요지

이 사건 매매계약서에 기재된 ⁠‘토지가액 100억 원, 건물가액 0원’이라는 가액 구분은 원고와 매수인들 간 진정한 합의에 의한 것이 아니거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어난 비합리적인 가액이어서 구 부가가치세법 제29조 제9항의 ⁠‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우’에 해당한다고 봄이 타당함
원고와 매수인들 사이의 관계 및 이 사건 매매계약 체결의 목적과 경위, 사회통념 등에 비추어 보면, 원고가 매수인들에게 이 사건 토지와 건물을 합계 100억 원에 일체로 양도한 것으로 보는 것이 자연스럽고, 반대로 ⁠‘원고가 매수인들에게 이 사건 토지를 100억 원에 양도하면서 이 사건 건물은 무상으로 증여하였다’고 법률관계를 구성하는 것은 지나치게 작위적이고 원고와 매수인들의 진정한 의사 및 사회통념에 반함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2021. 7. 1. 원고에 대하여 한 2017년 제1기분 부가가치세 469,743,450원(가산세 191,385,211원 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1973. 11. 8. 서울 ○○구 ○○동 ○○ 대 796.9㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 취득한 후 1992. 6. 10. 위 지상에 지하 2층, 지상 9층 건물(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 하고, 위 토지와 함께 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)을 신축하여 부동산 임대업을 하였다.

나. 원고는 2017. 4. 27. 서○○ 외 2인(이하 ⁠‘매수인들’이라 한다)에게 매매대금을 100억 원(토지가액 : 100억 원, 건물가액 : 0원)으로 정하여 이 사건 부동산에 관한 매매계약(이하 ⁠‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였고, 2017. 6. 28. 매수인들에게 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기절차를 마쳤다. 이 사건 매매계약의 ⁠‘특약사항’란에는 ⁠‘본 부동산 취득 후 철거 및 신축 예정으로 건물가액은 0원으로 한다’(제2항)라는 기재가 있다.

다. 원고는 2017년 귀속 양도소득세를 신고하면서 이 사건 토지의 양도가액은 100억원, 이 사건 건물의 양도가액은 0원으로 하여 2017년 귀속 양도소득세 1,944,856,540원을 신고·납부하였다.

라. ○○세무서장은 2020. 7. 6.부터 같은 달 25.까지 원고에 대한 2017년 귀속 양도소득세 조사를 실시한 후 이 사건 건물은 양도가액이 0원이므로 양도소득세 과세대상이 아니라는 이유로 이 사건 건물 취득가액(양도당시 장부가액) 625,094,689원을 필요경비에서 부인하여 2020. 8. 3. 원고에게 2017년 귀속 양도소득세 327,749,640원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.

마. 원고는 2020. 10. 8. ○○세무서장에 이의신청을 하였고, 2020. 11. 16. ⁠‘이 사건건물을 유상양도한 것이 아님을 전제로 양도소득세 과세대상이 아니라고 본 것은 잘못이고, 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제 100조 제2항 및 제3항에 따라 양도 당시의 기준시가 비율로 안분계산하여야 한다.’는 이유로 이 사건 토지의 양도가액을 6,938,059,284원으로, 이 사건 건물의 양도가액을 3,061,940,716원으로 과세표준과 세액을 재계산하여 2020. 12. 17. 원고에게 2017년 귀속 양도소득세 325,664,213원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.

바. ○○세무서장은 이 사건 건물의 양도가액에 이 사건 건물의 부가가치세 306,194,071원이 포함되어 있다는 이유로 이를 제외하면 이 사건 토지의 양도가액은 6,938,059,284원, 이 사건 건물의 양도가액은 2,755,746,645원이 된다고 보아 2021. 6. 17. 2017년 귀속 양도소득세 213,283,637원을 경정고지하였다.

사. ○○세무서장은 피고에게 과세자료를 통보하였고, 피고는 원고가 이 사건 부동산을 매도한 것과 관련하여 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항 단서에서 정한 ⁠‘실지거래가액 중 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우’에 해당한다고 보아 총 매매대금 100억 원을 이 사건 토지 및 건물의 기준시가로 안분계산하여 2,783,582,469원을 이 사건 건물의 공급가액(과세표준)으로 산정하고, 2021. 7. 1. 원고에게 2017년 제1기분 부가가치세 469,743,450원 ⁠(가산세 191,385,211원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 부과처분’이라 한다).

아. 이후 ○○세무서장은 2021. 7. 1. 이 사건 건물의 정당한 부가가치세액은 278,358,247원이라는 이유로 2017년 귀속 양도소득세 10,216,410원을 증액 경정하였다.

자. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2021. 9. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2022. 3. 7. 기각되었다.

[인정근거] 갑 제1호증 내지 제8호증, 을 제1호증 내지 제5호증(가지번호가 있는 경우 가지번호를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 매수인들은 이 사건 건물을 철거한 뒤 이 사건 토지상에 새로운 건물을 건축할 목적으로 이 사건 부동산을 매수하였고, 이에 이 사건 매매계약은 이 사건 토지의 매매대금은 100억 원으로, 매수인들의 입장에서 경제적 가치가 없다고 할 수 있는 이 사건 건물의 매매대금은 0원으로 각 정하여 체결된 것이므로, 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서에서 정한 ⁠‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우’에 해당하지 않는다.

2) 이 사건 부동산의 양도차익을 산정함에 있어서 이 사건 건물의 취득가액은 필요경비에 산입되어 양도가액에서 공제되어야 하므로, 이 사건 건물의 공급가액은 부가가치세 신고의 대상에 해당하지 않는다.

3) 설령 이 사건 처분사유가 타당하다고 하더라도 원고로서는 당사자 사이에 합의한 이 사건 매매계약 내용에 따라 부가가치세 신고를 한 것으로서, 일반인인 원고가 구 부가가치세법 제29조에서 정하는 안분규정이 적용되는 사안인지 알 수 없었으며, 양도소득세를 부과한 ○○세무서장도 수회에 걸쳐 경정처분을 하는 등 이 사건 건물의 공급가액 및 부가가치세 과세대상 여부에 관한 견해가 일관되지 아니하였던 점, 원고가 국세청의 유권해석에 따라 부가가치세 신고를 하지 않은 점 등을 고려하면, 원고에게는 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 부과처분 중 가산세부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하는지 여부

  가) 관련 법리

부가가치세법은 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하는 반면(제26조 제1항 제14호), 건물의 공급에 대하여는 부가가치세를 과세하고 있다. 또한, 부가가치세법 제15조 제1항 제2호는 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 그 재화가 이용가능하게 되는 때를 재화의 공급시기로 보고 있는바, 공급받은 재화가 부동산인 경우 특별한 사정이 없는 한 공급시기는 그 부동산을 명도받기로 한 때라 할 것이다(대법원 2008. 9. 11. 선고 2006두9900 판결 등 참조).

구 부가가치세법 제29조 제9항은 ⁠‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또 는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.’고 규정하고, 구 부가가치세법 시행령 제64조는 ⁠‘법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.’고 규정하면서, 제1호 본문에서 ⁠‘토지와 건물 등에 대한 소득세 법 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액’을 규 정하고 있다. 매도인이 매수인에게 토지와 그 지상 건물을 함께 매도하는 경우, 매수인이 잔금을 지급한 후 토지와 건물을 인도받았다면 그 때 토지뿐만 아니라 건물 역시 매수인에게 공급된 것인바, 만일 매수인이 장차 지상 건물을 철거할 것이라는 사정만으로 매매당사자들이 매매계약서에 건물의 가액을 통상의 거래관행보다 현저히 낮은 금액(예컨대, 0원)으로 기재한 경우, 이를 그대로 받아들여 건물분 부가가치세를 과세할 수 없다고 한다면, 매매당사자 간의 합의로 철거예정건물의 가액을 토지의 가액에 포함시켜 매매계약서를 작성하는 등으로 국가의 부가가치세 징수권을 무력화시키는 부당한 결과를 피할 수 없게 된다. 따라서 국세기본법 제14조 제2항의 실질과세원칙에 비추어, 구 부가가치세법 제29조 제9항의 ⁠‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우’라 함은, 토지와 건물을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 토지의 가액과 건물의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아님이 명백하거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 해석함이 상당하다.

나) 인정사실

(1) 이 사건 건물은 1992. 6. 10. 사용 승인된 지하 2층, 지상 9층, 연면적 4,258.13㎡ 규모의 철근콘크리트조 건물로서, 이 사건 매매계약 체결 무렵 이 사건 부동산의 월 차임 합계는 7,800만 원에 달한다.

(2) 원고가 2017년 종합소득세를 신고할 때 제출한 재무상태표에는 이 사건 건물의 가액(건물부속설비 포함)이 625,094,689원으로 계상되어 있다.

 (3) 피고가 구 부가가치세법 제29조 제9항, 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조에 따라 기준시가로 안분하여 산출한 이 사건 건물의 기준시가는 2,783,582,469원이다.

(4) 원고는 2021. 7. 1.자 양도소득세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고(○○법원 2021구단○○○○), 이 법원은 2022. 7. 6. 이 사건 토지 및 건물의 가액의 구분이 불분명한 때에 해당한다고 보아 기준시가에 따라 이 사건 토지 및 건물의 양도가액을 안분계산한 것은 적법하다는 이유로 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다. 원고는 위 판결에 불복하여 항소하였으나(○○법원 2022누○○○○) 항소심 법원은 2023. 2. 1. 원고의 항소를 기각하는 판결을 선고하였고 위 판결은 그대로 확정되었다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제9호증, 을 제6 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다) 구체적 판단

앞서 본 법리를 기초로 위와 같이 인정한 사실을 통해 알 수 있는 다음의 사 정을 종합하여 보면, 이 사건 매매계약서에 기재된 ⁠‘토지가액 100억 원, 건물가액 0원’이라는 가액 구분은 원고와 매수인들 간 진정한 합의에 의한 것이 아니거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어난 비합리적인 가액이어서 구 부가가치세법 제29조 제9항의 ⁠‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 원고의 입장에서는 신축한지 25년이 경과하기는 하였으나 이 사건 건물을 양도하기 직전까지도 이 사건 건물에서 월 임대료 7,800만 원 상당을 얻고 있었으므로 이 사건 건물의 객관적인 가치나 원고의 주관적인 가치가 0원이 아니었음은 분명하였다. 이 사건 매매계약서에 기재된 이 사건 건물의 가액 0원은 2017년도 재무상태표에 기재된 가액과도 현저한 차이가 있다.

(2) 매수인들의 입장에서 보더라도, 철거를 예정한 이 사건 건물 자체는 매수 인들에게 아무런 가치가 없었지만 이 사건 토지 위에 건물을 신축하기 위해서는 우선 이 사건 건물의 처분권을 취득하여야 이 사건 건물을 철거하고 그 자리에 새로운 건물을 신축할 수 있었다는 점에서 매수인들 역시 대가를 지불하고 이 사건 건물의 소유권을 유상으로 취득할 의사가 있었다. 즉 이 사건 매매계약의 실질을 보면, 매수인들 역시도 이 사건 토지와 건물을 반드시 일체로 매수하려는 의사였으므로 이 사건 토지와 건물의 가액은 서로 뗄 수 없는 관계에 있었다. 결국 매수인들이 원고에게 지급한 100억 원은 그 명목여하에 불구하고 매수인들이 이 사건 토지와 건물 모두를 매수하기 위하여 원고에게 지급한 것이므로, 이 사건 토지 및 건물 전체에 대한 매매대금으로 지급한 것으로 보아야 한다.

(3) 만일 원고의 주장과 같이 원고와 매수인들 사이에서 이 사건 건물이 철거 예정으로서 아무런 가치를 갖기 않기 때문에 양도가액을 0원으로 정한 것이고 매수인들이 원고에게 지급한 100억 원 중 이 사건 건물의 가치에 대응하여 지급한 금액이 전혀 없다고 한다면, 원고가 매수인들에게 이 사건 건물을 무상으로 증여한 것이 되는데 원고가 매수인들에게 이 사건 건물을 무상으로 증여할 이유가 없다. 즉 원고와 매수인들 사이의 관계 및 이 사건 매매계약 체결의 목적과 경위, 사회통념 등에 비추어 보면, 원고가 매수인들에게 이 사건 토지와 건물을 합계 100억 원에 일체로 양도한 것으로 보는 것이 자연스럽고, 반대로 ⁠‘원고가 매수인들에게 이 사건 토지를 100억 원에 양도 하면서 이 사건 건물은 무상으로 증여하였다’고 법률관계를 구성하는 것은 지나치게 작위적이고 원고와 매수인들의 진정한 의사 및 사회통념에 반한다.

(4) 원고로서는 이 사건 토지와 이 사건 건물의 소유권을 모두 이전하는 대가로 매수인들로부터 100억 원을 받은 것이고, 매수인들로서도 이 사건 토지와 이 사건 건물의 소유권을 모두 취득할 필요가 있었기 때문에 그에 대한 대가로 원고에게 100억 원을 지급한 것이므로, 이 사건 매매계약의 체결에 있어 전체 양도금액 100억 원이 원고와 매수인들에게 중요한 의미를 가졌을 뿐 이 사건 토지와 건물의 세부가액은 굳이 정할 필요도 없었다.

2) 이 사건 건물의 취득가액이 양도소득세 산정에 있어서 공제되어야 하는 필요경비에 해당하는지 여부 토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우, 철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입하기 위하여는, 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에 한한다(대법원 1990. 1. 25. 선고 89누53 판결 등 참조).

그러나 앞서 살펴본 바와 같이 원고는 이 사건 토지를 취득한 이후 임대업을 영위할 목적으로 이 사건 건물을 신축한 후 약 25년 동안 이 사건 건물을 타인에게 임대하여 왔으므로, 원고가 이 사건 토지와 건물을 취득할 당시 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이 있었다고는 볼 수 없으므로, 이 사건 토지의 양도차익을 산정함에 있어서 이 사건 건물의 취득가액을 필요경비에 산입하여 양도가액에서 공제하여야 한다고 보기 어렵다.

설령 이 사건 건물의 취득가액이 양도소득세 산정에 있어서 공제되어야 하는 필요경비에 해당한다 하더라도, 매수인들이 2017. 6. 28. 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기를 경료받은 이상, 그때 원고가 매수인들에게 이 사건 건물을 공급한 것이고, 그로써 이 사건 건물의 공급과 관련된 부가가치세 납부의무가 성립하는 것이므로, 위와 같은 사정은 양도소득세 산정에 있어 고려하여야 할 요소일 뿐 부가가치세 납부의무의 성립과 산정에 고려하여야 할 요소가 아니다.

따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3) 가산세 면제의 ⁠‘정당한 사유’가 존재하는지 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하고, 이와 같은 경우 설령 과세관청이 세법에 위반된 신고를 그대로 받아들이면서 시정지시 등을 하지 아니하였다고 하더라도 정당한 사유가 있다고 할 수 없다(대법원 1991. 9. 13. 선고 91누773 판결, 대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등 참조). 원고가 주장하는 사정, 즉 원고가 세법지식이 없는 일반국민이라거나, 구체적인 사안에 따라 달리 판단할 수 있다는 내용이 포함된 과세관청의 일반적인 질의회신을 믿었다는 사정은 정당한 세액에 관한 단순한 법률의 부지ㆍ착오가 있었다는 사정에 불과하다. ○○세무서장이 처음에는 원고의 양도소득세 신고내용을 전제로 이 사건 건물 가액을 0원으로 하되 그 경우 이 사건 건물은 유상양도에 해당한다고 볼 수 없다는 이유로 이 사건 건물 취득가액을 양도가액에서 공제하지 아니하는 내용의 경정처분을 하였다가, 이의절차에서 이 사건 토지와 건물의 가액 구분이 불분명하여 양도가액을 안 분하는 것으로 처분사유를 변경하였더라도, 이는 이 사건 매매계약의 내용과 제반 사정에 비추어 당사자의 진정한 의사를 어떻게 보아야 할 것인지에 따라 처분사유를 달리 한 것으로서 세법의 해석상 의의가 있다거나 과세관청이 세법해석을 변경하였다거나 해석의 불일치가 있었다고 볼 수 없다. 원고는 이 사건 매매계약의 당사자로서 그 계약 체결의 경위와 내용, 당사자들의 진정한 의사 및 이 사건 매매계약의 실질을 가장 잘 알 수 있는 지위에 있었으므로, 원고에게 단순한 법률의 부지·착오를 넘어 납세의무의 이행을 기대하는 것이 무리였다고 보아 가산세 부과를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 03. 30. 선고 서울행정법원 2022구합66774 판결 | 국세법령정보시스템