요지

이 사건 양도는 이 사건 법률조항에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율이 적용되는 1세대 3주택의 양도에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 11. 27. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 203,900,796원(가산세 포함)의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 2. 3. 서울 **구 **동 19 **** **동 **호(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하여 보유하다가1), 2018. 9. 20. 12억 8천만 원에 양도(이하 ⁠‘이 사건 양도’라고 한다)하고, 장기임대주택을 제외하면 이 사건 주택이 일시적 1세대 2주택인 고가주택에 해당한다는 이유로 9억 원을 초과하는 양도차익에 대하여 장기보유특별공제 및 일반 세율을 적용하여 2018. 11. 19. 양도소득세 9,709,370원을 신고·납부하였다.

나. 이 사건 양도 당시 원고의 세대는 아래 표 기재와 같이 조정대상지역 내에 장기임대주택을 포함하여 3주택을 소유하고 있었다.

다. 피고는 2020. 3. 10.부터 2020. 4. 24.까지 이 사건 양도에 대한 세무조사를 실시하였고, 원고는 위 조사결과에 따라 이 사건 양도 당시 조정대상지역에 1세대 3주택 이상의 주택을 소유하고 있었다는 이유로 이 사건 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(일반세율에 20% 가산)을 적용하여 2020. 4. 30. 양도소득세 203,900,790원(가산세 포함)을 수정신고·납부하였다.

라. 원고는 2020년 10월경 피고에게 이 사건 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한 것은 위법하고 원고가 당초 신고·납부한 양도세액이 정당하다는 취지로 경정청구를 하였고, 피고는 2020. 11. 27. 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2021. 11. 16. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되고 2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호 나목의 일시적 2주택 특례규정은 1주택을 소유한 1세대의 주거생활의 안전과 거주·이전의 자유를 보장하기 위한 취지의 규정이다. 비록 원고와 같이 장기임대주택을 제외하면 일시적 2주택에 해당하는 경우에 관하여 명시적인 규정은 없으나, 위 특례규정의 취지에 비추어 일시적 2주택과 같이 취급되어야 한다. 그런데 국세청은 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다’ 부분(이하 ⁠‘이 사건 법률조항’이라 한다)의 문언해석에만 집착하여 이 사건 양도의 경우 9억 원 초과분에 대하여 중과세하고 장기보유특별공제의 적용이 배제된다고 보아 이 사건 처분을 하였는바, 이는 장기임대주택을 제외한 일시적 2주택의 경우에도 중과세 할 수 없다는 대법원 판결(2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결)의 취지에 반하고, 원고가 투기 목적 다주택자가 아니라 는 점에서도 부당하다. 따라서 이 사건 양도에 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 국세청은 2019. 11. 1. 이전에는 장기임대주택을 보유한 사람에 대하여도 일시적 2주택의 특례가 적용되고, 고가주택의 9억 원 초과분에 해당하는 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제가 적용된다는 취지의 질의회신을 반복적이고 일관되게 하여 왔으므로, 위와 같은 질의회신의 내용은 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행에 이르렀다고 보아야 하며, 2017. 12. 19. 이 사건 법률조항이 신설되었다고 하더라도 종전의 해석을 변경한다는 과세관청의 확정적 의사가 표시되지 않은 이상 위와 같은 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 폐지되었다고 볼 수 없다. 국세청은 2019. 11. 1. 비로소 고가주택의 경우 9억 원 초과분에 대하여 중과세하고 장기보유특별공제가 적용되지 않는다는 내용으로 사전법령해석을 생산하여 기존의 법령해석을 변경하였으므로, 그 이전에 이미 납세의무가 성립한 원고에게 위 새로운 해석을 적용하는 것은 국세기본법 제18조 제3항에 위배되는 소급과세에 해당한다.

3) 장기보유특별공제는 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하는 기능을 하는 점, 1세대 3주택자의 경우 최고세율이 60%에 이르는데 장기보유특별공제가 배제되면 과세표준이 증가하고 그에 따라 세율도 높아지는 3중의 불이익이 가해져서 사익의 침해가 극심한 점, 투기억제의 목적은 중과세율 적용만으로도 상당히 달성할 수 있으므로 무조건적으로 장기보유특별공제까지 배제할 필요는 없으며 실제 투기억제의 효과가 어느 정도 있는지도 불분명한 점, 특히 원고와 같이 10년 이상 장기보유한 이 사건 주택에 거주하다가 거주이전 목적의 대체주택 취득으로 인하여 일시적으로 장기임대주택 포함 3주택이 된 사람에 대하여서까지도 예외를 두지 않고 기계적·획일적·필수적으로 장기보유특별공제의 적용을 배제하도록 규정하고 있는 점을 종합적으로 고려하여 보면, 이 사건 법률조항은 침해의 최소성, 법익의 균형성 원칙에 위배되므로 과잉금지원칙에 반하여 원고의 재산권과 계약의 자유 및 거주이전의 자유를 침해한다. 따라서 이 사건 처분 중 위헌인 이 사건 법률조항에 근거하여 장기보유특별공제의 적용을 배제한 부분은 위법하다.

4) 설령 이 사건 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하는 것이 정당하다고 하더라도, 이 사건 법률조항의 신설만으로는 원고와 같이 장기임대주택을 제외하면 일시적 2주택에 해당하는 경우에도 합목적적으로 해석하여 일시적 2주택 비과세특례가 적용될 수 있을 것인지에 관하여 앞서 살핀 것과 같은 국세청의 기존 질의회신 등이 존재하였기에 세법해석상 이견이 있었다. 따라서 원고에게는 그 의무이행을 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로, 적어도 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 양도를 일시적 2주택자의 양도와 같이 취급하여 장기보유특별공제를 적용하고 중과세율 적용을 배제하여야 하는지 여부

가) 원고가 이 사건 주택의 양도 당시 조정대상지역에 이 사건 주택 외에도 일원동 아파트와 송파구 아파트(장기임대주택)를 소유하고 있었던 사실은 앞서 살핀 것과 같다.

앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의3 제1항에 의하면 장기임대주택인 송파구 아파트도 이 사건 주택 양도시 원고의 세대가 보유한 주택 수에 포함되는 점, ② 원고 세대는 이 사건 주택 양도 당시 송파구 아파트 외에도 대체주택인 일원동 아파트를 소유하고 있었으므로 장기임대주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없어 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호가 적용되는 경우에 해당하지 아니하고, 원고는 장기임대주택을 포함하여 1세대 3주택에 해당하므로 일시적 1세대 2주택의 경우 종전주택을 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있는 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호가 적용될 수도 없는 점, ③ 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하므로(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조) 원고가 주장하는 것과 같이 장기임대주택을 제외하면 실질적으로 일시적 1세대 2주택자와 유사한 측면이 있다는 이유만으로 앞서 살핀 시행령에서 정한 예외 규정들을 유추적용할 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 양도는 이 사건 법률조항에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율이 적용되는 1세대 3주택의 양도에 해당한다.

나) 한편 원고가 대체주택인 일원동 아파트를 2016. 1. 18. 취득하고 그로부터 약 2년 8개월이 지난 2018. 9. 20. 종전주택인 이 사건 주택을 양도한 사실은 앞서 살핀 것과 같으므로 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 사회통념상 일시적이라고 보기 어려울 뿐 아니라, 위 기간 동안 조정대상지역의 주택 가격이 큰 폭으로 상승하였던 점4)을 고려하면 제출된 증거만으로는 원고가 대체주택을 취득한 후 이 사건 주택을 즉시 매도하지 아니하고 2년 8개월 동안 보유한 데에 시가상승의 기대 외에 다른 이유를 찾기 어려우므로 원고에게는 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결에서 예외적으로 1세대 3주택으로 보지 아니하는 특별한 사정이 인정된다고 볼 수도 없다.

다) 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 처분이 국세기본법 제18조 제3항을 위반하여 불리한 신법을 소급적용한 것인지 여부

국세기본법 제18조 제3항에서 정하는 ⁠‘새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세 금지의 원칙’은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 것으로서, 위법규정에서 말하는 ⁠‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석이나 관행’의 존재에 대한 증명책임은 납세자에게 있고(대법원 2006. 6. 29. 선고 2005두2858 판결, 대법원 1992. 9. 8. 선고 91누13670 판결 등 참조), 어떠한 국세행정의 관행이 국세기본법 제18조 제3항의 적용대상이 되는 관행으로 성립된다고 하려면 그러한 관행에 따른 과세 또는 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 지속되어야 한다.

조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택자 이상에 해당하는 주택 양도의 경우 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하도록 규정한 이 사건 법률조항은 2017. 12. 19. 소득세법이 개정되면서 신설된 것으로서 시행일인 2018. 4. 1. 이후에 양도된 주택에 대하여 적용되므로 이 사건 양도에 소급적용되는 것이 아니고, 개정 전 규정에 관한 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 개정 후 규정에 대하여도 동일하게 유지된다고 볼 수 없을뿐더러, 원고가 주장하는 국세청의 질의회신 등은 이 사건 법률조항이 시행되기 이전의 사안들에 관한 것으로서, 그와 같은 질의회신 등 만으로 원고가 주장하는 비과세관행이 존재하였다고 인정할 수도 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 이 사건 법률조항이 과잉금지원칙을 위반하여 재산권 등을 침해하는지 여부

다음과 같은 이유에서 이 사건 법률조항은 과잉금지의 원칙에 위배되어 원고의 재산권과 계약의 자유 및 거주이전의 자유를 침해한다고 볼 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

가) 이 사건 법률조항은 투기적 목적의 주택 소유를 억제하고 1세대 다주택 소유자들의 주택 양도를 유도하여 주택이라는 한정된 재화가 일부 사람들에게 집중적으로 소유되는 것을 막아 국민 다수의 주거생활의 안정과 주택 가격의 안정이라는 공익을 실현하기 위한 것이므로, 입법목적이 정당하다.

나) 소득세법 부칙 제1조 제1호(이하 ’이 사건 부칙조항‘이라 한다)는 이 사건 법률조항의 시행일을 개정일인 2017. 12. 19.이 아닌 2018. 4. 1.로 정하여 3개월 이상의 유예기간을 두고 있다. 이 사건 법률조항은 이 사건 부칙조항과 결합하여 ① 유예기간 내에는 기존의 1세대 3주택 이상에 해당하는 자로 하여금 장래의 불이익을 피하도록 서둘러 주택을 양도하는 것을 촉진하고, ② 유예기간 동안 및 유예기간 도과 후에는 추후 주택양도 시 장기보유특별공제의 배제라는 불이익을 주도록 하여 새로운 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 발생을 억제한다. 따라서 이 사건 법률조항은 주택소유 억제를 통한 주택가격 안정이라는 입법목적을 달성하기 위한 적절한 방법이다.

다) 원고와 같이 장기보유특별공제를 받을 수 있었던 금액이 큰 경우 이 사건 법률조항에 의한 장기보유특별공제 배제 및 중과세율의 적용으로 인한 불이익이 상당히 크기는 하다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 부칙조항에서는 유예기간을 두어 1세대 다주택 소유자들에게 유예기간 내에 주택을 양도함으로써 이 사건 법률조항의 적용을 회피할 수 있는 선택의 기회를 부여하면서 주택의 양도를 유도하였고, 다주택 소유자들은 당시 주택가격이 급등하고 있는 상황에서 유예기간 내에 일부 주택을 양도하고 이익을 실현하여 이 사건 법률조항에서 정하는 중과세율 및 장기보유특별공제 배제의 불이익을 회피할 것인지, 아니면 향후 주택가격의 상승으로 인한 시세차익이 그 불이익을 상쇄하고도 남을 것으로 예상하여 양도하지 않을 것인지를 선택할 수 있었다. 그렇다면 비록 그 유예기간이 단기간이기는 하지만 침해의 최소성 원칙을 벗어난 정도라고 보기는 어렵다.

나아가 이 사건 법률조항 중 구 소득세법 제104조 제7항 제3호는 ’조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택‘이라고 규정하고, 그 위임에 따른 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 위 ⁠“1세대 3주택 이상”에 해당하는 것으로 보지 아니하는 주택에 관한 여러 예외를 규정하고 있으므로, 이 사건 법률조항은 원고의 주장과 같이 어떠한 예외도 없이 1세대 3주택자의 주택양도에 관하여 무조건적, 일률적으로 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 규정이 아니고, 오히려 대통령령으로 여러 예외를 규정할 수 있는 여지를 두고 있는바(다만 이 사건 주택이 이 사건 양도 당시 대통령령에서 규정하던 예외 요건에 해당하지 않았던 것뿐이다)), 이러한 점에서도 이 사건 법률조항이 침해의 최소성 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

라) 국가의 재정수요를 충족시킨다는 조세 본래의 기능을 넘어 투기적 목적의 주택 소유를 막고 이를 통하여 주택이라는 한정된 재화가 일부 사람들에게 집중적으로 소유되는 것을 막아 국민 다수의 주거생활의 안정을 이룩하려는 공익과 이 사건 법률조항을 적용함으로써 침해받는 사익을 비교․형량하여 보면, 이 사건 법률조항으로 인해 1세대 3주택 이상에 해당하는 납세의무자가 입게 되는 불이익이 이 사건 법률조항이 추구하는 공익에 비해 균형을 상실할 정도로 크다고 할 수도 없으므로 이 사건 법률조항은 법익의 균형성도 충족한다.

4) 이 사건 처분 중 가산세 부분의 위법 여부에 대한 판단

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 참조). 그러나 세법 해석상 의심스러운 부분으로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하고, 이와 같은 경우 설령 과세관청이 세법에 위반된 신고를 그대로 받아들이면서 시정지시 등을 하지 아니하였다고 하더라도 정당한 사유가 있다고 할 수는 없다(대법원 1991. 9. 13. 선고 91누773 판결, 대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).

나) 앞서 살핀 것과 같이 이 사건 주택은 이 사건 법률조항 및 관계 법령의 해석상 장기보유특별공제가 배제되고 중과세율이 적용되는 1세대 3주택에 해당하는 점, 원고가 들고 있는 국세청 회신은 이 사건 법률조항이 개정·적용되기 이전의 사안들에 관한 것인 점, 원고가 이 사건 법률조항의 개정에도 불구하고 개정 전의 규정에 대한 국세청의 질의회신내용이 여전히 유효하다거나 다른 예외규정을 유추적용할 수 있다고 생각하였더라도 이는 단순한 법률의 부지나 오해로 인한 것이므로 그 의무위반을 탓할 수 없어 가산세 부과를 면제할 정당한 사유가 있는 때에 해당한다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 03. 29. 선고 서울행정법원 2022구단51577 판결 | 국세법령정보시스템