비상장주식 소급감정 주가 산정법 허용 여부와 인정범위

요지

소급감정은 이미 ⁠‘확정’된 전제사실을 기초로 하는 것이므로, 현금할인법에 의한 주가의 소급감정은 성질상 허용될 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고에 대하여 한, 피고 BB지방국세청장의 2010. 3. 12.자 별지 소득금액변동통지 부과내역표 중 2006년, 2007년 aaa에 대한 인정금액란 기재 금액을 초과하는 부과금액란 기재 각 소득금액변동통지처분을 취소한다.

2. 원고의 피고 AA세무서장에 대한 청구 및 피고 BB지방국세청장에 대한 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 원고와 피고 AA세무서장 사이에 생긴 부분은 원고가 부담하고, 원고와 피고 BB지방국세청장 사이에 생긴 부분 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고 BB지방국세청장이 각 부담한다

청 구 취 지

원고에 대하여 한, 피고 AA세무서장의 2010. 3. 10.자 별지 세액 부과내역표 중 부과금액란 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분, 피고 BB지방국세청장의 2010. 3. 12.(2010. 3. 10.은 오기이다)자 별지 소득금액변동통지 부과내역표 중 부과금액란 기재 각 소득금액변동통지처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 1992. 3. 6. 설립되어 교회 및 학교 신축공사 등을 영위하여 왔다. aaa는 2006. 6. 19.부터 2008. 4. 30.까지, bbb은 2008. 5. 1.부터 현재까지 원고의 대표이사로 재직하고 있다.

  나. 피고 BB지방국세청장은 2009. 2. 3.부터 2009. 4. 14.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하고, 피고 AA세무서장에게 ⁠“원고는 ① 2004, 2005, 2006 사업연도에 cccc교회 신축공사 등의 공사수입금 6,528,831,079원을 매출에서 누락하였고(이하 ⁠‘이 사건 매출누락액’이라 한다), ② 2007. 11. 8. 원고의 이사였던 bbb으로부터 그 소유의 비상장법인 주식회사 dd엔지니어링(이하 ⁠‘dd’라 한다) 주식 34,000주(eee 명의로 되어 있었다, 이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)를 주당 5,000원에 저가로 매수하여 1,634,958,000원의 이익(이하 ⁠‘이 사건 분여이익’이라 한다)을 분여받았음에도 익금에 산입하지 아니하는 등 2003 내지 2007 사업연도 법인세 및 부가가치세를 과소 신고․납부하였으므로, 법인세 및 부가가치세를 경정하라”고 통보하였다.

  다. 이에 따라 피고 AA세무서장은 2010. 3. 10. 원고에게 별지 세액 부과내역표 중 부과금액란 기재와 같이 법인세 및 부가가치세를 부과․고지(이하 ⁠‘이 사건 법인세등부과처분’이라 한다)하였다. 한편, 피고 BB지방국세청장은 2010. 3. 12. 원고에게 ⁠“bbb 등 원고의 임직원들이 이 사건 매출누락액을 임의로 사용하여 사외유출하였고, bbb 등에게 귀속되었다”는 이유로, 별지 소득금액변동통지 부과내역표 중 부과금액란 기재와 같이 각 소득금액변동통지처분(이하 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지처분’이라 하고, 이 사건 법인세등부과처분과 합쳐 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다.

  라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2010. 6. 16. 심판청구를 제기하였는데, 2011. 9. 30. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

  마. 한편, 피고들은 ⁠“비상장법인인 dd의 주식 시가를 알 수 없다”는 이유로, 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조, 동 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제3호, 제89조 제2항 제2호, 상속세 및 증여세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘상증세법 시행령’이라 한다) 제54조, 제55조, 제56조에 정한 평가방식(이하 ⁠‘보충적 평가방식’이라 한다)에 의하여 다음과 같이 이 사건 분여이익을 산정하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 포함), 을 제25호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

    (1) 이 사건 매출누락액에 관하여

      (가) 원고는 ff프라자 공사수입금에 tt교회 신축공사 매출누락액 1,165,000,000원 중 788,860,520원을 포함하여 법인세 및 부가가치세를 신고․납부하였다. 따라서 위 부분은 매출이 누락되거나 사외유출 되지 않았으므로, 매출누락 및 사외유출 되었음을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

      (나) 원고는 이 사건 매출누락액 중 2,540,679,617원(=2008. 4. 18.자 입금액 450,000,000원 + 2008. 5. 7.자 입금액 800,000,000원 + 2008. 7. 31.자 입금액 1,700,000,000원 중 683,590,710원 + 2008. 8. 5.자 입금액 300,000,000원 + 2008. 12. 26.자 입금액 307,088,907원)을 부외자산으로 관리하다가 원고의 법인계좌로 입금하였다. 따라서 위 부분은 매출누락 되었으나 사외유출 되지 않았으므로, 사외유출 되었음을 전제로 한 이 사건 소득금액변동통지처분은 위법하다.

      (다) 이 사건 매출누락액이 사외유출 되었다고 하더라도, 귀속자 및 귀속금액 산정근거를 알 수 없으므로, 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다.

    (2) 이 사건 분여이익에 관하여

      (가) eee는 원고에게 이 사건 주식을 양도하였고, 원고와 특수관계자 관계에 있지 아니하므로, 법인세법 제52조에 의한 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니한다. 따라서 원고와 특수관계자 관계에 있는 bbb이 이 사건 주식을 양도하였음을 전제로 한 2007 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다.

      (나) 부당행위계산 부인 규정이 적용된다고 하더라도, 피고 AA세무서장은 다음과 같이 dd의 주식을 과대평가한 위법이 있으므로, 2007 사업연도 법인세 부과처분은 위법하다.

        ① gg회계법인이 현금흐름할인법에 따라 평가한 31,767원을 시가로 보아야 한다.

        ② 보충적 평가방법에 따라 평가하더라도, dd는 직전 3개 사업연도의 순손익액이 비정상적으로 증가하였고, 평가기준일 이후 영업상황이 악화되고 있었으므로, gg회계법인이 상증세법 시행령 제56조 제1항 제2호에 따라 산정한 추정이익 33,641원을 시가로 보아야 한다.

  나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

  다. 인정사실

    (1) 이 사건 매출누락액에 관하여

      (가) 이 사건 매출누락액의 입금 및 사용처

        ① 원고는 2004, 2005, 2006 사업연도에 다음과 같이 7개 공사(이하 순번에 따라 제○ 공사‘라 한다)를 도급받아 완공하고, 공사대금을 지급받았으나, 공사금액을 장부에 과소계상하는 방법으로 매출액 6,528,831,079원을 누락하였다.

        ② 계좌거래내역 및 수표조회에 의하면, 이 사건 매출누락액은 다음 표와 같이 수표로 보관되거나, bbb 또는 임․직원 등의 개인명의 계좌로 입금되었다가, 대여금 등으로 사용되었다. bbb(이 사건 매출누락액 사용 당시 회장 직함을 사용하였다)은 세무조사에서 ⁠“공사대금을 장부에 과소계상하는 방법으로 매출을 누락하였고, 이 사건 매출누락액을 입금받아 다음과 같이 사용하였다”는 취지의 확인서를 작성하였다.

          ㉮ 제1 공사 매출누락액

          ㉯ 제2 공사 매출누락액

(주1) bbb은 이원정에게 대여 후 이를 상환받아 자신의 삼성증권 계좌에 입금하여 주식투자자금으로 사용하였다.

          ㉰ 제3 공사 매출누락액

(주1) bbb의 개인임대사업체이다.

          ㉱ 제4 공사 매출누락액

          ㉲ 제5 공사 매출누락액

          ㉳ 제6 공사 매출누락액

(주1) bbb의 차명계좌이다.

          ㉴ 제7 공사 매출누락액

(주1) 원고의 직원들 계좌로 bbb의 차명계좌이다.

      (나) 제1 공사 매출누락액 사용처

        ① hhh프라자 주식회사 대여금(1,460,000,000원)

          ㉮ 원고의 임원인 iii은 2006. 12. 29. hhh프라자 주식회사(이하 ⁠‘hhh’라 한다)와 2,460,000,000원을 대여하는 금전소비대차약정서를 작성하고, 같은 날 hhh에 제1 공사 매출누락액 중 1,460,000,000원을 포함하여 2,460,000,000원을 지급하였다.

          ㉯ hhh는 같은 날 원고에게 위 차용금 중 1,020,000,000원을 미지급공사대금으로 지급하였다.

          ㉰ hhh는 2007. 1. 12. bbb에게 위 차용금에 대한 이자 10,994,193원을 지급하였고, bbb은 위 돈을 자신의 ◇◇증권 계좌에 입금하여 주식투자자금으로 사용하였다.

          ㉱ hhh는 2007. 2. 2.부터 2007. 3. 16.까지 4회에 걸쳐 원고에게 총2,460,000,000원을 지급하였다가, 2007. 7. 31. 원고로부터 2,460,000,000원을 지급받아 iii에게 상환하고, iii으로부터 변제확인서를 교부받았다.

          ㉲ 한편, iii은 세무조사에서 위 대여경위에 관하여 ⁠“잘 알지 못한다”는 취지로 진술하였다.

        ② 주식회사 jj플러스 대여금(826,000,000원)

          ㉮ 원고는 2007. 1. 11. 주식회사 jj플러스(이하 ⁠‘jj’라 한다)로부터 인천 서구 □□지구 내 △△△△△ 신축공사를 하도급받고, 공동명의로 공사대금 계좌를 개설하여 관리하였다.

          ㉯ 원고는 2007. 4. 13. jj에 이자 ⁠‘연 36%’, 변제기 ⁠‘2008. 11. 30.’로 각 정하여 300,000,000원을 대여하였다.

          ㉰ kkkk개발 주식회사(이하 ⁠‘kkkk’이라 한다)는 2007. 6. 27. 인천지방법원(2007타채5953)으로부터 jj에 대한 1,374,809,058원의 채권을 청구채권으로 하여 위 공동명의계좌에 관하여 압류 및 추심명령을 발령받았다.

          ㉱ 원고는 2007. 6. 19. jj에 변제기 ⁠‘△△△△△빌딩 준공시까지’, 이자 ⁠‘연 36%’로 각 정하여 1,374,809,058원을 대여하였는데, jj는 2007. 8. 9. kkkk에 위 돈으로 변제하고, 압류를 해제하였다.

          ㉲ 수표조회에 의하면, 원고는 제1 공사 매출누락액에서 jj에 826,000,000원을 대여한 것으로 밝혀졌다. 그런데 원고는 jj에 대한 대여금채권을 장부에 계상하지 아니하였고, 대여원리금을 상환받거나 법적 조치 등을 취하지 아니하였다.

        ③ ▲▲▲▲▲ 및 ●●●●● 수분양자 대여금(510,000,000원)

          ㉮ 원고는 2007. 7.경 ▲▲▲▲▲ 수분양자에게 이 사건 매출누락액 중370,000,000원을 대여하고 차용증서를 작성하였는데, 거기에 변제기 ⁠‘입주시’, 이자 ⁠‘무이자’로 각 기재되어 있다. 그런데 원고는 ▲▲▲▲▲ 수분양자에 대한 대여금채권을 장부에 계상하지 아니하였고, 2009. 12. 1. 허가도로부터 25,000,000원만을 회수하였을 뿐(장부 반영도 불분명하다), 현재까지 위 대여금을 상환받지 아니하였다.

          ㉯ 원고는 2006. 8.경 ●●●●● 수분양자에게 제1 공사 매출누락액 중 140,000,000원을 대여하고, 금전소비대차계약서를 작성하였는데, 거기에 변제기 ⁠‘입주일과 2006. 12. 31. 중 빠른 날’, 이자 ⁠‘연 6%’로 각 기재되어 있다. 그런데 원고는 ●●●●● 수분양자에 대한 대여금채권을 장부에 계상하지 아니하였고, 현재까지 위 대여원리금을 상환받지 아니하였다.

        ④ 주식회사 mm랜드 증자대금(300,000,000원)

          ㉮ bbb 등은 2007. 7. 9. 다음과 같이 주금 300,000,000원을 납입하여 주식회사 mm랜드(이하 ⁠‘mm랜드’라 한다)를 설립하였다.

          ㉯ CC세무서장은 2009. 7. 2. nnn에게 ⁠“bbb으로부터 주금납입대금 120,000,000원을 증여받았다”는 이유로 증여세 22,262,800원을 부과․고지하였다. 이에 nnn은 심판청구를 거쳐 2010. 3. 20. 인천지방법원(2010구합1419)에 행정소송을 제기하였는데, 2010. 11. 19. 기각판결을 선고받았다. 그 후 nnn은 서울고등법원(2011누2608)에 항소하였다가, 2011. 7. 26. 항소를 취하하였다.

          ㉰ 피고 AA세무서장은 2009. 8. 1. aaa에게 ⁠“bbb으로부터 주금납입대금 63,000,000원을 증여받았다”는 이유로 증여세 14,127,450원을 부과․고지하였다. aaa는 위 증여세 부과처분에 관하여 다투지 아니하였다.

          ㉱ DD세무서장은 2009. 7. 3. ooo에게 ⁠“bbb으로부터 주금납입대금 27,000,000원을 증여받았다”는 이유로 증여세 4,293,540원을 부과․고지하였다가, ⁠“수증자가 ooo이 아닌 nnn이다”는 이유로 위 처분을 직권취소하고, nnn에게 증여세 22,262,800원을 부과․고지하였다. nnn은 위 증여세 부과처분에 관하여 다투지 아니하였다.

        ⑤ 임직원 등 대여금(420,000,000원)

          ㉮ 수표조회에 의하면, 제1 공사 매출누락액 중 420,000,000원에 관하여 발행된 수표에 다음과 같이 원고의 임․직원 명의의 배서가 되어 있다는 사실이 밝혀졌다.

          ㉯ 원고는 2006. 9. 29. ppp과 대여원금 ⁠‘50,000,000원’, 변제기 ⁠‘2009. 9. 29.’, 이자 ⁠‘무이자’로, 2007. 12. 5. qqq과 대여원금 ⁠‘200,000,000원’, 변제기 ⁠‘2009. 12. 5.’, 이자 ⁠‘무이자’로 각 정한 금전소비대차계약서를 작성하였다. 원고는 현재까지 qqq과 ppp으로부터 대여원금을 상환받지 아니하였다.

        ⑥ rrrr교회 기부금(100,000,000원)

          ㉮ 제1 공사 매출누락액 중 100,000,000원은 2007. 2. 15. 김태우 명의로 rrrr교회 계좌로 입금되었다.

          ㉯ bbb은 2007. 7. 6. rrrr교회로부터 100,000,000원의 기부금영수증을 수령하고, 2007년 귀속 종합소득세를 신고하면서 법정기부금으로 공제받았다.

      (다) hhh프라자 공사계약 관련 자료

        ① 원고는 2004. 2.경 bbb과 서울 구로구 신도림동 hhh프라자 신축공사를 도급금액 ⁠‘4,983,000,000원’, 공사기간 ⁠‘2004. 3.부터 2005. 2.까지’로 각 정하여 도급받는 내용의 공사계약을 체결하였다.

        ② 그 후 원고는 bbb과 다음과 같이 도급금액을 변경하는 내용의 변경합의서를 작성하였다.

※ 원고는 hhh프라자 공사매출액에 제3 공사 매출누락액 중 788,860,520원(=2005. 7. 10.자 변경 후 도급금액 5,745,224,120원 - 2004. 3. 10.자 변경 전 도금금액 4,956,363,600원)을 포함시키기 위하여 2004. 3. 10.자 및 2005. 7. 10.자 변경합의서를 작성하였다고 주장하고 있다.

      (라) 장부 반영 등

        ① 원고는 이 사건 매출누락액을 장부에 반영하지 아니하다가, 2008. 1. 4.자로 이 사건 매출누락액의 사용처를 특정하여 자산 또는 비용(전기오류수정손실)으로 계상함과 아울러, 그 상당액을 전기오류수정이익으로 회계처리하여 다음과 같이 장부에 반영하였다.

        ② 그 후 bbb은 4회에 걸쳐 원고의 법인계좌로 현금 3,557,088,900원을 입금하고, 다음과 같이 회계처리하였다.

(주1) 당초 주주임원종업원채권 또는 예수금으로 계상하였다가, 결산시 전기오류수정이익 및 부가가치세예수금으로 계정을 변경하였다.

        ③ 한편, 원고는 수시로 bbb과 자금거래를 하여 왔고, 그 내역을 주주임원단기채권(bbb) 계정별원장에 계상하였는데, 2008년 변동내역은 다음과 같다.

     (마) 소득처분금액 산정내역

피고 서울지방국세청장은 ⁠“이 사건 매출누락액은 사외유출되어 bbb 등에게 귀속되었다”고 보아, 다음과 같이 소득처분을 하였다.

    (2) 이 사건 분여이익에 관하여

      (가) 이 사건 주식 조사내역

        ① dd의 주주명부에 이 사건 주식 중 1997. 9. 1. 24,000주, 1999. 9. 6. 10,000주가 eee 명의로 명의개서 되었다가, 2007. 11. 8. 원고 명의로 명의개서 되었다.

        ② eee는 2005. 9.경 bbb에게 이 사건 주식에 관하여 ⁠“본인은 실질적인 권리가 없고, bbb에게 권리가 있다”는 취지의 확인서를 작성하여 인감증명서와 함께 교부하였다. bbb은 dd의 자금 횡령에 관한 검찰조사에서 ⁠“dd는 bbb의 1인 회사이다”는 취지로 진술하면서 위 확인서를 제출하였다. 또한 bbb은 2009. 4. 29. 피고 서울지방국세청장으로부터 세무조사를 받으면서 자신이 이 사건 주식의 실소유자라는 취지의 확인서를 작성하였다.

       ③ 원고는 2007. 11. 8. eee로부터 이 사건 주식을 주당 5,000원에 매수하고(이하 ⁠‘이 사건 매매거래’라 한다), 2007. 11. 12. 매매대금 170,000,000원을 bbb의 비서인 sss의 국민은행 계좌로 송금하였다. sss은 2007. 11. 29. 수표로 인출하여 2007. 12. 5. bbb의 신한은행 계좌로 입금하였다.

       ④ 한편, 원고가 2007. 10. 19. 작성한 주식지분현황표에 ⁠“dd eee 지분 → 원고로 양도처리, ※ 양도가 액면가로 처리하는 방안 @5,000”이라고 기재되어 있다.

      (나) 관련 소송

        ① EE세무서장은 ⁠“bbb이 eee에게 이 사건 주식을 명의신탁하였다”는 이유로, 상속세 및 증여세법(1999. 12. 28. 법률 제6048호로 개정되기 전의 것) 제41조의2 제1항의 명의신탁재산의 증여의제 규정에 따라 2009. 8. 1. eee에게 증여세 31,058,920원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

        ② eee는 심판청구를 제기하였는데, 2010. 7. 22. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다. 또 eee는 2010. 10. 22. 부산지방법원(2010구합5104)에 증여세부과처분취소소송을 제기하였는데, 2011. 1. 21. 기각판결을 선고받았다. 그 후 eee는 2011. 2. 22. 서울고등법원(2011누1092)에 항소하였다가, 2011. 5. 31. 소를 취하하였다.

      (다) dd의 손익 및 주주 변동내역

        ① 2004 사업연도부터 2006 사업연도까지 dd의 순자산, 당기순이익, 순손익액 변동내역은 다음과 같다.

(주1) 각 사업연도소득에서 상증세법 시행령 제56조 제4항에 정한 각 항목을 가감하여 산정함

        ② 2006년부터 dd의 매년 12. 31. 기준 주주명부상 주주 변동내역은 다음과 같다.

      (라) 감정평가의견서

원고는 이 사건 소송 중 평가기준일을 2007. 12. 31.로 하여 현금흐름할인법과 보충적 평가방법에 따른 dd의 주식가치를 각 소급감정한 gg회계법인 작성의 평가의견서를 제출하였는데, 그 평가내역은 다음과 같다.

        ① 현금흐름할인법에 의한 주식가치

        ② 보충적 평가방법에 의한 주식가치

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 73호증(가지번호 포함), 을 제1 내지 53호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

  라. 판단

    (1) 이 사건 매출누락액에 관하여

      (가) 첫 번째 주장

① dd프라자 공사매출에 제3 공사 매출누락액이 포함되었다고 볼 수 있으려면, 적어도 도급인인 bbb이 수급인인 원고에게 공사대금으로 지급한 돈 중 해당 부분이 제3 공사 매출누락액에서 흘러들어왔음이 입증되어야 할 것인데, 이를 뒷받침할 만한 증거가 없는 점, ② 오히려 bbb은 제3 공사 도급인인 tt교회로부터 제3 공사 매출누락액을 직접 입금받아 개인임대사업체인 dd산업의 임대빌딩 신축자금, 주식투자자금 등으로 사용하였고, 원고에게 지급된 내역이 확인되지 않는 점{즉, 자금이 tt교회→(bbb)→원고로 이동하여야 하는데, tt교회→bbb→임대빌딩 신축자금으로 이동하였다}, ③ bbb은 세무조사를 받으면서 ⁠“제3 공사 매출누락액을 개인용도 등으로 사용하였다”는 취지의 확인서를 작성하였고, 달리 ⁠“제3 공사 매출누락액 중 일부가 dd프라자 공사매출에 반영되었다”는 취지의 진술을 한 적이 없는 점, ④ 공사매출을 누락하면서 그에 따른 공사비를 비용으로 인정받기 위하여 다른 공사의 공사원가에 포함하기는 하나, 매출누락액까지 다른 공사매출에 포함하는 것은 이례적이고, 원고가 당시 제3 공사매출누락액을 hhh프라자 공사매출에 포함시켜야 할 특별한 사정도 없는 점, ⑤ 원고는 2008. 1. 4.자로 hhh프라자 공사매출 중 788,860,520원을 hhh프라자 매출에서 감액하는 회계처리를 하였으나(전기오류수정손실로 계상함), 이는 3년가량 지난 시점에 소급하여 이루어진 것인데다가, 원고 주장과 같은 이유에서 감액처리 되었다고 단정할 수 없는 점 등을 고려할 때, 제3 공사 매출누락액 중 788,860,520원이 hhh프라자 공사매출에 포함되었다고 볼 수 없다.

따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

      (나) 두 번째 주장

        ① 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 그 매출액을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 매출누락액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 하며, 법인이 매출에 의하여 수령한 대금을 내용이 확정되지 아니한 임시계정인 가수금 계정에 계상함으로써 그 상대계정인 현금이 일단 법인에 들어온 것으로 회계처리를 하였다고 하더라도, 만일 그 가수금 계정의 내용이 대표이사로부터의 단기 차입금 거래를 기장한 것으로서 장차 이를 대표이사에게 반제해야 할 채무라는 것이 밝혀진 경우에는 그 가수금 거래는 법인의 순자산의 변동 내지 증가를 수반하지 아니하는 것으로서 법인의 수익이나 비용과는 무관한 것이므로, 그 가수금 채무가 애당초 반제를 예정하지 아니한 명목만의 가공채무라는 등의 특별한 사정이 없는 한, 장부에 법인의 수익으로서 기재되었어야 할 매출누락액은 이미 사외로 유출되어 위 가수금 거래의 상대방인 대표이사에게 귀속된 것으로 보아야 한다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결, 대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두3726 판결 등 참조).

        ② 돌이켜 이 사건을 보건대, ㉮ 매출누락액의 입금 및 회계처리에 관하여; ㉠ 원고는 이 사건 매출누락액에 관하여 장부에 반영하지 아니하다가, 지출된 이후인 2008 사업연도에 이르러 장부에 소급 반영하는 회계처리를 하였으므로, 특별한 사정이 없는 한 매출누락액 전액이 사외로 유출되었고 볼 수 있는 점, ㉡ 원고는 2008. 1. 4.자로 이 사건 매출누락액 중 일부에 관하여 자산(대여금채권) 또는 이전 사업연도 지출 비용(전기오류수정손실)으로 계상하여 장부에 소급 반영하였고{위 다의(1)(라)①}, bbb으로부터 이 사건 매출누락액 반환 명목으로 반환받은 2,540,679,617원을 전기오류수정이익으로 장부에 소급 반영하였음{위 다의(1)(라)②; 총 반환금액 3,557,088,900원 중 원고가 소급 반영하였다고 주장하는 2,540,679,617원(=2008. 4. 18.자 입금액 450,000,000원 + 2008. 5. 7.자 입금액 800,000,000원 + 2008. 7. 31.자 입금액 1,700,000,000원 중 683,590,710원 + 2008. 8. 5.자 입금액 300,000,000원 + 2008. 12. 26.자 입금액 307,088,907원)}에 비추어, 원고는 이 사건 매출누락액 중 자산 또는 비용으로 인정받을 수 있다고 본 항목에 관하여는 자산 또는 비용으로 계상하고, 개인용도로 지출하는 등으로 자산 또는 비용으로 인정받을 수 없다고 본 항목에 관하여는 그 지출분 상당액을 bbb으로부터 반환받고 전기오류수정이익으로 계상한 것으로 보이는바, 이에 따르더라도 bbb으로부터 반환받은 2,540,679,617원은 개인용도 등으로 사용되었다가 반환된 것이므로, 개인용도 등으로 사용한 시점에 이미 사외유출 되었다고 보아야 하는 점, ㉢ bbb은 가지급금 반환 명목으로 4,539,186,257원{위 다의(1)(라)③}, 이 사건 매출누락액 반환 명목으로 현금 2,540,679,617원{위 다의(1)(라)②}을 각 반환하였는데, 그 반환시기가 근접하고 반환방법이 동일한 사정에 비추어, 2,540,679,617원은 가지급금의 반환과 그 실질이 다르다고 보기 어려운 점(특히 2008. 7. 31.자 입금액 1,700,000,000원은 가지급금 반환금과 이 사건 매출누락액 반환금이 혼재되어 있고, 원고도 1,700,000,000원이 이 사건 매출누락액 반환금이라고 주장하였다가, 2012. 7. 13.자 준비서면에서 1,016,409,290원은 가지급금 반환이라고 주장을 변경하였다), ㉣ bbb으로부터 반환받은 돈의 출처를 확인할 수 없으므로, 2,540,679,617원을 부외자산으로 관리되던 것이라고 단정할 수 없는 점, ㉯ 매출누락액 사용처 및 관리현황에 관하여; ㉠ bbb 등은 이 사건 매출누락액을 수표 또는 차명계좌로 입금받아 사용하였고, 지출내역을 확인할 수 있는 증빙자료를 남기지 아니한 점, ㉡ 계좌조회에 의하면, 이 사건 매출누락액 중 상당 부분이 bbb 개인용도로 사용된 것으로 밝혀진 점, ㉢ 제1 공사매출액 중 일부가 제3자에게 대여금 등으로 사용되었으나, 원고는 2008. 1. 4.자로 대여금채권으로 장부에 반영하였으므로, 반환받은 2,540,679,617원과 아무런 관련이 없는 점, ㉣ 원고는 현재까지 대부분의 대여금을 상환받지 못하였고, 이를 회수하기 위한 법적 조치 등을 취하는 등 채권관리를 하여 온 정황이 없는 점{위 다의(1)(나)에서 보는 바와 같이, 제3자에 대한 채권으로 볼 수 있는 지출액은 hhh 대여금 1,460,000,000원, jj 대여금 826,000,000원, 검단리즌빌 및 목동리즌빌 수분양자 대여금 510,000,000원, 임직원 등 대여금 420,000,000원을 들 수 있다. 그런데 ⓐ hhh 대여금; 대여계약서가 iii 명의로 작성되고, iii에게 대여금이 상환되었으며, bbb이 대여금의 이자를 받아 사용한 사정에 비추어, 위 대여금을 원고의 채권으로 볼 수 없고, ⓑ jj 대여금, 검단리즌빌 및 목동리즌빌 수분양자 대여금; 대여금채권을 장부에 계상하지 아니하였고, 목동리즌빌 수분양자 대여금 중 25,000,000원을 제외하고는 현재까지 대여원리금을 상환받거나 회수를 위한 법적 조치를 취하는 등 채권관리를 하여 온 정황이 없음에 비추어, 원고의 채권으로 관리되어 왔다고 볼 수 없으며, ⓒ 임직원 등 대여금; qqq 대여금 200,000,000원과 ppp 대여금 50,000,000원을 제외하고 대여계약서 등 대여사실을 입증할 아무런 증거가 없고(원고도 대여금이 아니라고 자인하고 있다), qqq, ppp에게 무이자로 위와 같이 대여할 합리적 이유를 찾아볼 수 없으며, 현재까지 대여금을 상환받거나 회수를 위한 법적 조치를 취하는 등 채권관리를 하여 온 정황이 없음에 비추어, 위 대여금을 원고의 채권으로 볼 수 없다}, ㉰ 관계법령에 관하여; 법인세법 시행령 제106조 제4항은 ⁠“내국법인이 국세기본법 제45조의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.”고 규정하고 있는바, 원고는 수정신고 기한 내에 이 사건 매출누락액을 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하지도 아니하였으므로, 사내에 유보된 것으로 볼 수 없는 점, ㉱ 확인서에 관하여; bbb은 세무조사를 받으면서 조사공무원 작성의 확인서에 자필로 서명․날인하였고, 달리 강제에 의하여 작성하였다고 볼 정황이 없는 점 등을 고려할 때, bbb으로부터 반환받은 2,540,679,617원은 이미 사외유출 되었다가 회수된 돈에 불과하므로, 이를 사내유보로 소득처분할 수 없다.

        ③ 따라서 이와 다른 전제에서 한 원고의 위 주장은 이유 없다.

      (다) 세 번째 주장

        ① 위 다의(1)(마) 중 귀속이유에서 보는 바와 같이, 피고는 이 사건 매출누락액의 귀속자가 분명한 경우 그 귀속자에게, 귀속자가 불분명한 경우 당시 원고 대표이사였던 aaa에게 각 소득처분을 적법하게 하였다. 다만, 다음과 같이 2006년, 2007년 aaa에 대한 소득처분 중 일부는 귀속자가 다르므로, 위법하다.

        ② bbb 및 aaa에 대한 정당한 소득금액변동통지액을 산출하면 다음과 같다.

        ③ 따라서 aaa에 대한 소득금액변동통지처분 중 2006년 586,680,000원을 초과하는 부분, 2007년 1,478,390,960원을 초과하는 부분은 위법하므로(2006년, 2007년 bbb에 대한 소득금액변동통지처분도 잘못되었으나, 과소 산정되었으므로, 위법하지 아니하다), 원고의 위 주장은 일부 이유 있다.

    (2) 이 사건 분여이익에 관하여

      (가) 첫 번째 주장

① bbb과 eee는 ⁠“이 사건 주식의 실소유자는 bbb이다”는 취지의 확인서를 각 작성하여 수사기관과 과세관청에 제출한 점(원고는 이 사건 소송에서 ⁠“이 사건 주식의 실소유자는 eee다”는 eee 작성의 확인서를 제출하였으나, 소 제기 후에 작성된 사정에 비추어, 그대로 믿기 어렵다), ② bbb이 이 사건 매매거래에 따른 매매대금을 교부받아 사용한 점, ③ 이 사건 매매거래에 관하여 작성된 2007. 10. 19.자 주식지분현황표에 ⁠“eee 지분 → 원고로 양도처리, ※ 양도가 액면가로 처리하는 방안 @5,000”이라고 기재된 문구의 내용에 비추어(특히 ⁠‘원고로 양도처리’ 부분), 이 사건 매매거래는 eee에서 원고로 양도되는 외관을 만들어 내려고 한 것으로 보이는 점, ④ eee는 명의신탁을 이유로 증여세를 부과받았고, 증여세취소소송에서도 명의신탁이라는 사실이 확정된 점 등을 고려할 때, 이 사건 주식의 실소유자는 bbb이라고 봄이 타당하므로, eee가 이 사건 주식의 실소유자임을 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.

      (나) 두 번째 주장

        ① 관계법령

법인세법 제52조 제2항은 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어 시가의 범위에 관하여 ⁠“건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다”고 규정하고, 동 시행령 제89조 제1항은 ⁠“법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다”고, 제2항은 ⁠“법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다”고 각 규정하면서, 제1호로 ⁠“부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 주식 등을 제외한다.”고, 제2호로 ⁠“상증세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액”을 들고 있다. 또한 상증세법 제63조 제1항 제1호 다목의 위임에 따른 동 시행령 제54조 제1항, 제2항, 제55조는 비상장주식의 평가방법에 관하여 ⁠‘당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액인 순자산가치와 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액인 순손익가치를 가중평균한 가액’으로 산정하는 이른바 보충적 평가방법에 따른 주식가치산정방법을 규정하고 있고, 제56조 제1항 제2호는 ⁠“순손익가치를 산정함에 있어 최근 3년간의 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등의 사유로 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액에 의하는 것이 불합리한 것으로 재정경제부령이 정하는 경우에는 신용평가전문기관 또는 공인회계사법에 의한 회계법인 중 2이상의 신용평가전문기관 또는 회계법인이 재정경제부령이 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액으로 한다(법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세과세표준신고 및 증여세과세표준신고의 기한 내에 신고한 경우로서 1주당 추정이익의 산정기준일과 평가서 작성일이 과세표준신고기한 내에 속하고, 산정기준일과 상속개시일 또는 증여일이 동일연도에 속하는 경우에 한한다)”고 순손익가치 산정의 예외규정을 두고 있다.

        ② 현금흐름할인법에 의한 평가

gg회계법인은 2007. 12. 31.자를 평가기준일로 하여 현금흐름할인법에 따라 dd의 주식가치를 31,767원으로 소급감정하였는바, ㉮ 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호는 시가가 불분명한 경우 감정가액을 시가로 보도록 규정하면서도, 주식에 대한 감정가액을 명시적으로 제외하고 있는바, 그 취지는 비상장주식에 대한 감정평가방법을 달리함에 따라 다양한 감정가액이 산출됨으로써 조세공평의 원칙에 반하는 결과가 초래되는 것을 방지하기 위하여 그 평가방법을 상증세법 시행령이 정하는 보충적 평가방법으로 통일하고자 하는 데 있고, 비상장주식의 경우 일반적으로 불특정 다수인 사이에 거래가 이루어지지 아니하므로 감정평가에 의하여 시가를 도출하기도 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 비상장주식에 대한 감정가액은 특별한 사정이 없는 한 법인세법 제52조 제2항의 시가에 해당한다고 할 수 없는 점(대법원 2011. 5. 13. 선고 2008두1849 판결 참조), ㉯ dd의 주식에 관한 감정가액은 소급감정에 의한 것이고, 소급감정은 ⁠“평가기준일이 동일하다면 평가시점이 달라진다고 하여 평가가액이 차이가 날 이유가 없다”는 전제에서 인정되는 것인데, 부동산과 달리 주식에 대한 시가평가는 적시성이 요구되고, 시장가치, 수익가치, 상대가치 등 다양한 예측치가 종합적으로 고려되어 결정되므로, 이미 발생한 사실관계를 기초로 과거의 주식가치를 소급감정하는 것은 원칙적으로 허용될 수 없다고 봄이 상당한 점, ㉰ 특히 현금흐름할인법에 의한 주식가치평가는 미래의 현금흐름을 합리적으로 추정하고 이를 적절한 할인율로 할인하여 주식의 현재가치를 산정하는 것이므로, 미래의 현금흐름의 ⁠‘추정’을 기본적 전제사실로 하는바, 소급감정은 이미 ⁠‘확정’된 전제사실을 기초로 하는 것이므로, 현금흐름할인법에 의한 주가의 소급감정은 성질상 허용될 수 없는 점(상증세법 시행령 제56조 제1항 제2호는 ⁠“순손익가치를 산정함에 있어 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액에 의하는 것이 불합리한 경우에는 신용평가전문기관 또는 회계법인이 재정경제부령이 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익으로 할 수 있다”고 규정하면서도, ⁠“1주당 추정이익의 산정기준일과 평가서 작성일이 과세표준신고기한 내에 속하고, 산정기준일과 상속개시일 또는 증여일이 동일연도에 속하는 경우에 한한다”고 제한하고 있는데, 이 역시 추정이익은 ⁠‘추정’을 전제로 하는 것이므로, 사후적으로 확정된 사실관계를 가지고 추정하는 것을 방지하기 위하여 위와 같이 추정시점을 제한한 것이다), ㉱ 현금흐름할인법에 의한 소급감정을 허용할 경우 사후적으로 정확한 실측치에 따른 과세가 이루어질 것이므로, 주식의 경우 보충적 평가방법에 따른 과세가 사실상 무의미해지는 점, ㉲ 한편, 원고가 들고 있는 사례(대법원 2001. 9. 28. 선고 2001도3191 판결, 대법원 2005. 6. 9. 선고 2004도7153, 대법원 2005. 10. 선고 2003다69638 판결)는 모두 거래 당시 시가로 볼 수 있는 매매사례가액이 있거나 객관적인 평가가액이 있는 경우 그 가액을 시가로 볼 수 있다는 것일 뿐 소급감정을 시가로 인정한 것이 아니므로, 이 사건에 적용할 수 없는 점 등을 고려할 때, 소급감정에 의하여 평가한 31,767원을 시가로 볼 수 없다.

나아가 dd의 주식은 2006년 이후 이 사건 매매거래를 제외하고 주식거래내역이 존재하지 않는 점, 원고는 이 사건 매매거래 당시 공신력 있는 회계법인에게 정확하고 객관적인 회계자료를 제공하여 주식의 적정한 가치를 평가하거나, bbb과 가격협상을 통해 매수가격을 결정하지 아니한 점, 달리 객관적 교환가치를 판단할 수 있는 자료가 없는 점 등을 고려할 때, dd의 주식은 시가가 불분명한 경우에 해당하므로, 보충적 평가방법에 따라 그 가액을 산정하여야 한다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두5723 판결 참조).

        ③ 추정이익에 의한 산정

gg회계법인은 2007. 12. 31.자를 평가기준일로 하여 순손익가치를 상증세법 시행령 제56조 제1항 제2호에서 정한 추정이익에 따라 산정하고 보충적 평가방법을 적용하여 dd의 주식을 33,641원으로 평가하였는바, ㉮ 순손익가치를 추정이익에 따라 산정하기 위해서는 상증세법 시행령 제56조 제1항 제2호에서 정한 ⁠‘최근 3년간의 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등의 사유로 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액에 의하는 것이 불합리한 경우’로 제한되는데, dd의 최근 3년간(2004 사업연도부터 2006 사업연도까지)의 순손익액, 순자산이나 당기순이익의 변동액이 크지 않은 점, ㉯ 상증세법 시행령 제56조 제1항 제2호는 ⁠‘1주당 추정이익의 산정기준일과 평가서작성일이 과세표준신고기한 내에 속하는 경우’에 한정하여 적용하도록 규정하고 있는 점 등을 고려할 때, 순손익가치를 추정이익에 따라 산정할 수 없다.

        ④ 따라서 피고가 보충적 평가방법에 따라 시가를 산정한 것은 적법하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 피고 BB지방국세청장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 원고의 피고 AA세무서장에 대한 청구 및 피고 BB지방국세청장에 대한 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2013. 01. 25. 선고 서울행정법원 2011구합43348 판결 | 국세법령정보시스템