요지

원고의 수기메모에 이 사건 의원 매출내역이 정확히 작성되어 있어 기재된 금액 총액은 매출누락액으로 본 이 사건 처분은 적법하고, 원고 주장의 부외원가인 고용의 인건비는 의료법위반 범행 대가가 포함되어 있으며, 광고대행용역비, 직원 상여금 등은 객관적인 증빙없는 금액으로 필요경비로 인정하기 어려움

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 201x. 10. 6. 원고에 대하여 한 201x년 종합소득세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 201x. 10. 6. 원고에 대하여 한 별지 1 처분 목록 기재 각 종합소득세 및 부가가치세(각 가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 2010. 4. 1.경부터 2015. 7. 25.경까지 서울 00구 00동 xxx-24에서 ⁠‘A의원’이라는 상호로 의원(이하 ⁠‘이 사건 의원’이라 한다)을 운영하였다.

  나. 경찰청 지능범죄수사과는 201x. 11.경 원고의 보건범죄단속에관한특별조치법위반(부정의료업자) 혐의에 관하여 수사를 진행하면서 이 사건 의원과 원고의 자택을 압수수색한 결과, ① 이 사건 의원의 매출관리업무를 담당한 직원 김BB이 201x. 1.경부터 201x. 5.경까지 이 사건 의원의 월별 매출 내역을 기록한 메모(이하 ⁠‘이 사건 메모’라 한다)와 ② 원고가 누나이자 이 사건 의원의 총괄실장으로서 회계·자금 관리업무를 담당한 김CC과 2013. 12. 5.부터 2014. 1. 9.까지 주고받은 카카오톡 메시지(이하 ⁠‘이 사건 메시지’라 하고, 위 이 사건 메모와 함께 ⁠‘이 사건 장부’라 통칭한다)를 각 압수하였다.

  다. 피고는 201x. 2. 15.부터 10. 10.까지 원고에 대한 종합소득세 통합조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 후, 이 사건 장부에 ⁠“뺀” 및 ⁠“매”로 각 표시되어 있는 금액의 합계액에서 종래 원고가 신고한 수입금액을 차감한 나머지 x,xxx,xxx,xxx원(201x년 귀속분 x,xxx,xxx,xxx원, 201x년 귀속분 x,xxx,xxx,xxx원)을 누락 매출액으로 보아, 201x. 10. 6. 원고에 대하여 별지 1 처분 목록 기재와 같이 종합소득세 및 부가가치세 합계 x,xxx,xxx,xxx원(각 가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).

  라. 원고는 이에 불복하여 201x. 1. 5. 이의신청을 거쳐 201x. 5. 12. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 201x. 10. 24. 기각되었다.

  마. 한편, 피고는 원고를 ⁠‘사기 그 밖의 부정한 행위로써 종합소득세 및 부가가치세를 포탈하였다’는 혐의로 고발하였고, 서울중앙지방검찰청은 수사를 거쳐 201x. 5. 24. 원고를 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세) 등으로 공소제기하였다(서울중앙지방법원 201x고합xxx, 이하 ⁠‘관련 형사사건’이라 한다).

  [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 8, 9호증, 을 제1, 5호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

  1) 세무조사 절차상 위법

  이 사건 세무조사는, 피고가 조사중지를 통지하면서 그 조사중지의 시작일을 통지일 이전의 날짜로 소급하여 기재하는 바람에 결과적으로 그 소급한 기간만큼 세무조사 기간이 연장되는 효과가 발생한 점, 조사중지 기간 중 원고 및 원고의 가족들에 대한 금융계좌정보 제공요청이 이루어지는 등 실질적인 조사가 이루어진 점 등 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의8 제1항, 제4항, 제6항, 제7항을 위반하여 이루어졌는바, 하자있는 세무조사에 기한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

  2) 누락 매출액 산정의 위법

  이 사건 장부에는 ⁠“뺀”, ⁠“매”라는 표시가 있을 뿐, 위 각 표시에 해당하는 금액이 누락된 매출액임을 추단할 수 있는 아무런 근거가 없음에도, 위와 같이 표시된 금액을 모두 누락 매출액으로 인정하는 것은 부당하다. 뺀 금액은 환불액·결제취소액·무료시술액·할인액·인센티브 지급액 등 매출액에 해당하지 않는 부분이고, 관련 형사사건에서 검사도 뺀 금액이 아니라 매 금액만을 누락 매출액으로 보아 두 차례 공소장 변경을 하였고, 그 결과 포탈세액이 합계 xxx,xxx,xxx원으로 감축되어 유죄로 인정되었다.

  3) 부가가치세액 산정의 위법

  원고는 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하면서 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 과세매출 및 면세매출의 비율에 따라 안분하여 부가가치세를 신고하여 왔는바, 피고는 아무런 합리적 근거 없이 자의적으로 산정한 과·면세매출 비율을 적용하여 공통 매입세액을 산출하였다.

  4) 누락 매출액에 대응하는 필요경비 불인정의 위법

  원고는 이 사건 의원의 운영과 관련하여 201x년 합계 xxx,xxx,xxx원(= 봉직의 인건비 xxx,xxx,xxx원 + 광고대행 용역비 xxx,xxx,xxx원 + 김CC 상여금 xxx,xxx,xxx원), 201x년 합계 xxx,xxx,xxx원(봉직의 인건비)의 부외비용을 지출하였는바, 이는 종합소득세 산정 시 필요경비로 인정되어야 한다.

  나. 관계 법령

  별지 2 기재와 같다.

  다. 판단

  1) 세무조사 절차상 위법 주장에 관하여

  가) 관련 규정 및 법리

  구 국세기본법 제81조의8에 따르면, 세무공무원은 납세자가 장부·서류 등을 은닉하거나 그 제출을 지연 또는 거부한 경우 등 같은 법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28644호로 개정되기 전의 것) 제63조의10이 정한 사유가 있으면, 세무조사를 중지할 수 있고(제4항), 세무조사 중지사유가 소멸하게 되면 즉시 조사를 재개하여야 하며(제5항), 세무조사 기간을 연장하거나 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우에는 그 사유를 문서로 통지하여야 한다(제6항). 세무공무원은 세무조사의 중지기간 중에는 납세자에 대하여 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 질문을 하거나 장부 등의 검사·조사 또는 그 제출을 요구할 수 없다¹⁾.

  구 국세세기본법에 의한 ⁠‘세무조사’는 질문·조사권의 행사로서 상대방이 ⁠‘납세의무자나 관계인’인 반면,「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」제4조 제1항 제2호에 따른 ⁠‘금융거래정보 제공요구’는 그 상대방이 납세의무자나 관계인이 아니라 ⁠‘금융회사 등’이다. 금융회사 등에 대한 금융거래정보 제공요구는 납세의무자나 그 관계인에게 질문을 하거나 그 보유 장부 등을 검사·조사 또는 그 제출을 명하는 것에 해당하지 아니하고, 납세의무자에게 수인의무를 부과하거나 납세의무자의 영업의 자유 등을 침해하는 것도 아니어서, 그 실질을 납세의무자 등에 대한 자료 제출 요구와 동일하게 볼 수 없는바, 금융실명법 제4조 제1항 제2호에 따른 금융거래정보 제공요구가 국세기본법 등에 의한 세무조사에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두42255 판결 참조).

  나) 인정사실

  (1) 피고는 당초 조사기간을 201x. 2. 15.부터 201x. 3. 5.까지(20일)로 정하여 원고에게 세무조사의 취지를 통지하였는데, 그 후 ⁠‘원고의 질병, 장기출장 등 조사 곤란’을 이유로 한 6차례의 조사중지(그 중 2차례는 원고의 신청으로 중지되었다), 구 국세기본법 제81조의8 제1항 제1호의 ⁠‘장부서류 등 은닉 및 제출 지연·거부 등 조사 기피’를 이유로 한 1차례의 조사기간 연장을 거쳐, 이 사건 세무조사의 기간이 최종적으로 201x. 10. 10.까지 연장되었다.

  (2) 피고는 1차 조사중지의 경우 원고에게 ⁠‘조사중지의 시작일’로부터 길게는 열흘 만에 조사중지 통지를 하였고, 4차 조사중지의 경우에는 그 통지 여부나 통지일자를 확인할 수 있는 객관적인 자료가 없다. 또한 3차로 중지된 조사를 재개하면서 그 취지를 원고에게 통지하였다고 볼 만한 객관적인 자료도 없다(피고가 이 사건 세무조사 전후로 그 절차의 중지와 재개, 범위확대, 기간연장 등과 관련하여 원고에게 한 각종 통지의 구체적 내역은 아래 표 기재와 같다).

  (3) 피고는 이 사건 세무조사 속행 또는 중지 중 국민은행, 하나은행, 강동농협, 키움증권에 대하여 원고 및 그 가족들에 대한 금융거래정보를 요구하였고(이하 ⁠‘이 사건 각 금융거래정보 제공요구’라 한다), 위 각 금융기관은 아래 표 기재와 같이 관련 금융거래정보를 피고에게 제공하였다.

  위 각 금융거래정보 제공회신 중 순번 1, 2는 2차 조사재개 후 3차 조사중지 전인 201x. 5. 11.에 한 금융거래정보 요구에 대한 회신이고, 순번 3은 정보제공 요구한 예금계좌 중 일부가 누락되어 201x. 8. 11.에 추가한 보완요청에 대한 회신이며, 순번 4 내지 7은 국세징수법 제24조 제2항에 따라 압류할 재산을 확인하기 위해 금융거래내역이 아닌 잔액에 관한 정보제공 요구에 대한 회신이다.

  [인정근거] 갑 제2, 65, 66호증, 을 제9, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

  다) 구체적 판단

  앞서 인정한 사실을 관련 규정 및 법리에 비추어 보면, 이 사건 각 금융거래정보 제공요구는 세무조사라고 볼 수 없어 그것이 이 사건 세무조사의 중지기간에 행해졌는지 여부와 무관하게 위법한 것이라고 할 수 없다. 다만, 피고가 조사중지 통지를 즉시 하지 않은 것이나 일부 조사중지 또는 재개 통지가 누락된 것은 아닌지 의심이 가는 부분과 관련하여, 구 국세기본법 제81조의8 위반의 취소사유가 있는지 문제된다. 그러나 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 사정 즉, 원고가 이 사건 세무조사 시 질병·장기출장 등의 사유로 의도적으로 조사를 기피하여 조사가 여러 차례 중지되었다가 다시 재개되고 연장되기에 이른 점, 구 국세기본법 제81조의8 제6항은 ⁠‘세무조사를 중지하는 경우 그 사유를 문서로 통지하여야 한다.’고만 규정하고 있을 뿐, 그 중지통지의 기한을 규정하고 있지는 않은 점(이 사건 세무조사 전에 시행되던 ⁠‘세무조사 관리지침’ 역시 마찬가지였다가 2017. 5.경 조사중지 개시일까지 중지사유와 중지기간을 통지하도록 개정되었다) 등에 비추어 보면, 설령 이 사건 세무조사에 위와 같은 절차상 하자가 있다고 하더라도 그 위법의 정도가 취소사유에 해당할 정도에 이른다고 보기는 어렵다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

  2) 누락 매출액 산정의 위법 주장에 관하여

  가) 관련 법리

  일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조).

  나) 인정사실

  (1) 이 사건 메모에는 이 사건 의원의 월별·층별(x층-쁘띠, x층-피부, x층-제모, x층-성형) 매출로 추정되는 수치를 1만 원 단위로 정리하여 둔 내용과 함께 다음과 같은 기재가 있다.

  (2) 김BB이 원고 및 김CC에게 매출 보고를 위해 작성한 것으로 보이는 이 사건 메모와 김CC이 원고에게 보낸 이 사건 메시지 중 중복된 기간인 201x년 12월분의 내용[매 금액 합계액(xxx,xxx,xxx원), 뺀 금액 합계액(xxx,xxx,xxx원), 그 합계액을 의미하는 ⁠‘토탈’(x,xxx,xxx,xxx원)]이 서로 모두 일치한다.

  (3) 이 사건 메시지 중에는 뺀 금액과 별도로 ⁠‘고객환불금액’을 기재한 내용이 포함되어 있다(201x. 12. 12. 발송 메시지 등).

  (4) 관련 형사사건에서 검사는, 최초 공소제기 시에는 뺀 금액과 매 금액을 모두 누락 매출액이라고 보았으나, 그 후 공판기일에서 ⁠‘201x년의 매 금액’만을 기준으로 하여 포탈세액을 산정하고 나머지(201x년분 및 뺀 금액)에 대한 공소를 취소하는 취지의 공소장변경허가신청을 하였으며, 관련 형사사건 법원은 이를 허가한 후 ⁠‘201x년 매 금액’이 누락매출이라는 점이 합리적 의심의 여지없이 충분히 증명되었다고 보아 201x. 7. 5. 유죄판결을 선고하였다.

  [인정근거] 갑 제4, 5, 6, 8, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

  다) 구체적 판단

  위 인정사실과 앞서 든 증거들 및 을 제4호증의 기재를 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 이 사건 장부에 기재된 매 금액뿐 아니라 뺀 금액 역시 이 사건 의원의 누락 매출이라고 본 것은 정당하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

  (1) 이 사건 메모와 이 사건 메시지는 그 내용이 서로 정확하게 일치하고, 외형상 이 사건 의원의 매출 내역이 사실 그대로 꼼꼼하게 작성된 것으로 보여 그 신빙성이 매우 높은 반면, 이 사건 의원의 매출액을 확인할 수 있는 다른 객관적인 자료는 없다.

  (2) 원고는 뺀 금액을 매 금액과 합산하여 그 총액을 파악·관리하여 왔고, 특히 ⁠‘뺀’이라는 단어 하나도 외부에 유출되지 않도록 각별히 유의해 왔다. 원고 주장과 같이 그 뺀 금액이 환불금액이나 현금할인, 무료시술 등 실제로는 그 대금이 이 사건 의원에 지급되지 않은 부분이고, 단지 소속 직원들에게 그러한 매출도 포함시켜 그 일정 비율(%)을 인센티브로 지급하기 위해 산정한 것에 불과하다면, 굳이 뺀 금액이 외부에 유출되지 않도록 특별한 주의를 기울이지는 않았을 것으로 보인다. 또한, 특정일자에는 뺀 금액이 당일 매출의 80%에 달하는 경우도 있었다. 이러한 사정들에 비추어 원고의 위 주장은 경험칙상 쉽게 수긍할 수 없다. 오히려 뺀 금액은 그 문언상 의미와 같이 전체 진료비 수입 중 신용카드 결제분과 계좌 입금분을 빼고 현금으로 수납된 금액을 표현한 것으로 보는 것이 자연스럽다.

  (3) 원고는 뺀 금액과 별도로 고객환불금액을 산정·관리해 왔으므로, 뺀 금액 중에 환불금액이 포함되어 있다는 주장은 더욱 받아들일 수 없다.

  (4) 관련 형사사건의 수사과정에서 원고 및 그 가족들의 계좌에 분산 보관되어 있는 것으로 확인된 현금 xx억 원 상당의 개별 입금 내역(을 제4호증) 중에는 이 사건 의원의 201x년, 201x년 매출과 시기적으로 무관하거나 원고의 가족들의 개인적인 거래라고 볼 만한 부분도 포함되어 있는 것이 사실이나, 앞서 본 바와 같은 이유에서 이 사건 장부에 기재된 뺀 금액이 누락 매출에 해당한다는 점이 경험칙상 강하게 추정되는 이상, 피고가 반드시 누락매출 전부가 입금된 차명 계좌의 존재를 모두 증명하여야 하는 것은 아니다.

  (5) 관련 형사사건에서, 검사가 누락매출액 산정 시 뺀 금액을 제외하는 취지로 공소장변경허가신청을 하였고, 법원이 이를 허가하여 매 금액만을 누락 매출액으로 보아 유죄판결을 선고하였다고 하더라도, 그러한 검사의 공소장변경조치는 해당 부분에 대한 조세포탈 혐의가 형사법적으로 보았을 때 합리적 의심의 여지가 없을 정도로 충분히 증명되지 않았다는 수사기관의 판단에서 비롯된 것이므로, 판단 대상이나 증명의 책임·정도 등을 달리하는 행정재판이 위 검사의 조치에 구속될 것이 아니다(오히려 법원은 여러 사정을 들며 ⁠‘검사가 최초 공소 제기한 바와 같이 뺀 금액에 현금매출 누락 부분도 상당 부분 포함되어 있는 것이 아닌가 하는 의심이 든다.’고 판시하였다).

  3) 부가가치세액 산정의 위법 주장에 관하여

  살피건대, 갑 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 누락 매출액에 대하여 부가가치세액을 산출함에 있어, 201x년 귀속분의 경우 원고가 종합소득세 신고 시 제출한 계정별원장의 진료비 수입금액에 구분하여 기재된 과·면세매출 비율(월 평균 과세비율 5.16%)을 기준으로 공통 매입세액을 안분 계산하였고, 201x년 귀속분(1월분에 한함)의 경우 계정별원장에 과·면세매출 비율이 구분되어 있지 않아 201x년 귀속분의 과세비율을 준용하여 계산한 사실이 인정되는바, 이러한 피고의 부가가치세액 산정 근거와 방법은 합리적인 것으로 인정할 수 있고 여기에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다(원고는 피고의 산정 근거가 어떠한 점에서 자의적이고 위법한지에 관하여 구체적으로 주장하고 있지도 않다). 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

  4) 누락 매출액에 대응하는 필요경비 불인정의 위법 주장에 관하여

  가) 관련 규정 및 법리

  소득세법 제27조 제1항은 ⁠‘사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.’고 규정하고 있고, 그 제3항의 위임에 따른 소득세법 시행령 제55조 제1항 제6호는 ⁠‘종업원의 급여’를 사업소득의 필요경비 중 하나로 규정하고 있다. 여기서 말하는 ⁠‘일반적으로 용인되는 통상적인 것’이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 사업자도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하는바, 특별한 사정이 없는 한 사회질서를 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외된다.

  한편 매출누락분에 대하여 실지조사결정에 의하여 과세처분을 할 경우에 매출 누락분에 대응하는 필요경비가 존재한다는 점에 대하여는 납세의무자가 주장·증명하여야 한다(대법원 2003. 12. 12. 선고 2002두12786 판결 등 참조).

  나) 구체적 판단

  (1) 필요경비로 인정되지 않는 부분

  다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 주장하는 봉직의 인건비(후술하는 천00, 권00 부분 제외), 광고대행 용역비, 김CC에 대한 상여금을 누락 매출액에 대응하는 필요경비로 인정하기 어렵다.

  (가) 봉직의 인건비

  원고는 이 부분 증거로써 프리랜서 전속계약서나 현금수령증, 이메일 내역, 해당 의사 등 직원의 수사기관에서의 진술이 기재된 각 진술조서 등을 제출하였으나, 출근부, 근무일지 등이 기록된 원시장부, 입·출금 금융거래내역 등 객관적이고도 신뢰할 수 있는 자료가 없는 이상, 당사자들이 얼마든지 임의로 작성·진술할 수 있는 위와 같은 증거들만으로는 원고가 주장하는 인건비 상당액을 필요경비로 인정하기 어렵다.

  특히 문00, 김EE(이하 ⁠‘문00 등’이라 한다)에 대하여 지급된 인건비의 경우, 갑 제24, 44, 69 내지 71호증의 각 기재에 의하면, 문00 등이 원고의 의료법위반 범행⁷⁾에 가담하여 이00과 함께 수술실에 들어가 이00이 소위 이 사건 의원 스타일의 성형수술을 하는 데에 참여하였고, 그로 인해 서울중앙지방검찰청으로부터 각 기소유예 처분을 받은 사실, 김EE은 원고에게 의료법상 무자격자인 이00을 소개하기도 한 사실을 각 인정할 수 있는바, 원고가 문00 등에게 인건비 명목으로 지급한 비용에는 위 의료법위반 범행에 따른 대가도 일부 포함되어 있다고 보이고, 그 비용은 국민의 생명·건강권을 심히 위협하는 사회질서를 위반하는 행위의 대가로 지출된 것이라고 봄이 상당하다. 문00 등에게 지급된 인건비 중 위 의료법위반 범행에 따른 대가와 적법한 의료행위에 대한 대가가 명확하게 구별되지 않는 이상, 원고에게 불리하게 그 인건비 전체를 필요경비에서 제외할 수밖에 없다.

  (나) 광고대행 용역비

  원고는 이 부분 증거로써 김FF과 작성하였다는 ⁠‘블로그&카페 광고 대행 계약서’ 및 김FF로부터 징구하였다는 ⁠‘영수증’, 관련 형사사건의 항소심에서 김FF이 증인으로 출석하여 한 진술이 기재된 녹취서 등을 각 제출하였으나, 위 각 증거 역시 다른 객관적인 증빙 없이 이를 그대로 믿을 수는 없으므로, 필요경비로 인정하기 어렵다.

  (다) 김CC에 대한 상여금

  원고 스스로도 김CC에 대하여 지급된 상여금이 얼마인지 정확하게 특정하지 못한 채 단지 ⁠‘합계 3억 원 정도일 것으로 생각된다. 김CC이 201x년경 매수한 00시 소재 2개의 아파트(삼성아파트, 청구아파트)는 상여금을 재원으로 하여 매수한 것이 분명하다.’라는 취지로 주장하는바, 갑 제12호증의 기재에 의하면 김CC이 201x. 7. 16.과 201x. 9. 30. 각각 00시 00동 소재 ⁠‘00청구아파트’와 ⁠‘삼성아파트’를 매수한 사실은 인정되나, 을 제6, 7, 8호증의 각 기재 및 증인 김CC의 일부 증언에 의하면, 당시 김CC에게는 00시 00면 00리 소재 빌라 매매 수익 및 이 사건 의원의 급여 수익, 개입사업체인 ⁠‘GG코리아’(광고대행), ⁠‘HH’(음식점)의 운영 수익 등 다른 수입원이 존재하였고, 그로 인한 수익금으로 위 각 아파트를 매수하였을 개연성도 상당한바, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 김CC에게 xxx,xxx,xxx원의 상여금을 지급하였고 그것이 누락 매출액에 대응하는 필요경비인 사실이 증명되었다고 보기 어렵다.

  (2) 필요경비로 인정되는 부분[천00, 권00(x00만 원에 한함)에 대한 각 인건비]

  (가) 갑 제52 내지 60호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 201x년에 천00, 권00에게 인건비를 지급하면서 그 중 3%에 해당하는 사업소득세를 원천징수하여 피고에게 납부한 사실, 원고가 천00과는 4대 보험을 가입하지 않는 대신에 천00이 지역가입자로서 부담하여야 할 건강보험료 상당액을 급여에 추가하여 지급해 주기로 약정하고, 권00과는 인건비 중 일부를 현금으로 지급해 주기로 약정한 사실, 원고가 201x년에 천00, 권00과의 위 각 약정에 따라 추가 인건비 명목으로 천00에게 xxx,xxx원을, 권00에게 x00만 원을 각 현금으로 지급한 사실을 인정할 수 있는바(원고는 201x. 10. 5. 권00에게 x00만 원을 더 지급하였다고 주장하나, 이를 인정할 만한 증거가 없다), 위 각 비용의 경우에는 그 지출 여부와 액수 및 용도가 충분히 객관적으로 증명되었고, 고용계약의 내용에 따라 근로제공의 대가로 지급된 것이라는 점에서 그 실질이 소득세법 시행령 제55조 제1항 제6호가 정한 ⁠‘종업원의 급여’에 해당하며, 지급 경위와 형태, 액수 등에 비추어 일반적으로 용인되는 통상적인 지출로 보이므로 누락 매출액에 대응하는 필요경비로 인정할 수 있고, 금융계좌를 통하지 않고 현금으로 수수하였다는 사정만으로 이와 달리 볼 수 없다.

  (나) 피고는 천00에게 지급된 xxx,xxx원에 대하여, ① 천00이 같은 과세기간에 00II병원 또는 II병원에서 근무하였기 때문에 그 각 병원에서 이미 천00에 대한 건강보험료를 원천징수하여 납부하였고, ② 천00이 국민건강보험법 제6조 제3항, 제77조 제2항에 따라 부담하여야 할 건강보험료를 대신 부담한 것은, 소득세법 제33조 제1항 제13호(‘각 과세기간에 지출한 경비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액’) 및 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제78조 제2호[‘사업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지·건물 등의 유지비·수선비·사용료와 이와 관련되는 지출금’]에 해당하여 필요경비로 산입될 수 없으며, ③ 천00이 원고가 의료법상 이중개설금지의무를 위반하여 개설한 다른 병원(00 JJ병원)에서도 근무한 대가이기 때문에 사회질서에 위반하여 지출된 비용이라고 주장한다. 그러나 ① 위 xxx,xxx원이 고용계약에 따른 급여의 실질을 가지는 이상 천00이 당시 다른 병원에 근무하면서 건강보험료를 원천징수 당한 바 있다는 사정만으로 비용이 아니라고 볼 수는 없는 점, ② 천00이 지역가입자로서 국민건강보험법에 따라 국민건강보험공단에 대한 관계에서 건강보험료 납부의무를 부담하는 것과 원고가 천00과 고용계약을 체결하면서 그 건강보험료 상당액을 추가 급여로 지급해 주기로 약정한 결과 원고가 천00에 대하여 동액 상당의 급여 지급의무를 부담하는 것은 서로 별개의 문제인 점, ③ 천00이 원고가 이중으로 개설한 다른 병원에서 근무하였다고 하더라도 그에 대한 근로의 대가가 사회질서에 위반하여 지출된 비용이라고까지 평가할 수는 없는 점 등에 비추어, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

  (3) 원고의 이 부분 주장은 천00에 대한 인건비(xxx,xxx원)와 권00에 대한 일부 인건비(xxx만 원)에 한하여 이유 있고, 나머지는 이유 없다.

  5) 소결

  이 사건 각 부과처분 중 201x년 귀속 종합소득세 부과처분에는 천00, 권00에 대한 위 각 인건비를 필요경비로 공제하지 않은 위법이 있고, 위 각 인건비를 필요경비로 공제한 정당세액은 x,xxx,xxx,xxx원이므로, 위 정당세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

3. 결론

  원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하며, 소송비용에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제101조 단서에 따라 주문과 같이 판결한다.

1) 국세기본법이 2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되면서 제81조의8 제5항으로 신설된 조항의 내용이다. 위 개정규정은 이 사건 세무조사 이후에 비로소 시행되었으나 그 취지에 비추어 이 사건 세무조사에도 당연히 적용되는 법리이다.

2) 중지기간이 포함된 기간이다.

3) 피고는 을 제10호증의 1을 근거로 2016. 2. 25. 통지하였다고 주장하나, 갑 제65호증의 2의 기재에 의하면 2016. 3. 3. 이후에 통지하였음을 알 수 있다.

4) 을 제2호증 11면

5) 을 제2호증 14면

6) 을 제2호증 24면

7) ‘원고가 이 사건 의원을 개설·운영하면서 2013. 4. 11.경부터 2014. 11. 10.경까지 무면허 의료인인 간호조무사 이00과 공모하여 이00로 하여금 가슴절개, 박리, 보형물 삽입, 겨드랑이 봉합 등 총 48회에 걸쳐 무면허 의료행위를 하게 하였다.’

출처 : 서울행정법원 2020. 11. 27. 선고 서울행정법원 2019구합415 판결 | 국세법령정보시스템