요지

특허권에 대한 감정평가서는 신뢰하기 어렵고, 대표이사로서의 지위, 특허권 관련 매출이 없다는 확인서 등으로 보아 실질과세원칙을 적용하여 원고에게 유보된 이익을 대표이사에게 분여한 이익처분으로 본 부과처분은 정당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 2020. 11. 16. 한 2018사업연도 법인세 152,205,630원, 2019사업연도 법인세 180,804,410원의 각 부과처분 및 2020. 11. 18. 한 2018사업연도 5,537,973,500원에 대한 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2003. 11. 24. 천공 및 발파공사, 기타 토목공사 등을 목적으로 설립된 회사이고, NNN은 2013. 11. 11.부터 2019. 11. 11.까지는 원고의 사내이사로 재직하였고, 현재는 원고의 대표이사로 재직 중이다.

 나. 원고는 2018. 3. 28. NNN으로부터 아래 표와 같은 특허권을 55억 2,000만 원(이하 ⁠‘이 사건 대금’이라 한다)에 양수하기로 하는 특허권 양수도계약을 체결하면서, 이 사건 대금 중 원천징수세액 242,880,000원을 제외한 5,277,120,000원 중 ① 36억 원은 원고의 NNN에 대한 가지급금과 상계하고, ② 13억 원은 원고 명의로 체결된 HHHH보험의 수익자를 원고에서 NNN으로 변경하였으며, ③ 377,120,000원은 NNN 명의의 계좌로 이체하였다. 그 후 원고는 이 사건 특허권을 무형자산으로, 이 사건 특허권의 2018년 및 2019년 감가상각비 합계 1,437,040,000원을 비용으로 각 계상하여 회계처리를 하였다.

 다. OO지방국세청은 2020. 8. 12.부터 2020. 9. 25.까지 원고에 대한 세무조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 피고에게 이 사건 특허권의 실질적 소유권이 원고에게 있음을 전제로 원고가 이 사건 특허권을 NNN에게 이전한 뒤 다시 권리를 취득하는 거래 형식을 가장하여 법인자금을 부당하게 유출하였으므로 이 사건 특허권의 양수대금, 이 사건 특허권 관련 감가상각비를 손금불산입하라는 취지 등이 포함된 과세자료를 통보하였다.

 라. 이에 피고는 원고에 대하여 2020. 11. 16. 이 사건 특허권의 양수대금 및 이 사건 특허권의 감가상각비를 손금불산입하면서 2018사업연도 법인세를 152,205,630원으로, 2019사업연도 법인세 180,804,410원으로 각 경정·고지하고, 2020. 11. 18. 2018년 귀속 NNN의 소득금액을 5,537,973,500원, 소득종류를 상여로 하는 소득금액변동통지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2021. 9. 13. 이를 기각하는 재결이 내려졌다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제2 내지 4, 7 내지 9호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장 요지

  이 사건 특허권은 원고의 당시 사내이사인 NNN이 직접 발명한 것으로서, 실질적인 가치가 있는 NNN 개인의 재산권에 해당하고, 이 사건 특허권의 양수대금은 감정평가법인이 이 사건 특허권에 관하여 평가한 금액을 기초로 하여 산정하였다. 따라서 이 사건 특허권에 관한 양수대금은 적정한 대가에 해당하고, 이를 부당한 사외유출로 볼 수 없는바, 이와 다른 전제에서 내려진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

 나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

 다. 판단

  1) 관련 법리

국세기본법 제14조 제2항은 ⁠‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득⋅수익⋅재산⋅행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다‘고 규정함으로써 실질과세의 원칙을 선언하고 있다. 이는 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조).

한편 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호에 의하면 이익처분에 의하여 손비로 계상한 금액을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 하고 있고, 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 법인세법 시행령 제43조 제1항은 ⁠‘법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다.

법인이 해당 법인의 영업과 관련하여 임원 또는 직원이 발명, 고안, 창작한 특허권 기타 지적재산권을 취득하면서 해당 임원 또는 직원에게 지급하는 대가는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 구 법인세법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 대가를 지급하였더라도, 그 대가가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 지적재산권의 가치평가의 적절성, 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 대가가 임원 또는 직원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 대가의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 구 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다.

또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 대가 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 대가에 해당 지적재산권 가치의 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 대가 산정 경위나 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(임원의 보수에 관한 대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).

  2) 구체적 판단

앞서 든 증거들, 을 제5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 고려해 보면, 원고가 NNN으로부터 이 사건 특허권을 각 양수하면서 그 대가로 지급한 돈은 실질에 있어 원고에게 유보된 이익을 특별히 분여한 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 동일한 성질의 것으로 보이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 특허권의 정당한 취득가액을 인정하기 어려우므로, 이 사건 특허권 양수대금 중 일부가 손금산입의 대상이 된다고 보기도 어렵다.

결국 이 사건 특허권의 양수대금 및 감가상각비를 손금불산입한 이 사건 각 처분은 적법하다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

  가) 주식회사 감정평가법인 KK 및 주식회사 WW 감정평가법인(이하 주식회사 감정평가법인 KK와 주식회사 WW 감정평가법인을 모두 합하여 ⁠‘이 사건 각 감정평가법인’이라 한다)은 원고의 의뢰로 이 사건 특허권에 관한 가치평가를 하였는데, 주식회사 감정평가법인 KK는 이 사건 특허권에 관하여 5,690,000,000원으로, 주식회사 WW 감정평가법인은 이 사건 특허권에 관하여 5,520,000,000원으로 각 평가하였다. 그러나 이 사건 각 감정평가법인이 작성한 이 사건 특허권에 관한 평가보고서(이하 ⁠‘이 사건 각 평가보고서’라 한다)는 아래와 같은 이유로 그대로 신뢰하기 어렵다.

    (1) 이 사건 각 감정평가법인은 이 사건 특허권에 관하여 ⁠‘시장가치’를 기준으로 감정하였는데, 이 사건 각 평가보고서 자체에서도 ⁠‘향후 추정손익 등의 예측에 대한 합리성의 검토는 불확실한 미래에 대한 추정을 전제로 하는 것으로서 이에 대한 검토 결과가 장래 예측의 정확성을 보장하는 것은 아니며, 본 평가의 추정결과와 향후의 실제 발생손익과는 차이가 발생할 수도 있다’고 하여 위와 같은 평가방식에는 한계가 있음을 명시하고 있다(을 제5호증 8면, 을 제6호증 8면).

    (2) 이 사건 각 감정평가법인은 무형자산 가치평가방법 중 하나인 수익접근법에 따라 이 사건 각 무형자산을 평가하였는데, 수익접근법에 따르면 무형자산은 현금흐름 추정기간, 예상 매출액, 예상 영업이익 또는 순이익, 유·무형 자산에 대한 투자규모, 감가상각비, 운전자본, 할인율, 기술기여도 등 항목을 종합하여 그 가치를 산정한다. 그런데 수익접근법을 이용한 가치산정은 대상 상표 또는 기술의 사업화를 통해 발생할 매출액 추정부터 시작되며, 반드시 추정근거가 제시되어야 함에도(산업통상자원부 발간 기술가치평가 실무가이드 참조), 이 사건 각 평가보고서는 원고가 제공한 사업계획서 등의 자료에 관하여 ⁠“회사의 재무상태나 경영성과를 정확하게 반영하고 있는지 여부를 별도로 검토함 없이” 반영하였다고 명시하고 있다(을 제5호증 7쪽, 을 제6호증 7쪽). 또한 이 사건 각 평가보고서는 다음과 같이 수익접근법 방식의 가치평가에 있어 가장 결정적인 영향을 미치는 매출액 추정에서부터 원고의 사업상 현황을 전혀 반영하지 못하고 원고의 일방적인 사업계획만을 근거로 함으로써 최소한의 객관성도 확보하지 못한 것으로 보인다. ① 이 사건 각 평가보고서는 이 사건 특허권에 따른 공법을 적용한 2017년 추정매출액을 약 126억 원, 2018년 추정매출액을 약 133억 원으로 산정하였는데, 이는 원고가 사업계획서에서 2017년도 매출 목표로 밝힌 160억, 2018년도 매출 목표로 밝힌 약 172억 원을 바탕으로, 사업의 불확실성을 고려한다는 명목으로 약 85%만 반영하여 산출한 것이다. 그런데 원고의 2014년도 매출액은 약 78억 원, 2015년도 매출액은 약 160억 원, 2016년도 매출액은 약 140억 원이었는바, 2017. 11. 1.에야 출원하고 2018. 3. 23. 등록을 한 이 사건 특허권에 따른 공법을 적용하여 발생한 2017년도 및 2018년도 매출이 원고의 기존 2014년~2016년 매출액을 훨씬 뛰어 넘거나 이에 육박할 수 있다는 가정은 그 자체로 비합리적이고 실현 불가능한 것으로 보인다. 더욱이, 이 사건 특허권에 따른 공법을 적용은 그 내용에 비추어 효율향상, 원가 절감 등 간접적인 형태로 원고의 매출액에 기여할 뿐, 직접 매출액을 발생 또는 증가시키는 것이 아니다.

    (3) 이 사건 각 감정평가법인은 개별기술강도를 결정함에 있어서 아무런 근거도 제시하지 않고 아래 표 기재와 같이 평가지표에 점수를 부여하여 개별기술강도를 결정하였고, 이를 근거로 이 사건 특허권의 가치를 평가하였다.

  나) NNN은 2013. 11. 11.부터 2019. 11. 11.까지는 원고의 사내이사로 재직하였고, 현재는 원고의 대표이사로 재직 중인 사실은 앞서 본 바와 같고, NNN과 그 가족이 원고의 주식 지분 전부를 보유하고 있다(을 제1호증). 이에 따르면 NNN은 원고가 이 사건 특허권을 취득하고 그 취득가액을 산정하는데 있어서도 상당한 영향력을 끼칠 수 있었던 것으로 보인다. 또한 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 평가보고서가 이 사건 특허권의 양수대금을 적정하게 산정하였다고 보기 어렵고, 이 사건 각 평가보고서 외에는 원고가 이 사건 각 특허권의 가치액을 평가하기 위해 활용한 자료는 없는 것으로 보이므로, 이 사건 특허권에 관한 양수대금이 객관적인 기준에 따라 산정된 것은 아닌 것으로 보인다.

   다) 이 사건 특허권의 대가로 지급된 5,520,000,000원은 원고의 2016년도 영업이익의 3,709,016,000원의 1.48배가 넘는다.

   라) 원고가 이 사건 특허권에 따른 공법이 적용된 토목공사를 수주하여 매출이 실제 발생하였는지 여부를 입증할 만한 자료는 전혀 제출되지 않았다. 오히려 NNN은 2020. 8. 26. 이 사건 세무조사 과정에서 ’원고가 이 사건 특허권을 취득한 이후 현재까지 이 사건 특허권을 이용하여 영업하고 있으나 관련 매출액은 아직 발생하지 않았다‘는 취지의 확인서를 제출하였다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 청주지방법원 2023. 02. 16. 선고 청주지방법원 2021구합52919 판결 | 국세법령정보시스템