요지

조세특례제한법 시행령 제9조 제5항의 단서는 입법・개정취지를 고려할 때 분할신설법인에게 적용되는 것이므로 원고의 직전 4년간 연구개발비는 당해연도 연구개발비와 대응되도록 분할일을 기준으로 월할 계산하여 산정함이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 12. 14. 원고에게 한 사업연도 2012년(2012. 4. 1.부터 2013. 3. 31.까지) 법인세 913,883,851원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 사업 일부를 분할받은 ○○○○ 주식회사의 설립

1) 원고(이하 ⁠‘원고 회사’라고도 한다)는 1990. 5. 15. 설립된 회사로, 2012. 10. 2. 회사를 분할하여 신설법인인 ○○○○ 주식회사(이하 ⁠‘○○○○’라고 한다)가 설립되었다(갑 제1호증, 피고 답변서 제3쪽 참조).

2) 2012. 10. 2.자 회사분할 후 원고 회사는 지주회사로서 자회사 등에 대한 자금

지원과 조달, 부동산 임대 및 매매, 시장조사, 경영자문 및 컨설팅업을 영위하는 것을목적으로 삼아 분할 전의 투자 사업부를 계속 운영하고 있고, ○○○○는 화장품, 의약품 제조 및 판매업을 영위하는 것을 목적으로 삼아 분할 전의 화장품ㆍ의약품 사업부를 운영하고 있다(갑 제2호증, 원고 2019. 5. 2.자 준비서면 제2, 7쪽 참조).

나. 관련 법령

구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제10조 등은

일반연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 관하여 다음과 같이 규정하였다.

다. 원고의 법인세 일반연구ㆍ인력개발비 세액공제 관련 경정청구, 피고의 거부처분 및 원고의 불복

1) 원고 회사는 사업연도 2012년(2012. 4. 1.부터 2013. 3. 31.까지)의 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 일반연구ㆍ인력개발비 세액공제에 대하여 ⁠‘당기분 방식’을 적용하여 559,309,157원을 세액공제 받은 바 있다(원고 소장 제2쪽, 피고 답변서 제3쪽참조).

원고 회사는 2017. 10. 19. 피고에게 이번에는, 사업연도 2012년의 일반연구ㆍ인력개발비 세액공제에 대하여 종전 당기분 방식이 아닌 ⁠‘증가분 방식’을 적용하여 세액공제액수를 재계산하여 산정된 1,464,870,297원이 적법한 일반연구ㆍ인력개발비 세액공제액이라는 이유로 위 세액공제액을 905,561,140원2)(= 1,464,870,297원 － 559,309,157원) 증액함으로써 법인세를 가산세를 포함하여 913,883,851원만큼 감액하는 것으로 경정해 달라는 국세기본법 제45조의2에 따른 경정청구를 하였다(갑 제3호증, 원고 소장제2쪽 참조).

2) 피고는 2017. 10. 19.자 경정청구에 대하여 2017. 12. 14. 원고 회사에게 다음과 같은 이유를 제시하면서 경정거부처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다(갑제3호증 참조).

3) 원고 회사는 그때부터 국세기본법 제69조가 정한 90일 이내인 2018. 3. 13. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 2018. 10. 15. 원고 회사의 심판청구를 기각하는 재결이 나고(갑 제4호증 참조) 그 재결이 2018. 10. 17. 원고 회사에게 송달되자(갑 제5호증 참조), 그로부터 국세기본법 제56조가 정한 90일 이내임이 기록상 분명한 2019. 1. 14. 이 사건 소를 제기하였다.

【 인정근거 】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 5호증의 각 기재, 기록상 분명한 사실 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 앞서 본 조세특례제한법, 그 시행령에 따른, 원고 회사의 ⁠‘해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액’을 먼저 계산한다.

원고 회사의 ⁠‘해당 과세연도 즉 2012년도의 개시일인 위 2012. 4. 1.3)부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비 액수와 그 합계액’은 다음과 같다.

‘위 각 사업연도의 승계사업 즉 ○○○○가 인수받은 화장품ㆍ의약품 사업부의 매출액이 합병 전 원고 회사의 총매출액에서 차지하는 비율’은 ⁠‘위 각 사업연도 말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율’보다 크고 그 매출액 비율의 수치는 다음과 같다.

‘피합병법인 등 즉 원고 회사에서 합병 등 즉 2012. 10. 2.자 회사분할을 하기 전에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비’에 ⁠‘위 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율’을 곱한 금액 즉 원고 회사와 ○○○○에게 배분되는 분할 전 사업부별 각 일반연구ㆍ인력개발비[‘위 일반연구ㆍ인력개발비 × 위 0.87% 등’(원 미만 버림)으로 산정한다]는 다음과 같고, 그 결과 원고 회사에게 배분된 ⁠‘해당 과세연도 즉 2012년도 ⁠‘개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액’은 같은 표 기재 169,013,112원[이 액수에 대해 원고 회사는 이와 근사한 값인 168,737,421원이라고 주장하고 있는데(원고 2019. 5. 2.자 준비서면 제8쪽 참조) 이는 계산상 단수 처리 등에서 발생하는 차이로 보인다, 다른 금액에 대해서도 이와 같다]이다.

따라서 위 조세특례제한법 제10조 제2항에 따른 ⁠‘해당 과세연도 즉 2012년도 개시일부터 소급하여 4년간의 원고 회사의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액’은 다음과 같이 계산되어 42,253,278원(원고 2019. 5. 2.자 준비서면 제10쪽 참조)이 산정된다.

2) 다음으로 앞서 본 증가분 방식에 따라 원고 회사의 일반연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 계산한다.

해당 과세연도 즉 2012년도에 ⁠‘원고 회사’가 지출한 일반연구ㆍ인력개발비는 3,704,360,100원이다[2012. 10. 2.자 회사분할이 있기에 이 액수는 2012년도의 위 분할 전 원고 회사와 분할 후 원고 회사가 지급한 일반연구ㆍ인력개발비 액수이고, 분할신 설법인인 ○○○○가 2012년도에 지출한 일반연구ㆍ인력개발비를 포함하지 ⁠‘아니한다’ ⁠(각 원고 2019. 5. 2.자 준비서면 제10쪽, 2019. 11. 5.자 준비서면 제9쪽 참조)]. ⁠‘해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액’은 위 42,253,278원이다. 그 초과액은 3,662,106,822원(= 3,704,360,100원 －42,253,278원)이다.

원고 회사는 중소기업이 아니므로(이 점에 대해서는 피고도 다투지 아니한다, 피고

답변서 제4쪽 참조) 그 초과액의 40%인 1,464,842,728원(= 3,662,106,822원 × 40/100, 원 미만 버림) 상당액 즉 앞서 본 원고 회사가 주장한 바 있는 1,464,870,297원 이 증가분 방식에 따른 원고 회사의 사업연도 2012년의 적법한 일반연구ㆍ인력개발비 관련 세액공제액임이 분명하다.

이 사건 처분은 피고가 잘못 산정한 세액공제 액수를 기초로 한 것이어서 처분근거가 없으므로 위법하여 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 ⁠‘법문대로’ 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 그렇지만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15.선고 2007두4438 판결, 대법원 2017. 10. 12. 선고 2016다212722 판결 참조).

조세특례제한법상 연구ㆍ인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로, 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 ⁠‘직접적으로 대응’하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것이다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두22147 판결 참조).

2) 판단

가) 증가분 방식에 따른 원고 회사의 사업연도 2012년 일반연구ㆍ인력개발비 세액공제 액수 산정

(1) 법인세의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 액수 산정방법에 대하여 앞서 본 조세특례제한법은 그중 ⁠‘증가분’ 방식에 관하여 ⁠‘해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비’ 가운데 ⁠‘해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액’ 초과액의 40%라고 규정하고 있다. 한편 위에서 본 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항 단서는 분할신설법인 즉 ○○○○에 대한 규정이지 분할법인 즉 원고 회사에 대한 규정이 아니다. 2012. 10. 2.자 회사분할 즉 ○○○○의 원고 회사 사업 일부 승계가 있은 해당 과세연도 즉 2012년도에 발생한 ⁠‘원고 회사’의 일반연구ㆍ인력개발비와 직전 4년간 즉 사업연도 2008년부터 2011년까지 발생한 ⁠‘원고 회사’의 일반연구ㆍ인력개발비 연평균 발생액은, 원고 회사가 해당 과세연도 즉 2012년도에 지출한 연구 및 인력개발에 ⁠‘직접적으로 대응’한 비용만이 세액공제 대상이 되도록 관련 규정에 따라 산정되어야 한다.

한편 원고 회사는 2012. 10. 2.자 회사분할 시점을 기준으로 적어도 그 4년 전 즉 사업연도 2008년부터는 화장품ㆍ의약품 사업 부문과 투자 사업 부문 별로 자산과 부채 및 익금과 손금을 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장 하여 구별하는 ⁠‘구분경리’를 해왔다고 할 수 있다(이와 같은 내용의 피고 주장에 대하여 원고 회사는 전혀 반박하지 않는다). 2012. 10. 2.자 회사분할 후 원고 회사가 투자 사업 부문과 관련하여 2012년도에 지출한 일반연구ㆍ인력개발비가 있다는 것에 대해 원고 회사는 이 사건에서 어떠한 주장이나 자료도 제출하지 않고 있다. 위 사정들에 비추어, 원고 회사가 사업연도 2008년 이후 당해 과세연도인 2012년까지 지출한 ⁠‘일반연구ㆍ인력개발비’는 모두 분할신설법인인 ○○○○가 승계하여 영위하는 ⁠‘화장품ㆍ의약품 사업’ 부문에서 발생한 것이라고 봄이 옳다.

(2) 다음으로 사업연도 2008년부터 2011년까지 4년간 원고 회사가 지출한 각 연도별 일반연구ㆍ인력개발비 액수와 그 합계액이 다음과 같음은 다툼이 없다(피고 답변서 제20쪽 참조).

원고 회사의 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 즉 사업연도 2008년부터2011년까지 발생한 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액은 다음과 같이 계산되어 액수가 2,911,410,896원으로 산정된다.

(3) 해당 과세연도 즉 2012년도에 ⁠‘원고 회사’가 지출한 일반연구ㆍ인력개발비 가 3,704,360,100원(이 돈은 실제로는 위 2012. 4. 1.부터 위 회사분할 전일인 2012.10. 1.까지 화장품ㆍ의약품 사업 부문에서 지출되었을 것이다)임도 다툼이 없다(피고 답변서 제22쪽 참조).

원고 회사의 해당 과세연도 즉 2012년도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비인 위 3,704,360,100원에서 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 즉 사업연도 2008년 부터 2011년까지 발생한 ⁠‘원고 회사’의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액인 위 2,911,410,896원을 초과한 액수는 792,949,204원(= 3,704,360,100원 － 2,911,410,896 원)이고, 그 40%인 317,179,681원(= 792,949,204원 × 40 / 100, 원 미만 버림)이 원고 회사의 2012년도 일반연구ㆍ인력개발비 관련 증가분 방식에 따른 정당한 세액공제액 이다.

나) 원고 회사가 주장한 증가분 방식에 따른 산정방식의 부당함

(1) 위에서 본 이 법원이 설시한 방식에 따른 ⁠‘원고 회사’의 해당 과세연도 즉 2012년도 일반연구ㆍ인력개발비와 직전 4년간 일반연구ㆍ인력개발비 연평균 발생액의 각 범위를 도해하면 다음과 같고, 이에 비추어 해당 과세연도 즉 2012년도의 연구 및 인력개발에 ⁠‘직접적으로 대응’한 원고 회사가 지출한 비용만이 세액공제 대상으로 반영 되어 있다고 할 수 있다.

(2) 한편 원고 회사가 주장한 앞서 본 산정방식은 다음과 같은 점에 비추어 볼 때 부당하여 받아들이기 어렵다.

즉, ① 원고 회사의 산정방식은 ㉠ 직전 4년간 일반연구ㆍ인력개발비 연평균 발생액에서는 분할신설법인 즉 ○○○○가 영위하게 되는 분할 전 원고 회사의 화장품ㆍ의약 품 사업 부문에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 ⁠‘제외’하는 반면, ㉡ 당해 과세연도 등록자:정문식, 등록일시:2019.12.19 23:59, 출력자:세종세무서, 다운로드일시:2020.01.28 11:08 - 16 - 인 2012년도 일반연구ㆍ인력개발비에서는 분할 전 원고 회사의 위 화장품ㆍ의약품 사 업 부문에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 ⁠‘포함’시켜 각 계산함을 전제로 하고 있 다. 이는 아무런 근거 없이 실질이 동일한 일반연구ㆍ인력개발비를 달리 취급하는 것 이어서 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 ⁠‘직접적으로 대응’하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아 그 세액공제액을 산정할 수 있는 방법으로 보기 어렵다. ② 원고 회사 의 산정방식은 앞서 본 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항 단서를 분할신설법인 즉 ○○○○에 대한 규정에서 나아가 분할법인 즉 원고 회사에 대한 규정이라고까지 봄을 전제로도 한 것이나, 이는 위에서 보았듯이 법령 조항의 문언, 내용 및 그 입법ㆍ개정 취지를 고려할 때 받아들일 수 없는 것이다. ③ 원고 회사는 자신의 주장에 부합하는 듯한 참고자료로 대전고등법원 2016. 9. 1. 선고 2016누11146 판결을 들고 있는바, 위 판결은 사업 ⁠‘전부’를 승계한 ⁠‘합병법인 등’에 관한 경우에 대한 것이어서(위 판결의 1 심인 대전지방법원 2016. 4. 27. 선고 2015구합101718 판결의 판결서 제2, 9쪽 참조), 사업 ⁠‘일부’를 승계한 ⁠‘피합병법인 등’(즉 원고 회사이다)에 관한 이 사건과는 사실관계 가 달라 이 사건에 그대로 적용하기 어렵다.

다) 이 사건 처분의 처분근거 존재

 원고 회사는 종전 ⁠‘당기분 방식’을 적용하여, ⁠‘증가분 방식’에 따라 적법하게 산정된 일반연구ㆍ인력개발비 세액공제액인 위 317,179,681원[= ⁠(위 3,704,360,100원 － 2,911,410,896원) × 40 / 100, 원 미만 버림]을 ⁠‘초과’하는, 앞서 본 559,309,157원 을 법인세 산정 시 같은 항목으로 세액공제 받은 바가 있다. 따라서 2017. 10. 19.자 경정청구 시에는 원고 회사가 2012년도 법인세에서 일반연구ㆍ인력개발비와 관련하여 추가로 세액공제를 받을 수 있는 액수가 존재하지 않는다. 이 사건 처분은 처분근거가 있다. 원고 회사의 주장은, 이와 달리 추가로 세액공제 받을 금액이 있음을 전제로 한 것이어서, 받아들이지 아니한다.

다. 중간 결론

그밖에 기록상 이 사건 처분이 위법하다고 볼만한 다른 사유도 없다. 위 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한

다.

출처 : 대전지방법원 2019. 12. 19. 선고 대전지방법원 2019구합100270 판결 | 국세법령정보시스템