요지

대토농지가 공익사업목적을 위해 협의매수되었을 경우, 조특법 시행령 제67조 제4항의 특례규정이 적용되나, 기존 농지가 협의매수되어 양도된 경우에도 유추적용될 수는 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 4. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 16,363,770원(납부불성실가산세 포함)

의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 4. 13. 충북 ○○군 ◇◇읍 □□리 259-2 답 1,578㎡(이하 ⁠‘이 사

건 토지’라 한다)를 매수하여 그 무렵부터 이 사건 토지를 경작하였는데, 원고 소유의 이 사건 토지는 2008. 7. 28. 원고 소유의 다른 토지 및 건물과 함께 한국토지공사에

의하여 협의매수되었다.

나. 이후 원고는 2008. 8. 18. 충북 ○○군 XX면 YY리 249-1 외 4필지 토지(이

하 ⁠‘CC리 토지’라 한다)를 매수하였다.

다. 원고는 2008. 10. 13. CC리 토지의 취득이 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법

률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제70조 제1항 및 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것,

이하 ⁠‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제67조가 정하는 ⁠‘농지의 대토’에 해당한다 고 보아 이 사건 토지의 양도를 양도소득세 감면대상으로 판단한 후 양도소득세 예정

신고를 하였고, 이후 확정신고를 하지 아니하였다.

라. 피고는 2014. 4. 1. 이 사건 토지의 양도는 원고가 이 사건 토지를 3년 이상 보

유, 경작하지 아니하여 양도소득세 감면요건을 갖추지 못하였다는 이유로 원고에게 양

도소득세 16,363,770원(납부불성실가산세 포함)을 부과하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라

한다).

마. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2014. 7. 3. 조세심판원장에게 심판청구 를 하였으나, 위 청구는 2014. 10. 1. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는

것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 구 조세특례제한법 제70조 제1항 및 동법 시행령 제67조는 종전 농지 소유

자의 자의에 의한 양도에 해당하는 경우만을 규정하고 있는 것이고, 종전 농지가 협의

매수‧수용되는 경우에 대하여는 위 법에서 명문의 규정을 두고 있지 않으므로, 이 사

건과 같이 종전 농지가 협의매수‧수용되는 경우에는 ⁠‘새로운 농지를 취득한 후 3년 이

내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수‧수용 및

그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지 소재지에 거주하면서 경작한

것으로 본다’는 구 조세특례제한법 시행령 제67조 제4항이 유추적용되어야 한다. 그렇

다면, 원고가 이 사건 토지를 3년 이상 보유하여 경작하지 아니하였다고 하더라도 구

조세특례제한법 시행령 제67조 제4항의 유추적용에 의하여 CC리 토지의 취득은 구

조세특례제한법 제70조 제1항 및 동법 시행령 제67조가 정하는 ⁠‘농지의 대토’에 해당

되는 것으로 보아야 할 것이므로, 이 사건 토지의 양도에 관한 양도소득세는 감면대상 에 해당한다. 따라서 피고가 이 사건 토지의 양도가 양도소득세 감면요건을 갖추지 못

한다고 보아 원고에게 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 설령 이 사건 토지의 양도가 양도소득세 감면요건을 갖추지 못하였다고 하

더라도 이 사건 처분은 예정신고 납부기한 다음날인 2008. 10. 1.이나 원고가 세무공무

원의 안내를 받아 이 사건 토지와 함께 수용된 다른 토지 및 건물 중 일부에 대한 양

도소득세를 납부한 다음날인 2008. 10. 14.부터 이미 5년이 경과한 2014. 4. 1.에서야

있었으므로, 이 사건 처분은 이미 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되

기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국세기본법’이라 한다) 제26조의2 제1항 제3호가 정하는 국세부 과 제척기간이 도과한 후에 이루어진 것이어서 위법하다.

3) 나아가 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 원고에게 납부불성실가산세를 부

과한 것은 피고가 과세의 주체인 점, 원고가 세무공무원의 안내에 의하여 이 사건 토

지 양도에 관한 양도소득세가 감면대상인 것으로 알고 양도소득세 예정신고를 한 것인

점 등에 비추어 볼 때 피고의 과실을 원고에게 전가하는 것이어서 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) CC리 토지의 취득이 구 조세특례제한법상 ⁠‘농지의 대토’에 해당하는지 여부

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건 을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세

자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되

지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게

해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392

판결, 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결, 2007. 5. 10. 선고 2006두16182 판결).

나) 한편, ⁠‘농지의 대토’라고 인정되는 경우에 양도소득세를 감면하는 규정의

취지가 농지의 자유로운 대체를 보장함으로써 농민을 보호하고 농업을 발전·장려하기

위한 것인 점에 비추어 볼 때, 구 조세특례제한법 시행령 제67조 제4항의 규정은, 농

지를 취득하였다가 매각한 것이 자경농가로서 소유하던 농지를 경작상의 필요에 의하

여 대토하기 위한 경우임에도 불구하고 대토농지를 새로 취득한지 3년이 경과하기 전

e에 그 대토농지가 협의매수 또는 수용되는 경우에, 자경농가의 책임없는 사유로 인하

여 양도소득세 감면의 혜택이 배제되는 것을 막기 위한 방법으로서 협의매수 또는 수

용으로 인해 3년간 거주·자경의 요건을 충족하지 못하는 경우에도 그 요건이 충족된

것으로 간주하는 규정이라고 봄이 상당하다.

다) 위 법리 및 규정의 취지에 구 조세특례제한법 시행령 제67조 제3항 제1

호가 종전 토지가 협의매수‧수용되는 경우에도 ⁠‘농지의 대토’에 관한 규정이 적용됨을

전제로 하고 있는 점에 비추어 보면, 구 조세특례제한법 제70조 제1항, 동법 시행령

제67조가 정하는 ⁠‘농지의 대토’가 종전 농지 소유자의 자의에 의한 양도의 경우만을 의

미하는 것이 아닌 점, 원고의 주장과 같이 구 조세특례제한법 시행령 제67조 제4항이 이 사건에 유추적용된다고 해석하면, 구 조세특례제한법 제70조 제1항, 동법 시행령

제67조가 정하는 거주·자경의 요건이 사실상 무의미해짐으로써 일정한 요건을 갖춘 경

우 특례를 부여하기로 하는 위 규정의 취지가 몰각되는 결과가 발생할 우려가 있는 점

등을 더하여 보면, 대토농지가 아닌 종전 농지가 협의매수된 것에 불과한 이 사건의

경우 구 조세특례제한법 시행령 제67조 제4항이 적용될 수 없을 뿐만 아니라 이를 이

사건의 경우에 유추적용할 수도 없으므로, CC리 토지의 취득은 구 조세특례제한법

제70조 제1항, 동법 시행령 제67조 제3항의 ⁠‘농지의 대토’에 해당하지 않는다 할 것이

어서, 이 사건 토지의 양도는 양도소득세 감면대상에 해당하지 않는다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 국세부과 제척기간의 도과 여부

가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항은 국세부과의 제척기간에 관하여, 납세

자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급‧공제받는 경우에는 당해 국

세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(제1호), 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고

서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간(제2호), 제1

호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

(제3호)으로 각 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수

있는 날은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 구 국세기본법 시행령(2010. 2.

18. 대통령령 제22038호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국세기본법 시행령’이라 한다)

제12조의3 제1항 제1호는 국세를 부과할 수 있는 날에 관하여 ⁠‘과세표준과 세액을 신

고하는 국세(종합부동산세법 제16조 제3항에 따라 신고하는 종합부동산세를 제외한다)

에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이

하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음날. 이 경우 중간예납·예정신고 및 수정신고기

한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다’고 규정하고 있다.

나) 국세부과 제척기간에 관한 위 각 규정 및 확정신고를 하지 아니할 수

있다는 이유만으로 국세부과 제척기간의 기산일을 예정신고기한 다음 날이라고 보거나

원고가 일부 양도소득세를 납부한 다음 날을 국세부과 제척기간의 기산일이라고 볼 아

무런 법적근거가 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 토지의 양도에 관한 양도소득세 에 대한 국세부과 제척기간은 소득세법 제110조 제1항에 따른 과세표준신고기한의 다

음 날인 2009. 6. 1.부터 기산된다고 봄이 타당하므로, 이 사건 처분이 그로부터 5년이

경과하기 전인 2014. 4. 1.에 있었던 이상 이 사건 처분은 국세부과 제척기간을 도과하

지 아니하였다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3) 납부불성실가산세 부과의 적법 여부

가) 납세의무자가 자산양도차익예정신고시에 정당한 양도소득세액의 전부 또는 일부를 신고․납부하지 아니하고, 과세표준확정신고기한까지 그 정당한 세액에

대한 과세표준확정신고를 하지 아니한 경우, 과세표준확정신고기한 이후에 양도소득세

부과처분을 함에 있어서는 적어도 그 자진신고․납부한 세액을 초과하는 정당한 세액 에 대하여는 소득세법상의 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 부과할 수 있다고

할 것이다(대법원 1995. 6. 30. 선고 94누14551 판결, 1997. 8. 29. 선고 96누18465 판

결 참조). 또한 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기

위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에

법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되

지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없

으며(대법원 1999. 9. 17. 선고 98두16705 판결, 1999. 12. 28. 선고 98두3532 판결 등

참조), 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하

지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한

사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다(대법원 1993. 11. 23.

선고 93누15939 판결, 1997. 8. 22. 선고 96누15404 판결 등 참조).

나) 이 사건을 위 법리에 비추어 보건대, 원고는 이 사건 토지의 양도소득세 에 관하여 감면대상이라는 예정신고만 하였을 뿐 이후 과세표준확정신고를 하지 않았 고, 이는 원고가 이 사건 토지의 양도가 양도소득세 감면대상에 해당한다고 잘못 판단

한 나머지 이 사건 토지의 양도에 관하여 납부할 양도소득세액이 없는 것으로 계산한

데 기인한 것으로서, 특별한 사정이 없는 한 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다. 또한

설령 원고의 주장과 같이 원고가 세무공무원의 잘못된 조언이나 안내에 따라 이 사건

토지의 양도에 관하여 양도소득세 감면대상으로 신고한 것이라고 하더라도 이것이 관

계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 이상 달리 볼 것이 아니다. 따라서 피고의 납부불

성실 가산세 부과는 적법하다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

4) 따라서 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.

출처 : 청주지방법원 2015. 03. 19. 선고 청주지방법원 2014구합1395 판결 | 국세법령정보시스템