부동산매매 사업소득·양도소득 구분과 종합소득세 부과처분 무효성 쟁점

요지

부동산매매에 따른 사업소득과 양도소득의 구분에 있어 세무업무에 종사한 공무원이라고 하더라도 계속성과 반복성 또는 수익목적 여부를 단정하기는 어렵다 할 것이므로 종합소득세 부과처분이 하자가 중대하고 외관상 명백한 당연무효의 처분이라고 할 수는 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

 제1심 판결을 취소한다. 피고는 원고에게 OOOO원 및 이에 대하여 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율로 계산한 돈을 지급하라(원고는 제1심에서 OOOO원 및 이에 대하여 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율로 계산한 돈을 청구하다가, 당심에 이르러 위와 같이 청구취지를 감축하였다).

이 유

1. 기초사실

 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 13호증, 을 제1 내지 7, 35호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함) 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

 가. 원고는 2000. 3.경부터 2003. 9.경까지 원고 소유의 별지 목록 기재 각 부동산을 제3자에게 처분하는 거래로 인하여 발생한 양도차액에 관하여 양도소득세 명목으로 2000년경부터 2005년경까지 양도소득세 합계 OOOO원을 영동세무서장에게 자진신고 후 납부하였다.

 나. 광주지방국세청은 2005. 12. 28.부터 2006. 2. 8.까지 소외 BB개발 주식회사의 관련인으로서 원고에 대하여 세무조사를 실시한 후, 2006. 2. 22. 원고의 주소지 관할 세무서인 청주세무서(관할구역 변경 후 : 동청주세무서, 이하 같다)에게 원고가 2000년부터 2005년까지 부동산을 13회 취득하여 79회 양도한 행위는 부동산매매업에 해당하므로 위 기간 동안 발생한 원고 소유의 부동산 거래에 관하여 양도소득세가 아닌 종합소득세를 부과하여야 한다는 내용의 세무조사결과통지서를 발송하였다

 다. 이에 청주세무서장은 2006. 3. 17. 원고에게 원고가 2000년부터 2004년까지 이루어진 원고 소유의 부동산 거래(이하 '이 사건 부동산 거래'라 하고, 위 거래의 목적물이 된 부동산을 '이 사건 부동산'이라 한다)에 대하여 각 귀속연도별 종합소득세를 부과하는 처분(이하 '이 사건 종합소득세 부과처분'이라 한다)을 하였는데, 원고는 2006. 6. 16. 위 부과처분 중 2004년도 귀속 종합소득세 부과처분에 대하여 심사청구를 하여 2006. 6. 26. 위 부분에 대하여는 부과처분 취소결정을 받았다.

 그에 따라 이 사건 종합소득세 부과처분 중 위와 같이 취소된 2004년도 귀속분 종합소득세 부과처분을 제외한 나머지 처분에 따라 부과된 종합소득세의 내역은 아래 ①항 기재와 같고, 그 중 원고가 선별한 별지 목록 기재 순번 제2, 5, 6, 8, 36 내지 40, 43 내지 59, 62 내지 64, 68, 76, 82, 83, 87 부동산에 관한 거래(이하 '원고가 선별한 부동산 거래'라고 한다)¹⁾에 관하여 부과된 종합소득세의 내역은 아래 ②, ③, ④항 기재와 같다.

 라. 원고는 위 다.항 기재와 같이 부과처분 된 종합소득세 OOOO원을 아래 기재와 같이 납부하였다.

 마. 이후 영동세무서가 2010. 11. 15. 원고의 '2006년도 및 2007년도 부동산 거래에 대하여 세무조사를 실시한 결과 원고가 양도소득세를 종합소득세와 함께 이중으로 납부한 사실이 밝혀졌고, 그에 따라 원고는 2010. 12. 9. 동청주세무서장에게 2005년부터 2007년까지 이루어진 원고 소유 부동산 거래에 따른 소득이 사업소득으로서 종합소득합산신고대상인데 양도소득으로 신고함으로써 이중으로 신고납부 되었다는 내용으로 양도 소득세 경정청구 및 환급신청을 하였다. 그런데 동청주세무서장은 2011. 2. 17. 원고에게 ⁠“원고가 비록 종합소득세 신고 시 부동산매매업에 따른 사업소득으로 선고하였다고는 하나, 해당부동산은 원고가 1989년경부터 15년 넘게 소유한 부동산으로서 농지에 대한 지목변경 등이 없었던 점과 증평군에 수용된 점 등을 고려할 때 당초 양도소득세로 신고한 것은 정당하다”라는 이유를 들어 위 경정청구를 받아들일 수 없다는 결과를 통보하였다.

 바. 이에 원고는 2011. 3. 2. 동청주세무서장에게 2000년부터 2004년까지 이루어진 이 사건 부동산 거래 중 국가 또는 공공기관에 수용된 경우에는 부동산매매업에 따른 사업 소득세가 아닌 양도소득세가 부과되어야 함을 주장하면서 기 납부한 종합소득세를 환급하여 달라는 내용의 고충신청서를 접수하였으나, 2011. 3. 8. 동청주세무서로 부터 고충민원 청구기간(국세부과제척기간 만료 30일 전까지)이 경과하여 심의대상에서 제외된다는 내용의 답변을 통보받았다.

 사. 한편, 대전지방국세청은 2011. 3. 14.부터 2011. 3. 31.까지 동청주세무서에 대한 종합감사를 실시하였고, 그 결과 2005년부터 2010년까지 이루어진 원고 소유 부동산 거래(이하 '2005년~2010년 부동산 거래'라고 한다)와 관련하여 ⁠“위 부동산은 장기임대아파트 및 장기임대상가이거나, 전·답·임야의 경우 보유기간이 대부분 20년 이상으로서 개발행위(형질변경, 분할, 합병 등)가 없었고, 일부는 원고의 의사와 관계없이 수용된 점에 비추어 원고가 매매차익을 취할 목적으로 부동산을 거래한 것으로 볼 수 없어 위 부동산 처분에 따른 소득은 양도소득에 해당한다”라는 이유로, 동청주세무서에 대하여 ⁠“원고에게 위 기간 동안의 거래로 부과처분된 종합소득세를 환급해주고 위 업무를 담당한 관련 공무원에게 경고 및 주의조치를 요한다”라는 내용의 시정사항을 지시하였다.

 아. 그 후 원고는 2011. 6. 3. 동청주세무서장에게 2000년부터 2004년까지 이루어진 이 사건 부동산 거래 중 국가 또는 공공기관에 수용된 경우 및 임대목적으로 취득한 부동산을 장기임대한 후 매매한 경우에 관하여는 부동산매매업에 따른 사업소득세가 아닌 양도소득세가 부과되어야 함을 주장하면서 이미 납부한 종합소득세를 환급하여 달라는 내용의 고충신청서를 접수하였으나, 2011. 6. 10. 동청주세무서로부터 역시 고충민원 청구기간이 경과하여 심의대상에서 제외된다는 내용의 답변을 통보받았다. 한편, 동청주세무서장은 2011. 6. 10. 원고에게 위 대전지방국세청의 종합감사 결과에 따라 '2005년-2010년 부동산 거래'와 관련하여 ⁠“소득분류 착오로 인하여 당초 종합소득세로 신고된 내역을 양도소득세로 경정고지 한다”라는 내용의 감사결과 과세예고 통지를 하였다

 자. 원고는 2011. 6. 30. 국민권익위원회에 이 사건 종합소득세 부과처분에 따라 납부한 세금을 환급하여 줄 것을 요청하는 내용의 고충신청을 제기하였으나, 그 무렵 국민권익위원회로부터 동청주세무서장의 부과처분이 위법하거나 부당하다고 보기 어려워 민원제기에 도움을 줄 수 없다는 답변을 통보받았다.

2. 원고의 주장 요지

 이 사건 부동산 거래 중 특히 '원고가 선별한 부동산 거래'의 경우, 원고가 지목변경 등 개발행위 없이 장기간 보유하던 부동산을 양도하거나 지방자치단체나 공공기관의 수용 또는 협의취득을 원인으로 한 것으로서 세무업무에 종사하는 공무원의 입장에서 위 거래가 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 없음이 명백하고, 대전 지방국세청은 이 사건 부동산 거래와 동종의 거래인 '2005년~2010년 부동산 거래에 대하여 종합소득세가 아닌 양도소득세를 부과하여야 한다는 이유로 종합소득세 환급처분 및 담당공무원 경고 등의 시정조치를 하였다. 따라서 이 사건 종합소득세 부과처분 중 '원고가 선별한 부동산 거래'에 관하여 부과된 부분은 그 하자가 중대하고 외관상 명백하여 당연무효의 처분이므로, 피고는 '원고가 선별한 부동산 거래'에 관하여 부과 된 위 의 고지세액 합계 OOOO원 및 이에 대한 지연손해금을 부당이득으로서 원고에게 반환할 의무가 있다.

3. 판단

 가. 하자 있는 행정처분이 당연무효가 되기 위하여는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별함에 있어서는 그 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요하는바, 행정청이 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법률의 규정을 적용하여 행정처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 행정청이 위 규정을 적용하여 처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없는 것이고, 또한 행정처분의 대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 사람에게 행정처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다 할 것이나, 행정처분의 대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 처분의 대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우로서 그것이 처분대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 때에는 비록 이를 오인한 하자가 중대하다고 할지라도 외관상 명백하다고 할 수는 없다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2002다68485 판결, 대법원 2012. 9. 27. 선고 2012다49346 판결 등 참조).

 한편, 부동산의 양도로 인한 소득이 소득세법상 사업소득인지 혹은 양도소득인지는 양도인의 부동산 취득 및 보유현황, 조성의 유무, 양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하고, 그 양도의 태양이 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법에 의한 협의취득이라 하여 달리 볼 것은 아니다(대 법 원 1995. 9. 15. 선고 94누16021 판결 등 참조). 또한 부동산의 양도로 인한 소득이 사업소득에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 단지 당해 양도 부동산에 대한 것뿐만 아니라, 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 당해 양도가 행하여진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 한다(대법원 2010. 7. 22. 선고 2008두21768 판결, 대법원 2013. 2. 28. 선고 2010두29192 판결 등 참조).

 나. 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살펴본다.

 먼저 관할세무서인 동청주세무서와 그 상급기관인 대전지방국세청이 원고에게 '2005년~2010년 부동산 거래'와 관련하여, 원고가 지목변경이나 개발행위 없이 장기간 부동산을 소유하고 있었고, 일부는 원고의 의사와 관계없이 협의취득된 점 등에 비추어 위 부동산 처분에 따른 소득은 양도소득에 해당한다고 통보한 사실은 앞서 본 바와 같고, 한편 갑 제1호증의 4, 갑 제18호증의 1 내지 17, 을 제5호증의 2 내지 5, 을 제35호증의 각 기재에 의하면, 2000년부터 2004년까지 이루어진 이 사건 부동산 거래 중 상당부분이 원고가 장기간 부동산을 보유하고 있다가 이를 제3자에게 양도한 것이거나 지방자치단체 등의 수용 또는 협의취득을 원인으로 하는 것인 사실이 인정된다.

 그러나 다른 한편, 갑 제4호증의 1 내지 3, 갑 제10호증, 갑 제15호증의 1 내지 6, 갑 제18호증의 1 내지 17, 갑 제25호증의 1 내지 13, 갑 제26호증의 1, 2, 갑 제27호증의 1, 2, 3, 갑 제28호증, 을 제5호증의 2 내지 5, 을 제8호증의 1 내지 6, 을 제35호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 원고는 1978년경부터 현재까지 약 30년이 넘는 기간 동안 OO시 OO군이나 OO군, OO시 등지에서 CC주택, DD학원 등의 상호로 주택신축판매업과 부동산임대업 등 부동산업에 종사하고 있는 사실, 광주지방국세청은 2006. 2.경 BB개발 주식회사에 대하여 세무조사를 한 이후 관할세무서인 동청주세무서에 위 주식회사의 주주로 되어 있는 원고와 그 가족들이 위 주식회사뿐만 아니라 건설 및 토목공사 등을 목적으로 하는 EE토건 주식회사, FFF개발 주식회사, GG토건 주식회사를 통일한 사업장(같은 건물)에서 운영하면서 법인세와 종합소득 세 등을 일부 누락하였음을 밝히면서, 아울러 위 주식회사의 관계인으로서 위와 동일 한 사업자에서 CC주택 등을 운영하면서 부동산업에 종사하고 있는 원고 또한 이 사건 부동산 거래를 포함한 원고 소유 부동산의 거래로 인하여 발생한 사업소득에 대한 신고를 누락한 것으로 통보한 사실, 원고는 2000년부터 2005년까지 사이에 이 사건 부동산 거래를 포함하여 원고의 부동산을 13회 가량 취득하고 79회 가량 양도하였는데, 그 중에는 나대지를 취득하여 이를 그대로 양도하는 경우나 임야를 취득하여 택지개발을 한 후 이를 여러 필지로 분할하여 양도하는 경우, 대지를 취득한 후 상가건물을 신축하여 양도하는 경우 등이 다수 포함되어 있는 사실, '원고가 선별한 부동산 거래'에 대하여 살펴보더라도, 예컨대 별지 목록 기재 순번 제2, 87번 각 부동산(상가건물)의 경우 원고가 대지를 취득하여 그 지상에 위 각 부동산을 신축한 다음 제3자에게 임대 하였다가 그 제3자에게 매도한 것이고, 원고의 보유기간도 제2번 부동산은 약 5년, 제87번 부동산은 약 8년 정도인 사실 등을 인정할 수 있다.

 여기에다가 앞에서 든 각 증거에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 어느 부동산의 양도에 의한 소득이 소득세법상의 사업소득에 속하는 것인가 또는 양도소득세의 과세대상이 될 뿐인가의 여부는 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 또는 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 기준으로 판단하게 되므로 과세관청으로서는 양도인의 부동산 양도시점 전후에 드러난 사실관계를 면밀히 조사하고 난 후에야 비로소 양도에 의한 소득의 성격이 어떠한가를 밝힐 수 있는 점, ② 이 사건의 경우 원고가 30년 이상 부동산업에 종사하고 있고, '원고가 선별한 부동산 거래'뿐만 아니라 위 거래시기를 전후하여 이루어진 이 사건 부동산 거래 등을 전반적으로 살펴보면, 원고의 부동산 양도횟수가 많고 규모가 상당히 클 뿐만 아니라 원고의 사업활동의 일환으로 볼 만한 거래가 다수 포함되어 있으므로, 이 사건 부동산 거래는 부동산업자에 의한 사업성을 띤 행위로서 종합소득세의 과세대상이 된다고 볼 여지가 충분히 있는 점, ③ '원고가 선별한 부동산 거래'에 대하여 살펴보더라도, 예컨대 별지 목록 기재 순번 제2, 87번 각 부동산 거래의 경우 원고가 나대지를 구입하여 그 지상에 상가건물을 선축하여 타인에게 매도한 것인 점 등에 비추어 볼 때 부동산매매업의 일환으로 볼 여지가 있는 점, ④ 대전지방국세청 및 동청주세무서는 '2005년~2010년 부동산 거래'와 관련하여 해당 부동산은 장기임대아파트 및 장기임대 상가이거나 전·답·임야의 경우 보유기간이 대부분 20년 이상으로서 형질변경, 분할, 합병 등 개발행위가 없었다는 등의 이유로 위 부동산 처분에 따른 소득이 사업소득이 아닌 양도소득에 해당한다고 보았으나, 2000년부터 2004년까지 거래가 이루어진 이 사건 부동산에는 장기임대아파트가 포함되어 있지 않고, 오히려 위와 같이 원고가 스스로 신축한 상가건물이 포함되어 있거나, 원고의 보유기간이 10년 미만인 부동산이나 등기부 또는 토지대장에 분할 등 개발행위가 나타나 있는 부동산도 다수 포함되어 있어서, 그 양도 경위 및 개발행위 여부 등에 관하여 사실관계를 보다 정확히 조사하지 않고서는 그 양도에 따른 소득이 사업소득이 아니라고 쉽게 단정하기 어려운 점, ⑤ 원고는 이 사건 종합소득세 부과처분 후 5년 남짓한 기간 동안 앞서 본 바와 같이 2006. 6. 16. 2004년도 귀속 종합소득세 부분에 대하여 심사청구를 하여 위 부분에 대하여 부과처분 취소결정을 받은 것 이외에 2000년부터 2003년도 귀속 종합소득세 부과처분에 대하여 이의를 제기한 적이 없는 점, ⑥ 그 후 원고는 2011. 3. 2.과 2011. 6 3. 두 번에 걸쳐 동청주세무서장에게 이 사건 부동산 거래에 대하여 양도소득세가 부과되어야 함을 주장하면서 기 납부한 종합소득세를 환급하여 달라는 내용의 고충신청서를 접수하였으나, 원고가 위 고충신고서에 이 사건 부동산 거래 전부를 종합소득세 환급대상으로 기재한 것이 아니고, 그 중에서 '국가 또는 공공기관에 수용된 경우 및 임대목적으로 취득한 부동산을 장기임대한 후 매매한 경우'만을 한정하여 종합소득세 환급대상에 해당한다고 기재한 점, ⑦ 원고가 제1심에서는 이 사건 부동산 거래 중 2000년부터 2003년까지 사이에 이루어진 별지 목록 기재 각 부동산 거래²⁾로 인한 소득 전부가 사업소득이 아닌 양도소득이라는 취지로 주장해오다가, 당심에 이르러 청구취지를 감축하면서, 그 중 ⁠‘원고가 선별한 부동산 거래’를 제외한 나머지 부동산 거래로 인한 소득에 관하여는 양도소득에 해당한다는 종전 주장을 철회함으로써 별지 목록 기재 각 부동산 거래 중 상당부분은 원고의 사업활동으로 볼 여지가 있음을 스스로 자인하고 있는 점 등의 사정들을 종합하여 보면, 세무업무에 종사하는 공무원의 입장에서 이 사건 부동산 거래가 부동산매매업 등의 원고의 사업활동으로 볼 수 없을 정도로 명백히 계속성과 반복성이 없다거나 수익을 목적으로 하지 않는 것이라고 단정하기는 어렵다고 할 것이고, 오히려 이 사건 부동산 거래를 전반적으로 원고의 사업활동의 일환으로 볼 수 있거나, 적어도 이를 사업활동의 일환으로 오인할 수 있는 객관적 사정이 있어 그 사실관계를 정확히 조사하여야만 종합소득세 과세대상이 되는지 아니면 양도소득세 과세대상이 되는지를 밝힐 수 있는 경우에 해당한다고 볼 만한 사안이라고 하겠다.

 결국 이 사건 종합소득세 부과처분은 그 하자가 중대하고 외관상 명백하여 당연무효의 처분이라고 할 수는 없다[한편, 원고는 대법원 2009. 2. 12. 선고 2008두11716 판결의 취지에 따라 이 사건 종합소득세 과세처분이 그 하자가 중대하지만 명백하지 않은 경우라 하더라도 당연무효라고 주장한다. 위 대법원 판결의 요지는 ⁠“취득세 신고행위는 납세의무자와 과세관청 사이에 이루어지는 것으로서 취득세 신고행위의 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 그 신고행위를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는 반면, 과세요건 등에 관한 중대한 하자가 있고 그 법적 구제수단이 국세에 비하여 상대적으로 미비함에도 위법한 결과를 시정하지 않고 납세의무자에게 그 신고행위로 인한 불이익을 감수시키는 것이 과세행정의 안정과 그 원활한 운영의 요청을 참작하더라도 납세의무자의 권익구제 등의 측면에서 현저하게 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 때에는 예외적으로 이와 같은 하자있는 신고행위가 당연무효라고 함이 타당하다"라는 것이다. 그런데 소득세는 국세로서 위 판례의 사안과 같이 그 법적 구제수단이 상대적으로 미비한 지방세에 해당하지 않는 점, 앞에서 살펴본 여러 사정들에 비추어 볼 때 이 사건 부동산 거래에 관하여 종합소득세 과세요건이 충족되었다고 볼 만한 여지가 충분히 있는 점, 나아가 이 사건은 피고의 종합소득세 부과처분에 따라서 원고가 납세한 경우로서, 위 판례의 사안과 같이 신고행위에 의한 납세가 이루어진 경우에 해당하지 않는 점 등을 고려하면, 위 판례의 법리를 사안이 다른 이 사건에 적용하는 것은 적절하지 않다고 본다].

 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 사건 청구는 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

4. 결론

 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하여야 할 것이다. 제1심은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 원고는 제1심에서 이 사건 종합소득세 부과처분에 따라 납부한 종합소득세 OOOO원 및 이에 대한 지연손해금에 관하여 부당이득반환청구를 하였는데, 당심에 이르러 2013. 2. 4.자 및 2013. 7. 5.자 각 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 통하여 위 기재와 같이 원고가 선별한 부동산 거래에 관한 고지세액의 합계 OOOO원 및 이에 대한 지연손해금을 구하는 것으로 청구취지를 감축하였다.

2) 다만, 별지 목록 기재 순번 제7, 66, 71번 부동산의 거래에 관하여는 원고가 처음부터 양도소득세 과세대상으로 신고하였고, 이에 대해서는 관할 세무서에서 종합소득세 부과처분을 한 적이 없으므로, 이 부분은 처음부터 논란의 대상에서 제외된 것으로 볼 수 있다.

출처 : 대전고등법원 2013. 08. 27. 선고 대전고등법원(청주) 2012나2188 판결 | 국세법령정보시스템