요지

관계기업의 판단은 조세특례제한법의 입법취지에 비취어 과세연도 종료일 현재를 기준으로 판단해야함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 7. 3. 원고에 대하여 한 법인세경정거부처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 0000. 0. 00. 설립되어 OOO를 영위하는 회사이다.

나. 원고는 2015. 3. 31. 2014 사업연도에 대한 법인세 신고시에 주식회사 ㅁㅁㅁ(이하 ⁠‘ㅁㅁㅁ’이라 한다)이 원고의 관계기업에 해당함을 전제로 원고의 매출액000억 원에 ㅁㅁㅁ의 매출액 100억 원을 합하면 매출액 합계액이 0,000억 원으로 중소기업기준인 1,000억 원을 초과하는 것으로 판단하고 ⁠‘연구 및 인력개발 세액공제’ 및 ⁠‘접대비 한도액’의 계산시 중소기업이 아닌 일반기업 기준을 적용하여 법인세를 신고 납부하였다.

다. 그 후 원고는 2015. 6. 29. 피고에게 원고가 일반기업이 아닌 중소기업에 해당함을 이유로 접대비 한도액을 다시 계산하여 000만 원을 익금불산입하고, 연구․인력개발비세액공제액 계산시 적용하였던 세액공제율에 대하여 ⁠‘100분의 8’이 아닌 ⁠‘100분의 25’를 적용하여 000원을 추가로 산출세액에서 공제하여 2014 사업연도 법인세액 000원을 환급해 줄 것을 경정청구하였다.

라. 피고는 2015. 7. 3. 원고가 중소기업이 아닌 일반기업에 해당함을 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 9. 21. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2015. 12. 30. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의것, 이하 ⁠‘구 중기법 시행령’이라 한다) 제2조 제3호는 ⁠‘관계기업’을 ⁠‘외부감사대상기업이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단’으로 규정하고 있고, 제3조의2 제1항은 ⁠‘지배 또는 종속의 관계’를 ⁠‘기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 단독으로 또는 일정한 관계에 있는 자와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우’로 규정하고 있다. 그런데 원고가 2014 사업연도의 직전 사업연도 말일인 2013. 12. 31.을 기준으로 ㅁㅁㅁ의 최다출자자가 아니므로 ㅁㅁㅁ는 원고의 관계기업에 해당하지 아니한다. 그리고 조세특례제한법 시행규칙이 2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정되면서 제2조 제8항에 ⁠‘관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다.’는 내용이 신설되었으나 위 규정은 조세특례제한법 시행령에 반하는 것임은 물론 소급과세금지 원칙에도 반한다.

2) 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 제3호 및 구 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 의하면 ⁠‘관계기업에 속하는 기업의 경우에는 중기법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 상시근로자수 등이 조특법 시행령 제2조 제1항 각호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 기업이 아닐 것’을 중소기업의 요건으로 규정하고 있다. 원고와 ㅁㅁㅁ가 관계기업에 해당한다 하더라도, 중기법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 매출액이 1,000억 원 이상인지와 관련하여 관계기업의 매출액은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도 말 현재 매출액 및 직전 사업연도 말 주식 소유비율을 적용하여 계산해야 한다. 이에 의하면 원고의 2014년 기준 매출액 합계가 00,000,000,000원 E=00,000,000,000원(원고의 2013년 매출액) + 0,000,000,000원(ㅁㅁㅁ의 2013년 매출액) × 33,67%(2013. 12. 31. 현재 원고의 ㅁㅁㅁ에 대한 주식소유비율) 이므로 구 조특법 시행령상 기준금액 1,000억 원에 미달하여 원고는 중소기업에 해당한다.

3) 가사 원고와 ㅁㅁㅁ가 관계기업에 해당하고 2014 사업연도에 원고와 ㅁㅁㅁ의 매출액 합계액이 1,000억 원을 초과하여 중소기업이 아닌 일반기업으로 보는 것이 타당하다고 하더라도 구 조특법 시행령 제2조 제2항에 규정된 ⁠‘유예기간’ 동안은 중소기업에 해당하는 것으로 보아야 한다. 왜냐하면 중기법 시행령이 2013. 10. 16. 대통령령 제24799호로 개정되면서 제9조 제4호 단서에 ⁠‘관계기업의 경우에도 중소기업 유예기간이 적용되어야 하는 것’으로 개정되었고, 이에 따라 조특법 시행령도 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되면서 제2조 제2항 단서 및 제3호에 관계기업의 경우에도 조특법 시행령 제2조 제2항 본문에 규정된 유예기간 동안은 중소기업으로 보도록 개정되었기 때문이다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

갑 제5 내지 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, ㅁㅁㅁ의 주식소유현황과 원고와 ㅁㅁㅁ의 매출액은 다음과 같다.

라. 판단

1) 관계기업 해당 여부

구 중소기업기본법(2011. 7. 25. 법률 제10952호로 개정되기 전의 것) 제2조, 구중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되어 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것) 제3조 등이 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이 되는 중소기업의 업종별 기준을 규정하고 있을 뿐 업종 자체에는 제한을 두지 아니한 반면, 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 이 문단에서 ⁠‘구 조특법’이라 한다)과 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 이 문단에서 ⁠‘구 조특법 시행령’이라 한다)은 중소기업기본법령의 일부 규정에 의하여 중소기업의 요건을 정하면서도 조세정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의 중소기업으로 제한하는 등 중소기업의 요건과 범위에 관하여 중소기업기본법령과 달리 규정하고 있는 점(구 조특법 제5조, 구 조특법 시행령 제2조 제1항 본문), 또한 구 조특법과 구 조특법 시행령은 중소기업의 규모 확대나 법령의 변경으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 일정기간 중소기업으로 유예하는 규정을 별도로 두고 있고(구 조특법 시행령 제2조 제2항, 제5항), 유예사유, 유예기간과 기산일 등도 중소기업기본법령과 다르게 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 유예 여부는 구 조특법과 구 조특법 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수 없다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결 참조).

그리고 조세특례제한법이 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행하기 위한 목적으로 설립된 법인 반면, 중소기업기본법은 중소기업이 나아갈 방향과 중소기업을 육성하기 위한 시책의 기본적인 사항을 규정하여 창의적이고 자주적인 중소기업의 성장을 지원하고 나아가 산업구조를 고도화하고 국민경제를 균형 있게 발전시키는 것을 목적으로 설립된 법으로 그 입법취지가 서로 다르다. 그러므로 조세특례제한법에서 중소기업기본법을 준용하도록 하는 명확한 규정이 없는 한 조세특례제한법에서 세금의 혜택을 주고자 하는 대상의 기준, 즉 조세를 감면해 줄 중소기업 해당여부는 조세특례제한법의 독자적인 기준에 따라 판단해야 할 것이다.

그리고 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 되고(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 참조), 법인세는 과세기간인 사업연도 개시와 더불어 과세요건이 생성되어 사업연도 종료시에 완성하고, 그 때 납세의무가 성립하며 그 확정절차도 과세기간 종료 후에 이루어지므로, 사업연도 진행 중 세법이 개정되었을 때에도 그 사업연도 종료시의 법에 의하여 과세 여부 및 납세의무의 범위가 결정되는바, 이에 따라 사업연도 개시시부터 개정법이 적용된다고 하여 이를 법적 안정성을 심히 해하는 소급과세라거나 국세기본법 제18조 제2항이 금하는 납세의무 성립 후의 새로운 세법에 의한 소급과세라 할 수 없고, 신의성실의 원칙에 위배되는 것이라 할 수도 없다(대법원 1996. 7. 9. 선고 95누13067 판결 참조).

조세특례제한법 시행규칙 제2조 제8항은 2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정되었는데 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다고 규정하고 있고 부칙은 위 규칙을 공포한 날부터 시행하도록 되어 있다. 위 법리들에 비추어 보면 위 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제8항은 위 규칙을 공포한 2014. 3. 14.부터 시행하도록 되어 있어 그 시행시기가 2014 사업연도 법인세 납세의무 성립일인 2014. 12. 31. 이전이므로 이를 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이라 볼수도 없다.

따라서 원고와 ㅁㅁㅁ가 관계기업에 해당하는지 여부는 과세연도의 종료일 현재인 2014. 12. 31. 기준으로 판단하여야 할 것이고, 위 인정사실에 의하면 원고가 2014. 12. 31. 기준으로 ㅁㅁㅁ의 주식을 30% 이상 보유하고 있고 최다출자자이므로 원고와 ㅁㅁㅁ는 관계기업에 해당한다. 그러므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 매출액 판단 기준

앞서 살펴본 법리들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 관계기업 기준은 지배․종속기업 간의 지분율을 반영하여 매출액 등을 합산한 후 규모기준을 적용함으로써 관계기업에 대해 중소기업 규모기준의 판단요건을 강화한 것인 점, ② 관계기업 기준이란 지배․종속관계에 해당하는 기업들의 매출액 등을 합산하여 중소기업규모 초과여부를 판단하기 위한 것인데 조세특례제한법 시행령에 따라 해당 사업연도를 기준으로 관계기업 여부를 판단하고 중소기업기본법 시행령에 따라 직전 사업연도의 매출액 등을 산정하면 해당 과세연도 관계기업의 매출액이 1,000억 원 미만임에도 직전 사업연도 관계기업의 매출액이 1,000억 원 이상이 되어 중소기업에서 배제되는 불합리한 결과가 발생할 수 있는 점, ③ 조세특례제한법 시행령에 따라 중소기업인지 여부를 판단할 때 그 판단의 요건은 상시 사용하는 종업원수, 자기자본, 매출액, 자산총액 등인데, 관계기업의 지배 또는 종속의 관계를 판단함에 있어 직전 사업연도 말일을 기준으로 매출액을 판단하게 되면 조세특례제한법에 의한 중소기업의 판단기준이 일관되지 못 하게 되는 점 등을 고려하면, 관계기업에 대한 기준을 조세특례제한법상 적용함에 있어서도 납세의무가 성립되는 해당 과세연도 말 현재를 기준으로 판단하여야 함이 상당하다. 따라서 이와 다른 전제에서 직전 사업연도 말을 기준으로 관계기업 기준을 적용해야 한다는 원고의 위 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

3) 유예기간 적용 여부

구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되어 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 단서는 ⁠‘다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.’고 규정하고 있고, 같은 조 제3호는 ⁠‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우’라고 규정하여 동 시행령 제2조 제1항 제3호에 따른 관계회사 간 매출액 합산액이 졸업기준에 해당하는 경우 유예기간 적용을 배제하도록 규정하고 있었다.

그 후 2013. 10. 16. 대통령령 제24799호로 개정된 중소기업기본법 시행령 제9조제4호 단서에서 중소기업이 다른 중소기업의 주식 등을 소유하여 중소기업에 해당하지 아니하는 경우에도 3년 동안은 중소기업으로 보도록 규정하고 이를 2014. 1. 1.부터 시행하도록 하였는데, 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 제3호에서 ⁠‘제1항 제3호(「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우’라고 규정함으로써 중소기업이 다른 중소기업의 주식 등을 소유하여 중소기업에 해당되지 아니한 경우에는 유예기간의 적용을 받도록 규정하였고 위 규정은 부칙 제4조에 의해 2015. 1. 1.부터 시행하도록 되어 있다.

시혜적 법률은 국민의 권리를 제한하거나 새로운 의무를 부과하는 것과는 달리 입법자에게 보다 광범위한 입법형성의 자유가 인정되므로 입법자는 그 입법의 목적, 수혜자의 상황, 국가예산 등 제반사항을 고려하여 그에 합당하다고 스스로 판단하는 내용의 입법을 할 권한이 있고, 그렇게 하여 제정된 법률의 내용이 현저하게 합리성이 결여되어 있는 것이 아닌 한 헌법에 위반된다고 할 수는 없다(헌법재판소 1999. 7. 22. 선고 98헌바14 결정 참조).

위 법리에 비추어 보면, 조세를 부과하지 않거나 경감시키는 법률조항은 입법자에게 보다 광범위한 입법형성의 자유가 인정되므로 그렇게 제정된 법률의 내용이 현저하게 합리성이 결여되어 있는 것이 아닌 한 엄격히 해석해야 하며, 납세자에게 유리하다고 하여 감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석해서는 안 된다. 앞서 살펴본 바와 같이 조세특례제한법과 중소기업기본법의 입법취지가 명백히 다르므로, 조세특례제한법과 중소기업기본법의 관계기업 판단과 관련한 유예기간의 규정이 일부 다르고 그 시행시기가 다른 것은 각 법의 취지에 부합한 정책을 시행하기 위한 것으로 정책적 이유에 따른 입법자의 선택인 것으로 보이고 달리 입법의 과오나 합리성이 결여되어 있는 것으로 보이지 아니한다.

그렇다면 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 제3호가 2015. 1. 1.부터 시행되는 이상 2014 사업년도 법인세에 대하여 위 규정을 적용할 여지가 없으므로 원고에 대하여 중소기업 유예기간을 적용할 수 없다.

따라서 원고의 위 부분 주장도 역시 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판단한다.

재판장 판사 김병수

판사 유성욱

판사 김영하

출처 : 서울행정법원 2016. 09. 23. 선고 서울행정법원 2016구합59102 판결 | 국세법령정보시스템