요지

토지 및 건물의 매도가액을 구분하지 않고 일괄매도하는 방식으로 매매계약을 체결하였고, 토지에 관한 감정평가액만 있는 경우 이 사건 양도가액을 토지 및 주택의 기준시가로 비례안분하여 토지의 매도가액을 결정하고 이에 따라 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 한 부과처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

제1심판결을 취소한다. 주위적으로, 피고가 원고에 대하여 2021. 2. 15. 한 2017 사업연도 법인세 157,705,460원(가산세 49,632,493원 포함)의 부과처분 및 2021. 2. 1. 한 소득자를 A, 소득금액을 763,483,337원으로 하는 소득금액변동통지가 각 무효임을 확인하고, 예비적으로, 위 부과처분 및 통지를 각 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

  이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결문의 각 해당 부분을 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 4면 19행 다음에 아래 ⁠“【 】” 기재를 추가한다.

【 3) 피고는 원고에게 소득자를 A, 소득금액 763,483,337원(= 피고가 산출한 이 사건 토지의 양도가액 900,683,337원 - 원고가 신고한 이 사건 토지 부분의 매매대금 137,200,000원)을 상여로 하여 소득금액변동통지를 하였으므로 피고는 원고에 대한 법인세를 산출함에 있어서 위 763,483,337원을 손금에 산입하여야 함에도 손금에 불산입한 것은 위법하다.

    4) 피고가 원고에게 위 763,483,337원에 대하여 법인세를 부과하면서 A에게도 위 금액에 관하여 소득세를 부과한 것은 이중과세에 해당하여 위법하다.

    5) 구 법인세법 시행령 제89조 제5항은 ⁠‘제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 해당법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.’고 규정하고 있음에도, 피고는 위 규정을 위반하여 시가와의 차액을 익금에 산입하여 원고의 소득금액을 계산하지 않았으므로 이 사건 법인세부과처분은 위법하다.

    6) 원고는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호의 규정을 신뢰하여 이 사건 토지에 대한 감정가액 137,200,000원으로 법인세 신고를 한 것이어서 원고가 이 사건 토지의 매매대금 중 이 사건 토지 부분을 137,200,000원, 이 사건 주택 부분을 815,450,000원으로 각 신고한 것을 원고의 책임으로 돌릴 수는 없는 것이므로, 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다. 따라서 이 사건 법인세부과처분 중 적어도 가산세 부분은 위법하다. 】

○ 5면 12행의 ⁠“라. 실체적 위법 주장에 관한 판단”을 ⁠“라. 부당행위계산 부인에 관한 판단”으로 고쳐 쓴다.

○ 7면 16행 다음에 아래 ⁠“【 】” 기재를 추가한다.

【 이에 대하여 원고는, 거래 목적물의 시가를 알 수 없을 때 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 계산을 할 경우 감정평가법인이 감정한 가액이 있다면 ⁠‘감정가액의 비율로 안분한 금액’이 아니라 ⁠‘감정한 가액 자체’와 비교하여 부당행위계산 부인 여부를 판단하여야 한다고 주장한다.

    그러나 이 사건 매매계약의 목적물 중 이 사건 토지의 감정평가액만이 존재하고 이 사건 주택의 감정평가액이 존재하지 않음은 앞서 본 것과 같으므로, 원고의 주장과 같이 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 ⁠‘감정한 가액 자체’와 이 사건 토지의 양도가액을 비교하여 부당행위계산 부인 여부를 판단해야 한다고 해석할 수는 없다. 원고의 위 주장은 이유 없다. 】

○ 8면 11행의 ⁠“제3호”를 ⁠“제2호”로 고쳐 쓴다.

○ 12면 5행 다음에 아래 ⁠“【 】” 기재를 추가한다.

【 ⑤ 원고는 이 사건 매매대금을 안분하여 이 사건 토지 및 이 사건 주택의 양도가액을 산정하는 것이 타당하다고 하더라도 구 부가가치세법 시행령 제64조 제2호에 의하여 이 사건 매매대금을 이 사건 토지와 이 사건 주택의 각 취득가액의 비율로 안분하여 계산해야 한다고 주장한다.

    원고는 2013. 6. 17. 이 사건 토지를 2013. 5. 31. 자 매각허가결정에 따라 매각가격 32,116,000원에 취득하였고, A이 2014. 1. 10. 이 사건 주택을 매매대금 10,500,000원에 취득하였음은 앞서 본 것과 같고, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제2호는 ⁠‘토지와 건물 등 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.’고 정하고 있다.

    그러나 ㉮ 부동산의 경우 매매 시점에 따라 시가의 변동이 있을 수 있고 일반적으로 매매계약의 경우에 비하여 경매절차의 매매가액이 낮은 경우가 많은 점, ㉯ A이 이 사건 주택을 취득한 시점인 2014. 1. 10.은 원고가 이 사건 토지에 대한 매각허가결정이 내려진 시점인 2013. 6. 17.로부터 약 7개월이 경과한 시점이어서 이 사건의 경우와 같이 토지와 주택을 일괄적으로 매매한 경우에 취득 시점이 다른 이 사건 토지와 이 사건 주택의 각 취득가액의 비율대로 안분계산 한다면 매매대금의 비율에 왜곡이 발생할 것으로 보이는 점 등을 고려하여, 원고의 위 주장도 받아들이지 않는다.

  ⑥ 원고는 원고와 A이 이 사건 매매대금 중 이 사건 토지 부분을 137,200,000원, 이 사건 주택 부분을 815,450,000원으로 협의하여 배분한 것은 당사자의 자유이자 권한이므로, 피고가 임의로 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 부분 900,683,337원, 이 사건 주택 부분 51,966,663원으로 정한 것은 계약자유의 원칙에 반한다고 주장한다.

    그러나 ㉮ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 적정하고 공평한 법인세 부과를 실현하기 위하여 구 법인세법 제52조와 관계 법령에서 정하는 일정한 요건에 따라 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 한하여 부당행위계산을 부인할 수 있는 점, ㉯ 이 사건 기록상 드러나는 제반 사정을 고려할 때, 원고의 법인세 신고 등은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 해당한다고 판단되는 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 주장하는 사정만으로는 피고가 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 부분 900,683,337원, 이 사건 주택 부분 51,966,663원으로 각 정하여 이 사건 법인세부과처분을 한 것이 계약자유의 원칙에 반한다고 할 수 없다. 원고의 위 주장 역시 받아들이지 않는다.

  ⑦ 원고는 부당행위계산 부인을 판단함에 있어서 구 부가가치세법 시행령 제64조 제3호, 이 사건 고시 제2조를 준용 내지 유추적용하여 계산하는 것은 조세법률주의에 반한다고 주장한다.

    그러나 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 그렇지만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 불가피하다(대법원 2017. 10. 12. 선고 2016다212722 판결 등 참조). 이 사건의 경우 이 사건 매매대금을 이 사건 토지와 이 사건 주택의 시가로 안분계산 하여야 함에도 이 사건 토지와 이 사건 주택의 시가를 알 수 없고, 이 사건 주택에 대한 감정평가서는 존재하지 않아 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호를 적용하여 계산할 수도 없으며, 이 사건 주택에 관한 개별주택가격은 이 사건 토지를 포함한 가격이고 개별공시지가는 이 사건 토지에 대한 것이어서 구 상증세법 제61조 제1항에 따라 평가한 가액을 이용하여 그 비율로 안분하여 계산하는 것도 불가능하다.

    피고는 앞서 본 ① 내지 ④의 각 사정들을 고려하여 구 부가가치세법 시행령 제64조 제3호, 이 사건 고시 제2조를 준용 내지 유추적용하여 부당행위계산 부인의 기준이 되는 시가를 산정한 것이므로, 원고가 주장하는 사정만으로 조세법률주의에 위반된다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다. 】

○ 14면 2행 다음에 아래 ⁠“【 】” 기재를 추가한다.

【 ④ 원고는, 이 사건 매매대금 중 이 사건 토지의 양도가액을 137,200,000원, 이 사건 주택의 양도가액을 815,450,000원으로 각 정한 것은, 원고 대표이사 A이 이 사건 토지 및 이 사건 주택을 매수인 B에게 시가 이상의 가격으로 매도한 특별한 기여에 대한 대가와 B이 원고가 이 사건 토지 및 이 사건 주택을 시가보다 높게 매도하였다는 이유로 A을 고소하고, 민사소송을 제기하여 A이 이로 인하여 받은 금전적, 육체적, 정신적 고통에 대한 보상이 반영된 것으로서 경제적 합리성이 결여되었다고 볼 수 없다고 주장한다.

    그러나 ㉮ 원고의 대표이사 A이 이 사건 토지 및 이 사건 주택의 매매대금을 협의한 것과 그와 관련하여 소송을 수행한 것은 원고 대표이사로서의 당연한 역할로 보이는 점, ㉯ 원고 주장에 의하면 원고 대표이사 A에게 위와 같은 기여에 대한 대가와 보상으로 7억 원 이상의 매매대금을 추가로 분배하는 것으로 볼 수 있어 그 역할에 비하여 과도한 보상이라고 여겨지는 점, ㉰ 원고가 신고한 이 사건 토지 부분의 매매대금은 이 사건 고시 제2조에 따라 산정한 이 사건 토지의 매매대금보다 현저히 적은 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정만으로는 원고가 이 사건 토지를 과소평가하여 이 사건 매매대금을 분배한 행위가 건전한 사회통념이나 거래관행상 경제적 합리성을 갖춘 적정한 조치라고 보기 어렵다. 】

○ 14면 11행 다음에 아래 ⁠“【 】” 기재를 추가한다.

【 마. 손금불산입 위법 주장에 관한 판단

    1) 관련 법리

      구 법인세법 제19조 제1항은 ⁠‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.’고 규정하면서, 제2항에서는 ⁠‘제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.’고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제43조 제1항은‘법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다.’고 규정하고, 같은 조 제2항에서는 ⁠‘법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관‧주주총회‧사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.’고 정하고 있다.

      또한 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 구 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호, 제26조 제1호, 법인세법 시행령 제43조 제1항의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적ㆍ계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 참조).

    2) 판단

      을 제9호증의 기재에 의하면, 피고는 원고에게 피고가 산출한 이 사건 토지의 양도가액 900,683,337원과 원고가 신고한 이 사건 토지 부분의 매매대금 137,200,000원의 차액 763,483,337원을 상여 처분하여 소득금액변동통지를 한 사실은 인정된다(을 제9호증 9, 10면 참조). 그러나 부당행위로 인하여 소득유출액을 상여로 처분하더라도 원고로서는 당연히 손금에 산입할 수 있는 것은 아니고 법인세 관련 법령에 의하여 정하여진 요건에 따라 손금에 산입할 수 있는 것인데, 원고의 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의한 금액을 초과하지 않고 지급한 경우임을 인정할 증거가 없으므로 구 법인세법 시행령 제43조 제2항에 의하여 손금불산입 대상에 해당하고, 앞서 본 것과 같이 원고가 이 사건 매매대금 중 이 사건 토지 부분 대금을 낮게 신고한 것은 원고의 소득을 부당하게 감소시키려는 의도가 있는 것으로 볼 수 있어서 구 법인세법 시행령 제43조 제1항에 의한 ⁠‘이익처분에 의하여 지급하는 상여금’에 해당할 여지도 있다.

      따라서 원고가 763,483,337원을 상여 처분하였음에도 이를 해당 사업연도의 손금에 산입하지 아니한 피고의 조치가 위법하다고 볼 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

  바. 피고가 이중과세하였다는 주장에 관한 판단

    원고는, 피고가 원고에게 법인세를 부과하고 다시 원고 대표이사 A에게 소득세를 부과하는 것은 이중과세에 해당한다고 주장한다.

    그러나 법인세와 소득세는 과세목적, 과세대상, 과세방식, 과세표준, 납세의무자 등을 달리하는 전혀 별개의 세목으로, 설령 원고 주장과 같이 손금불산입으로 인하여 근로소득만 인정하고 그에 대응하여 지출된 법인의 비용을 부인하는 결과가 되어 소득세 및 법인세가 함께 부과된다고 하더라도 과세대상, 납세의무자를 달리하는 이상 이중과세의 문제는 발생하지 않는다[대법원 2021. 2. 25. 자 2020두54203 판결, 광주고등법원(제주) 2020. 10. 28. 선고 2020누1287 판결 참조].

    앞서 살펴본 것과 같이 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 부분 137,200,000원, 이 사건 주택 부분 815,450,000원으로 각 나눈 행위가 부당행위계산에 해당하는 이상, 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 부분 900,683,337원, 이 사건 주택 부분 51,966,663원으로 안분한 다음 이를 기초로 원고에게 이 사건 법인세부과처분을 하고, A에게 소득세부과처분을 하는 것이 이중과세가 된다고 할 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 역시 이유 없다.

  사. 구 법인세법 시행령 제89조 제5항을 위반하였다는 주장에 관한 판단

    구 법인세법 시행령 제89조 제5항은 ⁠‘제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.’고 정하고 있다.

    을 제9호증의 기재에 의하면, 피고는 원고에게 2017 사업연도 법인세에 관하여 결산서상 당기순손익을 83,566,550원으로 하고, 소득조정금액의 익금산입을 763,483,337원으로 하여 차가감 소득금액을 계산한 뒤 이에 대하여 과세표준을 640,364,857원으로 산출 후 차감 세액계 108,072,971원, 가산세액 49,632,493원 총결정세액 157,705,464원으로 결정하여 고지하였다(을 제9호증 2면 참조). 이처럼 피고는 구 법인세법 시행령 제89조 제5항에 따라 원고의 2017년도 당기손순익 83,566,550원에 피고가 산출한 이 사건 토지 양도가액과 원고가 신고한 이 사건 토지 양도가액과의 차액 763,483,337원을 익금에 산입하여 원고의 2017년도 소득금액을 계산하여 법인세를 산출한 것이므로, 원고가 주장하는 위법이 있다고 할 수 없다.

    따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

  아. 가산세 관련 주장에 관한 판단

    1) 관련 법리

      세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑義)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2011두17776 판결 등 참조).

    2) 판단

      앞서 본 것과 같이, ① 원고는 1차 소명에서는 이 사건 매매대금 중 이 사건 토지 부분을 52,650,000원, 이 사건 주택 부분을 900,000,000원으로 기재하였다가 2차 소명에서는 이 사건 토지 부분을 137,200,000원, 이 사건 주택 부분을 815,450,000원으로 기재하여 이 사건 매매대금의 안분방법을 사후적으로 수정한 점, ② 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호에서는 구 상증세법 제60조를 준용하고 있지는 않으나 같은 법 제61조부터 제66조까지 규정을 준용하고 구 상증세법 시행령 제49조 제3항은 구 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 토지와 그 토지에 정착된 건물 기타 구축물의 가액이 구분되지 아니하는 경우에 그 가액을 안분계산 하도록 되어 있는 점 등을 종합하면, 원고가 2017 사업연도 법인세 기한 후 신고를 하면서 이 사건 매매대금 중 이 사건 토지 부분을 137,200,000원으로, 이 사건 주택 부분을 815,450,000원으로 각 정한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 해당하는 것으로 보일 뿐이고 달리 원고에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

      따라서 원고의 이 부분 주장 또한 받아들일 수 없다. 】

2. 결론

  그렇다면 원고의 이 사건 주위적 및 예비적 청구는 이유 없어 모두 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산고등법원 2023. 07. 19. 선고 부산고등법원 2023누20539 판결 | 국세법령정보시스템