요지

과세관청이 ⁠‘사실과 다른 회계처리로 인한 경정’이라는 이유로 감액된 세액에 대하여 즉시 환급이 아닌 세액공제를 하기 위해서는 세액공제환급 규정에서 정한 금융당국의 제재조치에 관한 요건이 경정‘청구’ 시점에 충족되어야 한다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 피고 겸 주위적 피고 A세무서장이 2016. 8. 8. 원고에게 한 ⁠[별지1] 목록 기재 2013 사업연도 법인세 경정거부처분 및 결손금 감액경정처분, 농어촌특별세 경정거부처분과 2014 사업연도 법인세 결손금 증액경정거부처분의 취소를 구하는 부분을 모두 각하한다.

2. 예비적 피고 B세무서장이 2017. 12. 15. 원고에게 한 ⁠[별지2] 목록 기재 2013 사업연도 법인세 경정거부처분 및 결손금 감액경정처분, 농어촌특별세 경정거부처분과 2014 사업연도 법인세 결손금 증액경정거부처분을 모두 취소한다.

3. 피고 겸 주위적 피고 A세무서장이 2017. 12. 14. 원고에게 한 ⁠[별지3] 목록 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)의 ⁠‘잔존세액’란 기재 금원 중 ⁠‘정당세액’란 기재 금원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

4. 피고 대한민국은 원고에게 236,997,957,583원 및 그 중,

   가. 235,026,554,847원에 대하여는 2016. 6. 8.부터 2017. 3. 14.까지는 연 1.8%의, 그 다음날부터 2017. 12. 15.까지는 연 1.6%의, 그 다음날부터 2018. 8. 8.까지는 연 5%의, 그 다음날부터 2019. 5. 31.까지는 연 15%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율에 의한 돈을,

   나. 1,758,164,891원에 대하여는 2016. 6. 8.부터 2017. 3. 14.까지는 연 1.8%의, 그 다음날부터 2018. 3. 18.까지는 연 1.6%의, 그 다음날부터 2018. 8. 20.까지는 연 1.8%의, 그 다음날부터 2020. 6. 23.까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율에 의한 돈을,

   다. 213,237,845원에 대하여는 2016. 6. 8.부터 2017. 3. 14.까지는 연 1.8%의, 그 다음날부터 2018. 3. 18.까지는 연 1.6%의, 그 다음날부터 2019. 3. 19.까지는 연 1.8%의, 그 다음날부터 2019. 7. 12.까지는 연 2.1%의, 그 다음날부터 2020. 6. 23.까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율에 의한 돈을,

   각 지급하라.

5. 소송비용은 다음과 같이 부담한다.

   가. 원고와 피고 겸 주위적 피고 A세무서장 사이에 생긴 부분:

       원고 1/2, 피고 겸 주위적 피고 A세무서장 1/2

   나. 원고와 예비적 피고 B세무서장 사이에 생긴 부분:

       원고 9/10, 예비적 피고 B세무서장 1/10

   다. 원고와 피고 대한민국 사이에 생긴 부분: 피고 대한민국

청 구 취 지

○ 원고의 피고 겸 주위적 피고 A세무서장 및 예비적 피고 B세무서장에 대한 주위적·예비적 청구취지 부분

  주위적으로, 피고 겸 주위적 피고 A세무서장(이하 ⁠‘피고 A세무서장’이라고만 한다)이 2016. 8. 8. 원고에게 한 ⁠[별지1] 목록 기재 2013 사업연도 법인세 경정거부처분 및 결손금 감액경정처분, 농어촌특별세 경정거부처분과 2014 사업연도 법인세 결손금 증액경정거부처분을 모두 취소하고, 예비적으로, 주문 제2항 기재와 같다.

○ 원고의 피고 A세무서장에 대한 청구취지 부분

  주문 제3항 기재와 같다.

○ 원고의 피고 대한민국에 대한 청구취지 부분

  주문 제4항 기재와 같다.

이 유

1. 처분의 경위 등

  가. 원고의 지위 및 재무제표 수정공시 경위 등

    1) ⁠(원고의 지위 개인정보보호를 위해 생략)

    2) 원고의 외부감사인은 2015년도에 회계감사를 수행하던 중 5조 5,051억 원의 영업손실을 확인하고, 그중 2조 4,228억 원은 2013, 2014 사업연도로 귀속되어야 한다고 보았는데, 구체적으로 공사수익의 산정 요소인 공사진행률¹⁾ 계상 등에 오류가 있어 재무제표가 중요하게 왜곡되었다는 점을 지적하면서 관련 재무제표의 수정공시를 요구하였다.

    3) 원고는 외부감사인의 위 권고사항에 따라 수정된 공사진행률 등에 의해 계산된 영업손실을 반영하여 2016. 4. 14. 2013, 2014 사업연도 재무제표를 수정공시 하였으며, 외부감사인은 위와 같이 재작성된 재무제표에 대하여 적정의견으로 감사보고서를 재발행하였다.

  나. 원고의 피고 A세무서장에 대한 경정청구 등

    1) 원고는 2016. 6. 7. 피고 A세무서장에게 ⁠‘공사진행률 오류로 인해 공사수익이 과다 계상되었고, 그 결과 관련 사업연도 법인세 과세표준 및 세액이 과다하게 신고·납부되었다’는 것을 이유로, 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항에 따라 정정공시 내용에 근거하여 2013, 2014 사업연도의 법인세 및 농어촌특별세에 대한 감액경정 및 그에 따른 환급을 청구하였다(이하 ⁠‘이 사건 경정청구’라 한다).²⁾ 구체적으로 원고는 재무제표 수정공시 내용을 반영하여 각 해당 사업연도 손금에 산입되어야 할 매출액을 2013 사업연도는 580,831,879,807원, 2014 사업연도는 1,317,150,902,643원으로 계산하였고, 위와 같은 과세표준의 감액에 따라 발생하는 접대비 한도초과 등을 반영하여 아래 ⁠[표]와 같이 이 사건 경정청구를 하였다.

(단위: 원)

    2) 원고는 피고 A세무서장이 이 사건 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 아무런 통지를 하지 않자, 2016. 8. 8. 구 국세기본법 제45조의2 제3항에 따라 이 사건 경정청구를 거부한 것으로 간주하여(이하 ⁠‘이 사건 간주 거부처분’이라 한다) 2016. 12. 20. 조세심판원에 그 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2018. 4. 26. 이를 기각하였다.

  다. 이 사건 세무조사 및 그에 따른 과세처분 조치 내용 등

    1) 예비적 피고 B세무서장의 과세처분 조치 내용 등

      가) OO지방국세청장은 2016. 10. 20.부터 2017. 5. 8.까지 원고에 대한 2013 내지 2015 사업연도 법인세 통합조사를 실시하였고(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다), 이후 2017년 5월경 원고가 분식회계로 과다신고한 매출액을 익금불산입하고, 임원 성과급 지급분 등에 관한 부분을 익금산입하도록 하는 내용의 관련 과세자료를 당시 관할청인 예비적 피고 B세무서장(이하 ⁠‘피고 B세무서장’이라고만 한다)에게 통보하였다.

      나) 피고 B세무서장은 2017. 12. 15. 위 과세자료 통보에 따라 원고의 2013, 2014 사업연도 법인세 과세표준 및 총 결정세액 일부를 아래 ⁠[표1] ⁠‘이 사건 감액경정액’ 기재와 같이 감액경정하면서(이하 ⁠‘이 사건 감액경정’이라 한다), 아래 다)항과 같은 이유로 이 사건 경정청구 중 일부에 대해서는 이를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 거부처분’이라 한다).⁴⁾

(단위: 원)

      다) 피고 B세무서장이 이 사건 경정청구 중 일부에 대해서 거부한 이유는, 과다 익금으로 계상한 금액을 아래 ⁠[표1] 기재와 같이 당초 원고가 신고했던 금액과 달리 판단하였기 때문인데, 피고 B세무서장은 최종적으로 2013 사업연도의 과세표준은 약 1,464억 원, 2014 사업연도의 결손금 잔액은 약 △1,870억 원으로 보아 결국 이 사건 경정청구에 대하여 명시적으로 2013 사업연도 과세표준 약 1,420억 원, 2014 사업연도 결손금 약 4,089억 원에 대한 경정을 거부하였다. 피고 B세무서장이 통보된 과세자료에 따라 원고의 2013, 2014 사업연도에 추가로 익금에 산입한 주요 내역은 아래 ⁠[표2] 기재와 같다(이하 각 익금산입 내역들을 지칭하는 경우 순번에 따라 ⁠‘쟁점○ 부분’이라 한다).⁵⁾⁶⁾

[표1]

(단위: 원)

[표2]

(단위: 원)

      라) 피고 B세무서장이 이 사건 감액경정에 따라 원고에게 환급해주어야 할 국세환급금 합계액은 235,026,554,847원인데, 구체적인 환급대상 세액의 내역은 아래 ⁠[표] 기재와 같다.

(단위: 원)

      마) 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2018. 3. 9. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 심판청구 과정에서 피고 B세무서장은 쟁점⑥ 내지 ⑧ 부분 과세조치를 2018. 8. 20. 직권취소하였다. 또한 2019. 6. 25. 조세심판원에서 쟁점⑨ 부분 과세조치가 위법하다고 판단하자(쟁점① 내지 ⑤ 부분 관련 과세조치는 적법하다고 판단), 피고 B세무서장은 2019. 7. 12. 원고에게 추가로 2013, 2014 사업연도 법인세 및 농어촌특별세에 대한 감액경정을 하였다.

바) 피고 B세무서장은 감액경정을 하면서 감액된 세액을 즉시 환급하는 대신 ⁠‘사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제’ 방식(경정일이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 법인세액에서 과다 납부한 세액을 공제하는 방식)에 따라 이를 세액 공제하여 경정하였다. 피고 B세무서장의 이 사건 거부처분 관련 직권 취소 및 감액경정에 따라 원고에게 환급해주어야 할 국세환급금 합계액은 아래 ⁠[표] 기재와 같이 236,997,957,583원(이하 ⁠‘이 사건 국세환급금’이라 한다)이다.

(단위: 원)

    2) 피고 A세무서장의 과세처분 조치 내용 등

      가) OO지방국세청장은 이 사건 세무조사 결과 2012년 1기부터 2015년 2기까지의 과세기간에 이루어진 매입세액 공제항목에 대하여 아래 ⁠[표1] 기재와 같이 불공제 사유(이하 순번① 부분을 ⁠‘쟁점 지원금 부분’이라 하고, 순번② 부분을 ⁠‘쟁점 횡령금 부분’이라 한다)가 있다고 보아 관련 과세자료를 피고 A세무서장에게 통보하였다. 구체적인 불공제 관련 금액은 아래 ⁠[표2] 기재와 같다.

[표1]

[표2]

(단위: 원)

      나) 피고 A세무서장은 2017. 12. 14. 이 사건 지원금 및 횡령금 관련 매입세액을 불공제하고, 이 사건 횡령금 부분에 대해서는 원고가 사기나 그 밖의 부정한 행위를 통해 매입세액 상당을 탈루하였다고 보아 구 국세기본법⁸⁾ 제26조의2 제1항 제1호에 따른 10년의 부과제척기간과 같은 법 제47조의3 제2항에 따른 부당과소신고 가산세의 세율(40%)을 적용하여, ⁠[별지3] 목록 ⁠‘부과처분액’란 기재와 같이 원고에게 2012년 1기부터 2015년 2기까지의 각 부가가치세(가산세 포함)를 부과하였다(이하 위 각 부과처분 중 ⁠[별지3] 목록 ⁠‘직권감액’란 기재와 같이 직권취소된 부분⁹⁾을 제외한 나머지 부분만을 합하여 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다).

      다) 원고는 이 사건 부가가치세 부과처분에 불복하여 2017. 12. 29. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2018. 6. 7. 이를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6 내지 8, 13, 14, 16 내지 20, 26, 44 내지 46호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을가 제3, 43, 44호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

  [별지4] 기재와 같다.

3. 이 사건 소 중 피고 A세무서장을 주위적 피고로 한 청구 부분의 적법 여부

  가. 판단의 전제 - 이 부분 청구의 기본 구조

    원고는 2016. 6. 7. 피고 A세무서장에게 이 사건 경정청구를 하였고, 2개월이 경과한 2016. 8. 7.까지 이에 대한 통지를 받지 못하자 2016. 8. 8. 이 사건 간주 거부처분이 있음을 전제로 주위적으로 피고 A세무서장을 상대로 하여 이 사건 간주 거부처분의 취소를 구하고 있다.

    또한 원고의 본점이 2016. 8. 26. ⁠‘거제시 거제대로 3***(**동)’으로 이전한 후 그 관할 세무서장인 피고 B세무서장이 2017. 12. 15. 이 사건 감액경정과 같이 법인세 등의 일부 감액경정을 명시적으로 함에 따라 피고 B세무서장을 상대로 이 사건 거부처분의 취소를 예비적으로 구하고 있다.

  나. 판단 - 이 사건 간주 거부처분의 취소 청구 부분의 적법성 판단¹⁰⁾

    1) 권리보호이익의 측면

      가) 위법한 행정처분의 취소를 구하는 소는 위법한 처분에 의하여 발생한 위법상태를 배제하여 원상으로 회복시키고, 그 처분으로 침해되거나 방해받은 권리와 이익을 보호․구제하고자 하는 소송이므로, 처분 후의 사정에 의하여 권리와 이익의 침해 등이 해소된 경우에는 그 처분의 취소를 구할 소의 이익이 없다(대법원 2005. 5. 13. 선고 2004두4369 판결 등 참조).

      나) 위와 같은 법리에 비추어 살펴보면, 비록 원고의 이 사건 경정청구에 대하여 피고 A세무서장이 구 국세기본법 제45조의2 제3항에 따른 기간 내에 통지를 하지 않아 이 사건 간주 거부처분을 한 것으로 볼 수는 있다 하더라도, 이후 그 불복 과정에서 이 사건 거부처분과 같이 과세관청의 명시적인 거부가 있었다면 이 사건 간주 거부처분에 대해서는 특별한 사정이 없는 한 권리보호이익이 없어 그 취소를 구하는 소는 부적법하다고 봄이 타당하다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

        (1) 구 국세기본법 제45조의2 제3항은, 경정청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 하고, 경정청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다고 규정하고 있다.

        그런데 위 규정은 해당 규정에서 정한 처리 시한(2개월)이 지켜지지 않는 경우 납세의무자의 권리를 실효적으로 보장하기 위하여 통지를 받기 전이라도 납세의무자가 심판청구 등을 제기할 수 있도록 하여, 과세관청의 부작위로 인해 납세의무자의 권리가 장기간 침해되는 것을 방지하기 위한 규정이다.

        이러한 규정 취지에 비추어 보면, 납세의무자가 과세관청의 위법한 부작위 상태를 해소하기 위해 구 국세기본법 제45조의2 제3항에 따라 제기한 심판 또는 소송이 확정되기 전에 과세관청이 근거 및 이유를 제시하여 경정청구에 대한 거부처분을 명시적으로 하였다면 그 거부처분만을 불복의 대상으로 보는 것이 납세의무자의 실질적인 권리구제를 위한 유효 적절한 수단일 것이다.

        (2) 이 사건 간주 거부처분이나 이 사건 거부처분에 관하여 원고가 그 취소를 구하는 세액이나 기초적 사실관계는 사실상 동일한데, 과세처분 취소소송에 있어서 이른바 총액주의에 따라 과세관청은 사실심 변론종결 시까지 정당한 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고(대법원 2004. 5. 14. 선고 2003두12615 판결 등 참조), 처분사유의 추가․변경도 자유롭게 허용되며, 경정거부처분에 관하여도 당초 거부사유 이외에 다른 거부사유를 소송에서 새로 주장 할 수 있다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조). 따라서 동일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복과 판단의 저촉을 피하기 위해서라도 간주 경정거부처분과 명시적인 경정거부처분 모두에 대하여 취소를 구하는 경우 하나의 처분에 대해서만 소의 이익을 인정하여야 한다.

        (3) 간주 경정거부처분에 대해서는 구 국세기본법 제45조의2 제3항에서 불복기간의 제한을 따로 두고 있지 않다. 이 사건과 같이 명시적인 경정거부처분이 있었음에도 불구하고 납세의무자의 권리구제를 위한 불복의 길을 열어주는 것에서 더 나아가 간주 경정거부처분의 소의 이익을 계속 인정한다면, 명시적 경정거부처분이 경정청구가 있은 때부터 2개월이 지나 이루어졌고 그 거부처분에 대한 불복기간이 도과한 경우, 납세의무자는 명시적 경정거부처분에 대해서는 다투지 못하지만 간주 경정거부처분에 대해서는 언제든 불복이 가능하다는 이상한 결론에 이르게 된다.

        (4) 원고가 이 사건과 관련하여 이 사건 간주 거부처분을 불복대상으로 삼아 소송을 제기한 이후 과세관청의 명시적 경정거부처분이 있더라도 그 불복대상은 변경될 수 없다는 취지로 내세우는 여러 판결들은 이 사건과는 구체적인 거부처분의 주체 및 방식 등을 달리하는 것이어서 이 사건에 원용하는 것은 적절하지 않다.

    2) 피고적격 흠결 측면

      가) 행정소송법 제13조 제1항 단서는 ⁠‘처분 등이 있은 뒤에 그 처분 등에 관계되는 권한이 다른 행정청에 승계된 때에는 이를 승계한 행정청을 피고로 한다’고 정하고 있는데, 여기서 '처분 등에 관계되는 권한이 다른 행정청에 승계된 때'라고 함은, 처분 등이 있은 뒤에 행정기구의 개혁, 행정주체의 합병․분리 등에 의하여 처분청의 당해 권한이 타 행정청에 승계된 경우, 처분 등의 상대방인 사인의 지위나 주소의 변경 등에 의하여 변경 전의 처분 등에 관한 행정청의 관할이 이전된 경우 등을 말한다고 할 것이다(대법원 2000. 11. 14. 선고 99두5481 판결 취지 참조).

      구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제1항, 제10조, 제11조 제1항, 제2항에서는, 내국법인의 법인세의 납세지는 등기부상에 기재된 본점 또는 주사무소의 소재지이고, 납세지가 변경된 때에는 변경된 날로부터 15일 이내에 변경 후의 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다. 구 국세기본법 제43조, 제44조, 구 국세기본법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26946호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조에서는, 과세표준신고서는 그 신고 당시 당해 국세의 납세지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 하고 국세의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정결정은 그 처분 당시 당해 국세의 납세지를 관할하는 세무서장이 하되 과세표준신고가 잘못 제출된 경우에는 관할 세무서를 밝혀 그 세무서장에게 제출토록하고, 이를 접수한 후에 관할 외의 것임을 안 때에는 그 신고서를 지체없이 관할 세무서에 송부하도록 규정하고 있다.

      나) 위와 같은 관련 법리 및 규정을 종합하여 볼 때, 이 사건 경정청구에 대한 경정 권한은 2016. 8. 26.자 원고의 본점 이전으로 피고 A세무서장에서 피고 B세무서장으로 변경되었으므로, 이 사건 경정청구가 이유 있을 경우 그 재처분 의무의 주체는 피고 B세무서장이다. 또한 행정소송법 제14조 제6항은 취소소송이 제기된 후에 처분등에 관계되는 권한이 다른 행정청에 승계된 때에는 법원은 당사자의 신청 또는 직권으로 피고를 경정하도록 규정하고 있으므로, 만일 원고가 피고 A세무서장을 상대로 이 사건 간주 거부처분만의 취소를 구하였다고 하더라도 이 사건 소송 과정에서 피고 B세무서장으로의 피고 경정이 이루어졌어야 한다. 원고가 피고 A세무서장을 상대로 이 사건 간주 거부처분의 취소를 구하는 것은 결국 피고적격이 없는 자에 대한 청구에 해당하여 부적법하다.

    3) 소결론

      이 사건 소 중 원고가 피고 A세무서장을 주위적 피고로 하여 이 사건 간주 거부처분의 취소를 구하는 부분은 권리보호이익이 없을 뿐만 아니라, 피고적격 역시 인정될 수 없어 부적법하다. 따라서 이를 지적하는 피고 A세무서장의 본안 전 항변은 이유 있다.

4. 이 사건 거부처분의 취소 청구 부분에 관한 판단

  원고는 쟁점① 내지 ⑤ 부분 관련 금원들에 대한 피고 B세무서장의 익금산입(손금불산입) 조치가 위법하다는 이유로, ⁠[별지2] 목록 기재와 같은 이 사건 거부처분의 취소를 구하고 있다. 따라서 아래에서는 각 쟁점 부분별로 원고가 주장하는 위법사유에 관해 판단한 뒤, 그에 따라 이 사건 거부처분의 취소 범위에 대해 살펴보도록 한다.¹¹⁾

  가. 쟁점① 부분에 대한 판단

    1) 전제가 되는 사실관계

      가) 원고는 2013년부터 2015년까지 각 연도별로 원고의 노동조합과 사이에, 원고가 당기순이익 또는 영업이익 목표를 달성할 경우 일정 기준에 따라 원고 소속 직원들에게 ’성과배분 상여금‘ 및 ⁠‘원고의 주식 매입 지원금’을 지급하기로 하는 내용의 임금협약을 체결하였다. 이후 원고가 위 협약에 근거하여 2013년부터 2015년까지 지급한 상여금(이하 ’이 사건 직원 상여금‘이라 한다) 내역은 아래 ⁠[표] 기재와 같다.

                                                                 ⁠(단위: 원)

      나) 이와 별도로 원고와 원고의 임원들은 임원들이 달성하여야 할 경영목표를 설정하고, 그 목표관리 및 평가 등에 관한 사항을 정하기 위하여 경영계약서를 작성하였는데, 그 경영계약서에는 ⁠‘원고는 임원에게 전년도 성과에 의한 성과급을 지급할 수 있으며, 지급금액, 지급시기, 지급방법 등에 대한 세부사항은 별도로 정한다’고 되어 있다.

      다) 원고는 2002년부터 원고의 대주주인 **은행과 MOU를 체결하였는데, **은행이 MOU에서 정한 아래 ⁠[표1] 기재와 같은 평가결과 등급기준에 따라 원고에 대한 경영평가를 한 후 그 결과를 통지하면, 원고는 아래 ⁠[표2] 기재와 같은 경영평가 점수에 따라 임원들에게 성과급을 지급하여 왔다.

[표1]

[표2]

      라) 원고가 2012년부터 2014년까지 임원들에게 지급한 성과급(이하 ⁠‘이 사건 임원 상여금’이라 하고, 이 사건 직원 상여금과 합하여 ⁠‘이 사건 상여금’이라 한다)은 아래 ⁠[표] 기재와 같다.

                                                                ⁠(단위: 원)

      마) 원고가 2016. 4. 14. 원고 대표자 등의 분식회계를 통해 조작된 재무제표를 다시 수정공시함에 따라 그와 관련된 당기순이익 및 영업이익 변경 내역은 아래 ⁠[표] 기재와 같다. 위 수정공시된 재무제표에 따르면, 원고는 이 사건 상여금 지급조건을 달성하지 못하였다.

                                                              ⁠(단위: 억 원)

      바) 피고 B세무서장은 이 사건 거부처분 과정에서 이 사건 상여금은 원고의 분식회계에 의한 것으로서 특히 반사회적 비용에 해당하여 구 법인세법 제19조 제2항에 따른 손금의 요건을 충족하지 못하였다고 보아 2013년부터 2015년까지 기간 동안 지급된 아래 ⁠[표] 기재 금원을 손금불산입하였다.

                                                                        ⁠(단위: 원)

      사) OO지방법원은 2017. 1. 18. 2012년 내지 2014년 분식회계로 인한 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임), 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(사기) 등을 이유로, 2012. 3. 30.부터 2015. 5. 28.까지 원고의 대표이사에게 징역 10년, 2012. 3. 30.부터 2015. 3. 30.까지 원고의 재무총괄부사장에게 징역 7년을 각 선고하였다(이하 ⁠‘이 사건 형사판결’이라 한다). 이후 항소심 법원(OO고등법원 2017노***)은 2017. 7. 18. 0에게 징역 9년, 0에게 징역 6년의 판결을 선고하였고, 위 판결은 상고심(대법원 2017도***)을 거쳐 2017. 12. 22. 최종 확정되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제46호증, 을가 제1 내지 7, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

    2) 당사자들 주장의 요지

      가) 피고 주장의 요지

        원고는 2012년부터 2015년까지 기간에 실제로는 적자가 발생하여 원고 소속 임직원들에 대한 상여금 지급요건이 충족되지 않았음에도, 회계분식에 따라 허위로 작성된 재무제표를 이용하여 이 사건 상여금을 임직원들에게 지급하였다.

        따라서 이 사건 상여금은 손금산입의 요건인 통상성 및 수익관련성이 인정될 수 없으므로 손금산입의 대상에 해당하지 않는다.

      나) 원고 주장의 요지

        다음과 같은 이유로 이 사건 상여금은 손금산입의 대상에 해당한다.

        (1) 이 사건 직원 상여금은 임원이 아닌 근로자에게 서면으로 약정하고 그에 따라 지급하는 성과배분 상여금으로서 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제1항 제4호의 요건을 충족한다.

        (2) 이 사건 임원 상여금은 잉여금 처분이 아니고, 주주총회 결의에 따라 결정된 급여지급기준을 초과하여 지급된 것도 아니다.

        (3) 이 사건 상여금은 모두 원고가 임직원들에 대한 사기진작을 위하여 경영상의 필요에 따라 지급한 것이다.

    3) 판단

      가) 구 법인세법 제19조 제1항은 원칙적으로 ⁠‘손금은 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다’고, 제2항은 원칙적으로 ⁠‘손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 각 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ⁠‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외된다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조). 그리고 사회질서에 위반하여 지출된 비용에 해당하는지 여부는 그러한 지출을 허용하는 경우 야기되는 부작용, 그러한 지출이 거래에 미칠 영향, 이에 대한 사회적 비난의 정도, 규제의 필요성과 향후 법령상 금지될 가능성, 상관행과 선량한 풍속 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2012두7608 판결 등 참조). 한편, 법인이 지출한 비용은 사업관련성과 통상성 또는 수익관련성을 갖추어야 손금으로 인정될 수 있다.

      나) 위와 같은 법리에 비추어 앞서 인정한 사실들을 통해 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 비록 이 사건 상여금 자체는 원고의 사업과 관련하여 지출된 것이기는 하지만 사회적으로 용인되는 통상적인 것이 아니라 사회질서를 위반하여 지출된 것으로 볼 수 있거나 법인세법상 손금에 산입하는 것이 사회질서에 심히 반한다고 판단되므로, 결국 손금불산입 대상에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없고, 피고 B세무서장의 쟁점① 부분 관련 과세조치는 적법하다.

        ① 이 사건 상여금은 기본적으로 원고가 당기순이익 또는 영업이익 등의 목표치를 달성할 경우에만 일정 기준에 따라 임직원들에게 지급되는 것이다. 그런데 앞서 본 바와 같이 원고는 2012년도 내지 2014년도에 원고 대표이사 등이 주도하여 분식회계 관련 범행을 저질렀다.

        위와 같은 분식회계의 가장 큰 동기는 이 사건 형사판결문 내용 등에 비추어 볼 때, 원고가 대주주인 **은행과 매년 체결하는 MOU 경영목표 영업이익을 달성할 수 없게 되어 임원 성과급 미지급, 기본급 회수는 물론 대표이사 사퇴, 구조조정, 인력구조 개편 등의 불이익을 받게 될 것 등을 우려하였기 때문이다.

        ② 원고는 위와 같은 분식회계의 결과 당기순이익 및 영업이익이 발생하였음을 전제로 임직원들에게 이 사건 상여금을 지급한 것인데, 만일 이 사건 상여금을 손금에 산입하여 준다면 이는 법인세법이 위와 같이 위법한 원고의 분식회계를 용인하는 것이어서 사회질서에 심히 반한다고 하지 않을 수 없다.

        ③ 만일 이러한 분식회계가 이루어지지 않았다면 원고는 관련 사업연도가 적자 상태라는 이유로 이 사건 상여금을 임직원들에게 지급하지 않았을 것이다. 원고는 이 사건 상여금 지급 당시 관련 지급조건 및 관련 세법 규정 등을 준수하였다는 점을 강조하고 있으나, 지급 당시만을 기준으로 해당 금원의 손금산입 여부를 판단하는 것은 오히려 위법행위를 조장하는 것으로서 받아들일 수 없다. 또한 원고와 같은 조선업을 영위하는 다른 법인 역시 위와 같은 상황에서 설령 임직원들에 대한 사기 진작 등을 위하여 상여금을 지급할 필요가 있었다고 하더라도, 명시적인 지급조건을 위배하면서까지 관련 상여금 등을 지급하였을 것이라고 보이지 않는다.

        ④ 이에 대하여 원고는, 설령 위와 같은 분식회계에 따른 상여금 지급에 문제가 있다고 하더라도, 적어도 이에 관여하지 않은 일부 임원들 및 다수의 직원들에게 지급한 상여금의 경우 사업관련성 및 통상성 등이 인정되어 손금에 산입할 수 있다고 주장한다.

        그러나 앞서 살펴본 ① 내지 ③의 사정들을 통해 볼 때, 분식회계가 원인이 되어 지급된 상여금 자체에 대해서는 이를 손금에 산입하지 않는 것이 이에 대한 사회적 비난의 정도 및 규제의 필요성 등에 비추어 보다 타당하고, 달리 원고가 제출한 증거들만으로는 관련 분식회계가 없는 상황에서도 이 사건 상여금이 통상적으로 지출되었다고 볼만한 합리적인 근거 내지 사정을 찾기 어렵다.

  나. 쟁점② 부분에 대한 판단

    1) 전제가 되는 사실관계

      가) 원고는 2008년 세계적인 금융위기 이후 지속적인 경기침체로 각국에 위치한 4개의 선주사들인 대만의 ⁠‘T*T’, 독일의 ⁠‘N*S’, ⁠‘C*O’, 그리스의 ⁠‘G*M’(이하 각 선주사들은 ⁠‘약칭’으로 칭하기로 하며, 합하여 ⁠‘T*T 등’이라 한다) 등으로부터 선박건조대금을 회수하기 어렵게 되자, T*T 등과 선박건조대금의 상환기간을 유예하는 약정을 체결하였다(이하 ⁠‘이 사건 유예약정’이라 한다). 그 주요 내용은 각 유예약정마다 차이는 있으나 대부분 원고가 T*T 등으로부터 일정한 담보 등을 받고, 일정 이자율에 따른 이자를 지급받는 것이었다.

      나) 원고는 2012 사업연도까지는 이 사건 유예약정에 따라 지급받아야 하는 이자를 회계장부상 이자수익(미수수익)으로 계상하였으나, 2013 사업연도부터는 T*T 등의 자금난으로 이자의 상환 여부가 불확실하다는 이유로 이를 회계장부상 이자수익으로 인식하지 않았다.

      다) 원고는 이 사건 유예약정 체결 이후, ① T*T에게는 원리금 상환약정일마다 원리금의 지급을 청구하였고, ② C*O와는 2014. 7.경 기존 상황유예약정에 따른 이자를 원금에 가산하고, 만기 연장 및 이자율을 변경하는 상환유예 재약정을 체결한 뒤, C*O로부터 일부 원리금을 상환받고 있으며, ③ N*S로부터는 2016년경 일부 원금을 상환받았다.

      라) 피고 B세무서장은 이 사건 거부처분을 하면서 이 사건 유예약정에 따라 원고가 2013년부터 2015년까지 지급받아야 하는 아래 ⁠[표] 기재와 같은 미수이자 상당액(이하 ⁠‘이 사건 이자수익’이라 한다)을 익금에 산입하였다.

(단위: 원)

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제21 내지 23, 46호증, 을가 제11 내지 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

    2) 원고 주장의 요지

      원고가 이 사건 유예약정에 따라 선주사들인 T*T 등으로부터 지급받아야 하는 이 사건 이자수익을 익금으로 산입하기 위해서는 그 이자수익이 실현될 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되어야 한다.

      그런데 이 사건 이자수익은 T*T 등의 경영상 어려움으로 실제로 해당 이자수익이 실현되어 원고에게 지급될 가능성이 매우 낮아 이 사건 유예약정상의 이자약정일에 그 소득이 확정되었다고 볼 수 없으므로, 결국 이를 익금에 산입할 수는 없다.

    3) 판단

      가) 구 법인세법 제40조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있는데, 이 때의 익금의 확정이란 과세대상 소득이 실현될 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되었음을 의미하는 것이고, 법인세법에서는 소득세법상의 이자소득과는 달리 채무자의 무자력으로 인한 회수불능의 채권을 법인의 각 사업연도 소득을 계산함에 있어 대손금으로 익금에서 공제되는 손금에 산입하게 되어 있음을 고려하면, 법인세법상 이자채권으로 인한 소득의 확정도 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되었는지의 여부에 따르면 될 것이고 달리 볼 이유가 없으며, 채무자의 자산부족으로 이자채권이 현실적으로 변제될 가능성이 없다면 회수불능으로 확정된 때에 대손금으로 처리할 수 있는 사유가 될 뿐이다(대법원 2005. 5. 26. 선고 2003두797 판결, 대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두11479 판결 등 참조).

      나) 앞서 인정한 사실들을 위와 같은 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 T*T 등과 이 사건 유예약정에 따라 원금인 선반건조대금의 지급 유예기간 동안 일정 이자를 지급받기로 약정하였기에 이 사건 이자수익은 원칙적으로 각 약정 이자지급일이 속하는 해당 사업연도에 그 변제기가 도래하였다고 할 것이다. 결국 원고는 피고 B세무서장이 2013, 2014 사업연도에 익금산입한 부분에 대해서는 그 이자수익 상당을 얻게 될 가능성이 높은 정도로 성숙·확정되었다고 봄이 타당하다.

      원고는, 이 사건 유예약정을 체결한 2008년도 이후부터 T*T 등의 경영악화로 원금인 선박건조대금조차 회수가 어려운 상황이라 현실적으로 이 사건 이자수익을 T*T 등으로부터 수취할 가능성이 없었고, 이러한 점을 고려하여 이 사건 이자수익 자체를 회계장부상 이자수익으로 인식하지 않은 것에 불과하다고 주장한다.

      그러나 원고 주장처럼 실제로 T*T 등의 경영악화로 이 사건 이자수익 상당이 현실적으로 원고에게 지급될 가능성이 적게 되었다고 할지라도, 이는 해당 이자채권이 회수불능으로 확정된 때에 대손금으로 처리할 수 있는 사유가 될 뿐이지 그로 인하여 이 사건 이자수익의 귀속시기에 영향을 미치는 것은 아니다. 더욱이 원고가 T*T 등으로부터 이 사건 유예약정 체결 이후 원금 내지 원리금 일부를 상환받아온 이상, 원고가 2013, 2014 사업연도에 T*T 등으로부터 관련 이자 상당액을 변제받을 가능성을 완전히 배제할 수도 없다.

      다) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없고, 피고 B세무서장의 쟁점② 부분 관련 과세조치는 적법하다.

  다. 쟁점③ 부분에 대한 판단

    1) 전제가 되는 사실관계

      가) 쿠웨이트 국영 선사인 ⁠‘K**C’는 국영 석유회사인 ⁠‘Kuwait ****** Co.’가 수출하는 원유를 운반하는 회사로서, 1992년 8월경부터 2016년 말까지 원고에게 총 16척의 원유 운반선을 발주하였다.

      나) 원고는 K**C가 발주한 원유 운반선(VLCC) 중 5척(5089호, 5390호, 5391호, 5392호, 5393호)을 수주하는 과정에서 아랍에미리트에 소재하는 ⁠‘I****’와 컨설팅 계약(이하 ⁠‘이 사건 컨설팅 계약’이라 한다)을 체결한 뒤, 2013, 2014 사업연도에 합계 약 263억 원 상당(이하 ⁠‘이 사건 자문료’라 한다)을 지급하였다.

      다) 원고와 K**C가 체결한 각 호선별 선박건조계약서에는 ⁠‘어드레스 커미션¹²⁾ 및 이와 유사한 성질의 금원을 중개인이나, 컨설턴트, 브로커 등에게 어느 형태로든 지급하지 않는다’는 내용과 ⁠‘원고가 이를 확약하는 Commission Declaration Letter를 발주처에 제출한다’는 내용의 규정이 포함되어 있으며, 원고는 위 규정에 따라 K**C에게 위 각 호선별 선박건조계약 체결과정에서 위 ⁠‘Commission Declaration Letter’를 제출하였다.

      라) 이 사건 세무조사 과정에서 원고 소속 직원들은 이 사건 컨설팅 계약 체결 경위 등에 대해 아래 ⁠[표1], ⁠[표2] 기재와 같이 진술하였다.

[표1]

[표2]

      마) 피고 B세무서장은 이 사건 거부처분 과정에서 원고가 I****에게 지급한 이 사건 자문료가 업무무관비용에 해당한다고 보아 이를 2013, 2014 사업연도에 손금불산입하였다.

      바) 쿠웨이트 정부는 공공부문의 계약체결시 각종 이권 개입을 방지하고 투명성을 높이기 위하여 1996. 8. 11. 이후 커미션 등록법(‘Disclosure of Commissions Law’)을 제정하여 시행하고 있다. 위 커미션 등록법에서는 정부부처, 공공법인, 쿠웨이트 정부가 50% 이상 투자한 회사 등은 국제입찰, 수의계약 등을 막론하고 계약금액 10만 Kuwaiti Dinars(미화 340,000달러 상당) 이상의 조달, 공사 발주계약 시 계약자(낙찰자)가 에이전트 등 모든 형태의 브로커에게 지급하는 커미션이나 이와 유사한 것을 브로커의 능력, 직업, 거주지 등 세부사항과 함께 발주처에 통보하도록 하는 계약조항을 삽입하는 것을 의무화하고 있고, 그 밖에 부당한 커미션 지급을 국가가 환수하거나 관련 규정을 위반한 커미션 지급행위에 대해 벌금을 부과하는 등의 규정을 두고 있다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제46호증, 을가 제15 내지 18호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

    2) 원고 주장의 요지

      이 사건 자문료는 원고가 K**C가 발주한 선박을 수주하는 과정에서 I****로부터 자문용역의 대가로 지급한 것이어서 그 사업관련성 및 통상성, 수익관련성 모두 인정되므로, 법인세법상 손금에 해당한다.

    3) 판단

      앞서 ⁠‘가. 쟁점① 부분에 대한 판단’ 부분에서 살펴본 법리에 비추어 앞서 인정한 사실들을 통해 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 자문료는 원고가 I****에게 자문용역의 대가로 지급한 금원이자 원고가 K**C로부터 선박을 수주하는 과정에서 그 사업상의 필요에 따라 지출한 것으로서, 사업관련성과 통상성 및 수익관련성을 모두 갖추었기에 원고의 2013, 2014 사업연도 손금으로 인정되어야 한다. 따라서 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 피고 B세무서장의 쟁점③ 부분 관련 과세조치는 위법하다.

        ① 피고 B세무서장은, 원고가 K**C와 체결한 선박건조계약서상에 선박 브로커를 두지 않기로 약정하였음에도 이 사건 컨설팅 계약을 체결한 것은 이례적일 뿐만 아니라, 이 사건 컨설팅 계약서상의 자문용역의 내용이 구체적으로 특정되지 않으며, 실제 제공된 자문용역이 없었다고 보이는 점 등의 사유를 들어 이 사건 자문료가 법인세법상 업무무관비용에 해당한다고 주장한다.

        그런데 기본적으로 피고 B세무서장의 위와 같은 주장은 주로 이 사건 세무조사 과정에서 이 사건 컨설팅 계약 체결 등에 관여한 원고 직원 박**이나 박**의 일부 진술 내용에 근거한 것이다. 하지만 위 관련자들의 진술 내용에 비추어 보더라도, 원고가 이 사건 컨설팅 계약을 체결한 후 I****에게 이 사건 자문료를 자문용역의 대가로 지급한 것임은 명백하고, 비록 I**** 측의 구체적인 자문용역의 내용이 확인되는 않는다고 하더라도 원고가 I**** 측으로부터 K**C의 선박 수주 과정에서 경쟁사 정보 내지는 프로젝트 진행 관련 정보를 받아온 것 역시 사실인 것으로 보인다.

        ② 이와 관련하여 피고 B세무서장은, 쿠웨이트의 ⁠‘커미션 등록법’의 내용이나, K**C가 국영 선사에 해당한다는 점을 근거로 마치 이 사건 자문료가 K**C에게 지급된 뇌물성 금원에 해당한다는 취지로도 주장하나, 이 사건 자문료를 지급받은 주체는 K**C와 구분되는 I****이고, K**C는 I****를 브로커로 지정하지도 않았으며, 달리 위 피고의 주장을 뒷받침할 만한 별다른 증거도 없는 상태이다.

        ③ 과세관청은 조선업체들이 선박 수주 과정에서 제3자인 외부 브로커에게 수주 관련 자문 수수료를 지급한 것에 대해 통상 그 사업관련성 등을 인정하여 손금산입의 대상으로 판단해왔고, 다만 어드레스 커미션과 같이 선주 측 브로커에게 지급된 자문 수수료의 경우 이를 일종의 리베이트 등의 명목으로 지급된 금원으로 보아 업무무관비용으로 취급해 왔다고 보인다.

        그런데 피고 B세무서장은 이 사건 거부처분 이후 원고가 어드레스 커미션 명목으로 지급한 금원(쟁점⑥ 부분 관련 금원)에 대해서는 오히려 이를 다시 손금으로 인정해주기까지 하였다. 이와 같은 사정에 비추어 볼 때, 단지 이 사건 컨설팅 계약서상에 구체적인 자문용역의 내용이 확인되지 않는다거나, 관련자들의 일부 진술 내용만을 들어 이 사건 자문료가 자문용역의 대가가 아닌 금원에 해당한다고 보기는 어렵다.

  라. 쟁점④ 부분에 대한 판단

    1) 전제가 되는 사실관계

      가) 선박(상선) 등의 설계단계는 ⁠‘기본설계(’개념설계‘)-상세설계(’개념설계를 바탕으로 구체화하는 설계‘)-생산설계(’생산작업용 도면 작성‘)’로 구분되는데, 원고의 경우 일반적으로 기본설계는 원고가, 상세·생산설계는 원고 및 원고의 사내·외(설계)협력사가 담당한다.

      나) 선박 등의 설계용역업을 수행하고 있는 주식회사 디*(이하 ⁠‘D**C’이라 한다)은 원고가 그 지분 70%를 보유하고 있는 업체로서, 원고의 특수관계법인에 해당한다. 원고가 2013년부터 2015년까지 D**C에게 지급한 설계용역비(이하 ⁠‘이 사건 설계용역비’라 한다) 내역은 아래 ⁠[표] 기재와 같다.

(단위: 시간, 백만 원)

      다) 원고의 감사팀은 2015년 8월경 ⁠‘설계협력사 용역계약에 관한 감사보고서’(이하 ⁠‘이 사건 감사보고서’라 한다)를 작성하였는데, 해당 보고서에는 D**C의 설계용역 단가가 높게 책정되었다는 점을 문제점으로 지적하고 있다. 구체적인 관련 내용은 아래 ⁠[표] 기재와 같다.

      라) 이후 원고는 위 감사의견에 따라 2016. 6. 7. 2016년도부터 D**C의 설계단가를 아래 ⁠[표] 기재와 같이 인하하는 내용의 ⁠‘D**C 설계단가 조정 품의서’를 작성하였다.

      마) 피고 B세무서장이 이 사건 거부처분 과정에서 구 법인세법 제52조 등의 부당행위계산 부인 규정들을 적용하여 이 사건 설계용역비 중 손금불산입한 내역은 아래 ⁠[표1] 기재와 같고, 구체적으로 아래 ⁠[표2] 기재와 같이 사외협력사와의 단가 차이를 비교하는 방식으로 이를 계산하였다.

[표1]

(단위: 원)

[표2]

(단위: 시간, 백만 원)

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제46호증, 을가 제19 내지 21호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

    2) 원고 주장의 요지

      원고와 D**C 사이의 설계용역 거래는 피고 B세무서장이 비교대상 거래로 본 원고와 사외협력사 사이의 설계용역 거래와 차이가 있으므로, 원고가 사외협력사에게 지급한 거래단가는 D**C이 해당 설계용역을 수행함에 있어 지급받아야 할 거래단가에 대한 ⁠‘시가’로 볼 수 없고, 오히려 양 거래단가의 차이는 ⁠‘경제적 합리성’이 있는 정상적인 차이에 해당한다.

      따라서 피고 B세무서장이 원고가 D**C에게 지급한 이 사건 설계용역비에 대하여 구 법인세법 제52조 등에 따른 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 일부를 손금불산입한 조치는 위법하다.

    3) 판단

      가) 구 법인세법 제52조 제1항은 ⁠‘과세관청은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ’부당행위계산‘이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 ⁠‘제1항을 적용할 때 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다(’시가‘)’고 규정하고 있다.

      그런데 구 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조). 그리고 법인과 특수관계자 사이의 거래가 경제적 합리성을 결하여 법인세법상 부당행위계산부인 사유에 해당한다는 사실의 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 1995. 12. 26. 선고 95누3589 판결, 대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두13909 판결 등 참조).

      나) 위와 같은 관련 규정 및 법리에 비추어 앞서 인정한 사실들에다가 갑 제47, 49호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 피고 B세무서장이 제출한 증거들만으로는 원고가 D**C에게 이 사건 설계용역비를 지급한 행위가 부당행위계산 부인의 대상이 된다거나 피고 B세무서장이 비교대상 거래단가로 본 사외협력사에 대한 거래단가가 원고와 D**C 사이의 거래 관련 ⁠‘시가’에 해당한다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 피고 B세무서장의 쟁점④ 부분 관련 과세조치는 위법하다.

        ① 피고 B세무서장은 D**C이 수행하는 선박 관련 설계업무가 기본적으로 원고의 사내·외협력사가 수행하는 선박 관련 설계업무와 동일 또는 유사하다는 전제에서, 원고가 D**C에게 지급한 설계용역 단가가 사내·외협력사에게 지급하는 단가보다 높은 것은 부당행위계산 부인 규정의 적용 대상에 해당한다고 주장한다.

        피고 B세무서장의 위와 같은 주장은 주로 원고의 감사팀이 작성한 이 사건 감사보고서 내용에 근거한 것인데, 이 사건 감사보고서의 기재 내용이나 이 사건 세무조사 과정에서 원고 직원 중 1명이 D**C의 설계용역 업무의 성격에 대해 ⁠‘D**C이 상세설계의 단독 능력도 없는데, 일부 상세설계를 준다고 해서 단가를 높게 줄 이유는 없는 것 같다’라고 진술한 부분(을가 제23호증 참조)을 제외하고는, 피고 B세무서장이나 조사청인 서울지방국세청장이 D**C이 수행한 실제 설계용역의 성격을 원고의 사내·외협력사가 수행한 설계용역과 비교해 보았다는 등의 사정은 확인되지 않는다.

        그런데 D**C이 수행한 설계용역은 주로 ⁠‘상세설계’와 ⁠‘생산설계’를 함께 수행하는 일괄수주(Turnkey) 방식인 반면, 원고의 사내·외협력사가 수행하는 설계용역 업무는 주로 ⁠‘생산설계’와 관련된 부분이기에 단지 D**C의 설계용역 단가와 사내·외협력사의 설계용역 단가의 차이가 존재한다는 이유만을 들어 원고가 D**C에게 이 사건 설계용역비를 지급한 행위가 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다고 단정할 수는 없다.

        ② 물론 앞서 본 바와 같이 이 사건 감사보고서에 원고가 D**C에게 지급하는 설계용역의 단가가 원고의 사내·외협력사 내지는 다른 조선업체가 각 자회사들에게 지급하는 설계용역의 단가보다 높다는 지적사항이 있었고, 이와 같은 지적사항을 반영하여 원고가 2016년도부터 D**C에 대한 설계용역 단가를 조정하려고 한 것으로는 보인다. 그러나 원고 스스로 경제적 판단에 따라 자체 감사결과를 바탕으로 단가를 인하하였다는 사정만을 들어 기존에 지급한 단가가 지나치게 고가에 해당하여 이를 법인세법상의 부당행위계산 부인의 대상이 되는 행위로 평가할 수는 없다.

        ③ 더욱이 피고 B세무서장은 비교대상 거래단가로 원고가 사내협력사에게 지급한 거래단가가 아닌 사외협력사에게 지급한 거래단가를 기준으로 삼은 것으로 보이는데, D**C이 원고의 자회사라는 점에 본다면 오히려 사내협력사에게 지급한 거래단가를 비교대상 거래단가로 볼 여지가 더 크다.

        그런데 원고가 D**C 및 사내협력사에게 지급한 2013년 기준 설계용역의 단가를 비교해 보면, 아래와 같이 기본 설계단가에는 별다른 차이가 없고, 무상지원 금액에 있어 차이가 발생하는데, 원고는 위와 같은 무상지원 금액 중 일부를 각종 부대비용 명목으로 사내협력사에게도 별도로 지급해준 것으로 보이며, 기본적으로 설계단가의 매년도 인상률 역시 동일하였던 것으로 확인된다. 그런데 피고 B세무서장 역시 원고가 사내협력사에게 위와 같이 무상지원 금액을 지급한다는 점 때문에 비교대상 거래단가를 사외협력사에게 지급한 거래단가를 기준으로 한 것으로 판단되는데, 피고 B세무서장은 위와 같은 무상지원금이 비교대상 거래단가에서 제외되어야 하는 사정 내지는 사외협력사에 지급한 거래단가만이 반드시 그 기준이 되어야 하는 이유에 대해서 달리 밝히고 있지 않다.

                                                                          (단위: 원)

        ④ 즉, 이 사건 감사보고서 기재 내용 등을 통해 볼 때 원고가 D**C에게 지급한 설계용역비가 다소 과다하게 지급된 측면을 부인하기는 어려우나, 적어도 앞서 든 ① 내지 ③의 사실 내지 사정들을 고려하면, 원고의 위와 같은 이 사건 설계용역비 지급행위가 경제적 합리성을 결한 것으로서 구 법인세법상의 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다고 보기는 어려우며, 또한 피고 B세무서장이 관련 ⁠‘시가’에 대한 입증책임을 다하였다고 평가할 수도 없다.

  마. 쟁점⑤ 부분에 대한 판단

    1) 전제가 되는 사실관계

      가) 원고는 2006년도에 제정된 ⁠‘퇴직임원 예우규칙’(이하 ⁠‘이 사건 규칙’이라 한다) 등에 따라 2009년부터 2015년까지 퇴직임원 및 현직임원 또는 전역한 군 출신 장성 등 19명에게 고문료 명목의 금원을 지급해 왔는데, 2013 내지 2015 사업연도에 고문료를 지급받은 자는 13명이다.

      나) 이 사건 규칙에는 ⁠‘임원 중 퇴임하여 상담·자문역으로 위촉된 자에게 고문료를 지급한다’는 규정(제2호) 및 보수기준은 ⁠‘상근·비상근에 따라 퇴직 전 연봉의 70% 또는 50%를 지급한다’는 규정(제6호)이 있다. 다만, 2013 내지 2015 사업연도에 고문료를 지급받은 13명 중 5명은 원고의 임원으로 근무했던 사실이 없으며, 특별히 고문으로 위촉된 경위가 밝혀지지 않았다.

      다) 원고는 2012년 10월경 국정감사에서 원고 대표이사가 별다른 이사회 결의 등 절차 없이 고문을 위촉해온 것에 대한 지적을 받자 2013년 2월경 이 사건 규칙을 폐지하였으나, 이후에도 3명의 고문을 추가하여 고문료를 지급하여 왔다.

      라) 원고가 2016년 9월경 작성한 ⁠‘고문운영 제도개선’이라는 제목의 내부 보고서에는 ⁠‘고문들의 자문실적 확인이 미비하고, 고문료의 처우조건 및 지급근거에 대한 명확한 규정이 없다’는 내용이 있다.

      마) 피고 B세무서장은 이 사건 거부처분 과정에서 원고가 고문들의 업무 활동을 증명할만한 근거를 제출하지 아니하였기에 13명의 고문들에게 아래 ⁠[표] 기재와 같이 고문료 명목으로 지급한 금원들을 업무무관비용으로 보아 각 사업연도에 손금불산입하였다(이하 2013, 2014 사업연도에 손금불산입된 금원을 ⁠‘이 사건 고문료’라 한다).

(단위: 원)

      바) 한편, OO지방국세청장은 2017. 6. 25. 이 사건 세무조사에 대한 결과 통지를 하면서, 이 사건 고문료 지급액에 대한 소득처분을 ⁠‘상여’로 하였으나, 피고 B세무서장은 이 사건 거부처분 과정에서 이에 대한 소득처분을 ⁠‘기타소득’으로 한 소득금액변동통지를 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제26, 46호증, 을 제26 내지 29호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

    2) 원고 주장의 요지

      가) 절차상 하자 관련

        피고 B세무서장은 이 사건 거부처분 과정에서 원고에게 이 사건 고문료 관련 소득처분을 ⁠‘기타소득’으로 한 소득금액변동통지를 하였다. 그런데 당초 이 사건 세무조사결과 통지 과정에서 위 금원에 대한 소득처분이 ⁠‘상여’로 이루어졌을 뿐이므로, 원고 입장에서 ⁠‘기타소득’으로 소득처분된 부분에 대해서는 아직까지 세무조사결과 통지를 받지 못하여 과세전적부심사의 기회를 부여받지 못한 결과가 초래되었고, 이는 중대한 절차적 하자에 해당한다.

        따라서 이 사건 고문료 관련한 소득금액변동통지가 위법하므로, 결국 위와 같은 하자는 이 사건 거부처분의 위법사유에도 해당한다.

      나) 실체상 하자 관련

        이 사건 고문료는 원고가 실제 해당 고문들이 수행한 자문 내용에 대한 대가로서 지급한 금원에 해당한다. 따라서 위와 같이 원고의 사업상 필요에 따라 통상적인 비용 범위 내에서 지출이 이루어진 이 사건 고문료는 결국 법인세법상 손금에 해당한다.

    3) 판단

      가) 절차상 하자 주장에 관한 판단

        (1) 구 국세기본법 제81조의15는 제1항 본문 및 제2호에서 ⁠‘세무조사 결과 통지 또는 과세예고 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ⁠‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다’라고 규정하고 있고, 제3항에서 ⁠‘과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다’라고 규정하고 있으며, 제8항의 위임에 따른 구 국세기본법 시행령 제63조의14 제4항 본문은 ⁠‘과세전적부심사 청구를 받은 세무서장․지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대한 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다’라고 규정하고 있다.

        사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 참조) 등을 고려하여 보면, 구 국세기본법 및 구 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사 결과 통지 또는 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조).

        (2) 원고는 기본적으로 위와 같은 법리에 따라 원고가 피고 B세무서장으로부터 이 사건 거부처분 과정에서 이 사건 고문료 관련하여 ⁠‘기타소득’으로 소득처분을 한 소득금액변동통지만을 받았을 뿐이고, 이와 같은 소득처분 내용을 이 사건 세무조사결과 통지 과정에서는 전달받지 못하였기에 결국 이는 이 사건 고문료와 관련한 피고 B세무서장의 과세처분에 대하여 과세전적부심사의 기회를 부여받지 못한 것이라는 취지로 주장한다.

        그러나 당초 이 사건 세무조사결과 통지 과정에서 일단 이 사건 고문료가 손금불산입으로 처리되어 그 소득처분이 ⁠‘상여’로 이루어져 원고에게 통지되었을 뿐만 아니라, 원고가 고문료를 지급할 당시 고문들의 지위에 비추어 볼 때 손금불산입으로 처리된 위 금원의 소득처분은 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 라목 소정의 ⁠‘기타소득’이 되어야 한다.

         결국 이 사건 세무조사결과 통지 과정에서 이 사건 고문료의 소득처분이 ⁠‘상여’로 기재되어 있었다고 하더라도, 이를 통해 원고가 위 금원 관련한 과세전적부심사 기회를 박탈당하였다고 보기는 어렵다. 즉, 원고 입장에서 이 사건 세무조사결과 통지 내용을 통해 과세관청의 손금부인 조치 등에 대해 충분히 과세전적부심사를 청구할 수 있었다고 보이며, 관련 금원의 소득처분이 ⁠‘상여’인지 ⁠‘기타소득’인지에 따라 원고의 과세전적부심사 청구 여부가 달리 결정될 이유도 없었다고 보인다. 이와 관련하여 원고는 반복하여 소득처분의 종류가 달라진 것을 문제 삼고 있으나, 위와 같은 통지 절차상의 문제점은 단지 이에 대한 소득금액변동통지의 하자를 다툴 때 의미가 있을 뿐, 이와 별개의 이 사건 거부처분의 절차상 하자 사유가 된다고 보기는 어렵다.

        (3) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

      나) 실체상 하자 주장에 관한 판단

        앞서 인정한 사실들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고가 고문 등의 위촉 및 운영에 관한 별도의 규정을 제대로 마련하지 않은 채 별다른 검증 과정 없이 대표이사 임의로 고문 등을 위촉하여 왔으며, 이 사건 규칙의 적용 대상이 아닌 고문의 경우 그 고문 위촉 경위가 제대로 확인되지도 않는 점, ② 구체적인 보수기준이 없었음에도 원고는 고문들에게 정기적으로 거액의 고문료를 지급하여 왔다고 보일 뿐이며, 해당 고문들이 구체적으로 수행한 업무 활동 내용은 제대로 확인되지 않는 점, ③ 원고 스스로 고문료 지급 등에 있어 문제가 있다는 점을 인식하고 있었던 것으로 보이는 점, ④ 원고는 이 사건 소송에서도 고문들이 사장 및 임원들에게 본인들의 전문성을 바탕으로 다양한 고문 활동을 수행해왔다고 주장하고 있으나, 거액의 고문료가 2013 내지 2015 사업연도에 지급된 것에 비해, 그와 대가관계 있는 구체적인 고문 활동 내용에 대해서는 ⁠‘경영자문사항’(갑 제51호증 참조)이라는 내용의 보고서 정도만을 제출하고 있을 뿐인 점 등을 종합하여 보면, 피고 B세무서장이 이 사건 고문료를 원고의 업무무관비용에 해당한다고 보아 이 사건 거부처분 과정에서 이를 손금불산입한 조치는 적법하고, 달리 위 금원이 원고의 사업상 필요에 따라 통상적인 범위 내에서 지출된 금원으로서 이를 손금에 산입해야 한다고 볼만한 합리적인 근거 내지 사정을 찾기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

      다) 소결론

        피고 B세무서장이 이 사건 고문료를 원고의 업무무관비용으로 보아 이를 손금불산입한 쟁점⑤ 부분 관련 과세조치에는 절차상·실체상 하자가 존재하지 않는다.

  바. 소결론(취소의 범위)

    1) 과세처분취소소송에 있어서 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누19496 판결 등 참조).

    2) 위와 같은 법리에 비추어 보면 이 사건 거부처분의 위법사유는 앞서 본 바와 같이 쟁점③, ④ 부분에만 한정되므로 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법하다고 보아야 하나, 변론종결 당시까지 제출된 자료에 의하면 이 사건 거부처분의 정당한 산출세액을 판단하기 어려워, 결국 ⁠[별지2] 목록 기재 이 사건 거부처분은 전부 취소되어야 한다.

5. 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소 청구 부분에 관한 판단

  원고는 쟁점 지원금 및 횡령금 관련 금원들에 대한 피고 A세무서장의 매입세액 불공제의 과세조치가 위법하다는 이유로, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 ⁠[별지3] 목록 ⁠‘정당세액’란 기재 금원을 초과하는 부분에 대한 취소를 구하고 있다. 따라서 아래에서는 각 쟁점 부분별로 원고가 주장하는 위법사유에 관해 판단한 뒤, 그에 따라 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소 범위에 대해 살펴보도록 한다.

  가. 쟁점 지원금 부분에 대한 판단

    1) 전제가 되는 사실관계

      가) 원고는 2013년부터 2015년까지 각 연도별로 원고의 노동조합과 임금협약을 체결하면서 사내협력사들에게도 생산장려금을 지급하는 내용의 협약도 체결하였다. 그에 따라 2013년도 및 2014년도에 사내협력사들에게 생산장려금 합계 125,895,548,402원을 지급하였다. 또한 2015년도에는 사내협력사들에게 위 생산장려금과 같은 성격인 경영위기극복격려금 27,892,344,933원을 지급하였다(이하 각 지급금원을 모두 합하여 ⁠‘이 사건 생산장려금’이라 한다).

      나) 원고는 2013년도부터 2015년도까지 사내협력사의 손실 발생 여부와 관계없이 사내협력사들의 경영활동 등을 지원해주기 위한 목적에서 공사대금 외의 금전[일명 ⁠‘컨틴전시(contingency)) 지원금’]을 사내협력사들에게 총 119,205,388,260원(이하 ⁠‘이 사건 특별지원금’이라 한다) 지급해주었으며, 같은 기간에 사내협력사들이 이 사건 생산장려금을 지급받게 됨에 따라 부담해야 하는 4대 보험료 증가분에 대한 지원금 명목으로 총 6,091,982,355원(이하 ⁠‘이 사건 부가지원금’이라 한다. 위 금원과 이 사건 생산장려금 및 특별지원금을 합한 금원이 앞서 ⁠‘1. 처분의 경위 등‘ 부분에서 본 ⁠‘이 사건 지원금’이다) 역시 지급해주었다.

      다) 원고는 2013 내지 2015 사업연도(2013년 1기부터 2015년 2기 부가가치세 과세기간) 기간에 이 사건 지원금 등을 용역대가인 공사대금에 포함하여 관련된 매입세액을 공제하고, 이를 손금에 산입한 후 부가가치세 및 법인세를 신고·납부하였다.

      라) OO지방국세청장은 이 사건 세무조사 결과, 원고가 사내협력사들에게 지급한 각종 지원금 중 복지지원 차원에서 지급된 금원(격려금, 식대지원금, 휴가비, 학자금)은 원고가 사내협력사들로부터 제공받은 용역과 계약상 직접적인 대가관계에 있다고 보이나 이 사건 지원금의 경우 직접적인 대가관계에 있다고 보기 어렵다는 이유로, 관련된 매입세액을 불공제하고, 이 사건 지원금을 법인세법상 접대비로 계상하여 과소신고된 부분에 대해 손금불산입한 뒤, 그에 따라 이 사건 부가가치세 부과처분 등을 할 예정이라는 세무조사결과 통지를 하였다.

      마) 원고는 이에 불복하여 2017. 7. 27. 과세전적부심사를 청구하였고, 국세청장은 2017. 10. 31. 이 사건 지원금을 손금불산입한 부분에 대해서는 ⁠‘동종업계 등에서도 사내협력사에게 유사한 지원금을 지급하고 있는 점 등에 비추어 보면 비용으로 보는 것이 상당하다’는 이유로 원고의 청구를 채택하였으나, 이 사건 부가가치세 부과처분 관련 원고의 청구는 불채택하였다.

      바) 피고 A세무서장은 이 사건 세무조사 결과에 따라 2017. 12. 14. 이 사건 지원금과 관련된 매입세액을 불공제한 뒤, 그에 따라 이 사건 부가가치세 부과처분을 하였다.

      사) 원고와 사내협력사들이 체결한 ⁠‘공사하도급 기본거래계약서 부속협약서’에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7, 42호증, 을가 제25, 32, 36호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

    2) 원고 주장의 요지

      원고는 사내협력사들과의 협력관계를 공고히 하고, 사내협력사의 경쟁력 제고 등을 위해 그동안 사내협력사에게 각종 지원금을 지급해 왔다. 이 사건 지원금 역시 원고가 위와 같은 차원에서 그 사업상의 필요에 따라 지출한 금원에 해당할 뿐만 아니라 사내협력사들이 제공하는 용역과도 대가관계가 인정된다.

      따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 이 사건 지원금이 원고의 사업과 관련 없이 지출되었다는 이유로 관련 매입세액을 불공제하여 이루어진 과세조치 부분은 위법하다.

    3) 판단

      가) 현행 부가가치세의 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다. 이러한 구조 하에서 구 부가가치세법(2015. 12. 15. 법률 제13556호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조는 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 제1항에서 ⁠‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될’ 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에 두는 한편, 같은 법 제39조 제1항 제4호에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ⁠‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 들고 있는데, 이는 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해된다(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 등 참조).

      따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없으나, 구 부가가치세법에서 말하는 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다.

      나) 위와 같은 법리에 비추어 앞서 인정한 사실들에다가 갑 제31, 32호증, 을가 제30 내지 36호증의 각 기재 및 증인 증언과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 지원금은 원고가 그 사업상의 필요에 따라 사내협력사들에게 지원한 금원으로서 사내협력사들로부터 지급받은 용역과 대가관계 역시 인정된다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 이와 다른 전제에 선 쟁점 지원금 부분 과세조치는 위법하고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

        ① 기본적으로 피고 A세무서장은, 이 사건 지원금에 대하여 원고가 법률상·계약상 그 지급의무가 없음에도 단지 원고 노동조합과 체결한 임금협상 결과에 부수하여 이 사건 지원금 중 특히 이 사건 생산장려금 등을 지급하였기에 이를 원고가 그 사업상의 필요에 따라 지급한 것으로 보기는 어렵다는 취지로 주장한다.

        그러나 앞서 본 원고와 사내협력사들 사이에 체결한 ⁠‘공사하도급 기본거래계약서 부속협약서’ 내용 등에 비추어 보더라도, 원고는 사내협력사들로부터 각종 용역을 제공받는 과정에서 그에 대한 대가로 단순히 용역대금만을 지급한 것이 아니라 그에 부수하여 사내협력사 직원들의 복지 향상을 위한 각종 지원금을 지급해 왔다고 보인다. 이는 위 부속협약서 등을 통해 충분히 원고와 사내협력사들 사이에 계약 내용으로 포섭되었다고 볼 수 있고, 그에 따라 원고가 각종 지원금에 대한 지급의무를 부담하거나 이를 근거로 하여 그와 같은 지출이 정당화될 수 있다고 볼 여지가 충분히 있다. 이와 같은 측면에서 원고가 작성한 내부 문서에 이 사건 지원금과 관련하여 ⁠‘은혜적으로 지급한다’는 등의 표현이 사용되었다고 하여 이를 원고가 사업상의 필요가 전혀 없음에도 특별한 이유도 없이 지출한 금원이라고 평가할 수는 없다.

        ② 이와 관련하여 피고 A세무서장은, 특히 이 사건 생산장려금의 경우에는 앞서 본 이 사건 상여금과 마찬가지로 원고의 경영실적에 따라 그 지급이 이루어지는 구조인데 만일 분식회계가 이루어지지 않았다면 그 지급조건이 충족되지 않아 애초에 지급이 이루어질 수 없었고, 결국 위 금원의 지급은 이 사건 상여금 지급과 마찬가지로 사회질서에 반하는 행위라고 주장한다.

        그러나 이 사건 상여금과 달리 이 사건 생산장려금 역시 피고 A세무서장의 주장처럼 반드시 원고의 경영실적에 따라 그 지급이 이루어지는 구조인지 여부가 제대로 확인되지 않는다. 오히려 관련 분식회계의 목적 등을 고려해 보더라도, 원고가 이 사건 지원금 등을 지급하기 위해 분식회계를 저지른 것은 아니었기에 단순히 분식회계가 이루어진 사업연도에 이 사건 지원금이 지출되었다는 사정만을 근거로 그 지출이 분식회계를 원인으로 한 사회질서에 반하는 행위에 해당한다고 볼 수는 없다.

        ③ 원고와 같은 동종 조선업계들은 사내협력사들에게 용역대가와 함께 각종 지원금을 관계 증진 등을 목적으로 지급해 왔고, 원고 역시 이 사건 지원금 중 이 사건 생산장려금은 각종 성과에 대한 보상 차원에서, 이 사건 특별지원금 및 부가지원금은 사내협력사 직원들의 복지 증진 등 차원에서 지급해 온 것으로 보인다. 이는 결국 원고와 사내협력사들 사이의 관계, 원고의 사업 목적 등을 고려할 때 충분히 사업관련성이 인정되는 지출로 평가될 수 있다.

        ④ 이 사건 지원금과 관련한 과세전적부심사 과정에서 국세청장은 이 사건 지원금에 대한 사업관련성을 인정하여 이를 법인세법상의 손금으로 인정해주었는데, 부가가치세법상의 관련 매입세액 공제 여부를 검토함에 있어 법인세법상 사업관련성이 인정된 금원에 대해 특별히 이와 달리 판단할 합리적인 근거 내지 사정을 피고 A세무서장이 제출한 자료 등을 통해 찾아볼 수도 없다.

        ⑤ 물론 원고가 사내협력사들에게 지급한 각종 지원금들의 지급 근거가 계약서 등을 통해 명확하게 나타나지는 않으나, 적어도 앞서 본 ① 내지 ④의 사정들에 비추어 볼 때, 원고는 사내협력사들로부터 각종 용역을 제공받는 과정에서 사업의 원활한 진행과 사내협력사와의 관계 증진을 위하여 매해 각종 지원금을 지원해왔으며, 사내협력사들 역시 그와 같은 지원이 이루어질 것으로 예상하면서 각종 용역을 제공해 왔다고 봄이 합리적이다. 결국 이 사건 지원금을 포함한 원고가 지급한 각종 지원금들은 사내협력사들이 제공한 용역과 그 대가관계 역시 인정된다.

  나. 쟁점 횡령금 부분에 대한 판단

   1) 전제가 되는 사실관계

      가) 주식회사 zzz(이하 ⁠‘zzz’라 한다)는 빌딩 및 각종 시설물 관리 용역업, 조경 관리업, 공동주택 관리업 등을 영위하는 법인으로서 원고의 자회사였으나 2017. 11. 10. 원고의 계열회사에서 제외되었다.

      나) 원고는 zzz에게 선주사 등이 거래를 위해 머물 때 필요한 숙소, 인력, 차량, 물품 등의 재화를 공급할 것을 위탁하였는데, zzz는 위 위탁업무를 수행하면서 원고로부터 그에 따른 수수료를 지급받아 왔다.

      다) zzz와 원고 사이의 선주사 부대비품 관련 위탁업무는, ① 원고가 선주사 등으로부터 필요 물품 등의 요청을 받아 zzz에게 공급요청을 하고, ② zzz가 납품업체를 물색하여 납품업체들과 물품공급계약을 체결하며, ③ 납품업체가 zzz를 통해 각 선주사 등에게 물품을 납품하고 원고로부터 입고확인을 받은 뒤 거래명세표를 작성하여 zzz에게 제출하고, ④ zzz가 거래명세표를 첨부하여 원고에게 수수료가 포함된 물품대금을 청구하면, 원고가 수수료가 포함된 물품대금을 zzz에게 지급하고, ⑤ zzz가 수수료를 자신이 수취하고, 물품대금을 각 납품업체에 지급하는 방식으로 진행되었다.

      라) 원고 소속 직원이었던 xxx는 시추선사업부 차장으로 2006년경부터 선주사 직원 및 파견 기술자의 부대비품 구매 및 숙소 제공 관련 자금 처리 업무를 수행하던 중 2015. 10. 31.에 퇴사하였다. 한편, 주식회사 엠**(이하 ⁠‘엠**’라 하며, 아래 xxx의 이 사건 횡령행위와 관련된 업체들을 합하여 ⁠‘엠** 등’이라 한다)는 문구류 판매 등의 목적으로 설립된 회사이다.

      마) xxx는 원고의 선주사 부대비품 구매와 관련한 업무를 처리하는 차장으로서의 임무에 위배하여, 아래 ⁠[표] 기재와 같은 방법으로 2008. 5. 31.경부터 2015. 10. 31.까지 수천 회에 걸쳐 최소 50억 원 이상의 재산상 이익을 취득하고, 원고에게 최소 50억 원 이상의 손해를 가하였다(이하 편의상 ⁠‘이 사건 횡령행위’¹⁴⁾라 한다).

      바) 원고는 2012년도부터 2015년도까지 xxx의 이 사건 횡령행위의 결과에 따라 허위로 작성된 공급가액 합계 19,339,162,503원(‘이 사건 횡령금’) 상당의 세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 zzz로부터 수취하였고, 각 과세기간별 부가가치세 신고 과정에서 관련 매입세액을 공제받았으며, zzz 역시 관련 부가가치세 매출세액을 신고·납부하였다.

      사) OO지방법원 B지원은 2017. 1. 3. 이 사건 횡령행위 등을 이유로, xxx에게 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)죄 등에 대한 유죄판결을 선고하였다[2016고합**)].

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7, 13호증, 을가 제38호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

   2) 원고 주장의 요지

      비록 원고와 zzz 사이의 거래가 이 사건 횡령행위를 통해 창출된 가공거래에 해당하고 그에 따라 이 사건 세금계산서가 허위세금계산서에 해당한다고 하더라도, 원고로서는 이 사건 세금계산서가 사실에 부합하는 것으로 믿었고, 실제 zzz 역시 이 사건 세금계산서 관련 부가가치세 매출세액을 적법하게 신고·납부하였다.

      따라서 원고 및 zzz에게 조세회피의 목적은 없었고 실제로 조세를 탈루하지 않았으므로, 이 경우 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당하지 않는다.

      결국 이와 다른 전제에서 피고 A세무서장이 원고에게 이 사건 부가가치세 부과처분을 하면서, 원고가 사기나 그 밖의 부정한 행위를 통해 이 사건 세금계산서 관련 매입세액 상당을 탈루하였다고 보아 2012년 1기 과세기간에 대해서는 10년의 부과체적기간을 적용하고, 2012년 1기부터 2015년 2기까지 과세기간에 대해 40%의 부당과소신고가산세를 적용한 과세조치 부분은 모두 위법하다.

   3) 판단

      가) 납세자가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당한다고 하여 10년의 부과제척기간을 적용하기 위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결, 대법원 2015. 2. 16. 선고 2014두42001 판결, 대법원 2017. 1. 12. 선고 2016두52811 판결 등 참조).

      한편, 구 국세기본법 제47조의3 제2항은 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준의 전부 또는 일부를 과소신고한 경우에는 과소신고납부세액의 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세(일명 ⁠‘부당과소신고가산세’)로 한다고 규정하고 있다. 그런데 구 국세기본법의 체계와 관련 규정 내용 및 그 형식 등에 비추어 보면, 위와 같이 구 국세기본법상의 부당과소신고가산세의 요건인 ⁠‘부정행위’ 역시 앞서 본 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 규정된 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위’와 같은 기준에 따라 판단되어야 한다고 봄이 타당하다

      나) 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발급된 허위의 세금계산서에 해당하는 것임은 앞서 본 바와 같다.

      그런데 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 zzz가 원고에게 발행한 이 사건 세금계산서 관련 매출세액을 부가가치세로 신고·납부하였고, 이에 대한 경정청구 등을 통해 당초 신고한 부가가치세액을 환급받으려는 시도를 하지 아니한 점, 원고 직원인 xxx가 개인적으로 원고의 자금을 착복할 목적에서 이 사건 횡령행위를 저질렀고, 그로 인하여 원고가 이 사건 세금계산서를 수취한 것으로 보이며, 그 밖에 이 사건 세금계산서상의 부가가치세 납세의무를 면탈함으로써 국가의 조세수입 감소가 발생하였다고 볼 만한 사정이 없는 점 등을 종합하면, 원고는 zzz가 원고로부터 지급받은 세액 전부를 매출세액으로 신고·납부할 것이라고 인식하고 있었던 것으로 봄이 상당하므로, 원고에게 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 보기 어렵다.

      이에 대하여 피고 A세무서장은, 원고가 xxx의 이 사건 횡령행위에 대한 관리·감독의무를 해태하였기에 이 경우 직원인 xxx의 위법행위를 법인인 원고의 행위와 동일하게 평가할 수 있다고 주장하나, 설령 원고가 xxx에 대한 관리·감독의무를 해태하였다고 하더라도, 이 경우 역시 납세자인 원고가 이 사건 세금계산서 관련 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있는지를 여부를 별도로 검토해야 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 원고에게 이에 대한 인식이 있다고 보기 어렵다. 또한 피고 A세무서장은 구 국세기본법상의 10년의 장기 부과제척기간 및 부당과소신고가산세의 요건으로서 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 대한 인식은 허위세금계산서를 통해 관련 매입세액을 공제받을 수 있다는 인식 정도만으로 충분하다고 주장하나, 위와 같은 주장은 결국 앞서 본 법리에 정면으로 배치되는 주장에 불과할 뿐이어서 받아들일 수 없다.

      다) 따라서 원고가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받았다고 볼 수 없으므로, 쟁점 횡령금 부분과 관련한 이 사건 부가가치세 부과처분의 경우 10년의 장기 부과제척기간 및 부당과소신고가산세가 적용될 수 없다. 결국 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

  다. 소결론(취소의 범위)

    원고가 주장하는 이 사건 부가가치세 부과처분의 위법사유들은 모두 인정되므로, 결국 원고가 구하는 바와 같이 이 사건 부가가치세 부과처분 중 ⁠[별지3] 목록 ⁠‘정당세액’란 기재 금원을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다.

6. 부당이득반환 청구 부분에 관한 판단

  가. 원고 주장의 요지

    피고 B세무서장은 원고가 정정공시 내용을 근거로 이 사건 경정청구를 하자 그중 일부를 받아들여 2017. 12. 15. 감액경정을 하였고, 2018. 8. 20.과 2019. 7. 12.에도 직권으로 일부 법인세를 취소하기도 하였다. 이러한 감액경정으로 감액된 세액은 구 국세기본법 제51조에 따라 즉시 환급해 주어야 함에도, 피고 B세무서장은 이 사건 거부처분 당시 원고가 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정된 것, 이하 ⁠‘개정 후 법인세법’이라 한다) 제58조의3에서 정하고 있는 ⁠‘사실과 다른 회계처리’로 인해 금융당국으로부터 제재조치를 받았다는 이유로 즉시 환급을 하지 않고 세액공제방식에 의한 경정을 하였다.

    그러나 이 사건 경정청구에 대하여 ⁠‘사실과 다른 회계처리로 인한 경정’에 따른 세액공제 규정(개정 전·후를 불문하고 이를 ⁠‘세액공제환급 규정’이라 한다)을 적용하기 위해서는 개정 후 법인세법이 아닌 그 이전의 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개정 전 법인세법’이라 한다) 제58조의3에서 정한 요건에 해당되어야 하고, 이 경우 경정청구 시에 금융당국의 제재조치가 있어야 하는데, 원고는 이 사건 경정청구 이후인 2017. 3. 8.에야 제재조치를 받았으므로, 피고 B세무서장은 감액된 세액을 세액공제가 아닌 즉시 환급을 해 주었어야 한다.

    따라서 피고 대한민국은 원고에게 부당이득의 반환으로서 이 사건 국세환급금 합계 236,997,957,583원 및 각 경정일까지 발생한 국세환급가산금과 경정일 이후에 발생하는 지연손해금을 모두 지급하여야 할 의무가 있다.

  나. 인정사실

    1) 원고의 분식회계 발각 경위 및 이 사건 경정청구 시점

      가) 원고가 2015. 8. 17. 2015년도 반기재무제표를 대규모 결손(영업손실 3조 1,998억 원, 당기순손실 2조 4,113억 원)으로 공시하자, 감사원¹⁵⁾은 해당 원인을 파악하기 위하여 2015. 10. 19.부터 2015. 12. 9.까지 원고의 최대주주인 **은행을 대상으로 원고에 대한 경영관리 감사를 실시하였다.

      나) 이후 감사원은 원고가 총 공사예정원가를 임의로 과소계상하여 공사진행률을 과다산정한 후 당기순이익을 과대계상한 사실을 확인하고, 2016. 1. 5. 그 사실을 금융감독원에 통보하였다.

      다) 금융감독원은 2015. 12. 10. 원고에 대한 심사감리에 착수하였고, 당초 2014년도 감사보고서를 대상으로 한 감리 및 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 위반 여부를 조사하다가, 2016. 3. 14. 정밀감리로 전환하면서 감리대상기간도 2013년도에서 2015년도로 3분기까지 확대하였고, 이후 2016. 6. 16. 2008년도부터 2009년도로 재차 대상기간을 확대하였다.

      라) 금융감독원이 위와 같이 정밀감리를 진행하고 있는 상황에서, 원고는 외부감사인의 권고에 따라 2013, 2014 사업연도 재무제표를 수정공시한 뒤, 2016. 6. 7. 피고 A세무서장을 상대로 위 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 등을 감액해달라는 이 사건 경정청구를 하였다.

      마) 이후 금융감독원의 정밀감리가 마무리됨에 따라 2017. 2. 23. 개최된 증권선물위원회 1차 회의에서는 원고의 2008년도부터 2016년도까지의 분식회계 규모를 확정하면서 원고에 대하여 과징금, 담당임원 해임 등의 제재를 의결하였고, 2017. 3. 24. 개최된 증권선물위원회 2차 회의에서는 원고의 외부감사인 및 그 소속 공인회계사에 대한 제재 조치를 의결하였다.

      바) 증권선물위원회는 2017. 3. 8. 원고에게 위와 같은 1차 회의 의결결과를 바탕으로 아래와 같은 내용의 조치 처분을 하였다.

    2) 이 사건 경정청구 전·후 원고의 검토 사항 등

      가) 원고는 2016년 3월경 위와 같은 재무제표 수정공시 및 금융감독원의 감리절차 진행에 따라 발생하게 될 각종 법률문제에 대해 법무법인 S에 자문을 구하였고, 법무법인 S은 2016. 3. 25. 및 2016. 3. 28. 관련 질의 사항에 대한 답변을 하였다.

      나) 원고는 이 사건 경정청구를 하고나서 국세청에 분식회계에 따른 경정청구의 경우 개정 전 법인세법 제58조의3이 적용되어 즉시 환급이 제한되는지에 관하여 질의하였고, 국세청장은 2016. 10. 18. 아래와 같이 답변하였다.

      다) 원고의 재무회계 담당부서는 2016. 5. 25. 아래와 같은 내용으로 이 사건 경정청구 추진 사항을 원고 대표자 등에게 보고하였다.

      라) 재무팀장 등으로 근무한 원고 임원은 이 사건 세무조사 당시인 2017. 4. 5. 이 사건 경정청구 경위 등에 대해 아래와 같이 답변하였다.

    3) 개정 전·후 법인세법의 비교 등

      가) 원고가 이 사건 경정청구를 할 당시 세액공제환급과 관련된 개정 전 법인세법 규정 내용은 아래 ⁠[표]와 같았고, 관련 요건이 충족될 경우 먼저 5년간 납부할 법인세액에서 경정청구 세액을 공제한 후, 5년 뒤 남은 세액을 일시 환급하는 구조였다.

      나) 피고 A세무서장은 이 사건 경정청구에 대해 2개월 내에 답변을 하지 않았고, 이후 2016. 12. 20.자로 세액공제환급 규정이 아래 ⁠[표]와 같이 개정되었다(시행일: 2017. 1. 1.). 그런데 개정 이후에는 관련 요건이 충족되면 과다납부한 사업연도마다 과다 납부한 세액의 100분의 20을 한도로 세액을 공제하고, 공제 후 남아 있는 과다 납부한 세액은 즉시 환급이 아닌 이후 사업연도에 이월하여 공제하게 된다.

      다) 피고 B세무서장은 2017. 12. 15. ⁠‘원고가 금융당국으로부터 분식회계를 이유로 제재 조치를 받았다’는 것을 사유로 하여, 이 사건 경정청구가 결국 개정 후 법인세법 제58조의3에 따른 경정청구에 해당한다는 이유로, 이 사건 감액경정 시 환급 부분을 즉시 환급하지 않고 세액공제 방식에 따라 경정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 34 내지 38, 45호증, 을가 제39 내지 44호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

  다. 판단

    1) 구 국세기본법 제51조 제1항 본문은 ⁠‘세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 세액이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다’고 규정하고 있다. 국세환급금에 관한 구 국세기본법 제51조 제1항은 이미 부당이득으로서 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액이 있는 때에는 국가가 납세자의 환급신청을 기다리지 않고 이를 즉시 반환하는 것이 정의와 공평에 합당하다는 법리를 선언한 것이다. 따라서 법인이 과다하게 신고·납부한 법인세에 대하여 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 따른 경정청구의 경우 그 과다신고·납부한 사실이 확인되는 때에는 과세관청은 감액경정 및 감액된 세액을 즉시 환급해주어야 한다.

    법인이 분식회계를 함으로써 부당한 혜택을 누린 후 그 회계처리의 오류 등을 이유로 경정청구를 하면서 관련 세액의 환급을 구하는 경우 이에 대한 제재는 필요하나, 한편으로 법인 경영자의 고의 또는 과실에 따른 분식회계로 발생한 피해를 다수의 선량한 주주들이 부담할 수 있다는 점도 고려하여야 한다. 이에 당초 개정 전 법인세법은 세액공제환급 규정에 따른 경정청구의 경우 그 경정청구는 허용하되, 이를 즉시 환급하지 아니하고 환급금 범위 안에서 5개 사업연도의 기간 동안 발생하는 법인세액에서 순차적으로 공제한 후 그 잔액이 있는 경우에만 환급을 하도록 규정하고 있었다. 이후 분식회계에 대한 제재를 강화하기 위하여 개정 후 법인세법은 분식회계로 인한 경정의 경우에는 세액공제 범위에 관하여 매년 과다납부한 세액의 20%를 한도로 정하고, 그 잔액을 환급하는 규정은 폐지하였다.

    2) 앞서 살펴본 사실관계 및 개정 전·후 법인세법 제58조의3 규정 등의 입법 취지 및 내용들을 종합하여 살펴보면, 과세관청이 ⁠‘사실과 다른 회계처리로 인한 경정’이라는 이유로 감액된 세액에 대하여 즉시 환급이 아닌 세액공제를 하기 위해서는 세액공제환급 규정에서 정한 금융당국의 제재조치에 관한 요건(이하 ⁠‘이 사건 제재요건’이라 한다)이 경정‘청구’ 시점에 충족되어야 한다. 따라서 과세관청의 경정‘결정’ 시점에 이 사건 제재요건이 충족되었다고 하더라도, 이를 이유로 구 국세기본법 제51조 제1항 본문 규정의 적용이 배제된다고 할 수 없고, 피고 대한민국이 주장하는 이 사건 경정청구의 특수한 사정들을 이유로 이 사건의 경우에만 그 예외를 인정할 수도 없다. 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있고, 그 구체적인 이유는 다음과 같다.

      가) 개정 전 법인세법 제58조의3 제1항은 ⁠‘내국법인이 제66조 제2항 제4호에 따른 경정을 받은 경우’에는 원칙적으로 세액공제 방식의 환급만이 가능하다고 규정하고 있고, 같은 법 제66조 제2항은 ⁠‘과세관청은 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 법인세의 과세표준과 세액을 경정해야 한다’고 하면서 같은 항 제4호에서 ⁠‘내국법인이 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 금융당국으로부터 제재 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 국세기본법 제45조의2에 따른 ⁠“경정을 청구”한 경우’를 경정사유의 하나로 규정하고 있다.

      이러한 문언의 체계 및 형식 등에 비추어 볼 때, 개정 전 법인세법 제58조의3 제1항 및 같은 법 제66조 제2항 제4호는 명백하게 이 사건 제재요건에 관하여 ⁠“경정을 청구”한 때로 명시하고 있어(‘사실과 다른 회계처리로 인한 제재조치’에 관한 내용은 제66조 제2항 본문이 아닌 제4호 부분에 명시되어 있다), 적어도 개정 전 법인세법에서는 제재조치를 받고 경정청구를 한 경우에만 세액공제환급 규정의 적용대상이 된다고 보아야 한다.

      나) 개정 후 법인세법 제58조의3 제1항은 ⁠‘내국법인이 이 사건 제재요건을 모두 충족하는 사실과 다른 회계처리를 하여 과세표준 및 세액을 과다하게 계상함으로써 국세기본법 제45조의2에 따라 경정을 청구하여 경정을 받은 경우’를 세액공제환급을 하여야 하는 경우로 규정하고 있다.

      이에 대하여 피고 대한민국은 적어도 개정 후 법인세법의 경우에는 ⁠“경정청구 시점”이 아닌 ⁠“경정을 받은 시점”에 제재조치가 이루어지면 충분하다고 주장한다. 그러나 개정 전·후의 법인세법을 비교해 보면, 개정 후 법인세법 제58조의3 제1항은 개정 전 법인세법 제58조의3 제1항 및 같은 법 제66조 제2항 제4호의 내용을 하나의 규정으로 합쳐 놓은 것이다. 피고 대한민국의 주장처럼 보려면 ⁠‘이 사건 제재요건을 충족하는 사실과 다른 회계처리를 하여 과세표준 및 세액을 과다하게 계상함으로써’라는 부분이 이후 나오는 ⁠‘경정을 청구하여’가 아닌 그 뒤에 나오는 ⁠‘경정을 받은 경우’를 수식하는 구조가 되어야 한다. 그러나 ⁠“···함으로써”라는 어휘는 뒤에 따라 나오는 행위의 원인이나 수단으로서 시간적으로 선행하는 행위를 나타낸다는 측면에 보면, 오히려 위 어휘 바로 다음에 나오는 ⁠‘경정을 청구하여’ 부분을 수식한다고 봄이 문언 해석에 보다 자연스럽다.

      다) 조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 그러나 조세법규의 문언 자체에 의하더라도 그 의미가 분명하지 아니하거나 외견상 법규 상호 간에 배치되거나 충돌하는 것처럼 보이는 경우 법원으로서는 당연히 법규 상호 간의 조화로운 해석을 통하여 문제가 되고 있는 문언의 진정한 의미를 밝혀내야 한다. 이 경우 법관은 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 법규의 합목적적 해석을 할 수 있음은 물론이다(대법원 2015. 4. 16. 선고 2011두5551 전원합의체 판결 참조). 위와 같은 법리에 비추어 보더라도, 세액공제환급 규정의 해석에 있어 적어도 제재조치 시점을 법인세법 개정 전·후에 따라 달리 보아야 할 합리적인 근거를 찾을 수 없다.

      피고 대한민국은, 개정 후 법인세법 부칙에서 ⁠‘개정 후 법인세법 제58조의3의 개정 규정은 이 법 시행 이후 경정하는 분부터 적용한다’고 규정하였고, 해당 문언에서 명시적으로 ⁠‘경정청구 시점’이 아닌 ⁠‘경정하는 분’이라고 되어 있어 이 사건 제재요건도 ⁠‘경정 시점’에 갖추면 될 것을 입법자가 예정한 것이라는 취지로 주장한다.

      그러나 위 부칙규정은 납세의무자가 아닌 과세관청의 행위를 기준으로 법률 규정의 시행일을 정하고 있는 것인데, 만일 피고 대한민국의 주장과 같이 관련 규정을 해석한다면 이는 부칙만을 근거로 세액공제환급 규정의 적용 요건에 관한 해석을 납세의무자에게 불리하게 소급 적용하는 것이어서 부당하다. 무엇보다 피고 대한민국의 주장처럼 본다면, 제재조치를 받지 않은 상태에서 이루어진 동일한 경정청구에 대해서도 과세관청이 언제 경정결정을 하느냐에 따라 세액공제환급 규정의 적용 여부가 달라져 불합리하고, 극단적으로는 과세관청이 납세자의 경정청구에 대하여 분식회계 여부를 검토한다는 이유로 경정을 미루다가 이후 금융당국의 협조를 통해 관련 제재조치가 이루어지게 한 후 경정을 한다면 ⁠‘사실과 다른 회계처리를 이유로 한 경정’의 경우에는 과세관청이 언제나 즉시 환급을 거절할 수 있게 되는 결과에 이르게 된다. 이는 개정 전·후를 불문하고 세액공제환급 규정을 도입한 취지는 동일하고, 다만 개정 후 법인세법에서는 그 공제범위 등을 달리함으로써 즉시 환급의 가능성이 더 낮아진 것에 불과하다는 측면과 아울러 경정청구에 대한 처리 시한을 기본적으로 2개월로 둔 구 국세기본법 제45조의2 제3항 규정 내용 등에 비추어 보더라도 받아들이기 어렵다.

      라) 원고가 이 사건 경정청구를 할 당시 금융당국의 제재조치가 없었던 것은 분명하다. 이후 피고 A세무서장이 이 사건 경정청구에 대해 2개월 내에 답변을 하지 않았고, 그 때까지도 금융당국의 제재조치는 없었다. 원고는 분식회계로 인해 과다 납부세액에 대해 그 당시 법인세법 등 관련 세법 규정들에 대한 법률적·경제적 검토를 거쳐 비록 경정청구로 인해 분식회계 사실이 밝혀지더라고 이를 환급받는 것이 유리하다는 판단에 따라 이 사건 경정청구를 하였다.

      이에 대하여 피고 대한민국은, 원고가 이미 금융당국의 감리조사 및 검찰의 분식회계 수사가 진행 중인 상황에서 세액공제환급 규정의 적용을 받지 않기 위해 이 사건 경정청구를 한 것이므로, 세액공제환급 규정의 입법 취지 등을 고려할 때 즉시 환급을 해주는 것은 불합리하다고 주장한다.

      그러나 앞서 본 바와 같이 세액공제환급 규정의 적용 여부를 판단함에 있어서 이 사건 제재요건은 개정 전·후를 불문하고 경정청구 시를 기준으로 하여야 하고, 납세의무자의 주관적인 사정을 이유로 그 적용 기준을 달리 볼 수는 없으며, 비록 금융당국의 제재조치가 확실한 상황에서 제재조치 전에 분식회계에 따른 사실과 다른 회계처리를 원인으로 경정청구를 하였다고 하더라도 분식회계에 대한 도덕적 비난과는 별개로 이는 합리적인 경제인이라면 그와 같이 행동하는 것이 당연하고, 금융당국으로부터 제재조치가 확실시된다는 불확실한 사정만을 이유로 법 적용 및 해석을 달리할 수는 없다.

  라. 소결론(부당이득 반환의 범위)

    1) 피고 B세무서장이 이 사건 감액경정 등을 함에 있어 이 사건 국세환급금에 대하여 개정 후 법인세법을 근거로 즉시 환급을 거절한 것은 위법하다.

    2) 따라서 피고 대한민국은 원고에게 부당이득의 반환으로서 이 사건 국세환급금 합계 236,997,957,583원 및 그 중 ① 피고 B세무서장의 2017. 12. 15.자 경정에 따라 발생한 국세환급금 235,026,554,847원에 대하여는, 국세기본법에 따른 국세환급금 이자율에 따라 이 사건 경정청구일 다음날인 2016. 6. 8.부터 2017. 3. 14.까지는 연 1.8%의, 그 다음날부터 2017. 12. 15.(이 사건 감액경정일)까지는 연 1.6%의 국세환급가산금을, 그 다음날부터 2018. 8. 8.(이 사건 소장 부본 송달일)까지는 민법이 정한 연 5%의, 그 다음날부터 2019. 5. 31.까지는 ｢소송촉진 등에 관한 특례법｣(이하 ⁠‘소송촉진법’이라 한다) 제3조 제1항, 구 소송촉진법 제3조 제1항 본문의 법정이율에 관한 규정(2019. 5. 21. 대통령령 제29768호로 개정되기 전의 것)이 정한 연 15%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을, ② 피고 B세무서장의 2018. 8. 20.자 경정에 따라 추가 발생한 국세환급금 1,758,164,891원에 대하여는 국세기본법에 따른 국세환급금 이자율에 따라 이 사건 경정청구 다음날인 2016. 6. 8.부터 2017. 3. 14.까지는 연 1.8%의, 그 다음날부터 2018. 3. 18.까지는 연 1.6%의, 그 다음날부터 2018. 8. 20.(직권 감액경정일)까지는 연 1.8%의 국세환급가산금을, 그 다음날부터 2020. 6. 23.(2020. 6. 22.자 청구취지 변경신청서 부본 송달일)까지는 민법이 정한 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을, ③ 피고 B세무서장의 2019. 7. 12.자 경정에 따라 추가 발생한 국세환급금 213,237,845원에 대하여는 국세기본법에 따른 국세환급금 이자율에 따라 이 사건 경정청구 다음날인 2016. 6. 8.부터 2017. 3. 14.까지는 연 1.8%의, 그 다음날부터 2018. 3. 18.까지는 연 1.6%의, 그 다음날부터 2019. 3. 19.까지는 연 1.8%의, 그 다음날부터 2019. 7. 12.(직권 감액경정일)까지는 연 2.1%의 국세환급가산금을, 그 다음날부터 2020. 6. 23.(2020. 6. 22.자 청구취지 변경신청서 부본 송달일)까지는 민법이 정한 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

7. 결론

  이 사건 소 중 피고 A세무서장을 주위적 피고로 한 이 사건 간주 거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 피고들에 대한 각 나머지 청구는 이유 있어 모두 인용한다.

  다만, 소송비용의 부담과 관련하여, 원고가 피고 B세무서장을 상대로 하여 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 부분은 해당 처분의 경위, 원고의 실질적 승소 범위, 이 사건 거부처분 위법사유의 정도와 범위, 소송의 경과, 증거관계 등에 비추어, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제98조, 제99조에 따라 원고와 피고 B세무서장이 소송비용의 일부씩 분담하기로 하는 등 소송총비용의 분담비율을 정하기로 하며, 나머지 부분은 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제98조에 따라 정하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 참고로 총 공사진행률은 ⁠‘해당 사업연도말까지 발생한 총 공사비 누적액 ÷ 총 공사예정비’로 계산된다.

2) 보다 구체적으로는, 2014 사업연도 법인세 부분의 경우 원고가 결손금을 595,941,183,676원으로 늘려달라는 취지로 경정청구를 하였다. 한편, 이 사건 경정청구 과정에서 원고는 2015 사업연도 법인세 부분의 경우 결손금 16,157,527,877원을 과소신고하였다는 취지로 그에 대한 경정청구를 함께 하였는데, 해당 부분에 대해서는 예비적 피고 B세무서장이 2017. 12. 15. 아래에서 살펴볼 이 사건 감액경정 과정에서 이를 반영해 주었다.

3) 원고는 2013, 2014 사업연도 농어촌특별세는 0원으로 경정해달라는 내용의 경정청구를 하였고, 농어촌특별세는 조세특례제한법 등에 따라 감면을 받는 법인세액의 20%를 그 세액으로 하는데, 이 사건 경정청구가 모두 인용되는 경우에는 관련 법인세 감면세액이 발생하지 않기에 위 각 사업연도의 농어촌특별세는 발생하지 않게 된다(원고의 2020. 6. 22.자 청구취지변경 신청서상의 첨부자료 참조).

4) 이 사건 거부처분의 구체적인 내용은, 2013 사업연도 법인세 경정거부처분 및 결손금 감액경정처분, 농어촌특별세 경정거부처분과 2014 사업연도 법인세 결손금 증액경정거부처분이다.

5) 쟁점① 내지 ⑤ 부분 관련 금원들의 구체적인 익금산입의 내용은 아래 ⁠‘4. 이 사건 거부처분의 취소 청구 부분에 관한 판단’ 부분에서 살펴보기로 한다.

6) 그 밖의 익금산입 내역은 논의의 편의상 생략한다.

7) 당사자들 모두 해당 금원 합계액을 ⁠‘278,905,264,101원’이라고 주장하나, 정확한 합계액은 ⁠‘279,085,264,010원’이다.

8) 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분에 적용되는 국세기본법에 다소 차이가 있으나, 이 사건의 쟁점을 판단하는데 있어 적용될 각 법령의 내용상 차이는 크지 않아 마지막 부과처분[2015년 2기 부가가치세(가산세 포함) 부과처분]에 적용되는 구 국세기본법을 기준으로 적시하였다. 아래 ⁠‘5. 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소 청구 부분에 관한 판단’ 부분에서 적시하는 구 부가가치세법 역시 마찬가지이다.

9) 참고로 피고 A세무서장은 2013년 1기 및 2기 중에 지급된 이 사건 지원금 중 협력업체들이 부가가치세를 신고·납부한 부분에 관하여는 비록 거래상대방에게 지급한 금액이 실제로는 용역의 공급대가가 아니더라도, 그 거래상대방이 그에 대하여 매출세액을 신고·납부한 경우에는 매입세액 공제를 허용하는 구 부가가치세법(2014. 1. 1. 법률 제12167호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제3호 및 구 부가가치세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25196호로 개정되기 전의 것) 제76조에 근거하여 해당 매입세액 공제를 다시 허용해주었고, 그에 따라 관련 세액을 직권으로 취소·환급해주었다. 다만, 위 관련 규정은 2014. 1. 1. 부가가치세법 개정으로 삭제되었다.

10) 피고 A세무서장은 원고가 이 사건 간주 거부처분의 취소를 구하는 부분 중 피고 B세무서장이 세액을 감액하되 다만 세액공제의 방식으로 경정하기로 한 부분에 대해 그 취소를 구하는 것은 결국 감액된 세액에 관한 취소를 구하는 것에 불과하여 소의 이익이 없다(대법원 1982. 11. 23. 선고 81누393 판결)는 취지로도 주장한다. 그러나 원고는 피고 B세무서장이 세액공제 방식으로 경정해준 부분에 대해 직접 피고 대한민국을 상대로 이에 대한 부당이득반환청구를 구하고 있으므로, 원고가 이 사건 간주 거부처분 내지 이 사건 거부처분과 관련하여 세액공제의 방식으로 경정해준 부분에 대해 그 취소를 구하고 있다고 보기는 어렵다.

11) 이 사건 거부처분 관련 위법사유를 판담함에 있어서 정확히는 2015 사업연도와 관련된 익금산입 조치 내역은 관련성이 없으나, 논의의 편의상 관련 부분을 포함하여 아래 각 쟁점별 사실관계 등을 판단하기로 한다. 한편, 관련 법인세법은 2014 사업연도에 적용되는 구 법인세법을 기준으로 적시한다.

12) 조선사가 선박을 발주하는 선주의 요구에 따라 선박건조대금 가운데 일부를 선주에게 리베이트로 돌려주는 것을 의미한다.

13) 문답서 내용 중 일부만을 발췌하여 수정하여 기재한다. 이하 같다.

14) 보다 정확히는 배임행위에 해당하나, 논의의 편의상 횡령행위라고 칭하기로 한다.

15) 논의의 편의상 행정청 자체를 행위 주체로 표시하였다. 금융감독원 역시 마찬가지이다.

출처 : 서울행정법원 2020. 11. 27. 선고 서울행정법원 2018구합72307 판결 | 국세법령정보시스템