다. 피고는 상시 모니터링 감사 결과 ⁠‘원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시의 실지거래가액’이 불분명하고 이를 대신할 만한 매매사례가액 및 감정가액이 확인되지 않는다고 판단하고, 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제176조의2 제2항에 따라 산정된 환산가액 244,076,890원을 취득가액으로 한 다음, 필요경비와 장기보유특별공제를 반영하여 과세표준을 378,673,440원으로 확정하였다. 그리고 피고는 2021. 10. 5. 원고에게 이 사건 부동산의 양도에 따른 2016년 귀속 양도소득세 180,055,010원(= 산출세액 146,771,560원 + 가산세 87,948,194원 - 기납부세액 54,664,743원, 원 이하 버림)을 추가 납부할 것을 고지하였다(이하 위 처분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

 원고는 2004. 2. 27.경 MMM으로부터 이 사건 부동산을 매수하면서 매매대금을 450,000,000원으로 정하고 이전비 등을 감안하여 매매대금과 별도로 50,000,000원을 추가 지급하기로 약정하였다. 원고는 당시 MMM에게 계약금 명목으로 이 사건 부동산 매매를 중개한 HHH을 통하여 현금 50,000,000원을 지급하였고, 나머지 대금 명목으로 ⁠‘원고의 부친 DDD의 예금 계좌에서 수표로 출금한 500,000,000원 중 450,000,000원’을 지급하였다.

 원고가 2016년 귀속 양도소득세 신고 당시 제출한 매매계약서는 사후적으로 작성된 것이기는 하나, MMM의 확인 하에 2004. 2. 27.경 작성된 원래의 매매계약서와 동일한 내용으로 다시 작성된 것이다. 한편, 2004. 3. 2. 이 사건 부동산에 마쳐져 있던 근저당권설정등기가 모두 말소되었는데, 그 채권최고액 합계액 등을 고려해 보더라도 원고가 MMM에게 부동산 매매대금으로 450,000,000원을 지급했음을 알 수 있다.

 따라서 ⁠‘원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시의 실지거래가액’이 불분명함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

라) 원고가 이 사건 부동산을 매수할 당시 MMM 소유 부동산에 관하여 마쳐져 있던 근저당권설정등기는 다음과 같다(갑 제4호증의6 참조).

- 표 생 략 -

마) 2004. 3. 2. 위 라)항 기재 표 중 순번 1번, 4번 근저당권설정등기가 말소되었고, 같은 날 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기가 마쳐지면서 순번 2번, 3번 근저당권설정등기의 공동담보 목록에서 이 사건 부동산이 제외되었다. 당시 순번 2번, 3번 근저당권설정등기 자체는 말소되지 아니한 채 MMM 소유의 나머지 부동산에 그대로 남았고, 2004. 3. 22. 이 사건 부동산에 관하여 채무자를 원고로, 근저당권자를 OO농업협동조합으로, 채권최고액을 210,000,000원으로 하는 근저당권설정등기가 마쳐졌다(갑 제4호증의2, 6 참조).

원고가 제출한 매매계약서(갑 제3호증) 특약사항에는. ’MMM이 2004. 11. 30.까지 단풍나무 20주, 모과나무 1주, 벚나무 50주를, 느티나무 100주, 메타세콰이어 20주 등을 벌목하거나 이전해 간다.‘는 내용이 기재되어 있고, 이와 관련하여 원고가 매매대금과 별도로 MMM에게 이전비 등 명목으로 50,000,000원을 추가 지급하기로 약정하였다고 주장하였음은 앞서 본 바와 같다. 그러나 위 특약사항의 내용 및 원고의 주장과는 달리 MMM은 제1심에서 ⁠“나무는 심어져 있었는데, 그거 그냥 포함해서 매매했던 것 같다.”고 증언하였다.

 따라서 위 매매계약서를 근거로 이 사건 부동산의 실지거래가액이 확인되었다고 볼 수는 없다.

 바) ① 앞서 본 바와 같이 MMM 소유 부동산에 관하여는 여러 근저당권설정등기가 마쳐져 있었는데, 2004. 3. 2. 이 사건 부동산의 소유권이 원고에게 이전되면서 그중 1995. 8. 26. 자 및 2002. 3. 21. 자 각 근저당권설정등기만이 말소된 점, ② 그 채권최고액 합계액이 286,000,000원(= 221,000,000원 + 65,000,000원)이고, 근저당권이 설정된 시기 등에 비추어 말소 당시 위 각 근저당권과 관련한 대출 잔액은 채권최고액을 상당히 하회할 가능성이 있는 점, ③ 원고의 소유권 취득 직후 이 사건 부동산에 설정된 근저당권의 채권최고액이 210,000,000원인 점 등을 고려해 보면, 2004. 3. 2. 위 각 근저당권설정등기가 말소되었다는 사정을 들어 원고가 MMM에게 매매대금 450,000,000원을 지급했다고 볼 수는 없다.