요지

가공매출처가 스스로 수정신고·납부한 금액에 대해서는 매출액 또는 수입액에서 제외하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2019. 12. 1. 원고에 대하여 한 별지 1. 각 표 ⁠‘이 사건 처분’ 란 기재 각 법인세 및 부가가치세 중 ⁠‘정당세액’ 란 기재 금원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 2/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 

   피고가 2019. 12. 1. 원고에 대하여 한 별지 1. 각 표 ⁠‘이 사건 처분’ 란 기재 각 법인세 및 부가가치세(각 가산세 포함)의 증액 경정처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2008. 7. 7. 서버ㆍ호스팅 관련업, 컴퓨터 및 주변기기 도소매업 등을 목적으로 하여 설립된 법인으로, 미등록 사업자에게 디도스(D-DOS) 보안 관련 인터넷서버관리 용역(이하 ⁠‘이 사건 용역’이라 한다)을 제공하는 등의 사업을 영위하여 왔다.

   나. 피고는 2019. 5. 20.부터 2019. 11. 29.까지 원고에 대한 2012사업연도부터 2018사업연도까지의 법인제세통합조사를 실시하였고(이하 ⁠‘이 사건 조사’라 한다), 그 결과 원고가 2012년경부터 2018년경까지 직원, 직원의 가족, 지인 등 명의의 차명계좌 11개(이하 ⁠‘이 사건 차명계좌’라 한다)를 이용하여 여기에 입금된 금액 상당액에 대하여 원고의 매출 내지 수입금액에서 누락하고 그에 대한 세금계산서를 발급하지 않았다는 등의 이유로 원고와 원고의 대표자 사내이사 AAA를 수사기관에 고발한 다음, 이를 반영하여 2019. 12. 1. 별지 1. 표 ⁠‘이 사건 처분’ 란 기재와 같이 2013사업연도부터 2018사업연도까지의 법인세 합계 x,xxx,xxx,xxx원, 2013년 1기부터 2018년 2기까지의 부가가치세 합계 xxx,xxx,xxx원에 대하여 각 증액 경정ㆍ고지하였다(이하 이들을 합하여 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

   다. 원고는 이에 불복하여 국세청에 2020. 7. 28. 심사청구를 하였으나, 2020. 10. 14.기각결정을 받았고, 이는 2020. 11. 2. 원고에게 송달되었다.

   [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 3호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 이를 각 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 인정사실

  앞서 든 증거와 갑 제5 내지 11호증, 을 제3 내지 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

  1) 원고는 2012년부터 2018년까지 주식트레이딩 업체나 리니지 사설서버 업체 등 사업자미등록 거래처(이하 ⁠‘불특정 거래처’라 한다)에게 이 사건 용역을 제공하고 그에 따른 용역대금을 11개의 이 사건 차명계좌를 통하여 입금받았는데, 피고는 이 사건 처분을 하면서, 이 사건 차명계좌 각 계좌별로 불특정 거래처로부터 입금된 ⁠‘총 입금액’에서 차명계좌간 대체 등으로 제외되는 금액을 차감한 나머지 액수, 즉 ⁠‘쟁점 차명계좌 입금액’ 란 기재 금액을 원고가 누락한 불특정 거래처로부터의 매출액으로 삼았다.

  2) AAA는 이 사건 조사 당시, 이 사건 차명계좌를 사용한 이유에 관하여 ⁠‘디도스 보안과 관련된 거래처(불특정 거래처)들이 주로 불법으로 운영되는 사행성업체들이 많아서 이런 업체들 특성상 밝혀지는 것을 원하지 않고 법인 사업용계좌에 입금하는 것을 부담스러워하여 이 사건 차명계좌로 받게 되었다’고 진술하였다. 또한 AAA는 이 사건 조사에서, 위 ⁠‘쟁점 차명계좌 입금액’을 각 금액별로 구분하여 각 금액이 매출누락액이 맞는지에 대한 질문에 모두 그 금액이 맞다며 ⁠‘누락은 맞지만, 직원이었던 BBB이 개인적으로 사용한 부분이 있을 것이라고 생각한다.’라고 진술하였다.

  3) 한편 AAA는 ⁠‘이 사건 차명계좌를 이용하여 2014. 12. 16.경부터 2018. 12. 31.경까지 총 1,548회에 걸쳐 매출액 합계 20억 원 상당의 용역을 제공하였음에도 해당 매출에 대한 매출세금계산서를 발급하지 아니하였다’는 내용의 조세범처벌법 제10조 제1항 제1호 위반(매출세금계산서 미발행), ⁠‘그로 인하여 2014년 2기 부가가치세 신고를 하면서 부가가치세 합계 xx,xxx,xxx원을 포탈한 것을 비롯하여 그때부터 2018년 2기 부가가치세 신고시까지 부가가치세 합계 xxx,xxx,xxx원을 포탈하고 2014 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원을 포탈한 것을 비롯하여 그 때부터 2018사업연도 법인세 신고시까지 법인세 합계 xxx,xxx,xxx원을 포탈하였다’는 내용의 조세범처벌법 제3조 제1항 위반(조세포탈)의 범죄사실에 대하여, 2021. 8. 18. 서울중앙지방법원에서 징역 1년을 선고받았고 원고는 그와 관련하여 벌금 5,000만 원을 선고받았는데(2021고단 2265호), 이에 대하여 원고와 AAA는 양형부당을 이유로 항소하였고, 항소심은 위 포탈 법인세 중 xxx,xxx,xxx원이 납부된 점 등을 참작하여 1심 판결을 파기하고, AAA에 대하여 징역 10월 및 집행유예 2년을, 원고에 대하여 벌금 4,000만 원을 각 선고하였으며(서울중앙지방법원 2021노2131호), 위 항소심 판결은 그대로 확정되었다.

  4) 한편 원고는 주식회사 ccc, 주식회사 ddd, 주식회사 eee ⁠(이하 ⁠‘주식회사’는 생략하고, 이들을 합하여 ⁠‘이 사건 가공매출처’라 하고, 이들에 대한 가공매출을 가리켜 ⁠‘이 사건 가공매출’이라 한다)에 가공의 세금계산서를 발행한 다음,그로 인한 금액을 원고의 법인세 매출액과 부가가치세 매출수입금액에 반영하였는데, 원고의 총 신고매출액 중 이 사건 가공매출처에 대한 가공매출액은 20억 5,645만 원 규모이다.

  5) AAA는 이 사건 조사 당시 ⁠‘이 사건 가공매출처에 가공매출을 일으켜 사업용 계좌로 입금된 자금을 법인의 비용으로 사용하였고, 가공매출처에게는 차명계좌에 입금된 금원을 통해 다시 돌려주었다’고 진술하였다.

  6) ccc 대표이사 CCC은 ⁠‘2014년 1기부터 2018년 2기까지 원고로부터 가공거래로 인하여 공급대가 983,950,000원 상당의 사실과 다른 세금계산서들을 수취하였고 그에 대하여 2019. 10. 17. 자진하여 수정신고를 하였음을 확인한다’는 내용의 2020. 3. 6.자 확인서를 작성하였다. 또한 ddd 대표이사 DDD은 ⁠‘2014년에 원고로부터 가공거래로 인하여 공급대가 396,000,000원 상당의 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 2019. 10. 17. 자진하여 수정신고를 하였음을 확인한다’는 내용의 2020. 3. 6.자 확인서를 작성하였다.

  7) 실제로 이 사건 가공매출처들은 부가가치세 및 법인세를 수정 신고ㆍ납부하였는데, ① ccc는 2019. 10. 21. 부가가치세 x,xxx만 원, 법인세 x,xxx만 원을, ② ddd는 2019. 10. 17. 부가가치세 1억 x,xxx만 원, 법인세 x억 x,xxx만 원을, ③ eee은 2019. 10. 30. 부가가치세 x억 xxx만 원, 법인세 x억 x,xxx만 원을 각 수정 신고ㆍ납부하였다.

 나. 원고의 주장 요지

  1) 원고의 ① 주장 ⁠(이 사건 가공매출액을 매출액에서 제외하여야 한다는 주장)

   가) 원고는 이 사건 용역을 제공받는 불특정 거래처로부터 이 사건 차명계좌를 통하여 이 사건 용역대금을 지급받았고, 이 사건 가공매출처로부터는 그들에 대한 매출 일부에 대하여 가공의 세금계산서를 발급한 다음 원고의 사업용 계좌를 통해 그 공급대금을 수령하고 이후 이 사건 차명계좌에서 이 사건 가공매출액을 반환하였는바, ① 계좌이체 방식으로 이 사건 가공매출처에 625,050,400원을, ② 현금으로 eee에 약 6억 원, ddd에 약 3억 6,000만 원, ccc에 약 8억 9,450만 원을 반환하였다. 따라서 이들 가공매출액 합계 2,479,550,400원 상당은 각 사업연도별로 원고의 매출액 내지 수입금액에서 제외되어야 한다. 이를 제외하지 아니할 경우에는 이 사건 가공매출액 상당에 대하여 원고와 이 사건 가공매출처에 이중으로 과세한 상황이 되는바, 이러한 점을 고려할 때, 이 사건 처분은 위법하다.

  2) 원고의 ② 주장 ⁠(매출누락액 계산 오류에 관한 주장)

   가) 이 사건 차명계좌 중 EEE 명의의 fff은행 계좌에 입금된 내역 전부를 피고는 매출누락으로 보았는데, 2018년 위 계좌의 거래내역에 의하면, ⁠‘적요’ 란에 ⁠‘FFF’로 기재되어 있는 입출금과 관련하여, 합계 4,800만 원이 입금되었다가 가까운 시일 내에 합계 4,100만 원이 출금되었고, ⁠‘GGG’으로 기재되어 있는 입출금과 관련하여 합계 590만 원이 입금되었다가 가까운 시일 내에 합계 1,300만 원이 출금되었으며, ⁠‘여의도’ 또는 ⁠‘여의도(HHH)‘으로 기재되어 있는 입출금과 관련하여, 합계 7,675만 원이 입금되었다가 가까운 시일 내에 5,075만 원이 출금되었는 바, 위 각 출금내역은 원고의 매출누락액에서 제외되어야 한다.

   나) 원고는 2018. 3.부터 2018. 12.까지 EEE 명의의 위 fff은행 계좌로 입금된 내역 중 총 138건 합계 240,900,000원에 대하여는 별도로 ’건별신고‘를 하였으므로 위 금액은 이미 원고의 매출액에 반영되었다. 따라서 이 사건 매출액에서 위 액수는 제외되어야 한다.

  3) 원고의 ③ 주장 ⁠(BBB가 개인적으로 사용한 금원을 매출액에서 제외하여야 한다는 주장)

   이 사건 차명계좌는 원고 직원이었던 BBB이 관리하였는데, BBB은 원고의 영업과는 별개로 자신의 사업을 운영하였고, 이 사건 차명계좌에서 원고와는 관련 없이 기장료, 국세, 급여 등 자신의 개인적인 목적 또는 자신의 영업과 관련하여 사용된 금액이 상당한바, 이들 액수 또한 원고의 매출액에서 제외되어야 한다.

다. 관계 법령

  법인세법 제66조 [결정 및 경정]

  조세범처벌법(2018. 12. 31. 법률 제16108호로 개정되기 전의 것) 제3조 ⁠[조세 포탈 등], 제10조 ⁠[세금계산서 발급의무 위반 등]

라. 관련 법리

  1) 부가가치세법의 규정에 의한 납세자의 과세표준신고에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정할 때는, 장부나 증빙에 의함이 원칙이나, 다른 자료에 의하여 그 신고내용에오류 또는 탈루가 있음을 인정할 수 있고, 실지조사가 가능한 때에는, 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는 것으로서, 실지조사는, 그것이 실제 매출을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한, 특별한 방법상의 제한이 없다 할 것이므로, 납세의무자의 금융기관계좌에 입금한 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 매출누락금액을 파악한 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 속한다 할 것이다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 참조).

  2) 조세부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당하고, 그것이신고에서 누락된 금액이라는 과세요건 사실은 과세관청이 증명하여야 하는 것이 원칙이다. 다만 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당한다는 것은 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 이를 추정할 수 있는 사실을 밝히거나 이를 인정할 만한 간접적인 사실을 밝히는 방법으로도 증명할 수 있는데(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 등 참조), 이 경우 그와 같이 추정할 수 있는지 여부는 해당 금융기관 계좌가 과세 대상 매출이나 수입에 관한 주된 입금․관리계좌로 사용되었는지, 입금 일자나 상대방 및 금액 등에 비추어 매출이나 수입에 해당하는 외형을 가지고 있는지, 그 계좌의 거래 중에서 매출이나 수입 관련 거래가 차지하는 비중, 반대로 매출이나 수입이 아닌 다른 용도의 자금이 혼입될 가능성 및 그 정도 등 해당 금융기관 계좌에 입금된 금액에 관한 여러 사정들을 종합하여 판단하여야 한다(대법원2017. 6. 29. 선고 2016두1035 판결 참조).

   그리고 위와 같은 여러 사정들을 종합한 결과 납세의무자의 금융기관 계좌가 매출이나 수입에 관한 주된 입금․관리계좌로서 그에 입급된 금액이 매출이나 수입에 해당한다고 추정할 수 있는 경우라 하더라도, 개별적인 입금이나 일정한 유형의 입금이 그일자, 액수, 거래 상대방 및 경위 등과 아울러 경험칙에 비추어 이미 신고한 매출이나수입과 중복되는 거래이거나 매출이나 수입과 무관한 개인적인 거래로 인정될 수 있는특별한 사정이 있는 경우에는, 이를 신고가 누락된 매출이나 수입에 해당한다고 쉽게단정할 수는 없다고 할 것이나(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두7776 판결 등 참조),

   이와 같은 특별한 사정의 존재는 이를 주장하는 자가 증명하여야 할 것이다(서울고등법원 2017. 3. 7. 선고 2016누74448 판결 참조).

마. 원고의 ①주장에 대한 판단

  1) 앞서 본 법리에 비추어 보건대, 앞서 본 사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 실제 이 사건 용역을 제공받은 불특정 거래처들로부터 이 사건 차명계좌를 통하여 이 사건 용역대금을 지급받은 점, 원고는 이 사건 조사 당시 불특정 거래처들로부터 입금받은 금원에 대하여 각 차명계좌별로 구분하여 그 금액을 용역대금으로 입금받았다는 취지의 진술을 한 점, 달리 원고가 불특정 거래처에 대한 매출이나 수입에 관하여 장부나 별도의 증빙자료를 제대로 갖추고 있었던 것으로 보이지 않는 점 등을 종합하여 보면, 피고가 이 사건 차명계좌 입금 내역을 토대로 하여 원고의 매출누락금액을 파악한 것은 객관성이 있는 실지조사방법에 해당한다고 봄이 상당하다.

  2) 이에 대하여 원고는, 가공매출처로부터 수령한 금원을 원고의 고정비 등으로 사용하였고 이 사건 가공매출처에게는 이 사건 차명계좌를 통하여 가공매출액을 반환하였다는 취지로 주장한다.

   살피건대, 앞서 인정한 사실에 의하면, 원고는 위와 같은 거래구조 하에서 사업을 운영하였던 것으로 보이기는 하나, 원고가 드는 증거만으로는 이 사건 차명계좌에서 이 사건 가공매출처에 반환된 액수가 원고가 주장하는 금액에 이른다는 점을 인정하기에는 부족하다.

  3) 다만, 이 사건 조사 이후 원고의 조세범칙혐의에 대한 고발이 이루어지자, 이 사건 가공매출처는 2019. 10.경 가공 매입세금계산서로 인한 거래를 부인하면서 ccc는 부가가치세 x,xxx만 원 및 법인세 x,xxx만 원을, ddd는 부가가치세 x억 x,xxx만 원 및 법인세 x억 x,xxx만 원을, eee은 부가가치세 x억 xxx만 원 및 법인세 x억 x,xxx만 원을 각 수정신고ㆍ납부하였는바, 이 사건 가공매출처가 스스로 부인한 액수에 대하여는 원고 또한 매출 내지 수입액에서 제외하여야 한다고 봄이 상당하고, 피고가 드는 증거만으로는 이를 뒤집기에 부족하다.

  4) 따라서 이를 반영하여 법인세와 부가가치세의 정당세액을 계산한 결과는 별지 1.표 ’정당세액‘ 란 기재 액수와 같은바(단, 가공의 세금계산서 발급으로 인한 가산세는 산정에서 제외된 상태이다), 이를 초과하는 부분은 위법하다고 봄이 타당하다.

마. 원고의 ②주장에 대한 판단

  1) 원고는 EEE 계좌에 입금된 금원 중 가까운 일시에 다시 동일인에게 출금 이체된 금원은 원고의 매출누락액에서 제외되어야 한다고 주장하므로, 이에 관하여 보건대, 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이들 기재는 위 계좌 ’적요‘ 란에 기재되어 있는 것으로, 원고가 금원 이체시 임의로 기재할 수 있는 것이어서,’적요‘ 란에 입금자와 동일한 이름이 출금 상대방으로 기재되어 있다고 하여 반드시 그 사람에게 출금된 것이라 할 수 없는 점, ② 원고가 불특정 거래처로부터 수령한 실제 매출액 가운데 그 대부분을 다시 반환할 만한 납득할 만한 이유가 없는 점, ③ 위 출금액이 실제 매출처로부터 받은 매출액을 그 당해 매출처에 반환한 금원인지 알 수 없고, 이 사건 가공매출액 반환의 일환에서 이루어진 것일 가능성 또한 배제할 수 없는 점(만일 그러하다면, 그러한 사정은 이 사건 가공매출액에 대한 위 마항 기재 판단을 통해 이미 반영되었다), ④ EEE 이외의 다른 차명계좌와 2018년 이외 연도에 대한 EEE 명의의 위 계좌에 대하여는 원고도 별다른 주장을 하지 못하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 드는 증거만으로는 위 계좌에서 2018년에 출금 이체된 금원이 당해 불특정 거래처에 반환된 것으로서 매출액에서 차감할 대상에 해당함을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다(이를 원고의 비용으로 인정할 증거 또한 없다).

  2) 또한 원고는 2018. 3.부터 2018. 12.까지 EEE 명의의 계좌로 입금된 금원 중 일부는 이미 원고의 매출액으로 신고ㆍ반영되었다고 주장하나, 원고는 이 사건 소장에서는 ⁠“이 사건 차명계좌로 입금된 금액 중 2018. 3.부터 2018. 12.까지 심주영 명의 계좌로 입금된 6건, EEE 명의 계좌로 입금된 250건, BBB의 계좌로 입금된 1건 총 257건 190,300,000원의 입금액에 대하여 ’건별신고‘를 통하여 이미 매출에 반영하여 신고완료하였다.”고 주장하다가, 2022. 3. 14.자 준비서면에서는 ⁠“2018. 3.부터 2018. 12.까지 소외 EEE 명의의 fff은행 계좌로 입금된 내역 중 총 138건 240,900,000원에 대하여 건별신고를 완료하였고, 추가적으로 나머지 부분을 확인하여 주장하겠다.”는 취지로 주장ㆍ진술한 이후 원고는 나머지 부분에 대한 추가적인 주장ㆍ증명이 없다. 결국 원고 스스로도 2018년에 이 사건 차명계좌로 입금된 금원 중 매출로 이미 신고된부분이 얼마인지를 구체적으로 특정하고 있지 못하고 있는 것으로 보이고, 건별신고내역의 기재만으로는 이 사건 차명계좌의 입금액을 기준으로 한 매출 누락의 추정을 뒤집고 위 240,900,000원이 매출액에서 공제될 대상에 해당한다는 점을 인정하기에 부족하다. 따라서 이 부분 원고의 주장도 받아들이지 않는다.

바. 원고의 ③주장에 대한 판단

  BBB이 사용한 금원에 대하여는 원고의 매출액에서 제외되어야 한다는 주장에 관하여 보건대, 불특정 거래처로부터 이 사건 차명계좌로 수입금액이 입금된 이상 이는 원고의 매출 내지 수입에 해당하고, 그 이후에 설령 BBB이 개인적으로 이를 사용하였다고 하더라도, 이는 BBB이 원고가 수령한 매출금을 횡령한 것에 지나지 않는바, 이를 매출액에서 차감할 이유가 없다. 따라서 이에 관한 원고의 주장은 더 나아가 볼 것 없이 이유 없다.

사. 소결

  그러므로 이 사건 처분 중 별지 1. 표 ⁠‘정당세액’ 란 기재 액수를 초과하는 부분은 위법하므로 이를 취소함이 타당하다(다만 위 ⁠‘정당세액’ 란 기재 액수에는 가공 세금계산서 발급으로 인한 가산세는 반영되어 있지 않은데, 그에 대한 가산세 부과는 오히려 이 판결의 취지에 부합할 뿐 기판력 또는 기속력과 관련한 장애 사유는 없는 것으로 보인다).

3. 결론

  그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 04. 06. 선고 서울행정법원 2021구합52884 판결 | 국세법령정보시스템