요지

이 사건 퇴직연금보험료는 구 조세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구ㆍ인력개발에 직접적으로 대응하는 인건비에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 2. 6. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 00,000,000원, 2013 사업연도 법인세 00,000,000원, 2014 사업연도 법인세 00,000,000원, 2015 사업연도 법인세 00,000,000원, 2016 사업연도 법인세 00,000,000원에 대한 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 ㅇㅇ화학제품 제조 및 판매 등을 목적으로 1900. 3. 19. 설립된 법인으로, 1994. 8. 29. 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소(이하 ⁠‘이 사건 연구소’라 한다)의 설립을 인정받아 연구소를 운영하여 왔다.

  나. 원고는 2012 사업연도부터 2016 사업연도까지 이 사건 연구소에서 근무하는 직원들에 대하여 근로자퇴직급여 보장법에 따른 확정기여형 퇴직연금보험료로 2012 사업연도 000,000,000원, 2013 사업연도 000,000,000원, 2014 사업연도 000,000,000원, 2015 사업연도 000,000,000원, 2016 사업연도 000,000,000원 합계 000,000,000원(이하 ⁠‘이 사건 퇴직연금보험료’라 한다)을 지출하였다.

  다. 원고는 2017. 12. 22. 피고에게, 이 사건 퇴직연금보험료는 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것의 것, 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 모두 ⁠‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제10조 제1항의 연구․인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당한다는 이유로 당초 신고했던 2012 ~ 2016 사업연도 각 법인세액에서 2012 사업연도 법인세 00,000,000원, 2013 사업연도 법인세 00,000,000원, 2014 사업연도 법인세 00,000,000원, 2015 사업연도 법인세 00,000,000원, 2016 사업연도 법인세 00,000,000원의 각 법인세액을 감액하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

  라. 피고는 2018. 2. 6. 원고에게 이 사건 퇴직연금보험료는 연구․인력개발비 세액공제의 대상이 아닌 것으로 판단된다는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

  마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 5. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 7. 27. 원고의 위 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 당사자들 주장의 요지

    1) 원고

      이 사건 퇴직연금보험료가 각 사업연도에 외부로 실제 지출되고 전액 손금으로 인정되는 비용으로서 구 조세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구․인력개발비 세액공제의 대상인 인건비에 해당하므로, 이 사건 퇴직연금보험료를 세액공제의 대상으로 인정하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

    2) 피고

      구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것, 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제8조 ⁠[별표 6] 제1호 가목 1)의 가) 및 나)(이하 ⁠‘[별표 6] 규정’이라 한다)는 ⁠‘장래 근로자의 퇴직금을 지급하기 위하여 비용을 계상한 금액’을 세액공제의 대상인 인건비에서 제외한다는 의미이다. 그런데 퇴직금제도와 퇴직연금제도는 본질이 동일하여 세액공제에 있어 퇴직급여충당금과 퇴직연금 부담금을 달리 볼 수 없고, 퇴직연금 부담금 역시 근로자의 퇴직시에 비로소 퇴직소득을 구성하게 되는바, 결국 이 사건 퇴직연금보험료도 장래 근로자의 퇴직금을 지급하기 위하여 비용으로 계상한 금액으로서 후불적 임금에 해당하고, 또한 세액공제 대상인 해당 과세연도의 연구․인력개발에 직접적으로 대응하는 비용에 해당하지도 않는다. 이 사건 퇴직연금보험료는 ⁠[별표 6] 규정에 따라서 세액공제 대상 인건비에 포함되지 않는다.

    나아가 2012년부터 2016년까지의 과세연도 분(2020. 1. 1. 전에 개시한 과세연도 분)에 대하여는 조세특례제한법 시행령 부칙 제24조 ⁠[별표 6의3](이하 ⁠‘신설 ⁠[별표 6의3]’이라 한다)에 따라야 하므로, 이 사건 퇴직연금보험료는 신설 ⁠[별표 6의3] 제1호 가목 1)의 다)에 따라 연구․인력개발비 세액공제의 대상인 인건비에서 제외되고, 이는 조세법규의 합목적적 해석에 의하더라도 마찬가지이다.

  나. 관련 법령

    별지 기재와 같다.

  다. 판단

    1) 먼저 이 사건 퇴직연금보험료가 ⁠[별표 6] 규정에 따라 연구․인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에서 제외되는지에 관하여 본다.

      살피건대, 을 제3호증의 1의 기재에 의하면, 조세특례제한법 통칙에 규정된 인건비 범위를 시행령에서 직접 규정하고자, 조세특례제한법 시행령이 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되면서 자체연구개발비 중 인건비에서 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하는 것으로 ⁠[별표 6] 규정의 연구개발비 범위가 조정된 사실은 인정된다.

      그러나 앞서의 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 일반적으로 퇴직연금보험료는 퇴직소득 및 퇴직급여충당금과는 그 성격이 달라 본질적으로 동일하다고 볼 수 없고, 이 사건 퇴직연금보험료는 ⁠[별표 6] 규정에도 불구하고 구 조세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구․인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당한다고 봄이 타당하다(대법원 2017. 5. 30. 선고 2016두63200 판결 참조).

      ① 이 사건 연구소의 직원은 조세특례제한법상 세액공제에 관한 전담부서에서 근무하는 직원으로 인정된다. 원고가 확정기여형 퇴직연금제도에 기초하여 과세연도 및 대상근로자별로 연구소 근속 여부에 따라 실제로 지출한 이 사건 퇴직연금보험료는 그 지출 사업연도의 비용으로 인정받을 수 있고, 위 보험료 상당의 금원은 각 연구원들에게 확정적으로 귀속하는 것으로 볼 수 있다.

      ② 이 사건 퇴직연금보험료는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하여 연구원별로 실제 지출된 비용에 해당하고, 사용자인 원고로서도 이 사건 퇴직연금보험료를 지출함으로써 근로자의 퇴직급여와 관련한 모든 의무를 면하게 되는 것이므로, 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리한다.

      ③ 이 사건 퇴직연금보험료는 현실적인 퇴직이나 장래의 퇴직을 원인으로 근로자에게 지급되는 금원이 아니라, 해당 사업연도에 재직 중인 근로자에게 퇴직 전에 지출되고, 그 지출 시점에 이미 각 연구원들에게 확정적으로 귀속되는 금원인 점, 이 사건 퇴직연금보험료는 일시금으로 지급되지 않았고, 해당 연구원이 실제 퇴직 후에야 비로소 그 의사에 따라 연금 또는 일시금으로 지급받을 것을 선택하게 되는 점 등을 종합하면, 이 사건 퇴직연금보험료는 구 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 제22조 및 소득세법 제22조의 퇴직소득에 해당한다고 볼 수도 없다.

    2) 다음으로 이 사건 퇴직연금보험료가 신설 ⁠[별표 6의3]에 따라 세액공제의 대상인 인건비에서 제외되는지 여부에 관하여 본다.

      살피건대, 조세특례제한법 시행령 부칙 제24조는 개정된 ⁠[별표 6]의 규정이 시행되는 2020. 1. 1. 전에 개시하는 과세연도 분까지는 신설 ⁠[별표 6의3]에 따르도록 규정하고 있고, 신설 ⁠[별표 6의3] 제1호 가목 1)의 다)는 연구․인력개발비 세액공제의 대상인 인건비에서 ⁠‘퇴직연금등의 부담금’을 명시적으로 제외하고 있다. 그러나 신설 ⁠[별표 6의3] 역시 2019. 2. 12. 개정된 조세특례제한법 시행령에서 신설된 법인세에 관한 개정규정에 해당하므로, 그 적용은 위 부칙 제2조 제1항에 따라 법률 제16009호 조세특례제한법 일부개정법률 시행(2019. 1. 1.) 이후 개시하는 과세연도 분부터라고 보아야 할 것인바, 결국 2012년부터 2016년까지의 과세연도 분에 관한 이 사건 퇴직연금보험료는 신설 ⁠[별표 6의3]의 적용대상에 해당하지 않는다. 따라서 신설 ⁠[별표 6의3]에 따라 이 사건 퇴직연금보험료가 세액공제의 대상인 인건비에서 제외된다고 볼 수 없다(이와 같이 해석하지 않는다면, 소급입법을 통해 퇴직연금보험료의 세액공제 대상인 인건비 해당 여부에 관한 법률해석을 변경하는 셈이 되어, 소급과세의 금지를 규정한 국세기본법 제18조 제2항의 취지에 어긋나게 된다).

      피고는, 퇴직연금보험료가 원래부터 세액공제 대상 인건비에서 제외된다는 점을 신설 ⁠[별표 6의3]이 재확인한 것에 불과하므로, 이 사건 퇴직연금보험료 역시 세액공제 대상 인건비에서 제외되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 대로 퇴직급여충당금과 퇴직연금보험료의 성격이 동일하지 않은 점에 비추어 보면, 2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 조세특례제한법 시행령이 개정되면서 ⁠‘퇴직연금계좌에 납부한 부담금’을 세액공제 대상 인건비에서 제외하는 취지로 신설된 제8조 제1항 ⁠[별표 6][시행일: 2020. 1. 1.] 제1호 가목 1)의 다) 등 규정과 동일한 내용을 포함하고 있는 것에 불과한 신설 ⁠[별표 6의3]이 기존의 법령해석을 재확인한 것이라 보기는 어렵고, 오히려 세액공제 대상에서 제외되는 인건비의 범위를 순차적으로 확대하는 것으로 봄이 상당하다. 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

    3) 따라서 피고가 이 사건 퇴직연금보험료가 연구․인력개발비 세액공제의 대상에 해당하지 아니함을 전제로 2018. 2. 6. 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2019. 08. 16. 선고 서울행정법원 2018구합82168 판결 | 국세법령정보시스템