요지

관련 증거를 바탕으로 원고가 4년 이상 이 사건 토지를 경작하였다고 볼 수 없으므로 피고의 이 사건 처분은 적법하며, 이 사건 토지는 비사업용토지에 해당하므로 장기보유특별공제를 적용할 수 없음.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 7. 12.자로 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 199,415,200원의

부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 3. 18. BBB로부터 ○○시 ○○동 ○○ 답 1,303㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지 ’라 한다)를 310,000,000원에 매수한 후 2016. 2. 4. 주식회사 CCCC 에게 이 사건 토지 를 690,000,000원에 양도하였다(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다).

나. 원고는 2016. 4. 22. 피고에게 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 농지대토에 관한

구 조세특례제한법(2016. 1. 19. 법률 제13797호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70

조가 적용된다고 보아 양도소득세가 감면되는 것으로 하여 아래와 같이 양도소득세

예정신고를 하였다.

다. 이후 원고는 2016. 12. 21. ○○○○군 ○○면 ○○리 ○○○○-○ 답 2,015㎡(이하

‘이 사건 대체농지’라 한다)를 취득하였다.

라. 피고는 이 사건 토지의 양도가 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지

못함과 동시에 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제 적용이 배제된다는 이유로,

2017. 7. 12. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 199,415,200원을 경정·고지하였다(이하

‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2017. 11. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판

원은 2018. 4. 16. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제7호증, 을 제1호증, 을 제2호증(가

지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 판단

가. 원고의 주장

1) 주위적으로, 원고는 2012년 봄에 이 사건 토지에 감나무, 매실나무, 살구나무 등 과

실나무 80주가량을 심어 경작하여 4년 이상 이 사건 토지를 자경하다가 이를 양도하였 고, 그 무렵 이 사건 대체농지를 취득한 후 밭으로 전환하여 2017년 봄부터 오이, 참외 , 배추 등을 심어 경작하고 있어, 구 조세특례제한법 제70조 제1항이 정하는 양도소득

세 감면요건을 충족하였으므로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

2) 예비적으로, 원고에게 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정이 인정되지 않는다고

하더라도, 원고는 이 사건 토지에서 5년 중 3년 이상 또는 3년 중 2년 이상 과실나무 를 심어 이를 경작하였으므로 이 사건 토지는 사업용 토지에 해당하여 소득세법 제95

조에서 정하고 있는 장기보유특별공제 대상이 됨에도 불구하고 장기보유특별공제를 배

제한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 주위적 주장에 대하여

가) 구 조세특례제한법 제70조 제1항은 농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는

거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여

대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대

해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고, 구 조세특

례제한법 시행령 제67조 제2항은 법 제70조 제1항 본문에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 방

법으로 직접 경작’이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의

재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는

재배하는 것을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 시행령 제3항 제1호는 법 제70조 제1

항에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 경우’란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 4년

이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년 내 에 새로운 농지를 취득하여 그 취득한 날부터 1년 내에 새로운 농지소재지에 거주하면

서 경작을 개시한 경우(다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지 소재지에

거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인

경우로 한정한다)로서 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2

이상(가.목)이거나 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상

(나.목)인 경우를 말한다고 규정하고 있다. 한편 자경농지 등으로 인한 양도소득세 감

면요건으로서 양도한 토지를 직접 경작한 사실 등에 대한 입증책임은 양도 소득세의

감면을 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893

판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조).

나) 원고가 2012년 봄부터 이 사건 양도 당시까지 이 사건 토지를 직접 경작하였는지

여부에 관하여 보건대, 을 제12호증의 3, 갑 제21호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에

의하면, 원고는 이 사건 토지를 취득할 당시 ○○ ○구 ○동 ○○○-○ ○○○○○○

맨션 ○○동 ○○호에 거주하다가 2010. 9. 27. ○○시 ○동○실 ○○으로 전입신고를

하였고, 위 두 주소지는 모두 이 사건 토지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역에

해당하여 거주요건을 충족하고 있고, 원고가 2012년 봄 무렵 이 사건 토지에 과수나무 를 심어 이를 경작하였다는 원고의 주장사실에 부합하는 듯한 증거로는 갑 제9호증 ⁠(

농지원부), 갑 제10호증(조합원증명서), 갑 제11호증(거래자별 매출 상세명세), 갑 제16

호증(DDD외 12인의 인우보증서), 갑 제17호증(DDD의 경작사실확인서), 증인 EEE, D

DD 의 각 증언이 있는바, 그 주요 내용은 다음과 같다.

(1) 농지원부, 조합원증명서, 거래자별 매출 상세명세

○○시 ○○동장이 2015. 11. 4. 발급한 원고 세대에 대한 농지원부(최초작성일 : 2012.

6. 21.)의 소유농지 현황에는 원고가 이 사건 토지에 과수를 자경한 것으로 표시되어

있고, ○○농업협동조합장이 2017. 12. 4. 발급한 조합원 증명서에 원고가 2012. 8. 14.

동 농협에 741좌(1좌당 5,000원)를 출자하여 조합원으로 가입한 것으로 나타나며,

거래자별 매출 상세명세에는 원고가 ○○농업협동조합에서 2012년 퇴비 1건 6,800원,

2014년 비료 등 3건 193,800원, 2015년 비료 등 3건 169,500원을 각 구입한 것으로

나타난다.

(2) DDD 외 12인의 인우보증서

원고가 2012년 봄에 감, 매실, 살구나무 등 과수나무 80포기를 심었고, 일년에 3회씩

예초기로 풀을 베고 거름을 주었다.

(3) EEE의 증언

원고가 과수나무를 심을 때도 보았고, 원고가 2012년 과수나무를 심은 후 자주 와서

물도 주고 칡도 치는 등 관리를 하였으며, 원고가 심은 과실나무에서3~4월경 매화꽃 및 살구꽃이 피는 것을 보았다.

(4) DDD의 증언 및 경작사실확인서

DDD은 원고와 고향 친구이자 초등학교 동기로서 이 사건 토지에 2012. 3.경 포크레인 을 빌려 원고와 함께 땅을 파고 감나무, 살구나무 등 약 70그루의 나무를 심었다.

다) 그러나 을 제3호증, 을 제6호증, 을 제16호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포

함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합

하여 보면, 증인 EEE, DDD의 각 증언은 이를 모두 그대로 믿기 어렵고, 갑 제9호증

내지 갑 제11호증, 갑 제16호증, 갑 제17호증의 각 기재만으로는 원고가 2012년 봄 이

사건 토지에 과수나무 몇 그루를 식재한 사실을 넘어서 원고가 과수나무를 심어 이를

경작하였음을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(1) 원고는 이 사건 토지를 취득한 2004년부터 2009년까지 주식회사 FF에 근무하면서

근로소득이 발생한 것으로 나타나고, 2007. 11. 5. 이 사건 토지를 사업장으로 하는 부

동산임대업을 주업종으로 하는 사업자등록을 신청하였다가 2010. 9. 27. 폐업신고를

하였는바, 위 기간 중 원고는 이 사건 토지를 임차하였고, 임차인은 이 사건 토지에서

GG식물원을 운영하였다. 원고는 2010. 9. 27. 부동산임대업을 폐업하였으나 2011. 9.

촬영된 항공사진에는 임차인이 운영하던 GG식물원의 비닐하우스가 이 사건 토지에

설치되어 있었다.

(2) 2012. 9. 촬영된 항공사진에는 이 사건 토지상 GG식물원의 비닐하우스는 전부 철

거되었으나 그 자리 대부분이 흙으로 덮여 있고 주식회사 HHHHH의 공장부지와 경계 를 이루고 있는 부분은 수풀이 자라나 있으나 군데군데 공터가 선명하게 나타나며 201

3. 6. 촬영된 항공사진에는 2012. 9. 촬영된 것과 큰 차이는 없으나 입구에 차량 4대가

주차되어 있고, 2014. 10. 촬영된 항공사진에는 입구에 차량 6대가 주차되어 있고 나머

지 부분에는 잡풀인지 수목인지 구분할 수 없는 것이 무성하게 토지를 뒤덮고 있은 모

습이며, 2015. 10. 촬영된 항공사진에는 잡풀인지 수목인지 구분할 수 없는 것이 전체

적으로 자라고 있으나 이 사건 토지 가운데 부분에는 사람 또는 차량이 이동할 수 있 을 정도의 통로가 보인다.

(3) 2012. 10.과 2013. 7. 촬영된 다음(daum) 지도와 네이버(NAVER) 지도 로드뷰에는

수목이 몇 그루 보이기는 하나 전체적으로 잡풀 등이 뒤덮고 있어서 관리된 농지라기

보다는 방치된 것으로 보인다. 또한 2016. 1. 다음(daum) 지도 로드뷰에는 이 사건 토

지 입구에 쇠사슬이 처져있고, 나무는 보이지 않고 군데군데 쓰레기가 보이는 상태이다.

(4) 농지원부는 농지관리 및 농업정책의 효율적 추진을 위해 작성·비치하는 행정 내부

자료로서 각종 조세감면을 위하여 형식적으로만 작성하는 경우가 상당히 존재하고, 그 에 대한 행정관청의 실질적 심사도 충분하지 않다는 사정까지 감안하면 농지원부는 토

지의 현황을 제대로 반영하는 자료라고 보기 어려워 이를 근거로 원고의 자경사실을

인정할 수는 없다.

(5) 원고는 경작입증자료로써 위 비료구입내역만 제출하였을 뿐 과실수 묘목구입, 농기

구 구입, 농약 구입, 출하 및 판매내역 등에 관한 객관적이고 납득할 만한 증빙자료를

제출하지 못하고 있고, 농기구 등을 보관할 창고시설 또한 없는 것으로 확인되며, 2013

년에는 비료 구매내역이 없고, 구입량 역시 이 사건 토지 전체 면적에 비하여 적은 양 으로 보인다.

(6) 피고는 원고에게 이 사건 토지의 보유기간 동안 수확한 농작물의 증빙자료 및 201

5. 12. 이 사건 토지의 매매계약 당시 과실수의 처리현황에 대한 자료를 요청하였는데,

원고는 양도 당시 어린 과수로서 판매할 정도의 과실이 생산되지 아니하여 판매실적이

없으며 과실수는 매매가액에 포함되지 아니하였으나 비용을 고려하여 이식하지 아니하 고 이 사건 토지에 그 상태로 두었는데 매수인이 이를 폐기처분하였다는 취지의 내용 으로 회신하였다.

(7) 또한 인근 주민 등의 인우보증서 등은 원고의 직접 경작사실을 추상적으로 확인하 는 취지의 제3자 확인서에 불과하며, 농협협동조합 조합원증명서 역시 원고가 실제로

경작한 것과 관련한 구체적인 증빙자료가 뒷받침되지 않는 한 그 내용을 그대로 믿기

어렵다.

(8) 증인 EEE은 원고가 과실나무 50그루를 줄을 맞추어 심었고, 수종이 무엇인지 어떻

게 알게 되었는지에 대해서 6월에 열매가 달린 것을 보니까 알게 되었고, 1년 정도 지

난 후 과실나무 50그루가 줄을 맞추어 전부 무성하게 자랐다고 증언하였으나, 위와 같 은 증언 내용은 위 항공사진과 배치되어 이를 그대로 믿기 어렵다.

또한 증인 DDD은 2012년 봄경 원고와 함께 이 사건 토지에 감나무, 매실나무, 살구나

무를 심었고, 오가면서 과수로 경작되고 있는 것을 보았다고 증언하였으나, 증인 DDD 는 원고와 오래된 친구 사이인 점, 위 항공사진 등에 비추어 원고가 2012년 봄 이 사

건 토지에 과수나무 몇 그루를 식재한 사실을 넘어서 이를 경작하였다는 증언내용은

이를 그대로 믿기는 어렵다.

라) 따라서 원고가 4년 이상 이 사건 토지를 경작하였다고 할 수 없어 농지대토 감면

요건을 충족하지 못하였다고 본 피고의 이 사건 처분은 적법하므로, 원고의 이 부분

주장은 이유 없다.

2) 예비적 주장에 대하여

가) 구 소득세법(2016. 1. 19. 법률 제13796호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조

제1항은 양도소득의 총수입금액에서 필요경비를 공제한 양도차익에서 장기보유 특별공

제액을 공제한 금액을 양도소득금액으로 한다고 규정하고 있고, 제2항은 장기보유 특

별공제액을 자산 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 보유기간별 공제율을 곱하여 계

산하도록 규정하고 있다. 제4항은 자산 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지 로 하되 다만 소득세법 제104조의3에 따른 비사업용토지로서 2016. 1. 1. 이전에 취득

하여 보유하고 있는 자산은 2016. 1. 1.부터 기산하여 보유기간을 산정하도록 규정하고

있고, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목, 소득세법 시행령 제168조의8 제2항은

비사업용토지란 일정한 기간 동안 농지의 소재지와 동일한 시·군·구, 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주하는 자가 농지

법 제2조 제5호의 규정에 따른 자경(구 조세특례제한법 시행령 제67조 제2항과 동일하

게 규정하고 있음)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다고 규정하고 있다.

나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 판단한 바와 같이 원고는 이 사건 토지를 자경한

기간이 없어 이 사건 토지는 구 소득세법상의 비사업용토지에 해당한다고 봄이 상당

하므로, 이 사건 토지가 사업용 토지에 해당함을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 나

아가 판단할 필요 없이 이유 없다. 따라서 이 사건 토지의 양도소득금액을 산정함에

있어 장기보유 특별공제액을 공제하지 않은 채 양도소득세를 부과한 이 사건 처분이

위법하다 할 수 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.

출처 : 부산지방법원 2018. 10. 26. 선고 부산지방법원 2018구합22563 판결 | 국세법령정보시스템