요지

등기의무자의 등기신청 의사의 진술을 갈음하는 판결로서 확정되면 등기의무자가 등기신청을 한 것으로 간주되므로 토지에 대한 소유권이전등기가 가능하였으므로 이에 대한 양도소득세를 과세하지 않는 것이 양도소득세제의 취지에 부합한다고 보기 어려우므로 약정일을 취득시기로 보아 경정청구 거부처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 

   1. 피고 aa세무서장이 2021. 12. 8. 원고에게 한 양도소득세 xxx,xxx,xxx원 및 가산세 xx,xxx,xxx원에 대한 경정거부처분을 취소한다.

   2. 피고 서울특별시 aa구청장이 2021. 7. 12. 원고에게 한 지방소득세 xx,xxx,xxx원 및 가산세 xxx,xxx원에 대한 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고의 토지 취득 및 양도

  1) bb주택조합(이하 ⁠‘이 사건 조합’이라 한다)은 조합원인 BBB과 비조합원인 CCC의 공동명의로 구입한 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리(이하 ⁠‘○○리’라고만 한다) 230-3 임야 4,392㎡와 ○○리 230-4 임야 3,736㎡ 지상에 5층 규모 아파트 3개동 105세대를 신축하기 위해서 1985. 1.경 cc건설 주식회사(이하 ⁠‘cc건설’이라 한다)에게 아파트 신축공사를 도급하였으나, cc건설은 공사경험 및 자금부족 등의 문제로 1985. 9. 13. 위 공사를 포기하였다.

  2) 이에 이 사건 조합은 1985. 9. 20. 잔여공사를 dd토건 주식회사(이하 ⁠‘dd토건’이라 한다)에게 도급하면서, 총 도급금액을 x,xxx,xxx,xxx원으로, 세대당 부담금은 ee군으로부터의 융자금 x,xxx,xxx원을 포함하여 합계 xx,xxx,xxx원으로 하되, dd토건이 기존의 공사를 인수하면서 늘어나게 된 공사비에 대해서는 이 사건 조합의 조합원들에게 추가로 부담시키지 아니하고 대신 ee군으로부터 아파트 시공 토지로 승인받은 토지 2,462평 중 아파트 105세대를 건축하고 남은 잔여 토지 약 400평을 dd토건에게 제공하여 dd토건이 그 위에 25세대의 아파트를 시공하여 분양함으로써 그 수익금으로 공사비 부족분을 충당하기로 약정하였다.

  3) 이 사건 조합은 조합원들이 ee군으로부터 지급받기로 되어 있는 융자금 합계 xxx,xxx,xxx원(= x,xxx,xxx원 × 105명) 중 xxx,xxx,xxx원을 수령하여 1986. 9. 15.까지 dd토건에게 공사대금으로 지급하였고, 나머지 xxx,xxx,xxx원은 준공 검사 후에 수령하도록 정하여 은행에 예치해 두었다.

  4) dd토건은 아파트 공사를 완공한 다음 1986. 10. 1. 가사용 승인을 얻어 조합원 105명 전원을 입주시켰으나, 공사대금 잔액을 지급받지 못하여 1987. 8. 14. 아파트 공사로 인한 이 사건 조합에 대한 모든 채권(dd토건이 공사를 하면서 이 사건 조합 부담 비용 대납한 금액 xx,xxx,xxx원 포함)을 dd토건의 대표이사인 원고에게 양도하고 1987. 8. 25. 이 사건 조합에게 이를 통지하였다.

  5) 원고와 이 사건 조합의 조합장 BBB은 1988. 3. 27. 미수령 융자금 xxx,xxx,xxx원에 대한 은행 이자(매 분기별로 이 사건 조합에게 지급되고 있었음)는 dd토건의 지위를 승계한 원고에게 귀속시키고, 아파트 신축 후 잔여 대지의 소유권 및 사용 권리는 dd토건의 권리를 승계한 원고에게 귀속시켜 약 400평의 대지를 준공 전에 분할 양도하기로 약정하였다(이하 ⁠‘이 사건 약정’이라 한다).

  6) 원고는 이 사건 조합의 조합원들을 상대로 위 미수령 융자금에 대한 25개월간의 이자에 상당하는 금액, dd토건이 대납한 이 사건 조합의 부담 비용 xx,xxx,xxx원을 조합원들에게 안분한 금액 및 이에 대한 지연손해금의 지급을 구하고, 토지 소유자인 BBB, CCC을 상대로 ○○리 230-3 임야 4,392㎡ 중 417㎡, ○○리 230-4 임야 3,736㎡ 중 1,038㎡(이하 위 각 부분을 통틀어 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 이 사건 약정을 원인으로 한 소유권이전등기 절차의 이행을 구하는 민사소송을 제기하였고, ○○지방법원 ○○지원은 1991. 10. 24. 원고의 청구를 인용하는 판결을 선고하였다(89가합401호, 이하 ⁠‘최초 승소판결’이라 한다). 위 판결 중 이 사건 토지의 소유권이전등기를 명한 부분은 BBB, CCC이 항소하지 아니하여 그 무렵 그대로 확정되었다 ⁠[금전지급청구 부분에 대해서는 위 사건의 피고들 중 일부가 항소(고등법원 91나65420호) 및 상고(대법원 93다19511호)하여 상고심에서 피고들 패소 부분 중 일부가 파기되어 파기환송심(94나39477호)에서 금전지급청구 중 일부가 기각되기는 하였으나, 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기 부분에 대해서는 아무런 영향이 없다].

  7) 원고는 2001. 5. 3. BBB, CCC 등을 상대로 소멸시효의 중단을 위하여 최초 승소판결과 동일한 내용을 청구하는 민사소송을 제기하였고, 서울지방법원 의정부지원은 2003. 1. 24. 원고의 청구를 인용하는 판결을 선고하였으며(2001가합2935, 이하 ⁠‘2차 승소판결’이라 한다), 위 판결은 일부 피고들의 항소가 2004. 2. 13. 기각되어(서울고등법원 2003나43553) 그 무렵 그대로 확정되었다.

  8) 이후 ○○리 230-4 임야 3,736㎡는 행정구역 변경으로 ff시 ○○동(이하‘○○동’이라고만 한다) 230-4 임야 3,736㎡가 되었고, 2004. 1. 29. 분할되어 ○○동 230-4 임야 3,063㎡, ○○동 230-6 임야 298㎡, ○○동 230-7 임야 375㎡가 되었다.

  9) 원고는 2010. 9.경 ff시에 지적분할 관련 민원을 제기한 결과 2차 승소판결의 주문에 명시된 지번 및 면적이 현재의 지번 및 면적과 달라 판결경정 등을 받아야 한다는 회신을 받았고, 이에 의정부지방법원에 판결경정을 신청하여 2차 승소판결 주문에 기재된 ⁠“○○리 230-4 임야 3,736㎡”를 현재의 지번 및 면적으로 경정하는 결정을 받았다.

  10) 이후 원고는 2차 승소판결에 따라 ff시에 토지분할을 신청하여 2011. 3. 30. 아래와 같이 지적공부가 정리되었고, 이에 이 사건 토지는 ○○동 230-8 임야 417㎡, ○○동 230-9 임야 585㎡, ○○동 230-10 임야 163㎡, ○○동 230-11 임야 290㎡에 해당하게 되었다.

  11) 원고는 2013. 10. 7. 다시 BBB, CCC을 상대로 소멸시효의 중단을 위하여이 사건 토지에 관한 소유권이전등기 절차의 이행을 구하는 민사소송을 제기하였고, 의정부지방법원은 2014. 7. 16. 원고의 청구를 인용하는 판결을 선고하였으며(2013가합10908, 이하 ⁠‘3차 승소판결’이라 한다), 위 판결은 그 무렵 그대로 확정되었다.

  12) 원고는 2020. 8. 18. 주식회사 gg건설(이하 ⁠‘gg건설’이라 한다)과 사이에, 원고가 gg건설에게 이 사건 토지를 22억 원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하였다.

  13) 원고는 2020. 11. 10. 이 사건 토지에 관하여 1988. 3. 27.자 약정을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

  14) 원고는 2021. 1. 18. gg건설에게 이 사건 토지에 관하여 2020. 8. 18.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

 나. 원고의 양도소득세 신고 및 미납

  원고는 2021. 3. 31. 피고 aa세무서장에게 이 사건 토지의 양도일자를 2021. 1. 15.로, 양도가액을 22억 원으로, 취득일자를 1988. 3. 27.로, 취득가액을 위 취득일자를 기준으로 한 환산취득가액 xxx,xxx,xxx원(= 양도당시 실지거래가액 22억 원 × 취득당시 기준시가 xxx,xxx,xxx원/양도당시 기준시가 xxx,xxx,xxx원으로 하여 양도소득세 xxx,xxx,xxx원을 신고하였으나, 위 양도소득세를 납부하지는 않았다.

다. 지방소득세 부과처분 및 양도소득세 경정거부처분

  1) 피고 서울특별시 aa구청장은 2021. 7. 12. 원고에게 이 사건 토지의 양도와 관련하여 발생한 지방소득세 xx,xxx,xxx원 및 가산세 xxx,xxx원을 결정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 지방소득세 부과처분’이라 한다).

  2) 원고는 2021. 7. 22. 피고 aa세무서장에게, 이 사건 토지의 취득일은 원고 명의 소유권이전등기가 경료된 2020. 11. 10.이므로, 그 당시를 기준으로 이 사건 토지의 환산취득가액을 산정하면 취득가액과 양도가액의 차이가 없으므로, 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익이 없어 양도소득세가 발생하지 않는다고 주장하며 양도소득세 xxx,xxx,xxx원 및 이에 대한 가산세(원고는 2021. 7. 29. 위 양도소득세를 납부하였는바, 그때까지 발생한 가산세는 xx,xxx,xxx원에 이른다)의 감면을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고 aa세무서장은 2021. 12. 8. 위 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 경정거부처분’이라 하고, 이 사건 지방소득세 부과처분과 이 사건 경정거부처분을 통틀어‘이 사건 각 처분’이라 한다).

 라. 전심절차의 경유

  원고는 2022. 1. 4. 조세심판원에 이 사건 경정거부처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 6. 27. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 9호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

  소득세법 제168조는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있다. 그런데 원고는 대물변제로 이 사건 토지를 취득하였고, 대물변제에 있어 대금을 청산한 날은 소유권이전등기가 경료된 날이므로, 원고는 이 사건 토지에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기가 마쳐진 2020. 11. 10. 이 사건 토지를 취득하였다고 할 것이다. 원고는 그로부터 얼마 지나지 않은 2021. 1. 15.이 사건 토지를 양도하였으므로, 위 취득일을 기준으로 환산취득가액을 산정할 경우 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가에 차이가 없어 이 사건 토지의 취득가액과 양도가액은 동일하다. 따라서 원고가 이 사건 토지의 양도로 인하여 양도소득을 얻었다고 볼 수 없으므로, 이 사건 각 처분은 모두 취소되어야 한다.

 나. 관계법령

    별지 기재와 같다.

다. 판단

  1) 관련 규정

   소득세법 제98조는 ⁠‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다’고 규정하여 양도소득세 산정에 있어 대금청산일을 취득일 또는 양도일로 정하고 있다.

   또한 소득세법 제97조 제1항은 ⁠‘거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다’고 규정하면서, 그 제1호에서 ⁠‘취득가액’을 필요경비 중 하나로 규정하고 있고, 취득가액을 산정함에 있어서는 먼저 ⁠‘자산 취득에 든 실지거래가액’[(가)목]을, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 ⁠‘대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액’[(나)목]을 적용하도록 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2022. 2 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제12항은 ⁠‘소득세법 제97조 제1항 제1호 나목에서 ⁠“대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액”이란 구 소득세법 시행령 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다’고 규정하고 있고, 제176조의2 제2항 제2호는 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우 환산취득가액은 ⁠‘양도당시의 실질거래가액’에 ⁠‘취득당시의 기준시가를 양도당시의 기준시가로 나눈 비율’을 곱하여 산정하도록 규정하고 있다.

  2) 구체적 판단

   이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 토지의 환산취득가액을 산정함에 있어 ⁠‘취득당시의 기준시가’를 이 사건 약정일인 1988. 3. 27. 당시를 기준으로 정한 것이 위법하다고 보기 어렵다. 이와 다른 전제에서 한 원고의 주장은 이유 없다.

   가) 이 사건 조합은 dd토건이 이 사건 공사를 인수하면서 늘어나게 된 공사비와 관련하여 이 사건 조합의 조합원들에게 추가로 비용을 부담시키지 아니하고 그 대신 이 사건 토지를 dd토건에게 양도하기로 약정하였고, 원고는 이에 따른 dd토건의 권리를 승계하였다. 이에 원고와 이 사건 조합은 1988. 3. 27. 이 사건 약정을 하면서 약정서 제2조 2)항에 ⁠‘조합원들의 자부담금 인상(세대당 150만 원 상회) 요인을 배제하기 위해서 아파트 건축을 위하여 필요한 대지를 제외한 이 사건 토지를 원고에게 양도한다’는 내용을 명시하였다. 결국 원고는 이 사건 공사에 대한 대가로 이 사건 토지를 취득하게 된 것이고, 이 사건 약정으로 인하여 원고와 이 사건 조합의 채권․채무 관계가 정리되어 원고는 이 사건 토지의 소유권을 이전받을 수 있는 상태에 놓이게 되었으므로, 이 사건 약정일인 1988. 3. 27. 이 사건 토지의 대금이 청산되었다고 할 것이다.

   나) 실제로 원고는 이 사건 토지의 소유권이전등기 절차 이행을 구하는 민사소송을 제기하여 1991. 10. 24. 최초 승소판결을 받았는데, 이는 등기의무자의 등기신청의사의 진술을 갈음하는 판결로서 확정되면 그것으로써 등기의무자가 등기신청을 한 것으로 간주되므로(민사집행법 제263조), 원고는 최초 승소판결에 의하여 단독으로 등기신청을 할 수 있었다. 최초 승소판결 당시 이 사건 토지가 ○○리 230-3 임야 4,392㎡ 및 ○○리 230-4 임야 3,736㎡의 일부에 해당하였기는 하나, 위 판결에 이 사건 토지 부분이 특정되어 있어 원고는 단독으로 해당 부분에 대한 분필등기를 마친 후 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마칠 수 있었으므로, 이 사건 토지의 소유권을 이전받는 데에 별다른 법률상․사실상 장애사유가 있었던 것으로 보이지도 않는다.

   다) 그렇다면 이 사건 토지의 취득일자는 1988. 3. 27.인데, dd토건이 이 사건 공사를 인수하면서 추가로 부담하게 된 공사비가 얼마인지 정확히 확정할 수 없어 그 실지거래가액을 확인할 수 없으므로, 소득세법 제97조 제1항 제1호 ⁠(나)목, 구 소득세법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제2항 제2호에 따라 위 취득일을 기준으로 한 환산취득가액 xxx,xxx,xxx원을 이 사건 토지의 취득가액으로 정한 것이 위법하다고 보기 어렵다.

   라) 실제로 이 사건 약정서에는 이 사건 조합의 조합원들에게 세대당 150만 원 이상의 자부담금을 부담시키는 대신 이 사건 토지를 양도한다고 기재되어 있으므로, 이 사건 토지의 가액은 xxx,xxx,xxx원(= xxx만 원 × 105명) 이상으로 보이는바, 환산취득가액 xxx,xxx,xxx원이 원고가 이 사건 토지를 취득하기 위하여 지출한 비용에 비하여 낮은 것이라고 보이지도 않는다.

   마) 만일 이와 달리 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 토지의 등기일인 2020. 11. 10.을 취득일로 본다면, 이 사건 토지의 취득일자와 양도일자 사이에 거의 차이가 없게 되어 양도당시의 실지거래가액과 환산취득가액이 동일하게 되므로, 원고에게 양도소득세를 과세할 수 없게 된다. 그런데 원고가 이 사건 토지를 취득하기 위하여 지출한 비용은 xxx,xxx,xxx원을 다소 상회하는 수준에 불과한 반면, 이 사건 토지의 양도가액은 xx억 원에 이르는바, 그로 인하여 원고가 상당한 양도차익을 얻었음에도 이에 대한 양도소득세를 과세하지 않는 것이 양도소득세제의 취지에 부합한다고 보기 어렵다. 더욱이 원고는 이 사건 약정에 기하여 이 사건 토지에 관한 원고 명의의 소유권 이전등기를 경료받을 수 있었음에도 별다른 이유 없이 이를 미루다가 약 30년 이상의 기간이 지난 후 이 사건 토지를 gg건설에게 매도하는 매매계약을 체결하고 나서야 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤는바, 이러한 경우에 대해서까지 등기일을 취득일로 보는 것은 부당하다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 11. 23. 선고 서울행정법원 2022구합78449 판결 | 국세법령정보시스템