요지

지주회사 현물출자로 양도소득세 과세이연된 경우, 지주회사 현물출자로 취득한 주식의 ⁠‘증여’는 과세이연 중단사유인 ⁠‘처분’에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

 주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 1. 13. 원고에게 한 별지 1 처분 목록 ⁠‘경정거부처분세액’ 란 기재 각 양도소득세(합계 *,***,***,***원)에 대한 감액경정 거부처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

    가. bbb시멘트 주식회사는 지주회사 전환을 위해 그 제조사업 부문을 인적분할(이하 ⁠‘이 사건 분할’이라 한다)하고자 하였고, 이에 2013. 10. 2. 존속 분할회사의 상호를 bbb 주식회사(이하 ⁠‘bbb’라 한다)로 변경하고 신설 분할회사의 상호를 bbb시멘트 주식회사(이하 ⁠‘bbb시멘트’라 한다)로 하여 이를 설립하였다.

    나. 원고는 bbb그룹의 회장으로서 2013. 10. 2.까지 bbb의 대표이사 또는 사내이사로 재직하였고, bbb시멘트 신설 이후부터 2020. 3. 20.까지 bbb시멘트의 사내이사로 재직하였으며, 소득세법상 bbb 및 bbb시멘트의 개인 대주주에 해당한다.

    다. 이 사건 분할 당시 bbb는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ⁠‘공정거래법’이라 한다)상의 지주회사 요건을 충족하지 못하였는데, 이를 해결하기 위하여 bbb는 2014. 11. 14.경 공개매수를 실시하여 bbb의 개인 대주주였던 원고로부터 bbb시멘트 주식 334,484주(이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)를 현물출자(이하 ⁠‘이 사건 현물출자’라 한다) 받고 bbb의 주식 250,175주(이하 ⁠‘이 사건 bbb 주식’이라 한다)를 발행하여 원고에게 교부하였으며, 이를 통해 bbb는 공정거래법상 지주회사로 전환되었다.

    라. 원고는 2017. 5. 31. 이 사건 bbb 주식 중 BBB에게 100,000주를, 2020. 4. 10. BBB 및 CCC에게 각 50,000주씩 합계 200,000주를 각 증여하였다(이하 이를 합하여 ⁠‘이 사건 증여’라 한다).

    마. 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘조세특례제한법’은 ⁠‘조특법’이라 한다) 제38조의2 제1항에 따라 이 사건 현물출자로 인하여 발생한 이 사건 주식의 양도차익에 대한 양도소득세는 과세이연 되었는데, 이 사건 증여로 인해 원고는 과세이연 되었던 양도소득세 중 이 사건 증여 대상 주식 부분에 관하여 각 증여 당시의 세율을 적용하여 아래와 같이 신고ㆍ납부하였다.

[ 표 생략 ]

    바. 원고는 2020. 10. 27. 피고에게, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 조특법(이하 ⁠‘개정전 조특법’이라 한다) 제38조의2(이하 ⁠‘개정전 규정’이라 한다) 제3항 제2호에서는 지주회사 주식의 증여를 과세이연 중단 사유로 삼았으나 2010. 12. 27. 개정된 조특법(이하 ⁠‘개정 조특법’이라 한다) 제38조의2(이하 ⁠‘이 사건 규정’이라 한다) 제3항은 종전의 제2호를 삭제하였으므로 이 사건 증여는 더 이상 양도소득세 과세대상에 해당하지 아니한다며 위 각 양도소득세액에 대한 감액경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 1. 13. 이 사건 증여는 이 사건 규정 제1항에서 정하는 ⁠‘처분’에 해당하는 과세이연 중단 사유에 해당한다는 이유로 위 각 경정청구에 대한 거부처분을 하였다(이하 이를 합하여 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

    사. 원고는 이에 불복하여 2021. 1. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 8. 11. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1, 5호증(가지번호 있는 것은 이를 각 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장 요지

   이 사건 규정 및 구 조특법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되고 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개정 시행령’이라 한다) 제35조의4를 체계적으로 해석하여 보면, 다음과 같은 이유에서 이 사건 증여가 이 사건 규정 제1항의 ⁠‘처분’에 포함됨을 전제로 한 이 사건 처분은 조세법률주의를 위반한 것이고 증여는 과세이연의 중단 사유에 해당하지 아니한다.

    1) 2010. 12. 27. 조특법이 개정되면서 이 사건 규정 제3항에서는 ⁠‘증여’를 과세이연 중단 사유에서 삭제하였는바, 이는 지주회사 주식의 증여는 과세이연 중단 사유에 해당하지 아니함을 분명히 한 것이다.

    2) 이 사건 규정 제1항은 대통령령으로 정하는 바에 따른 주식 ⁠‘처분’의 경우에 한하여 과세이연 중단에 따른 양도소득세 과세를 인정하고 있는데, 개정 시행령 제35조의4 제1항은 지주회사 주식의 ⁠‘처분’이 주식의 유상양도임을 전제로 하고 있는바, 재산의 무상이전인 ⁠‘증여’는 이 사건 규정 제1항의 ⁠‘처분’에 포함되지 않는다고 해석되어야한다.

    3) 개정 시행령은 제35조의4 제2항을 삭제함으로써 양도소득세를 과세하는 구체적인 방식에 관한 규정을 두지 않게 되었으며, 이는 개정 조특법이 증여의 경우 양도소득세를 추징하지 않겠다는 입법자의 의사를 반영한 것이다.

  나. 관계 법령

    1) 별지 2 관계 법령 기재와 같고, 이하에서는 관련 규정의 내용을 구체적으로 본다.

    2) 이 사건 규정 제1항에 의하면, 내국법인의 내국인 주주가 2015. 12. 31.까지 일정한 요건을 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 공정거래법에 따른 지주회사를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 ⁠‘처분’할 때까지 양도소득세(개인주주의 경우) 또는 법인세(법인주주의 경우)의 과세를 이연받을 수 있다.

    3) 개정전 규정 제3항 제2호는, 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 주주가 현물출자 등 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 ⁠‘주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우’에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다고 규정하고 있었다. 개정전 규정 제5항의 위임을 받은 구 조특법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개정전 시행령’이라 한다) 제35조의4 제1항은 ⁠“내국법인의 주주인 거주자가 개정전 규정 제1, 2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자 또는 이전하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하는 경우 해당 보유주식의 현물출자 등에 따라 발생하는 소득(이하 ⁠‘주식과세이연금액’이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자 등으로 인하여 취득한 주식 외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자 등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다”고 규정하고, 제2항은 ⁠“개정전 규정 제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우에는 주식과세이연금액 중 해당 사유가 발생한 날 현재 양도하지 아니한 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식에 상당하는 금액에 현물출자 또는 자기주식교환 당시의 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다”고 규정하였다.

    4) 그런데 이 사건 규정에서는 제3항의 내용을 변경하여 ⁠“내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간(이 사건의 경우 2년)에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자 등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자 등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다.”고 규정하면서, 각 호의 사유 중에서 개정전 규정 제3항 제2호의 사유(‘양도소득세의 과세를 이연받은 주주가 현물출자 등 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우’)를 삭제하였고, 제5항을 신설하여 ⁠‘이 사건 규정 제1항 각 호 및 제3항 제3호, 제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다’고 규정하였다. 이 사건 규정 제5항 및 제6항의 위임을 받은 개정 시행령 제35조의3 제12항은 이 사건 규정 제5항의 부득이한 사유 중 이 사건 규정 제1항 제1호 및 제3항 제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우로 ⁠‘지주회사, 전환지주회사 및 제3항에 따른 주주(지배주주) 등이 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우’를 규정하였고, 구 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제1호 나목은 ⁠‘주주 등이 사망하거나 파산하여 주식 등을 처분한 경우’를 그중 하나로 거시하고 있다. 그리고 개정전 시행령 제35조의4 제2항은 개정 시행령에서 삭제되었다.

  다. 판단

   다음과 같은 이유에서, 이 사건 증여는 이 사건 규정 제1항에서 정하는 과세이연 중단 사유인 ⁠‘처분’에 해당한다고 봄이 타당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

    1) 이 사건 규정 제1항은 주주가 해당 지주회사의 주식을 ⁠‘처분’할 때까지 과세이연을 받을 수 있다고 정하고 있는바, 기본적으로 ⁠‘처분’의 문언에 유상양도뿐만 아니라 무상양도도 포함된다고 해석하는 것이 ⁠(그와 다른 취지의 명시적 제한 규정이 없는 한) 비합리적인 해석이라 보기 어렵고, 이 사건 규정 제4항에서는 중간지주회사의 주식에 관한 과세이연 규정을 두면서 ⁠‘금융지주회사의 주식을 양도할 때까지’로 규정하고 있는 등 조특법에서는 ⁠‘처분’과 ⁠‘양도’를 구별하여 사용하고 있으며, 기획재정부의 ⁠‘2010 간추린 개정세법’(을 제3호증의 2)에서는, 이 사건 규정 제1항 각 호에서 사업의 계속성, 지분의 연속성이라는 과세이연 요건(후술하는 바와 같이, 법인세법상 합병ㆍ분할 등 기업구조재편 지원세제에 따른 과세이연 요건과 동일한 구조이다)을 부여하고 사후관리 요건에 관한 제3항 제2호의 ⁠‘지주회사 주식 등을 증여ㆍ상속한 경우’를 삭제하면서 이를 ⁠‘처분에 포함한다’고 설명하고 있는바, 이에 비추어 보면, 입법자가 ⁠‘증여’를 처분에서 제외할 의사에 있었던 것으로 보기 어렵다.

    2) 원고는 이 사건 규정 개정을 통해 개인주주로부터 이연된 양도소득세를 추징하던 방식을 ⁠‘지주회사(법인)’로부터 추징하는 것으로 법 체계가 변경된 것이고, 이를 반영하여 이 사건 규정 제3항을 개정하면서 개정전 규정 제3항 제2호를 삭제한 것이라고 주장한다.

   살피건대, 이 사건 규정 개정을 통해 지주회사 설립ㆍ전환에 대한 과세특례 규정을 정비한 것은 법인세법상 합병ㆍ분할 등 일반적 기업구조재편 지원세제와 동일한 구조로 정비하기 위한 취지에서 이루어졌다(기획재정부 2010 간추린 개정세법).

   개정전 규정은 제1, 2항에서 지주회사 및 전환지주회사 설립 시 내국법인 주주의 과세이연을, 제3항에서 내국법인 주주의 과세이연 중단 사유를, 제4항에서 중간지주회사 주주의 과세이연을 각 규정하고 있었는데, 이 사건 규정이 법인세법의 합병ㆍ분할 등 기업구조개편 지원세제와 동일한 체계로 개정되면서, 제1, 2항은 주주에 대한 과세이연을, 제3항은 지주회사(전환지주회사)에 대한 과세이연 중단사유 및 그에 따른 익금산입의 범위를, 제4항은 중간지주회사 주주에 대한 과세이연을, 제5항은 부득이한 사유에 의한 과세이연 중단의 예외사유를 각 규정하는 체계로 변경되었다.

   특히 개정전 규정 제3항은 지주회사나 자회사에게 사후관리 요건에 해당하는 사정이 발생하거나 주주에게 상속, 증여의 사유가 발생한 경우 과세이연받은 주주에게 과세이연금액을 양도소득세(개인주주의 경우) 또는 법인세(법인주주의 경우)로 과세하는 규정이었던 반면, 이 사건 규정 제3항은 자회사 주식을 취득한 ⁠‘지주회사’에 ⁠‘법인세’를 과세하는 규정으로서 개정전 규정과는 직접적인 관련 없이 합병분할세제 도입에 따라 신설된 조항인 것으로 봄이 타당하다. 따라서 단순히 개정 전ㆍ후의 조특법 제38조의2 제3항 규정만을 서로 비교하여서는 안 된다.

   이 사건 규정 제3항이 가지는 구체적인 의미를 파악하기 위하여는 법인세법상 합병분할 지원세제와 견주어 볼 필요가 있다. 가령 적격합병에 관한 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조 제2항에서 정한 요건, 즉 사업목적의 합병, 지분의 연속성, 사업의 계속성에 관한 요건(이후 2017. 12. 19. 법인세법 개정으로 고용승계 요건이 추가되었다)을 갖춘 적격합병의 경우에는 양도가액을 피합병법인의 합병등기일 현재 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 이처럼 적격합병의 경우 합병법인은 피합병법인의 자산과 부채를 장부가액으로 양도받은 것으로 보지만, 그 사후관리에 있어서는 자산과 부채를 결산서상 시가로 계상하고 시가와 피합병법인의 장부가액과의 차액을 자산조정계정으로 계상하는데(법인세법 시행령 제80조의4 제1항), 이는 향후 적격합병에서 이탈할 경우 비적격합병으로 보아 합병법인에게 세금을 추징하기 위한 것으로, 구 법인세법 제44조의3 제3항은 합병법인이 실제로 적격합병에서 이탈하게 될 경우 적격합병에서 이탈된 사업연도에 자산조정계정 합계액을 익금에 산입하도록 하고 있다. 이 사건 규정 제3항은 이에 대응되는 규정으로서 개정전 규정에서와 같이 지주회사 주식을 취득한 개별 주주에 대한 과세이연 중단사유에 관한 규정이 아니다.

    3) 오히려 합병분할세제와 동일한 구조를 취한 이상 개정전 규정 제3항과 같은 개별주주에 대한 과세이연 중단사유에 관한 규정이 더 이상 필요하지 않게 되었던 것이고, 개정전 규정 제3항과 이 사건 규정 제3항을 단순 비교하여 개정전 규정 제3항 제2호를 삭제한 것이 개인주주로부터는 더 이상 과세이연된 양도소득세를 추징할 수 없도록 개정한 것이라고 할 수 없다.

   즉, 합병세제에서 피합병법인의 주주는 원칙적으로 의제배당소득에 대한 법인세 또는 소득세의 납세의무를 부담하여야 할 것이나, 적격합병으로서 과세이연요건을 갖춘 경우 피합병법인의 주주는 합병법인이 발행한 합병교부주식가액을 종전 피합병법인 주식의 장부가액(개인주주의 경우 취득가액)으로 평가한다. 이는 피합병법인의 주주 입장에서는 과세이연요건을 갖춘 경우 피합병법인 주식이 합병법인의 주식으로 형식적으로 교체된 것에 불과하고 현금화되어 실현되었다고 할 수 없으므로 기업조직재편을 위한 세제 지원 차원에서 종전 주식의 미실현투자수익을 합병시점에서 과세하지 않고 종전 주식의 장부가액 내지 취득가액으로 평가하는 것이다. 이때, 피합병법인 주주에 대한 과세이연 요건에서는 지분의 연속성 요건 이외에 주식 등의 보유에 관한 요건(즉, 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것)을 배제하고 있는데[구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 제1호 나목], 이는 주주에게 과세되지 않은 의제배당소득은 어차피 나중에 주주가 주식을 처분할 때 그로 인한 처분이익이 과세될 것이라는 점을 반영한 것이다. 즉, 추후 처분시점에 자연히 양도차익이 발생되고 그에 대한 양도소득세(개인주주의 경우) 또는 법인세(법인주주의 경우)를 납부할 것이기 때문에 주주 단계에서의 과세이연 중단사유를 별도로 규정할 필요가 없는 것이고, 합병ㆍ분할 지원세제와 동일한 구조로 개편된 지주회사 설립ㆍ전환에 관한 이 사건 규정에서도 그와 마찬가지로 개정전 규정 제3항과 같은 규정, 즉 주주 단계에서의 과세이연 중단사유에 관한 규정을 별도로 둘 필요가 없게 되어 이를 개정한 것이지 개인주주로부터는 더 이상 과세이연된 양도소득세를 추징할 수 없도록 하겠다는 취지에서 이 사건 규정 제3항을 개정한 것이 아니다.

   이와 같은 취지에서 이 사건 규정 제3항이 개정된 이상 주식과세이연을 받은 주주에 대한 규정인 개정전 시행령 제35조의4 제2항을 삭제한 것은 자연스러운 것이다. 나아가 개정전 시행령 제35조의4 제2항은 ⁠“거주자 등은 법 제38조의2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 주식과세이연금액 중 해당 사유가 발생한 날 현재 ⁠‘양도하지 아니한’ 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식에 상당하는 금액에 현물출자 또는 자기주식교환 당시의 소득세법 제104조 제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다.”고 규정하고 있었는데, 이는 과세이연 중단 사유가 발생하였다면 양도하지 아니한 주식에 대하여도 현물출자 당시를 기준으로 하여 과세이연된 금액을 납부하도록 한 규정으로서, 개정전 시행령 제35조의4 제2항을 삭제하였다고 하여, 원고 주장과 같이, 양도소득세를 과세하는 구체적 방식에 관한 규정이 삭제된 것이라거나 그로 인해 증여의 경우에는 양도소득세를 추징하지 않겠다는 입법자의 의사가 반영된 것이라 해석할 수 없다.

    4) 또한 개정전 규정에서 지주회사 주식의 증여를 일률적으로 양도소득세의 과세이연 중단사유로 정하였던 것은 일단 주식의 증여가 이루어진 이상 증여의 목적이 무엇인지, 수증자가 누구인지를 불문하고 법인의 소유 및 지배관계가 변경된다는 점에 근거하였던 것으로(헌법재판소 2016. 5. 26. 선고 2015헌바176 결정), 이에 비추어 보면, 이 사건 규정 제3항 제2호를 삭제한 것은 ⁠(앞서 본 바와 같이 기업구조재편 지원세제 개편에 따라 규정체계를 정비하기 위함인 것이지) 반성적 고려 차원에서 이루어진 것이라 할 수 없다.

    5) 원고는 개정 시행령 제35조의4 제1항 후단에서 지주회사 주식의 ⁠‘양도’를 전제로 하여 양도소득세의 계산 방법을 규정하고 있으므로 이 사건 조항의 ⁠‘처분’은 유상양도를 의미한다는 취지의 주장을 한다.

   그러나 ① 개정 시행령 제35조의4 제1항 후단의 규정은 주주가 지주회사 주식을 제3자에게 양도하는 경우 그 양도소득세를 계산하는 구체적인 방법을 정한 규정에 불과한 것으로 볼 수 있는 점, ② 지주회사 주식을 취득한 주주가 주식을 양도할 경우에는 과세이연된 부분과 현물출자 이후에 발생한 양도소득 부분이 혼재되어 있어 그 취득가액 및 양도차익 산정에 관한 규정이 필요한데 위 규정은 그 방식에 관한 규정을 마련한 것으로 보이는 점, ③ 지주회사 주주가 주식을 증여한 경우 증여자는 이미 납세의무가 성립한 기존 보유주식의 현물출자로 인한 양도소득에 대한 양도소득세를 소득세법에 따라 납부하면 되고 현물출자 이후부터 증여 시점까지의 가치 증가분에 대하여는 이를 고려할 필요가 없으며(주식을 증여받은 수증자는 그 당시의 시가에 따라 증여세를 납부하므로 조특법에 별도로 증여세 부과방법을 규정할 이유가 없다), 개정전 규정 및 개정전 시행령에서도 증여로 인한 과세이연 중단 시 양도소득세 계산 방법에 관한 규정을 별도로 명시하고 있지 않았던 점 등을 종합하여 보면, 개정 시행령 제35조의4 제1항 후단에서 ⁠‘양도’에 대한 규정만을 두고 있다고 하여 이 사건 규정 제1항의 ⁠‘처분’이 유상양도만을 의미하는 것이라 단정할 수는 없다.

    6) 소득세법 제88조 제1호에서는 ⁠“양도란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다.”고 정의함으로써 현물출자 또한 양도에 속함은 분명하다. 이처럼 우리 세법은 현물출자를 자산의 양도에 해당한다고 보아 미실현이득의 과세계기로 삼고 있으므로, 현물출자 시에 그 미실현이득에 대한 과세가 이루어짐이 원칙이다. 즉, 출자자가 내국법인인 경우에는 해당 자산의 양도금액이 익금에, 그 자산의 현물출자 당시의 장부가액이 손금에 각 산입되고, 출자자가 거주자인 경우에는 그 자산의 양도차익(양도금액 – 취득가액)에 대해 양도소득세가 부과된다.

   그럼에도 불구하고 이 사건 규정 제1항 및 제2항은 지주회사의 설립이나 전환 등을 위하여 지주회사 등에 주식을 현물출자 하는 경우 주식의 양도차익에 대하여 한시적, 예외적으로 과세이연 혜택을 부여하고 있는데, 이는 지주회사 중심의 단순한 지배구조를 유도하여 기업 지배구조의 투명성을 확보하고 기업구조조정을 활성화하려는 취지에 기인한 것으로서, 이는 지주회사에 주식을 출자하더라도 지주회사를 통하여 출자한 주식을 간접적으로 소유․지배한다는 점에 착안한 것인데, 현물출자로 인해 취득한 지주회사의 주식을 증여한 경우에는 현물출자 된 주식에 대한 간접적 소유․지배가 더 이상 존재하지 않게 된다. 다시 말해 이 사건 규정에 따라 과세를 이연하여 주는 이유는 양도된 자산의 소유자가 실질적으로는 변경된 바가 없다는 데에 착안한 것인데, 그 소유자가 증여로 인해 변경된 경우에는 이 사건 규정에서 달성하고자 하는 지주회사의 설립이나 전환을 통한 기업구조조정 촉진이라는 목적과는 무관한 것이고 현물출자 된 주식에 대한 간접적 소유․지배관계도 존재하지 않게 되므로 더 이상 과세이연 혜택을 부여할 필요가 없다(대법원 2015두40569 판결 취지 참조). 이 사건 규정에서 지분의 연속성 요건을 과세특례 요건으로 삼고 있는 것 또한 마찬가지의 취지이다.

    7) 원고는 또, 증여받은 재산의 소득세법상 취득가액을 증여자의 취득가액을 그대로 이어받는 것이 아니라 증여일 현재의 시가로 증액하는 이른바 ⁠‘step-up’ 방식을 취하여 산정하고(소득세법 시행령 제163조 제9항) 증여자의 미실현이익에 대하여는 과세하지 않는 구조를 취하고 있는데, 이에 비추어 볼 때, 개정 시행령 제1항을 적용함에 있어서 향후 증여가 있더라도 현물출자 등으로 과세이연된 소득에 대하여 별도로 추징할 수 없다고 보는 것이 세법의 체계적 해석에 부합한다는 취지로 주장한다.

   그러나 지주회사 설립 또는 전환 이후 지주회사 주식을 증여한 경우 지배관계 변경으로 인해 더 이상 과세이연을 허용할 이유가 없는 점, 원칙적으로는 현물출자 시에 주주로 하여금 양도소득세를 부담하도록 하였어야 할 것을, 증여를 계기로 삼아 그 원칙에 따라 당초 부담하였어야 할 세액을 부담시키는 것인 점, 증여로 인해 수증자는 원고가 언급하는 step-up 방식에 따라 그 당시의 시가를 기준으로 하여 증여세를 부담하므로, 원고 주장과 같이 세법 체계에 부합하지 않는다고 할 수 없는 점, 다시 말해 기업구조재편 지원세제는 ⁠‘유상양도’와 ⁠‘실질적 변화’가 있으면 과세한다는 구조를 취하는데, 이 사건 현물출자로 인해 유상양도가 있었고, 이 사건 증여로 인해 실질적 변화가 있었는바, 이 사건 증여를 계기로 삼아 당초의 유상양도 시에 과세되었어야 할 양도소득세를 부담시키는 것은 오히려 기업구조재편 지원세제의 체계에도 부합하는 점 등을 종합하여 보면, 원고의 위 주장 또한 받아들이기 어렵다.

    8) 이 사건 규정 제5항에서는 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 처분이 있었음에도 불구하고 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 보아 과세이연을 허용하고 있고, 그 위임을 받은 개정 시행령 제35조의3 제12항 및 구 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제1호에서는 ⁠‘부득이한 사유’를 거시하고 있는데, 구 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제1호 나목은 ⁠‘주주 등이 사망하거나 파산하여 주식 등을 처분한 경우’를 규정하면서도 지주회사 주식을 증여한 경우에 대하여는 ⁠‘부득이한 사유’로 거시하고 있지 않다.

   원고는, 세법은 상속과 증여를 동일하게 취급하고 있고 이를 차별적으로 취급하는 것은 조세공평에 반하며 상속에 대하여는 과세이연된 양도소득세를 과세하지 않으면서 증여에 대해서만 과세하는 것은 세법 체계에 부합하지 않는다는 취지로 주장한다. 그러나 상속은 피상속인의 사망으로 인해 피상속인의 적극ㆍ소극재산이 포괄적으로 상속인에게 이전되는 반면 증여는 증여자의 증여라는 법률행위로 인해 개별적으로 재산이 이전되는바, 그 성격이 동일하다고 볼 수 없는 점, 상속과 증여가 무상이전의 성격을 가지고 있다는 점을 고려하여 상속세 및 증여세법이라는 하나의 법률을 통해 상속세와 증여세를 규정하고 있기는 하나 그 과세구조, 세율 등이 상이한 점, 따라서 상속에 대하여는 과세이연을 유지하면서 증여에 대하여는 과세이연 중단사유로 삼는 것 자체가 세법 체계에 부합하지 않는다고 할 수 없는 점, 오히려 입법자의 의사는 증여에 대하여는 예외적 과세이연의 혜택을 부여하지 않겠다는 의사인 것으로 봄이 합리적 해석인 점 등을 종합하여 보면, 원고의 위 주장 또한 이유 없다.

    9) 원고는 또, 지주회사 주주가 현물출자를 통해 취득한 주식의 가치가 급락한 경우에 그 주식을 양도하였다면 납부할 양도소득세가 거의 없는 반면, 증여한 경우에는 과세이연된 양도소득세를 전액 납부해야 하므로 증여를 한 자에게 부당하게 불이익한 결과가 발생하고, 거래형식을 증여로 선택하였다고 하여 그에 대해 일종의 패널티를 부여하는 것은 제도의 취지에도 부합하지 않는다고도 주장한다.

   그러나 이 사건 규정에서 과세이연 되는 양도소득세의 과세대상은 ⁠‘기존 보유주식의 현물출자를 통해 얻은 이익’인 점, 원고가 든 가정적 상황과 반대로 주식가치가 상승한 경우에는 양도로 처분할 경우 양도소득세 부담이 더 커질 수 있는 점, 양도소득세의 납세의무자는 양도인이고 증여세의 납세의무자는 수증자인 점을 비롯하여 양도와 증여는 그에 적용되는 세법이나 납세의무자, 과세방식이 다르고 현물출자 이후 양도를 한 경우와 증여를 한 경우에 부담하는 세액의 다소를 단순 비교할 수는 없는 점 등을 고려하여 보면, 원고의 위 주장 또한 이유 없다.

3. 결론

   그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 07. 06. 선고 서울행정법원 2021구합61277 판결 | 국세법령정보시스템