[주 문]

1. 가. 이 사건 소 중 피고 강남세무서장의 원고에 대한,

1) ⁠[별지1] ⁠‘법인세 부과처분 내역’ 기재 2013 및 2014 각 사업연도 법인세 부과처분에 대하여 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 세액’란 합계 35,709원(가산세 포함)의 취소를 구하는 청구 부분을 각하하고,

2) ⁠[별지2] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(본점)’ 기재 2013년 제1기 내지 2014년 제2기 각 부가가치세 부과처분에 대하여 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 세액’란 합계 1,673,221원(가산세 포함)의 취소를 구하는 청구 부분을 각하한다.

나. 이 사건 소 중 피고 남대문세무서장의 원고에 대한 ⁠[별지3] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(을○○지점)’ 기재 2013년 제1기 내지 2014년 제2기 각 부가가치세 부과처분에 대하여 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 세액’란 합계 2,557,097원(가산세 포함)의 취소를 구하는 청구 부분을 각하한다.

다. 이 사건 소 중 피고 경기광주세무서장의 원고에 대한,

1) ⁠[별지4] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(○○동공장)’ 기재 2013년 제2기 부가가치세 4,266,136원(가산세 포함)의 부과처분에 대하여 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 세액’란 128,786원(가산세 포함)의 취소를 구하는 청구 부분을 각하하고,

2) ⁠[별지5] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(○동공장)’ 기재 2013년 제1기 및 2014년 제2기 각 부가가치세 부과처분에 대하여 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 세액’란 합계 242,526원(가산세 포함)의 취소를 구하는 청구 부분을 각하한다.

라. 이 사건 소 중 피고 서울지방국세청장의 원고에 대한 ⁠[별지6] ⁠‘소득금액변동통지 내역’ 기재 김○○ 및 김△△를 귀속자로 하는 2013년 귀속 소득금액 합계204,359,348원의 소득금액변동통지처분에 대하여 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 소득금액’란 소득금액 합계 18,255,140원의 취소를 구하는 청구 부분을 각하한다.

2. 가. 피고 강남세무서장의 원고에 대한,

1) ⁠[별지1] ⁠‘법인세 부과처분 내역’ 2007 내지 2016 각 사업연도 법인세 ⁠‘잔존세액’란 합계 1,347,406,793원(가산세 포함)의 부과처분을 취소하고,

2) ⁠[별지2] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(본점)’ 2007년 제2기 내지 2016년 제2기 각 부가가치세 ⁠‘잔존세액’란 합계 1,191,559,845원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

나. 피고 남대문세무서장의 원고에 대한 ⁠[별지3] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(○○로지점)’ 기재 2007년 제2기 내지 2014년 제2기 각 부가가치세 ⁠‘잔존세액’란 합계 751,924,255원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

다. 피고 경기광주세무서장의 원고에 대한,

1) ⁠[별지4] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(○○동공장)’ 기재 2010년 제1기 내지 2014년 제2기 각 부가가치세 ⁠‘잔존세액’란 합계 56,410,142원(가산세 포함)의 부과처분을 취소하고,

2) ⁠[별지5] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(○동공장)’ 기재 2007년 제2기 및 2014년 제2기 각 부가가치세 ⁠‘잔존세액’란 합계 83,133,022원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

라. 피고 서울지방국세청장의 원고에 대한 ⁠[별지6] ⁠‘소득금액변동통지 내역’ 기재 김○○ 및 김△△를 귀속자로 하는 2007년 내지 2013년 귀속 소득금액 ⁠‘잔존 소득금액’란 합계 3,167,378,206원의 소득금액변동통지처분을 취소한다.

3. 소송비용 중 4/5는 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

[이 유]

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위 등

1) 금속제품 설계 제작ㆍ시공ㆍ판매업 등을 영위하는 원고는 법인으로 전환되기 전까지 ⁠‘○○금속’과 ⁠‘△△금속’이라는 두 개의 개인사업체로 운영되다가, 1997년경 법인으로 전환되어 서울 강남구 ○○로 ○○○(○○동)에 본점 사무실을 두고 위 사업을 영위해 오고 있다.

2) 원고가 법인등기부에 지점 등기를 마치고 운영 중인 지점으로는, ① 서울 중구 ○○로 ○○○-○(○○로○가) 소재 ○○로지점, ② 광주시 ○○로○○○번길 ○○(○○동) 소재 ○○동공장, ③ 광주시 ○○로 ○○-○(○동) 소재 ○동공장이 있다.

나. 세무조사 실시 결과

1) 피고 서울지방국세청장은 2017. 7. 12.부터 2017. 11. 24.까지 원고에 대하여 2007~2016 각 사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하였다(원고의 소명자료 준비ㆍ지연 등으로 정상적으로 세무조사 진행이 어렵다고 판단되어 2017. 8. 9.부터 2017. 8. 27.까지, 2017. 8. 29.부터 2017. 9. 18.까지, 2017. 9. 20.부터 2017. 10. 10.까지, 2017. 11. 7.부터 2017. 11. 15.까지 총 4회에 걸쳐 세무조사가 중지되었다. 그리고 원고의 차명계좌를 이용한 매출신고 누락이 확인됨에 따라 2017. 8. 3. 조사대상 기간이 당초 2013~2015 각 사업연도에서 2007~2016 각 사업연도로 확대되었다).

2) 위 세무조사 결과, 원고가 2007~2016 각 사업연도에 이르는 10년간 사업용 법인계좌 외에 원고 대표이사와 직원 등 12명의 임직원 개인 명의로 된 18개 계좌(이하통틀어 ⁠‘이 사건 차명계좌’라 한다)를 이용하여 매출대금을 수취하고, 그중 아래 내역 기재 11,579,010,907원(= 계좌의 입금내역 적요란에 특정인의 이름이나 상호가 기재된 상대방기재분 6,367,961,737원 + 현금․수표로 입금된 현금입금분 5,211,049,170원, 이하 ⁠‘이 사건 누락수입금액’ 또는 ⁠‘이 사건 매출누락액’이라 한다)에 대한 수입금액과 매출금액 세무신고를 누락하였다고 보아, 관련 과세자료를 피고 강남세무서장, 남대문세무서장, 경기광주세무서장에게 각 통보하였다.

3) 이 사건 차명계좌는 2016년경까지 개설ㆍ관리되어 왔는데, 그 구체적인 내역은 아래 내역과 같다.

다. 피고들의 각 처분 내역

1) 피고 강남세무서장은 2018. 2. 1. 및 2018. 2. 5. 원고에게 ⁠[별지1] ⁠‘법인세 부과처분 내역’ 기재와 같이 2007 내지 2016 각 사업연도 법인세 합계 1,347,442,502원(가산세 포함)의 부과처분을 하였다.

2) 피고 강남세무서장은 2018. 1. 2. 및 2018. 2. 5. 원고에게 ⁠[별지2] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(본점)’ 기재와 같이 2007년 제2기 내지 2016년 제2기 각 부가가치세 합계 1,193,233,066원(가산세 포함)의 부과처분을 하였다.

3) 피고 남대문세무서장은 2018. 1. 2. 및 2018. 2. 2. 원고에게 ⁠[별지3] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(○○로지점)’ 기재와 같이 2007년 제2기 내지 2014년 제2기 각 부가가치세 합계 754,481,352원(가산세 포함)의 부과처분을 하였다.

4) 피고 경기광주세무서장은 2018. 2. 5. 원고에게 ⁠[별지4] ⁠‘부가가치세 부과처분내역(○○동공장)’ 기재와 같이 원고의 ○○동공장과 관련하여 2010년 제1기 내지2014년 제2기 각 부가가치세 합계 56,538,928원(가산세 포함)의 부과처분을 하였고, 2018. 1. 2. 및 2018. 2. 5. 원고에게 ⁠[별지5] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(○동공장)’ 기재와 같이 원고의 ○동공장과 관련하여 2007년 제2기 내지 2014년 제2기 각 부가가치세 합계 83,375,548원(가산세 포함)의 부과처분을 하였다.

5) 피고 서울지방국세청장은 손금추인분을 차감한 매출누락금의 귀속이 불분명하다고 보아 ⁠[별지6] ⁠‘소득금액변동통지 내역’ 기재와 같이 2007년 내지 2013년 귀속 소득금액 합계 3,185,633,346원(= 1,592,816,673원 × 2)을 원고의 대표이사 김○○, 김△△에 대한 상여로 소득처분하고, 2018. 2. 1. 원고에게 김○○과 김△△를 소득의 귀속자로 하는 2007년 내지 2013년 귀속 소득금액 합계 3,185,633,346원(= 1,592,816,673원× 2)의 소득금액변동통지처분을 하였다.

라. 전심절차

원고는 피고들의 위 다.항 기재 각 처분에 불복하여 2018. 2. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2018. 6. 29. 기각되었다.

마. 직권 감액 경정고지

피고들은 당초 위 다.항 기재 각 처분 중 이 사건 누락수입금액에 포함된 중복 매출액에 대하여 직권으로 취소하고 해당 취소세액을 감액하는 것으로 원고에게 경정고지하였는데, 구체적인 내역은 아래와 같다.

1) 피고 강남세무서장은 2020. 7. 16. ⁠[별지1] ⁠‘법인세 부과처분 내역’ 기재와 같이 2013 및 2014 각 사업연도 법인세 부과처분 중 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 세액’란 합계 35,709원(가산세 포함) 부분을 직권으로 취소하고 원고에게 경정고지하였다.

2) 피고 강남세무서장은 2020. 7. 16. ⁠[별지2] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(본점)’ 기재와 같이 2013년 제1기 내지 2014년 제2기 각 부가가치세 부과처분 중 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 세액’란 합계 1,673,221원(가산세 포함) 부분을 직권으로 취소하고 원고에게 경정고지하였다.

3) 피고 남대문세무서장은 2020. 7. 20. ⁠[별지3] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(○○로지점)’ 기재와 같이 2013년 제1기 내지 2014년 제2기 각 부가가치세 부과처분 중 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 세액’란 합계 2,557,097원(가산세 포함) 부분을 직권으로 취소하고 원고에게 경정고지하였다.

4) 피고 경기광주세무서장은 2020. 7. 16. ⁠[별지4] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(○○동공장)’ 기재와 같이 원고의 ○○동공장 관련 2013년 제2기 부가가치세 4,266,136원(가산세 포함)의 부과처분 중 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 세액’란 128,786원(가산세 포함) 부분 및 ⁠[별지5] ⁠‘부가가치세 부과처분 내역(○동공장)’ 기재와 같이 원고의 ○동공장 관련 2013년 제1기 및 2014년 제2기 각 부가가치세 부과처분 중 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 세액’란 합계 242,526원(가산세 포함) 부분을 직권으로 취소하고 원고에게 경정고지하였다.

5) 피고 서울지방국세청장은 2020. 7. 16. ⁠[별지6] ⁠‘소득금액변동통지 내역’ 기재와 같이 원고의 대표이사인 김○○과 김△△를 귀속자로 하는 2013년 귀속 소득금액 합계 204,359,348원(= 102,179,674원 × 2)의 소득금액변동통지처분 중 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 소득금액’란 합계 18,255,140원(= 9,127,570원 × 2) 부분을 직권으로 취소하고 원고에게 경정고지하였다(이와 같이 감액경정 후 잔존하는 위 다.항 기재 당초 피고들의 각 처분의 잔존세액 또는 잔존 소득금액은 ⁠[별지1] 내지 ⁠[별지6] 기재 각‘잔존세액’란 또는 ⁠‘잔존 소득금액’란 금액과 같은바, 감액경정 후 잔존하는 당초 피고들의 각 처분을 이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 통칭한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 21호증, 을 제1 내지 7, 9 내지 12, 17호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 주문 제1의 가.항 내지 라.항 기재 감액·경정된 각 처분의 취소를 구하는 청구 부분의 적법 여부

이 부분 소의 적법 여부에 관하여 직권으로 살펴본다. 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으며 존재하지 않은 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2019. 3. 14. 선고 2018두319 판결 등 참조).

앞서 본 제1의 마.항 기재와 같이 피고들이 원고에게 한 ⁠[별지1] 내지 ⁠[별지6] 기재당초 각 처분 중 ⁠[별지1] 내지 ⁠[별지5] 기재 각 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 세액’란 금액 및 ⁠[별지6] 기재 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 소득금액’란 금액 부분은 직권으로 취소되었으므로, 이 사건 소 중 이 부분 취소를 구하는 청구 부분은 이미 소멸하고 없는 각 과세처분에 대한 취소를 구하는 것으로 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 피고들의 본안전항변에 관한 판단

가. 피고 강남세무서장, 남대문세무서장, 경기광주세무서장의 본안전항변

위 피고들은, ⁠‘원고의 당사자표시정정 신청에 따라 당초 소장에 원고로 기재된 ○○산업 주식회사 ○○로지점, ○○산업 주식회사 ○○동공장, ○○산업 주식회사 ○동공장이 당사자 지위를 상실한 이상, 원고가 위 각 지점별 관련 부가가치세 부과처분에 대하여는 취소를 구할 아무런 권한이 없어 위 피고들의 위 각 지점별 관련 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.’고 항변한다.

살피건대, 원고의 각 지점별로 사업자등록번호가 부여되어 각 지점의 사업장을 관할하는 과세관청에서 부가가치세를 독립적으로 부과할 수 있다 할지라도, 그 부과처분의 취소를 구할 수 있는 당사자는 각 지점별 거래, 행위, 소득 등이 최종 귀속되는 권리의무의 주체로서 법인격이 부여된 원고라 할 것이고, 달리 원고의 각 지점이 당사자 능력을 갖추고 있다고 볼 자료가 없다. 따라서 위 피고들의 항변은 그 자체로 이유 없다.

나. 피고 강남세무서장의 본안전항변

피고 강남세무서장은, ⁠‘원고는 소득금액변동통지처분과 아무런 관련이 없는 피고강남세무서장을 상대로 위 처분의 취소를 구하고 있으므로, 이 부분 원고의 청구는 부적법하다.’고 항변한다. 그러나 이 법원이 원고의 피고경정 신청에 따라 2020. 6. 17. 원고에 대한 소득금액변동통지처분의 처분청을 피고 강남세무서장에서 피고 서울지방국세청장으로 경정함을 허가한 사실이 기록상 명백하므로, 위 피고의 항변도 이유 없다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 각 처분에는, ① 이 사건 누락수입금액 및 손금추인액 산정의 잘못, ② 10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세 적용의 잘못 등의 위법사유가 있어 전부 또는 일부 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

[별지7] ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 이 사건 누락수입금액 산정의 적법 여부

1) 원고의 주장

이 사건 차명계좌는 과세대상 매출이나 수입을 관리하는 주된 입금․관리계좌가 아니고 매출과 무관한 입금액과 이미 신고처리된 매출액이 최소 2,940,618,023원(= 상대방 기재분 289,921,560원 + 본인자금분 내지 현금입금분 2,650,696,463원) 이상 포함되어 있으므로, 이 사건 누락수입금액 전부를 매출누락액에 해당한다고 추정할 수 없다. 따라서 이 사건 각 처분은 전부 취소되거나 적어도 이미 매출신고가 처리된 금액에 대한 세액만큼은 일부 취소되어야 한다.

2) 구체적인 판단

가) 관련 법리

조세부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당하고, 그것이 신고에서 누락된 금액이라는 과세요건사실은 과세관청이 증명하여야 하는 것이 원칙이다. 다만 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당한다는것은 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 이를 추정할 수 있는 사실을 밝히거나이를 인정할 만한 간접적인 사실을 밝히는 방법으로도 증명할 수 있는데, 이 경우 그와 같이 추정할 수 있는지는 해당 금융기관 계좌가 과세 대상 매출이나 수입에 관한 주된 입금ㆍ관리계좌로 사용되었는지, 입금 일자나 상대방 및 금액 등에 비추어 매출이나 수입에 해당하는 외형을 가지고 있는지, 계좌의 거래 중에서 매출이나 수입 관련거래가 차지하는 비중, 반대로 매출이나 수입이 아닌 다른 용도의 자금이 혼입될 가능성 및 정도 등 해당 금융기관 계좌에 입금된 금액에 관한 여러 사정들을 종합하여 판단하여야 한다. 그리고 위와 같은 여러 사정들을 종합한 결과 납세의무자의 금융기관 계좌가 매출이나 수입에 관한 주된 입금ㆍ관리계좌로서 그에 입급된 금액이 매출이나 수입에 해당한다고 추정할 수 있는 경우라 하더라도, 개별적인 입금이나 일정한 유형의 입금이 일자, 액수, 거래 상대방 및 경위 등과 아울러 경험칙에 비추어 이미 신고한 매출이나 수입과 중복되는 거래이거나 매출이나 수입과 무관한 개인적인 거래로 인정될 수 있는 특별한 사정이 있는 경우에는, 이를 신고가 누락된 매출이나 수입에 해당한다고 쉽게 단정할 수는 없다(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두7776 판결 등 참조).

나) 이 사건 누락수입금액 산정의 적법성

앞서 든 증거들과 갑 제22, 24, 25호증, 을 제13, 14, 15, 18, 19, 20, 24호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사정이 인정된다.

(1) 이 사건 차명계좌에 대한 평가

① 앞서 본 내역과 같이 원고의 대표이사 및 직원 등 임직원 총 12명의 개인 명의로 된 이 사건 차명계좌의 입금자 내역에는 ○○○코드, ○○데크, ○○디자인, ○○컴, ○○조이, ○○디자인 등 원고의 사업상 거래처의 상호가 기재되어있다. 원고는 2007년부터 2016년까지 위와 같은 거래처로부터 수십만 원 내지 수백만원에 이르는 돈을 입금받는 용도로 위 차명계좌를 계속 반복적으로 이용해 왔고, 달리 이 사건 차명계좌의 명의인들이 개인적인 용도로 위 계좌를 사용한 내역(급여이체, 카드대금이나 공과금 납부나 생활비 지출내역 등)은 거의 없는 것으로 보인다(이 사건차명계좌 명의인 중 한 명인 이○○는 원고의 ○○로지점 총책임자로서 2017. 12. 30. 과세관청에 ⁠‘개인통장을 개설하여 본인의 계좌에 소액 현금 및 서류가 없는 매출을 관리하고 일용직 인건비와 용역비 기타 경비를 지출하는 등 개인통장으로만 거래․운영하여도 아무런 문제가 없을 것이라고 생각하였다.’는 취지로 진술하여 이 사건 차명계좌를 통한 거래대금 수취를 시인하였다). ② 원고는 세무조사 과정에서 10년간 이 사건 차명계좌에 입금된 총액 약 433억 원 중 계좌명의인의 본인자금 현금입금액 6,242,082,720원은 매출누락과 관련이 없어 제외되어야 한다고 주장하였으나, 그중 약 10억 원 정도만 원고의 주장대로 본인자금 현금입금액으로 매출누락액에서 제외된 반면, 자금원천 등 아무런 소명자료를 제출한 바 없는 나머지 현금입금액 약 52억 원은 매출누락액으로 확인되었다. ③ 이 사건 차명계좌 입금내역에는 원고의 본점과 지점간의 내부자금거래 등 다른 용도로 사용된 내역이 혼재되어 있기는 하나, 그 자금의 원천 또한 거래처로부터 수취한 대금으로 보이고, 각 지점별로 작성된 거래처 매출내역 및 지출내역 등에 관한 수기장부를 원고 법인 차원에서 대표이사 등이 순시하면서 확인․관리․폐기하고 이 사건 차명계좌의 거래내역을 보고받는 등 이 사건 차명계좌가 거래처 대금수취를 위한 목적 및 용도와 전혀 무관하다고 평가할 수 없다. ④ 원고도 조세심판 단계에서 ⁠‘원고가 법인전환 이전에 개인사업자 운영 당시부터 본점과 지점 및 공장 등 지역적으로 분산된 각 단위별 내지 팀별로 이른바 소사장제 형태로 운영되어 온 업무 관행이 있었는데, 법인전환 이후에도 팀장 등의 통장계좌를 사용하여 매출과 고객관리 등 영업행위를 해 왔다.’는 취지로 사실상 이 사건 차명계좌를 이용한 대금수취 등의 영업방식을 인정한 바 있다.

비록 이 사건 차명계좌가 오로지 매출대금의 수취․관리 전용 계좌로만 사용된 것이 아니고 원고가 이 사건 차명계좌 외에 사업용 법인계좌로 매출대금을 수취한 내역이 있다 할지라도, 그 입금 금액과 기간, 거래상대방 등에 비추어, 매출이나 수입에 해당하는 외형의 거래내역이 상당수 포함된 이 사건 차명계좌가 원고의 매출이나 수입에 관한 주된 입금ㆍ관리계좌로 이용되었음을 부인하기 어렵다. 이와 달리 이 사건 차명계좌는 원고의 본점, 지점 및 공장에서 필요한 각각의 경비, 인건비, 물품구입비 등 시급한 자금 지출상의 필요에 대비하여 상호 간 자금을 융통하기 위한 관리 목적으로 주로 사용되었을 뿐, 전적으로 거래처 대금 수취를 위한 용도는 아니었다는 취지의 원고 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 이 사건 누락수입금액의 산정내역

2007년부터 2016년까지 이 사건 차명계좌를 통한 입금 거래건수는 약 3만 건으로 해당 입금액만 43,327,338,881원에 이른다. 원고는 세무조사 과정에서 위 금액 중 37,074,330,144원이 매출누락액에 해당하지 않는다고 주장하여 소명자료(을 제13 내지 16호증)를 제출하였으나, 피고 서울지방국세청장은 31,748,327,974원에 대해서만소명(내부 자금거래, 계좌명의인 본인자금 입금, 원고와 무관한 자금거래 입금 등)이 이루어진 것으로 보아 매출누락액에서 제외하였고, 이를 제외한 나머지 11,579,010,907원(= 43,327,338,881원 – 31,748,327,974원)을 앞서 본 내역과 같이 원고의 회계장부 내역 및 매출세금계산서 발행금액에 포함되지 않은 원고의 2007 내지 2016 각 사업연도 귀속 이 사건 누락수입금액으로 파악하였다. 이는 크게 2가지 성격의 금원으로 구성된다. 즉, ① 첫째는 이 사건 차명계좌의 입금내역 적요란에 거래처 상호나 이름이 특정되어 있으나 매출신고가 누락된 것으로 본 상대방기재분 6,367,961,737원이고, ② 둘째는 원고가 세무조사 과정에서 이 사건 차명계좌 명의인 본인의 자금이 현금 또는 수표 등으로 무통장입금된 것이라고 주장한 6,242,082,720원 중 자금원천 등 아무런 소명자료를 제출하지 않아 거래상대방을 특정할 수 없어 매출신고가 누락된 것으로 본 현금입금분 5,211,049,170원이다.

(3) 이 사건 누락수입금액에 대한 평가

(가) 먼저, 상대방기재분 6,367,961,737원에 대하여 살펴본다. ① 피고는 2007 내지 2016 각 사업연도에 이 사건 차명계좌에서 출금된 8,175,994,239원을 원고의 부외경비로 보아 이에 대한 손금산입을 인정하였다. 이는 원고가 이 사건 매출누락액 약 110억 원을 은폐하기 위하여 그에 대응하는 경비도 함께 당초 법인세 신고 시 손금으로 세무처리를 하지 않았음을 전제로 한 것이다(원고의 같은 기간 사업연도의 누적 당기순이익 약 3억 7,300만 원의 약 22배 규모에 이르는 부외경비 약 81억 원에 상응하는 원고의 매출신고 누락액은 그보다 훨씬 더 큰 규모였음을 충분히 짐작할 수 있다). ② 한편, 원고의 대표이사 김○○은 이 사건 각 처분에 관한 최초 고지일자인 2018. 1. 2. 과세관청에 ⁠‘IMF 이후 세금계산서 발행이 활성화되지 못하여 세금계산서 발행을 고집하면 물건 판매 및 제작발주가 어려운 경우가 많아 담당자들이 회사 생존과 개인 실적을 올리기 위하여 손님 비위를 맞추고 일을 따기 위한 실적에 전념해 오다 보니 세금계산서 미발행 금액은 일부 담당자 개인계좌로 받아 회사 지출 발생 시각 팀 담당자들이 서로의 계좌 잔고를 파악, 공유한 후 각 팀에서 지불처에 직접 지출 또는 다른 팀 담당자 계좌에 이체 후 지불처로 지불하였다. 회사 운영 및 회계상 잘못을 저지른 점에 대하여 진심으로 반성한다.’는 취지의 확인서를 제출하였다. ③ 세무조사 이래 조세심판 청구 이전까지 원고는 이 사건 차명계좌를 이용한 매출누락을 사실상 시인한 것으로 보인다.

위와 같은 사정하에서 서울지방국세청 소속 조사공무원이 거래상대방 기재분 6,367,961,737원에 대하여 원고의 회계장부와 세금계산서 내역 및 입금내역을 나름대로 대조․분석한 후, 위 금액을 매출신고가 누락된 금액이라고 최종 확인한 것으로 보이는바, 그와 같은 실지조사방법이 현저히 합리성을 갖추지 못하여 객관적 정당성을 상실한 것이라고 평가할 수 없다.

(나) 다음으로, 현금입금분 5,211,049,170원에 관하여 살펴본다. 원고는 2007년 제1기 내지 2016년 제2기 과세기간에 거래처로부터 현금으로 판매대금을 수령하고 현금영수증을 발급하지 않은 현금매출(기타매출)이 약 34억 원, 현금영수증을 발급한 현금매출이 약 19억 원에 이르는 등 거래처와 현금으로 거래하는 경우가 상당히 많았다. 피고들이 이 사건 누락수입금액에 해당한다고 본 현금입금분 5,211,049,170원에는 거래 건별 입금액이 100만 원 이상인 경우가 대부분인바, 이는 이 사건 차명계좌 명의인이 자신의 자금을 보유․관리하다가 고액의 현금을 입금한 것이라고 보기 어렵고, 원고의 각 지점이나 공장 등에서 수취한 소매 현금매출액을 단기간 보관하다가 입금처리한 것으로 보인다. 이와 같은 현금거래가 사실상 과세권의 추적이 현실적으로 거의 불가능하여 탈세의 수단으로 악용될 소지가 있음은 부인하기 어렵다. 결국 원고는 사업용 법인계좌가 아닌 임직원들이나 그 배우자 명의의 이 사건 차명계좌를 이용하여 거래대금을 현금으로 수취하고 세무처리를 하지 않은 경우가 상당히 많았던 것으로 볼 여지가 충분하다.

(다) 위와 같은 원고의 이 사건 차명계좌에 입금된 금액의 규모와 기간, 거래상대방, 계좌 개설ㆍ관리 경위 등과 아울러 거래관념 및 경험칙에 비추어, 이 사건 누락수입금액은 2007 내지 2016 각 사업연도 원고의 사업과 관련한 매출이나 수입(익금)에 해당하는 금액으로서 이미 신고한 매출이나 수입과 중복되는 거래금액에 해당한다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 법인세나 부가가치세 등 신고 시 누락된 금액에 해당한다고 추정할 수 있다. 이와 달리 ⁠‘이 사건 누락수입금액은 매출과 무관한 입금액과 이미 신고처리된 매출액으로 구성되어 있어 그 전부를 매출누락액으로 추정할 수 없으므로 이 사건 각 처분은 전부 취소되어야 한다.’는 취지의 원고 주장은 받아들이기 어렵다.

다) 중복과세분 해당 여부

(1) 먼저, 이 사건 누락수입금액 중 상대방기재분 6,367,961,737원에 중복과세분이 포함되어 있는지 살펴본다. 앞서 든 증거들과 갑 제2, 11, 12, 36 내지 48호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사정이 인정된다. ① 현금입금분과 달리 상대방기재분 6,367,961,737원 부분은 이 사건 차명계좌 입금자란에 거래처의 상호나 대표자 이름 등이 기재되어 있어 거래상대방이 특정된다. ② 위 상대방기재분 6,367,961,737원 중 289,921,560원에 대하여 원고가 이 사건 소송절차에서 각 사업장별 세금계산서 발급내역과 그에 상응하는 입금내역 및 거래처원장 등 구체적인 증빙자료를 제출하였는바, 이에 대하여는 원고가 매출 거래처들과 금속물 제작․설치․공급 등 약정을 체결하고 해당 매출에 관하여 세금계산서를 발급하여 이미 매출로서 수입신고가 이루어진 것으로 볼 여지가 충분하고 달리 이와 같은 판단을 뒤집을 만한 다른 자료가 없다. ③ 원고가 거래처로부터 일부 제작대금을 수령한 후 정식 계약서 작성 시 세금계산서를 늦게 발행하거나 세금계산서 발행 후 외상거래대금을 분할하여 수령하는 등 거래처에 제작․공급한 제품에 대하여 세금계산서 발행과 대금결제가 일시에 이루어지지 않는 경우가 있었던 것으로 보인다. 이와 같은 거래방식으로 미루어 보건대, 원고 주장 중복과세분 289,921,560원 중에 해당 입금일자나 입금금액이 세금계산서 발행일자나 발행금액과 상호 일치하지 않는 내역이 있다 할지라도 그러한 사정만으로 해당 입금금액을 매출누락에 해당한다고 단정할 것은 아니다. ④ 위 289,921,560원은 ⁠[별지1] 내지 ⁠[별지6] 기재 이 사건 각 처분에 관한 과세기간인 원고의 2007 내지 2016 각 사업연도에 이르는 신고수입금액으로 원고의 각 법인세 과세표준은 물론이고, 원고의 본점, ○○로지점, ○○동공장, ○동공장에 관한 각 부가가치세 과세표준 및 대표자 인정상여 소득처분 금액과 관련된다.

위와 같은 여러 사정에 비추어 보면, 이 사건 누락수입금액 중 상대방기재분 6,367,961,737원에 포함된 289,921,560원(각 사업연도별 및 지점별 금액은 갑 제 11, 12호증 참조)은 원고가 이미 신고한 매출과 중복된 수입금액으로서 매출누락액에서 제외하는 것이 타당한바, 이와 다른 전제에서 위 금액을 이 사건 누락수입금액 또는 사외유출에 의한 대표자 인정상여 소득처분 금액에 포함되는 것으로 판단한 피고들의 조치는 조세공평주의 및 실질과세원칙의 파생원칙인 이중과세금지원칙에 위배되어 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

(2) 다음으로, 이 사건 누락수입금액 중 현금입금분 5,211,049,170원에 원고의 주장대로 중복과세분 2,650,696,463원이 포함되어 있는지 살펴본다. 앞서 든 증거들과 갑 제3, 13 내지 16, 23, 26 내지 35호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면

다음과 같은 사정이 인정된다. ① 원고 주장 중복과세분 2,650,696,463원에 대하여 원고가 이 사건 소송절차에서 각 사업장별 세금계산서 발급내역과 그에 상응하는 입금내역 및 현금출납내역 등 증빙자료를 제출하기는 하였으나, 이 사건 차명계좌에 입금된 날짜와 동일․근접한 일자에 유사한 금액의 세금계산서가 발행되고 현금출납내역이 존재한다는 사정만으로 이 사건 차명계좌에 현금이나 수표로 입금된 위 2,650,696,463원이 ⁠‘각 거래일자별 현금출납장에 입금처리된 금액과 동일한 금액으로서 이미 매출신고가 이루어진 세금계산서 발행금액에 포함된 금액’이라고 쉽사리 단정하기 어렵다. ② 원고가 주장하는 중복과세분 2,650,696,463원은 매출품목 및 거래상대방 등이 특정되지 않은 채 현금이나 수표로 입금된 금액으로서 대부분 현금출납장에 입금처리된 금액 및 일자가 이 사건 차명계좌에 입금된 금액 및 일자와 상호 일치하지 않을 뿐만 아니라, 현금매출의 거래규모 등에 비추어, 설령 상호 일치하는 거래내역의 경우에도 그전에 이미 입금되어 보관 중인 다른 거래처 현금매출 신고분의 자금이나 지점별 내부거래 자금에 해당한다고 볼 여지도 다분하다. ③ 더구나 세무조사 과정에서 조사공무원은 이 사건 차명계좌에 입금된 약 433억 원 중 약 61억 원(2007년 제1기 내지 2016년 제2기 귀속 부가가치세 신고서에 기재된 현금영수증 미발행 현금매출액 약 34억 원과 현금영수증 발행 현금매출액 약 19억 원 등 합계 53억 원을 포함하는 금액이다)에 대하여 이미 매출로 신고처리된 금액으로 보아 매출누락액에서 제외한 것으로 보인다.

위와 같은 여러 사정에 비추어 보면, ⁠‘이 사건 누락수입금액 중 현금입금분 5,211,049,170원에 포함된 2,650,696,463원이 원고가 이미 매출신고한 금액으로 중

복과세분에 해당한다.’는 취지의 원고 주장은 이유 없다.

라) 소결론

이 사건 누락수입금액 11,579,010,907원 중 상대방기재분 6,367,961,737원에 포함된 중복과세분 289,921,560원은 위법하여 매출누락액에서 제외하는 것이 타당한바, 이를 반영하여 원고의 누락수입금액을 재산정하면, 11,289,089,347원[= 상대방기재분 6,078,040,177원(= 6,367,961,737원 – 289,921,560원) + 현금입금분 5,211,049,170원]이 된다.

라. 손금추인액 산정의 적법 여부

1) 원고의 주장

피고들이 추인한 손금 합계 8,175,994,239원 외에도 아래 내역과 같이 추가로 인건비 769,057,068원(= 증빙상 손금인정분 330,674,848원 + 임직원 수령 손금인정분 201,762,750원 + 동일 수령인 손금인정분 135,942,350원 + 기타 일용직 손금인정분 100,677,120원), 부대비용 193,067,129원(= 증빙상 손금인정분 49,076,179원 + 임직원 수령 손금인정분 77,128,170원 + 동일 수령인 손금인정분 64,365,880원 + 적요상 손금인정분 2,496,900원) 등 합계 962,124,197원(= 인건비 769,057,068원 + 부대비용 193,067,129원)이 손금으로 인정되어야 함에도 피고들은 이를 손금으로 인정하지 않았다. 따라서 이 사건 각 처분은 전부 취소되거나 적어도 손금처리가 누락된 부분에 대한 세액만큼은 일부 취소되어야 한다.

2) 구체적인 판단

가) 관련 법리

납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세관청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 익금에 산입될 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같이 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자의 입증에 의해 비용의 존재와 비용액을 가려야 할 것이다(대법원 1987. 10. 13. 선고 85누1004 판결, 대법원 1992. 3. 27. 선고 91누12912 판결 등 참조). 그리고 과세관청이 실지조사방법에 의하여 법인의 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하면서 당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금액을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상, 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이다(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 참조). 또 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하였으면 매출누락금액뿐만 아니라 그 대응경비까지 밝혀졌다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 매출원가 등 대응경비가 포함된 매출누락금 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 매출누락금 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 납세의무자가 입증하여야 한다(대법원 1999. 5. 25. 선고 97누19151 판결 참조).

나) 항목별 추가 손금 인정 여부에 관한 판단

(1) 인건비 및 부대비용 중 증빙상 손금인정분 합계 379,751,027원

앞서 든 증거들과 갑 제4, 5, 6, 17 내지 20, 49 내지 52호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고들이 2007 내지 2016 각 사업연도 부외경비로 손금추인한 합계 8,175,994,239원 외에도 원고가 2007 및 2009 내지 2015 각 사업연도에 합계 379,751,027원(= 인건비 330,674,848원 + 부대비용 49,076,179원)을 이 사건 차명계좌에서 출금하여 원고의 본점 및 각 지점에 관한 인건비와 부대비용 등 사업상 비용으로 지출하였음을 알 수 있다. 이는 원고가 이 사건 소송절차에서 제출한 인건비 지급내역서, 지출결의서, 상여금명세서, 입금내역서 등 구체적인 증빙자료에 의하여 충분히 뒷받침되는바, 원고가 지출한 비용의 용도와 거래상대방이 허위라고 볼 만한 다른 명백한 증거가 없는 이상, 구체적인 증빙자료를 갖춘 위 지출비용 379,751,027원의 손금산입을 함부로 부인할 수 없다.

따라서 원고가 주장하는 인건비 및 부대비용 중 증빙서류를 갖춘 합계 379,751,027원은 이 사건 누락수입금액에 대응하는 부외경비로서 이 사건 차명계좌에서 출금되어 사용된 이상, 이 사건 누락수입금액에서 제외되어야 한다. 바꾸어 말하면, 원고의 2007 및 2009 내지 2015 각 사업연도 법인세 소득금액 경정 시 추가로 손금산입하고, 마찬가지로 같은 과세기간에 해당하는 원고의 본점, ○○로지점, ○○동공장,○동공장 등 각 사업장별 부가가치세 경정 시 공급가액에서 제외하는 것이 타당하다.

이와 다른 전제에서 2007 및 2009 내지 2015 각 사업연도에 해당하는 피고들의 각 법인세 부과처분, 부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지처분과 관련하여 위 인건비 및 부대비용 중 증빙상 손금인정분 합계 379,751,027원(각 사업연도별 손금액은 갑 제6호증의 1 참조)의 손금추인을 부인한 채 이 사건 누락수입금액을 산정한 피고들의 조치는 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

(2) 나머지 인건비 및 부대비용 합계 582,373,170원

앞서 든 증거들과 갑 제7 내지 10호증, 을 제8, 21, 22, 23, 25, 26, 27호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고 주장의 나머지 인건비 및 부대비용 합계 582,373,170원(= 962,124,197원 –379,751,027원)은 손금으로 인정할 수 없는바, 이와 같은 전제의 피고들 판단은 정당하고, 이를 다투는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(가) 원고는 세무조사 과정에서 이 사건 사건 차명계좌에서 출금된 약 434억 원 중 8,520,515,978원이 원고의 장부에 미계상된 부외경비라고 주장하며 관련 자료를 제출한 바 있다. 이에 대하여 조사공무원은 원고 주장 손금액 8,520,515,978원 중 344,521,739원을 제외한 8,175,994,239원(= 인건비 7,326,125,239원 + 직원식대 등 복리후생비 747,672,000원 + 외주경비 74,972,000원 + 임차료 27,225,000원)을 원고의 부외경비로 보아 추가로 손금추인하였고, 위 344,521,739원(= 이자 102,394,000원 + 일반경비 54,299,429원 + 출장경비 22,243,600원 + 현장경비 165,584,710원)은 증빙자료 부족으로 손금으로 인정하지 않았다.

(나) 증빙자료를 갖춘 인건비와 부대비용 합계 379,751,027원을 추가로 손금추인하여야 함은 앞서 본 바와 같다. 그런데 앞서 본 내역과 같이 원고 주장 나머지 추가 손금액 582,373,170원(= 962,124,197원 – 379,751,027원)은 임직원 수령 손금인정분 278,890,920원, 동일 수령인 손금인정분 200,308,230원, 이 사건 차명계좌 적요상 손금인정분 2,496,900원, 기타 일용직 손금인정분 100,677,120원으로 구성되고 이는 이 사건 차명계좌에서 각 출금된 것으로 보이기는 한다. 그러나 다음과 같은 사정들, 즉 ① 위 금액의 경우 단순 일당이나 부대비용으로 보기에 큰 금액이 상당수 포함되어 있어 단순히 각 지점별 내부자금 거래에 해당한다고 볼 여지도 있는 점, ② 원고가 세무조사 과정에서 주장한 각 지점별 내부자금 거래금액 약 224억 원이 매출누락금액에서 이미 제외된 것으로 보이고, 10년간 이 사건 차명계좌에 입금된 금액 약 433억 원에 거의 맞먹는 금액이 출금된 것으로 보이는 점, ③ 원고 주장의 추가 손금액의 경우 어떤 근거 및 명목으로 지급되었는지를 뒷받침할 만한 구체적인 증빙자료가 부족한 점(원고가 세무조사 과정에서 부외경비로 손금추인받은 경우와 마찬가지로 적어도 급여 지급내역서, 근로계약서, 출근기록부, 사실확인서 등의 구체적인 증빙자료가 제출되어야 함에도 이러한 자료가 부족하다), ④ 임직원들에게 지급된 금액이 무조건 인건비나 사업경비에 해당한다고 볼 수 없고 임직원들 사이의 자금 융통에 해당한다고 볼 여지도 있으며 극히 소액인 지급금액(1만 원 미만)도 인건비로 보기 어려운 점, ⑤ 이 사건 차명계좌 명의인들이 사적으로 지출한 금액에 해당할 가능성도 있는 상태에서 통장 적요란만을 근거로 사업상 비용에 해당한다고 단정하기 어렵고 출금상대방이 명확히 특정되지 않은 거래내역의 경우도 마찬가지인 점, ⑥ 원고가 주장하는 중복과세분과 추가 손금액을 모두 반영할 경우 2007 내지 2016 각 사업연도 원고의 사업실적에서 약 1억여 원의 누적손실이 발생하게 되어 선뜻 납득이 가지 않는 결과가 되는 점, ⑦ 재산정한 원고의 매출누락금액 약 112억 원에 대응하는 손금추인액 약 85억 원(=8,175,994,239원 + 379,751,027원) 외에 추가로 인정할 수 있는 부외원가 등에 관한 명확한 자료가 제출되지 않은 이상, 매출누락분에 대응하는 매출원가 등 비용도 원고가 장부 기장한 비용에 포함되어 원고가 법인세 과세표준 등 신고 시에 이미 손금에 산입하여 비용신고하였다고 추정함이 옳은 점, ⑧ 무엇보다 누락수입에 대응하는 비용도 신고누락되었다는 점에 대하여는 그 공제를 주장하는 납세의무자가 상당한 정도로 증명해야 하는데 원고의 그와 같은 입증이 부족한 이상, 설령 그와 같은 별도의 추가비용이 존재한다 할지라도 그 또한 매출누락에 관한 증빙제출 등의 입증이 용이한 원고의 불이익으로 돌리는 것이 형평에 맞는 점에 비추어, 위 582,373,170원이 원고의 실제 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 부외경비로서 손금산입 대상에 해당한다고 인정하기는 어렵다.

(3) 추가 손금추인액

피고들이 2007 내지 2016 각 사업연도 부외경비로 손금추인한 합계 8,175,994,239원 외에도 추가로 원고의 2007 및 2009 내지 2015 각 사업연도에 지출한 부외경비 합계 379,751,027원을 손금으로 추인하는 것이 타당하다.

마. 10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세 적용 여부

1) 원고의 주장

원고는 단순히 수입금액 신고를 누락한 것에 불과하고 적극적으로 조세포탈의 목적으로 부정행위를 한 것이 아니어서 사기 기타 부정행위에 해당한다고 할 수 없으므로, 10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 피고들의 이 사건 각 처분 중 5년의 부과제척기간을 경과한 분과 부정과소신고가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 구체적인 판단

가) 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항의 입법 취지는, 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 같은 항 제1호의 ⁠‘사기 기타 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 등 참조). 일반적으로 다른 사람 명의의 예금계좌를 빌려 예금하였다고 하여 그 차명계좌를 이용하는 점만으로 구체적 행위의 동기, 경위 등 정황을 떠나 어느 경우에나 적극적 매출은닉 행위가 된다고 단정할 것은 아니지만, 장부에의 허위 기장행위, 수표 등 지급수단의 교환반복행위 기타의 은닉행위가 곁들여져 있는 경우, 차명계좌를 이용하면서 여러 곳의 차명계좌에 분산 입금하거나 순차 다른 차명계좌에의 입금을 반복하는 행위 또는 단 1회의 예입이라도 그 명의자와의 특수한 관계 때문에 은닉의 효과가 현저해지는 등으로 적극적 은닉의도가 있다고 인정되는 경우에는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로서 부정행위에 해당할 수 있다(대법원 2019. 9. 9. 선고 2019두31730 판결 참조).

나) 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사정이 인정된다. ① 앞서 본 내역과 같이 원고가 10년간 대표이사와 직원 등 12명의 임직원 개인 명의로 된 18개의 이 사건 차명계좌를 이용하는 방법으로 2007 내지 2016 사업연도 귀속 법인세 및 부가가치세 과세표준 신고 시 누락한 매출금액이 약 112억 원에 이르고 탈루한 세금도 수십억 원에 이른다. ② 과세기간별로 적게는 3개, 많게는 8개의 차명계좌를 교체해 가며 10년간 지속적․반복적으로 사용하였고, 원고 소속 임직원 외에도 직원 배우자 명의의 차명계좌도 거래처 매출대금 수취용 계좌로 사용하는 등 은닉의 효과가 뚜렷하다고 평가할 수 있는바, 이와 같은 원고의 장기간 반복된 행위는 매출금액 내지 수입금액의 적극적 은닉행위에 해당한다. ③ 원고는 2016년경 법인으로 전환하면서 그전부터 작성․관리해 온 매일의 거래내역을 집계한 일계표와 매출내역 등을 기재한 수기장부를 고의로 폐기하였다고 볼 개연성도 상당하다(이 사건 차명계좌 명의인 중 한 명인 이○○는 2017. 12. 30. 과세관청에 ⁠‘○○로지점의 매상 전부를 파악하여 본사에 보고하고 본인계좌의 입출금과 외상 매출을 기록한 월별 수기장부도 본사에 보고하였다.’는 취지의 확인서를 제출하였다. 이와 같이 실제로 차명계좌에 대응하는 수기장부가 있었음에도, 원고는 세무조사 당시 국세기본법에 의한 5년의 보존연한 내의 수기장부 일부에 대하여도 분실 및 임의폐기 등을 이유로 제출하지 않았다).

④ 더구나 원고는 이 사건 차명계좌를 통해 수령한 매출금액에 대한 세금계산서 발행도 제대로 하지 않은 채 매출신고를 누락하면서 관련 회계장부도 거짓으로 작성하였고 매출누락을 은폐하기 위해 이 사건 차명계좌에서 출금된 사업경비 약 85억 원도 손금으로 회계장부에 계상하지 않았다. ⑤ 원고가 원용하는 대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결, 대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두42001 판결, 대법원 2015. 12. 23. 선고 2015두50122 판결은 위장세금계산서를 교부받은 납세의무자에 대한 매입세액 공제․환급 여부에 관한 사안으로 이 사건과 기초적인 사실관계를 달리하여 그대로 원용하기에 적절하지 않다.

위와 같은 여러 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 명백한 인식하에 이 사건 차명계좌를 이용하여 매출대금을 수취하고 해당 수입과 비용 상당액을 고의로 장부에 계상하지 않거나 허위로 작성하는 등의 부정한 방법으로 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 부정한 적극적인 은닉․은폐행위를 한 것으로 봄이 타당하다. 이는 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제12조의2 제1항, 조세범 처벌법 제3조 제6항에 따라 10년의 부과제척기간이 적용되는 사기나 그 밖의 부정한 행위 및 구 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호 ⁠(가)목의 부정과소신고가산세가 적용되는 부정행위에 해당한다.

따라서 이와 같은 전제에서 10년의 부과제척기간 내에 이루어진 이 사건 각 처분과 거기에 포함된 부정과소신고가산세 부분은 모두 적법한바, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

바. 취소의 범위

1) 누락수입금액의 확정

2007년부터 2016년까지 이 사건 차명계좌에 입금된 원고의 누락수입금액 내지 매출누락액은 최종적으로 10,909,338,320원(= 피고들이 파악한 이 사건 누락수입금액11,579,010,907원 – 원고의 본점과 각 지점의 2007 내지 2016 각 사업연도 중복과세분 합계 289,921,560원 – 2007 및 2009 내지 2015 각 사업연도 추가 손금추인액 합계 379,751,027원)으로 산정된다.

2) 이 사건 각 처분의 구체적인 위법사유

가) 피고 강남세무서장, 남대문세무서장, 경기광주세무서장이 ⁠[별지1] 내지 ⁠[별지5] 기재 각 ⁠‘잔존세액’란 금액 상당의 법인세 및 부가가치세 부과처분의 과세요건사실로 삼은 2007 내지 2016 각 사업연도 귀속 이 사건 누락수입금액 11,579,010,907원 중 669,672,587원(= 2007 내지 2016 각 사업연도 중복과세분 합계 289,921,560원 + 2007 및 2009 내지 2015 사업연도 추가 손금추인액 합계 379,751,027원) 부분은 위법하게 산정된 것이어서 이 사건 누락수입금액 11,579,010,907원에서 공제되어야 한다. 따라서 이 사건 각 처분 중 위 피고들의 원고에 대한 각 법인세 및 각 사업장별 부가가치세 부과처분은 위와 같이 위법하게 산정된 669,672,587원 상당의 매출누락액 전부 또는 일부 감소에 상응하여 감액되는 각 세액의 한도 내에서 위법하다(공제되어야 할 매출누락액 669,672,587원은 2007 내지 2016 각 사업연도에 걸쳐 발생한 것인바, 이 사건 각 처분 중 ⁠[별지1] 피고 강남세무서장의 법인세 부과처분만 2007 내지 2016 각 사업연도 모두에 관련된 것으로 위 매출누락액 669,672,587원 전부가 감액ㆍ반영된다. 반면에, 피고들의 각 나머지 처분은 일부 사업연도에만 관련된 것으로 위 매출누락액 669,672,587원 중 일부가 감액ㆍ반영된다).

나) 매출누락액 감소와 손금 추가 인정에 따라 사외유출에 의한 대표자 인정상여처분 소득금액도 감액되어야 하는바, 피고 서울지방국세청장의 ⁠[별지6] 기재 원고의 대표이사인 김○○과 김○○를 소득의 귀속자로 하는 2007년 내지 2013년 귀속 ⁠‘잔존소득금액’란 합계 3,167,378,206원(= 1,583,689,103원 × 2)의 소득금액변동통지처분도 위법하게 산정된 669,672,587원 중 일부 사외유출액 감소에 상응하여 감액되는 소득금액의 한도 내에서 위법하다.

3) 전부 취소

피고들의 원고에 대한 이 사건 각 처분의 위법사유는 위와 같이 일부에 한정되나, 피고들의 ⁠[별지1] 내지 ⁠[별지6] 기재 각 ⁠‘잔존세액’란 또는 ⁠‘잔존 소득금액’란 금액에 관한 이 사건 각 처분의 정당세액 내지 정당 소득금액을 정확히 산출할 수 있는 자료가 부족한 이상, 이 사건 각 처분은 전부 취소되어야 한다.

5. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 피고들의 원고에 대한 ⁠[별지1] 내지 ⁠[별지6] 기재 당초 각처분에 대하여 주문 제1의 가.항 내지 다.항 기재 각 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 세액’란 금액 및 주문 제1의 라.항 기재 ⁠‘이 사건 소송에서 감액․경정한 소득금액’란 금액의 취소를 구하는 청구 부분은 부적법하여 모두 각하하고, 원고의 피고들에 대한 각 나머지 청구는 이유 있어 모두 인용한다.

소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제32조 후단에 따라 피고들의 직권 취소로인하여 각하되는 부분은 피고들이 부담하고, 나머지 부분은 이 사건 각 처분의 경위, 원고의 실질적 승소 범위, 이 사건 각 처분 중 위법사유의 정도와 범위, 소송의 경과, 증거관계 등에 비추어, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제98조, 제99조에 따라 원고와 피고들이 소송비용의 일부씩 분담하기로 하는 등 소송총비용의 분담비율을 정하여 주문과 같이 판결한다.