요지

의약품 자전거래 형식의 이 사건 거래는 가공 또는 위장 거래에 해당하므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 0000. 0. 0. 원고에 대하여 한 0000년 제0기 부가가치세 0원, 0000년 제0기 부가가치세 0원의 각 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 0000. 0. 0. 설립되어 의약품 도매업을 영위하는 회사이다.

나. 의약품 제조회사인 s(이하 ⁠‘s’이라고 한다)은 경영진 교체 후 내부적으로 00 내지 00 사업연도 회계감사를 실시하고 재화의 공급 없이 매출을 인식하였음을 확인한 뒤 부가가치세 수정신고 및 경정청구를 하였다.

다. 00지방국세청장은 s의 부가가치세 경정청구에 대하여 검토한 결과 주식회사 t(이하 ⁠‘t’라 한다)가 0000년 제0기부터 0000년 제0기 과세기간 동안 s으로부터 재화의 공급을 받지 않고 0원 상당의 세금계산서를 수수한 혐의가 있다며 피고에게 과세자료를 통보하였다.

라. 피고는 0000. 0. 0.부터 0000. 0. 0.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시하고, 원고가 0000년 제0기부터 0000년 제0기 과세기간 동안 아래 표 및 별지 1 기재와 같이 ① 재화 및 용역의 공급 없이 또는 재화 및 용역의 공급이 있었으나 과다하게 0원의 매출세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 발급하고, ② 재화 및 용역을 공급받지 아니하고 또는 재화 및 용역을 수취하였으나 과다하게 0원의 매입세금계산서[이하 ⁠‘이 사건 매입세금계산서’라 하고, 이 사건 매출세금계산서와 통틀어 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 하며, 그 대상이 되는 계약․거래를 ⁠‘이 사건 ⁠(매입․매출)계약․거래’라 한다]를 수취한 뒤 부가가치세를 신고․납부한 사실을 적발하였다.

마. 피고는 원고가 사실과 다른 세금계산서를 수수한 것으로 보아 그 부분에 해당하는 매출세액을 감액하고, 매입세액을 불공제하여(수정세금계산서 대상 금액을 포함하되 가산세 산정 시에는 제외) 0000. 0. 0.원고에게 아래와 같이 0000년 제0기 부가가치세(가산세 포함) 0원, 0000년 제0기 부가가치세(가산세 포함) 0원을 각 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 원고는 의약품을 유통하는 도매상으로, 매출처(u, 주식회사 c, 주식회사 t, 이하 ⁠‘이 사건 매출처들’이라 한다), 매입처(주식회사 m, d 주식회사, f 주식회사, k 주식회사, 주식회사 g, 이하 ⁠‘이 사건매입처들’이라 한다) 사이에 실제로 유통기한이 임박한 의약품을 유통하였다가 판매되지 않은 의약품을 다시 반품하는 거래를 하는 과정에서 세금계산서를 수수하였다가 이를 취소하는 수정세금계산서를 수수하였다. 이와 같이 의약품이 공급되었다가 반품되는 유통경로는 모두 건강보험심사평가원에도 보고되었고, 거래명세표, 운송장도 존재하는바, 이 사건 세금계산서는 허위세금계산서가 아니다.

2) 원고는 p와 정상적으로 의약품 판매망 확보를 위한 컨설팅 용역을 수수(매출 0만 원, 매입 0만 원)한 바 있다. 원고는 p에게 지급해할 채무가 있어 위 매출대금 0만 원을 지급받지 못하고 있을 뿐이고, 매입대금은 정상적으로 지급하였다(갑 제10호증).

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

가) 부가가치세법상 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 의미는, 과세 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받은 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 않는 경우를 가리키는 것이고, 부가가치세 납세의무자가 매입세액공제의 근거로 제출한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다거나 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 점이 과세 관청에 의하여 상당한 정도로 증명되어, 그것이 실지매입인지 여부 또는 세금계산서의 기재 내용의 진위가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 세금계산서에 기재된 공급자와 거래를 실제로 하였다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결, 대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결, 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

나) 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험의 법칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는 납세의무자가 문제로 된 해당 사실이 경험의 법칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당 사건에서 그와 같은 경험의 법칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한 해당 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2014. 5. 29. 선고 2014두2027 판결 등 참조).

2) 인정사실

가) 이 사건 세금계산서 중 일부 약품의 유통경로는 다음 그림과 같다.

나) y은 배우자 e을 원고의 대표자로 하여 원고를 설립하여 운영하다가, 0000. 0. 0.경 원고의 대표자로 등기․등록을 하였다. 한편 y은 원고와 허위 매출거래를 하였다고 지목된 t에서 세금계산서 수수 업무를 담당한 h의 동생이다.

다) 원고와 t는 서울 00구 00동 소재 건물의 같은 창고를 칸막이로 구분하여 의약품 보관창고로 함께 사용하고 있다.

라) 원고는 t로부터 0원을 입금받았는데, 이는 원고가 t에 지급한 0000. 0. 0.자 0억 원, 0000. 0. 0.자 0만 원, 0000. 0. 0.자 0억 원중 일부를 되돌려 받은 것이다(을 제5호증 4면).

마) h는 과세관청의 조사과정에서 g과의 매입거래, u 및 c과의 매출거래가 자전거래임을 인정하였고(을 제6호증 13면 이하), 과세관청은 t의 모든 의약품 거래(원고 포함)를 가공거래 또는 위장거래로 확정하였다.

바) y은 피고의 조사과정에서 p와의 거래를 제외한 나머지 이 사건 거래가 ⁠“부가가치세 과세표준을 조정하기 위한 자전거래에 해당하는지 여부”를 묻는 조사자의 개별적인 질문에 모두 ⁠“맞다”고 진술하고, t와의 이 사건 매출세금계산서에 대해서도 ⁠“모두 실물거래 없이 발급한 세금계산서가 맞다”고 진술한 심문조서가 작성되었다(을 제5호증).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 14호증, 을 제2, 5, 6 내지 9호증의 각 기재(가지

번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

3) 이 사건 세금계산서가 재화의 수수가 없거나 재화의 수수가 있더라도 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부에 대한 판단

앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들 및 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서는 재화의 수수가 없거나 재화의 수수가 있더라도 반품을 전제로 실질적 소유권이나 처분권의 이전 없이 작성된 가공세금계산서임이 상당한 정도로 증명되었다고 볼 수 있다. 따라서 재화의 공급이 실제로 이루어졌다는 점에 관하여는 원고가 이를 증명할 필요가 있는데, 원고가 제출한 증거들만으로는 이러한 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

가) 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 과세요건 사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명․날인되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수는 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560판결 참조). 원고의 실질 운영자 y이 피고의 조사과정에서 이 사건 거래가 자전거래에 해당한다는 취지로 진술한 심문조서가 작성되었고(을 제5호증), 위 조서가 y의 의사에 반하여 강제로 작성되었다는 등의 특별한 사정은 확인되지 않는다.

한편 y은 위 조사 말미에 ⁠“자전거래라는 것이 세법에 어긋나는 것인지 몰랐다. 유통 관련해서 의약품 실물거래를 한 사실은 있으며 단지 유통기한이 임박한 제품을 공급하였다.

판매를 해보려고 노력했으나 부득이하게 못 팔고 거래처로 반품한 사실이 있다”고 진술하기는 하였으나, y이 조사과정에서 조사자의 각 거래별 질문에 대하여 자전거래 사실을 모두 인정하였던 점에 비추어 보면, 위 진술은 이 사건 처분의 대상에서 제외된 거래와 관련한 것으로서 정상을 참작해 달라는 취지로 이해된다.

나) 이 사건 거래와 관련하여 원고가 대금을 수수하였음을 증명할 아무런 증거가 없고, 원고의 주장과 같이 거래처들과 대금의 수수 없이 외상거래를 할 만한 특별한 사정을 확인할 자료도 없다.

다) 건강보험심사평가원 보고자료에 의약품이 수수된 것으로 기재되어 있더라도, 그러한 사정만으로는 원고와 거래상대방 사이에 당해 의약품에 대한 소유권이나 처분권의 이전이 동반된 실질적인 거래가 이루어졌음이 입증된다고 볼 수 없다.

라) 이하에서는 개별적으로 살펴보기로 한다.

(1) u, c과의 거래에 관하여 보건대, ① 원고는 u 및 c에 게 정상적으로 약품을 공급하였다가 반품받았다면서 운송장과 반품운송장을 제출하였으나, 운송장에 구체적인 물품 내역이 기재되어 있지 않은 점, ② 위 각 운송장의 기재에 의하면 원고가 0000. 0. 0.에 의약품을 납품하였다가 그로부터 이틀 뒤인 0000. 0. 0.에 이를 전부 반품받았다는 것인데(갑 제4 내지 7호증) 이는 이례적일 뿐만 아니라 판매하지 못한 물품을 반품받았다는 원고의 주장과도 부합하지 않는 점, ③ u, c은 0000. 0. 기준 폐업한 상태이고, u의 대표자 i의 동생 n이 c의 대표자로 확인되는 사정은 이 사건 매출거래가 정상적으로 이루어지지 않았음을 상당한 정도로 뒷받침하는 점에 앞서 든 사정들을 종합해 보면, u, c과의 이 사건 매출세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다고 판단된다.

(2) 원고와 t의 거래에 관하여 보건대, ① t가 원고로부터 발급받은 매입세금계산서가 과세관청으로부터 가공거래로 확정되었고 이에 관하여 t가 불복하고 있다는 점에 관한 증거는 제출되지 않은 점, ② 원고와 t는 같은 창고를 칸막이로 구분하여 의약품 보관창고로 함께 사용하였고 재화의 이동도 확인되지 않는 점, ③ t가 원고에게 대금(0원)을 지급하기는 하였으나 그 자금의 출처가 원고이므로 원고가 t로부터 매출 대금을 지급받은 사실은 확인되지 않는 점, ④ y은 피고의 조사과정에서 t와의 이 사건 매출 세금계산서가 모두 ⁠“실물거래 없이 발급한 세금계산서가 맞다”고 인정하였던 점(을 제5호증 6면)에 앞서 든 사정들을 종합해 보면, t와의 이 사건 매출세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다고 판단된다.

(3) m과의 매입거래에 관하여 보건대, ① 원고가 제출한 운송장 및 반품 운송장만으로는 구체적인 물품의 납품내역이 확인되지 않는 점, ② 원고가 m로부터 의약품을 실제로 납품받았다며 제출한 운송장(갑 제16호증의 2)의 접수일자(0000. 0. 0.)는 이 사건 매입세금계산서 발급일자(0000. 0. 0.)보다 한참 뒤의 것이어서 실제 재화가 유통되었다고 보기 어렵고, 실제로 위 운송장 기재 일시에 의약품이 공급되었다고 하더라도 공급시기 이전에 세금계산서를 교부받은 경우에는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 봄이 타당한 점, ② 원고가 m로부터 매입한 거래금액(0원) 그대로 2차례에 걸쳐 이를 취소하는 의미의 수정세금계산서(-0원, -0원)를 발급받았으므로(별지 1 표2 참조), 원고가 의약품을 판매하기 위해 납품을 받았다가 팔리지 않고 남은 의약품을 반품한 것으로 보기도 어려운 점에 앞서 든 사정들을 종합해 보면, m과의 이 사건 매입세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다고 판단된다.

(4) d, f, k과의 매입거래에 관하여 보건대, ① 원고가 제출한 운송장 및 반품운송장만으로는 구체적인 물품의 납품내역이 확인되지 않는 점, ② 원고가 위 업체들로부터 매입한 거래금액 그대로 다시 이를 취소하는 의미의 수정세금계산서를 발급받았으므로(별지 1 표2 참조), 원고가 의약품을 판매하기 위해 납품을 받았다고 보기도 어려운 점에 앞서 든 사정들을 종합해 보면, d, f, k과의 이 사건 매입세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다고 판단된다.

(5) g과의 매입거래에 관하여 보건대, ① 재화의 이동이 있었음을 확인할 자료가 없는 점, ② 앞서 본 다른 업체와의 사례에 비추어 볼 때 착오 주문으로 보기도 어려운 점에 앞서 든 사정들을 종합해 보면, g과의 이 사건 매입세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다고 판단된다.

4) 이 사건 세금계산서가 용역의 수수가 없는 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부에 대한 판단 을 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 사실 및 사정들, 즉 ① p는 z이 개인적으로 운영하는 사업체로, 보안문서 수집, 운반, 보관, 파쇄를 주 업종으로 취급하는 업체로서 의약품 유통과는 관련이 없는 점, ② 원고가 제출한 증거만으로는 p와의 이 사건 매입․매출 거래와 관련하여 원고와 z 사이에 판매대행 용역을 주고받았음을 인정하기에 부족한 점, ③ 원고가 용역 매출 대가 0원을 지급받았음을 인정할 자료는 확인되지 않고 있고, 이에 대하여 원고는 z이 대표로 있는 g에 채무가 있어 매출대금 0원을 지급받지 못하고 있다는 취지로 주장하나, g과 z은 서로 별개의 거래주체일 뿐만 아니라 원고가 g에 부담하고 있는 채무도 확인되지 않고 있는 점 등을 종합해 보면, p와의 이 사건 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다고 판단된다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 05. 30. 선고 서울행정법원 2023구합52475 판결 | 국세법령정보시스템