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가산세 부과처분 취소, 법령 오해·부지로 정당한 사유 인정될 수 있나

서울고등법원 2016누77829
판결 요약
세법상 가산세는 납세자의 고의 또는 과실과 무관하게, 법령의 부지 또는 오인을 정당한 사유로 인정하지 않고 부과됩니다. 원고가 본세·가산세 산정에 대한 예규나 해석 논쟁을 주장하였으나, 명확한 법령이 존재한다면 과거의 해석론이나 오인은 가산세 면제 사유로 볼 수 없다고 판시되었습니다. 따라서 관련 세법 내용 숙지가 중요합니다.
#가산세 #조세제재 #세법해석 #납세자 착오 #행정상 제재
질의 응답
1. 가산세 부과에서 납세자가 법령을 잘못 알거나 오해한 경우 면제받을 수 있나요?
답변
세법상 가산세는 법령의 부지나 오인이 있었다고 해도 면제되지 않습니다.
근거
서울고등법원 2016누77829 판결은 가산세는 행정상 제재로, 납세자의 고의·과실과 무관하며 법령의 부지 또는 오인은 정당한 사유가 아니다라고 판시하였습니다.
2. 새로운 과세처분이 이전 판결과 내용이 달라지면 기판력(확정판결의 효력)이 미치나요?
답변
새로이 보완되어 이루어진 과세처분은 이전 판결의 기판력에 저촉되지 않습니다.
근거
서울고등법원 2016누77829 판결은 확정판결에 적시된 위법사유만 기판력이 미치므로, 새로운 과세처분은 별개로 판단됩니다라고 설명하였습니다.
3. 조세 부과의 근거 규정이 명확하다면, 정부의 과거 해석이나 예규를 신뢰한 경우에도 가산세가 부과될 수 있나요?
답변
명확한 법령이 시행된 이상 과거 해석론에 의존한 것은 정당한 사유가 아니므로 가산세가 부과될 수 있습니다.
근거
서울고등법원 2016누77829 판결은 명확한 법령 규정에도 불구하고 시행 전 해석론을 따르는 것은 정당한 사유가 되지 않는다고 판시하였습니다.
4. 조세특례제한법과 법인세법 시행령의 규정이 충돌할 때 어느 규정이 우선 적용되나요?
답변
적용 목적·대상·위임 근거 등이 다르면 서로 다른 규정으로 보고, 해당 사건에 가장 직접 관련된 규정을 적용하여야 합니다.
근거
서울고등법원 2016누77829 판결은 조특법 시행령과 법인세법 시행령은 성격·적용범위가 달라 임의로 해석할 수 없다고 판시하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다.

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판결 전문

요지

세법상 가산세는 행정상 제재로서, 이때 납세자의 고의 과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2016누77829 가산세부과처분취소

원 고

AA

피 고

수원세무서장

변 론 종 결

2017. 5. 17.

판 결 선 고

2017. 6. 14.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2015. 12. 4. 원고에 대하여 한 가산세 612,113,170원의 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위 이 법원의 이 부분 이유는 제1심판결 중 해당 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8

조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 소의 적법 여부

피고는, 종전판결에서 원고에게 가산세 납부를 면할 수 있는 정당한 사유가 없다고

판결하였으므로 가산세를 부과한 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소는 종전판

결의 기판력에 반하여 부적법하다고 주장한다.

과세처분을 취소하는 판결이 확정된 경우, 그 확정판결의 기판력은 확정판결에 적시

된 위법사유에 한하여만 미친다 할 것이므로 과세처분권자가 그 확정판결에 적시된 위

법사유를 보완하여 행한 새로운 과세처분은 확정판결에 의하여 취소된 종전의 과세처

분과는 별개의 처분으로서 확정판결의 기판력에 저촉된다 할 수 없다(대법원 1992. 9.

25. 선고 92누794 판결, 대법원 1992. 11. 24. 선고 91누10275 판결, 대법원 2002. 5.31. 선고 2000두4408 판결 등 참조).

이 법원이 인용하는 제1심판결에서 인정한 사실관계에 의하면, 종전판결에서 이 사

건 종전처분 중 가산세 부분은 그 세액과 산출근거가 불명확하게 고지되었다는 절차상

의 이유로 취소되었고, 피고는 종전판결의 취지에 따라 가산세 부분에 관한 세액과 산

출근거 등을 다시 구분ㆍ기재하여 가산세를 부과하는 이 사건 처분을 하였으므로 이

사건 처분은 종전판결에 의하여 취소된 종전의 가산세 부과처분과는 별개의 처분으로

서 종전판결의 기판력에 저촉된다 할 수 없다. 피고의 주장은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지 기재와 같다.

나. 원고의 주장 및 판단

1) 원고는, 이 사건 종전처분 중 본세에 관한 부분은 위법한 법령을 적용하거나

신뢰보호의 원칙을 위반한 것이어서 위법하므로 이에 터 잡아 부과된 이 사건 처분도

위법하다고 주장한다.

행정소송법 제8조 제2항에 의하여 행정소송에 준용되는 민사소송법 제216조, 제

218조가 규정하고 있는 ⁠‘기판력’이란 기판력 있는 전소 판결의 소송물과 동일한 후소를 허용하지 아니함과 동시에, 후소의 소송물이 전소의 소송물과 동일하지는 아니하더라도 전소의 소송물에 관한 판단이 후소의 선결문제가 되거나 모순관계에 있을 때에는

후소에서 전소 판결의 판단과 다른 주장을 하는 것을 허용하지 아니하는 작용을 한다

(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013다19083 판결 참조).

을 제2, 3, 4호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 종전판결은 이 사건 종전

처분 중 본세 부분이 조세법률주의나 신뢰보호의 원칙 내지 형평의 원칙 등에 위배되

었다고 볼 수 없어 적법하다고 판시한 사실을 인정할 수 있으므로 종전판결 중 ⁠‘본세

부분이 적법하다’고 판시된 부분은 이 사건 소송의 선결문제가 되고, 따라서 종전판결

의 기판력은 이 사건 소송에 미친다. 그러므로 이 사건 종전처분 중 본세에 관한 부분 이 위법함을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 나아가 볼 필요 없이 이유 없다.

2) 원고는 또한 다음과 같은 취지로 주장한다. 구 조세제한특례법 제63조의2 제2

항 제2호 가목은 법인세 감면배제 대상 소득으로 ⁠‘토지 및 건물의 양도차익’이라고만

규정하고 있을 뿐, 구체적인 범위에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하므로 법인 이 양도하는 토지 및 건물에 관하여는 그 적용이 되지 아니하는 것으로 해석할 여지도

있다. 나아가 조세특례제한법령의 개정 경위와 과세관청의 유권해석(재정경제부 예규)

에 비추어 이 사건 주택부수토지를 주택의 연면적을 기준으로 산정하여 법인세를 감면

받은 원고의 법령해석은 지극히 자연스러운 것이었다. 따라서 원고에게는 납세의무를

게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세를 부과한 이 사건 처분은

취소되어야 한다.

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납

세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하 는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 이때 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지

아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원

2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 참조).

구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개

정 전 조특법’이라 한다) 제63조의2 제2항 제2호는 제1항 각 호의 요건을 갖추고 본사 를 수도권 외의 지역으로 이전하는 법인에 대하여는 일정기간 동안 ⁠‘당해 과세연도의

과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액’(이하 ⁠‘감면대상 과세표준’이라

한다)에 일정한 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득에 대하여 법인세액을 감

면하도록 하면서도, 주택신축판매 법인이 주택 및 주택에 부수되는 토지(이하 ⁠‘주택부

수토지’라 한다)를 양도함으로써 발생하는 소득을 감면대상 과세표준에 포함할 것인지 에 관하여는 별도의 규정을 두지 아니하였다.

그 후 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법(이하 ⁠‘개정 조특법’

이라 한다) 제63조의2 제2항 제2호는 감면대상 과세표준에 관하여 ⁠‘당해 과세연도의

과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익(주택을 신축하여 판매하는 법인이 대통령령에

정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 제외한다)을

차감한 금액’이라고 규정하여 주택신축판매 법인이 대통령령이 정하는 주택 및 주택부

수토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 감면대상 과세표준에 포함하도록 하였고, 그

위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개정 조특법 시행령’이라 한다) 제60조의2 제5항은 주택부수토지를 ⁠‘판

매를 목적으로 신축한 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적의 5배(도시계획

구역 외의 토지는 10배) 이내의 토지’로 정하였다. 그리고 개정 조특법 부칙은 제1조

본문에서 ⁠“이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다.”라고 규정하고, 제13조에서 ⁠“제63조 및 제63조의2 제1항의 개정 규정은 이 법 시행 후 최초로 공장 또는 본사를 이전하는 분부터 적용한다.”라고 규정하였다.

한편 을 제3호증의 기재에 의하면, 재정경제부는 2001. 2. 28.자 예규(재조예

46019-36)를 통하여 ⁠「주택신축판매업을 영위하는 법인이 2002년 시행 전 조특법 제63조의2 규정에 의하여 법인 본사를 지방으로 이전하는 경우, 각 사업연도 소득에 대한 법인세 감면을 계산함에 있어서 구 법인세법 제100조 제1항 제5호의 규정에 의하여 특별부가세가 비과세되는 주택의 양도에 따른 소득은 2002년 시행 전 조특법 제63조의2 제2항 제2호 가목 규정 중 당해 연도 과세표준에서 차감하는 ⁠‘토지 및 건물의 양도차익‘ 범위에서 제외되는 것」이라는 유권해석을 한 사실은 인정된다. 그러나 이는 감면배제 대상인 ⁠‘토지 및 건물의 양도차익’에 ⁠‘주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 제외한다’는 규정을 둔 구 조특법이 개정되기 전의 해석론이다. 그런데 그 후 2001. 12. 29. 조특법이 개정 되면서 제63조의2 제2항 제2호 가목에 ⁠‘주택을 신축하여 판매하는 법인이 대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 제외한다’는 문구가 추가되었고, 구 조특법 시행령은 위 구 조특법의 위임을 받아, ⁠「법 제63조의2 제2항 제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지"라 함은 판매를 목적으로 신축한 주택과 당해 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 5배(도시계획구역내의 토지) 이내의 토지를 말한다」고 규정함으로써 그 의미를 명확히 하였는바, 위와 같이 명확한 규정이 존재하는 상황에서도 그 규정이 존재하기 전의 해석론이 우선하여 적용된다고 보기는 어렵다(게다가 당시 구 법인세법 시행령은 특별부가세 비과세 대상에 대하여 구 조특법 시행령과 마찬가지로 ⁠‘건물이 정착된 면적’을 기준으로 하고 있었을 뿐 이고, ⁠‘주택의 연면적’이라는 기준은 2006. 2. 9. 개정 법인세법 시행령에 이르러서야 비로소 도입되었다).

나아가 을 제3호증의 기재에 의하면, 법인세법 법인세법 시행령이 개정된 후

재정경제부가 2006. 7. 11.자 예규(재재산-813)를 통하여 구 법인세법상 특별부가세 비과세 대상에 관하여 주택의 연면적 기준을 소급하여 적용하는 것으로 해석한 사실은

인정된다. 그러나 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호와 구 조특법 시행령 제60조의2는 그 위임규정, 성격과 목적, 적용범위가 다른 규정이다. 즉, ① 개정 법인세법 시행령 제92조의2 제4항은 ⁠「법 제55조의2 제4항 제3호에서 ⁠‘대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득’이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 소득을 말한다」라고 규정하고 있으므로 법령의 문언상「법 제63조의2 제2항 제2호 가목에서 ⁠‘대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지’라 함은 판매를 목적으로 신축한 주택과 당해 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 다음 각호의 지역별 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다」고 규정한 구 조특법 시행령 제60조의2와는 명백히 위임의 근거가 다르고, ② 개정 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 규정은 법인이 비사업용 주택과 그 부수토지를 양도하는 경우 양도소득의 일정 비율에 상당하는 금액을 법인세로 추가과세하되 주택을 신축하여 판매하는 법인이 양도하는 일정 면적한도 내의 주택 및 그 부수토지에 대하여는 법인세 추가과세 대상에서 제외한다는 법인의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례규정으로, 수도권 외 지역 이전 법인의 감면대상과세표준에 대한 규정인 구 조특법 시행령 제60조의2 제5항과 그 성격과 목적이 다르며, ③ 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호는 주택신축판매법인 일반에 적용되는 반면에 구 조특법 시행령 제60조의2는 주택신축판매법인 중 수도권 외 지역 이전 법인에 한정되어 적용되므로 규율 대상도 다르다.

결국, 법인세법상 특별부가세에 관한 예규가 조특법 해석에 적용될 근거가 없고, 이를

구 조특법이 시행되기 이전의 예규와 연관지어 해석할 수도 없다.

이에 비추어 보면, 원고가 이 사건 주택부수토지를 산정함에 있어 구 조특법 제

60조의2 제5항을 적용하지 아니하고 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호를 적용

한 것은 관련 경과규정에 관한 법률적 부지나 오해에 기인한 것이라고 봄이 타당하다.

따라서 이는 원고가 관련 가산세 납부를 면할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 아니한

다. 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것이다. 이와 결론을 같이한 제1심

판결은 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각한다.

출처 : 서울고등법원 2017. 06. 14. 선고 서울고등법원 2016누77829 판결 | 국세법령정보시스템

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판결 요약
세법상 가산세는 납세자의 고의 또는 과실과 무관하게, 법령의 부지 또는 오인을 정당한 사유로 인정하지 않고 부과됩니다. 원고가 본세·가산세 산정에 대한 예규나 해석 논쟁을 주장하였으나, 명확한 법령이 존재한다면 과거의 해석론이나 오인은 가산세 면제 사유로 볼 수 없다고 판시되었습니다. 따라서 관련 세법 내용 숙지가 중요합니다.
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질의 응답
1. 가산세 부과에서 납세자가 법령을 잘못 알거나 오해한 경우 면제받을 수 있나요?
답변
세법상 가산세는 법령의 부지나 오인이 있었다고 해도 면제되지 않습니다.
근거
서울고등법원 2016누77829 판결은 가산세는 행정상 제재로, 납세자의 고의·과실과 무관하며 법령의 부지 또는 오인은 정당한 사유가 아니다라고 판시하였습니다.
2. 새로운 과세처분이 이전 판결과 내용이 달라지면 기판력(확정판결의 효력)이 미치나요?
답변
새로이 보완되어 이루어진 과세처분은 이전 판결의 기판력에 저촉되지 않습니다.
근거
서울고등법원 2016누77829 판결은 확정판결에 적시된 위법사유만 기판력이 미치므로, 새로운 과세처분은 별개로 판단됩니다라고 설명하였습니다.
3. 조세 부과의 근거 규정이 명확하다면, 정부의 과거 해석이나 예규를 신뢰한 경우에도 가산세가 부과될 수 있나요?
답변
명확한 법령이 시행된 이상 과거 해석론에 의존한 것은 정당한 사유가 아니므로 가산세가 부과될 수 있습니다.
근거
서울고등법원 2016누77829 판결은 명확한 법령 규정에도 불구하고 시행 전 해석론을 따르는 것은 정당한 사유가 되지 않는다고 판시하였습니다.
4. 조세특례제한법과 법인세법 시행령의 규정이 충돌할 때 어느 규정이 우선 적용되나요?
답변
적용 목적·대상·위임 근거 등이 다르면 서로 다른 규정으로 보고, 해당 사건에 가장 직접 관련된 규정을 적용하여야 합니다.
근거
서울고등법원 2016누77829 판결은 조특법 시행령과 법인세법 시행령은 성격·적용범위가 달라 임의로 해석할 수 없다고 판시하였습니다.

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판결 전문

요지

세법상 가산세는 행정상 제재로서, 이때 납세자의 고의 과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2016누77829 가산세부과처분취소

원 고

AA

피 고

수원세무서장

변 론 종 결

2017. 5. 17.

판 결 선 고

2017. 6. 14.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2015. 12. 4. 원고에 대하여 한 가산세 612,113,170원의 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위 이 법원의 이 부분 이유는 제1심판결 중 해당 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8

조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 소의 적법 여부

피고는, 종전판결에서 원고에게 가산세 납부를 면할 수 있는 정당한 사유가 없다고

판결하였으므로 가산세를 부과한 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소는 종전판

결의 기판력에 반하여 부적법하다고 주장한다.

과세처분을 취소하는 판결이 확정된 경우, 그 확정판결의 기판력은 확정판결에 적시

된 위법사유에 한하여만 미친다 할 것이므로 과세처분권자가 그 확정판결에 적시된 위

법사유를 보완하여 행한 새로운 과세처분은 확정판결에 의하여 취소된 종전의 과세처

분과는 별개의 처분으로서 확정판결의 기판력에 저촉된다 할 수 없다(대법원 1992. 9.

25. 선고 92누794 판결, 대법원 1992. 11. 24. 선고 91누10275 판결, 대법원 2002. 5.31. 선고 2000두4408 판결 등 참조).

이 법원이 인용하는 제1심판결에서 인정한 사실관계에 의하면, 종전판결에서 이 사

건 종전처분 중 가산세 부분은 그 세액과 산출근거가 불명확하게 고지되었다는 절차상

의 이유로 취소되었고, 피고는 종전판결의 취지에 따라 가산세 부분에 관한 세액과 산

출근거 등을 다시 구분ㆍ기재하여 가산세를 부과하는 이 사건 처분을 하였으므로 이

사건 처분은 종전판결에 의하여 취소된 종전의 가산세 부과처분과는 별개의 처분으로

서 종전판결의 기판력에 저촉된다 할 수 없다. 피고의 주장은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지 기재와 같다.

나. 원고의 주장 및 판단

1) 원고는, 이 사건 종전처분 중 본세에 관한 부분은 위법한 법령을 적용하거나

신뢰보호의 원칙을 위반한 것이어서 위법하므로 이에 터 잡아 부과된 이 사건 처분도

위법하다고 주장한다.

행정소송법 제8조 제2항에 의하여 행정소송에 준용되는 민사소송법 제216조, 제

218조가 규정하고 있는 ⁠‘기판력’이란 기판력 있는 전소 판결의 소송물과 동일한 후소를 허용하지 아니함과 동시에, 후소의 소송물이 전소의 소송물과 동일하지는 아니하더라도 전소의 소송물에 관한 판단이 후소의 선결문제가 되거나 모순관계에 있을 때에는

후소에서 전소 판결의 판단과 다른 주장을 하는 것을 허용하지 아니하는 작용을 한다

(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013다19083 판결 참조).

을 제2, 3, 4호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 종전판결은 이 사건 종전

처분 중 본세 부분이 조세법률주의나 신뢰보호의 원칙 내지 형평의 원칙 등에 위배되

었다고 볼 수 없어 적법하다고 판시한 사실을 인정할 수 있으므로 종전판결 중 ⁠‘본세

부분이 적법하다’고 판시된 부분은 이 사건 소송의 선결문제가 되고, 따라서 종전판결

의 기판력은 이 사건 소송에 미친다. 그러므로 이 사건 종전처분 중 본세에 관한 부분 이 위법함을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 나아가 볼 필요 없이 이유 없다.

2) 원고는 또한 다음과 같은 취지로 주장한다. 구 조세제한특례법 제63조의2 제2

항 제2호 가목은 법인세 감면배제 대상 소득으로 ⁠‘토지 및 건물의 양도차익’이라고만

규정하고 있을 뿐, 구체적인 범위에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하므로 법인 이 양도하는 토지 및 건물에 관하여는 그 적용이 되지 아니하는 것으로 해석할 여지도

있다. 나아가 조세특례제한법령의 개정 경위와 과세관청의 유권해석(재정경제부 예규)

에 비추어 이 사건 주택부수토지를 주택의 연면적을 기준으로 산정하여 법인세를 감면

받은 원고의 법령해석은 지극히 자연스러운 것이었다. 따라서 원고에게는 납세의무를

게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세를 부과한 이 사건 처분은

취소되어야 한다.

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납

세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하 는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 이때 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지

아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원

2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 참조).

구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개

정 전 조특법’이라 한다) 제63조의2 제2항 제2호는 제1항 각 호의 요건을 갖추고 본사 를 수도권 외의 지역으로 이전하는 법인에 대하여는 일정기간 동안 ⁠‘당해 과세연도의

과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액’(이하 ⁠‘감면대상 과세표준’이라

한다)에 일정한 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득에 대하여 법인세액을 감

면하도록 하면서도, 주택신축판매 법인이 주택 및 주택에 부수되는 토지(이하 ⁠‘주택부

수토지’라 한다)를 양도함으로써 발생하는 소득을 감면대상 과세표준에 포함할 것인지 에 관하여는 별도의 규정을 두지 아니하였다.

그 후 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정된 조세특례제한법(이하 ⁠‘개정 조특법’

이라 한다) 제63조의2 제2항 제2호는 감면대상 과세표준에 관하여 ⁠‘당해 과세연도의

과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익(주택을 신축하여 판매하는 법인이 대통령령에

정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 제외한다)을

차감한 금액’이라고 규정하여 주택신축판매 법인이 대통령령이 정하는 주택 및 주택부

수토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 감면대상 과세표준에 포함하도록 하였고, 그

위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개정 조특법 시행령’이라 한다) 제60조의2 제5항은 주택부수토지를 ⁠‘판

매를 목적으로 신축한 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적의 5배(도시계획

구역 외의 토지는 10배) 이내의 토지’로 정하였다. 그리고 개정 조특법 부칙은 제1조

본문에서 ⁠“이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다.”라고 규정하고, 제13조에서 ⁠“제63조 및 제63조의2 제1항의 개정 규정은 이 법 시행 후 최초로 공장 또는 본사를 이전하는 분부터 적용한다.”라고 규정하였다.

한편 을 제3호증의 기재에 의하면, 재정경제부는 2001. 2. 28.자 예규(재조예

46019-36)를 통하여 ⁠「주택신축판매업을 영위하는 법인이 2002년 시행 전 조특법 제63조의2 규정에 의하여 법인 본사를 지방으로 이전하는 경우, 각 사업연도 소득에 대한 법인세 감면을 계산함에 있어서 구 법인세법 제100조 제1항 제5호의 규정에 의하여 특별부가세가 비과세되는 주택의 양도에 따른 소득은 2002년 시행 전 조특법 제63조의2 제2항 제2호 가목 규정 중 당해 연도 과세표준에서 차감하는 ⁠‘토지 및 건물의 양도차익‘ 범위에서 제외되는 것」이라는 유권해석을 한 사실은 인정된다. 그러나 이는 감면배제 대상인 ⁠‘토지 및 건물의 양도차익’에 ⁠‘주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 제외한다’는 규정을 둔 구 조특법이 개정되기 전의 해석론이다. 그런데 그 후 2001. 12. 29. 조특법이 개정 되면서 제63조의2 제2항 제2호 가목에 ⁠‘주택을 신축하여 판매하는 법인이 대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지를 양도함으로써 발생하는 소득을 제외한다’는 문구가 추가되었고, 구 조특법 시행령은 위 구 조특법의 위임을 받아, ⁠「법 제63조의2 제2항 제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지"라 함은 판매를 목적으로 신축한 주택과 당해 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 5배(도시계획구역내의 토지) 이내의 토지를 말한다」고 규정함으로써 그 의미를 명확히 하였는바, 위와 같이 명확한 규정이 존재하는 상황에서도 그 규정이 존재하기 전의 해석론이 우선하여 적용된다고 보기는 어렵다(게다가 당시 구 법인세법 시행령은 특별부가세 비과세 대상에 대하여 구 조특법 시행령과 마찬가지로 ⁠‘건물이 정착된 면적’을 기준으로 하고 있었을 뿐 이고, ⁠‘주택의 연면적’이라는 기준은 2006. 2. 9. 개정 법인세법 시행령에 이르러서야 비로소 도입되었다).

나아가 을 제3호증의 기재에 의하면, 법인세법 법인세법 시행령이 개정된 후

재정경제부가 2006. 7. 11.자 예규(재재산-813)를 통하여 구 법인세법상 특별부가세 비과세 대상에 관하여 주택의 연면적 기준을 소급하여 적용하는 것으로 해석한 사실은

인정된다. 그러나 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호와 구 조특법 시행령 제60조의2는 그 위임규정, 성격과 목적, 적용범위가 다른 규정이다. 즉, ① 개정 법인세법 시행령 제92조의2 제4항은 ⁠「법 제55조의2 제4항 제3호에서 ⁠‘대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득’이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 소득을 말한다」라고 규정하고 있으므로 법령의 문언상「법 제63조의2 제2항 제2호 가목에서 ⁠‘대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지’라 함은 판매를 목적으로 신축한 주택과 당해 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 다음 각호의 지역별 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다」고 규정한 구 조특법 시행령 제60조의2와는 명백히 위임의 근거가 다르고, ② 개정 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 규정은 법인이 비사업용 주택과 그 부수토지를 양도하는 경우 양도소득의 일정 비율에 상당하는 금액을 법인세로 추가과세하되 주택을 신축하여 판매하는 법인이 양도하는 일정 면적한도 내의 주택 및 그 부수토지에 대하여는 법인세 추가과세 대상에서 제외한다는 법인의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례규정으로, 수도권 외 지역 이전 법인의 감면대상과세표준에 대한 규정인 구 조특법 시행령 제60조의2 제5항과 그 성격과 목적이 다르며, ③ 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호는 주택신축판매법인 일반에 적용되는 반면에 구 조특법 시행령 제60조의2는 주택신축판매법인 중 수도권 외 지역 이전 법인에 한정되어 적용되므로 규율 대상도 다르다.

결국, 법인세법상 특별부가세에 관한 예규가 조특법 해석에 적용될 근거가 없고, 이를

구 조특법이 시행되기 이전의 예규와 연관지어 해석할 수도 없다.

이에 비추어 보면, 원고가 이 사건 주택부수토지를 산정함에 있어 구 조특법 제

60조의2 제5항을 적용하지 아니하고 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호를 적용

한 것은 관련 경과규정에 관한 법률적 부지나 오해에 기인한 것이라고 봄이 타당하다.

따라서 이는 원고가 관련 가산세 납부를 면할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 아니한

다. 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것이다. 이와 결론을 같이한 제1심

판결은 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각한다.

출처 : 서울고등법원 2017. 06. 14. 선고 서울고등법원 2016누77829 판결 | 국세법령정보시스템