관리비만 받은 임대, 부가가치세·법인세 매입세액 불공제 판단

요지

(1심판결과 같음) 입주업체로부터 받은 관리비는 실비변상명목으로 수령한 것에 불과할 뿐 별도로 임대료를 받지 않은 이상 용역의 무상공급에 해당되어 매입세액 불공제 대상임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소하고, 피고가 2013. 10. 1. 원고에게 경정고지한 별지 과세목록 기재부가가치세와 법인세 부과처분을 각 취소한다는 판결.

이 유

1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 이유의 해당 부분 기재와

같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로

인용한다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 부가가치세 부과처분에 대하여

가) 피고는 이 사건 부가가치세 부과처분을 하면서 처분서에 처분사유를 ⁠‘고유목적사업 관련 매입세액 불공제’라고만 기재하였는데, ⁠‘고유목적사업’이라는 용어는 부가가치세법에서 사용하지 않는 것이어서 원고로서는 위 처분서의 기재만으로는 처분사유 를 알 수 없는바, 이는 행정청이 처분을 하는 때에 당사자에게 그 근거와 이유를 제시

하여야 한다고 규정한 행정절차법 제23조 제1항을 위반한 것이다.

나) 부가가치세법에 규정되지 않은 ⁠‘고유목적사업 관련 매입세액 불공제’를 이유로 부가가치세를 경정․고지한 것은 조세법률주의 위반이다.

다) 원고는 쟁점센터 입주업체들로부터 관리비 중 일부를 수령하여 원고 계좌에입금시킨 후 쟁점센터 건물 임대인들에게 지급하였는바, 원고가 쟁점센터 입주업체들에게 제공한 임대용역과 각 입주업체가 원고에게 납부한 관리비 사이에는 서로 경제적 대가관계가 있으므로, 이를 용역의 무상공급으로 볼 수 없다.

라) 쟁점센터와 쟁점 외 센터는 모두 원고가 중소․벤처기업 입주지원사업을 위하여 입주업체들에게 시세보다 저렴하게 임대하여 주는 것으로서, 그 운영형태가 본질적으로 동일하여 서로 달리 볼 이유가 없는데도, 쟁점센터 관련 매입세액만을 공제하지 않은 것은 동일한 것에 대한 차별적인 처분이므로 위법하다.

마) 만일 쟁점센터의 임대용역이 비과세대상이라 한다면 피고는 쟁점센터와 관련된 매입세액과 매출세액을 모두 경정해야 할 것인데, 이 사건 부가가치세 부과처분은 쟁점센터 관련 매출세액을 경정하지 아니하고 그대로 과세 대상 매출세액에 포함시켜 부가가치세를 납부하도록 한 것이어서 위법하다.

바) 또한 쟁점센터의 임대용역이 비과세대상이라고 한다면 피고는 불공제할 매입세액을 산정함에 있어 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항, 제4항에 따른 실지 귀속 판단이나 안분계산을 거쳐야 할 것인데, 이 사건 부가가치세 부과처분은 만연히 전체 매출세액을 기준으로 비과세 매입세액을 산출하여 전체 매입세액에서 이를 공제하는 방법으로 이루어진 것이어서 실지귀속원칙을 위반한 하자가 인정되어 위법하다.

2) 이 사건 법인세 부과처분에 대하여

가) 원고는 쟁점센터를 운영하여 수입을 얻고 있으나 그 운영에 소요되는 비용이 수입을 상회하여 수익이 발생하지 않은 것일 뿐, 쟁점센터와 쟁점 외 센터의 사업형태가 동일하므로 원고의 쟁점센터 운영 역시 법인세법에서 정한 수익사업에 해당한다고 보아야 하는데도, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

나) 만일 쟁점 센터의 운영이 법인세법에서 정한 수익사업에 해당하지 않는다고 한다면 피고는 수익사업과 관련한 익금과 손금을 각각 경정해야 할 것인데, 이 사건 법인세 부과처분은 수익사업과 관련된 손금만을 경정하고 익금에 대한 경정은 이루어지지 않은 것이어서 구분경리의 원칙에 반하여 위법하다.

다) 또한 쟁점센터와 쟁점 외 센터는 모두 원고가 중소․벤처기업 입주지원사업을 위하여 입주업체들에게 시세보다 저렴하게 임대하여 주는 것으로서 그 운영형태가 본질적으로 동일하여 서로 달리 볼 이유가 없는데도, 쟁점 센터와 쟁점 외 센터를 합리적인 이유 없이 차별하는 것은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고의 쟁점센터 임차

가) 원고는 2009. 3. 31. ○○엠에스제사차유동화전문유한회사(이하 ⁠‘○○엠에스’라 한다)로부터 제5센터를 월 임대료 ㎡당 19,965원, 관리비(가스료, 수도료, 냉난방료 및 기타 건물유지관리비용) ㎡당 7,562.5원으로 정하여 임차하였다.

나) 원고는 2011. 7. 12. ○○엘에이치에프유동화전문유한회사(이하 ⁠‘○○엘에이치에프’라 한다)로부터 제6센터를 월 임대료 ㎡당 18,150원, 관리비(가스료, 수도료, 냉난방료 및 기타 건물유지관리비용) ㎡당 7,562.5원으로 정하여 임차하였다.

2) 원고의 입주기업들에 대한 쟁점센터 전대

가) 원고는 2011. 11. 30. 한국콘텐츠진흥원과 ⁠‘제5센터 운영업무협약서’ 및 ⁠‘제5센터 세부 운영 지침’을 작성하였는데, 이에 따르면 협약기간 동안 원고가 임대료 전액과 관리비 50%를 부담하고, 나머지 관리비 50%는 한국콘텐츠진흥원과 입주기업이 부담하기로 정하였다(지침 제6조).

나) 원고는 같은 날 한국콘텐츠진흥원 및 경기콘텐츠 진흥원과 ⁠‘제6센터 운영업무협약서’ 및 ⁠‘제6센터 세부운영지침’을 작성하였는데, 이에 따르면 협약기간 동안 원고와 경기콘텐츠 진흥원이 각각 임대료의 50%와 관리비의 25%를 부담하고, 나머지 관리비50%는 한국콘텐츠진흥원과 입주기업이 부담하기로 정하였다(지침 제4조).

3) 원고의 부가가치세 및 법인세 신고

원고가 쟁점센터의 임대와 관련하여 ○○엠에스 및 ○○엘에이치에프에게 지급한 금액은 아래 표 ⁠‘금액’란 기재와 같고, 입주기업들로부터 지급받은 금액은 아래 표 ⁠‘매출’란 기재와 같은데, 원고는 부가가치세의 매출세액 및 매입세액으로 각 아래 표 ⁠‘매출’ 및 ⁠‘매입’란 기재 금액에 관한 부가가치세액을, 법인세의 익금 및 손금으로 각 아래 표 ⁠‘매출’ 및 ⁠‘매입’란 기재 금액을 신고하엿다.

4) 원고는 2014. 1. 1. 제5센터 입주기업들과의 사이에 위 입주기업들로부터 임대료

20%, 관리비 50%를 지급받는 것으로 계약을 변경하였다.

5) 피고는 이 사건 부가가치세 부과처분 고지서에 세액 산출 근거로 ⁠‘고유목적사업

관련 매입세액 불공제’라고 기재하였고, 이 사건 법인세 부과처분 고지서에는 세액 산

출 근거로 ⁠‘고유목적사업관련 경비 손금불산입’이라고 기재하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 5, 6, 7, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 부가가치세 부과처분에 관하여

가) 행정절차법 제23조 제1항 위반 여부 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 2.라.1)가)항 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

나) 조세법률주의 위반 여부 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 2.라.1)나)항 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

다) 쟁점센터의 임대가 용역의 무상공급에 해당하는지 여부

구 부가가치세법 제7조 제3항에서는 ⁠“사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.”라고 규정하고 있고, 제17조 제2항 제6호에서는 ⁠‘부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액’은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 명시하고 있는바, 위 각 규정에 의하면 원고의 쟁점센터 임대가 대가를 받은 유상의 부동산 임대용역의 공급에 해당하는 경우에만 부가가치세 과세대상이 되고, 그에 관련한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다고 할 것이며, 한편 쟁점센터 임대가 대가를 받고 이루어진 것이라고 하기 위하여는 그 공급한 임대용역과 그 반대급부가 서로 실질적, 경제적 대가관계에 있어야 한다고 할 것이다(대법원 1997. 10. 10. 선고 96누15909 판결, 대법원 2000. 2. 25. 선고 98다47184 판결 등 참조). 또한 부동산 임대용역의 제공에 대한 부가가치세의 과세표준은 전세금 또는 임대보증금을 관련 규정에 의하여 계산한 금액과 월 임료 등의 합계액이라고 할 것이고, 임대사업자가 임차인으로부터 월 임료 등과 구분하여 편의상 함께 수령하는 관리비 명목의 전기료, 수도료, 냉난방료, 청소비, 경비비 등은 그 성격상 공공요금 등의 납입을 대행하는 것이거나 다른 용역에 대한 대가에 해당되는 것으로서 위 임대용역의 제공으로 인한 부가가치세의 과세표준에는 포함되지 아니한다(대법원 1996. 12. 6. 선고 96누13 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 위 인정사실에 의하면 원고가 쟁점센터입주업체들로부터 매월 일정한 돈을 지급받은 점이 인정되기는 하나, 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 쟁점센터 입주업체들로부터 관리비 명목임을 명시하여 위 돈을 지급받았으며, 이는 ○○엠에이치 및 ○○엘에이치에프에게 지급할 관리비의 50%에 해당하는 금액인 점, ② 원고는 위 돈을 지급받아 원고가 부담하기로 한 나머지 관리비와 함께 그대로 ○○엠에이치 및 ○○엘에이치에프에게 전달하였을 뿐인 점, ③ 위 돈은 원고가 쟁점센터를 ○○엠에이치 및 ○○엘에이치에프로부터 임대하는 데 들어간 비용의 14% 내지 26%에 불과한 금액이어서 실비에 충당된다고 보기에도 현저히 부족한 금액인 점 등을 종합하면 원고가 쟁점센터 입주업체들로부터 지급받은 돈이 쟁점센터 임대용역 제공에 대한 실질적,경제적 대가에 해당한다고 보기는 어렵다. 이렇게 볼 때 원고는 쟁점센터 입주업체들로부터 부동산 용역의 제공과 관련하여 대가를 받았다고 볼 수 없으므로 원고의 쟁점센터 임대는 구 부가가치세법 제7조 3항에서 정한 ⁠‘대가를 받지 아니하고 한 용역의 공급’에 해당하여 부가가치세법상 과세대상에서 제외되며, 결국 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호1)에 따라 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다. 따라서 이 부분 원고 주장도 이유 없다.

라) 쟁점센터와 쟁점 외 센터를 달리 본 것이 합리적 이유 없는 차별취급인지 여부

앞서 본 인정사실과 각 증거에 의하면 쟁점센터와 쟁점 외 센터는 사용건물이 다르고, 각 센터에 대한 임대료 수입 및 원고가 건물 임대인에게 지급하는 차임과 1) 한편, 2009년 1기분부터 2011년 2기분까지의 부가가치세에 관하여 적용되는 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제6호에서는 ⁠‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액’을 매출세액에서 공제하지 아니한다는 규정을 두는 외에 이 사건과 같이 ⁠‘부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액’을 매출세액에서 공제한다는 규정을 따로 두지는 않았으나, 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업을 위하여 사용되는 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액은 면세사업을 위하여 사용되는 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액과 달리 볼 이유가 없으므로(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결 등 참조), 위 부가가치세법 개정 이전에 납세의무가 발생한 2009년 1기분부터 2011년 2기분까지의 부가가치세에 대하여도 쟁점센터 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다. 관련 경비가 명확히 구분되는 점, 원고는 쟁점 외 센터에 대하여는 쟁점센터와는 달리 입주업체들로부터 임대료 명목의 돈을 지급받는 한편 일정한 금액의 보증금까지 지급받았던 점, 특히 쟁점 외 센터 중 제1센터(○○타워), 제2센터(○○벤처빌딩)는 성남시의 행정재산으로 원고가 그에 대한 임대료를 지급하지 않았고, 제3센터(제1비즈니스센터)는 원고 소유 건물이므로 각 그 임대와 관련하여서는 부가가치세 매입세액으로 산입할 임대료가 없는 점 등을 감안하면, 쟁점 외 센터와 쟁점센터를 부가가치세 과세에 있어 달리 취급한 것이 합리적 이유 없는 차별이라 할 수 없다. 따라서, 이 부분 원고주장도 받아들이지 않는다.

마) 전체 매출세액에서 쟁점센터 관련 매출세액을 제외하지 않아 위법한지 여부

앞서 든 증거들 및 을 제2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 피고는 이 사건 부가가치세 부과처분을 함에 있어 2009년 1기부터 2013년 1기까지의 임차료 매입세액 전액과 관리비 매입세액 중 50%에 해당하는 금액을 매입세액에서 제외하여 부가가치세를 경정한 사실이 인정되는바2), 부가가치세는 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 산정하므로(구 부가가치세법 제17조 제1항) 같은 기간 동안의 임차료 매입세액 전액과 관리비 매입세액 전부에 해당하는 금액을 매입세액에서 제외하고 관리비 중 50%에 해당하는 금액을 매출세액에서 제외하여 계산한 부가가치세 과세표준3)과 동일한 이상 피고가 매출세액과 매입세액을 각각 경정하지 아니하고 계산의 편의상 위와 같은 경정 방법을 취하였다고 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다. 따라서, 이 부분 원고 주장도 받아들일 수 없다.

2) 산입대상에서 제외되는 매입세액(임차료 전액 + 관리비 중 50%) - 산입대상에서 제외되는 매출세액 0원 = 늘어나는 부가가치세 과세표준(임차료 전액 + 관리비 중 50%)

3) 산입대상에서 제외되는 매입세액(임차료 전액 + 관리비 전액) - 산입대상에서 제외되는 매출새액(관리비 중 50%) = 늘어나는 부가가치세 과세표준(임차료 전액 + 관리비 중 50%)

바) 실지귀속원칙을 위반하여 위법한지 여부

구 부가가치세법 제17조 제2항, 제7항, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 의하면 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 비과세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액 중 비과세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 비과세사업에 관련된 매입세액을 계산해야 하며, 이는 비과세사업에 관하여는 명시적으로 규정하지 않은 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것)에 있어서도 마찬가지이다(대법원 2006. 10. 27. 선고 2004두13288 판결 참조). 그런데 앞서 본 인정사실에 의하면 이 사건 부가가치세 부과처분에서 불공제된 매입세액은 비과세 대상인 쟁점센터 임대를 위한 것일 뿐 부가가치세 과세 대상인 쟁점 외 센터의 임대용역 제공을 위한 것은 아니어서 실지귀속이 분명하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요도 없이 이유 없다.

사) 소결론

따라서 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하다(한편 원고는 쟁점센터를 전대한 것은 ⁠‘구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호에 따른 공익을 목적으로 하는 단체가 고유의 목적사업을 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 용역’에 해당한다고 볼 수 없어 부가가치세 면제대상에 해당하지 아니하므로 그와 관련된 매입세액을 불공제해서는 아니된다는 취지로도 주장하였으나, 이 사건 처분은 쟁점센터 임대가 부가가치세 면제대상임을 전제로 이루어진 것이 아니라 쟁점센터 임대가 용역의 무상공급으로서 구 부가가치세법 제7조 제3항에 따른 부가가치세 비과세 대상임을 전제로 이루어진 것이고, 피고 또한 이 사건 재판 진행 과정에서 이 사건 부가가치세 부과처분이 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호에 근거하여 이루어진 것은 아니라는 취지로 주장하고 있어 쟁점센터 임대가 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 부가가치세법 시행령 제37조 제1호에 따른 면세 대상이 아니라는 점에 대하여는 다툼이 없어 보인다).

2) 이 사건 법인세 부과처분에 대하여

가) 쟁점센터의 임대가 수익사업에 해당하는지 여부

구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것) 제3조 제3항은 비영리내국법인에 대하여는 같은 항 각 호 소정의 수익사업에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있으므로, 비영리내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다(대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455

판결 등 참조). 이 사건의 경우, 앞서 본 바와 같이 원고는 성남시 소재 중소․벤처기업에 대한 종합적이고 체계적인 지원사업을 목적으로 설립된 비영리법인 점, 원고는 쟁점센터를 임차하기 위하여 임차료 및 관리비를 지출하였으나 쟁점센터를 성남시 소재 중소․벤처기업에게 실비에도 미치지 못하는 금액(위 관리비 중 50%)만을 받기로 하고

이를 전대하였던 점, 사업구조상 원고에게 적자가 발생할 수뿐이 없음에도 불구하고

위와 같은 방식으로 사업을 계속하는 것은 원고의 사업목적을 위한 것으로 보일뿐 광 고 또는 홍보효과를 통하여 장기적으로는 수익을 얻기 위한 것이라고 보기는 어려운

점4) 등을 감안하면, 쟁점센터의 운영은 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익 을 목적으로 한 것이라고 볼 수 없으므로, 그에 대응하여 발생한 비용을 손금에 산입

시킬 수 없다. 따라서 이 사건 법인세 부과처분은 적법하고, 이에 대한 원고의 주장은

이유 없다.

나) 익금 또는 손금을 각각 경정하지 아니하여 위법한지 여부

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면 피고는 이 사건 법인세 부과처분을 함에 있어 2009년도부터 2012년도까지 ○○엠에이치 및 ○○엘에이치에프에게 지급한 쟁점센터 관련 임차료 전액과 관리비 중 50%에 해당하는 금액을 손금에 불산입하여 법인세를 경정한 사실이 인정되는바, 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 하므로(구 법인세법 제14조 제1항) 같은 기간 동안의 위 임차료 전액과 관리비 전액에 해당하는 금액을 손금에 불산입하고, 위 관리비 중 50%에 해당하는 금액을 익금에 불산입한 금액과 동일한 이상 피고가 손금과 익금을 각각 경정하지 아니하고 계산의 편의상 위와 같은 경정 방법을 취하였다고 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다. 따라서 이 부분 원고 주장도 받아들일 수 없다.

다) 쟁점 센터와 쟁점 외 센터를 합리적 이유 없이 차별하여 위법한지 여부

앞서 이 사건 부가가치세 부과처분에 관하여 본 바와 같이 쟁점 센터와 쟁점외 센터는 사용건물, 사업구조 등에 차이가 있어 법인세 과세에 있어 달리 취급한 것이 4) 원고의 주장에 의하더라도 현재 쟁점센터의 입주기업으로부터 임대료의 20% 및 관리비의 50%만을 수령하고 있다는 것이므로, 사업구조상 원고에게 적자가 발생할 수뿐이 없는 것은 마찬가지이다. 합리적 이유 없는 차별이라 할 수 없으므로, 이 부분 원고 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을

같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.

출처 : 서울고등법원 2015. 10. 13. 선고 서울고등법원 2015누42680 판결 | 국세법령정보시스템