요지

자산취득 시점에서 결산서에 반영하여 감가삼각비 등을 손금처리하여야 함에도 수정신고기간과 국세부과의 제척기간이 도과한 이후에 이를 반영하여 손금으로 처리하여 수정신고 및 경정청구를 하였으므로 절차상 하자가 명백함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 9. 22. 원고에 대하여 한 2011년 귀속 법인세 경정청구거부처분을 취소

한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1994. 1. 1. 설립되어 전기발전업을 영위하다가 현재는 항공권판매 등을

주업으로 삼고 있는 회사(변경 전 회사명: OOO발전 주식회사)로서, SSS주식회사로부터 OOO 소재 철근콘크리트 중력댐을 양도받아 1995. 8. 18.경부터 위 중력댐 위에 고정보 및 가동보와 이에 부수하는 시설(이하중력댐을 포함하여 ⁠‘이 사건 발전소’라 한다)를 설치하는 공사를 수행하였는데, 1996년경 발생한 수해로 인하여 이 사건 발전소가 유실되었다.

나. 원고는 1996. 7. 27. 이 사건 발전소의 유실에 대하여 회계상 재해손실로

2,874,739,998원을 계상한 뒤 결산서에 손금산입하여 법인세를 신고·납부하였다. 그런

데 이 사건 발전소는 1998. 5. 4.경 524,379,536원의 비용을 들여 대부분 복구되었는

바, 원고로서는 재해손실로 계상한 금액과 복구비용의 차액인 2,350,360,462원을 환입

하여 익금에 산입함과 동시에 자산으로 계상하였어야 함에도 이러한 회계처리를 하지

않았다.

다. 그 후 이 사건 발전소는 그 부지가 2008. 7.경 한국수자원공사가 시행하는 OO강

홍수조절댐 건설사업상 수몰지구에 포함됨에 따라 지장물보상 대상으로 분류되었고,

원고는 2011. 5. 13. 화해권고결정을 통하여 손실보상금으로 14억 원을 지급받은 다음, 이를 익금산입하여 2011년 귀속 법인세 350,114,146원을 신고·납부하였다.

라. 원고는 2014. 8.경 이 사건 발전소가 당초의 재해손실 회계처리와 달리 1998년경

부터 실존해 왔음을 전제로, 13년 동안 감가상각한 원가 1,600,053,084원을 2011년도

의 손금에 산입하여 기납부세액 350,114,146원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구(이하 ⁠‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나1), 피고는 2014. 9. 22. 손금의 이중공제 우려 등이 있다는 이유로 위 경정청구를 거부(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2014. 11. 5. 이의신청을 거쳐 2015. 2. 23. 조세심판원에

심판청구를 하였으나, 위 청구는 2015. 12. 8. 기각되었다.

바. 한편, 원고는 조세심판청구 전인 2015. 2. 17. 부외자산에 해당하는 이 사건 발전

소의 감가상각 후 잔존가액 1,135,629,073원2)을 익금산입하여 2009년 귀속 법인세에

대하여 수정신고(이하 ⁠‘이 사건 수정신고’라 한다)를 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

1) 을 제1, 2호증의 각 기재에 의하면, 원고는 당초 2014. 8.경 이 사건 발전소의 감가상각 후 원가 1,600,053,084원을 손금산입하여 기납부세액 340,068,661원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다가, 2014. 9.경 이 사건 발전소에 대한 1998년부터 2010년까지의 감가상각액 1,847,285,789원을 손금산입하여 기납부세액350,116,146원을 환급하여 달라는 취지로 수정한 것으로 보인다. 다만, 조세심판 단계에서부터 이 사건 소송에 이르기까지 위 라.항 기재와 같은 내용으로 경정청구가 이루어졌음에 대하여 당사자들 사이에 별다른 다툼이 없으므로, 경정청구의 내용을 위와 같이 인정하기로 한다.

2) 경정청구시 주장된 손금산입 금액은 2,874,739,998원을 기준으로 13년 동안 감가상각한 것인 반면, 수정신고시주장된 익금산입 금액은 원고 주장에 의한 이 사건 발전소의 수해복구비용(1999년∼2001년) 20억 원을 기준으로 12년 동안 감가상각한 것으로서, 시기적으로 앞서는 수정신고 금액이 경정청구 금액보다 더 적은 모순이 발생하고 있다. 다만, 원고는 조세심판단계 및 이 사건 소송에서는 수정신고 금액을 기초로 2011년 사업연도 법인세가 감액경정되어야 한다는 취지로 주장한 것으로 보인다.

가. 원고 주장의 요지

(1) 주위적으로, 당초 이 사건 발전소가 멸실되지 않았음에도 재해손실로 잘못 회계

처리함에 따라 2011년 귀속 법인세 신고·납부시 부외자산인 이 사건 발전소에 대하여

손실보상금 익금산입에 대응하는 손금산입을 할 수 없었는바, 이를 바로잡기 위하여

우선 경정청구 대상 시기(2011년)에 앞서는 2009년 귀속 법인세에 대하여 이 사건 수

정신고를 함으로써 이 사건 발전소의 잔존가액 1,090,193,376원3)을 자산으로 계상(익

금산입)하였고, 이 사건 경정청구는 이러한 적법한 수정신고를 전제하여 이루어졌으므 로, 달리 손금의 이중공제 등을 이유로 이 사건 경정청구를 거부할 수 없다.

(2) 예비적으로, 원고는 1999년경부터 2001년경까지 3회에 걸쳐 부외자산인 이 사건

발전소에 대하여 수해복구비용으로 약 20억 원 이상을 지출하였는바, 위 ⁠(1)항 기재와

같이 이 사건 수정신고가 적법한 이상, 손실보상에 따른 부외자산 처분시 적어도 이

사건 발전소에 투입된 복구비용 20억 원 상당을 기준으로 감가상각한 잔존가액

1,135,629,073원은 손금산입되어야 하므로, 이 사건 경정청구는 적법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

관계 법령을 기초로 앞서 든 증거들에 이 법원의 전문심리위원 EEE에 대한 각

의견조회결과와 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합

하여 보면, 이 사건 경정청구는 그 전제가 되는 이 사건 수정신고에 하자가 존재하여

3) 재해손실환입되지 않은 2,344,536,462원을 기준으로 12년(1998년∼2009년) 동안

감가상각한 금액이다.

위법하므로, 이를 거부한 이 사건 처분은 적법하다고 봄이 상당하다.

(1) 우선 원고는 이 사건 발전소에 대하여 손실보상을 받았던 2011년 사업연도 법인

세 신고 이후 부외자산인 이 사건 발전소의 수용으로 인한 부분에 관하여 손금인식 및 과세표준 감액경정을 주장하기 위하여, 이 사건 발전소를 2009년 사업연도에 자산

_1998년(이 사건 발전소가 복귀된 사업연도)부터 2009년(수정신고한 사업연도)까지 감

가상각 후 가액으로 인식하여 이 사건 수정신고를 한 것으로 보인다.

그런데 원고는 수정신고에 따라 이 사건 발전소를 자산으로 인식한 후, 적법하

게 회계장부에 반영된 감가상각비(결산조정사항)4)의 손금산입을 주장하는 것이 아니라

손실보상이 된 이 사건 발전소 자체의 손금산입을 주장하고 있는바, 이는 아래에서 보 는 바와 같이 법령에 위반하여 2009년 사업연도에 이 사건 발전소를 자산으로 익금산

입하였음을 전제로 2011년 사업연도 법인세에 대한 과세표준 내지 세액의 경정을 청

구하고 있는 것으로서, 현행법상 받아들이기 어렵다.

(2) 부외자산의 익금산입시기는 과세관청이 부외자산을 조사·확인한 사업연도가 아

니라, 납세자가 당해 부외자산을 실제로 취득한 사업연도이다(대법원 2007. 6. 28. 선 고 2005두11234 판결 취지 참조). 앞서 본 바와 같이 원고는 당초 수해로 인하여

2,874,739,998원 상당의 이 사건 발전소가 전부 멸실되었다고 보아 그 회계처리를 재

해손실로 하였다가, 1998. 5. 4.경 비용 524,379,536원을 들여 이 사건 발전소를 복구

하였으므로, 재해손실환입 회계처리5) 등을 통하여 이 사건 발전소를 다시 자산으로 계

4) 실제 회계장부에 계상하지도 않았던 것으로 보인다.

5) 결산조정사항의 통상경정청구 대상적격의 문제는 당초 신고시 일정 비용을 손비에 계상하지 않았다가 추후 이를 손비로 계상하면서 경정청구를 할 수 있는지에 관한 것으로서, 1998년 복귀된 이 사건 발전소 등에 관한 재해손실환입은 익금산입의 문제에 해당된다고 할 것이다(법인세법 제42조 제3항 제2호의 천재지변으로 파손된 고정자

상하였어야 함에도 그렇게 하지 않았다. 따라서 이 사건 발전소는 그 무렵부터 회계상

부외자산의 형태로 원고에게 귀속되었다고 평가할 수 있고, 그에 따라 그 익금산입시

기 역시 1998년경이라고 할 것인데, 이와 달리 원고는 임의로 2009년 사업연도에 이

사건 발전소를 익금산입하는 내용으로 이 사건 수정신고를 하였으므로, 이 사건 수정

신고는 적법하게 효력이 발생한다고 볼 수 없다.

(3) 국세기본법 제45조 제1항은 ⁠‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득

세법 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는

다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세

의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항에 따

른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다’고 규정하고 있고, 같 은 법 제26조의2 제1항은 ⁠‘국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할

수 없다’고 규정하면서, 각 호에서 ⁠‘납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부

정한 행위(이하 ’부정행위‘라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그

국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(제1호)’, ⁠‘납세자가 부정행위로 소득세법 제81조

제3항 제4호, 법인세법 제76조 제9항 제4호, 부가가치세법 제60조 제2항 제2호·제3항 및 제4항에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터

10년간(제1호의2)’, ⁠‘납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경

우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간(제2호)’, ⁠‘제1호·제1호의2 및 제2호 에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간(제3호)’을

산에 대한 평가차손이 결산조정사항에 해당될 여지가 있을 뿐이다).

각각 들고 있다.

위 ⁠(1)항에서 본 바와 같이 이 사건 발전소의 익금산입시기가 1998년경이고, 원

고에게 국세기본법 제26조의2 제1항 제1 내지 2호 소정의 사유가 존재하지 않는 이상

(원고가 1998년 법인세 신고·납부시 조세 포탈 등을 하였다거나 과세표준신고서를 제

출하지 않았다고 볼 만한 증거가 없고, 이 사건 수정신고는 가산세에 관한 것이 아니

다), 원고는 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 따라 1998년 귀속 법인세 신고기한

인 1999. 3. 31. 다음 날부터 5년 이내에 수정신고를 해야 했음에도, 약 16년이 지난

시점에서야 이 사건 수정신고를 하였다. 따라서 이 사건 수정신고에는 제척기간을 도

과한 위법도 존재한다 위 ⁠(2), ⁠(3)항의 내용을 종합하여 보면, 원고는 1998년경에 이

사건 발전소를 익금산입한 뒤, 결산조정사항인 감가상각비를 계속해서 회계에 반영하 는 방법으로 감가상각비는 물론 2011년 사업연도에 그 잔존가액을 손금으로 인정받을

여지가 있었다 .

(4) 원고는 법인세법 제66조 제2항 제1호를 근거로 원고의 납세지 관할 세무서장인

피고에게 당초 이 사건 발전소에 관하여 잘못 처리된 회계내역을 경정하여야 할 의무 가 있다는 취지로 주장한다.

법인세법 제66조 제2항 제1호가 ⁠‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장 은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다’고 규

정하면서, 제1호에서 ⁠‘신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우’를 들고 있기는 하다.

그러나 이러한 경정은 부외자산인 이 사건 발전소의 익금산입을 전제로 하는 것인데,

그에 관한 이 사건 수정신고가 적법하지 않으므로, 원고는 단지 1996년의 법인세 신고

내용이 실질과 다르다는 이유만으로 피고에게 경정의무 있음을 주장할 수는 없다.

(5) 원고는 당초 1996년 이 사건 발전소에 대하여 재해손실로 회계처리를 함에 따라

그 가액인 2,874,739,998원 상당의 결손금이 발생하였고, 이월된 위 결손금과 1998년 및 1999년에 발생한 채무면제이익 1,115,513,229원, 600,000,000원을 상계하였는데, 나머지 1,159,217,769원은 그 이후의 사업연도 소득에서 차감된 바 없이 5년이 도과하여 2001. 12. 31. 소멸하였으므로, 적어도 위 소멸한 금액 부분에 한하여는 손금의 이중공제에 해당하지 않는다는 취지로 주장한다.

어느 사업연도의 손금 총액이 익금 총액을 초과하는 금액은 결손금에 해당하고,

이월결손금은 당해 사업연도 이전에 발생하여 당해 사업연도로 이월된 결손금을 의미

하며, 한편, 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 또는 10년(법인세법이 2008. 12. 26.

법률 제9267호로 개정되면서 10년으로 연장되었다) 이내에서 먼저 발생한 것부터 순

차로 공제하여야 한다. 이는 과거 사업연도로부터 이월된 결손금의 경우 당해 사업연

도에 반영할 수 없는 것이 원칙이나 과거 사업연도부터 당해 사업연도까지 전체적으 로 결손인 법인에 대하여 법인세를 부과하는 불합리한 결과를 방지하기 위하여 일정

기간 내에 발생한 결손금에 한하여 그 후 사업연도 과세표준에서 공제할 수 있도록

예외를 인정한 것이다. 이러한 결손금 이월공제제도의 취지에 비추어 볼 때, 이월결손

금 중 법령에서 정한 이월 기간의 도과로 인하여 공제되지 못한 부분이 있다는 문제 와 손금의 이중공제 문제는 전혀 차원이 다른 것으로서, 이월되어 공제되지 않은 부분 이 있다고 하여 손금의 이중공제가 성립될 수 없는 것은 아니다. 원고는 1996년 법인

세 신고·납부시 이 사건 발전소 가액 2,874,739,998원 상당을 손금산입하여 이미 공제

받았음에도 부외자산인 이 사건 발전소가 수용되자 다시 그 감가상각 후의 원가를 손

금산입하여 달라는 취지로 이 사건 경정청구를 하고 있는바, 이는 손금의 이중공제에

해당하므로, 이러한 관점에서도 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 인천지방법원 2017. 10. 26. 선고 인천지방법원 2016구합51256 판결 | 국세법령정보시스템