요지

 ⁠(1심 판결과 같음)위탁계약에 따른 대행사업비와 위탁수수료를 본인의 계산으로 지출한 이상 대행사업비와 위탁수수료 전체가 용역의 대가이므로 대행사업비는 부가가치세 과세대상에 포함됨

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여, 2014. 11. 4. 한 2009년 제2기분 부

가가치세 000,000,000원, 2014. 11. 5. 한 2010년 제2기분 부가가치세 000,000,000원,

2011년 제2기분 부가가치세 000,000,000원, 2012년 제2기분 부가가치세 000,000,000

원, 2013년 제2기분 부가가치세 000,000,000원의 각 과세처분을 모두 취소한다(소장

청구취지 기재 처분일자 ⁠‘2014. 11. 12.’는 오기로 보인다).

  이 유

1. 제1심 판결 이유의 인용

  이 판결 이유는 아래와 같이 일부 수정하거나 추가하고, 제2항에서 원고가 이 법원에서 추가한 예비적 주장에 관한 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결 이유와 같다. 그러므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

○ 제1심 판결문 11면 3행의 ⁠“수입금액으로 신고한 점”을 ⁠“수입금액으로, 지출한 대행사업비를 비용으로 계상하여 신고한 점”으로 수정함

○ 제1심 판결문 12면 1행의 ⁠“원고의 계산으로 지출한 것으로” 다음에 ⁠“(앞서 본 00시와 원고의 이 사건 위탁계약 및 그에 따른 00시의 원고에 대한 대행사업비 등 지급경위, 원고와 하청업체들의 계약 및 하청업체들의 원고에 대한 세금계산서 발급, 원고의 법인세 신고경위 등에 비추어 볼 때, 이 사건 각 시설들이 00시가 지방자치단체 고유의 사업으로 운영하고 있음이 명확한 시설들이라는 사정만으로 하청업체들이 원고가 아닌 00시가 ⁠‘공급받는 자’임을 쉽게 알 수 있었다거나 이 사건 대행사업비가 00시의 계산으로 지출된 것에 해당한다고는 볼 수 없다. 따라서 원고가 자기 명의로써 타인의 계산으로 사업을 영위하는 준위탁매매인이라고는 볼 수 없다)

○ 제1심 판결문 13면 7행의 ⁠“원고가 주장하는 사유는”을 ⁠“지방자치단체가 업무를 공단에 위탁하면서 지급하는 대행사업비는 세금계산서 교부대상이 아니라는 과세전 적부심 사례를 참조하였다거나, 원고는 2006. 1.경부터 이 사건 용역을 수행하면서 대행사업비를 부가가치세 과세표준에 포함하지 않고 있었는데 2011. 12. 30.자 원고의 2006~2008 사업연도에 대한 세무조사 결과통지 당시 이러한 점이 지적되지 아니하였다 하더라도, 그러한 사정만으로 원고가 납세의무를 알기 어려운 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 그 밖에 원고가 주장하는 사유들은”으로 수정함

2. 이 법원에서 추가된 원고의 예비적 주장에 관한 판단

가. 개정 조세특례제한법 시행령의 위헌 여부에 관한 원고의 주장

지방공사가 제공하는 재화 등의 경우 개정된 조세특례제한법 시행령(2017. 2. 7.시행)부터 부가가치세 면제대상에 포함되었고, 그 부칙에서 통합 지방공사의 경우 부가가치세를 소급 면제하도록 규정하고 있다. 그런데 부칙 규정의 목적은 ⁠“적절한 국가 재정의 확보” 내지 ⁠“과도한 재정지출의 방지”이고, 원고는 지방단체의 고유사업을 대행한다는 점에서 통합 지방공사들과 동일하며, 원고의 평등권과 재산권을 침해하지 않는 다른 수단이 존재하므로 원고가 달리 취급받아야 할 아무런 이유가 없다. 그럼에도 불구하고 위 부칙 규정은 본질적으로 같은 것을 자의적으로 다르게 취급하고 있고, 그러한 차별 취급을 정당화할 수 있는 합리적인 이유 또한 불분명하며, 차별 취급으로 인한 결과 또한 정당화될 수 없으므로, 입법내용이 정의와 형평에 반하거나 자의적으로 이루어진 경우에 해당하여 평등의 원칙에 반하고 과잉금지 원칙에 위반하여 원고의 평등권(헌법 제11조 제1항) 및 재산권(헌법 제23조 제1항)을 제한하는 위헌적인 규정이다.

나. 판단

부가가치세 면제에 관한 조세특례제한법 제106조와 2017. 2. 7. 신설된 조세특례제한법 시행령 제106조 및 그 부칙의 규정은 아래와 같다.

조세특례제한법

제106조(부가가치세의 면제 등)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제

한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것

에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31

일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체

결된 것에만 적용한다.

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령

령으로 정하는 것

조세특례제한법 시행령

제106조(부가가치세 면제 등)

⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각

호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 ⁠「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사

가. 시·군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것

나. 제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사

일 것

다. 해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방공단이 없을 것

⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는

자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용

역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은

「부가가치세법 시행령」 45조제1호에도 불구하고 적용한다.

부칙 23조 ⁠(부가가치세의 면제 등에 관한 적용례)

① 제106조 제7항 제22호의2의 개정규정은 이 영 시행 전에 시ㆍ군 또는 자치구에서 설립한 지방공사가 「지방공기업법」 제78조 및 제78조의2에 따른 경영개선명령 등에 따라 공사ㆍ공단과 합병하거나 같은 법 제49조에 따른 설립 타당성 평가에 따라 자발적으로 공사ㆍ공단과 합병한 경우에도 적용한다.

그런데 ① 지방공단의 자본금은 그 전액을 지방자치단체가 현금 또는 현물로 출자하 는 반면, 지방공사는 운영을 위하여 필요한 경우 자본금의 1/2 범위 내에서 지방자치

단체 외의 자가 출자할 수 있고(지방공기업법 제53조 제1항, 제2항, 제76조 제2항), ②

지방공단이 제공하는 재화 등의 경우 구 조세특례제한법 시행령(1998. 12. 31. 대통령

령 제15976호로 전부 개정된 것)부터 부가가치세 면제대상에 포함되었는데(제106조 제

6항 제22호), 지방공사가 제공하는 재화 등의 경우 위 조세특례제한법 시행령부터 비

로소 부가가치세 면제대상에 포함되는 등(위 제106조 제7항 제22호의2) 지방공단과 지

방공사는 설립 및 과세 등에 있어 분명한 차이가 있으며, ③ 조세특례제한법 시행령

부칙에서 부가가치세 면제대상으로 정한 ⁠‘행정안전부장관 또는 지방자치단체의 장의

경영평가에 따른 경영개선명령’(지방공기업법 제78조, 제78조의2)에 따라 공사․공단과

합병한 지방공사나 ⁠‘설립 타당성 평가’(지방공기업법 제49조)에 따라 자발적으로 공사․공단과 합병한 지방공사와, 그렇지 아니한 원고와 같은 지방공사를 본질적으로 같

게 취급할 대상이라 볼 수는 없고, ④ 종전에 부가가치세 면제대상이 아니었던 지방공

사가 2017. 2. 7. 개정된 조세특례제한법 시행령이 시행된 때부터 부가가치세 면제대상 에 포함되게 되었는데, 위 부칙 규정은 ⁠“적절한 국가 재정의 확보”가 목적이 아니라 경

영개선명령 또는 설립 타당성 평가에 따라 일부 합병된 지방공사 등이 종래에 납부한

부가가치세 등 역시 소급하여 감면․환급하여 줌으로써 지방공사의 재정운영에 도움을

줄” 목적이라고 봄이 타당하다.

위와 같은 사정을 종합하여 보면, 위 부칙 규정이 원고와 같은 지방공사의 평등권과

재산권을 침해한다거나 과잉금지 원칙 등에 위배되어 헌법에 위반한다고는 볼 수 없

다. 따라서 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을

같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

출처 : 서울고등법원 2017. 08. 25. 선고 서울고등법원 2017누32908 판결 | 국세법령정보시스템