요지

��이 사건 조세감면 결정은 이 사건 투자신고 금액인 ***억원 전액을 대상금액으로 명시하였고, 위 조세감면 결정 내용에 투자시기를 제한하거나 투자가 한 번에 이루어져한 한다는 등의 조건이나 제한이 없으므로 추후 투자한 ***억원도 개정전 조세특례제한법이 적용됨

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2015. 10. 8. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 982,420,580원(가산세 포함)의 부과처분 및 2014 사업연도 법인세 4,678,255,410원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 독일 법인인 M**** H****** G***(이하 ⁠‘M**'라고 한다)가 지분 100%를 투자하여 설립한 외국인투자기업으로서, 액정표시장치용 액정 개발 및 제조업 등의 사업을 영위하고 있다.

나. 원고는 2004. 11. 1. 재정경제부장관에게, ⁠‘TFT-LCD용 액정(Liquid Crystal) 개발 및 제조, TFT 차입 평판디스플레이용 Polymer 액정, 평판 디스플레이용 발광형 유기EL 소재 및 Polymer Electronic 소재 개발 및 제조’ 사업(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)이 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘제구법’이라 한다) 제121조의2 제1항 제1호에서 규정하는 법인세 등 감면대상에 해당하는지 여부의 사전확인 신청을 하였고, 2004. 12. 17. 재정경제부장관으로부터 조세감면 대상사업에 해당한다는 사전확인 통보를 받았다.

다. M**는 2004. 12. 27. 외국인투자촉진법 제5조 제1항에 따라, 현금 600억 원을 원고에게 추가로 투자하고 원고 발행의 주식 600만 주를 취득하는 내용으로 ⁠‘신주 등의 취득에 의한 외국인증액투자신고’(이하 ⁠‘이 사건 투자신고’라고 한다)를 하였다.

라. 원고는 2004. 12. 30. 이 사건 사업이 제1구법 제121조의2 제1항 제1호에 해당 주식종류 취득수량 1주당 액면가 액면총액 1주당 취득가 취득총액 보통주 6,000,000주 10,000원 60,000,000,000원 10,000원 60,000,000,000원 함을 이유로 같은 조 제6항에 근거하여 재정경제부장관에게 위 600억 원의 외국인투자에 대한 조세감면 신청(이하 ⁠‘이 사건 조세감면 신청’이라 한다)을 하였고, 재정경제부장관은 2005. 1. 21. 원고에게 아래와 같은 내용으로 조세감면 결정(이하 '이 사건 조세감면 결정’이라 한다) 통보를 하였다.

마. 원고는 2005. 1. 27. M**로부터 이 사건 투자신고 금액 중 100억 원을 투자(이하 ⁠‘이 사건 1차 투자’라고 한다)받아 이에 관한 증자등기를 마쳤다.

바. 원고는 2008. 1. 12경. M**로부터 140억 원을 추가로 투자(이하 ⁠‘이 사건 2차 투자’라고 한다)받아 2008. 1. 15. 그 증자등기를 마쳤다. 이후 원고는 제1구법 제121조 의2 제2항 본문에 따라 이 사건 2차 투자의 대상사업으로 발생한 소득(이하 ⁠‘대상소득’이라 한다)에 대한 법인세가 7년 동안 전액 감면됨을 전제로, 2013 및 2014 각 사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

사. 피고는, 이 사건 2차 투자는 2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정된 조세특례제한법(이하 ⁠‘제2구법’이라 한다) 제121조의2 제2항 본문이 시행된 이후에 이루어졌으므로 위와 같이 개정된 법률을 적용하여야 하고, 그에 따르면 대상소득에 대한 법인세는 5년 동안 전액 감면하고 그 후 2년 동안은 50%를 감면하여야 하므로 위와 같이 50%의 감면기간에 해당하는 2013, 2014 각 사업연도에는 감면된 50%의 세액을 제외한 나머지 법인세는 납부하여야 한다는 이유로, 2015. 10. 8. 원고에게 2013 사업연도 법인세 982,420,580원(가산세 포함)과 2014 사업연도 법인세 4,678,255,410원(가산세 포함)을 각 부과하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제4호증(각 가지번호 포함함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 그 처분사유와 관계 법령의 규정을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다. 이에 대하여 원고는, 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다고 다툰다.

1) 이 사건 2차 투자는 이 사건 조세감면 신청에 따라 조세감면 결정을 받은 600억 원의 외국인투자의 일부로 이루어진 것으로서 그 신청 당시 시행되던 제1구법이 적용되어야 한다. 따라서 2013, 2014 각 사업연도의 대상소득에 대한 법인세는 전액 감면되어야 함에도 그 50%만 감면하고 나머지 세액을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고는 이 사건 2차 투자를 앞두고 재정경제부장관에서 이 사건 조세감면 결정에 따른 법인세의 감면율 및 감면기간을 질의하였는데, 재정경제부장관은 2007. 7. 16. 원고에게 ⁠‘이 사건 조세감면 결정을 받은 건의 조세감면은 7년간 100%, 그 후 3년간50%로 적용되고, 위 조세감면 결정 통지일(2005. 1. 21.)부터 3년 이내의 증자분에 대하여는 조세감면 결정 시 확인된 외국인투자신고금액 범위 안에서 별도의 조세감면 신청 없이 감면결정을 받은 것으로 볼 수 있다’고 회신하였다. 원고는 위와 같이 7년간 법인세 전액이 감면된다는 재정경제부장관의 견해표명을 신뢰하여 이 사건 조세감면결정 시 확인된 외국인투자신고금액 범위 안의 금액인 140억 원을 투자받아 이 사건 2차 투자가 이루어진 것이므로, 위 견해표명에 반하는 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙을 위반하는 것으로서 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) ① 2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 조세특례제한법인 제1구법에 의하면, 법인세 감면대상 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 대한 법인세는, 당해 사업을 개시한 후(증자의 경우에는 자본증가에 관한 변경등기를 한 후) 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 50%의 세액을 감면한다(제121조의2 제2항, 제121조의4).

② 2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되고 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 조세특례제한법인 제2구법에 의하면, 위와 같은 소득에 대한 법인세는, 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 50%의 세액을 감면한다(제121조의2 제2항, 제121조의4). 위 규정은 2005. 1. 1.부터 시행하고(부칙 제1조), 위 규정의 적용은 위 법 시행 후 조세감면을 신청하는 분부터 적용하며(부칙 제27조), 위 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 법인세 등의 감면을 적용받고 있던 외국인 투자에 대하여는 당해 감면기간 동안 종전의 규정을 적용한다(부칙 제40조).

③ 2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 조세특례제한법(이하 ⁠‘제3구법’이라 한다)에 의하면, 제121조의2 제2항에 의한 조세감면율과 감면기간은 제2구법과 같고, 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 경과하는 날까지 최초의 출자(증자 포함)가 없는 경우에는 조세감면 결정의 효력은 상실되며(제121조의2 제13항), 외국인투자신고 후 최초의 조세감면 결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 별도의 감면신청을 아니하는 경우에 도 그 증자분에 대하여 감면결정을 받은 것으로 본다(제121조의4 제4항). 위 법은 2006. 1. 1.부터 시행하고(부칙 제1조), 제121조의2 제13항의 규정은 위 법 시행 후 최초로 조세감면결정을 받는 분부터 적용하며(부칙 제30조), 제121조의4 제4항 규정은 위 법 시행 후 최초로 증자하는 분부터 적용한다(부칙 제31조).

2) 위와 같은 조세특례제한법의 개정 경위와 내용, 이 사건 조세감면 결정의 내용 등을 종합하면, 이 사건 2차 투자로 발생한 대상소득에 대한 법인세는 이 사건 조세감면 신청 당시에 시행되던 제1구법 제121조의2 제2항에 따른 조세감면율과 감면기간을 적용하여 부과함이 타당하다. 그 이유는 아래와 같다.

가) 이 사건 조세감면 신청 당시에 시행되던 제1구법에는 조세감면 신청 및 조세감면 결정 후 실제로 투자가 이루어져야 하는 시기나 투자 횟수에 관한 규정은 존재하지 않는다.

나) 이 사건 조세감면 결정은 이 사건 투자신고 금액인 600억 원 전액을 대상금액으로 명시하였고, 위 조세감면 결정 내용에 투자시기를 제한하거나 투자가 한 번에 이루어져야 한다는 등의 조건이나 제한은 없다. ⁠‘증자를 할 경우 별도의 조세감면 신청을 하여야 한다’는 통보서 하단의 문구는, 이 사건 조세감면 결정 내용, 다른 조세감면 결정 사례들 및 의미가 불분명할 경우 작성자에게 불리하게 제한해석하여야 한다는 불명료의 원칙 등에 비추어 보면, ⁠‘조세감면 결정을 받은 금액을 초과하여 증자하는 경우에는 별도의 조세감면 신청을 하여야 한다’는 의미로 해석함이 상당하다.

다) 제3구법 제121조의4 제4항의 ⁠‘외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 별도의 감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 감면결정을 받은 것으로 본다’는 규정은, 이 사건과 같이 조세감면 결정이 적용되는 투자시기 등에 관한 규정의 부재에서 오는 불명확성을 해소하기 위하여 신설된 것으로 보이는바, 법이 개정된 경우 감면신청일을 기준으로 그 적용법령을 정하도록 부칙에서 규정하고 있음에도, 이 사건 조세감면 신청 이후에 신설된 제3구법 제121조의4 제4항을 적용하여 이 사건 2차 투자에 관한 증자등기일을 감면신청일로 의제하여 적용법령을 결정하는 것은 조세법률 불소급의 원칙에 반한다.

3) 소결

그렇다면 2013, 2014 각 사업연도는 이 사건 2차 투자에 관한 증자등기를 한 후 이 사건 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 해당하므로, 제1구법 제121조의2 제2항에 따라 대상소득에 대한 법인세 전액을 면제하여야 한다. 따라서 원고에 대하여 대상소득에 대한 법인세의 50%에 상당하는 금액만을 감면하여 나머지 세액을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.

출처 : 수원지방법원 2018. 02. 08. 선고 수원지방법원 2017구합65440 판결 | 국세법령정보시스템