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사모투자전문회사·투자목적회사 지주회사 간주취득세 감면 제외 판례

2011두19017
판결 요약
사모투자전문회사나 투자목적회사는 공정거래법상 지주회사로 간주되지 않아 간주취득세 감면대상에 해당하지 않습니다. 이는 간접투자법에서 공정거래법 규정 적용을 명시적으로 배제했기 때문입니다. 설립 목적과 법률체계 차이에 따른 해석입니다.
#사모투자전문회사 #투자목적회사 #간주취득세 #취득세 감면 #공정거래법
질의 응답
1. 사모투자전문회사나 투자목적회사가 지주회사로서 간주취득세 감면 대상인가요?
답변
아닙니다. 공정거래법상 지주회사로 인정되지 않아 간주취득세 감면대상이 아닙니다.
근거
대법원 2011두19017 판결은 간접투자법상 사모투자전문회사·투자목적회사는 공정거래법에 따른 지주회사 규정이 적용되지 않으므로 감면조항이 적용되지 않는다고 판시하였습니다.
2. 간접투자법상 투자회사가 공정거래법상 지주회사 요건을 형식적으로 충족하면 감면을 받을 수 있나요?
답변
아닙니다. 형식상 요건 충족만으로 감면을 받을 수 없습니다. 규정의 적용이 명시적으로 배제됩니다.
근거
대법원 2011두19017 판결은 투자회사 설립 목적과 규정 체계 차이로 감면규정 적용이 배제된다고 명시했습니다.
3. 지주회사로 보지 않는 규정을 조세특례제한법상 취득세 감면에도 적용하나요?
답변
네. 공정거래법상 지주회사로 보지 않기에 취득세 감면조항도 적용하지 않습니다.
근거
대법원 2011두19017 판결은 공정거래법 규정 미적용이면 감면조항 역시 미적용이라고 해석했습니다.
4. 투자목적회사와 지주회사 간 설립 목적의 차이가 취득세 감면 판단에 영향을 미치나요?
답변
네, 설립 목적과 기능의 차이로 인해 취득세 감면에 차별적으로 적용됩니다.
근거
대법원 2011두19017 판결은 투자목적회사는 자본수익 배분목적이고, 지주회사는 경영구조 합리화 목적이라 차이점을 강조하며 판결하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다.

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판결 전문

공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여 간주취득세 부과대상인지 여부

 ⁠[서울고등법원 2014. 5. 20. 2014누1873 처분청승소]
[대법원 2014. 1. 16. 2011두19017 처분청승소]
[서울고등법원 2011. 7. 13. 2010누37676 처분청패소]
[수원지방법원 2010. 10. 14. 2010구합6299 처분청승소]

■ 4심 2014누1873 ⁠(선고일자-20140520) 취득세

본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【판결요지】

구 간접투자법 제144조의17 제3항 ⁠‘사모투자전문회사 및 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있어 지주회사에 해당하지 않는 투자목적회사에게 간주취득세를 감면할 수 없다.


【전문】


【주문】

 
1.  원고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소제기 이후의 소송총비용은 원고가 부담한다.

【이유】


 
1.  처분의 경위

 
가.  원고의 취득세 등 신고와 납부원고는 2006. 5. 10. 구 간접투자자산운용업법(2007. 8. 3. 법률 제8635호로 제정되어 2009. 2. 4.부터 시행된 ⁠‘자본시장과 금융투자업에 관한 법률’ 부칙 제2조로 폐지되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 간접투자법’이라 한다]에 기하여 사모투자전문회사의 출자로 설립된 투자목적회사로서 다른 회사의 주식 또는 지분 등에 투자하는 것을 주된 사업목적으로 하고 있다.
원고는 주식회사 에이치케이(HK) 상호저축은행(이하 ⁠‘이 사건 법인’이라 한다)의 주식 12,163,705주를 보유하고 있던 중 2008. 11. 3. 다시 이 사건 법인의 주식 7,676,395주(이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)를 추가로 취득하여 결국 이 사건 법인의 발행주식 총수인 24,952,195주 가운데 약 79.51%인 19,840,100주를 보유하게 되었다. 당시 원고의 자산은 1천억 원 이상이었고, 그 후 2009. 6. 30. 기준으로는 2천억 원을 상회하게 되었으며 그 중 주식이 자산총액의 약 80%를 차지하였다.
원고는 2008. 12. 2. 피고에게 이 사건 주식의 취득이 ⁠‘ 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정된 것) 제22조 제2호, 제105조 제6항의 규정에 의해 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때에 해당’하는 것으로 보아 이 사건 법인 소유 이천시 소재 지산컨트리클럽 골프회원권에 대한 취득세 17,111,790원 및 농어촌특별세 1,711,170원(이하 이 사건 ⁠‘자진납부세액’이라 한다)을 자진 신고한 후 같은 해 12. 2. 이를 납부하였다. 나. 원고의 과오납급 환부신청과 피고의 조치원고는 2009. 9.경. 종전의 입장을 바꾸어 이 사건 주식의 취득이 "과점주주에 대한 취득세 면제조항인 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제6항 제8호, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2009. 2. 25. 법률 제9554호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘공정거래법’이라 한다) 제2조에 의해 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우로서 취득세 면제대상"에 해당한다고 주장하면서, 법제처의 행정해석 등을 근거로 피고에게 이 사건 자진납부세액에 관하여 과오납금 환부신청을 하였다. 피고는 이를 받아들여 그 무렵 원고에게 이 사건 자진납부세액을 전액 환급(이하 ⁠‘이 사건 환급결정’이라 한다)하는 한편 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세를 부과하는 처분을 하였다. 그러나 피고는 2010. 3. 18. 이 사건 환급결정이 잘못되었다는 이유로 원고에게 이 사건 취득세 감면분 농어촌특별세를 환부하는 한편 다시 취득세 17,111,790원, 농어촌특별세 1,711,170원(취득세액의 100분의 10)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 
2.  이 사건 처분의 적법 여부

 
가.  원고의 주장원고는 다음과 같은 취지로 주장한다.
원고는 공정거래법상 지주회사이고 이 사건 주식의 취득은 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우에 해당하므로 그로 인하여 비록 이 사건 법인의 과점주주가 되었다고 하더라도 조세특례제한법에 따라 취득세가 면제되어야 한다. 간접투자법 제144조의17 제1항에서 투자목적회사에 대하여 일정한 경우 공정거래법상 지주회사 규정을 적용하지 않는다는 취지는 그런 경우 아예 지주회사에 해당하지 않는다는 것이 아니라 투자목적회사의 특수성을 감안하여 예외적으로 공정거래법상 지주회사에 대한 규제를 풀어주겠다는 것이므로 이는 오히려 투자목적회사가 지주회사임을 논리적 전제로 하고 있다.
따라서 투자목적회사가 공정거래법상 지주회사에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
 
나.  관계 법령

별지 기재와 같다.
 
다.  판단

1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).
2) 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호(이하 ⁠‘이 사건 법률조항’이라 한다)는 ⁠‘독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득함으로써 지방세법 제22조 제2호의 규정에 의한 과점주주에 해당하게 되는 경우 당해 과점주주에 대하여는 간주취득세의 부과에 관한 지방세법 제105조 제6항의 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는데, 공정거래법 제2조 제1호의2, 같은 법 시행령 제2조 제1항, 제2항은 지주회사를 ⁠‘주식(지분을 포함한다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 등 현재의 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사’로 정의하면서, 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는지는 ⁠‘회사가 소유하고 있는 자회사 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인지’를 기준으로 판단하도록 규정하고 있다. 한편 구 간접투자법 제144조의17 제1항은 ⁠‘ 사모투자전문회사 또는 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있고, 여기에서 사모투자전문회사란 ⁠‘회사의 재산을 주식 또는 지분 등에 투자하여 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등의 방법으로 투자한 기업의 가치를 높여 그 수익을 사원에게 배분하는 목적으로 설립된 합자회사로서 일정한 요건을 갖춘 회사’를 말하고( 제2조 제4호의2, 제144조의2 제1항, 제2항), 투자목적회사란 ⁠‘그 주주 또는 사원의 전부가 사모투자전문회사이고 사모투자전문회사 재산의 운용방법과 동일하게 투자하는 주식회사 또는 유한회사’를 말한다( 제144조의9 제1항, 제144조의7 제1항 제1호 내지 제5호, 제7호). 지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 이 사건 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있다. 그런데 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사는 투자한 회사의 기업가치를 높여 창출한 수익을 투자자에게 배분하는 것을 주된 목적으로 하여 설립된 회사로서, 수직적 출자구조를 통하여 자회사의 사업을 지속적으로 지배함으로써 소유와 경영의 합리화를 도모하려는 목적으로 설립된 공정거래법상의 지주회사와는 설립목적이나 기능 등이 전혀 다르다. 이러한 이유로 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사의 경우에는 공정거래법 제2조 제1호의2 등에서 정한 지주회사의 요건을 형식적으로 갖추었다고 하여 이를 모두 지주회사로 취급하여 공정거래법상의 각종 행위제한에 관한 규정을 적용하는 것이 적절하지 아니하므로, 구 간접투자법 제144조의17 제1항은 위에서 본 것과 같이 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 10년간 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다. 그리고 구 간접투자법 제144조의17 제3항 본문은 ⁠‘ 사모투자전문회사 및 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있고, 그 문언 내용과 이 사건 법률조항의 입법 취지 등에 비추어 보면 위 규정에 따라 금융지주회사로 보지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항이 적용되지 아니한다고 봄이 타당한데, 사모투자전문회사나 투자목적회사가 일반 지주회사인지 아니면 금융지주회사인지에 따라 이 사건 법률조항의 적용을 달리할 합리적 이유도 없다.
또한, 공정거래법상의 지주회사에 대하여는 이 사건 법률조항 외에, 주식의 현물출자 등에 의한 설립이나 전환에 대한 과세특례( 구 조세특례제한법 제38조의2), 수입배당금액의 익금불산입제도( 법인세법 제18조의2) 등이 마련되어 있는 반면, 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 그와 별도로 지급배당금의 소득공제제도( 법인세법 제51조의2 제1항 제2호)나 등록세 중과배제제도( 구 조세특례제한법 제119조 제7항) 등이 규정되어 있는 등 세법상의 규율에도 차이가 있다. 위와 같은 관련 규정의 문언 내용과 입법 취지 및 체계, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사와 지주회사의 설립목적 및 기능상의 차이, 그리고 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 조세특례제한법이 이 사건 법률조항(당시에는 제120조 제5항 제8호)을 신설할 당시에는 구 간접투자법에 사모투자전문회사나 투자목적회사에 관한 규정이 아직 없었던 점 등을 종합하면, 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항도 적용되지 않는다고 봄이 타당하다.
3) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.3. 결론그렇다면 원고의 청구는 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 같이한 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

■ 3심 2011두19017 ⁠(선고일자-20140116) 취득세

본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【판결요지】

지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있는 것이다. 따라서 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이러한 법률조항도 적용되지 않는다.


【전문】


【주문】

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

【이유】


상고이유를 판단한다.
 
1.  조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).
 
2.  구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제6항 제8호(이하 ⁠‘이 사건 법률조항’이라 한다)는 ⁠‘독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득함으로써 지방세법 제22조 제2호의 규정에 의한 과점주주에 해당하게 되는 경우 당해 과점주주에 대하여는 간주취득세의 부과에 관한 지방세법 제105조 제6항의 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는데, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ⁠‘공정거래법’이라 한다) 제2조 제1호의2, 같은 법 시행령 제2조 제1항, 제2항은 지주회사를 ⁠‘주식(지분을 포함한다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 등 현재의 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사’로 정의하면서, 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는지는 ⁠‘회사가 소유하고 있는 자회사 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인지’를 기준으로 판단하도록 규정하고 있다.
한편 구 간접투자자산 운용업법(2007. 8. 3. 법률 제8635호로 제정되어 2009. 2. 4.부터 시행된 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 부칙 제2조로 폐지. 이하 ⁠‘구 간접투자법’이라 한다) 제144조의17 제1항은 ⁠‘사모투자전문회사 또는 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있고, 여기에서 사모투자전문회사란 ⁠‘회사의 재산을 주식 또는 지분 등에 투자하여 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등의 방법으로 투자한 기업의 가치를 높여 그 수익을 사원에게 배분하는 목적으로 설립된 합자회사로서 일정한 요건을 갖춘 회사’를 말하고( 제2조 제4호의2, 제144조의2 제1항, 제2항), 투자목적회사란 ⁠‘그 주주 또는 사원의 전부가 사모투자전문회사이고 사모투자전문회사 재산의 운용방법과 동일하게 투자하는 주식회사 또는 유한회사’를 말한다( 제144조의9 제1항, 제144조의7 제1항 제1호 내지 제5호, 제7호). 지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 이 사건 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있다. 그런데 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사는 투자한 회사의 기업가치를 높여 창출한 수익을 투자자에게 배분하는 것을 주된 목적으로 하여 설립된 회사로서, 수직적 출자구조를 통하여 자회사의 사업을 지속적으로 지배함으로써 소유와 경영의 합리화를 도모하려는 목적으로 설립된 공정거래법상의 지주회사와는 설립목적이나 기능 등이 전혀 다르다. 이러한 이유로 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사의 경우에는 공정거래법 제2조 제1호의2 등에서 정한 지주회사의 요건을 형식적으로 갖추었다고 하여 이를 모두 지주회사로 취급하여 공정거래법상의 각종 행위제한에 관한 규정을 적용하는 것이 적절하지 아니하므로, 구 간접투자법 제144조의17 제1항은 위에서 본 것과 같이 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 10년간 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다. 그리고 구 간접투자법 제144조의17 제3항 본문은 ⁠‘사모투자전문회사 및 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있고,

그 문언 내용과 이 사건 법률조항의 입법 취지 등에 비추어 보면 위 규정에 따라 금융지주회사로 보지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항이 적용되지 아니한다고 봄이 타당한데, 사모투자전문회사나 투자목적회사가 일반 지주회사인지 아니면 금융지주회사인지에 따라 이 사건 법률조항의 적용을 달리할 합리적 이유도 없다. 또한, 공정거래법상의 지주회사에 대하여는 이 사건 법률조항 외에, 주식의 현물출자 등에 의한 설립이나 전환에 대한 과세특례( 구 조세특례제한법 제38조의2), 수입배당금액의 익금불산입제도( 법인세법 제18조의2) 등이 마련되어 있는 반면, 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 그와 별도로 지급배당금의 소득공제제도( 법인세법 제51조의2 제1항 제2호)나 등록세 중과배제제도( 구 조세특례제한법 제119조 제7항) 등이 규정되어 있는 등 세법상의 규율에도 차이가 있다. 위와 같은 관련 규정의 문언 내용과 입법 취지 및 체계, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사와 지주회사의 설립목적 및 기능상의 차이, 그리고 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 조세특례제한법이 이 사건 법률조항(당시에는 제120조 제5항 제8호)을 신설할 당시에는 구 간접투자법에 사모투자전문회사나 투자목적회사에 관한 규정이 아직 없었던 점 등을 종합하면, 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항도 적용되지 않는다고 봄이 타당하다.
 
3.  그런데도 이와 달리, 원심은 구 간접투자법 제144조의17 제1항에 따라 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 투자목적회사인 원고에게도 이 사건 법률조항이 적용된다고 잘못 해석하여, 피고의 이 사건 간주취득세 부과처분이 위법하다고 판단하였다. 따라서 위와 같은 원심의 판단에는 상고이유의 주장과 같이 이 사건 규정과 구 간접투자법 제144조의17 제1항에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.
 
4.  그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

■ 2심 2010누37676 ⁠(선고일자-20110713) 취득세

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【판결요지】

투자목적 회사가 지주회사와 도입 시기, 목적 등에서 서로 차이가 있기는 하나 기업 구조조정을 원활히 한다는 측면에서 양자의 성격은 크게 다르지 않으며 투자전문회사 등이 공정거래법상 지주회사 요건을 갖추었다면 이를 지주회사로 보아 같이 취득세 면제규정을 적용하는 것이 타당하다. 따라서 과세청의 취득세 부과처분은 부당하다.


【전문】


【주문】

 
1.  제1심 판결을 취소한다.
 
2.  피고가 2010. 3. 18. 원고에게 한 취득세 17,111,790원, 농어촌특별세 1,711,170원의 부과처분을 모두 취소한다.
 
3.  소송총비용은 피고가 부담한다.

【이유】


 
1.  제1심 판결 인용 부분이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유 중 ⁠‘1. 처분의 경위 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 나. 관련 법령’까지는 제1심 판결 해당 부분 기재와 같다.
행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 해당 부분을 인용한다.
 
2.  판단가. 지방세법 제22조 제2호, 제105조 제6항은 법인 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 과점주주가 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하여 과점주주에게 취득세 납부의무를 부과하고 있다.
조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사 주식을 취득하는 경우에는 과점주주에 대하여 지방세법 제105조 제6항을 적용하지 아니한다고 규정하여 공정거래법에 따른 지주회사에 대하여 취득세 감면 혜택을 주고 있다.
공정거래법 제2조 1의2호, 공정거래법 시행령 제2조 제1항, 제2항에 의하면, ⁠‘지주회사’란 주식(지분을 포함) 소유를 통하여 국내회사 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사를 말하고, 주된 사업이 되는 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사 주식가액 합계액이 해당 회사 자산총액의 1/2 이상인 것으로 한다.
원고는 2008. 11. 3. 이 사건 주식을 추가로 취득하여 이 사건 법인의 발행주식 총수인 24,952,195주 가운데 약 79.51%인 19,840,100주를 보유하게 되었다. 당시 원고 자산은 1천 억 원 이상이었고 그 후 2009. 6. 30. 기준으로 2천 억 원을 상회하였으며,

그 주식 가액은 자산총액의 약 80%를 차지하였다. 원고는 주식 취득으로 인하여 이 사건 법인 과점주주가 되었고 동시에 공정거래법에 따른 지주회사 요건을 갖추게 되었으므로, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 따라 과점주주에 부과되는 취득세가 면제되고, 취득세 납부의무를 전제로 하는 농어촌특별세 역시 부담하지 않는다.
 
나.  피고는, 간접투자법 제144조의17 제1항은 ⁠‘사모투자전문회사 또는 투자목적회사(이하 ’투자전문회사 등‘이라 한다)에 대하여는 일정한 요건을 충족하는 투자를 하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하여 투자목적회사인 원고에 대하여 지주회사에 관한 규정이 적용되는 것을 배제하고 있으므로,

원고에게는 지주회사에 대한 취득세 면제 조항이 적용될 여지가 없다고 주장한다.
법령이 다른 법령을 인용하고 있는 등으로 서로 다른 법령 간에 같이 해석?적용하여야 하는 것이 당연한 경우가 아니라면 원칙적으로 한 법령에서 사용하는 용어 등을 해석?적용하는 것은 그 법령에 내재하는 체계에 따라야 하고, 다른 법령에서 적용을 배제하고 있다고 하여 해석을 요하는 당해 법령에서도 적용을 배제하여야 하는 것은 아니다. 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 의한 지주회사가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사 주식을 취득하는 경우를 취득세 면제사유로 들고 있을 뿐이고, 공정거래법에 의한 지주회사는 공정거래법 제2조 제1의2호에서 ⁠‘주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사’라고 정의하면서 그 ⁠‘주된 사업’의 기준도 대통령령에 위임하고 있다.
그러므로 조세특례제한법 제120조제6항 제8호에서 규정하는 지주회사는 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호, 공정거래법 제2조 제1의2호 및 그 시행령 제2조 제1항, 제2항에 따라 지주회사 요건을 충족하는 지 여부를 해석하면 충분하다. 간접투자법 제144조의17 제1항은 ⁠‘사모투자전문회사 또는 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있으나, 이는 투자전문회사 등이 공정거래법 제2조 제1의2호가 정한 지주회사 요건을 충족하여 지주회사가 되더라도 그에 대하여 공정거래법상 각종 규제규정을 적용하지 않겠다는 취지에 불과하고, 그와 다른 법령인 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에서 규정하고 있는 지주회사로도 보지 않겠다는 것으로 해석될 수는 없다(더구나 간접투자법 제14조의17 제1항은 공정거래법상 지주회사로 보지 않는다는 것이 아니고 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 할 뿐이다).
나아가 조세특례제한법 입법취지 등에 비추어 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호를 합목적적으로 해석한다 하여도 투자전문회사 등은 지주회사에 해당되지 않는다고 해석할 수는 없다. 그 이유는 다음과 같다.
① 공정거래법상 지주회사 관련 규정 체계를 보면, 제2조에서 지주회사 및 자회사라는 용어에 대하여 정의한 다음 제8조에서는 지주회사를 설립한 경우 공정거래위원회에 신고하도록 하고 있고, 제8조의2 제2항 내지 제5항에서는 부채비율, 자회사 주식 보유비율, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있으며, 같은 법 제66조, 제68조에서는 신고의무를 위반하거나 행위제한규정을 위반한 자에 대하여 벌칙을 부과하고 있다.
입법자는 1990년대 말 외환위기를 맞아 외자유치 및 신속한 기업구조조정 필요성 때문에 1999. 2. 5. 공정거래법을 개정하여 그 동안 금지하여 오던 지주회사제도를 허용하면서 지주회사가 초래할 수 있는 경제력 집중 폐해를 방지하기 위하여 부채비율 제한 등 각종 규제규정을 마련한 것이다. 간접투자법 제144조의17 제1항은 투자전문회사 등이 투자를 수행하는 과정에서 그 본질상 지주회사가 될 가능성이 큰 점을 고려하여 이들이 공정거래법 제2조에서 정한 지주회사 요건을 충족하여 지주회사가 되더라도 원활한 투자활동을 보장해 주기 위하여 지주회사에 대한 각종 규제규정을 일정 기간 배제해 주겠다는 취지로 마련된 것이다. 이는 위 법조문 표제가 ⁠‘지주회사 규제의 특례’인 점, 투자전문회사 등에 대하여 공정거래법 등에 의한 지주회사에 관한 규정을 제한적으로 적용하는 등 관련규제를 대폭 완화하기 위하여 간접투자법을 제정한 것으로 보이는 점 등에 비추어도 분명하다.
② 간접투자법 제144조의17 제3항 본문은 ⁠‘투자전문회사 등에 대하여는 일정한 요건을 충족하는 투자를 하는 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있다.
투자전문회사 등이 금융업 등을 하는 회사에 투자한 경우에는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 않는다는 취지를 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에서 규정하는 공정거래법에 의한 지주회사가 아니라는 것으로 해석하게 되면, 지주회사와 금융지주회사를 구분하지 아니하고 취득세 면제대상으로 규정한 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호와 달리 투자전문회사 등이 투자하는 대상 기업에 따라 취득세 면제 여부가 달라지는 부당한 결과가 초래된다.
공정거래법에 따른 지주회사는 법에서 정한 일정한 요건, 즉 자산총액과 주식요건을 충족함으로써 자유롭게 성립되나 금융지주회사법은 금융의 공공성 등을 고려하여 금융지주회사가 성립하기 위하여는 미리 금융위원회로부터 인가를 받도록 요구함으로써( 금융지주회사법 제2조 제1항 제1호, 제3조, 제4조, 제5조의2 참조) 그 성립 자체를 사전 규제하고 있다.
여기에 금융지주회사법은 오로지 금융지주회사 관련 정의규정과 행위제한규정만으로 구성되어 있다는 특성을 보태어 보면, 간접투자법 제144조의17 제3항 본문에서 ⁠‘금융지주회사로 보지 아니한다’는 문구는 금융업을 영위하는 회사 등 주식을 취득하여 금융지주회사로 성립하는 과정에서 금융지주회사법에서 요구하는 금융위원회 인가를 받지 않아도 되고, 그 후 활동 시에도 법에서 정한 각종 규제규정을 적용하지 않겠다는 취지일 뿐 금융지주회사로 성립하는 것 자체를 부정하는 것은 아니라고 보아야 한다.
간접투자법 제144조의17 제3항본문에도 불구하고 금융지주회사 역시 공정거래법에 따른 지주회사와 마찬가지로 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 의하여 취득세를 면제받는다고 보아야 한다.
③ 공정거래법상 지주회사에 대하여 과점주주에 부과되는 취득세를 면제하는 특례규정은 외환위기 조기 극복을 위하여 1999. 2. 5. 구 공정거래법 개정으로 도입된 지주회사 제도를 뒷받침하기 위한 것이다. 투자전문회사 등은 투자한 회사 기업가치를 높여 그 수익을 사원들에게 배분하는 것을 목적으로 하여 간접투자를 활성화하고 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하며 회사 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급하여 자산운용산업이 발전할 수 있는 계기를 만들고 궁극적으로 투자산업을 발전시키기 위해 2004. 10. 5. 간접투자법에 처음 도입된 제도이다.
그 당시 지주회사의 일종인 투자전문회사 등에 대하여 취득세를 부과하고자 했다면 당연히 취득세 특례 규정을 배제하는 입법조치를 했어야 마땅하다. 그렇지 않은 채 오히려 간접투자법에서 일정 기간 공정거래법상 지주회사 규제를 배제하는 우호적인 입법을 한 것은 투자전문회사 등을 발전시켜 구조조정 등에 필요한 자본 등을 육성시키려는 입법자의 의도를 반영한 것으로 볼 수 있다. 기업의 원활한 구조조정을 위하여 도입된 투자목적회사의 경우에도 다른 지주회사와 마찬가지로 취득세를 감면하여 줌으로써 그 설립을 장려할 필요가 있고, 법령상 이와 다르게 해석할 만한 법적 근거가 없다.
만약 이와 달리 본다면 투자전문회사 등으로서는 단기간에 과도한 취득세를 부담하게 되면서 그 설립 및 활동 과정에서 상당한 제약을 받을 수밖에 없을 것이다. 이는 공정거래법상 지주회사 규제를 배제시키면서까지 구조조정 등에 필요한 자본을 육성하려고 한 간접투자법의 입법취지에 명백히 어긋나는 것으로 보인다.
④ 지주회사는 사원을 두고 영업활동을 하는 등 회사로서의 실체를 가지는 반면 원고와 같은 투자전문회사 등은 처음부터 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사로서 실체를 가지지 않는 투자기구(paper company)에 불과하며, 그 밖에 앞서 본 도입 시기, 목적 등에서 서로 차이가 있기는 하나 기업 구조조정을 원활히 한다는 측면에서 양자의 성격은 크게 다르지 않다. 이러한 점에 비추어 투자전문회사 등이 공정거래법상 지주회사 요건을 갖추었다면 이를 지주회사로 보아 같이 취득세 면제규정을 적용하는 것이 타당하다.
피고는 공정거래법 제2조 제1호의2가 ⁠‘지주회사라 함은 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업내용으로 하는 회사’라고 정의하고 있듯이 지주회사는 자회사 지배를 목적으로 하는 반면 투자전문회사 등이 하는 기업지배는 구조조정이나 기업인수, 합병 등을 통한 투자수익 창출이라는 주된 목적을 위한 수단에 불과하여 양자 간에는 본질적인 차이가 있다고 주장한다.
그러나 지주회사 정의규정에서 말하는 ⁠‘주된 사업’이란 기실 회사가 소유하고 있는 자회사 주식 가액 합계액이 해당 회사 자산총액에서 차지하는 비중이 50% 이상일 것을 요한다는 의미일 뿐이므로 지주회사는 오로지 자산총액과 자산총액 대비 일정한 자회사 주식보유라는 객관적 사실만으로 판정되는 것이고, 자회사 지배기간 역시 지주회사 인정에 아무런 영향을 미치지 못한다. 따라서 공정거래법상 지주회사 요건을 충족하는 이상 모두 동일한 지주회사일 뿐임에도 아무런 법적 근거도 없이 그 추구하는 목적 등을 이유로 취득세 면제 여부를 달리 취급하는 것은 엄격해석 원칙 등을 내용으로 하는 조세법률주의에 명백히 위배되는 것으로 볼 수밖에 없다. 다. 피고는 투자전문회사 등은 공정거래법에 따른 지주회사가 아니라고 보고 이 사건 처분을 하였다.
이 사건 처분은 위법하다.
 
3.  결론제1심 판결을 취소한다. 이 사건 처분을 취소한다.

■ 1심 2010구합6299 ⁠(선고일자-20101014) 취득세

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【판결요지】

문언적, 합목적적, 체계적 해석 결과 투자전문회사 등의 경우에는 면제조항이 적용되지 아니한다고 봄이 상당하므로 처분은 적법하다.


【전문】


【주문】

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】


 
1.  처분의 경위

 
가.  원고는 2006. 5. 10. 간접투자자산운용업법[2007. 8. 3. 법률 제8635호로 폐지되기 전의 것(동법 부칙에 의해 공포 후 1년 6개월 경과한 날부터 시행), 이하 ⁠‘간접투자법’이라 한다]에 기하여 사모투자전문회사의 출자로 설립된 투자목적회사로서 다른 회사의 주식 또는 지분 등에 투자하는 것을 주된 사업목적으로 하고 있다.
 
나.  원고는 주식회사 에이치케이(HK) 상호저축은행(이하 ⁠‘이 사건 법인’이라 한다)의 주식 12,163,705주를 보유하고 있던 중 2008. 11. 3. 다시 이 사건 법인의 주식 7,676,395주(이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)를 추가로 취득하여 결국 이 사건 법인의 발행주식 총수인 24,952,195주 가운데 약 79.51%인 19,840,100주를 보유하게 되었다. 당시 원고의 자산은 1천억 원 이상이었고, 그 후 2009. 6. 30. 기준으로는 2천억 원을 상회하게 되었으며 그 중 주식이 자산총액의 약 80%를 차지하였다.
 
다.  원고는 2008. 12. 2. 피고에게 이 사건 주식의 취득이지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정된 것) 제22조 제2호, 동법 제105조 제6항의 규정에 의해 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때에 해당’하는 것으로 보아 이 사건 법인 소유 이천시 소재 지산컨트리클럽 골프회원권에 대한 취득세 17,111,790원 및 농어촌특별세 1,711,170원(이하 이 사건 ⁠‘자진납부세액’이라 한다)을 자진 신고한 후 같은 해 12. 2. 이를 납부하였다.
 
라.  원고는 2009. 9.경. 종전의 입장을 바꾸어 이 사건 주식의 취득이 "과점주주에 대한 취득세 면제조항인 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제120조 제6항 제8호, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2009. 2. 25. 법률 제9554호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘공정거래법’이라 한다) 제2조에 의해 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우로서 취득세 면제대상"에 해당한다고 주장하면서, 법제처의 행정해석 등을 근거로 피고에게 이 사건 자진납부세액에 관하여 과오납금 환부신청을 하였다.
피고는 이를 받아들여 그 무렵 원고에게 이 사건 자진납부세액을 전액 환급(이하 ⁠‘이 사건 환급결정’이라 한다)하는 한편 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세를 부과하는 처분을 하였다. 마. 그러나 피고는 2010. 3. 18. 이 사건 환급결정이 잘못되었다는 이유로 원고에게 이 사건 취득세 감면분 농어촌특별세를 환부하는 한편 다시 취득세 17,111,790원, 농어촌특별세 1,711,170원(취득세액의 100분의 10)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 
2.  이 사건 처분의 적법 여부가. 원고의 주장원고는 공정거래법상 지주회사이고 이 사건 주식의 취득은 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우에 해당하므로 그로 인하여 비록 이 사건 법인의 과점주주가 되었다고 하더라도 조세특례제한법에 따라 취득세가 면제되어야 한다. 간접투자법 제144조의 17 제1항에서 투자목적회사에 대하여 일정한 경우 공정거래법상 지주회사 규정을 적용하지 않는다는 취지는 그런 경우 아예 지주회사에 해당하지 않는다는 것이 아니라 투자목적회사의 특수성을 감안하여 예외적으로 공정거래법상 지주회사에 대한 규제를 풀어주겠다는 것이므로 이는 오히려 투자목적회사가 지주회사임을 논리적 전제로 하고 있다.
따라서 투자목적회사가 공정거래법상 지주회사에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
 
나.  관련 법령별지 기재와 같다.
 
다.  판단

(1) 문제의 소재원고는 이 사건 주식을 취득함으로써 지방세법 제105조 제6항에 의하여 이 사건 법인의 과점주주가 되었고 공정거래법상 지주회사의 외형적 요건을 충족한 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없다. 그런데 간접투자법 제144조의7 제1항(이하 ⁠‘이 사건 특례조항’이라 한다)에서는 원고와 같은 투자목적회사가 일정한 요건을 갖춘 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호(이하 ⁠‘이 사건 면제조항’이라 한다)에서는 공정거래법에 따른 지주회사가 된 경우 취득세를 면제하도록 규정하고 있다. 따라서 이 사건 특례조항 소정의 ⁠‘공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’의 의미를 투자목적회사는 공정거래법상의 지주회사가 아니어서 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 않는다는 것으로 보아 투자목적회사는 이 사건 면제조항 소정의 ⁠‘공정거래법에 따른 지주회사’가 아니므로 취득세가 면제되지 않는다고 해석할 것인지, 아니면 투자목적회사도 공정거래법상의 지주회사이지만 공정거래법상의 지주회사에 대한 각종 행위제한규정을 적용하지 않는다는 것으로 보아 투자목적회사는 이 사건 면제조항 소정의 ⁠‘공정거래법에 따른 지주회사’가 아니므로 취득세가 면제된다고 해석할 것인지가 문제된다.
(2) 해석기준앞서 본 바와 같이 투자목적회사가 이 사건 면제조항 소정의 ⁠‘공정거래법에 따른 지주회사’에 해당하는지 여부를 판명하려면 이 사건 특례조항 소정의 ⁠‘공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’는 규정에 관한 해석이 불가피하다.
이와 같이 조세법규의 해석상 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 허용된다( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 참조). 즉 법규 상호 간의 해석을 통한 조세 법규의 합목적적 해석은 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 확보하기 위하여 법문언에 반하지 않는 범위 내에서만 허용된다. 또한 이 사건 면제조항은 과세 면제를 규정하고 있으므로 관련 법규 상호 간의 해석을 통하여 당해 면제조항을 합목적적으로 해석하였다고 하려면 평등원칙의 조세법적 표현인 조세평등주의에 반하지 않아야 하므로, 관련 법규의 입법 취지와 목적 등을 고려하여 투자목적회사와 지주회사가 본질적으로 동일한지 여부를 판명함으로써 그 과세 면제를 동일하게 취급할 것인지 여부가 중요한 해석기준이 된다. 나아가 이러한 합목적적 해석은 다른 관련 제도와도 체계적으로 조화를 이루는 해석이어야 한다.
따라서 이하에서는 투자목적회사가 이 사건 면제조항 소정의 ⁠‘공정거래법에 따른 지주회사’에 해당하는지 여부를 판명하기 위하여 이 사건 특례조항의 문언 및 투자목적회사와 지주회사의 법적 지위의 동일성, 다른 관련 제도와의 체계조화성 등에 대하여 살펴본다.
(3) 이 사건 특례조항의 문언적 해석간접투자법 제114조의17 제1항은 "투자목적회사에 대하여는 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다"고 규정하고 있는바, 법문에 비추어 보더라도 ⁠‘지주회사에 관한 규정’에 공정거래법에서 정한 지주회사의 정의규정과 행위제한규정이 모두 포함된다고 봄이 상당하다. 이를 기술적으로 구분하여 지주회사의 정의규정은 포함되지 아니하고 이를 제외한 나머지 행위제한규정만 포함된다고 해석하는 것은 법문에 어긋날 뿐만 아니라, 지나치게 기교적인 구분으로 보인다.
법문 그대로 지주회사의 정의규정과 행위제한규정을 따로 구분할 것 없이 모두 포괄하여, 투자목적회사 등이 비록 공정거래법에 의한 지주회사의 요건에 형식적으로 부합하더라도 이를 지주회사로 보지 아니하고, 따라서 당연히 지주회사에 관한 각종 행위제한규정도 적용하지 아니하겠다는 의미로 해석하는 것이 자연스럽다.
(4) 법규 상호 간의 해석을 통한 합목적적 해석

(가) 조세특례제한법에서 공정거래법상의 지주회사의 취득세를 면제하는 취지정부는 1990년대 말의 외환위기를 맞아 외국자본의 유치 및 기업구조조정의 필요성 때문에 1999. 2. 5. 공정거래법에 그 동안 금지하여 오던 지주회사제도를 도입하였다. 기존의 대규모 기업집단은 계열기업간의 상호출자나 상호보증으로 인하여 하나의 자회사 또는 사업부분의 부실이 기업집단 전체의 도산으로 이어질 위험성이 많았고 실제로도 이런 이유로 인한 사회경제적 폐해가 적지 아니하였다. 이에 비하여 지주회사는 투명경영이 가능한 수직적인 출자구조와 출자금의 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄도산의 위험을 차단할 수 있고, 지주회사와 자회사의 특성을 통해 전략적인 의사결정과 일상적인 의사결정을 분리함으로써 경영의 효율성을 제고하는 등 기업의 소유구조 개선에 이바지할 수 있는 점 등 장점이 크게 부각되었기 때문에 위와 같이 공정거래법을 통해 제도화되었고, 다만 경제력 집중의 폐해를 방지하기 위하여 지주회사에 대하여 일정한 행위를 제한하였다.정부는 이런 시대상황과 제도의 변화에 따라 기존의 기업집단 내에서 지주회사로의 전환이나 또는 지주회사의 신규 설립을 촉진하기 위해 세제지원책으로 1999. 12. 28. 조세특례제한법에 공정거래법상 지주회사에 대하여는 과점주주라도 취득세를 면제하는 규정을 신설하기에 이르렀다.
(나) 투자목적회사의 도입 취지사모투자전문회사는 투자대상 회사의 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분 또는 증권 등에 투자 및 그것을 운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발생하는 집합투자기구이고, 투자목적회사는 회사자산을 사모투자전문회사의 재산운용방법과 같이 투자하는 주식회사 또는 유한회사를 말한다( 간접투자법 제2조, 제144조의2, 이하 ⁠‘투자전문회사 등’이라 한다). 이와 같이 투자전문회사 등은 투자한 회사의 기업가치를 높여 그 수익을 사원들에게 배분하는 것을 목적으로 하여 간접투자를 활성화하고 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하며 회사의 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급함으로써 자산운용산업이 발전할 수 있는 계기를 만들고 궁극적으로 투자산업을 발전시키기 위해 2004. 10. 5. 도입된 것으로 간접투자법에 근거 규정을 두고 있다.
(다) 투자전문회사 등과 지주회사의 법적 지위의 본질적 동일성 여부아래와 같은 점들을 종합하면 투자전문회사 등과 지주회사는 현행법 체계상 그 법적 지위를 본질적으로 달리하는 것으로 보이므로 투자전문회사 등의 경우에는 이 사건 면제조항이 적용되지 않는 것으로 봄이 상당하다.
① 우리나라가 외환위기를 맞아 지주회사 제도를 도입하고 이를 뒷받침하기 위해 과점주주에 대한 취득세 부과규정의 적용을 면제하는 특례규정을 둘 당시 투자전문회사 등과 같은 특수한 형태의 회사는 아예 존재하지도 아니하였고 아울러 장래 그런 특수한 회사 제도가 도입될 것을 예정하였던 것도 아니다.
② 지주회사의 경우 사원을 두고 영업활동을 하는 등 회사로서의 실체를 가지는 반면 원고와 같은 투자전문회사 등은 처음부터 간접투자법 제144조의9 제1항 제4호에 의해 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사의 실체를 가지지 않는 투자기구(paper company)이다.
③ 공정거래법 제2조 제1호의2에서 ⁠‘지주회사라 함은 주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업내용으로 하는 회사’라고 규정하고 있는 바와 같이 지주회사는 자회사의 지배를 목적으로 한다. 반면 투자전문회사 등의 기업지배는 구조조정이나 기업인수, 합병 등을 통한 투자수익의 창출이라는 주된 목적을 위한 수단에 불과하다.
④ 지주회사가 소액의 자본으로 거대자본을 지배하는 등의 폐단을 방지하고자 공정거래법은 각종의 행위제한을 규정하고 있으나, 간접투자법은 투자목적회사 등이 지주회사의 형식 요건을 갖추었다고 하더라도 다른 회사에 대한 지배력 행사가 가능한 형태의 투자를 한 경우에는 그로부터 10년간 이러한 규제를 받지 않도록 명시하고 있다. 이는 투자전문회사 등이 투자활동 과정에서 일시적으로 지주회사와 같은 외형을 갖추었다 하더라도 그 본질이 지주회사와는 달리 투자활동을 통한 수익창출을 목적으로 하고 있으므로 이를 반영하여 원칙적으로 지주회사와 달리 취급하겠다는 것이고, 다만 이러한 투자 상태가 10년 이상 장기간 지속되는 경우에는 그 투자대상회사에 대한 지속적인 지배기능을 수행하는 지주회사의 성격을 갖는 것으로 보아 공정거래법상의 지주회사 규정을 적용하겠다는 취지이다.
⑤ 투자전문회사 등에 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 각종 규제가 그대로 적용될 경우 그 운용을 제약하여 활성화가 어려워지게 된다.
(5) 관련 제도와의 체계조화적 해석간접투자법 제144조의17 제3항은 "투자전문회사 등에 대하여는 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다"고 규정하고 있다. 이 규정의 취지가 앞서 본 이 사건 특례조항의 취지와 다르지 아니한 점에 비추어, 간접투자법 제144조 제3항의 ⁠‘금융지주회사로 보지 아니한다’는 문언을 이 사건 특례조항 소정의 ⁠‘공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’의 의미와 동일하게 보는 것이 자연스러운 해석이다. 만일 이와 같이 해석하지 않고 투자전문회사 등을 금융지주회사로 보지는 않지만 지주회사로는 보는 것이라고 해석한다면, 지주회사와 금융지주회사를 구분하지 아니하고 취득세 면제대상으로 규정한 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호의 문언상 투자전문회사 등이 지주회사의 요건을 갖춘 경우에는 취득세가 면제되고 금융지주회사의 요건을 갖춘 경우에는 취득세가 과세되는 결과에 이르게 된다.
그러나 투자전문회사 등이 투자하는 투자대상기업의 종류에 따라 취득세의 특례 여부를 다르게 정할 합리적인 이유가 없는 점에 비추어 보더라도 그와 같은 해석은 부당하다.
(6) 소결이상에서 살펴본 문언적, 합목적적, 체계적 해석 결과 원고와 같은 투자전문회사 등의 경우에는 이 사건 면제조항이 적용되지 아니한다고 봄이 상당하므로 원고의 주장은 이유 없다.3. 결론그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

출처 : 대법원 2014. 01. 16. 선고 2011두19017 판결 | 사법정보공개포털 판례