요지

종전아파트 취득시부터 신축아파트 양도시까지의 기간을 통산하여 장기보유 특별공제를 받기 위해서는 종전아파트 소유권이 조합원입주권 및 신축아파트 소유권으로 변경되는 과정에서 조합원입주권이 주택으로 의제됨으로써 위 대상 간 동일성이 인정되어야 하나, 원고들은 종전아파트와 조합원입주권까지 보유기간에 통산하여 장기보유 특별공제를 받을 수 없으므로 원고들의 경정청구를 기각한 이 사건 처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고들이 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2020. 6. 18. 원고들에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득

세 각 227,596,087원(합계 455,192,174원)의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 부부로서 2009. 7. 20. C(이하 ⁠‘기존주택’이라 한다)의 각 1/2지분씩을 합계 1,270,000,000원에 취득하였다.

나. 기존주택에 대한 재건축사업은 2005. 5. 16. 사업시행인가가 있었고, 2010. 8. 24. 관리처분계획인가가 있었으며, 2016. 8. 30. 신축한 아파트의 사용승인이 이루어졌다. 원고들은 2016. 12. 15. D(이하 ⁠‘신축주택’이라 한다)의 각 1/2지분에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 원고들은 2019. 12. 20. 신축주택을 3,940,000,000원에 양도하였고, 기존주택 취득일인 2009. 7. 20.부터 위 양도일까지 10년 이상의 보유기간이 인정됨을 전제로 신축주택 양도에 1세대 1주택 양도에 대한 장기보유 특별공제를 적용하여 각 양도소득세 57,521,260원을 각 신고·납부하였다.

라. 피고는 기존주택에 대하여 2005. 5. 16. 사업시행인가결정이 있었으므로 그 이후 기존주택을 취득한 원고들은 ⁠‘주택’이 아닌 ⁠‘부동산을 취득할 수 있는 권리’인 조합원입주권을 승계취득한 경우에 해당하고 그 조합원입주권의 보유기간은 1세대 1주택 장기보유 특별공제의 대상인 보유기간에 포함되지 않는다고 보아, 신축주택의 사용승인일인 2016. 8. 30.부터 3년 이상 4년 미만의 보유기간에 대한 장기보유 특별공제율 24%가 적용된다는 이유로 원고들에게 장기보유 특별공제액 정정에 따른 양도소득세 수정신고를 안내하였다.

마. 원고들은 2020. 4. 17. 위 안내에 따라 양도소득세 각 285,117,347원(가산세 8,014,720원 포함)을 각 수정신고·납부한 다음, 2020. 4. 20. 다시 피고에게 기존주택 취득일을 기준으로 보유기간을 산정하고 1세대 1주택 장기보유 특별공제가 인정되어야한다는 이유로 2019년 귀속 양도소득세 합계 455,192,174원(각 227,596,087원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2020. 6. 18. 위 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2021. 11. 1. 기각되었다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체

의 취지

2. 원고들의 주장 요지

가. 원고들은 기존주택에 대한 재건축사업의 관리처분계획인가일(2010. 8. 24.) 이전인 2009. 7. 20. 기존주택을 취득하였다. 2003. 7. 1.부터 시행된 도시 및 주거환경정비법(이하 ⁠‘도시정비법’이라 한다)에 의하면 관리처분계획인가를 받아야 조합원들이 조합원입주권을 취득하게 되므로, 원고들이 2009. 7. 20. 취득한 것은 ⁠‘조합원입주권’이 아닌 ⁠‘주택’이다. 원고들은 2019. 12. 20. 신축주택을 양도하였는데, 당시 시행 중이던 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제166조 제2항 제1호, 제5항 제2호에 의하면, 원고들은 기존주택 취득일(2009. 7. 20.)부터 10년 이상 주택을 보유하였으므로, 양도소득세 산정 시 ⁠‘10년의 장기보유특별공제’가 적용되어야 한다.

나. 그럼에도 피고는 원고들이 재건축사업의 사업시행인가일(2005. 5. 16.) 이후에 기존주택을 취득하였고, 이는 구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항에 따라 ⁠‘주택’이 아닌 ⁠‘조합원입주권’을 취득한 것으로 보아야 하므로, 주택 양도에 따른 장기보유 특별공제 보유기간의 기산점은 ⁠‘기존주택 취득일(2009. 7. 20.)’이 아닌 ⁠‘신축주택 사용승인일(2016. 8. 30.)’이라는 전제 하에 원고들의 양도소득세 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분에는 법령을 잘못 해석하여 적용하는 등 법리를 오해한 위법이 있다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 기존주택 취득의 법적 성격

1) 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항은 ⁠‘양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고 그 금액(양도차익)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.’고 규정하고, 같은 조 제2항은 ⁠‘장기보유특별공제액이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시정비법 제74조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.‘고 규정하고 있다. 이처럼 구 소득세법 제95조 제2항은 "장기보유 특별공제액"에 관하여 규정하면서 조합원입주권에 대하여는 본문 괄호 부분에서 ⁠‘조합원으로부터 취

득한 것은 제외한다.’고 규정하고 있다. 결국 원고들이 기존주택을 취득할 당시 ’조합원입주권‘을 승계취득한 것으로 해석된다면 위 괄호부분에 따라 장기보유 특별공제가 적용될 수 없는 반면, 부동산인 ’주택‘을 취득한 것으로 인정된다면 다른 요건의 구비여부에 따라 장기보유 특별공제를 받을 가능성이 있어 양자 간 차이가 있다.

2) 도시정비법에 따른 재건축사업의 경우 조합원입주권 취득시기는 도시정비법에 따라 결정된다. 2002. 12. 30. 법률 제6852호로 제정되어 2003. 7. 1.부터 시행된 도시정비법에 의하면, 사업시행인가 이외에도 관리처분계획인가를 받아야 비로소 ⁠‘입주자로 선정된 지위’, 즉 조합원입주권을 취득하게 된다.1) 그런데 이 사건에서 원고들은 도시정비법에서 기존주택이 조합원입주권으로 전환되는 기준일에 해당하는 관리처분계획인가일인 2010. 8. 24. 이전에 이미 기존주택을 취득하였으므로, 부동산으로서의 주택을 취득한 것이지 조합원으로부터 조합원입주권을 승계취득하였다고 볼 수 없다. 따라서 장기보유 특별공제가 원천적으로 배제되는 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 부분에는 해당하지 않는다.

나. 구 소득세법 시행령(2005. 5. 31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것, 이하 개정 전 시행령’이라 하고, 개정된 후의 것을 ⁠‘개정 후 시행령’이라 한다) 제155조 제16항의 의미와 조합원입주권의 1세대 1주택 장기보유특별공제 적용여부

1) 관련 법리

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조).

나) 장기보유 특별공제제도는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정 시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것이고, 1세대 1주택을 장기간 보유하는 경우 최대 100분의 80에 이르는 고율의 공제율을 적용하는 취지는 1세대 1주택이 국민의 주거생활 안정에 필수적인 요건임을 감안하여 1세대 1주택의 장기보유자에 대한 양도소득세의 부담을 해소하는 데에 있다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2014두36921 판결 참조).

다) 구 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제1호, 제95조 제2항, 제4항 본문, 구 소득세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것) 제154조 제8항 제1호, 제159조의2 등 관계 법령의 규정 내용과 1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유 특별공제율을 정한 취지 등에 비추어 보면, 장기보유 특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 구 소득세법 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하므로 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이다. 다만 재건축·재개발 조합원이 기존 주택과 토지를 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새로운 주택을 취득한 경우에는 구 소득세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것) 제159조의2에서 정한 1세대 1주택에 해당하면 기존주택과 조합원입주권의 보유기간까지 통산하여 구 소득세법 제95조 제2항의

28025 판결 등의 취지 참조).

2) 구체적 판단

가) 원고들이 기존주택의 취득 시부터 신축주택의 양도 시까지의 기간을 통산하여 장기보유 특별공제를 받기 위해서는 기존주택의 소유권이 조합원입주권 및 신축주택의 소유권으로 변경되는 과정에서 조합원입주권이 주택으로 의제됨으로써, 위 대상 간 동일성이 인정되어야 하고, 조합원입주권의 주택 의제 여부는 개정 전·후 시행령 제155조 제16항(이하 ⁠‘이 사건 조항’이라 한다)에 의해 결정된다.

⑴ 조합원입주권에 대한 장기보유 특별공제 입법 경위 이 사건 조항은 조합원입주권을 주택으로 의제하여 1세대 1주택의 비과세 혜택을 부여하는 규정으로, 장기보유 특별공제를 직접적으로 규율하고 있지 않다. 그러나 아래와 같이 구 소득세법에서 조합원입주권에 대한 장기보유 특별공제를 규정하게 된 입법 과정과 그 내용에 비추어보면, 이 사건 조항을 통해 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권을 취득한 경우에는 그로부터 신축주택의 양도 시까지의 보유기간을 통산하여 장기보유 특별공제를 받게 된다.

㈎ 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항은 장기보유 특별공제를 규정하면서 그 대상을 ⁠‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산’ 즉 토지와 건물로 한정하고 있었다. 이에 종래 대법원은 ⁠“재건축조합의 조합원이 기존주택과 토지를 재건축조합에 제공하고 승인된 사업계획에 따라 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 개정 전 시행령 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 경우에는 그 분양권은 ⁠‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당함에도 불구하고 개정 전 시행령 제155조 제16항이 정하는 바에 따라 ⁠‘주택’으로 의제되고, 그 양도당시 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 고가주택에 해당하여 양도소득세가 부과되는 경우에는 장기보유 특별공제를 받을 수 있다(대법원 2007. 6. 14. 선고 2006두16854 판결).”라고 판시하여 개정 전 시행령 제155조 제16항에 따라 1세대 1주택으로 의제되어, 기존주택과 동일성이 인정되는 조합원입주권의 경우에는 명시적인 규정이 없더라도 장기보유 특별공제 대상이 된다고 보았다.

㈏ 이후 2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 본문은 조합원입주권에 대해서도 장기보유 특별공제 대상이 된다고 명시적으로 규정하였다. 그 개정 취지는 주택이 조합원입주권으로 변환된 것으로 볼 수 있는 경우 양도소득세 장기보유 특별공제 대상을 조합원입주권까지 확대하기 위한 것으로, 조합원입주권이 주택으로 의제되어야 함을 전제한다는 점에서 위 대법원 판결의 취지와 같다.

⑵ 이 사건 조항 및 부칙의 내용

구 소득세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항, 이 사건 조항 및 부칙 제1조, 부칙 제4항의 규정에 의하면, 주택재건축사업을 시행하는 정비사업의 조합원이 ’당해 조합을 통하여 입주자로 선정된 지위‘를 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세혜택을 적용받을 수 있는 기준은 ① 2003. 6. 30.까지는 사업계획승인일에, ② 2003. 7. 1.부터 2005. 5. 30.까지는 사업시행인가일에, ③ 2005. 5. 31.부터는 관리처분계획인가일에 각 기존주택을 소유하는 사람이다.

위와 같이 부칙 규정을 두어 비과세 혜택 대상자가 되는 기준 시점을 달리 정한 이유는, 주택재개발사업을 규정한 도시재개발법과 재건축사업을 규정한 주택건설촉진법이 2003. 7. 1.부터 시행된 도시정비법으로 통합되면서 주택건설촉진법상 필수적 절차가 아니었던 관리처분계획이 도시정비법상 재건축사업에서는 필수적 절차가 되는 등 차이가 발생하였기 때문이다.2) 즉 2003. 7. 1. 도시정비법 시행 당시 여전히 구 주택건설촉진법상 정비사업 구역이 남아있고, 구법에 의해 이미 상당히 재건축이 진행된 조합도 도시정비법상 절차를 거쳐야 하는지 여부가 명확하지 않았던 과도기적 상황에서 도시정비법의 시행 경과에 맞추어 소득세법상 비과세혜택 대상자를 정하는 입법적 결단을 내린 것이다. 입법자는 조합원의 재산권 보호를 인식하면서도 재건축사업이 부동산 시장의 투기와 결부될 수 있음을 우려하여, 비과세혜택을 부여하는 시점을 달리 설정하는 정책적 판단을 한 것으로 볼 수 있다.

⑶ 조세법률주의 원칙에 부합하는 해석

개정 전 시행령 제155조 제16항에 의하면, 주택재건축사업의 경우 조합원입주권을 1세대 1주택으로 인정받기 위해서는 ⁠‘사업시행인가일’ 이전에 기존주택을 소유하고 있어야 한다. 반면 개정 후 시행령 제155조 제16항에서는 기존주택 보유자가 1세대 1주택 특례규정을 적용받기 위한 기준일이 ⁠‘관리처분계획인가일’로 변경되었다. 그런데 2003. 7. 1.부터 시행된 도시정비법에서는 조합원입주권의 취득시기를 ⁠‘관리처분계획인가일’로 규정하고 있으므로, 이 사건 조항에서 정하는 1세대 1주택 비과세혜택 적용대상자를 결정하는 기준일과 도시정비법에서 정하는 조합원입주권 취득시기를 동일하게 해석해야 하는 것이 아닌가 하는 의문이 들기도 한다.

그러나 개정 후 시행령 부칙 제4항은 ⁠‘주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치’라는 제목으로, 개정 후 시행령이 시행(2005. 5. 31.)되기 전에 이미 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대하여는 개정 전 시행령을 적용한다는 경과조치를 명시적으로 규정하고 있다. 이 사건 조항은 조합원입주권을 주택으로 취급하여 1세대 1주택 비과세나 장기보유 특별공제 혜택을 부여하는 전제가 되는 규정이라는 점에서, 위와 같은 명시적인 경과조치에도 불구하고 이 사건 조항 및 부칙의 법문을 그 문언에 반하여 확장하거나 유추하여 해석할 수는 없다.

⑷ 이 사건 조항의 적용 범위 등에 관한 문제

㈎ 이에 대하여 원고들은, 이 사건 조항은 조합원입주권의 양도에 관한 사항만 규정하고 있으므로 신축주택을 양도한 이 사건에는 적용될 여지가 없고, 원고들이 신축주택을 양도한 것은 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제166조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 ⁠‘재건축조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 청산금을 납부하면서 취득한 신축주택 및 그 부수토지’에 해당함이 분명하므로, 원고들은 그 양도차익에 대하여 같은 조 제5항 제2호에 따른 보유기간을 적용한 장기보유 특별공제액을 산정하였으며, 납세의무 성립당시 이 사건 조항의 내용은 상향 입법되어 폐지됨으로써 이 사건 처분의 근거가 될 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 그러나 위에서 살펴본 여러 사정에 더하여, 관계 법령 및 법리에 비추어 알 수 있는 아래 ㈏항 내지 ㈒항과 같은 사정을 고려하면 원고들의 위 주장은 이를 그대로 받아들일 수 없다.

㈏ 재건축조합원이 기존주택과 토지를 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 신축주택을 취득한 경우, 소득세법 등 관계 법령에 따라 1세대 1주택에 해당하면 기존주택과 조합원입주권의 보유기간까지 통산하여 장기보유 특별공제를 적용받을 수 있음은 앞서 본 바와 같다. 이 사건 조항은 조합원입주권의 양도에 관한 내용을 규정하고 있으나, 원고들이 주장하는 바와 같은 장기보유 특별공제액의 적용 여부를 판단하기 위해서는 기존주택과 조합원입주권의 보유기간을 통산하여 1세대 1주택의 요건을 충족하고 있어야 하는 것이어서 이 사건 조항의 적용은 불가피하다. 만약 신축주택을 양도하는 경우에 이 사건 조항의 적용 자체가 배제된다면, 기존주택과 조합원입주권을 보유하던 중 이를 양도할 당시에는 1세대 1주택의 요건을 갖추지 못해 장기보유 특별공제 등과 같은 세재 혜택을 받지 못했던 조합원이 신축주택을 양도할 경우에는 그러한 혜택을 받을 여지가 생겨 불합리한 결과가 초래된다. 한편, 원고들이 그 주장의 근거로

드는 판결(서울행정법원 2019구단64467호)은 조합원입주권과 별도 주택을 보유하던 중 별도 주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세혜택이 적용될 수 있는지 여부가 쟁점이 된 사안으로, 기존주택과 조합원입주권에 기하여 신축주택을 취득한 후 당해 신축 주택을 양도하는 경우 그 동일성 여부 및 보유기간 통산이 문제되는 이 사건에는 구체적 사실관계와 쟁점을 달리하여 이를 그대로 적용할 수 없다.

㈐ 재건축사업에서 조합원입주권을 주택과 동일성이 인정되는 것으로 보는 기준시점과 관련하여, 개정 전 시행령 제155조 제16항은 ⁠‘사업시행인가일’을, 개정 후 시행령 제155조 제16항은 ⁠‘관리처분계획인가일’을 각각 그 기준시점으로 달리 규정하고 있음은 앞서 본 바와 같다. 개정 후 시행령 제155조 제16항은 2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 다시 개정되었는데, 그 내용은 그대로 유지되면서 제155조 제17항으로 조문의 위치만 이동되었다. 이후 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 소득세법이 개정되면서 비과세 양도소득의 유형으로 제89조 제1항 제4호가 신설되었다. 이는 개정 후 시행령 제155조 제16항과 같이 ⁠‘사업시행인가일’ 이후라고 하더라도 ⁠‘관리처분계획인가일’을 기준으로 그 이전부터 기존주택을 소유한 조합원이 조합을 통하여 취득한 조합원입주권을 양도하더라도 이를 주택으로 보아 1세대 1주택의 비과세혜택을 부여하겠다는 것이어서, 결과적으로 이 사건 조항, 특히 개정 후 시행령 제155조 제16항이 문구 등을 일부 수정하여 법률로 상향 입법된 것으로 볼 수 있다. 또한, 소득세법상 양도소득금액(제95조), 양도소득세의 세율(제104조) 등 다른 조항에서도 조합원입주권을 주택으로볼 것인지 여부에 관한 기준시점을 ⁠‘관리처분계획인가일’로 정하거나 이를 전제로 ⁠‘조합원입주권’의 용어를 사용하고 있다.

㈑ 개정 법률이 전부 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지이어서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 하므로 종전 법률 부칙의 경과규정도 모두 실효되는 것이 원칙이다. 그러나 법률을 개정하면서 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두27919 판결의 취지 참조).

㈒ 이 사건 처분의 근거가 되는 개정 후 시행령 부칙 제4항은 이후 다시 개정되거나 삭제되는 등의 명시적인 조치가 취해진 바 없으므로, 원고들의 신축주택 양도에 대하여 개정 전 시행령 제155조 제16항이 적용되는 법적 근거가 된다. 비록 위에서 본 바와 같이 개정 후 시행령 제155조 제16항과 실질적으로 동일한 내용이 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제89조 제1항 제4호로 입법되었으며, 이후 소득세법에서 ⁠‘조합원입주권’에 관한 내용을 추가로 규정하였다고 하더라도, 이는 구 소득세법 시행령 부칙, 부칙에 따른 경과규정이 모두 지난 후에 도시정비법에 따라 재건축사업이 진행되는 사안에 관한 것으로 봄이 타당하다. 도시정비법 시행 초기와 같은 과도기적 상황에서 기존주택 또는 조합원입주권을 매수하였다가 이후 이를 양도함에 있어서는 여전히 이 사건 조항의 적용 여부가 문제될 수 있다는 점에서, 원고들이 주장하는 바와 같은 상향 입법 등과 같은 조치만으로 이 사건 조항이나 관련 부칙 규정이 실효된다고 볼 수는 없다. 만약 이와 달리 위 부칙 규정이 실효된다고 해석한다면, 재건축조합이 도시정비법 시행 당시 이미 사업시행계획승인을 받는 등 사업이 상당한 정도로 진행되어 도시정비법상 관리처분계획인가 등에 따른 절차를 진행할 필요가 없는 사안에서,3) 재건축조합원이 신축주택을 양도할 때 1세대 1주택인지 여부를 판단하는 기준이 되는 시점이 존재하지 않게 되어 법령 적용에 혼란이 가중될 여지가 있다는 점에서도 그러하다.

나) 이 사건 주택재건축사업의 사업시행인가일은 2005. 5. 16.이고, 관리처분계획인가일이 2010. 8. 24.임은 앞서 본 바와 같으므로, 개정 후 시행령 부칙 제4항에 따라, 개정 후 시행령의 시행일인 2005. 5. 31. 이전에 이미 도시정비법상 사업시행인가를 받은 주택재건축사업 조합원인 원고들에게는 개정 전 시행령이 적용된다. 결국 원고들은 사업시행인가일 이후인 2009. 7. 20. 기존주택을 취득하였으므로, 기존주택과 조합원입주권의 보유기간까지 통산하여 장기보유 특별공제를 받을 수 없다. 비록 원고들이 기존주택을 취득한 2009. 7. 20.부터 주택재건축사업에 따라 신축주택의 사용승인이 이루어진 2016. 8. 30.까지 약 7년의 기간이 1세대 1주택 장기보유 특별공제 대상인 보유기간에 포함되지 않는다고 하더라도, 모든 과세요건을 법령에 빠짐없이 규정할 수 없는 입법상의 한계와 1세대 1주택에 대한 장기보유 특별공제 제도의 취지 등에 비추어 볼 때, 도시정비법이 제정되어 시행되는 과도기적 상황에서 위와 같은 이 사건 조항의 해석 및 적용은 불가피한 측면이 있다.

다. 소결론

따라서 원고들은 결과적으로 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제166조 제2항 제1호, 제5항 제2호에 따른 10년의 장기보유특별공제를 받을 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없고, 이 사건 경정청구를 기각한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2024. 10. 17. 선고 서울고등법원 2023누32084 판결 | 국세법령정보시스템