요지

피고가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우에는 설령 그와 같은 하자가 있다고 하더라도 외관상 명백하다고 할 수 없음

판결내용

판결내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 20BB. B. BB. 원고에 대하여 한 20CC 사업연도 법인세

   DDD원(가산세 DDD원 포함)의 부과처분 및 20CC. C. CC. 원고에

   대하여 한 소득자를 이EE, 귀속연도를 20CC년, 소득금액을 DDD원으로

   하는 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 20○○. ○○. ○○. 부동산개발업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 20○○.

    ○○. ○○. ○○ 서울 ○○구 ○○동 대지 ○○㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를

    FF원에 취득하였다(취득원가: GG원).

나. 원고는 그 1개월 후인 20○○. ○○. ○○. 소외 문HH와 이 사건 토지를 매매대금

    xx원에 매매하는 계약을 체결하였고, 20○○. ○○. ○○. 위 매매대금을

    xx원으로 변경하여 재차 매매계약을 체결하였으며, 이후 이 사건 토지 처분이익

    xx원(= 양도대금 xx원 –취득원가 xx원 –취득세 xx원)을 유형자산처분이익으로

    계상하고, 2011. 3. 31. 피고에게 20○○ 사업연도 법인세를 신고하였다.

다. 그런데 피고는 원고가 20○○. ○○. ○○.부터 20○○. ○○. ○○.까지

   문HH로부터 수령한 총 금원이 xx원이라는 사실을 확인하였고, 위 금액이 이 사건

   토지의 실제양도가액이라고 보아 원고가 당초 신고한 양도가액과의 차액인 xx원(=

   xx원 - xx원)을 과소신고한 것으로 판단하였다. 이에 피고는 20○○. ○○. ○○.

   위 xx원을 익금산입하여 원고에게 20○○ 사업연도 법인세 xx원(가산세 xx원

   포함)을 경정·고지하고, 20○○. ○○. ○○. 위 xx원을 원고의 주주인

   이EE(원고의 대표이사 이II의 배우자이다)에 대한 20○○년 귀속 배당으로

   소득처분하여 원고에게 소득금액변동통지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 20○○. ○○. ○○. 서울지방국세청장에게 이의신청을

   하였으나, 서울지방국세청장은 20○○. ○○. ○○. 위 신청을 기각하였다. 원고는

   20○○. ○○. ○○. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원 역시 20○○.

   ○○. ○○. 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 피고는 20○○. ○○. ○○.부터 20○○. ○○. ○○.까지 원고에 대한

서면확인절차(이하 ⁠‘이 사건 서면확인절차’라 한다)를 실시한 후 이 사건 처분을

하였다. 그러나 이 사건 서면확인절차는 실질이 세무조사였는바, 피고는 세무조사

선정사유가 없음에도 불구하고 세무조사를 개시하였을 뿐 아니라 세무조사 시

준수해야하는 법령상 절차도 전혀 준수하지 않았다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고는 이 사건 토지의 매매가액이 실제로는 xx원임에도 원고가 2010. 10. 5.자

   매매계약서에서 매매대금을 xx원으로 허위 기재하는 등 ⁠‘사기 기타 부정한 행위’를

   하여 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하였다고 보아

   10년의 장기부과제척기간을 적용하여 이 사건 처분을 하였다. 그러나 이 사건

   토지의 실제 매매대금은 원고가 신고한 xx원임이 분명하고, 원고가 어떠한 ⁠‘사기

   기타 부정한 행위’를 한 사실도 없으므로 이 사건에 적용되는 부과제척기간은

   5년이다. 따라서 이 사건 처분은 그 처분사유가 없을 뿐 아니라 부과제척기간이

   경과한 이후 이루어진 것으로 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 세무조사 선정사유 부존재 및 절차 미준수 주장에 관한 판단

1) 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의

과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을

검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의

질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인

정되는 자 등(이하 ⁠‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문 에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기

간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침

해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에

현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다. 그렇지만 납세자 등 이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권 이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 볼

것은 아니다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두42255 판결 등 참조).

2) 갑 제9, 10호증, 을 제12 내지 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면

다음과 같은 사실들이 각 인정된다.

가) 원고는 20○○. ○○. ○○. 아래와 같이 피고로부터 이 사건 토지 양도에 관한 해

명자료를 제출하라는 안내문을 수령하였다.

해명자료 제출 안내

○ 과세자료 내용: 부동산 양도 후 처분이익 등 신고 적정 여부 확인

○ 제출할 해명자료

1. 이 사건 토지 매각 관련 양도계약서, 금융증빙내역, 회계전표

2. 양수인 문HH와의 금전소비대차 관련 계약 유무 및 금전거래 관련 회계전표

본 안내문은 귀하(귀사)에 대한 세무조사 등의 번거로운 절차 없이 사실관계 확인을 위한

협조를 요청하는 것이니 기한 내에 해명(보완)자료를 제출하여 주시기 바라며, 제출 기간까

지 회신이 없거나 제출한 자료가 불충분할 때에는 과세자료의 내용대로 과세될 수 있음을

알려드립니다.

나) 원고의 세무대리인은 20○○. ○○. ○○. 및 20○○. ○○. ○○. 피고의 담당

조사관 백○○과 면담하면서 원고의 법인세 신고가 문제없다는 점을 소명하였고,

20○○. ○○. ○○. 담당 조사관의 요청에 따라 이 사건 토지의 양도 관련 자료(이

사건 토지 매매계약서 사본 및 등기부등본. 20○○. ○○. ○○.자 회계처리 내용, 원고

20○○년도 재무제표, 20○○년도 계정별원장)을 제출하였다.

3) 위 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제9, 10호증, 을 제12 내지 14호증의 각 기재에

변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 사건

서면확인절차는 세무조사에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 이와 달리 이 사건

서면확인절차가 세무조사라는 전제에서 한 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

가) 이 사건 서면확인절차에 따라 교부된 20○○. ○○. ○○.자 해명자료 제출

안내에는 원고가 이 사건 토지를 양도한 후 한 처분이익의 신고가 적정한지 확인하기

위하여 매매계약서, 금융증빙내역, 회계전표 등 자료를 요청한다는 내용 및 세무조사의

절차 없이 사실관계 확인을 위한 협조를 구하는 것이라는 취지만이 명시되어 있고,

달리 자료제출을 거부 또는 기피하거나 허위제출을 하는 경우 과태료 등 제재처분을

받게 된다는 기재가 없다.

나) 원고의 세무대리인이 최소한 2차례에 걸쳐 JJ세무서를 방문하여 담당자인

백○○과 면담하고 해명자료를 제출하였던 사실은 인정된다. 그러나 그 과정에서 납세

대상자에 대한 사실관계 확인 이상의 실질적인 조사가 진행되었다고 볼 만한 사정은

없고, 위 세무대리인이 제출한 해명자료 역시 20○○. ○○. ○○.자 해명자료 제출

안내에 기재되어 있는 서류의 범위를 초과하는 것으로 보이지 않는다.

다) 즉 백○○을 비롯한 피고의 담당 조사관들은 원고의 세무대리인이 제출한

자료를 검토하는 절차를 거쳤을 뿐, 별도로 원고의 사무실이나 사업장 등 현장을 방문

하여 장부·서류·물건 등을 검사·조사하거나 확인대상자들을 상대로 직접 질문을 하는

등의 절차도 진행하지 않았다. 그 과정에서 일방적인 조사가 이루어졌거나, 원고의 정

당한 영업권 등이 침해되었다고 보기도 어려울 따름이다.

라. 처분사유의 부존재 주장에 관한 판단

1) 갑 제5, 6, 12 내지 14호증, 을 제3, 4, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를

종합하면 다음과 같은 사실들이 각 인정된다.

가) 이 사건 토지의 매매 및 소유권 변동 경위

(1) 원고는 20○○. ○○. ○○. 이 사건 토지를 소외 나KK, 이LL, 심MM,

임NN으로부터 xx원에 취득한 후 약 1개월 후인 2009. 9. 22. 문HH에게 매매대금

xx원에 이 사건 토지를 매도하기로 하였다. 그 매매계약의 주요 내용은 아래와 같다.

제2조(매매대금)

“갑”(원고를 가리킨다)은 이 사건 토지를 일금 xx원으로 ⁠“을”(문HH를 가리킨다)에게

매도한다.

제3조(계약보증금)

“갑”은 계약보증금으로 일금 xx원 중 일금 xx원을 ⁠“을”에게서 영수하였으며

“을”은 나머지 잔액 xx원을 20○○년 ○○월 ○○일 ⁠“갑”에게 지급하기로 한다.

제4조(대금납부)

“을”은 제2조 매매대금에서 제3조의 계약보증금을 제외한 잔액 xx원을 20○○년 ○○월

○○일에 전액 지급하기로 한다.

(2) 원고와 문HH는 그 1년 후인 2010. 10. 5. 매매대금을 xx원으로 감액하여 다시

매매계약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다(20○○. ○○. ○○.자

매매계약 시에는 20○○. ○○. ○○.자 계약과 달리 공인중개사의 중개 없이 당사자

간 매매계약이 체결되었다). 이후 문HH는 20○○. ○○. ○○. 20○○. ○○. ○○.자

매매계약을 원인으로 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

제2조(매매대금)

“갑”(원고를 가리킨다)은 이 사건 토지를 일금 xx원으로 ⁠“을”(문HH를 가리킨다)에게

매도한다.

제3조(계약보증금)

“갑”은 계약보증금으로 일금 xx원은 은행계좌로 ⁠“갑”에게 지급하기로 한다.

제4조(대금납부)

“을”은 제2조 매매대금에서 제3조의 계약보증금을 제외한 잔액 xx원 중 중도금으로 xx원은

20○○년 ○○월 ○○일에 지급하기로 하고, 이를 제외한 잔액 xx원은 20○○년 ○○월

○○일에 지급하기로 한다.

나) 관련 토지의 매매 및 소유권 변동 경위

(1) 이 사건 토지는 OO역 인근에 위치하고 있는데, 아래와 같이 OO로 대로변의 서울

OO구 OO동 xx㎡(이하 ⁠‘관련 토지’라 한다)로 인하여 일부 진입로를 제외하고는 OO로

대로변에 접하지 못하고 있었다.

(2) 한편 관련 토지는 소외 이EE(원고의 대표이사인 이II의 배우자이고, 원고의

주주이다)과 그 모친 백PP이 각 1/2 지분씩 소유하고 있었는데, 문HH는 이 사건

토지와 함께 관련 토지(그 지상 건물 포함)에 관하여도 20○○. ○○. ○○. 매매대금

xx원에 매수하는 계약을 체결하였고, 20○○. ○○. ○○.에는 매매대금을 xx원으로

증액하여 매매계약을 다시 체결하였다(20○○. ○○. ○○.자 매매계약 당시에는

20○○. ○○. ○○.자 계약과 달리 공인중개사의 중개 없이 당사자 간 매매계약이

체결되었다). 이후 문HH는 20○○. ○○. ○○. 20○○. ○○. ○○.자 매매를

원인으로 관련 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

다) 이 사건 토지 및 관련 토지에 관한 감정평가

문HH는 이 사건 토지 및 관련 토지를 모두 취득한 후 이를 담보로 대출을 받기

위하여 감정평가를 의뢰하였는데, 감정평가법인은 이 사건 토지의 감정평가액을

xx원(가격시점: 20○○. ○○. ○○.)으로, 관련 토지의 감정평가액을 xx원(가격시점:

20○○. ○○. ○○.)으로 각 평가하였다.

라) 이 사건 토지 및 관련 토지의 일괄 양도 및 문HH의 양도소득세 신고

문HH는 20○○. ○○. ○○. 소외 이QQ, 이RR에게 이 사건 토지와 관련 토지, 그

지상의 건물을 일괄 매도하였다. 이후 문HH는 20○○. ○○.경 피고에게 양도소득세

신고를 하면서 이 사건 토지의 취득일자를 20○○. ○○. ○○., 그 매입가액을

xx원으로 신고하였으며 관련 토지의 취득일자는 20○○. ○○. ○○., 그 매입가액을

xx원으로 각 신고하였다.

마) 원고의 ○○동 건물 건축

한편 원고는 20○○. ○○. ○○. 서울 ○○구 ○○동 지상에 건축허가를 받고 ○○.

○○. 착공하여 20○○. ○○. ○○. 사용승인을 받았다.

2) 위 인정사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과

같은 사정들을 종합해 보면, 이 사건 토지의 실제 매매가액은xx원으로 봄이

타당하므로 이 사건 처분은 처분사유가 존재하지 않아 위법하다. 따라서 이를

지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

가) 원고는 이 사건 토지 및 관련 토지의 거래 경위에 관하여 아래와 같은 취지로

주장한다.

○ 이 사건 토지와 관련 토지에 관한 매매계약은 모두 20○○. ○○. ○○. 체결되었는데

원고와 문HH는 위 각 토지의 총 매매대금을 xx원으로 협의한 후 토지 면적에 따라

매매대금을 안분하여 이 사건 토지의 매매대금을 xx원[xx원 ×(473.1㎡/857.6㎡)], 관련 토지

의 매매대금을 xx원[xx원 ×(384.5㎡/857.6㎡)]으로 정했다.

○ 한편 문HH는 20○○. ○○. ○○.자 매매계약 이후 일부 매매대금만을 지급하고서

매매대금이 너무 높다는 이유로 지속적으로 재협상을 요구하며 나머지 매매대금을 제대로

지급하지 않았다.

○ 이EE과 문HH는 20○○. ○○. ○○. 관련 토지의 매매대금을 xx원으로 증액하기로 협의

하여 매매계약을 다시 체결하였고, 20○○. ○○. ○○. 이 사건 토지의 매매대금을 xx원으로

감액하기로 협의하여 매매계약을 다시 체결하였다.

○ 한편 원고는 20○○. ○○. ○○.부터 ○○동 건물을 신축하고 있었고, 그 공사대금을 이

사건 토지 매매대금에서 조달할 예정이었으나 문HH가 매매대금을 제대로 지급하지 못하여

은행에서 대출받아 공사를 진행하였다. 원고와 문HH는 위와 같이 이 사건 토지의 매매대금을

xx원으로 감액하는 대신 위 대출이자 474,202,739원은 문HH가 부담하는 것으로 합의하였다.

나) 앞서 본 바와 같이 관련 토지는 대로변에 위치하여 개발하기 용이한 위치에

있었으나 그 면적이 넓지 않아 이 사건 토지와 함께 개발하여야 그 가치가 더욱

상승할 것으로 보이므로, 문HH가 이 사건 토지와 함께 일괄 매수하고자 할 동기가

충분했다고 보인다. 더하여 원고는 20○○. 8. 6. 서울 ○○구 ○○동 지상에 건축허

가를 받고 20○○. ○○. ○○. 이미 착공하였던 상황에서 문HH로부터 매매대금을

제대로 지급받지 못하여 자금난을 겪었던 것으로 보이는바, 뒤에서 보는 바와 같이

당초에 이 사건 토지에 관한 최초 매매대금이 시가보다 상당히 높았던 것으로 보여

문HH로서도 원고에게 매매대금의 감액을 요구할 충분한 이유가 있었던 점 등을

종합해 보면, 거래 경위에 관한 원고의 위와 같은 주장은 경제적으로도 합리적인

설명으로서 충분히 납득할 수 있다.

다) 더구나 문HH는 20○○. ○○. 양도소득신고를 하면서 이 사건 토지의 취득가액을

xx원, 관련 토지의 취득가액을 xx원으로 각 신고하였다. 문HH가 원고와 특수관계가

없는 별개의 경제적 주체임을 고려하면, 추후에 양도소득세를 추가로 부담할 것을

감수하면서까지 허위 매매계약서를 작성하고 취득가액을 실제 매매가액보다 낮게

신고하였을 것으로 보기 어렵고, 그 신고내용이 사실과 부합한다고 봄이 타당하다.

라) 원고는 당초 이 사건 토지를 xx원 남짓에 취득한 20○○. ○○. ○○.로부터 약

1개월 후인 20○○. ○○. ○○. 문HH에게 위 토지를 xx원에 매도하였던 것인바,

사실상 단기간 내 그와 같이 큰 폭의 시세변동이 발생하는 것이 오히려 이례적이다.

이에 더하여 이 사건 토지에 관한 감정평가액(가격시점: 20○○. ○○. ○○.) 역시

xx원으로 원고의 당초 취득가액과 거의 일치하는 점을 종합해 보면, 이 사건 토지에

관한 원고와 문HH 간 최초 매매계약이 이루어진 20○○. ○○. ○○.부터 매매계약이

다시 체결된 20○○. ○○. ○○.까지도 이 사건 토지의 객관적인 교환가치는 위

감정평가액 정도였던 것으로 보일 따름이다. 따라서 20○○. ○○. ○○.자

매매계약에서 정한 매매대금 xx원은 물론, 20○○. ○○. ○○.자 매매계약에서 정한

매매대금 xx원 역시 이 사건 토지의 거래 당시 시가보다는 상당히 높은 가격으로

보인다.

마. 부과제척기간 경과 주장에 관한 판단

1) 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제26조의2 제1항 제1호에서 규정하는 ⁠‘사기 기타 부정한 행위'라 함은 조세의 부과와

징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를

말하고, 적극적 은닉의도가 나타나는 다른 어떤 행위가 덧붙여지지 않은 채 단순히 조

세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지

않는다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두29168 판결, 대법원 2018. 3. 29. 선고

2017두69991 판결 등 참조).

2) 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지의 실제 매매가액이 xx원으로 인정되는 이상

원고의 2○○. ○○. ○○.자 매매계약서가 허위라고 볼 수 없으므로, 원고가 ⁠‘사기

기타 부정한 행위'를 하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이

사건에서 원고에게는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에서 정하는 5년의

부과제척기간이 적용되므로 부과제척기간 기산일인 20○○. ○○.

○○.(20○○사업연도 법인세 신고기한의 다음날)부터 ○○년이 지나 이루어진 이

사건 처분은 부과제척기간이 경과한 것으로 결국 어느모로 보나 위법하여 취소되어야

한다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 04. 28. 선고 서울행정법원 2022구합51901 판결 | 국세법령정보시스템