비영리법인 부동산 임대·처분의 고유목적사업 관련성 및 세금 면세 판단

요지

비영리법인의 부수용역이 고유목적사업과 관련하여 제공되었다고 볼 수 없다면, 실비로 공급하였다 하더라도 부가가치세 및 법인세 면세대상에 해당하지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여, 2014. 11. 3. 한 법인세 62,800,700원 및 2014. 11. 1. 한 부가가치세 27,597,160원의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1948. 12. 13. ○○○○ 내 향교의 문묘와 재산을 보존․관리하고 교육 및 교화사업 영위, 강연회, 학술강습 등의 개설, 유교진흥과 문화의 발전 등을 목적으로 설립된 비영리법인이다.

나. 피고는 원고에 대하여, 원고 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 212-18 대 1,799.2㎡(이하 ⁠‘이 사건 제1부동산’이라 한다)와 관련하여 발생한 2010년도 제1기부터 2013년도 제2기까지의 임대료 신고 누락금액 180,929,102원과 2011~2012사업연도에 ○○시에 편입된 원고 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 69-15 외 12필지(이하 ⁠‘이 사건 제2부동산’이라 한다)에 대하여 발생한 고정자산 처분이익 61,870,654원을 익금 산입하여, 2014. 11. 1. 2010년도 제1기부터 2013년도 제2기까지의 부가가치세 합계 27,597,160원 및 2014. 11. 3. 2010사업연도부터 2013사업연도까지의 법인세 합계 67,407,470원을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 2014. 12. 23. 조세심판원장에게 심판청구를 제기하였고, 조세심판원장은 2015. 4. 15. 이 사건 제1부동산과 관련하여, 원고가 위 부동산을 고유목적사업을위하여 임대한 것으로 볼 수 없고, 위 부동산이 경내지에 해당한다고도 볼 수 없으며, 이 사건 제2부동산과 관련하여, 위 부동산 역시 경내지로 볼 수 없다고 판단하면서, 다만 2010사업연도 법인세 과세부분과 관련하여 수입금액 누락액 27,857,010원의 익금산입에 따른 고유목적사업준비금 손금한도액 증가액 13,928,505원을 손금산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 원고의 나머지 청구를 기각하였다.

라. 피고는 이에 따라 2015. 4. 28. 원고에게 경정․고지한 2010사업연도 법인세 중 4,606,770원 부분을 취소하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 제1부동산과 관련하여

원고는 향교재산법에 따라 주무관청의 허가를 받거나 주무관청에 등록된 종교단체로서 그 고유의 사업목적을 위한 최소한의 비용 조달을 위하여 이 사건 제1부동산을 ○○시 공유재산 관리조례에서 정한 대부율에도 훨씬 못 미치는 실비 상당액에 임대하였는바, 이는 원고의 고유사업목적을 위한 실비로 공급하는 용역에 해당하므로, 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제37조 제1호에 따라 부가가치세가 면세되어야 하고 구 법인세법 시행령(2010.2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제7호에 따라 법인세의 부과대상에도 해당하지 아니한다. 또한 이 사건 제1부동산은 지정문화재를 소유하고 있는 종교단체인 원고의 경내지에 해당한다는 점에서도 그 임대용역은 구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호에 따라 부가가치세가 면세되어야 하고, 구 법인세법시행령 제2조 제7항 제1호에 따라 법인세의 부과대상에도 해당하지 아니한다.

2) 이 사건 제2부동산과 관련하여 이 사건 제2부동산은 원고의 향교와 인접하여 있고, 조선시대에 조정으로부터 하사받은 토지로 오랜 기간 경작지로 이용되다가 이후 지목이 대지나 도로로 변경되었으며, 2011년에 ○○시에 편입되었는바, 이 사건 제2부동산은 지정문화재를 소유하고 있는 종교단체인 원고의 경내지에 해당한다. 따라서 이 사건 제2부동산에 대한 임대는 고유목적사업을 위한 것으로서 구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호에 따라 부가가치세가 면세되어야 하고, 이 사건 제2부동산은 원고의 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용된 경우에 해당하므로 그 처분에 따른 수입 역시 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항에 따라 법인세 부과대상에 해당하지 아니한다. 나아가 명동성당의 카톨릭 회관, 서울 성공회 성당의 성공회 회관 역시 각 성당의 부지와 같은 부지에 위치하고 있지 아니하나 그 임대용역에 대한 부가세가 면제되고 있는 점에 비추어 보더라도 이 사건 처분은 평등의 원칙에 위배되어 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

가) 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호의 해석과 관련하여

구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제12조 제1항 제16호는 ⁠‘종교․자선․학술․구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다’고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호는 ⁠‘동법 제12조 제1항 제6호에서 ⁠“대통령령이 정하는 것”이란 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및용역’이라고 규정하고 있으며, 구 부가가치세법 시행규칙(2010. 3. 31. 기획재정부령 제140호로 개정되기 전의 것) 제11조의5 제1항은 ⁠‘기획재정부령이 정하는 사업이란 비영리법인의 사업으로서 종교․자선․학술․구호․사회복지․교육․문화․예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다’고 규정하고 있다. 한편 비영리사업자가 당해 부동산을 ⁠‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ⁠‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결 등 참조).

그런데 사업자인 원고가 제공하는 용역의 대가로 임대료를 지급받은 이상 특별한 사정이 없는 한 임대료는 부가가치세 과세대상이라 할 것인바, ⁠‘응시료가 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호에서 정한 면세대상에 해당한다’는 점은 이를 주장하는 납세의무자가 입증하여야 한다. 나아가 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조).

나) 구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호에서 정한 ⁠‘경내지’와 관련하여

구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호는 ⁠‘문화재보호법의 규정에 의한 지정문화재(지방문화재를 포함하며, 무형문화재를 제외한다)를 소유 또는 관리하고 있는 종교단체(주무관청에 등록된 종교단체에 한한다)의 경내지 및 경내지 내의 건물과 공작물의 임대용역’에 대하여는 부가가치세를 면세한다고 규정하고 있다.

한편 구 전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률(2010. 5. 3. 법률 제10331호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제3호 소정의 경내지가 되기 위해서는 그 토지가 당해 전통사찰과 지리적․공간적으로 밀접한 관련성을 갖고 있어야 하는바, 구 전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률 시행령(2012. 8. 13. 대통령령 제24037호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제4호에서 경내지의 하나로 규정하고 있는 경작지 등은 전통사찰의 경계 안의 토지 또는 그 주변의 토지로서 당해 사찰의 불교의 의식, 승려의 수행 및 생활과 신도의 교화를 위하여 필요한 경작지만을 의미한다고 해석하여야한다(대법원 2003. 9. 26. 선고 2003다22028 판결 참조).

위 규정 및 법리에 비추어 보면, 구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호에서 규정한 ⁠‘종교단체의 경내지’는 구 전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률에서 규정한 ⁠‘전통사찰의 경내지’와 그 성격이 동일하다고 봄이 상당한바, 구 부가가치세법 시행령 소정의 ⁠‘경내지’ 역시 구 전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률에서 규정한 ⁠‘경내지’와 마찬가지로 해당 종교단체의 경계 안의 토지 또는 그 주변의 토지로서 당해 종교단체의 의식, 종교종사자의 수행 및 생활과 신도의 교화를 위하여 필요한 토지를 의미한다고 할 것이다.

2) 이 사건 제1부동산과 관련하여

앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 원고는 ○○○○ 내 향교의 문묘와 재산을 보존․관리하고 교육 및 교화사업을 경영하여 유교진흥과 문화의 발전을 도모함을 그 목적으로 하고, 도내 각 향교 재산의 보존관리, 석전대제행사의 계승발전, 육영사업의 경영, 유교교육 및 사회교화운동, 목적사업을 위한 도서의 간행 등을 영위하는 비영리법인인 점, 한편 비영리법인이 고유목적사업을 영위하면서 제공한 부수용역에 대하여 부가가치세를 면세하는 이유는 부수용역이 고유목적사업과 관련하여 제공되고 그 빈도나 액수가 수익사업으로 볼 수 없을정도의 수준이라면 고유목적사업의 일환으로 행해진 것으로 볼 수 있기 때문인 것인데, 부수용역이 고유목적사업과 ⁠‘관련하여’ 제공되었다고 볼 수 없다면, 실비로 공급하였다 하더라도 부가가치세 면세대상에 해당한다고 볼 수 없는바, 원고는 2010년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 이 사건 제1부동산 지상 건물을 AA종합상사, BBB, CC상사, DDD 등 원고의 고유목적사업과 아무런 관계가 없는 카센터, 자동차부품도소매업체, 인테리어업체 등에 임대하였고, 각 분기마다 합계 2,000만 원 이상의 임대료를 수령한 점 등을 종합하면, 이 사건 제1부동산이 원고의 고유목적사업과 관련하여 임대되었다고 볼 수 없으므로, 이 사건 제1부동산의 임대용역은 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법 시행령 제37조 제1호에서 규정하는 부가가치세 면세대상 내지 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 제7호에서 규정하는 법인세 면세대상에 해당하지 아니한다.

나아가 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 이 사건 제1부동산이 원고의 소재지로부터 약 2km 이상 떨어져 있을 뿐만 아니라, 원고의 고유목적사업과 관계없는 일반 사업자들에게 임대되어 사용되고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 제1부동산이 구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호에서 규정하는 ⁠‘경내지’로서 부가가치세 면세대상에 해당한다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 제2부동산과 관련하여

앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 이 사건 제2부동산은 원고의 소재지와 같은 부지 내에 있거나 인근에 위치하고 있기는 하나, 원고의 고유사업목적과 관계없이 인근 주민들의 집단거주지 내지 도로 등으로 사용되어 온 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 제2부동산이 원고의 경계 안의 토지 또는 그 주변의 토지로서 원고의 고유사업목적, 즉 유교의식, 유교종사자의 수행 내지 생활과 유교 피교육생의 교육을 위하여 필요한 토지로서 구 부가가치세법 시행령 제37조 제2호 소정의 ⁠‘경내지’로서 부가가치세 면세대상에 해당한다고 볼 수 없고, 이 사건 제2부동산이 고유목적사업에 3년 이상 사용되었다고 볼 수도 없어 구 법인세법 제3조 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항에 따라 법인세 면세대상에 해당한다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.

출처 : 청주지방법원 2015. 10. 29. 선고 청주지방법원 2015구합11375 판결 | 국세법령정보시스템