요지

매입세금계산서가 사실과 다르다고 보아 매입세액을 불공제한 처분은 적법하고 가공거래에 관하여 대표자 인정상여처분을 할 때 구체적인 상황에 따라서는 실물거래가 있었던 부분에 관하여 공제하여 줄 수 있음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2013. 12. 2. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 1,381,220,400원의 소득금액

변동통지 중 1,363,289,400원을 초과하는 부분을, 2010년 귀속 1,433,031,700원

의 소득금액변동통지 중 1,379,431,700원을 초과하는 부분을, 2011년 귀속

930,437,000원의 소득금액변동통지 중 913,082,000원을 초과하는 부분을, 2012년

귀속 756,147,700원의 소득금액변동통지 중 748,947,700원을 초과하는 부분을 각

취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2013. 12. 2. 원고에 대하여 한 2011년 귀속 430,078,390원의 법인세 부과처

분 중 325,560,790원을 초과하는 부분을, 2010년 2기분 183,273,667원의 부가가치세

부과처분 중 125,886,667원을 초과하는 부분을, 2009년 귀속 1,381,220,400원의 소득금

액변동통지 중 395,646,345원을 초과하는 부분을, 2010년 귀속 1,433,031,700원의 소득

금액변동통지 중 1,002,546,970원을 초과하는 부분을, 2011년 귀속 930,437,000원의 소

득금액변동통지 중 841,770,000원을 초과하는 부분을, 2012년 귀속 756,147,700원의

소득금액변동통지 중 672,288,500원을 초과하는 부분을 각 취소한다(원고는 당심에 이

르러 청구취지를 위와 같이 변경하였다).

2. 항소취지

가. 원고

제1심판결을 청구취지 기재와 같이 변경한다.

나. 피고

제1심판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를

기각한다.

  이 유

1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는 제1심 판결이유 중 일부를 아래와 같이 고쳐

쓰는 것을 제외하고는 제1심 판결이유 제1항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2

항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

[고쳐 쓰는 부분]

○ 제1심 판결문 제2면 14행부터 17행까지의 ⁠“aaa는 … 회계처리하였다.” 부분을

삭제한다.

○ 제1심 판결문 제2면 18행의 ⁠“원고는 위와 같은 무자료 매입관련 회계처리를 위하

여” 부분을 ⁠“한편 원고는”으로 고친다.

○ 제1심 판결문 제3면 21행부터 제4면 1행의 ⁠“(이하 원고에 대한 … 한다)” 부분을

삭제한다.

○ 제1심 판결문 제4면 7행의 ⁠“기재와 같다.” 부분을 ⁠“기재와 같다(이하 위와 같은 감

액경정에 따라 변경된 2013. 12. 2.자 처분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).”로 고친다.

2. 원고의 주장 및 관계법령 이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는 제1심 판결이유 제2, 3항 기재와 같으므로,

행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 쟁점 세금계산서 1 관련 부가가치세 상당액이 이 사건 거래처에 귀속되었는지

여부

1) bb에게 지급한 부가가치세 부분에 대한 판단

법인세법과 소득세법 등의 관계규정에 의하면 법인세의 과세표준인 법인의 소득 을 법인이 신고하거나 정부가 결정 또는 경정함에 있어 발생한 소득이 사외로 유출되

었다 하더라도 그 사외유출된 소득의 귀속이 불분명한 경우에만 이를 대표자에게 귀속

시킬 수 있는 것이므로 그 소득이 채권자 등의 제3자에게 귀속되었음이 밝혀진 경우에 는 그 귀속자에 따라 기타소득이나 기타사외유출로 처분하여야 한다(대법원 1991. 12.

10. 선고 91누4133 판결 참조).

갑 17, 27, 28호증의 각 기재와 제1심법원의 주식회사 신한은행에 대한 금융거래정

보제출명령 회신결과에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추

어 보면, 원고가 bb에게 지급한 부가가치세 상당액 합계 66,086,000원은 bb에게 귀

속되었다고 봄이 상당하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

□bb은 2009. 2.경부터 2012. 5.경까지 별지 1. 기재와 같이 32회에 걸쳐 원고로

부터 허위 세금계산서에 따른 가공매입대금 합계 726,946,000원을 지급받았다. 그런데

bb은 2009. 2. 6. 원고로부터 12,177,000원을 지급받게 되자, 같은 날 대표이사 정지

영 명의의 예금계좌를 통하여 부가가치세 1,107,000원을 공제한 11,070,000원을 김영

호 명의의 우리은행 계좌로 송금하는 등 별지 1. 기재와 같이 원고로부터 지급받은 금

액 중 부가가치세 상당액을 공제한 금액을 그 즉시 aaa 명의의 우리은행 계좌(계좌

번호 173-174214-02-1031), 계좌번호 869-040734-02-0042))로 송금하였다.

□bb이 원고로부터 지급받은 금액 중 aaa에게 반환하지 아니한 금액은 2009

년의 경우 17,931,000원, 2010년의 경우 23,600,000원, 2011년의 경우 17,355,000원,

2012년의 경우 7,200,000원인데 이는 해당 기간 동안의 부가가치세 상당액과 정확하게

일치한다.

□bb은 위 가공거래에 따라 발생한 부가가치세를 전액 납부하였다. 그런데 bb 이 aaa에게 부가가치세 상당액만큼을 정확하게 공제하여 반환하였던 점 등에 비추

어 보면, bb이 납부한 부가가치세는 위와 같이 공제한 금원을 자금원으로 하여 납부

한 것으로 보인다.

2) cc 및 dd에게 지급한 부가가치세 부분에 대한 판단

장부에 기재되지 않고 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명하지 않은 한

과세관청이 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서의 규정에 따

라 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수밖에 없고, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점 에 관한 증명책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2017. 10. 26. 선고

2017두51310 판결 참조).

갑 17, 27, 28호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 아래와

같은 사정에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고와 cc 및 dd 사이의

가공거래로 인한 부가가치세 상당액이 cc 및 dd에게 귀속되었다고 보기 어렵고,

1) 신계좌번호는 *이다. 이하 ⁠‘이 사건 제1계좌’라 한다.

2) 신계좌번호는 *이다. 이하 ⁠‘이 사건 제2계좌’라 한다.

달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

□cc는 2009. 7. 16. 공급가액 33,156,000원, 세액 3,315,600원으로 된 허위 세금

계산서를 원고에게 발급하여 주었다. 원고는 2009. 8. 24. 위 공급가액과 세액을 합한

36,471,600원을 cc에게 지급하였는데, 같은 날 동일한 금액인 36,471,600원이 cc

대표이사인 박aa 명의의 예금계좌에서 aaa 명의의 이 사건 제2계좌로 이체되었

다. 한편 cc는 2009. 7. 27. 공급가액 29,414,400원, 세액 2,941,440원으로 된 허위

세금계산서를 원고에게 발급하여 주었다. 원고는 2009. 9. 7. 위 공급가액과 세액을 합

한 32,355,840원을 cc에게 지급하였는데, 같은 날 동일한 금액인 32,355,840원이 박

황규 명의의 예금계좌에서 aaa 명의의 이 사건 제2계좌로 이체되었다. 그 밖에도

cc는 원고로부터 지급받은 금액을 박aa 명의의 예금계좌를 통하여 aaa에게 그

대로 이체한 경우가 상당수 있다.

□dd은 2010. 2. 28. 공급가액 52,000,000원, 세액 5,200,000원으로 된 허위 세금

계산서를 원고에게 발급하여 주었다. 원고는 2010. 5. 26. 위 공급가액과 세액을 합한

57,200,000원을 dd에게 지급하였는데, 같은 날 동일한 금액인 57,200,000원이 dd

대표이사인 이aa 명의의 예금계좌에서 aaa 명의의 이 사건 제2계좌로 이체되었

다. 한편 dd은 2010. 3. 31. 공급가액 50,000,000원, 세액 5,000,000원으로 된 허위

세금계산서를 원고에게 발급하여 주었다. 원고는 2010. 6. 8. 위 공급가액과 세액을 합

한 55,000,000원을 dd에게 지급하였는데, 같은 날 동일한 금액인 55,000,000원이 이

민영 명의의 예금계좌에서 aaa 명의의 이 사건 제2계좌로 이체되었다. 그 밖에도

dd은 원고로부터 지급받은 금액을 이aa 명의의 예금계좌를 통하여 aaa에게 그

대로 이체한 경우가 상당수 있다.

□7□원고는 cc와의 가공거래에 관하여, 원고가 2008. 5.경부터 2010. 9.경까지 cc 에게 지급한 금액의 합계액은 709,131,852원이고, 같은 기간 동안 aaa가 cc로부

터 돌려받은 금액의 합계액은 644,492,715원이므로 그 차액(64,639,137원)에 포함되어

있는 부가가치세 부분(64,466,532원)은 cc에게 귀속된 것이라는 취지로 주장하고 있

다. 한편 원고는 dd과의 가공거래에 관하여, 원고가 2008. 12.경부터 2012. 12.경까지

dd에게 지급한 금액의 합계액은 3,304,559,500원인데, 같은 기간 동안 aaa가 dd

으로부터 돌려받은 금액의 합계액은 2,939,710,050원이므로 그 차액(364,849,450원)에

포함되어 있는 부가가치세 부분(300,414,500원)은 dd에게 귀속된 것이라는 취지로 주

장하고 있다. 그러나 cc 및 dd이 원고로부터 지급받은 금액을 aaa에게 그대로

이체한 경우가 상당수 있는 것으로 드러난 이상, 원고가 주장하는 바와 같이 그 기간 을 임의로 설정하여 지급금액의 합계액과 반환금액의 합계액을 단순비교하는 방법으로 는 그 부가가치세 상당액이 cc 및 dd에게 귀속되었는지 여부를 가릴 수 없다. 왜

냐하면 위 기간 이전 또는 이후의 지급금액이나 반환금액의 내역을 전혀 파악할 수 없 는 상태에서 임의의 기간을 설정하여 그 합계액을 단순비교할 수는 없기 때문이다.

□cc는 원고와의 가공거래에 따라 발생한 부가가치세를 납부하지 아니하였다. 한

편 dd은 원고와의 가공거래에 따라 발생한 부가가치세를 납부하였지만, 앞서 본 바 와 같은 사정에 비추어 볼 때 dd이 aaa에게 반환하지 아니한 금원을 자금원으로

삼아 부가가치세를 납부한 것이라고 단정하기는 어렵다.

나. 2008년 무자료매입대금 중 일부(839,087,655원)를 2009년 소득처분 금액에서 공

제하여야 하는지 여부

법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의

비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용액 상

당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 매출누락액 등의

전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 자가 증명하여

야 한다(대법원 1999. 12. 24. 선고 98두16347 판결, 대법원 2012. 11. 29. 선고 2011

두4053 판결 등 참조).

앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정을 모두

종합하여 보면, 갑 17, 27, 28, 29, 30호증, 을 2호증의 각 기재만으로는 2009년 가공

매입대금 중 839,087,655원에 해당하는 부분이 원고의 사업을 위해 사용된 것으로서

사외유출된 것이 아니라는 사실을 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없

다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

□원고의 이 부분 주장은, ⁠“2008년의 경우 가공매입이 564,260,000원이고 무자료매

입이 1,403,347,655원인 반면에 2009년의 경우 가공매입이 1,464,864,000원이고 무자료

매입이 298,880,000원에 불과한데, 원고 대표이사인 aaa는 2008년도 무자료매입대

금 지급을 위하여 2008년도 가공매입대금을 초과하는 금액인 839,087,655원을 자신의

자금으로 지급하였다가 2009년도에 원고로부터 위 839,087,655원을 회수하면서 회계처

리를 위하여 그에 상응하는 가공매입을 발생시킨 것”이라는 취지이다. 그런데 원고 주

장의 전제가 되는 사실, 즉 원고의 대표이사인 aaa가 자신의 자금으로 위 무자료매

입대금 839,087,655원을 지급하였다는 사실을 인정할 만한 증거가 부족하다(원고는

2008년도 무자료매입대금은 aaa 명의의 이 사건 제1, 2계좌에서 지급된 것이라는

취지로 주장하고 있다. 그런데 2008. 1.경부터 2008. 12.경까지 원고 명의의 계좌에서

aaa 명의의 이 사건 제1계좌로 별지 2. 기재와 같이 합계 26억 2,000만 원 가량이

이체된 바 있다. 사정이 이와 같다면, 위 무자료매입대금이 aaa 명의의 이 사건 제

1, 2계좌에서 거래상대방에게 이체되었다는 사정만을 들어 그것이 aaa의 자금으로

지급된 것이라고 보기는 어렵다).

□원고는 2003년부터 2007년까지의 무자료 매입금액이 4,075,432,660원에 이른다고

주장하고 있다. 한편 원고가 2008년 이후에만 가공매입을 하였고 2007년 이전에는 가

공매입을 하지 아니하였다고 볼 만한 증거는 없다.3) 사정이 이와 같다면, 2008년도 무

자료매입금액이 2009년도의 가공매입금액과 곧바로 대응하는 것이라고 단정하기는 어

렵다. 2007년 이전에 가공매입을 통해 확보한 자금을 2008년도에 무자료매입대금으로

사용하였을 가능성을 배제할 수 없다는 점 등에 비추어 보면 더욱 그러하다.

□원고의 가공매입대금과 무자료매입대금을 비교하여 보면, 아래 ⁠[도표] 기재와 같 이 2009년 이후부터 지속적으로 가공매입대금이 무자료매입대금을 현저하게 초과하는

상태임을 알 수 있다.4) 원고는 2009년도 가공매입대금 중 839,087,655원5)은 aaa가

2008년도에 원고의 사업을 위한 비용(무자료매입대금)으로 이를 지출하였다가 2009년

도에 가공비용을 계상하여 회수한 것이라고 주장하면서도 나머지 부분, 특히 2010년

이후에 발생한 가공매입초과분 약 26원 원에 대하여는 아무런 합리적인 설명도 하지

못하고 있다.

[도표] 가공매입과 무자료매입 ⁠(단위 : 원)

3) 원고는 2008. 1.경 이후의 자료들만 증거로 제출하였다. 그런데 원고가 bb, cc, dd과 가공거래를

하면서 작성하였다는 거래처원장(갑 10, 11, 12호증)에 의하더라도, 원고는 bb, cc, dd과 2008.

1. 이전부터 이미 거래를 하고 있었던 것으로 보인다(2008년 1월분 거래처원장에 전기이월금액이 기

재되어 있다).

4) ⁠[도표]에 기재된 금액은 부가가치세가 포함되지 않은 금액이다.

5) 원고는 2008년도 무자료매입대금은 부가가치세를 포함한 금액인 1,403,347,655원으로 계산하고 2008

년도 가공매입대금은 부가가치세를 포함하지 않은 금액인 564,260,000원으로 계산한 다음, 그 차액을

839,087,655원(= 1,403,347,655원 - 564,260,000원)으로 산정하였다.

앞서 본 여러 사정들에 비추어 보면, 2009년도 가공매입초과분이나 그 이후의 가

공매입초과분은 가공비용을 발생시키는 방법으로 회사 자금을 인출한 다음 aaa가

이를 개인적으로 유용하였을 가능성을 배제할 수 없다.

다. eee가 쟁점 세금계산서 2 관련 조경공사를 실제로 시공하였는지 여부 등

1) 조경공사를 실제 시공하였는지에 대한 판단 이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는 제1심 판결문 제10면 16행부터 17행까

지의 ⁠“이와 같은 … 적법하고,” 부분을 삭제하는 것을 제외하고는 제1심 판결이유 해당

부분(제10면 5행부터 제13면 4행까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사

소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2) 부가가치세 상당액이 eee에게 귀속되었는지에 대한 판단 이 사건 조경공사가 가공거래에 해당한다고 하더라도, 사외유출된 소득이 제3자 에게 귀속되었다는 점이 밝혀진 경우에는 대표자에 대한 상여로 소득처분할 것이 아니

라 귀속자에 따라 기타소득이나 기타사외유출로 처분하여야 한다. 그런데 갑 16, 20,

27호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 2010. 12. 14. 09:15부터 09:18

까지 사이에 eee 대표이사인 정aa 명의의 계좌에서 aaa 명의의 이 사건 제1계

좌로 3억 원이 이체된 사실, 같은 날 12:35경 원고 명의의 계좌에서 eee 명의의 계

좌로 3억 3,000만 원이 이체되었는데, 위 3억 3,000만 원은 원고가 eee에게 쟁점

세금계산서 2의 공급가액과 세액 명목으로 지급한 금액인 사실, 그 후 eee가 과세

관청에 쟁점 세금계산서 2와 관련된 부가가치세를 납부한 사실을 인정할 수 있다. 위

인정사실에 의하면, 원고가 eee에게 지급한 3억 3,000만 원 중 부가가치세 상당액

인 3,000만 원은 eee에게 귀속되었다고 봄이 상당하다. 따라서 사외유출된 위 3,000 만 원에 대하여 귀속이 불분명하다고 보아 aaa에 대한 상여로 소득처분을 한 것은

위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

라. 소결론

따라서 2009년 귀속 1,381,220,400원의 소득금액변동통지 중 1,363,289,400원(=

1,381,220,400원 - bb 관련 부가가치세 17,931,000원)을 초과하는 부분, 2010년 귀속

1,433,031,700원의 소득금액변동통지 중 1,379,431,700원(= 1,433,031,700원 - bb 관

련 부가가치세 23,600,000원 - eee 관련 부가가치세 30,000,000원)을 초과하는 부

분, 2011년 귀속 930,437,000원의 소득금액변동통지 중 913,082,000원(= 930,437,000원

- bb 관련 부가가치세 17,355,000원)을 초과하는 부분, 2012년 귀속 756,147,700원의

소득금액변동통지 중 748,947,700원(= 756,147,700원 - bb 관련 부가가치세

7,200,000원)을 초과하는 부분은 위법한 것으로 판단된다. 이 사건 처분 중 위와 같은

부분을 제외한 나머지 부분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나

머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하

여 부당하므로, 원고와 피고의 항소를 각 일부 받아들여 제1심판결을 주문 제1항 기재 와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2018. 07. 04. 선고 서울고등법원 2017누72845 판결 | 국세법령정보시스템