 확정적인 출자의 의사표시를 함으로써 출자의 조건에 아무런 영향력을 행사할 수 없는 상태에서 출자의 원인행위가 성립하였고, 그 출자조건에 따라 실제로 출자의 이행이 이루어졌다면, 설령 위 원인행위 이후 벤처기업과의 사이에 특수관계가 성립하게 되었다 하더라도 다른 특별한 사정이 없는 한 위 원인행위 당시를 특수관계 판단의 기준 시점으로 삼아 이 사건 과세특례의 적용에서 배제되지 않는다고 보는 것이 이 사건 과세특례의 취지에 부합한다.

    ④ 이와 달리 출자의 원인행위와 출자의 이행 사이에 시간적 간격이 있는 경우 이행 또는 효력 발생시를 특수관계 판단의 기준 시점으로 삼게 된다면, 원인행위 이후 실제로 출자가 이행되기 전에 특수관계가 성립하는 경우에는 비과세혜택을 받을 수 없게 되고, 반대로 출자의 원인행위 당시 특수관계가 있어 출자의 조건에 영향력을 행사할 수 있었던 자가 출자의 이행 전에 특수관계인의 지위를 상실하면 비과세혜택을 받게 되는바, 이는 이 사건 과세특례를 둔 취지에 부합하지 않는다.

    나) 이 사건의 경우, 원고가 2011. 11. CCC와 사이에 이 사건 신주인수계약을 체결한 후 2011. 11. CCC에게 위 계약에 따른 인수대금을 납입하여 CCC 주식을 취득한 사실, 원고가 2011. 11. CCC에 직원으로 입사한 사실은 앞서 인정한 것과 같다. 그렇다면 이 사건 신주인수계약을 체결하여 출자의 원인행위가 이루어진 2011. 11.를 기준으로 원고가 CCC의 직원으로서 CCC와 특수관계에 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건 특례규정의 ② 특수관계 부존재 요건을 충족한다.

     한편 피고는 이 사건 주식매매계약의 일부 규정을 이유로 이 사건 신주인수계약이 체결된 날을 기준으로 하더라도 원고와 CCC가 특수관계에 있다고 보아야 한다고 주장한다. 살피건대, 갑 제1, 2 호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이 사건 신주인수계약과 같은 날 이루어진 이 사건 주식매매계약의 계약서에, ⁠‘거래종결 후 의무’로 원고의 일정기간의 경업금지, 계속 근속 및 경영협력의무(7.1조), 기간 내 사임, 퇴임에 따른 CCC의 콜옵션 행사(7.3조) 등의 규정을 두고 있는 사실은 인정된다. 그러나 위 규정은 내용 자체에 의하더라도 ⁠‘거래종결 후 의무’에 해당하여 위 계약일에 곧바로 원고가 위 규정에 따른 의무를 부담한다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 이러한 사정만으로 원고가 사용인의 지위를 취득하였다고 볼 수 없으므로, 이를 전제로 하는 피고의 특수관계 성립 시기에 대한 주장은 받아들일 수 없다.

   3) 출자일부터 3년의 경과 여부

    가) 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 본문은 이 사건 과세특례의 적용요건으로 ⁠‘그 출자일부터 3년이 경과된 것’을 들고 있다. 이 사건 과세특례 및 관계 법령의 내용, 체계 및 취지 등을 종합하여 인정할 수 있는 BBB과 같은 점들에 비추어 보면 이 사건과 같이 당초에 벤처기업에 출자하였으나 이후 벤처기업이 다른 회사에 흡수합병됨으로써 벤처기업이 아닌 피합병회사의 주식을 보유하게 된 경우에도 위 3년의 기간은 당초 벤처기업에 출자한 날로부터 기산되고, 흡수합병으로 인하여 위 기간의 진행이 단절되거나 더 이상 진행될 수 없게 되었다고 볼 수는 없다고 봄이 타당하다.

    ① 이 사건 과세특례의 요건으로 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호는 ⁠‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분’이라고 규정하고, 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항은 ⁠‘…출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것’(본문), ⁠‘벤처기업에 대한 출자일 것’(제1호), ⁠‘벤처기업에 대하여 행한 출자일 것’(제2호)이라고 규정하고 있는바, 그 문언상 이 사건 과세특례는 당초에 벤처기업에 대하여 출자하였고, 그 출자일부터 3년이 경과되었을 것을 요건으로 규정하고 있을 뿐, 양도주식이 벤처기업의 주식이어야 한다거나, 3년의 기간 동안 벤처기업의 지위가 유지되어야 한다는 취지로는 규정하지 않고 있다.

    ② 피합병회사의 주주가 합병으로 피합병회사의 주식에 갈음하여 존속회사 또는 신설회사의 주식을 취득하는 경우, 그러한 피합병회사의 주식과 존속회사 또는 신설회사의 주식의 교체는 당해 법인이 자신의 의사에 따라 피합병회사의 주식을 처분하고 존속회사 또는 신설회사의 주식을 취득하는 것이 아니라, 피합병회사가 다른 회사와 합병한 결과 당해 법인이 보유하던 자산인 피합병회사의 주식이 존속회사 또는 신설회사의 주식으로 대체되는 것에 불과하다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2008두2330 판결 등 참조). 이에 피합병법인의 주주가 구주를 반납하고 합병신주를 교부받음으로써 발생하는 이익에 대하여는, 양도소득세를 과세하는 것이 아니라 주주가 개인인 경우에는 소득세법상 배당소득으로(소득세법 제17조 제2항 제4호), 법인인 경우 법인세법상 배당금으로 의제하여 익금에 산입하는 방식으로(법인세법 제16조 제1항 제5호) 과세하고, 합병법인의 주식 양도에 따른 양도소득세를 과세함에 있어 해당 주식의 취득일은 합병법인의 주식을 취득한 날이 아니라 피합병법인의 주식을 취득한 날로 본다(소득세법 제104조 제2항 제3호). 따라서 당초 벤처기업에 출자하여 주식을 취득하였다가, 흡수합병으로 인하여 벤처기업 아닌 존속회사 또는 신설회사의 주식을 교부받았다고 하더라도, 흡수합병 당시 새로운 출자가 이루어지지 않고, 양도소득세 부과의 기초가 되는 취득이 있었다고 볼 수도 없는 이상, 당초 벤처기업에 대하여 이루어진 출자 및 그로 인한 주식 취득의 효력에 실질적인 변화가 없다고 볼 수 있다.

    ③ 이 사건 과세특례에서 출자일로부터 일정한 기간이 경과할 것을 요건으로 두고 있는 것은, 앞서 본 이 사건 과세특례의 취지상 투자자가 벤처기업에 대한 투자금을 단기간에 회수하지 않도록 하여 벤처기업이 안정적으로 사업을 영위할 수 있도록 하기 위한 것이다. 그런데 벤처기업이 위 3년의 기간이 도과하기 전에 급성장하여 벤처기업의 요건을 상실하거나, 대기업 등에 합병되는 경우 이 사건 과세특례의 적용이 배제된다면, 이 사건 과세특례를 통해 실현하고자 했던 벤처기업의 성장이라는 목표가 달성되었음에도 오히려 투자자에게 과세상 불이익이 발생하도록 하는 것이므로 이 사건 과세특례를 둔 본연의 취지에 반할뿐더러 투자자의 정당한 신뢰에도 반한다. 따라서 위와 같은 경우에도 당초 벤처기업에 출자한 날부터 3년의 기간 동안 출자금을 회수하지 않았다면 이 사건 과세특례의 적용을 받을 수 있도록 하는 것이 바람직하다.

    나) 이 사건의 경우, 원고는 2011. 11. 벤처기업인 CCC에 출자함으로서 CCC 주식을 취득하였으므로 위 시기부터 3년의 기간이 기산되고, 이 사건 합병에도 불구하고 위 기간의 진행이 단절되거나 위 기간이 진행될 수 없게 되었다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 주식이 양도된 2015년도를 기준으로 원고는 이 사건 과세특례의 적용 요건인 ④ 출자일부터 3년 경과 요건을 충족한다.

   4) 소결론

    그렇다면 이 사건 주식양도는 이 사건 과세특례의 요건 중 ② 특수관계 부존재 요건, ④ 출자일부터 3년 경과 요건을 모두 충족하고 있으므로, 이에 반하는 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 04. 28. 선고 서울행정법원 2019구합64389 판결 | 국세법령정보시스템