요지

원고가 이 사건 세금계산서상의 공급가액 전액을 거래처에 지급하였다고 하더라도, 그 공급가액은 실제 공급가액보다 부풀린 가격이며 정당한 납품가격을 훨씬 초과한 금액에 불과하므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 원고는 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서였다는 점을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

 청 구 취 지 및 항 소 취 지

1. 청구취지

피고가 2019. 8. 1. 원고에게 한 2016년도, 2017년도, 2018년도 귀속 부가가치세 합

계 0원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고(**. **. **.자 상호변경 전 ⁠‘OO전기 주식회사’)는 2016. 6. 10. 방위사업법 제35조에 따라 통신전자 분야 일반 방위산업체(방산업체)로 지정된 회사로서, QQ산업 주식회사(이하 ⁠‘QQ산업’이라 한다)로부터 미국 RR사 수입품인 TT엔진을 납품받아 방위산업물자(군수품 중 방위사업법 제34조에 따라 지정된 물자)인 전술정보통신체계용 분리탑재형 발전기 세트를 제조한 후, 이를 방위사업청과 초도양산계약(물품구매계약)을 체결한 계약상대자인 DS시스템 주식회사(이하 ⁠‘DS시스템’이라 한다)와 주식회사 KR 테크놀러지스(이하 ⁠‘KR’라 한다)에 납품하였다. 즉, 위 방산물자의 공급순서는 ①미국 RR사(TT엔진) → ②QQ산업 → ③원고(발전기 세트) → ④DS시스템 또는 KR(TICN) → ⑤방위사업청이다.

 나. 방위사업청은 2015. 12. 31.경 DS시스템 및 KR와 초도양산에 대한 수의계약을 체결하고, 2017. 12. 20.경 KR와, 2017. 12. 29.경 DS시스템과 위 통신체계 2차 양산에 대한 각 수의계약을 체결하였다.

 다. KR와 DS시스템은 2015. 12. 29.경부터 2018. 7. 2.경까지 사이에 각각 원고와 위와 같은 수의계약에 필요한 초도 및 2차 양산 발전기 세트 등에 대한 구매계약을 체결하였다.

 라. 한편 원고와 QQ산업은 위 발전기 세트 개발 무렵인 2012년경부터 발전기 세트에 장착될 TT엔진을 QQ산업이 미국 RR사로부터 수입하여 원고에게 납품하기로 계약하였다.

 마. 그 후 원고는 2016. 4. 27.부터 2018. 10. 31.까지 QQ산업으로부터 총 990대의

TT엔진(모델명: **, 이하 ⁠‘이 사건 TT엔진’이라 한다)을 납품받았다.

 바. 그런데 원고의 방산부문 부사장 CYJ과 QQ산업의 영업부문 대표이사 KIS,QQ산업의 재무·관리부문 대표이사 OOO(이하 ⁠‘CYJ 등’이라 한다)은 아래와 같은 공소사실로 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(사기), 범죄수익은닉의규제및처벌등에관한법률위반 등의 혐의로 기소되었다(이하 ⁠‘관련 형사사건’이라 한다).

 CYJ 등은 QQ산업이 수입하여 원고에게 납품하는 ⁠‘발전기 세트에 장착되는 TT엔진의 가격을 부풀리고 허위의 원가자료를 제출하는 방법으로 피해자 대한민국(방위사업청)을 기망하고 방위사업비를 편취하여 부풀린 가격과 실제 가격 간의 차액을 나누어 가지기로 공모하고, 2015. 12. 31.경부터 2018. 11.경까지 QQ산업이 원고에게 위 발전기 세트의 부품인 TT엔진의 원가를 부풀려 납품하게 한 후 피해자 대한민국(방위사업청)으로 하여금 전술정보통신체계 초도 및 2차 양산 대금 명목으로 DS시스템과 KR에 합계 0원을 송금하게 하고, DS시스템과 KR로 하여금 그 중 발전기 세트 대금에 해당하는 0원을 원고에게 송금하게 하고, 원고로 하여금 그 중 TT엔진 대금에 해당하는 0원을 QQ산업에 송금하게 함으로써, QQ산업이 원고로부터 지급받은 TT엔진 납품대금 0원과 위 TT엔진의 실제 예상원가 합계 0원의 차액에 해당하는 0원의 재산상 이익을 편취하였다.

 사. 제1심법원(서울중앙지방법원 ****고합****호)은 2019. 6. 5. ⁠“일부 공소사실은 무죄이나, QQ산업이 원고로부터 지급받은 TT엔진 납품대금 0원과 위 TT엔진의 실제 예상원가 합계 2,683,219,474원의 차액에 해당하는 0원의 재산상 이익을 편취한 부분은 유죄이다”라는 취지로 판단한 다음, CYJ에게 징역 4년, KIS에게 징역 3년, YTR에게 징역 2년 및 집행유예 3년의 판결을 선고하였다.

 이에 CYJ 등과 검사가 항소(서울고등법원 ****노****호)하였는데, 항소심 법원은2019. 12. 19. ⁠“CYJ 등의 편취금액은 위 납품대금과 실제 예상원가의 차액0원이 아니라 실제 납품대금 전액인 0원이나, 피고인들에게 유리한 정상을 반영하여 KIS과 YTR의 형을 낮춘다”라는 취지로 판단한 다음, 제1심판결을 파기하고 CYJ에게 징역 4년, KIS에게 징역 2년, YTR에게 징역 1년6개월 및 집행유예 3년의 판결을 선고하였다. 이에 CYJ 등과 검사가 상고하였으나(대법원 ****도*****호), 대법원은 2020. 3. 2. 상고기각 판결을 선고하였고, 이에 따라 위 항소심 판결이 그대로 확정되었다.

 아. 한편 원고는 2016년 제1기 과세기간부터 2018년 제2기 과세기간까지 QQ산업으로부터 위와 같이 TT엔진을 공급받으면서 공급가액 합계 0원의 세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하고 그 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였다.

 자. 피고는 2019. 5. 3.부터 2019. 7. 30.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후, 이

사건 세금계산서상 공급가액과 정상판매가액(예상원가)의 차액 0원은 사실과 다른 가공매입액이라고 판단하고, 2019. 8. 1. 원고에게 2016년 제1기부터 2018년 제2기까지의 부가가치세(가산세 포함) 합계 376,101,940원을 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이사건 처분’이라 한다).

 차. 원고는 2019. 10. 10. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2020. 5. 26. 원고의 청구를 기각하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장

 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

  1) 원고와 QQ산업 사이에 TT엔진의 공급과 관련하여 실제 거래행위가 존재하였고, 원고는 이 사건 세금계산서상 거래금액 전액을 매입처인 QQ산업에 지급하였으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다.

2) 그렇지 않다고 하더라도, CYJ 등이 공모하여 TT엔진의 수입가격을 부풀리고 허위의 원가자료를 제출한 사실을 원고가 알지 못했던 점, 원고는 QQ산업에 TT엔진의 수입단가를 공개할 것을 요구하였으나 이를 강제할 수단이 없었던 점, 원고는TT엔진의 매입단가를 다른 회사의 견적서 등을 통하여 비교하는 등 매입단가가 적정한지 여부를 검토하였고 매입단가를 낮추기 위하여 노력한 점, CYJ 등의 범죄수익은 원고와 무관하고 원고는 CYJ 등의 범행의 피해자인 점, DR지방국세청 조세범칙위원회에서도 원고가 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 것으로 보아 조세범처벌법위반 혐의가 없다는 결정을 한 점 등에 비추어 보면, 원고는 공급가액이 부풀려진 사실을 알지 못하였고, 알지 못하였음에 과실이 없으므로, 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액이 공제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

 가) 관련 법리

○ 부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 ⁠‘세금계산서의 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다)은 매출세액에서 공제하지아니한다’고 규정하고 있는바, 여기서 ⁠‘사실과 다르다’는 의미는, 과세의 대상이 되는소득 · 수익 · 계산 · 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정하고 있는 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체, 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 뜻한다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

○ 명의상의 거래 상대방이 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아니라는 사실을 알지 못한 때에는 알지 못하였음에 과실이 없는 경우에 한하여 매입세액을 공제할 수 있는 것이므로, 공급받는 자가 그와 같은 사정을 잘 알고 있으면서 사실과 다르게 기재된 세금계산서를 교부받은 경우에는 이를 근거로 공급받는 자의 매출세액에서 그 매입세액을 공제할 수는 없다고 할 것이다(대법원 1990. 4. 27. 선고 90누73 판결, 대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

○ 민사나 행정재판에 있어서는 형사재판의 사실인정에 구속을 받는 것은 아니라고 하더라도 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 유력한 증거자료가 되므로, 민사나 행정재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실은 인정할 수 없다(대법원 2012. 5. 24. 선고 2011두28240 판결 등 참조).

 나) 구체적 판단

위 인정사실 및 인용증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실과 사정들을 관련 법리에 비추어 보면, 비록 원고가 이 사건 세금계산서상의 공급가액 전액을 매입처인 QQ산업에 지급하였다고 하더라도, 그 공급가액은 CYJ 등이 공모하여 방위사업청 등을 기망하기 위하여 실제 공급가액보다 부풀린 가격일 뿐만 아니라, 방위사업법령, ⁠‘방산원가대상물자의 원가계산에 관한 규칙’ 및 ⁠‘방산원가대상물자의 원가계산에 관한 시행세칙’에서 정한 정당한 납품가격을 훨씬 초과한 가액에 불과하므로, 이는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에서 정한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 따라서 이에 관한 피고의 주장이 이유 있고, 원고의 주장은 이유 없다.

① 관련 형사사건의 확정된 판결에서 유죄판결을 받은 범죄사실은 ⁠“CYJ 등이 공모하여 2015. 12. 31.경부터 2018. 11.경까지 피해자 대한민국(방위사업청)을 기망하여 위 발전기 세트의 부품인 TT엔진의 원가를 부풀려 납품한 후 이에 속은 피해자 대한민국으로부터 그 중 TT엔진 대금에 해당하는 0원을 QQ산업에게 송금하게 함으로써 이를 편취하였다”, ⁠“CYJ 등은 발전기 세트에 장착되는 TT엔진을 해외에서 수입하는 경우 원가검증 담당자가 TT엔진의 정확한 가격을 알기 어렵다는 점을 악용하여 QQ산업이 수입하여 원고에게 납품하는 TT엔진의 원가자료 제출을 거부하거나 그 견적서를 여러 차례에 걸쳐 서로 다른 금액의 허위의 것을 제출함으로써 원가를 임의로 높게 산정하는 방식으로 이 사건 세금계산서의 대상물품인 TT엔진의 원가를 부풀렸다”는 것이다.

② 원고가 제출한 증거들만으로는, 확정된 관련 형사판결의 유죄 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정의 존재를 인정하기에 부족하므로, 이 법원은 관련 형사판결에서 인정된 사실과 반대되는 사실을 인정할 수 없다고 할 것이다.

따라서 위와 같이 CYJ 등이 공모하여 방산물자 관련 납품가격을 부풀린 사실을 관련 법리에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서에 기재된 공급가액 부분은 재화 또는 용역의 실제 공급가액과 다른 기재에 해당하고, 위 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 보아야 한다.

③ 방위사업법 등 관련 법령에 의하면, 방산물자의 가격은, 국가안보와 직결되는 방위사업이 지니고 있는 특수성, 중요성 등으로 인하여 수요와 공급에 따른 시장 논리가 아닌 국방예산의 범위 내에서 원가에 일정 수준으로 법정된 이윤만을 보장받도록 규정되어 있다(‘방산원가대상물자의 원가계산에 관한 규칙’ 제26조, ⁠‘방산원가대상물자의원가계산에 관한 시행세칙’ 제32조의3). 따라서 방산물자의 공급단계에서 위와 같은 방위사업법 관련 규정에서 정한 정당한 가격을 훨씬 초과하여 부풀린 가격을 세금계산서의 공급가액으로 기재하였다면, 이는 정당한 재화나 용역의 대가로 볼 수 없고, 이러한 측면에서도 위 세금계산서는 ⁠‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 보아야 한다.

④ 더구나 CYJ은 위 범죄사실과 같이 부풀려진 TT엔진대금이 원고로부터 QQ산업에게 송금되자, 2016. 1. 20.부터 2018. 10. 5.경까지 그 중 0원을 처 ㅇㅇㅇ 명의로 설립한 주식회사 OOO엔지니어링 또는 주식회사 OOO로 되돌려 받아 생활비 등 개인적인 용도로 임의 소비함으로써 이를 횡령하기까지 하였다. 이와 같이 QQ산업이 아닌 CYJ 등 개인에게 귀속된 금액 부분은 정당한 공급가액이라 할 수 없고, 이러한 점에서도 위 세금계산서는 공급가액이 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아야 한다.

⑤ 갑 제14호증, 을 제9호증의 1, 2의 각 기재와 관련 형사사건 판결 등에 의하면, ㉮ 위와 같이 부풀린 금액에 관하여, 방위사업청은 2019. 1.경 DS시스템과 OOO에 대하여, DS시스템과 KR는 2019. 2.경 원고에 대하여 각 물품구매계약서나 거래기본계약서에서 정한 부당이득 환수 규정에 따른 부당이득과 가산금 합계 약 0억원(= 부당이득금 약 0억 원 + 가산금 약 0억 원)의 납입고지를 하였고, ㉯ 원고도 2019. 3. 6. QQ산업에 대하여 거래기본계약서에서 정한 부당이득 환수 규정에 따른 부당이득과 가산금 합계 약 0억 원의 납입고지를 하였으며, ㉰ 원고는 위 부당이득과 가산금 납부 부담 등으로 2019. 3. 4. 최종 부도처리되어 같은 날 DG지방법원에 기업회생 신청(201*회합1**)을 하기에 이른 사실, ㉱ QQ산업은 2020. 6.경 KK세무서장으로부터, 위와 같이 원고와의 부풀린 가격에 의한 거래로 인한 부가가치세 조사를 받아 그 가공거래에 관한 세금계산서불성실가산세 처분을 받고도 이에 불복하지 않은 사실이 인정된다. 위와 같이 원고 스스로도 QQ산업과의 위 거래가 약 0억 원의 부풀린 가격에 의한 거래임을 인정하고 QQ산업에 대하여 그 부당이득금의 환수를 구한 적이 있을 뿐만 아니라, QQ산업 또한 그 가공거래로 인한 세금계산서불성실가산세 부과처분에 승복하였다.

2) 원고가 사실과 다른 계산서라는 점을 알지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없는지 여부

 가) 관련 법리

○ 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결).

○ 법인은 기관을 통하여 행위를 하므로 법인이 대표자를 선임한 이상 그의 행위로 인한 법률효과는 법인에게 귀속되어야 하고, 법인 대표자의 범죄행위에 대하여는 법인이 자신의 행위에 대한 책임을 부담하는 것이다. 법인 대표자의 법규위반행위에 대한 법인의 책임은, 법인 자신의 법규위반행위로 평가될 수 있는 행위에 대한 법인의 직접책임으로서, 대표자의 고의에 의한 위반행위에 대하여는 법인 자신의 고의에 의한 책임을, 대표자의 과실에 의한 위반행위에 대하여는 법인 자신의 과실에 의한 책임을 부담하는 것이다. 따라서 법인이 발행하는 세금계산서가 사실과 다른 것이라는 점을 알았는지 여부나 알지 못하였음에 과실이 없는지 여부는 대표기관을 기준으로 함이 원칙이다.

○ 또한 행위의 외형상 법인의 대표자의 직무행위라고 인정할 수 있는 것이라면 설사 그것이 대표자 개인의 사리를 도모하기 위한 것이었거나 혹은 법령의 규정에 위배된 것이었다 하더라도 위의 직무에 관한 행위에 해당한다. 나아가 법인의 대표기관뿐만 아니라 적어도 법인의 내부적 업무분장에 따라 당해 법인의 관리 업무의 전부 또는 특정 부분에 관하여 대표기관에 갈음하여 사실상 회사의 의사결정 등 모든 권한을 행사하는 사람은 그가 이사회의 구성원 또는 임원이 아니더라도 그의 행위를 회사자신의 행위로 봄이 타당하다(대법원 2006. 10. 26. 선고 2004다27082 판결)

 나) 구체적 판단

위 인정사실 및 인용증거들에 을 제6, 10호증의 각 기재를 더하여 알 수 있는 다음의 사정에 비추어 보면, 갑 제3, 5호증의 각 기재를 비롯하여 원고가 제출하는증거들만으로는, 원고가 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서였다는 점을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① CYJ은 2012. 4.경부터 2018. 11. 28.경까지 원고의 기술사업부 이사, 상무, 전무, 사업본부장(전무), 방산부문 부사장의 직함으로, 개발 사업을 비롯하여 원고가 방위사업청 또는 군(軍)에 납품하는 물자의 제작·생산 및 이를 위한 부품의 구매협상 등을 총괄 관리하면서, 사업의 전체 예산 및 그에 따른 개별 부품의 구매가격을 정하여 구매 담당자에게 부품의 구매를 의뢰하는 등 원고의 방산 분야 사업 예산을 배정하고 그에 따라 부품 구매 등의 자금 집행이 이루어지도록 하는 업무의 책임자로 일하여 왔다. 이러한 사정을 관련 법리에 비추어 보면, CYJ은 원고의 업무분장에 따라 원고의 방산부문에 관하여 기관에 갈음하여 사실상 회사의 의사결정 등 모든 권한을행사하는 사람으로서 그의 행위는 원고 자신의 행위로 봄이 타당하다.

② 당시 원고의 대표자였던 이용재는 30년 이상 동종업종에 종사한 발전기세트 제작의 전문가로서, QQ산업으로부터 2015. 12. 31.경부터 2018. 11.경까지 장기간에 걸쳐 TT엔진을 공급받아 왔으며, 최종 책임자로서 그 발주서를 결재해 오기도 하였고, 이를 기초로 이 사건 세금계산서를 원고 명의로 신고하도록 하였다. 이러한 사정을 관련 법리에 비추어 보면, 위와 같은 행위를 CYJ 등의 개인적인 일탈로 볼 수만은 없고, 원고의 대표자로서 이용재도 이 사건 세금계산서에 포함된 TT엔진의 가격이 정상가격을 초과하여 부풀려진 금액임을 충분히 인지하고 있었을 것으로 보인다(나아가 위 이용재로서는 이와 같은 사실과 다른 세금계산서에 기초한 매입세액 공제로 인하여 부가가치세 납부의무를 면탈하고 결과적으로 국가의 조세수입의 감소를 가져오게될 것이라는 점을 인식하였던 것으로 볼 수 있다).

③ 설령 원고가 이 사건 세금계산서의 공급가액이 허위로 작성된 사실을 알지 못하였다고 하더라도, ㉮ 위와 같이 대규모의 방산물자를 계속적으로 공급받는 자로서는 세금계산서 교부에 이르기 전에 그 용역의 실제 원가를 조사 또는 확인하여 알게 되는 것이 보통이고, 또 그와 같은 확인에 그다지 큰 어려움이 있는 것도 아니라고 보이는점, ㉯ 실제로 정산원가 검증이나 사전원가 검증이 이루어지면서 방위사업청 소속 공무원이 ⁠‘발전기 세트의 재료비가 너무 과다한 것 같다’는 취지로 이의를 제기하며 원가자료의 제출을 요구하자, 원고의 부사장 CYJ을 비롯하여 원가검증 담당자 오상훈 등이 관여하며 원가자료를 검토하고 방위사업청에 송부한 점을 감안하여 보면, 원고로서는 그 과정에서 원가가 부풀려졌다고 인식하였거나 이를 의심할 수 있었던 것으로 보이므로, 원고에게는 위와 같은 사실을 알지 못한 점에 대하여 과실이 있었다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론이 달라 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 원고의 이 사건청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대구고등법원 2021. 10. 01. 선고 대구고등법원 2021누2149 판결 | 국세법령정보시스템