요지

양수인은 가공식품 도소매업을 하는 자로서 창고건물을 물색하던 중 원고와 매매계약을 체결하고 이 사건 건물을 양도받아 구조를 변경하는 등의 조치 없이 양도받은 상태로 이를 창고로 사용한 것으로 보이고, 원고가 이 사건 건물을 신축한 후 농사용으로 사용한 적도 없어 이 사건 농지가 농지 상태였음을 인정하기 어렵다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건 2019구단6954 양도소득세부과처분취소

원 고 신00

피 고 000세무서장

변 론 종 결 2020. 6. 22.

판 결 선 고 2020. 7. 20.

주 문

1. 원고 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 00. 00. 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세 000원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분 경위

가. 원고는 QQQ시 QQ읍 QQ리 372 답 000㎡에 관하여 1988. 00. 00. 3/7지분을,1996. 00. 00. 4/7지분을 취득하여 소유권이전등기를 마쳤는데, 2015. 00. 00. 그 지상에 동․식물 관련 시설 2개동(각 000㎡)과 농산물 보관창고 99.6㎡를 신축하기 위한 건축허가를 받아 공사에 착수하였다.

나. 원고는 2016. 00. 00자로 QQ리 372 답 000㎡와 그 지상에 신축하려는 동․식물관련 시설 2개동과 농산물 보관창고를 아래와 같은 내용으로 양도하기로 계약하였다.

○매매대금 000만 원(계약금 000만 원은 계약시 지불하고 영수함, 중도금 0억 원은 2016. 00. 00. 지불, 잔금 0억 000만 원은 2016. 00. 00. 지불)

○[특약사항]

1. 현 농지상태에서 매도인이 종묘배양장 허가를 득하여 종묘배양장 3개동 총 연면적 000㎡의 건물 을 지어서 준공 후 분필하여 매매하는 조건부 계약이며, 등기사항 증명서를 확인하고 계약을 체결함

다. 원고는 위 시설 2개동과 창고를 완공하여 2016. 00. 00. 사용승인을 받아 12. 30. 소유권보존등기를 마치고, 같은 날 QQ리 372 답 000㎡를 QQ리 372 잡종지 000㎡, 372-5 답 000㎡, 372-6 창고용지 000㎡로 분할 및 지목변경을 거쳐 그 중 372 잡종지 000㎡와 지상의 위 시설 2개동, 372-6 창고용지 000㎡와 지상의 창고에 관하여 00. 00.자 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기를 넘겼다(이하 양도한 토지들과 그 지상 시설 및 창고를 ⁠‘이 사건 농지와 건물’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 농지와 건물의 양도에 관하여 2017. 00. 00. 피고에게 양도소득세 000원에 대하여 8년 이상 자경농지라는 이유로 100% 감면신청을 하였다.

마. 피고는 조사를 거쳐 양수인이 이 사건 건물을 가공식품 창고로 사용하는 등 이 사건 농지가 양도 당시 농지에 해당하지 않는다는 이유로 8년 이상 자경농지 감면을 부인하고, 2018. 00. 00. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 000원(가산세 포함)을 부과하였다(2019. 00. 00. 송달됨).

바. 원고는 2019. 00. 00. 조세심판원장에게 조세심판을 청구하였으나, 00. 00. 기각되었다(00. 00. 송달됨)[인정증거: 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 3호증]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장 이 사건 건물은 토마토, 오이 등 육묘의 대량생산 및 공급을 위한 것으로써 농축산물 생산을 위한 시설이고, 그 중 창고는 농산물 등을 보관하기 위한 것이므로 이를 양도할 당시 농지에 해당하는 이상 양수인이 양도받은 이후 동․식물 관련 용도가 아닌 일반창고로 사용한다는 이유로 감면신청을 거부한 것은 부당하다.

나. 관계 법령

구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 일부개정되기 전의 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다. ⁠(각 호 생략)

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. ⁠(각 호 생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

조세특례제한법 시행규칙

제27조(농지의 범위등) ①영 제66조제4항 및 제67조제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

소득세법 시행령

제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

다. 판단

살피건대, 자경농지라는 이유로 양도소득세를 감면받으려면 양도한 농지가 양도일 현재 농지에 해당해야 하는데, 이 사건 건물은 양도일 당시 농축산물 생산시설에 해당한다고 보기 어렵다. 즉, 양수인은 가공식품 도소매업을 하는 자로서 창고건물을 물색하던 중 원고와 매매계약을 체결하고 이 사건 건물을 양도받아 구조를 변경하는 등의 조치 없이 양도받은 상태로 이를 창고로 사용한 것으로 보이고(갑 제1호증, 을 제3호증), 원고가 이 사건 건물을 신축한 후 농사용으로 사용한 적도 없어 이 사건 농지가 농지 상태였음을 인정하기 어렵다. 이와 다른 전제에 선 원고 주장을 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면, 원고 청구는 이유 없어 이를 기각한다.

출처 : 의정부지방법원 2020. 07. 20. 선고 의정부지방법원 2019구단6954 판결 | 국세법령정보시스템