요지

임차건물 중 면세사업과 과세사업에 사용되는 전용면적 비율에 따라 실질귀속이 분명하게 구분된다고 보기 어렵다면, 부가가치세법 시행령 제81조 제1항이 규정하는 공통매입세액 안분기준에 따라 산정하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 201X. XX. XX. 원고에 대하여 한 별지 1 표 기재 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 전국에 110여개의 대규모 점포를 운영하면서 도·소매업을 영위하는 법인으로, ① 청과, 농산, 축산물 등 면세물품을 판매하고 문화센터를 운영하는 등의 면세사업과 ② 의류, 잡화류, 공산품 등 과세물품을 판매하고 점포의 일부를 임대하는 등의 과세사업(이하 원고가 영위하는 사업을 포괄하여 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)을 겸영하고 있다.

나. 원고는 110여개 점포 중 37개 점포의 경우 건물을 임차하여 이 사건 사업을 영위하였다(이하 위와 같이 임차한 건물을 통틀어 ⁠‘이 사건 임차건물’이라 한다).

다. 원고는 2012년 제2기부터 2017년 제1기 과세기간 동안 부가가치세를 신고하면서, 이 사건 임차건물의 임차료에 대한 매입세액(이하 ⁠‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 부가가치세법 제40조 후단, 구 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제1항1)에 따라 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율로 안분하여 별지 1 표 ⁠‘당초 불공제 매입세액’란 기재와 같이 면세사업에 관련된 매입세액을 매출세액에서 불공제하였다.

라. 원고는 부가가치세법 제40조 전단에 따라 이 사건 매입세액을 실지귀속에 따라 이 사건 임차건물의 과세사업과 면세사업에 사용된 전용면적 비율로 안분하여 별지 1 표 ⁠‘수정 불공제 매입세액’란 기재와 같이 매출세액에서 불공제할 매입세액을 산정하여야 한다고 주장하면서, 201X. XX. XX. 피고를 상대로 과다하게 신고된 부가가치세 합계 X,XXX,XXX,XXX원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 201X. XX. XX. 이 사건 매입세액은 과세사업 및 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구별할 수 없는 공통매입세액에 해당한다는 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.

마. 원고는 위 거부처분 중 별지 1 표 ⁠‘경정청구 거부처분세액’란 기재와 같이 X,XXX,XXX,XXX원의 환급을 거부한 부분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)에 불복하여 201X. X. XX. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 201X. XX. X. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 임차건물의 도면 및 스페이스 프로그램(Space Program)에 의하여 이 사건 임차건물 중 과세사업 또는 면세사업에 사용되는 면적 부분을 명확하게 구분하고, 이를 도면관리용 본사 프로그램인 JDA를 통해 지속적으로 관리하고 있다. 따라서 이 사건 매입세액은 과세사업과 면세사업의 사용면적에 따라 실지귀속이 확인되는 경우에 해당하므로, 과세사업 또는 면세사업에 사용되는 것이 명확하게 구분되는 부분은 그 사용면적 비율에 따라 매입세액을 공제하고, 나머지 부분에 대하여만 공통매입세액 안분기준이 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판단

1) 부가가치세법 제38조, 제39조 제1항 제7호에 의하면 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하되, 면세사업 등에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다. 한편 부가가치세법 제40조는 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 공통매입세액이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 원칙적으로 총 공급가액에 대한 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 산정하도록 규정하고 있다.

2) 그런데 갑 제3 내지 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합하면 이 사건 매입세액이 이 사건 임차건물 중 면세사업과 과세사업에 사용되는 전용면적 비율에 따라 실지귀속이 분명하게 구분된다고 보기 어렵다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 매입세액에 관하여는 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항에서 규정하는 공통매입세액 안분기준에 따라 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

가) 원고는 이 사건 임차건물 각각을 ⁠‘홈○○○ ○○점’이라는 단일한 점포로 활용하면서, 물품을 판매하고, 문화센터를 운영하거나 점포의 일부를 임대하는 등의 방법으로 이 사건 사업을 영위하고 있다. 그런데 이 사건 임차건물은 대체로 여러 층으로 이루어져 있는 큰 면적의 건물로, 각 층수, 위치, 면적 등에 따라 임대부분의 가치평가가 달라질 수 있으므로, 이 사건 임차건물의 임대료가 전용면적의 넓이에 반드시 비례하는 것이라고 볼 수 없다.

나) 원고의 스페이스 프로그램이나 JDA 프로그램에 의하면 원고가 판매하는 물품의 종류별로 판매구획이 분리되어 관리되고 있는 것으로 보이기는 하나, 그 중 상당수는 물품의 판매에 수반되는 진열, 홍보, 이동, 계산 등 여러 단계의 절차 중 진열에 필요한 공간만을 구분한 것에 불과하고, 위 판매구획이 면세물품과 과세물품별로 명확하게 구분되어 있다고 보기도 어렵다.

다) 원고가 제출한 샘플 도면, 샘플 스페이스 프로그램, 샘플 JDA 화면, 홈플러스 매장 사진 자료등으로는 이 사건 임차건물 중 극히 일부분의 사용 형태를 알 수 있을 뿐이어서, 이 사건 임차건물 중 면세사업 및 과세사업에 사용되는 전용면적의 구체적인 위치, 면적이나 이를 구분지을 수 있는 기준을 전혀 알아보기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2019. 12. 03. 선고 서울행정법원 2019구합53587 판결 | 국세법령정보시스템