토지 양도 시 건물 신축·철거비의 필요경비 불인정 및 비사업용토지 장기보유특별공제 배제

요지

건물의 신축비용과 철거비용은 토지 양수인이 궁극적으로 부담하는 것이므로 원고가 필요경비로 주장할 수 없으며 건축물의 철거는 이 사건 토지 매매를 하기 위해 한 것이므로 부득이한 사유에 해당하지 않아 비사업용토지에 해당되고 장기보유특별공제 적용받을 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 1. 17. 원고에 대하여 한 2011년 귀속 양도소득세 중 1,452,171,270원에 관한 감액경정신청에 대한 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 이 사건 토지의 취득 및 양도

1) 원고는 2007. 4. 19. 서울 양천구 xxx 외 4필지 합계 6,338㎡를 취득하였다(이하 위 5필지 토지를 통틀어 ⁠‘이 사건 토지’라 한다). 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 이 사건 토지는 그 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 상태였다.

2) 원고는 그 후 2007. 8. 9. 서울특별시 양천구청장(이하 ⁠‘구청장’이라 한다)으로부터이 사건 토지 위에 2층 상가 건물(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하는 내용의 건축 허가를 받고, 이 사건 건물 신축 공사(이하 ⁠‘이 사건 공사’라 한다)에 착수하여 2008. 1. 11. 창틀 설치 공사를, 같은 달 22. 유리 부착 공사를 각 완료하였다. 원고는 그 당시까지 이 사건 공사 비용으로 총 1,877,272,728원(이하 ⁠‘이 사건 쟁점 금원’이라 한다)을 지출하였다.

3) 구청장은 2009. 3. 13. 원고에게 이 사건 건물에 관하여 사용승인을 받을 것을 촉구하였다.

4) 그러나 원고는 2009. 3. 17. 소외 육BB와 사이에 원고가 이 사건 토지를 출자하고, 육BB가 기타 비용을 부담하며, 이 사건 건물을 철거한 후 이 사건 토지 위에 아파트를 신축하여 이를 분양하는 공동사업을 영위하기로 하고(이하 ⁠‘공동사업약정’이라한다), 2009. 6. 1. 구청장에게 위 건축허가의 취소를 신청하였고, 2009. 6. 9. 위 건축 허가가 취소되었다.

5) 원고는 그 직후인 2009. 6. 중순경 유리 부착 공사 완료 이후 공사가 중단된 상태로 방치되어 있었던 이 사건 건물을 철거하였다.

6) 원고는 2009. 7. 29. 육BB에게 공동사업약정을 해지한다고 통보하였다.

7) 원고는 그 후 2010. 3. 24. 육BB가 실질적으로 경영하는 ㈜ CC산업(이하 ⁠‘CC산업’이라 한다)에 이 사건 건물 철거 후 나대지가 되어 있던 이 사건 토지를 468억 5천만 원에 매도하고(이하 ⁠‘이 사건 매매’라 한다), 2011. 1. 27. 위 토지에 관하여 CC 산업 앞으로 이 사건 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기를 마쳤다(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다).

나. 양도소득세 신고납부

1) 원고는 피고에게 2011. 3. 31. 이 사건 양도에 따른 2011년 귀속 종합소득세 6,327,352,700원을 예정신고․납부하고, 2012. 6. 30. 같은 금액으로 확정신고를 한 뒤2012. 7. 26. 세목을 종합소득세에서 양도소득세로 변경하는 수정신고를 하고, 기납부한 세액 이외에 양도소득세 841,312,020원을 추가로 납부하였다.

2) 원고는 위 신고납부 당시 세액을 계산함에 있어 ㉠ 이 사건 쟁점 금원을 필요경비로 공제하지 않았고, ㉡ 이 사건 토지가 구 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘법’이라 한다) 제104조 제1항 제8호가 정한 세율을 적용받는법 제104조의3에 따른 비사업용 토지에 해당한다고 보고, 비사업용 토지를 장기보유특별공제 대상에서 제외하고 있는 법 제95조 제2항의 괄호 안에서 규정한 부분에 따라 장기보유특별공제를 적용하지 않았다1).

다. 감액경정신청 및 거부 처분

1) 원고는 2013. 12. 6. 피고에게 아래 3. 가. 부분과 같은 이유에서 위 신고납부한 양도소득세 7,168,664,720원2) 중 1,452,171,270원에 관하여 감액경정신청을 하였으나, 피고는 2014. 1. 17. 위 감액경정을 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

2) 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2014. 4. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 12. 31. 기각결정을 받았다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계법령

별지 기재와 같다[이하에서 구 소득세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23588호로 개정되기 전의 것), 구 소득세법 시행규칙(2012. 2. 28. 기획재정부령 제265호로 개정되기 전의 것), 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것), 구 지방세법 시행령(2011. 4. 6. 대통령령 제22880호로 개정되기 전의 것)을 순차로 ⁠‘시행령, 시행규칙, 지방세법, 지방세법 시행령’이라 한다].

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음 1), 2)와 같은 이유에서 이 사건 양도와 관련하여 이 사건 쟁점 금원이 필요경비로 공제되고, 장기보유특별공제도 적용되어야 하는데, 이에 따르면, 원고가 납부하여야 할 정당한 세액은 기납부 세액 7,168,664,720원에서 1,452,171,270원을 차감한 금액이므로, 원고의 감액경정 신청을 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

1) 필요경비 공제

원고가 CC산업에 이 사건 토지를 매도할 당시 매매대금에 위 건물 신축 비용을 포함시켰고, 원고가 이 사건 건물을 철거하여 이 사건 토지의 가치가 상승하였으므로, 이 사건 건물의 신축 및 철거 비용은 모두 이 사건 토지와 관련한 자본적 지출액에 해당하여 이 사건 양도차익 산정에 있어 필요경비로 공제되어야 한다.

2) 장기보유특별공제

원고는 2007. 4. 19.부터 2011. 1. 27.까지 1380일간 이 사건 토지를 소유하였고, 이 사건 공사는 건축허가 취소일인 2009. 6. 9.에 중단되었다고 보아야 한다. 그런데, 위 토지는 취득일인 2007. 4. 19.부터 공사 중단일인 2009. 6. 9.까지의 기간동안 지방세법 제106조 제1항 제2호 가목, 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호가 정한 건축물의 부속 토지로서 별도합산과세 대상 토지에 해당하고, 법 제104조의3 제2항, 시행령 제168조의14 제4호, 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호가 정한 토지에도 해당하여,법 제104조의3 제1항 제4호 나목 및 법 제104조의3 제2항에 따라 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지에서 제외되고, 이 사건 건물 철거일인 2009. 6.중순부터 2년 동안도 법 제104조의3 제2항, 시행령 제168조의14 제1항 제4호, 시행규칙 제83조의5 제1항 제9호에 해당하여 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지에서 제외되므로, 원고가 이 사건 토지를 소유한 1380일 중 이 사건 토지가 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지에 해당하는 기간은 2009.6. 9.부터 2009. 6. 중순까지의 약 10일에 불과하고, 위 10일의 기간은 소득세법 시행령 제168조의5 제2호 각 목 중 어느 하나에도 해당하지 않는다.

따라서 이 사건 토지는 법 제104조의3이 정한 비사업용 토지(이하 ⁠‘비사업용 토지’라고만 한다)에 해당하지 않으므로, 이 사건 양도소득세 산정에 있어 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

나. 판단

1) 이 사건 쟁점금원이 이 사건 토지를 위한 자본적 지출액에 해당하여 필요경비로 공제되어야 하는지 여부

가) 건물 신축 비용에 관한 판단

법 제97조 제1항 제3호는 ⁠‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’을 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비의 하나로 규정하고, 그 위임에 따른 시행령 제163조 제3항 제3호는 ⁠‘양도자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’을 자본적 지출액 등으로 규정하고 있다. 그러나 법 제94조 제1항 제1호는 토지와 건물을 별개의 양도소득세 과세대상으로 규정하고 있으므로 특별한 사정이 없는 한 건물의 신축비용은 그 건물의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당할 수 있을 뿐 그 부지인 토지 자체의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용, 즉 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하는 자본적 지출액 등으로 볼 수는 없고, 이는 토지 소유자가 자신이 신축한 건물을 철거한 후 나대지 상태에서 토지를 양도하는 경우에도 마찬가지라 할 것이다.

위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 이 사건 건물의 신축비용이 그와 별개의 양도소득세 과세대상인 이 사건 토지 자체의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출된 비용에 해당한다고 볼 수는 없고, 이는 원고가 이 사건 토지를 취득하여 그 지상에 이 사건 건물을 신축하였다가 이를 철거한 후 나대지 상태에서 이 사건 토지를 양도하였다고 하더라도 마찬가지라고 할 것이다[원고가 토지 양도에 따른 양도차익 산정에 있어 건물 취득 비용이 필요경비로 공제될 수 있다는 근거로 원용하고 있는 대법원 1992. 9. 8. 선고 92누7399 판결은 토지와 그 지상 건물을 함께 매수하였다가 토지만을 이용하기 위하여 취득 후 단기간 내에 건물을 철거하고 나대지 상태의 토지만을 양도하여 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이명백한 것으로 인정된 사안(토지와 건물을 취득한 날부터 토지를 양도한 날까지의 기간이 8개월도 되지 않는다)에서 건물 매수 비용을 필요경비로 공제한 원심 판결을 수긍한 사례이다. 그런데 이 사건에서 원고는 나대지 상태의 토지를 취득한 이후 그 지상에 상가 건물을 직접 신축한 뒤 다시 토지를 아파트 부지로 이용하기 위하여 상가건물을 철거하고, 토지를 나대지 상태로 방치하였다가 당초 취득일부터 3년 이상 경과한 이후에 비로소 양도하였고, 타인이 신축한 건물을 매수한 비용이 아니라 원고가 직접 신축한 건물의 신축 비용이 필요경비로 산입되는지 여부가 다투어지고 있다. 따라서 위 대법원 판결은 이 사건과 사실관계와 쟁점을 모두 달리하여 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다].

따라서 원고가 이 사건 매매 당시 이 사건 쟁점 금액을 고려하여 토지 매매대금을 산정하였다고 하더라도 이는 CC산업이 추후 위 토지를 양도할 때 이를 필요경비로 공제할 수 있음은 별론으로 하고, 이를 원고의 양도소득금액을 산정함에 있어 공제할 것은 아니므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 건물 철거 비용에 관한 판단 이 사건 쟁점 금원은 이 사건 건물 신축 비용으로서 원고가 주장하는 건물 철거 비용은 위 쟁점 금원에 포함되어 있지 않다. 또한 원고가 실제로 건물 철거 비용을 부담하였는지, 그 액수가 구체적으로 얼마인지에 관하여 원고의 아무런 구체적인 주장, 입증이 없다. 따라서 원고의 위 부분 주장 역시 위 철거 비용이 자본적 지출액에 해당하는지에 대하여 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

다) 소결론

따라서 원고의 필요경비 공제에 관한 주장은 받아들일 수 없다.

2) 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니하여 장기보유특별공제가 적용되어야 하는지 여부

가) 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하는지를 판단하는 기준

법 제95조 제1항, 제2항에 의하면, 토지를 3년 이상 보유하는 경우 그 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액인 장기보유특별공제액을 양도차익에서 공제하여 양도소득금액을 산정할 수 있다. 그러나, 법 제104조 제1항 제8호의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산은 위 장기보유특별공제대상 토지에서 제외되고, 법 제104조 제1항 제8호는 위 세율을 적용받는 자산으로 법 제104조의3에 따른 비사업용 토지를 규정하고 있다.

그리고 법 제104조의3 제1항 본문은 ⁠“… 제104조 제1항 제8호에서 ⁠‘비사업용 토지’란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다‘고 하고, 시행령 제168조의6은 위 ⁠“대통령령이 정하는 기간”을 토지의 소유기간에 따라 달리 정하고 있는데, 제2호에서 토지 소유기간이 3년 이상 5년 미만인 경우에 관하여 ⁠“다음 각 목 모두에 해당하는 기간”이라고 하면서, ⁠“토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간”(가목), ⁠“양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간”(나목), ⁠“토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간”(다목)을 각각 규정하고 있다.

그런데 원고가 2007. 4. 19.부터 2011. 1. 27.까지 1380일간 이 사건 토지를 소유사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 원고의 토지 소유기간은 3년 이상 5년 미만에 해당한다.

따라서 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하려면, 이 사건 토지가 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당한 기간이 시행령 제168조의6 제2호 각 목 모두에 해당하여야 한다.

나) 판단

(1) 그러므로 이 사건 토지가 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당한 기간에 관하여 본다.

(2) 2007. 4. 19.부터 2008. 7. 22.까지 461일간에 관하여 법 제104조의3 제1항 제4호는 ’농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지‘라고 규정하고 있는데, 농지, 임야 및 목장용지에 해당하는지 여부는 그 현황에 따라 판단하여야 하고(시행령 제168조의7 본문), 이 사건 토지의 현황이 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지에 해당하는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

그러나 한편 법 제104조의3 제1항 제4호 나목은 ’지방세법 제106조 제1항 제2호, 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지‘라고 규정하고 있으므로, 이 사건 토지가 지방세법에 따라 별도합산과세대상 토지에 해당하는 기간동안에는 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당한다고 볼 수 없다.

그런데 지방세법 제106조 제1항 제2호 가목은 ⁠‘공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’를 별도합산과세대상 토지로 규정하고, 그 위임에 따른 지방세법 시행령 제101조 제1항은 본문에서 위 대통령령이 정하는 건축물의 부속 토지란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다고 규정하고, 제2호에서 공장용 건축물이 아닌 건축물의 부속토지 중 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지를 별도합산과세대상으로 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 원고가 2007. 4. 19. 이 사건 토지를 취득하고, 2007. 8. 9. 이 사건 건물 신축 공사에 착수하여, 2008. 1. 22.까지 유리 부착 공사를 마친 사실, 이 사건 건물이 상가건물로서 공장용 건축물에 해당하지 아니하는 사실은 앞서 본 바와 같다.

위 인정사실에 의하면, 이 사건 토지는 원고의 취득일인 2007. 4. 19.부터 위 유리 부착 공사 완료일로부터 6개월이 되는 날인 2008. 7. 22.까지는 지방세법 제106조 제1항 제2호 가목, 지방세법 시행령 제101조 제1항 제2호가 정한 토지(건축물의 부속 토지)로서 별도합산과세대상 토지에 해당한다6).

따라서 이 사건 토지는 2007. 4. 19.부터 2008. 7. 22.까지 461일간 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당한다고 볼 수 없다.

(3) 2008. 7. 23.부터 이 사건 양도일인 2011. 1. 27.까지 919일간에 관하여 지방세법 시행령 제103조 제1항은 ⁠“제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에 과세기준일 현재 건축물이 사실상 멸실된 날(건축물이 사실상 멸실된 날을 알 수 없는 경우에는 건축물대장에 기재된 멸실일을 말한다)부터 6개월이 지나지 않은 건축물, 건축중인 건축물 등은 포함하되, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 건축물은 제외한다.”라고 규정하고 있다. 그리고 별도합산과세대상 토지에 해당하는 ⁠‘건축물의 부속토지’에는 완공된 건축물뿐 아니라 건축중인 건축물의 부속토지도 포함되나, 건축중인 건축물에 대하여 정당한 사유 없이 공사가 6월 이상 중단된 경우 그 부속토지는 이에 해당하지 아니한다(대법원 2002. 7. 23. 선고 2000두9854 판결 취지 참조).

이 사건에서 원고가 위 유리 부착 공사가 완료된 이후 별다른 이유 없이 공사를 중단하였다가 2009. 6. 중순경에 이 사건 건물을 철거하였고, 그 후 이 사건 양도시까지 이 사건 토지가 나대지로 방치되어 있었음은 앞서 본 바와 같은바, 위 건물은 위 공사 중단일로부터 6개월이 경과한 다음날인 2008. 7. 23.부터 지방세법 시행령 제103조 제1항 후문이 정한 건축물에 해당한다.

따라서 이 사건 토지는 2008. 7. 23.부터 이 사건 양도일인 2011. 1. 27.까지 919일간 별도합산과세대상 토지에서 제외되어 위 기간동안에는 법 제104조의3 제1항 제4호에 해당하게 된다.

한편 법 제104조의3 제2항은 ⁠‘토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다’고 규정하고, 그에 따른 시행령 제168조의14 제1항은 ⁠‘법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.’라고 하면서 제4호에서 ⁠‘그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간’이라고 규정하고 있으며, 그 위임에 따른 시행규칙 제83조의5 제1항 제9호는 건축물이 멸실․철거되거나 무너진 토지는 당해 건축물이 멸실․철거되거나 무너진 날부터 2년 동안은 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 본다고 규정하고 있기는 하다.

그러나 시행규칙 제83조의5 제1항 제9호는 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황․취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 토지소유자가 부득이하게 당해 토지를 사업용으로 사용하지 못하는 경우에 한하여 적용되어야 한다(대법원 2010. 8. 19. 선고 2010두7291 판결 참조). 위와 같은 법리에 비추어 보면, 원고가 스스로 이 사건 건물을 철거한 뒤 이 사건 토지를 나대지로 방치한 이상 원고가 육BB와의 공동사업약정에 따라 이 사건 토지를 아파트 신축이 가능한 나대지로 만들기 위하여 위 건물을 철거하였다가 그 후 위 약정이 해지되어 위 토지를 나대지로 방치하게 되었다고 하더라도 원고가 공익 또는 불가피한 사유로 부득이하게 이 사건 토지를 사업용으로 사용하지 못하게 되었다고 볼 수는 없으므로, 이 사건 토지가 시행규칙 제83조의5 제1항 제9호에 따라 위 건물 철거일로부터 2년간 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지에 해당한다고 볼 수는 없다.

(4) 소결론

결국 원고가 이 사건 토지를 소유한 1380일 중 위 토지가 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당한 기간은 2008. 7. 23.부터 2011. 1. 27.까지 919일이다. 위 기간은 원고 소유 기간에서 3년을 차감한 기간[=1380일 - ⁠(365일×3) = 285일]을 초과하고, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간에 해당하며, 원고 토지 소유 기간의 100분의 20[ = 1380일× ⁠(20/100) = 276일]도 초과하므로, 시행령 제168조의6 제2호 각 목에서 정한 기간 모두에 해당한다.

따라서 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당하므로, 이와 다른 전제에서 이 사건양도에 관하여 장기보유특별공제가 적용되어야 한다는 원고의 주장 역시 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2015. 09. 18. 선고 서울행정법원 2015구합58621 판결 | 국세법령정보시스템