요지

1차 세무조사와 같은 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 중복조사가 예외적으로 허용되는 특별한 사정이 없는 한 위법함. 중복세무조사의 하자는 중대한 절차적 하자에 해당하나, 감사지적에 따른 재조사인점, 새로운 과세자료를 제출받지 아니하고 단순히 소명기회를 준 경우에 불과하여 무효사유에 해당하지 아니함.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 예비적 청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 주위적 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적으로, 피고가 2013. 3. 4. 원고에게 한 2007 사업연도 법인세 199,432,250원,

2008 사업연도 법인세 110,158,000원, 2009 사업연도 법인세 174,572,680원의 부과처

분 및 2007년 제1기 부가가치세 49,270,180원, 2007년 제2기 부가가치세 46,273,260

원, 2008년 제1기 부가가치세 73,615,780원, 2008년 제2기 부가가치세 38,615,020원,

2009년 제1기 부가가치세 39,382,660원, 2009년 제2기 부가가치세 47,642,720원의 부

과처분과 피고가 2013. 3. 10. 원고에게 한 소득자 정BB 및 정AA, 소득금액 2007년 귀속 438,583,692원, 2008년 귀속 257,289,562원, 2009년 귀속 461,913,674원으로 하는 소득금액변동통지처분은 무효임을 확인한다.

예비적으로, 피고가 원고에게 한 위 각 법인세 부과처분, 부가가치세 부과처분, 소득금액변동통지처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 사업내용 등

원고(변경 전 상호: 주식회사 O타)는 폐차된 차량을 분해하여 고철을 국내에 판매하거나 몽골 현지법인인 몽AAA(MONAAA) 유한책임회사(이하 ⁠‘몽AAA’라 한다) 등에 수출하는 사업(이하 ⁠‘폐차관련업’이라 한다), 인천 서구 석남동 640에 있는 한진2보세창고를 한진중공업 주식회사로부터 임차하여 이를 전대하는 사업(이하 ⁠‘창고전대업’이라 한다) 등을 영위하고 있다.

나. 1차 세무조사 및 1차 경정처분

CCC세무서장은 원고의 직원인 최OO의 탈세제보에 따라 2012. 3. 19.부터 2012. 8. 20.까지 원고의 2007~2009 사업연도에 대한 세무조사(이하 ⁠‘1차 세무조사’라 한다)를 실시하여 폐차관련업에 관하여는 비밀장부인 일계표 상의 금액을 기초로 하고 창고전대업에 관하여는 정AA 명의의 계좌에 입금된 금액을 기초로 하여 원고가 법인세 및 부가가치세 신고를 하면서 매출을 누락한 것으로 보고, 정AA가 부동산 취득자금과 관련하여 원고로부터 6,800만 원을 증여받고도 이를 신고하지 않은 것으로 보아, 원고에게 별지 표의 ⁠‘1차 경정처분’란 기재와 같이 2012. 8. 1. 2007년 제1기~2009년 제2기 부가가치세 부과처분을 하고, 2012. 9. 3. 2007~2009 사업연도 법인세 부과처분을 하고, 그 무렵 소득자를 대표이사 정BB로 하는 소득금액변동통지를 하였다(이하 ⁠‘1차 경정처분’이라 한다).

다. 재조사 및 2차 경정처분중부지방국세청장은 2012. 10. 8.부터 2012. 10. 25.까지 CCC세무서에 대한 2012년 정기업무감사를 실시하여 1차 세무조사에 대하여 아래와 같은 문제점을 지적하면서 이를 재조사할 것을 지시하였다.

□국내매출누락금액 부적정

폐차관련업과 관련하여 일계표 상의 원고의 2007~2009 사업연도 수입금액에 포

함해야 할 항목인 선수금 5억 2,600만 원, 부가가치세 비용 2억 1,700만 원, 기

타 2억 8,400만 원 합계 10억 2,700만 원을 국내매출누락금액에서 제외하는 등

국내매출누락금액 조사가 부적정함

□국외매출누락 관련 조사 미실시

1차 세무조사 착수 당시 원고가 몽AAA에 대한 수출액의 5%만을 신고하고 수

입금액을 정AA의 계좌로 입금받아 탈루하고 있다는 제보가 있었고, 정AA의

외환계좌에 2007년부터 2011년까지 7억 600만 원의 외환 입금내역이 확인되었

는데도, 이에 대한 조사를 실시하지 않음

□정AA의 은행대출금의 원리금 상환액 자금 출처 조사 미실시

원고가 정AA의 김포시 대곶면 송마리 733-27 토지 취득과 관련한 은행대출금

5억 원에 대한 원리금을 원고의 자금으로 상환하고 있는 것으로 확인되나, 이에

대한 조사를 실시하지 않음

이에 따라 CCC세무서장은 조사기간을 2012. 12. 26.부터 2013. 2. 8.까지로 정하여 원고에 대한 재조사를 실시하였고(원고의 2007~2009 사업연도에 대한 법인세 일반 부분조사에 착수한 후 법인세 조세범칙조사로 전환하였다, 이하 ⁠‘이 사건 재조사’라 한다), 그 결과 위 감사지적사항에 상응하여 아래와 같은 사항을 추가로 적발하였다.

□국내매출누락금액 재산정

1차 세무조사 당시 매출누락금액 산정에 고려하지 않은 관련 계좌 등(일계표 상의 거래처별 매출금액과 매출처별 매출세금계산서 상의 공급대가 및 원고, 정AA, 원고 직원인 최OO과 서OO 등의 계좌의 거래처 순입금액 등)에 대한 검토를 거쳐 원고의 2007~2009 사업연도의 국내매출누락금액을 재산정하여 추가로 적발함

□국외매출누락금액 적발

원고의 2007~2011 사업연도에 정AA 및 원고의 외환 계좌내역, 수출면장 등을 기초로 정AA 및 원고의 외환 계좌에 입금된 금액을 몽AAA에 수출한 대금으로 보아 국외매출누락금액을 적발함

□ 5□정AA의 은행대출금의 원리금 상환액 자금 출처 적발

정AA의 은행대출금의 원리금 상환액이 원고의 수입금액으로 지급되었음을 적발하여 원고의 2007~2012 사업연도 귀속분 4억 2,485만 원을 정AA에 대한 상여로 소득처분함.

CCC세무서장은 이 사건 재조사 결과에 따라 원고에게 별지 표의 ⁠‘2차 경정처분’란 기재와 같이 2013. 3. 4. 2007~2009 사업연도 법인세 부과처분 및 2007년 제1기~2009년 제2기 부가가치세 부과처분을 하고, 2013. 3. 10. 2007~2009 사업연도 귀속 소득금액을 소득자 정BB, 정AA에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다(이하 ⁠‘2차 경정처분’이라 한다).

라. 조세심판원의 재조사결정에 따른 감액경정

조세심판원은 2차 경정처분에 대한 원고의 심판청구에 따라 2014. 7. 22. 피고(김포세무서의 신설에 따라 피고에게 관할이 이전되었다)에게 매출누락으로 본 외화 거래액 일부에 대하여 국내에서 인출하지 아니하고 재송금한 것이거나 외화 단순매입인지 여부를 재조사하고, 폐차관련업과 창고전대업의 경우에 원고의 소명을 받아 매출누락액이 이중으로 계산되었거나 보증금 또는 전기료 상당액이 매출누락액에 포함되었는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 부가가치세 및 법인세 과세표준과 세액, 소득금액변동통지금액을 경정하도록 하는 내용의 결정을 하였다.

이에 따라 피고는 재조사를 실시하여 매출누락으로 본 외화 거래액 중 2009. 4. 3.

정AA 명의의 외환계좌에서 출금되어 다른 외환계좌로 입금된 것으로 확인되는 81,739,605원을 수입금액에서 차감하고, 국내매출누락금액 중 중복과세로 확인된 금액 및 창고전대업 수입금액 누락으로 본 금액 중 보증금 또는 전기료 입금액 등으로 확인된 금액 등 합계 761,421,599원을 수입금액에서 차감하고, 창고전대업의 전기요금 169,937,000원을 매입세액 불공제하는 등으로 별지 표의 ⁠‘감액세액’란 기재와 같이 2007~2009 사업연도 법인세와 2007년 제1기~2009년 제2기 부가가치세 및 소득자를 정BB로 한 2007~2009 사업연도 귀속 소득금액변동통지금액을 감액하여 2014. 11. 19. 원고에게 그 결과를 통지하였다(이하 2차 경정처분 중 이와 같이 감액된 후의 나머지 금액 부분을 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

[인정근거] 갑 제1 내지 11호증, 을 제1 내지 10호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 주위적 청구에 관한 판단(이 사건 처분의 무효 여부)

가. 원고의 주장 이 사건 재조사는 1차 세무조사와 같은 세목 및 과세기간에 대한 중복세무조사로 예외적인 허용사유에도 해당하지 않는 것이어서 국세기본법에 따라 금지되는 재조사에 해당하므로, 이에 기초하여 이루어진 이 사건 처분은 무효이다.

나. 관계법령

구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것)

제81조의4(세무조사권 남용 금지)

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

구 국세기본법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것)

제63조의2(중복조사의 금지)

법 제81조의4 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 법 제81조의5 및 제81조의12에 따른 부과처분을 위한 실지조사를 하지 아니하고 재경정하는 경우

다. 판단

1) 이 사건 재조사가 위법한 재조사에 해당하는지 여부

세무공무원의 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한

것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보아야 한다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결, 대법원 2017. 12. 13. 선고 2015두3805판결 등 참조).

갑 제4, 8 내지 11호증, 을 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 CCC세무서 소속 조사관이 원고의 폐차관련업의 국외매출누락금액에 대한 조사를 위하여 원고 및 정AA에게 정AA 명의의 외환 계좌에 입금된 금액의 성격에 대한 소명을 요구하여 원고 대표이사 정BB 및 정AA로부터 그 외환 계좌 입금액은 몽AAA의 몽골에서의 부동산 임대수입을 정AA의 예금 계좌로 입금받은 것이라는 취지의 소명을 받고, 2013. 1. 14. CCC세무서를 방문한 정BB에게 정AA 명의의 외환 계좌에 입금된 금액에 관한 질문을 하여 문답서를 작성하고 정BB가 제출하는 몽AAA의 사업자등록증과 몽골 소재 부동산에 관한 임대차계약서등의 자료를 받는 등으로 원고의 국외매출누락금액에 대한 조사를 실시한 점, 그 후 CCC세무서장은 정BB 및 정AA의 소명내용을 받아들이지 않고 정AA 명의의 외환 계좌에 입금된 금액 전부가 원고의 폐차관련업의 국외매출누락금액이고 그 입금액 중 일부가 정AA의 부동산 취득 자금으로 사용된 것으로 보아 1차 세무조사와 같은 세목 및 과세기간에 대한 과세표준과 세액을 경정하여 2차 경정처분을 한 점, CCC세무서 소속 조사관이 조사를 개시하면서 2012. 12. 26. 원고의 사업장을 방문하여 세무조사통지서와 납세자권리헌장 등을 교부하고, 조사를 마친 후 세무조사결과통지서를 송부한 점 등을 종합하면, 이 사건 재조사는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다.

나아가 이 사건 재조사가 1차 세무조사에서 이미 조사된 자료가 아닌 새로운 자료에 근거하였다는 등으로 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항 제1호의 ⁠‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’나 구 국세기본법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것) 제63조의2 제2호의 ⁠‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사를 하는 경우’ 등에 해당하여 예외적으로 허용되는 것이라고 볼 만한 사정이 없다.

따라서 이 사건 재조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항을 위반한 것이어서 위법

하다.

2) 이 사건 처분의 무효 여부

가) 이 사건 처분 중 국내매출누락금액 재산정에 상응하는 부분

과세처분이 위법한 재조사에 기한 것이라고 하더라도 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정한 것에 불과한 경우에는 그 과세처분이 위법한 것이라고 할 수 없다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결, 대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결 등 참조).

이 사건 처분 중 국내매출누락금액 재산정에 상응하는 부분은 1차 세무조사에서 이미 취득하여 조사한 자료만을 근거로 국내매출누락금액을 재산정함에 따른 것일 뿐, 이 사건 재조사 당시 그에 관한 질문이나 검사·조사 등이 이루어진 바도 없으므로, 이는 이 사건 재조사와는 무관하게 당초 1차 경정처분의 오류를 다시 경정한 것일 뿐이어서 이 사건 재조사가 위법한지와 상관없이 적법하다.

나) 이 사건 처분 중 국내매출누락금액 재산정에 상응하는 부분 외의 나머지 부분 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 한다. 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별할 때에는 그 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2002다68485 판결, 대법원 2014. 3. 27. 선고 2012두12228 판결 등 참조). 한편, 과세처분의 당연무효를 주장하여 그 무효 확인을 구하는 소송에 있어서는 원고에게 그 과세처분이 무효인 사유를 주장, 입증할 책임이 있다(대법원 1992. 3. 10. 선고 91누6030 판결 등 참조).

이 사건 재조사는 앞서 본 바와 같이 구 국세기본법 제81조의4 제2항의 중복세무조사금지 원칙을 위반한 것이어서 위법하고, 이는 과세처분의 중대한 절차적 하자에 해당한다. 그러나 이 사건 재조사가 감사기관인 중부지방국세청장의 감사과정에서의 지적사항에 대한 재조사 지시에 따라 이루어진 것이고, 그 조사내용이 원고에 대한 새로운 과세자료를 얻기 위한 것이라기보다는 원고 대표이사 정BB 및 정AA에게 정AA 명의의 외환 계좌에 입금된 금액의 성격에 대한 소명을 요구하여 그에 관한 소명 기회를 부여하는 정도일 뿐이며, 이 사건 재조사 과정에서 실질적인 과세자료가 추가로 확보된 바도 없는 점, 이 사건 재조사 당시에 시행되던 국세기본법 제81조의2 제2항 제1호가 세무조사의 의미에 관하여 ⁠“국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 경우”라고 규정하고 있기는 하였으나, 이는 국세기본법이 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되면서 비로소 신설된 것이었고, 2012. 12. 26.부터 2013. 2. 8.까지 이 사건 재조사가 실시되던 당시에는 과세관청의 재조사 행위가 어떤 경우에 중복세무조사에 해당하여 위법하게 되는지에 관하여 그 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없는 상태였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 재조사가 위법한 세무조사라는 것이 이 사건 처분 당시에 객관적으로 명백한 것이었다고 보기는 어렵다.

따라서 이 사건 처분 중 국내매출누락금액 재산정에 상응하는 부분을 제외한 나머지 부분이 당연무효라고 볼 수는 없다.

3. 예비적 청구의 소에 관한 판단(예비적 청구의 소의 적법 여부)

피고는 이 사건 처분의 취소를 구하는 예비적 청구의 소가 제소기간이 지난 후에 제기된 것이어서 부적법하다고 주장한다.

이의신청 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다고 볼 수밖에 없다. 그렇다면 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이므로, 재조사결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소기간은 이의신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산된다고 봄이 상당하다. 한편 국세기본법에 따른 불복절차를 거친 재결에 대하여는 다시 심판청구 등을 할 수 없다고 봄이 타당하다(대법원 2014. 7. 24. 선고 2011두14227 판결 등 참조).

원고가 2차 경정처분에 대하여 CCC세무서장을 상대로 조세심판원에 심판을 청구하여 2014. 7. 22. 조세심판원으로부터 재조사결정을 받았고, 이에 따라 피고가 재조사를 실시하여 감액결정을 하여 2014. 11. 19. 원고에게 이를 통지하였는데, 원고는 그때부터 90일의 제소기간이 지난 후인 2017. 2. 27. 이 사건 예비적 청구의 소를 제기하였으므로, 원고의 예비적 청구의 소는 제소기간이 지난 후에 제기된 것이어서 부적법하다.

4. 결론 이 사건 소 중 예비적 청구 부분을 각하하고 원고의 주위적 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 인천지방법원 2018. 07. 05. 선고 인천지방법원 2017구합50786 판결 | 국세법령정보시스템