요지

계약체결의 경위, 계약의 체결 및 대금지급, 원고 싱가포르 본점과 서울영업소의 관계, 원고 싱가포르 본점의 업무 내용 등에 비추어 보면, 이 사건 매입거래에서 공급받는 자는 원고 싱가포르 본점으로 봄이 타당하다.

판결내용

판결내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결 중 피고 ○○○세무서장이 2016. 9. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 120,286,405원의 취소를 구하는 부분에 대한 원고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 소를 각하한다.

2. 제1심판결 중 아래에서 각 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

  가. 피고 ○○○세무서장이 2016. 9. 1. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 447,161,401원 부분(증빙미수취가산세 부분), 2013 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 1,392,169,803원 부분(증빙미수취가산세 부분에서 위 각하 부분을 제외한 나머지 부분), 2014 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 1,062,753,729원 부분(증빙미수취가산세 부분)을 각 취소한다.

  나. 피고 ○○○세무서장이 2016. 7. 13. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제2항 기재 각 부가가치세 부과처분을 취소한다.

3. 제1심판결 중 피고 ○○지방국세청장의 패소 부분을 취소하고, 원고의 피고 ○○지방국세청장에 대한 청구를 기각한다.

4. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

5. 소송총비용 중 원고와 피고 ○○○세무서장 사이에 생긴 부분 중 10%는 원고가, 나머지는 피고 ○○○세무서장이 각 부담하고, 원고와 피고 ○○지방국세청장 사이에 생긴 부분은 원고가 부담하며, 보조참가로 인한 부분은 피고 ○○○세무서장이 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

  피고 ○○○세무서장이 2016. 9. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제1항 기재 각 법인세 부과처분과 2016. 7. 13. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제2항 기재 각 부가가치세 부과처분 및 피고 ○○지방국세청장이 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제3항 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

2. 항소취지

  가. 원고

    제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소하고, 피고 ○○○세무서장이 2016. 9. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제1항 기재 각 법인세 부과처분과 2016. 7. 13. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제2항 기재 각 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

  나. 피고 ○○지방국세청장

    주문 제3항과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

2. 원고는 해상 운송, 도매 석유 및 관련 제품들의 소매 판매를 사업 목적으로 하는 법인으로, 싱가포르 회사법에 따라 설립되어 2012. 8. 21. 싱가포르에 법인 등록을 하고, 2012. 9. 13. 서울영업소에 관한 사업자등록을 하였다.

3. 원고는 2012. 10. 1. 내국법인인 ○○해운으로부터 벙커링 사업 부문을 양수하였다. 벙커링은 일반적으로 국내외 정유사 또는 오일 트레이더로부터 선박연료유를 구매하여 이를 국내외 수산사가 운행하는 원양어선 등에 공급하는 것으로, 보통 항구에 정박 중인 선박에 연료유를 주유하는 것을 ⁠‘포트 벙커링(Port Bunkering)’이라 하고, 해상에서 조업 중인 선박에 연료유를 주유하는 것을 ⁠‘오션 벙커링(Ocean Bunkering)’이라 하며, 해상에 있는 선박에 공급하기 위해 급유선에 선적하는 연료유를 ⁠‘카고(Cargo)’라 한다.

4. 피고 ○○지방국세청장은 2016. 2. 25.부터 2016. 7. 6.까지 ○○해운과 원고에 대한 법인제세 통합 세무조사를 실시하여 피고 ○○○세무서장에게 아래와 같은 내용의 과세자료를 통보하였다.

5. 원고는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 내국법인이므로 2012 내지 2014 사업연도의 싱가포르 본점 유보 소득금액 합계 1,116,191,594원(2012년 371,908,819원, 2013년 657,248,023원, 2014년 87,034,752원)을 원고의 익금에 산입하여야 한다.

6. 원고가 2012년 제2기부터 2014년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 국내항에서 싱가포르 법인인 AAA의 한국지사 등으로부터 별지 2 기재와 같이 공급가액 151,118,566,981원 상당의 선박연료유를 구매한 거래(이하 ⁠‘이 사건 매입거래’라 한다)의 경우 AAA 한국지사로부터 구입한 선박연료유는 최초 공급처인 원고보조참가인(이하 ⁠‘참가인’이라 한다)의 저유소 등에 보관된 선박연료유가 국내항에 정박하고 있는 원고의 급유선으로 이동한 것이고, 이와 같이 구입한 뒤 별지 3 기재와 같이 공급가액 58,953,153,724원 상당의 선박연료유를 해상에서 국내 수산사 선박에 판매한 거래(이하 ⁠‘이 사건 매출거래’라 하고, 이 사건 매입거래와 통틀어 ⁠‘이 사건 선박연료유 거래’라 한다)도 재화의 이동이 국내항에서 시작된 것으로 이 사건 선박연료유 거래는 모두 국내거래에 해당한다.

7. 따라서 원고가 세금계산서를 수취하지 않은 이 사건 매입거래에 대하여 구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조 제5항에 따른 지출증빙서류 미수취 가산세를 부과하여야 하고, 영세율 과세표준을 신고하거나 세금계산서를 발급하지 아니한 이 사건 매출거래에 대하여 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3 제1항에 따른 신고불성실 가산세 및 구 부가가치세법(2014. 12. 23. 법률 제12851호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제2항 제2호에 따른 세금계산서 미발급 가산세를 부과하여야 한다.

8. 한편 AAA이 2012. 10.부터 2014. 7.까지 BBB의 배우자인 CCC이 대표로 있는 DDD에 용역수수료 명목으로 송금한 422,921,284원(이하 ⁠‘이 사건 용역수수료’라 한다)은 원고에게 선박연료유를 판매하면서 우회적으로 지급한 판매장려금(리베이트)이므로 원고의 2012 내지 2014 사업연도 익금에 산입하여야 한다.

9. 이에 따라 피고 ○○○세무서장은 2016. 7. 12. 직권으로 원고를 내국법인으로 사업자등록한 뒤, 원고에 대하여 2016. 7. 13. 별지 1 목록 제2항 기재와 같이 이 사건 매출거래의 공급가액에 관한 2012년 제2기 내지 2014년 제2기 부가가치세(가산세) 합계 1,473,828,820원을 경정․고지하고(이하 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다), 2016. 9. 1. 별지 1 목록 제1항 기재와 같이 싱가포르 본점 유보 소득금액, 이 사건 용역수수료 등을 원고의 익금에 산입하여 2012 내지 2014 사업연도 법인세(가산세 포함, 이하 같다) 합계 3,255,574,550원을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다). 또한 피고 ○○지방국세청장은 2016. 9. 1. 원고에 대하여 별지 1 목록 제3항 기재와 같이 이 사건 용역수수료 상당의 소득금액을 소득자 BBB의 상여 및 기타소득으로 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지’라 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 법인세 부과처분과 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

10. 원고는 이에 불복하여 2016. 9. 28. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2019. 3. 25. 위 심판청구가 기각되었다.

  [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 14, 16, 43, 58, 64, 67호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제34 내지 36, 42 내지 44호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

11. 당사자들의 주장 요지

12. 원고의 주장 요지

    이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

13. 구 법인세법 제1조는 내국법인과 외국법인의 구별기준으로 ⁠‘본점 또는 주사무소의 소재지’와 ⁠‘실질적 관리장소’를 두고 있으나, 그 해석상 본점 소재지가 1차적인 판단기준이 되어야 하고, 외국법인의 설립이 조세회피의 목적에서 비롯된 것이 명백하지 아니한 이상 ⁠‘실질적 관리장소’의 개념을 적용하여 구 법인세법상 내국법인으로 볼 수 없다. 나아가 원고의 설립 경위와 서울영업소 설치 및 운영 경위 등에 비추어 보면, 원고는 싱가포르에 설립된 외국법인에 해당하므로, 싱가포르 본점 유보소득에 대한 납세의무가 없다.

14. 설령 원고의 서울영업소를 실질적 관리장소로 보더라도 다른 사업장의 거래행위까지 모두 실질적 관리장소의 거래행위로 간주할 수 없는데, 이 사건 매입거래를 위한 선박연료유 구매업무는 원고의 싱가포르 본점에서 수행하였으므로, 위 거래의 당사자는 원고 싱가포르 본점으로 보아야 한다. 또한 참가인이 AAA 싱가포르 본점에 선박연료유를 판매하면서 수출신고를 한 뒤 외항선박에 선적하였으므로, 이 사건 매입거래는 이미 수출신고가 수리된 재화인 선박연료유에 관한 것으로, 설령 국내에서 거래가 이루어졌다고 하더라도 외국물품의 거래에 해당한다. 따라서 이 사건 매입거래는 부가가치세 과세대상이 될 수 없으므로, 세금계산서를 수취할 의무가 없다.

15. 이 사건 매출거래는 원고 서울영업소에서 수출신고가 수리된 선박연료유를 국외인 공해(公海)에서 국내 수산사의 원양어선 등에 공급한 것으로, 이미 수출신고가 수리되어 선적된 재화인 선박연료유는 외국물품에 해당하고, 우리나라의 주권이 공해에는 미치지 않는 점 등을 고려하면, 국외거래에 해당한다. 따라서 이 사건 매출거래는 부가가치세 과세대상이 아니어서 세금계산서를 발급할 의무가 없다.

16. 원고에게 이 사건 선박연료유 거래에 관한 세금계산서 수취․발급의무가 있다고 하더라도, 국세청에서 ⁠‘수출하는 재화의 공급시기는 수출하는 재화의 선적일’라고 하거나 ⁠‘사업자가 국외에서 외국물품을 공급받는 경우에는 부가가치세법 적용을 받지 않는다’고 유권해석을 해 온 점, 수출신고가 수리된 물품을 수입하는 과정에서 전전양도가 되는 경우 최종 양수인만이 수입에 따른 부가가치세 납세의무가 있는 점, 일반인으로서는 수출신고가 수리된 물품의 거래가 재화의 수입 대상이 아닌 한 과세대상 거래에 해당하지 않는다고 해석할 수밖에 없는 점, 그 밖에 기획재정부 질의회신과 조세심판원 결정도 국외 해상에서 유류 등을 공급받는 자에게 세금계산서 수취의무가 없다고 한 점 등을 종합하면, 원고는 그 의무 위반에 정당한 사유가 있으므로, 가산세가 면제되어야 한다. 설령 원고에게 정당한 사유가 없다고 하더라도, 원고가 세금계산서 수취․발급의무를 고의로 위반하였다고 볼 수 없는 이상 지출증빙서류 미수취 가산세는 구 국세기본법 제49조 제1항 본문에 따라 각 사업연도별로 1억 원의 한도 내에서 부과되어야 한다.

17. BBB은 원고와 AAA 사이의 선박연료유 거래를 주선하고, AAA로부터 자신이 실질적으로 지배하는 회사인 DDD을 통해 개인적으로 이 사건 용역수수료를 지급받은 것이어서 이를 원고의 익금에 산입할 수 없으며, 이 사건 용역수수료가 사외유출되어 BBB에게 귀속되었다고 보아 소득처분할 수 없으므로, 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다. 설령 이 사건 용역수수료가 익금 산입 대상이라고 하더라도, BBB이 이 사건 용역수수료에 대한 소득세를 납부함으로써 BBB의 소득세 납세의무가 이미 소멸한 이상 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다.

18. 피고들의 주장 요지

    이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유로 적법하다.

19. 원고가 ○○해운이 국내에서 영위하던 벙커링 사업을 양수하여 그대로 운영하였고, 국내에서 이사회를 열어 중요한 의사결정을 하였으며, 중요 임원들이 통상 업무를 수행하거나 고위 관리자의 일상적 관리장소도 국내인 점 등에 비추어 보면, 원고는 실질적 관리장소를 국내에 둔 내국법인에 해당한다. 또한 내국법인과 외국법인을 구분할 때 조세회피목적만을 기준으로 해당 법인의 실질적 관리장소를 판단할 것은 아니다.

20. 이 사건 매입거래의 당사자는 AAA 한국지사와 원고 서울영업소이고, 구 부가가치세법상 재화의 수출은 국내에서 외국으로의 장소적 이동을 전제로 하고 있으므로, 외국으로 반출되지 않은 상태에서 단순히 수출신고가 수리된 선박연료유를 외국물품으로 볼 수 없으며, 국내에 소재한 저유소에서 국내항에 정박한 급유선으로 선박연료유가 공급된 것으로 국내거래에 해당한다. 따라서 원고는 이 사건 매입거래에 대하여 세금계산서를 수취할 의무가 있다.

21. 이 사건 매출거래는 국내에서 이동이 시작되어 공해상에서 선박연료유 공급이 이루어졌을 뿐 외국으로 반출된 사실이 없으므로, 재화의 수출이나 수출된 재화의 거래가 아니라 재화의 공급장소가 국내에 있는 부가가치세 과세대상 거래에 해당한다. 따라서 원고는 이 사건 매출거래에 대하여 세금계산서를 발급할 의무가 있다.

22. 원고는 이 사건 선박연료유 거래에 대하여 수출된 것처럼 가장하여 세금계산서를 수취․발급하지 않았고, 국세청의 유권해석은 이 사건과 사실관계를 달리하고 있으며, 오히려 기획재정부 질의회신이나 조세심판원 결정에 따르면, 재화를 공급받는 자에게 지출증빙서류 수취 특례 규정이 적용된다고 하더라도 재화를 공급하는 자에게는 세금계산서 발급의무가 있으므로, 원고에게는 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 없다. 또한 원고가 이 사건 매입거래에 대한 세금계산서 수취의무를 고의로 위반한 이상 지출증빙서류 미수취 가산세 한도 규정은 적용될 여지가 없다.

23. BBB은 원고와 AAA 사이의 선박연료유 거래를 중개할 만한 능력이 없고, DDD이 선박연료유 거래와 관련하여 AAA에게 어떠한 용역도 제공한 사실이 없으므로, 이 사건 용역수수료의 실질은 원고에게 귀속되어야 할 판매장려금으로서 구 법인세법 제15조와 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조에 따른 익금에 해당한다(피고 ○○지방국세청장은 당초 이 사건 소득금액변동통지 당시에는 구 국세기본법 제14조의 실질과세원칙에 따라 이 사건 용역수수료를 원고의 익금에 산입하였다가, 당심에 이르러 구 법인세법 제15조와 구 법인세법 시행령 제11조에 따른 익금으로 처분사유를 추가하였다). 따라서 원고가 자신에게 귀속되어야 할 판매장려금인 이 사건 용역수수료를 장부에 기재하지 아니한 이상 사외로 유출되어 BBB에게 귀속되었으므로, 이 사건 소득금액변동통지는 적법하다. 나아가 소득금액변동통지에 따른 법인의 원천징수의무는 해당 소득금액변동통지서가 도달하는 때에 성립 및 확정되므로, 그 이후에 원천납세의무자가 해당 세액을 납부하였다고 하더라도, 당초의 소득금액변동통지가 소멸된다고 할 수 없다.

24. 관계 법령

  별지 4 기재와 같다.

25. 당심 변론종결 후 직권취소 된 부분의 취소를 구하는 부분에 대한 소의 적법 여부

  행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않고, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등 참조).

  피고가 당심 변론종결 후인 2022. 4. 15. 2013 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 120,286,405원(증빙미수취가산세 중 일부) 부분을 직권으로 취소하고 원고에게 환급 통지한 사실은 기록상 명백하므로, 위와 같이 직권취소 된 부분에 대한 취소를 구하는 소는 이미 그 효력이 소멸되어 존재하지 않는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

26. 이 사건 법인세 부과처분 중 당심 변론종결 후 직권취소 된 부분을 제외한 나머지 부분과 이 사건 부가가치세 부과처분 및 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부

27. 원고가 구 법인세법상 내국법인에 해당하는지 여부

28. 관련 규정과 법리

29. 구 법인세법 제2조 제1항은 내국법인과 달리 외국법인은 원칙적으로 국내원천소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다고 정하고 있는데, 같은 법 제1조 제1호는 ⁠‘내국법인’에 관하여 ⁠‘국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인’이라고 정하고 있고, 같은 조 제3호는 ’외국법인‘에 관하여 ’외국에 본점 또는 주사무소를 둔 단체(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우만 해당한다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 법인‘이라고 정하고 있다.

내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 ⁠‘실질적 관리장소’란 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소를 뜻하고, 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리․처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 것을 말한다. 이러한 법인의 실질적 관리장소가 어디인지는 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록․보관되는 장소 등의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 1. 14. 선고 2014두8896 판결, 대법원 2021. 2. 25. 선고 2017두237 판결 등 참조).

30. 한편 위 규정의 ⁠‘실질적 관리장소’는 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 법인세법이 개정되면서 도입된 것으로, 조세피난처 등에 명목회사(Paper Company)의 본점 또는 주사무소를 두고 실질적으로 국내에서 주된 업무를 수행하는 외국법인 등의 조세회피를 방지함으로써 우리나라의 과세기반을 확대하고, 외국의 입법례 및 국제관행과 상충되는 문제점을 해결하기 위해 OECD 모델 조세조약에서 법인의 최종 거주지 결정기준으로 채택하고 있는 사업의 실질적 관리장소(Place of effective management)를 내국법인과 외국법인을 구별하는 기준의 하나로 도입한 것이다. 따라서 그 입법 연혁과 취지상 ⁠‘실질적 관리장소’를 기준으로 내․외국법인을 구별할 때는 형식과 실질의 괴리를 통해 조세부담을 회피하려는 의도가 있었는지 등이 고려될 수 있다[법인세법 개정안(의안번호 172840)에 대한 국회 재정경제위원회 심사보고서 참조].

31. 인정사실

      앞서 든 증거들에 갑 제5, 6호증, 을 제1 내지 27호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실들이 인정된다.

32. ○○해운은 2012. 7. 27. 이사회 결의를 통해 벙커링 사업을 별도로 운영할 싱가포르 현지 자회사를 설립하기로 하고 2012. 8. 21. 자본금 미화 8,000만 달러에 원고를 설립하여 그 주식 100%를 보유하였다.

33. 원고는 2012. 9. 13. ○○해운이 종래 벙커링 사업 부문을 영위하던 사업장인 ⁠‘서울 중구 퇴계로 24 남산그린빌딩’에 서울영업소를 설치하였고, ○○해운은 2012. 10.경 원고에게 벙커링 사업부의 영업권 및 이와 관련된 재고 선박연료유 등 자산을 양도하였다.

34. 원고의 설립 이후 서울영업소에는 ○○해운에서 벙커링 사업 부문을 분사하기 전과 같이 30명 정도의 임직원들이 근무하면서 원고의 급유선 운항, 선박연료유 판매 및 재무, 기획, 인사 등의 업무를 수행하였고, 싱가포르 본점에서는 국내에서 파견된 부장급 이하 주재원 2명과 현지에서 채용된 인원이 근무하면서 사업개발 업무와 선박연료유 구매업무 등을 수행하다가 이후 싱가포르 주재원이 1명으로 줄어들게 되었으며, 2015. 5.경 모든 주재원이 철수하여 현지 채용인 외에 원고의 소속 직원은 근무하지 않았다.

원고의 조직도는 아래 ⁠[그림 1], ⁠[그림 2]와 같고, 원고의 업무분장은 아래 ⁠[표 1], 원고의 연도별 인원현황은 아래 ⁠[표 2]와 같다.

[그림 1] 원고의 조직도(원고 설립 당시)

[그림 2] 원고의 조직도(2015. 8. 21. 당시)

[표 1] 원고의 업무분장

[표 2] 원고의 연도별 인원현황

                                                                                  (단위: 명)

35. 원고의 이사들은 ○○해운과 KKK사모펀드 임원들로 구성되었는데, 싱가포르 현지 법령에 따라 이사로 등재되어야 하는 주재원 1명이 싱가포르에 거주하는 것을 제외하고는 원고의 대표이사를 비롯한 경영기획본부장, 마케팅본부장, 영업본부장 등 임원들이 모두 국내에 거주하였다. 또한 원고의 이사회는 국내에서 개최되었고, ⁠‘운항선박용 벙커공급계약 갱신’, ⁠‘아크라사무소 설립’, ⁠‘특수관계인(○○해운) 간의 거래 승인’, ⁠‘보유계좌 인출 서명권자 변경’ 등 중요 경영사항에 대한 의결이 위 이사회에서 이루어졌다. 한편 원고의 회계장부는 싱가포르 본점과 서울영업소에서 각각의 발생분에 대해 보관하고 있었으나, 내부 전산망을 통해 싱가포르 본점과 서울영업소에서 접근할 수 있었다.

36. 원고는 2014. 7.경 ⁠‘이사회 개최 및 주요 업무의 실질적 관리 등 사업의 핵심적인 의사결정이 한국 지점에서 이루어지고, 대표이사를 비롯한 주요 임원이 한국에 거주하는 등 실질적 관리장소 판정에 따라 원고를 내국법인으로 볼 가능성이 높으므로, ① 이사회 50% 이상을 싱가포르 본점에서 개최, ② 싱가포르 거주자를 공동대표로 선임, ③ 싱가포르에 거주하는 이사에게 직책 부여 및 업무 수행, ④ 한국에서 담당하는 운항업무를 싱가포르에서 수행하는 형식 구비, ⑤ 싱가포르 업무인 구매팀장 현지 거주, ⑥ 이사회 의사록 등 중요문서를 싱가포르에서 보관하는 등으로 세무 리스크에 대응할 필요가 있다’는 내용의 ⁠‘SSS 실질적 관리장소 검토’ 문건(을 제14호증)을 작성하였다.

37. 판단

      위 인정사실에 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 내국법인과 외국법인의 구별 기준에 관한 법리에 비추어 보면, 원고는 사업의 실질적 관리장소를 국내에 둔 내국법인에 해당한다고 봄이 타당하다.

38. 원고의 대표이사와 임직원 대부분은 국내에 거주하면서 회사 경영 및 관리 업무를 수행하였고, 원고의 주요 경영사항 등에 관한 이사회도 모두 국내에서 개최한 후 그 의결 내용만을 싱가포르 본점에 전달하였다.

39. 원고의 회사 운영 전반에 관한 업무는 서울영업소의 경영기획본부에서, 영업 운영과 개발 등 마케팅 업무는 서울영업소의 마케팅본부에서 각 담당하였고, 중요한 계약체결 업무도 서울영업소에서 이루어졌다. 반면에 싱가포르 본점에서는 주재원으로 파견된 사업개발팀 소속 구매팀장 등이 서울영업소로부터 위임받은 범위 내에서 구매업무 등을 수행하였을 뿐이다.

40. 원고가 2014. 7.경 실질적 관리장소를 검토한 문건에도, 싱가포르 본점에서는 선박연료유 구매업무와 자체 재무업무를 수행하였을 뿐 주요 업무의 실질적 관리는 서울영업소에서 이루어졌다고 기재되어 있고, 원고를 세법상 내국법인으로 볼 가능성이 높아 그 대응책에 관한 검토도 이루어졌다.

41. 한편 원고는 싱가포르에 법인을 설립할 정당한 목적이 있었고, 조세회피목적이 없는 이상 실질적 관리장소가 국내임을 이유로 내국법인으로 보아 과세할 수 없다는 취지로 주장한다.

그러나 구 법인세법 제1조 제1호, 제3호의 입법 취지는 단지 실질적 관리장소를 이용한 조세회피 방지에만 있는 것이 아니라 외국 소재 본점이 명의상의 것에 불과하고, 주된 활동의 본거지가 국내에 있는 경우에도 본점소재지주의에 집착하게 되면 그 실질적 활동 장소가 내국법인의 그것과 다르지 않은데도 내국법인과 달리 취급되는 불합리한 결과가 생길 수 있으므로, 이를 방지하여 우리나라의 과세기반을 확대하기 위한 것이다. 아울러 OECD 모델 조세조약상 실질적 관리장소 개념을 수용함으로써 외국의 입법례 및 국제관행과 상충되는 문제점을 해결하기 위한 입법자의 의도 또한 있다(헌법재판소 2020. 2. 27. 선고 2017헌바159 결정 참조). 그 밖에 위 규정의 문언적 의미와 기능에 비추어 보면, 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인이라고 하더라도, 국내에 사업의 실질적 관리장소를 두고 있음이 인정되는 이상 내국법인에 해당하고, 조세회피목적이 인정되는 경우에 한하여만 실질적 관리장소의 개념을 적용할 수 있다고 보기는 어렵다.

42. 소결

      따라서 원고는 구 법인세법상 내국법인에 해당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

43. 이 사건 선박연료유 거래가 세금계산서 수취․발급의무가 있는 거래에 해당하는지 여부

44. 관련 규정과 법리

45. 구 부가가치세법상 사업장 단위 과세원칙

46. 구 부가가치세법 제8조 제1항은 사업을 개시하는 자로 하여금 사업장마다 사업자등록을 하도록 규정함으로써 사업장을 실질적인 납세단위로 삼고 있으므로, 동일한 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우 ⁠‘재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 자’라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 사업장을 의미한다. 따라서 계약상 원인에 의하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 사업장이 어느 사업장인가를 결정할 때는 당해 재화 또는 용역 공급의 원인이 되는 계약의 체결과 대금의 지급을 어느 사업장에서 하였고, 재화 또는 용역 공급이 어느 사업장을 위한 것인지, 계약체결의 경위와 각 사업장 간의 상호관계는 어떠한지 등의 제반 사정을 고려하여야 한다(대법원 2006. 12. 22. 선고 2005두1497 판결, 대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결 등 참조).

47. 납세의무자는 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 한다(대법원 1992. 12. 8. 선고 92누1155 판결, 대법원 2017. 1. 25. 선고 2015두3270 판결 등 참조).

48. 부가가치세는 재화나 용역이 생산․제공되거나 유통되는 모든 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하고 소비행위에 담세력을 인정하여 과세하는 소비세로서의 성격을 가지고 있지만, 구 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ⁠‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세 형태를 띠고 있으므로, 구 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다. 그리고 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로서의 인도 또는 양도는 재화를 사용․소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로, 재화를 공급하는 자는 위탁매매나 대리와 같이 구 부가가치세법에서 별도의 규정을 두고 있지 않은 한 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 그 재화를 사용․소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자를 의미한다고 보아야 한다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결, 대법원 2017. 6. 15. 선고 2014두6111 판결 등 참조).

49. 구 부가가치세법상 영세율이 적용되는 ⁠‘수출’의 의미와 그 시기 및 수출 이후 재화의 거래

50. 구 부가가치세법은 제4조 제1호에서 ⁠‘부가가치세는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 과세한다’고 규정하면서 제9조 제1항에서 ⁠‘재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다’고 규정하고 있으며, 제19조 제1항 제1호에서 재화의 이동이 필요한 경우 재화가 공급되는 장소는 ⁠‘재화의 이동이 시작되는 장소’라고 정하고 있다.

구 부가가치세법 제21조 제1항은 ⁠‘재화의 공급이 수출에 해당하면 그 재화의 공급에 대하여 영세율을 적용한다’고 규정하고 있는데, 같은 조 제2항은 영세율이 적용되는 ⁠‘수출’에 해당하는 것으로 ⁠‘내국물품(대한민국 선박에 의하여 채집되거나 잡힌 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것’(제1호), ⁠‘중계무역 방식의 거래 등 대통령령으로 정하는 것으로서 국내 사업장에서 계약과 대가 수령 등 거래가 이루어지는 것’(제2호), ’기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 재화(금지금은 제외한다)를 공급하는 것 등으로서 대통령령으로 정하는 것‘(제3호)을 들고 있다. 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26071호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제31조에서 구 부가가치세법 제21조 제2항 제2호와 제3호의 수출의 구체적인 범위에 관하여 규정하고 있고, 제28조 제6항 제1호에서 구 부가가치세법 제21조 제2항 제1호에 해당하는 수출재화의 경우 ’수출재화의 선(기)적일‘을 재화의 공급시기로 규정하고 있다.

한편 구 관세법(2014. 12. 23. 법률 제12487호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제2조 제2호에서 ’수출‘에 관하여 ’내국물품을 외국으로 반출하는 것‘으로 정의하고 있고, 같은 조 제5호에서 ’내국물품‘에 관하여 ’우리나라에 있는 물품으로서 외국물품이 아닌 것‘[(가)목], ’우리나라의 선박 등이 공해상에서 채집하거나 포획한 수산물 등‘[(나)목], ’입항 전 수입신고가 수리된 물품‘[(다)목], ’수입신고 수리 전 반출승인을 받아 반출된 물품‘[(라)목], ’수입신고 전 즉시 반출신고를 하고 반출된 물품‘[(마)목]으로 규정하고 있다. 또한 　대외무역법의 위임을 받은 구 대외무역법 시행령(2016. 10. 18. 대통령령 제27548호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제2조 제3호 ⁠(가)목에서 ⁠‘수출‘에 관하여 ⁠‘매매, 교환, 임대차, 사용대차, 증여 등을 원인으로 국내에서 외국으로 물품이 이동하는 것’이라고 규정하고 있고, 같은 조 제1호에서 ⁠‘국내’란 대한민국의 주권이 미치는 지역을 말하며, 같은 조 제2호에서 ’외국‘이란 국내 이외의 지역을 말한다고 규정하고 있다.

따라서 구 부가가치세법 제21조 제2항 제1호, 구 부가가치세법 시행령 제28조 제6항 제1호의 문언에 앞서 본 구 관세법과 구 대외무역법 시행령에서 정하고 있는 ⁠‘수출’의 의미를 더하여 보면, 구 부가가치세법상 내국물품을 외국으로 반출하는 수출은 ⁠‘① 매매, 교환, 임대차, 사용대차, 증여 등 원인계약에 기하여 ② 대한민국의 주권이 미치는 지역에서 미치지 않는 지역으로 ③ 물품이 공간적으로 이동하는 것’을 의미하고, 수출재화가 선(기)적되면 재화의 공급이 완료된다고 해석할 수 있다.

51. 구 부가가치세법은 제4조 제2호에서 ⁠‘부가가치세는 재화의 수입에 대하여 과세한다’고 규정하면서, 제13조에서 ⁠‘재화의 수입’에 관하여 ⁠‘외국으로부터 국내에 도착한 물품(외국 선박에 의하여 공해에서 채집되거나 잡힌 수산물을 포함한다)으로서 수입신고가 수리되기 전의 것’(제1호) 또는 ⁠‘수출신고가 수리된 물품(수출신고가 수리된 물품으로서 선적되지 아니한 물품을 보세구역에서 반입하는 경우는 제외한다)’(제2호)으로 규정하고 있고, 제18조에서 ⁠‘재화의 수입시기’는 ⁠‘관세법에 따른 수입신고가 수리된 때’로 하면서 제105조에서 재화의 수입에 대한 부가가치세는 세관장이 관세법에 따라 징수하도록 정하고 있다.

또한 구 관세법은 제2조 제4호에서 ⁠‘외국물품’에 관하여 ’외국으로부터 우리나라에 도착한 물품[외국의 선박 등이 공해(외국의 영해가 아닌 경제수역을 포함한다)에서 채집하거나 포획한 수산물 등을 포함한다]으로서 수입신고가 수리되기 전의 것‘[(가)목] 또는 ’수출신고가 수리된 물품‘[(나)목]으로 규정하고 있고, 제19조 제1항 제1호에서 수입신고를 한 물품의 경우에는 그 물품을 수입한 화주가 관세의 납세의무자가 된다고 규정하면서 같은 호 ⁠(다)목에서 수입물품을 수입신고 전에 양도한 경우에는 양수인이 납세의무자가 된다고 정하고 있다.

이처럼 구 부가가치세법상 수출과 수입은 부가가치세 과세권의 끝점과 시작점으로서 과세관청은 재화의 공급이 수출에 해당하여 선(기)적되는 경우 매출세액 과세표준에 영(0)의 세율을 적용함으로써 사실상 부가가치세를 부과하지 아니하고, 선(기)적된 물품이 국내로 다시 반입되거나 외국으로부터 국내에 도착한 물품이 수입신고가 되어 국내에 반입되는 경우 세관장이 수입세금계산서를 발급하는 방법으로 부가가치세 과세권 행사를 시작하게 되며, 이와 같이 선(기)적된 물품이 국내로 다시 반입되거나 우리나라에서 소비 또는 사용되어 수입에 해당하지 않는 한 부가가치세를 부과할 수 있는 법률상 규정은 따로 존재하지 않는다.

52. 인정사실

      앞서 든 증거들에 갑 제10 내지 13, 15, 20, 25, 38, 44, 46, 48, 49, 51 내지 59, 61 내지 66, 69호증, 갑나 제1 내지 9, 13호증, 을 제32, 37, 45, 46호증의 각 기재와 갑 제31, 32호증, 을 제31호증의 각 일부 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실들이 인정된다.

53. 참가인과 AAA 간 선박연료유 거래 내용 및 AAA 한국지사 운영 형태 등

54. 참가인은 2012년 이전부터 AAA과 거래 관계를 맺으면서 수차례 선박연료유 단기공급계약(이른바 ⁠‘Spot 계약’)을 체결하였다가 2013. 3. 11.과 2013. 8. 29. 각 선박연료유 장기공급계약(이른바 ⁠‘Term 계약’)을 체결하였다. 위 장기공급계약의 주요 내용은 아래 ⁠[표 3], ⁠[표 4] 각 기재와 같다.¹⁾

[표 3] 참가인과 AAA 간 2013. 3. 11.자 매매계약

[표 4] 참가인과 AAA 간 2013. 8. 29.자 매매계약

55. AAA 한국지사는 AAA 싱가포르 본점의 제품 서비스 및 마케팅, 그와 관련된 부대사업 일체를 사업 목적으로 하면서 본점의 영업 업무를 지원하기 위해 본점과 거래처의 연락 및 시장 동향을 보고하는 등의 업무와 국내 고객을 관리하는 업무를 담당하였다.

56. AAA 한국지사는 대표인 FFF을 포함하여 2∼3명의 직원으로 구성되었고, AAA 싱가포르 본점으로부터 운영비와 여기에 일정한 이익률을 곱한 금액을 수수료로 지급받았다. 위 장기공급계약 당시 FFF은 AAA 싱가포르 본점에 선박연료유 가격 등 주요 내용을 보고하고 승인을 얻은 후 거래를 진행하였다.

57. 참가인의 글로벌마케팅팀 팀장으로 근무한 GGG는 장기공급계약의 배경과 기대효과를 검토하면서 위 계약을 통해 참가인의 공급 안정성과 가격 경쟁력을 확보할 수 있고, AAA의 규모와 영업력을 바탕으로 판매 물량을 확대할 수 있다고 분석하였다. 이후 참가인은 AAA과 장기공급계약을 체결하고, 그에 따라 AAA에게 선박연료유를 공급하면서 수출신고를 하였으며, 각 공급일에 국내항 저유소에 보관하고 있던 선박연료유를 울산항에서 원고가 용선한 선박에 카고 방식으로 선적하였다(이하 참가인과 AAA 간 선박연료유 거래를 ⁠‘이 사건 선행거래’라 한다).

58. AAA은 싱가포르 본점의 영업용 계좌인 ⁠‘HHH와 ⁠‘JJJ.’ 등 2개 은행 계좌를 통하여 ⁠‘AAA’ 명의로 참가인의 하나은행 계좌에 선박연료유 공급대금을 미국 달러(USD)로 송금하였다.

59. 이 사건 매입거래의 내용 및 원고 싱가포르 본점의 운영 형태

        별지 2 기재와 같이 이 사건 매입거래에 따른 공급가액 총 151,118,566,981원 중 대부분을 차지하는 105,098,991,056원에 관한 거래는 원고가 AAA과 거래한 것이고, 나머지 46,019,575,925원에 관한 거래는 원고가 KKK, LLL, MMM, NNN, OOO, PPP, QQQ.와 각 거래한 것이다.

        원고 서울영업소가 선박연료유의 수요량을 파악하여 싱가포르 본점에 선박연료유의 구매를 의뢰하면, 원고 싱가포르 본점에서는 정유사 또는 AAA 등 오일 트레이딩 회사에게 견적을 받아 거래처를 선정하였다.

60. 이 사건 매입거래 중 원고와 AAA 간 매입거래

61. 원고는 2012년 설립된 후 AAA과 수차례 단기공급계약을 체결하였다가, 참가인과 AAA 간 매매계약 체결일과 같은 날인 2013. 3. 11. 및 2013. 8. 29. 아래 ⁠[표 5], ⁠[표 6] 각 기재와 같이 선박연료유 장기공급계약을 체결하였다.

[표 5] 원고와 AAA 간 2013. 3. 11.자 매매계약

[표 6] 원고와 AAA 간 2013. 8. 29.자 매매계약

62. 위 장기공급계약 체결 당시에도 FFF이 AAA 싱가포르 본점에 선박연료유 가격 등 주요 내용을 보고하고 승인을 얻은 후 거래를 진행하였다.

63. 원고가 설립될 당시 싱가포르 본점에는 OOO 부장, OOO 차장 2명이 주재원으로 근무하였고, 그 후 싱가포르 현지인 2∼5명을 채용하였다. 이들은 싱가포르 현지에서 신규 거래처를 발굴하는 사업개발 업무와 선박연료유 구매업무를 수행하였고, 그 밖에 싱가포르 현지 회계업무, 기업공개(IPO) 또는 지분매각 등 현금화업무를 담당하였으며, 이를 제외한 선박연료유 판매업무, 마케팅업무, 인사업무 등은 원고 서울영업소에서 수행하였다.

64. AAA이 원고에게 선박연료유를 공급하는 방식은, 앞서 본 것처럼 참가인이 국내항 저유소에 보관되어 있던 선박연료유를 울산항에서 원고가 용선한 선박에 카고 방식으로 선적하는 형태로 이루어졌고, 그 대금은 원고 싱가포르 본점의 영업용 계좌인 케이이비(KEB) 하나은행 싱가포르 지점 계좌에서 AAA 싱가포르 본점 계좌에 미국 달러(USD)로 송금하는 방식으로 지급되었다.

65. 기타 매입거래

66. 기타 매입거래의 당사자

67. KKK는 AAA과는 다른 법인으로 원고가 2012년부터 2014년 사이에 러시아 또는 파나마에서 각각 구매하여 선적한 선박연료유의 매입처이기도 하다.

68. LLL는 국내 오일 트레이딩 회사인 ○○○ 주식회사이다.

69. MMM는 ○○○ 주식회사의 싱가포르 자회사로서 국내에 지사 등 사무실이 없는 오일 트레이딩 회사이다.

70. NNN는 ○○○ 주식회사의 싱가포르 자회사로 오일 트레이딩 회사이다.

71. OOO는 싱가포르에 소재한 오일 트레이딩 회사이다.

72. PPP는 주식회사 TTT(이하 ⁠‘TTT’라 한다)의 싱가포르 자회사로서 국내에 지사 등 사무실이 없는 오일 트레이딩 회사이다.

73. QQQ은 TTT를 뜻하는 것(이하 TTT를 비롯한 위 7개 회사를 통틀어 지칭할 경우에는 ⁠‘TTT 등’이라 한다)으로 아래에서 보는 것처럼 관련 행정사건에서 2013년 원고가 위 회사로부터 공급받은 공급가액 6,014,320,254원 상당의 선박연료유에 대하여 공급받는 자가 원고 싱가포르 본점으로 인정되어 피고 ○○○세무서장이 2013 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 120,286,405원(증빙미수취가산세 중 일부) 부분을 직권으로 취소하였다.

74. 기타 매입거래의 특성

            기타 매입거래도 국내 정유사의 저유소에서 국내항에 정박한 원고의 급유선으로 선박연료유가 공급되는 방식으로 거래가 이루어졌다.

75. 이 사건 매출거래의 내용

76. 이 사건 매출거래는 원고가 용선한 급유선이 공해상에서 국내 수산사 선박에 선박연료유를 공급하는 방식으로 이루어졌는데, 그중 약 10%는 출항 당시 판매가 확정된 상태였으나, 나머지 약 90%는 공해상에서 국내 수산사로부터 선박연료유 주문을 받아 거래가 이루어졌다.

77. 이 사건 매출거래에 따른 공급계약의 당사자는 원고 서울영업소와 국내 수산사이고, 그 대금은 원고 서울영업소의 영업용 계좌에 입금되는 방식으로 지급되었다.

78. 관련 행정사건과 형사사건의 내용

79. 관련 행정사건

80. 관련 행정사건의 사안은, 싱가포르에 본점을 둔 외국법인인 UUU가 2012. 12.경 세관장에게 일시양륙 신고를 하고 국제운송 중이던 선박연료유를 울산 온산항 내 보세창고(유류탱크)에 반입한 뒤, TTT가 2012. 12. 17. 그중 일부를 매수하여 다음 날인 2012. 12. 18. 원고에게 다시 이를 매도하고, 2013. 1. 6. 보세창고(유류탱크) 송유관을 통해 원고가 용선한 선박에 선박연료유를 선적하였으며, 위 선박이 2013. 1. 22.경부터 2013. 3. 4.경까지 국내외 선적 원양어선과 급유선에 위 선박연료유를 공급한 것이다.

이에 대하여 창원세무서장은 TTT와 원고 간 선박연료유 거래가 실질적인 국내거래에 해당하므로 구 부가가치세법상 영세율이 적용될 수 없고, TTT가 세금계산서를 발급하지 않았다는 이유로 2013년 제1기 부가가치세를 경정ㆍ고지하는 처분을 하였다.

81. TTT는 위 부가가치세 경정ㆍ고지 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였는데, 창원지방법원은 TTT와 원고 간 선박연료유 거래에서 이를 공급받는 자가 원고 서울영업소가 아닌 싱가포르 본점이고, 위 거래가 중계무역 방식의 수출에 해당하여 영세율이 적용되어야 한다는 이유로 2020. 10. 15. TTT의 승소 판결을 선고하였다(창원지방법원 2019구합52322호). 이에 대하여 창원세무서장이 항소하였으나 2021. 8. 18. 항소가 기각되었고(부산고등법원 창원재판부 2020누11902호), 다시 상고하였으나 2022. 1. 14. 심리불속행 기각됨으로써(대법원 2021두51331호) 그 무렵 위 판결이 확정되었다.

82. 관련 형사사건

83. 관련 형사사건 중 이 사건과 관련된 조세범처벌법위반의 공소사실은, ① ○○해운과 원고의 회계업무를 총괄한 석진홍이 ㉮ 2012. 12.경부터 2014. 7.경까지 국내거래로서 AAA 한국지사로부터 선박연료유를 공급받았음에도 세금계산서를 수취하지 않았고, ㉯ 2012. 11.경부터 2014. 12.경까지 국내거래로서 선박연료유를 국내 수산사에 공급하였음에도 세금계산서를 발급하지 않았으며, ㉰ 원고의 실질적 관리장소가 서울에 소재하여 내국법인임을 전제로 ○○해운의 원고에 대한 벙커링 사업부 영업권 및 재고 선박연료유 공급거래에 관한 세금계산서를 발급하지 않았다는 것이고, ② 참가인의 석유제품 영업 등 업무를 총괄한 GGG가 2012. 7.경부터 2014. 7.경까지 국내거래로서 AAA 한국지사에게 선박연료유를 공급하고도 세금계산서를 발급하지 않았다는 것이다.²⁾

84. 관련 형사사건의 제1심법원은 위 공소사실에 대하여 원고 서울영업소가 실질적 관리장소이므로 원고는 내국법인에 해당하고, 거래당사자가 AAA 한국지사와 원고 서울영업소라는 이유로 2020. 2. 4. 유죄판결을 선고하였다(서울중앙지방법원 2017고단4497호). 그러나 항소심 법원은, 원고의 선박연료유 구매에 관한 거래당사자가 AAA 싱가포르 본점과 원고 싱가포르 본점이고, 원고의 선박연료유 공급에 관한 거래당사자가 원고 서울영업소인데, 실질적 관리장소와 사업장이 구별된다는 전제에서 원고 싱가포르 본점이 AAA 싱가포르 본점으로부터 선박연료유를 공급받은 이상 부가가치세를 과세할 수 없다는 등의 이유로 2021. 11. 12. 위 공소사실에 대하여 모두 무죄판결을 선고하였다(서울중앙지방법원 2020노540호). 이에 대하여 검사가 상고하여 이 사건 변론종결일 현재 대법원 2021도15895호로 사건이 진행 중에 있다.

85. 이 사건 선행거래, 이 사건 매입거래,³⁾ 이 사건 매출거래의 구조에 관한 쟁점의 정리

86. 원고와 참가인의 주장

        이 사건 선행거래의 공급받는 자와 이 사건 매입거래의 공급자는 AAA 싱가포르 본점이고, 이 사건 매입거래의 공급받는 자는 원고 싱가포르 본점이다. 또한 참가인이 AAA 싱가포르 본점에 선박연료유를 판매하면서 수출신고를 한 뒤 외항선박에 선적한 이상 이미 수출신고가 수리된 재화인 선박연료유에 관한 이 사건 매입거래는 부가가치세 과세대상이 되지 않는 외국물품의 거래에 해당한다. 한편 원고 서울영업소에서 수출신고가 수리되어 선적된 재화인 선박연료유를 국외인 공해에서 국내 수산사의 원양어선 등에 공급한 이 사건 매출거래도 부가가치세의 과세대상이 되지 않는 국외거래에 해당한다. 따라서 아래 ⁠[그림 3]의 점선으로 표시된 거래는 단순히 서류상 거래가 아닌 실제 거래로서 원고는 이 사건 매입거래에 대한 세금계산서 수취의무와 이 사건 매출거래에 대한 세금계산서 발급의무가 없다.

[그림 3] 이 사건 선박연료유 거래 구조

87. 피고 ○○○세무서장의 주장

        구 부가가치세법상 과세대상 거래인지 여부는 재화의 공급장소를 기준으로 먼저 판단한 뒤, 거래가 이루어진 사업장이 어디인지를 검토하여 해당 사업장에 세금계산서 수취․발급의무가 있는지를 살펴보아야 한다. 그런데 이 사건 매입거래는 국내에 소재한 저유소에서 국내항에 정박한 선박으로 연료유가 공급되었을 뿐 외국으로 반출된 사실이 없을 뿐만 아니라, 설령 참가인이 수출신고를 하였더라도 AAA과 이 사건 선행거래를 하면서 선박연료유를 선적하지도 않았으므로, 수출이라고 볼 수 없어 재화의 공급장소가 국내인 거래에 해당한다. 또한 이 사건 매출거래는 국내항에 정박한 선박에서 재화가 이동하였고, 공해는 외국에 해당하지 아니하며, 만일 원고의 주장처럼 공해상에서 거래가 이루어지기만 하면 전 세계 어느 나라도 과세권을 행사할 수 없게 되어 조세회피 가능성이 있으므로, 재화의 공급장소가 국내인 거래에 해당한다. 나아가 이 사건 매입거래의 거래당사자는 AAA 한국지사와 원고 서울영업소로서 사업장이 국내에 있기도 하다. 따라서 위 ⁠[그림 3]의 점선으로 표시된 거래는 서류상 거래에 불과하고 실선으로 표시된 거래가 실물 거래이므로, 원고는 이 사건 매입거래에 대한 세금계산서 수취의무와 이 사건 매출거래에 대한 세금계산서 발급의무가 있다.

88. 판단

89. 이 사건 매입거래에 관한 구 부가가치세법상 거래당사자 확정 여부

        외국법인의 국내 사업장이 존재하는 경우라고 하더라도, 사업자가 국내에서 국외의 외국법인과 직접 계약하여 재화나 용역을 공급하고, 그 대가를 외국법인으로부터 외국환은행을 통하여 원화로 받으면 구 부가가치세법상 영세율이 적용될 수 있으므로(국세청 예규 부가46015-3691, 2000. 11. 2.), 거래당사자인 사업장이 국내인지 여부를 판단하는 것이 중요하다.

        그런데 앞서 인정한 사실에 앞서 든 증거들과 갑 제23, 24, 27, 45호증, 갑나 제10, 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 구 부가가치세법상 사업장 단위 과세원칙에 관한 법리에 비추어 보면, 설령 원고의 실질적 관리장소가 서울영업소라고 하더라도, 이 사건 매입거래에 관한 구 부가가치세법상 거래당사자는 원고 싱가포르 본점과 AAA 싱가포르 본점으로 봄이 타당하다.

90. 앞서 본 것처럼 원고가 실질적 관리장소를 국내에 둔 구 법인세법상 내국법인이기는 하나, 구 법인세법 제2조 제1호에 정한 ⁠‘실질적 관리장소’는 기본적으로 법인세 납세의무자와 과세관할권 범위를 정하기 위한 개념으로 법인의 사업 수행에 필요한 중요한 관리와 상업적 결정이 실질적으로 이루어지는 장소를 뜻하는 반면, 구 부가가치세법 제6조에서 정한 ⁠‘사업장’은 개별 거래의 전부 또는 일부가 실행되는 장소이므로 위 각 장소는 서로 일치할 수 있지만, 다를 수도 있다. 따라서 원고의 실질적 관리장소를 국내로 보더라도 원고가 한 모든 거래를 실질적 관리장소로 인정된 사업장에서 한 거래로 볼 수는 없고, 원고 싱가포르 본점의 거래도 독자적으로 존재할 수 있다.

국세청도 국내에 실질적 관리장소를 둔 국외 소재 법인의 세금계산서 발급의무 여부에 관한 질의에 대하여 ⁠‘국외에 소재한 법인이 실질적 관리장소가 국내에 있는 내국법인에 해당하는 경우로서 동 법인의 국외 소재 사업장이 계약․발주․대금결제 등 업무를 직접 수행하여 국내 사업자에게 재화를 공급하는 경우 구 부가가치세법 제32조에 따른 세금계산서 발급대상에 해당하지 않는다. 이 경우 국외 소재 사업장에서 계약․발주․대금결제 등 거래의 본질적 업무를 수행하였는지 여부는 사실관계를 종합하여 판단할 사항이다’라는 취지로 회신하였다(갑 제27호증의 1 참조).

91. 부가가치세 과세대상 거래의 당사자는 명목상으로만 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라 실제로 재화 또는 용역 공급에 관한 거래행위를 한 자라고 보아야 한다. 다만 납세의무자는 경제활동을 하면서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지 거래형식이나 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 그러한 법률관계를 존중하여야 하는 점 등을 고려할 때, 거래당사자를 확정할 때는 거래형식이나 외관을 중요하게 고려하지 않을 수 없다. 특히 수출거래의 경우 당사자들이 선택한 거래형식을 기초로 다수 이해관계자가 다양한 법률관계를 형성하게 되고, 거래당사자가 누구인지에 따라 과세대상 거래인지, 영세율이 적용되는지, 세금계산서를 발급해야 하는지, 조세가 감면되는지 여부가 달라지는 등 구 부가가치세법의 적용에 큰 차이가 있으므로, 거래안전을 위해서도 과세대상 거래당사자를 결정할 때 거래형식과 외관의 중요성이 강조되지 않을 수 없다.

92. 아래와 같은 계약체결의 경위, 계약의 체결 및 대금지급, 원고 싱가포르 본점과 서울영업소의 관계, 원고 싱가포르 본점의 업무 내용 등에 비추어 보면, 이 사건 매입거래에서 공급받는 자는 원고 싱가포르 본점으로 봄이 타당하다.

93. 원고 싱가포르 본점은 형식상 명의만이 존재하는 사업장이 아니라 실체가 존재하는 사업장으로서 2012. 12.경 싱가포르 본점 사업개발팀에는 국내에서 파견된 부장급 이하 주재원 2명(구매부서)과 싱가포르 현지인 2∼5명(구매 및 재무부서)이 근무하고 있었고, 이들은 신규 거래처를 발굴하는 사업개발 업무와 선박연료유 구매업무를 실제로 수행하였다. 이에 따라 선박연료유의 구매업무는 싱가포르 본점이, 판매 업무는 서울영업소가 나누어서 담당하였다.⁴⁾

94. 원고 싱가포르 본점 직원은 정유사나 AAA 등 오일 트레이딩을 하는 회사들에게 이 사건 매입거래를 제안하고, 이메일을 주고받으면서 거래내용을 확정한 뒤, 싱가포르 본점 사업개발팀 팀장이 원고를 대리하여 선박연료유 구매에 관한 장기공급계약을 체결하였다. 실제로 원고의 싱가포르 현지 주재원인 ○○○이 AAA에게 이메일로 구매 의뢰 주문을 하였을 뿐만 아니라, 원고가 AAA과 작성한 2013. 3. 11.자 및 2013. 8. 29.자 매매계약서에는 원고 싱가포르 본점의 주소지가 기재되어 있고, 싱가포르 현지에서 사업개발팀 팀장으로 근무한 OOO이 원고를 대리하여 서명하였다. 또한 이 사건 매입거래에 따른 대금은 원고 싱가포르 본점의 영업용 계좌에서 AAA에게 송금하는 방식으로 지급되었다.

95. 이처럼 이 사건 매입거래에서 계약, 발주, 대금결제 등 본질적인 업무를 수행한 곳은 원고 싱가포르 본점이다. 비록 원고 싱가포르 본점에서 주재원들이 2015. 5.경 모두 철수하기는 하였으나, 이는 이 사건 매입거래 당시가 아닌 그 이후의 사정에 불과하여 위와 같이 철수했다는 점만으로 이 사건 매입거래와 관련하여 거래 여부, 거래조건에 관한 의사를 결정하는 등의 업무를 수행한 곳이 원고 서울영업소라고 인정하기는 어렵다.

96. 한편 원고 서울영업소는 원고 싱가포르 본점이 구매한 선박연료유를 반출 받아 판매함으로써 원고의 선박연료유 판매업무를 담당하였는데, 사업장별로 사업 종류와 지역, 취급 품목 등을 구분하는 경우와 달리 원고는 선박연료유 판매라는 단일한 사업을 위해 이를 구매하는 사업장과 판매하는 사업장을 달리한 것으로 보인다. 또한 이 사건 매입거래가 종료된 후 본․지점 간에 내부적으로 재화가 이동하였다고 볼 수 있는 점 등을 고려하면, 원고 서울영업소가 선박연료유를 판매하였다고 하여 곧바로 이 사건 매입거래에 따른 선박연료유를 공급받은 사업장이 원고 서울영업소라고 단정할 수는 없다.

97. 아래와 같은 AAA의 의사결정 구조, 계약체결 및 대금지급 내용, AAA 싱가포르 본점과 한국지사의 관계, AAA 한국지사의 역할 등에 비추어 보면, 이 사건 매입거래에서 공급자도 AAA 싱가포르 본점으로 봄이 타당하다.⁵⁾

98. AAA 한국지사는 AAA 싱가포르 본점으로부터 일정한 요율의 수수료만을 수령하면서 본점에서 지시하는 업무를 보조하고, 국내 고객을 관리하는 등의 역할을 하였을 뿐 AAA과 관련된 거래의 중요한 결정은 모두 AAA 싱가포르 본점에서 이루어졌다. 실제로 AAA 한국지사의 규모나 구성원의 수 등에 비추어 보더라도, AAA 한국지사에서 독자적으로 선박연료유를 구매하거나 판매하는 역할을 수행하기는 어려워 보인다.

99. AAA 한국지사의 대표인 FFF은 선박연료유를 판매하거나 구매할 당시 AAA 싱가포르 본점에 거래조건 등에 관한 주요 내용을 보고하고 승인을 얻은 후 진행하였다. 비록 참가인과 AAA 간 2013. 3. 11.자 매매계약서와 AAA과 원고 간 2013. 3. 11.자 매매계약서에는 FFF이 서명하였으나, ① AAA 싱가포르 본점과 한국지사의 관계에 비추어 볼 때, FFF이 AAA 싱가포르 본점의 대리인 자격에서 서명한 것으로 보이는 점, ② 위 계약서에 AAA 싱가포르 본점의 주소지가 기재되어 있고, AAA을 싱가포르 법률에 따라 설립된 회사라고 표시하는 등 당사자를 AAA 싱가포르 본점으로 볼 만한 표현이 사용된 점, ③ AAA 싱가포르 본점은 FFF이 매매계약서에 서명하는 것의 문제점을 인식한 후 참가인과 AAA 간 2013. 8. 29.자 매매계약서와 AAA과 원고 간 2013. 8. 29.자 매매계약서에는 AAA 싱가포르 본점의 대표이사가 서명한 점 등을 종합하면, 앞서 본 사정만으로 계약 당사자를 AAA 한국지사로 볼 수 없다.

100. 또한 AAA은 싱가포르 본점의 영업용 계좌를 통하여 매입하거나 매출하는 거래에 대한 대금을 지급하고 수령하였다.

101. 한편 참가인은 AAA 싱가포르 본점의 신용등급을 검토하였고, 그 결과 신용공여가 가능하다는 평가를 하여 이 사건 선행거래에 이르게 되었으며, AAA 싱가포르 본점은 중개상으로서 매도인에게 신용을 공여하고, 매수인에게 보다 용이한 매수 기회를 제공하는 등 실질적인 역할을 담당하면서 일정한 이윤을 취하였다. 또한 AAA 싱가포르 본점은 참가인으로부터 구매한 선박연료유 중 상당 부분을 원고 싱가포르 본점이 아닌 제3자에게 공급하였고, 다른 정유사로부터 구매한 선박연료유를 원고 싱가포르 본점에 공급하기도 하였다. 이러한 사정들에 AAA 싱가포르 본점의 거래 수량과 가격 규모 등을 더하여 보면, AAA 싱가포르 본점이 참가인과 원고 싱가포르 본점 사이의 거래 구조에 이른바 ⁠‘끼워넣기’ 방식으로 참여하였다거나 단순히 형식상 명의만을 대여한 것으로 보기는 어렵다(피고들도 당심 제3회 변론기일에 참가인, AAA, 원고의 각 거래관계가 사법상 무효는 아니라고 진술하였다).

102. 이 사건 매입거래가 부가가치세 과세대상인 국내거래에 해당하는지 여부

        앞서 인정한 사실에 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 구 부가가치세법상 영세율이 적용되는 수출의 의미와 그 시기 및 수출 이후 재화의 거래에 관한 법리에 비추어 보면, 이 사건 매입거래는 참가인이 이미 수출신고를 하여 그 신고가 수리되고, 이 사건 선행거래의 조건에 따라 AAA 싱가포르 본점이 지정할 때 선박연료유를 선적하게 되며, 실제로 선적한 이상 수출하는 재화의 공급이 완료된 외국물품을 대상으로 한 거래에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 선박연료유의 공급장소가 국내라거나 국내 저유소에서 원고가 용선한 선박에 간이인도 방법으로 선박연료유가 선적되었다는 사정만으로 이 사건 매입거래가 부가가치세 과세대상인 거래라고 볼 수는 없다.

103. 참가인이 AAA 싱가포르 본점과 체결한 2013. 3. 11.자 매매계약과 2013. 8. 29.자 매매계약에서 정한 선박연료유 인도 조건에 따르면, 참가인은 울산항에서 구매자인 AAA 싱가포르 본점이 지정한 선박에 선박연료유를 선적하되, 선적일과 선적 대상 선박은 AAA 싱가포르 본점이 추후에 지정하기로 하였다. 이는 위 계약이 장기간에 걸쳐 지속적으로 선박연료유를 공급하는 것이고, AAA 싱가포르 본점은 오일 트레이딩 회사로서 선박연료유를 매수한 뒤 다시 판매할 가능성이 높아 이후 양수인의 선박에 바로 선적해야 할 필요성이 고려된 것으로 보인다.

따라서 참가인이 위 계약에 따라 AAA 싱가포르 본점에게 공급하는 선박연료유의 수출신고를 한 뒤, AAA 싱가포르 본점이 실제로 지정한 선적일과 선적 대상 선박에 선박연료유를 선적하였으므로, 그 선적일에 이 사건 선행거래의 공급시기가 도래하였다고 보아야 한다. 특히 수출신고를 한 후에야 재화를 선적할 수 있는 등 수출신고와 선적 시기의 관계, ⁠‘참가인→AAA 싱가포르 본점→원고 싱가포르 본점’의 순차 거래 구조를 감안하면, 참가인이 수출신고를 할 때 선박연료유가 선적되지 않았다는 사정만으로 참가인이 직접 원고가 용선한 선박에 선박연료유를 공급한 것을 두고 이 사건 선행거래에 따른 선적에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다.

104. 비록 원고가 AAA 싱가포르 본점과 체결한 2013. 3. 11.자 매매계약과 2013. 8. 29.자 매매계약에 명시적으로 규정되어 있지는 않으나, 이 사건 매입거래는 참가인이 AAA 싱가포르 본점과의 이 사건 선행거래에 따라 선적하는 것을 조건으로 하여 그와 같이 선적된 선박연료유를 대상으로 한 거래에 해당한다. 따라서 그 재화인 선박연료유가 국내로 다시 반입되거나 우리나라에서 소비 또는 사용되었음을 인정할 만한 증거가 없는 한 이 사건 매입거래가 부가가치세 과세대상이 되는 거래라고 보기 어렵다.

105. 구 부가가치세법 제21조 제2항 제1호는 ⁠‘내국물품을 외국으로 반출하는 것’을 영세율이 적용되는 ⁠‘수출’에 해당한다고 규정하고 있는데, ⁠‘반출(搬出)’의 사전적 의미는 ⁠‘운반하여 냄’이기는 하다. 그러나 구 부가가치세법 시행령 제28조 제6항 제1호는 구 부가가치세법 제21조 제2항 제1호에 해당하는 수출재화의 공급시기를 선적일로 정하고 있는 점, 재화의 수출행위 자체는 부가가치세 과세대상이 아닌 점(대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 참조) 등을 고려하면, 원고가 용선한 선박에 연료유가 선적될 때 수출하는 재화의 공급이 이루어졌다고 봄이 타당하다.

106. 비록 참가인의 글로벌마케팅팀 팀장인 GGG는 조세범칙사건에서 ⁠‘이 사건 선행거래에 대하여 외국회사에게 판매하여 국외로 반출하므로 수출신고를 하지만, 선박연료유의 국외 반출에 관한 하역증명서(Discharge Certificate)를 받지 못하여 실제로 국외에 반출된 사실은 확인하지 못하였다’는 취지로 진술하였고(을 제28호증 참조), 원고의 태평양 영업팀에서 북태평양 및 서태평양 어장을 관리하는 업무를 담당한 ○○○는 세무공무원에게 ⁠‘원고가 국내에서 구매한 선박연료유를 태평양 등에서 원양어선에 연료유로 제공하므로 선주 겸 화주, 수하인에 해당하나, 선장에게 선하증권 작성지시서를 만들어 제출하면서 국내 공급자인 정유사나 도매업자의 요구에 따라 선하증권의 송하인과 수하인을 필요에 따라 달리 송하인으로 기재하고, 수하인을 원고로 작성하는 경우가 있으며, 목적항의 경우 선적 화물이 해상에서 판매되어 실제적인 항구가 아니므로 특정항으로 신고하기도 한다’는 내용의 확인서를 제출하기는 하였다(을 제48호증 참조).

그러나 앞서 본 것처럼 이 사건 매출거래 중 약 10%만 출항 당시 판매가 확정된 상태였고, 나머지 약 90%는 공해상에서 국내 수산사로부터 선박연료유 주문을 받아 거래가 확정된 점 등을 고려하면, 위와 같은 진술만으로 이 사건 매입거래가 국내거래라고 보기는 어렵다.

107. 이 사건 매출거래가 부가가치세 과세대상인 국내거래에 해당하는지 여부

        앞서 인정한 사실에 앞서 든 증거들과 갑 제28호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 매출거래도 부가가치세 과세대상인 거래라고 볼 수 없다.

108. 앞서 본 것처럼 참가인이 수출신고를 하고 원고가 용선한 선박에 선박연료유가 선적될 때 수출하는 재화의 공급이 이루어진 이상, 이 사건 매출거래는 ⁠‘외국물품’의 국외거래에 해당하고, 공해상에서 거래가 이루어진 재화의 이동이 국내에서 시작되었다거나 공급을 받은 곳이 국내 수산사라는 사정만으로 이 사건 매출거래가 우리나라의 과세권이 미치는 국내거래라고 보기는 어렵다.

109. 구 부가가치세법 제23조 제1항, 제2항 및 구 부가가치세법 시행령 제32조 제1항 제2호는 외국을 항행하는 선박에 의한 외국항행용역, 즉 선박에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 공급에 대하여 영세율을 적용한다고 규정하고 있는데, 아래에서 보는 공해의 법적 지위와 구 대외무역법 시행령의 ⁠‘국내’, ⁠‘외국’의 의미를 고려하면, 원고가 용선한 선박이 공해상에 있는 선박에 연료유를 공급한 것에 대하여도 위 규정을 적용할 수 있다.

110. 우리나라가 1996. 1. 29. 국제연합 사무총장에게 비준서를 기탁함으로써 1996. 2. 28. 국내에 발효된 ｢해양법에 관한 국제연합 협약｣(이하 ⁠‘유엔해양법협약’이라 한다) 제86조에 따르면 공해는 어느 한 국가의 배타적 경제수역ㆍ영해ㆍ내수 또는 군도국가의 군도 수역에 속하지 아니하는 바다의 모든 부분이고, 제87조 제1항에 따르면 공해는 모든 국가에 개방하며, 제89조에 따르면 어떠한 국가라도 유효하게 공해의 어느 부분을 자국의 주권 아래 둘 수 없다. 또한 대법원은 공해란 적어도 외국의 내수와 영해를 제외한 수면을 의미한다고 판시하고 있다(대법원 1996. 10. 25. 선고 96도1210 판결 참조).

따라서 유엔해양법협약에 의하더라도 공해는 대한민국의 주권이 미치지 않는 지역인 점, 구 대외무역법 시행령은 제2조 제1호에서 ⁠‘국내’를 대한민국의 주권이 미치는 지역으로 규정하고 있고, 같은 조 제2호에서 ⁠‘외국’을 국내 이외의 지역으로 규정하고 있는 점, 조세심판원도 국내 수산사가 ○○해운으로부터 국내 정유사에서 수출한 선박연료유를 구매하고도 법인세법상 계산서를 수취하지 아니하여 그 의무 위반을 이유로 가산세를 부과 받은 사안에서, 국내 수산사가 ○○해운으로부터 선박연료유를 공급받은 장소인 공해가 국외로서 계산서 발급 대상이 아니라는 이유로 위 가산세 부과처분을 취소한 점(갑 제28호증 참조) 등을 고려하면, 우리나라 영해 밖으로 반출되어 공해상에서 이루어진 거래에 대하여는 우리나라의 부가가치세 과세권이 미치지 않는다고 해석함이 타당하다.

111. 소결

      따라서 이 사건 매입거래는 외국 사업장 사이에서 수출신고가 수리된 외국물품을 거래한 것으로 재화의 수입 대상이 되지 않는 한 국내에서 이루어진 거래라고 하더라도 부가가치세 과세대상이 되지 않는다. 또한 이 사건 매출거래는 비록 국내 사업장 사이에서 이루어진 거래이기는 하지만, 수출된 재화인 외국물품의 국외거래로서 부가가치세 과세대상이 되지 않는다.

        결국 원고는 이 사건 매입거래에 대하여 세금계산서를 수취할 의무가 없고, 이 사건 매출거래에 대하여 영세율 과세표준을 신고하거나 세금계산서를 발급할 의무가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

112. 이 사건 소득금액변동통지가 적법한지 여부

113. 관련 규정과 법리

      구 법인세법 제67조는 ⁠‘법인세의 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다’고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호는 ⁠‘익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 처분한다’고 규정하고 있으며, 같은 호 ⁠(가)목에서 ⁠‘귀속자가 주주 등인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당’, ⁠(나)목에서 ⁠‘귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여’, ⁠(다)목에서 ⁠‘귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출’, ⁠(라)목에서 ⁠‘귀속자가 ⁠(가)목 내지 ⁠(다)목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득’으로 규정하고 있다.

      이처럼 구 법인세법 제67조에 따른 소득처분은 법인세의 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액이 법인의 내부에 유보된 것인지 또는 사외로 유출된 것인지를 확정하고, 만일 당해 금액이 사외로 유출된 것이라면 누구에게 어떤 소득의 형태로 귀속된 것인지를 특정하여 그 귀속자와 소득의 종류를 확정하는 세법상의 절차로서 이미 특정 과세연도에 귀속된 소득을 사후적으로 확인하는 절차에 해당한다.

114. 인정사실

     앞서 든 증거들에 갑 제35 내지 37호증, 을 제29 내지 33, 37, 38, 40 내지 42호증의 각 기재와 갑 제8, 29호증의 각 일부 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

115. BBB은 ○○해운의 벙커링 3팀 팀장으로 근무하다가 2012. 10. 1.부터 원고 소속으로 옮겨 원고의 태평양 영업2팀 팀장으로 근무하였고, 2013. 9. 30. 퇴직하였다. 한편 BBB은 2013. 6. 5. 설립된 ○○○에너지 주식회사(2013. 10. 8. ○○○○에너지 주식회사로 상호가 변경되었다. 이하 상호 변경 전후를 통틀어 ⁠‘○○○에너지’라 한다)의 대표이사로 취임하였는데, ○○○에너지는 석유제품, 화학제품 판매 중개업, 선박연료유 판매 및 중개업, 선박연료유 컨설팅업 등을 영위하였고, 원고나 참가인의 거래를 중개하기도 하였다.

116. BBB의 배우자인 CCC은 2012. 8. 1. 주업태를 서비스, 주종목을 선박연료 및 선박용 기자재 알선업으로 한 ⁠‘DDD’이라는 상호의 업체를 개업하였다가 2014. 12. 31. 폐업하였으며, AAA의 선박연료유 구입 거래를 주선하고 그 대가를 지급받았다고 하면서 2012년 제2기부터 2014년 제2기까지 부가가치세 과세표준과 세액을 신고하였다.

117. 그러나 CCC은 선박연료유 거래와 관련한 업무를 한 경력이 없고, DDD이 개업할 때부터 폐업할 때까지 BBB에게 근로소득을 지급한 외에 AAA에게 별다른 용역을 제공한 바 없다.

118. 한편 GGG는 조세범칙사건에서 ⁠‘원고의 태평양 영업2팀 팀장이었던 BBB에게 원고가 울산항에서 선박연료유 카고를 공급받기 위해서는 외국계 트레이더를 경유해야 한다고 전달하였고, 이에 BBB이 AAA을 경유하여 거래하기 위해 AAA 한국지사 대표 FFF을 소개하였으나, 그 이후 별다른 역할을 하지 않았다’고 진술하였다.

119. 또한 FFF은 조세범칙사건에서 ⁠‘BBB이 거래를 알선하여 원고와의 거래가 성사되었고, BBB이 브로커 수수료를 요구하면 원하는 금액을 AAA 싱가포르 본점에 전달하였으며, 참가인이 울산항에서 AAA을 통해 원고의 급유선에 선박연료유를 공급하는 장기공급계약을 체결하면서 DDD에 1MT(미터톤)⁶⁾당 미화 2.5달러의 수수료를 지급하기로 하였다’고 진술하였다.

120. FFF은 2012. 7. 26. AAA 미국지사 담당자에게 발보아 벙커링 사업과 관련하여 ○○해운의 내부 브로커에게 지급하는 수수료를 포함하는 내용으로 계약을 갱신하였다는 이메일을 보냈고, 2012. 8. 6. ○○해운의 벙커링 사업 부문이 원고에게 양도되면 수수료를 지급해야 할 브로커가 DDD으로 변경된다는 이메일을 보냈으며, ○○해운 벙커링 3팀 소속이었던 ○○○은 2012. 8. 21. FFF에게 이메일을 통해 DDD의 브로커 수수료를 청구하는 인보이스를 보내면서 벙커링 3팀 구성원 전체를 수신 참조자로 지정하였다.

121. AAA 싱가포르 본점은 2012. 10.부터 2014. 7.까지 원고 싱가포르 본점과 이 사건 매입거래에 따른 공급거래마다 1MT(미터톤)당 미화 2달러 내지 3.5달러의 비율에 의한 이 사건 용역수수료를 DDD 계좌에 송금하였다.

122. 판단

123. 이 사건 용역수수료가 원고에게 지급된 판매장려금인지 여부

        위 인정사실에 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 용역수수료는 실질적으로 AAA이 원고에게 공급한 선박연료유 물량에 따라 지급한 판매장려금에 해당하고, 갑 제8, 31, 32호증, 을 제31호증의 각 일부 기재만으로는 이를 뒤집기에 부족하다. 따라서 이 사건 용역수수료를 원고의 소득으로 보아 그 익금에 산입함이 타당하다.

124. BBB이 ○○해운 소속이었을 때부터 발보아 벙커링 사업과 관련하여 DDD에게 지급될 브로커 수수료가 청구되었고, 해당 청구서를 전송한 사람은 벙커링 3팀 소속의 다른 직원이며, 이를 ○○해운의 벙커링 3팀 소속의 다른 직원들도 모두 알고 있었다.

125. FFF은 ○○해운과의 거래에 따라 브로커 수수료를 지급해야 할 상대방을 내부 브로커로 인식하고 있었고, 원고가 ○○해운으로부터 벙커링 사업 부문을 양수하게 됨에 따라 그 지급 상대방을 DDD으로 변경하였는데, 당시에는 참가인과 AAA, 원고 간에 선박연료유 거래에 관한 장기공급계약이 체결되기 전이었다.

126. AAA은 ○○해운의 내부 브로커에 대한 수수료를 포함하여 단가를 책정하였다.

127. AAA이 원고에게 공급한 선박연료유 거래와 관련하여 DDD이 수행한 역할은 사실상 없었고, FFF도 조세범칙사건에서 DDD의 대표를 잘 모르겠다고 진술하였다(을 제31호증 17면 참조).

128. BBB이 GGG에게 FFF을 소개하기는 하였으나, 이 사건 매입거래를 주선하거나 중개하는 등의 역할을 수행하였다고 볼 만한 객관적인 자료는 드러나지 않고, 이 사건 매입거래를 위하여 BBB 개인이 주선해야 할 특별한 필요성도 보이지 않는다. 실제로 BBB은 검찰에서 FFF에게 벙커링 시장 상황을 설명하였을 뿐 AAA이 원고와 구매계약을 체결하는 데 사실상 관여하지 않았다고 진술하였다(갑 제29호증 11면 참조).

129. 이 사건 용역수수료가 사외유출되어 BBB에게 귀속되었는지 여부

        위 인정사실에 앞서 든 증거들과 갑 제30호증, 을 제39호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 용역수수료가 사외유출되어 BBB에게 귀속되었다고 봄이 타당하다.

130. 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용액 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 자가 증명하여야 하는데(대법원 1999. 12. 24. 선고 98두16347 판결, 대법원 2012. 11. 29. 선고 2011두4053 판결 등 참조), 원고가 그 실질이 판매장려금에 해당하는 이 사건 용역수수료를 장부에 기재하였다고 볼 만한 아무런 자료가 없는 이상 이 사건 용역수수료는 사외로 유출된 것으로 보아야 한다.

131. 원고의 취업규칙은 직원이 보수를 목적으로 하는 다른 업에 종사할 수 없도록 규정하고 있음에도, BBB은 원고에서 퇴사하기 전에 ○○○에너지의 대표이사로 등재되었고, 이 사건 용역수수료를 DDD의 계좌로 지급받았는데, BBB의 직위나 업무 내용, 비엔티에너지의 사업 목적과 상호명 등에 비추어 보면, BBB이 원고 몰래 위와 같은 행동을 하였다고 보기는 어렵다.

132. FFF은 조세범칙사건에서 ⁠‘AAA이 개인에게 브로커 수수료를 지급할 수 없는 것으로 알고 있다’고 하면서도 ⁠‘구매자가 대금을 지급하면 BBB으로부터 브로커 수수료 지급을 요청받아 AAA 싱가포르 본점의 승인을 받은 뒤 DDD에게 이 사건 용역수수료를 지급하였다’고 진술하였다(을 제31호증 18, 20면 참조). 또한 BBB은 검찰에서 ⁠‘○○해운과 원고에 재직 중이었기 때문에 돈을 받은 것이 드러나지 않도록 DDD 계좌로 이 사건 용역수수료를 지급받았다’고 하면서 ⁠‘자신의 역할에 비하여 그 액수가 많기는 하였으나, FFF과 브로커 수수료를 나누어 가지기로 하고 그중 35%를 FFF에게 주었다’고 진술하였다(갑 제29호증 11, 12면 참조). 이러한 FFF과 BBB의 각 진술에 의하면, 이 사건 용역수수료는 사외유출되어 BBB에게 귀속된 것으로 보인다.

133. DDD은 BBB이 원고에서 퇴사한 때로부터 약 1년 3개월 후에 폐업하였고, BBB은 조세범칙사건에 대한 조사와 이 사건 소득금액변동통지 이후인 2016. 11. 30. 이 사건 용역수수료 상당액에 대하여 원고로부터 지급받은 소득으로 기한후 신고를 하였다.

134. BBB의 세액 납부로 이 사건 소득금액변동통지가 위법하게 되는지 여부

        원천징수의무자인 법인에 대한 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 조세행정처분으로, 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 해당 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세 또는 법인세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정된다(대법원 2013. 9. 26. 선고 2011두12917 판결, 대법원 2021. 4. 29. 선고 2020두52689 판결 등 참조).

        앞서 본 것처럼 이 사건 소득금액변동통지는 2016. 9. 1. 이루어졌으므로, 원고가 그 통지서를 송달받은 날에 원천징수하는 소득세 납세의무가 성립함과 동시에 확정되었는바, 이 사건 소득금액변동통지 당시에 BBB의 원천납세의무가 존재하고 있었던 이상 BBB이 이 사건 소득금액변동통지 이후인 2016. 11. 30.에서야 기한후 신고를 통해 세액을 납부하였다는 사정만으로 이 사건 소득금액변동통지가 소급하여 위법하게 된다고 볼 수 없다. 구 국세기본법 제26조 제1호도 당해 세액이 납부되는 때에 납부의무가 소멸된다고 규정하고 있을 뿐 해당 과세처분 자체가 세액 납부로 인하여 소급적으로 소멸된다고 규정하고 있지는 않다.       

135. 소결

      따라서 이 사건 소득금액변동통지는 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

136. 이 사건 각 처분별 구체적 판단

137. 이 사건 법인세 부과처분 중 당심 변론종결 후 직권취소 된 부분을 제외한 나머지 부분의 적법 여부

      원고는 구 법인세법상 내국법인에 해당하므로 싱가포르 본점 유보소득에 대하여 납세할 의무가 있고, 이 사건 용역수수료는 판매장려금으로서 구 법인세법령상 원고의 익금에 산입되어야 한다. 다만 이 사건 매입거래는 구 법인세법 제116조 제2항 단서, 구 법인세법 시행령 제158조 제2항 제5호 및 그 위임에 따른 지출증빙서류 수취 특례 규정인 구 법인세법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제730호로 개정되기 전의 것) 제79조 제4호에 따라 ⁠‘국외에서 재화 또는 용역을 공급받은 경우’에 해당하여 원고는 구 법인세법상 지출증빙서류를 수취할 의무가 없으므로, 증빙미수취가산세 규정이 적용되지 않는다.

      따라서 이 사건 법인세 부과처분에서 당심 변론종결 후 직권취소 된 부분을 제외한 나머지 부분 중 2012 내지 2014 각 사업연도 귀속 본세 합계 163,791,640원 부분, 2012 사업연도 귀속 무신고가산세 및 납부불성실가산세 합계 21,926,003원 부분, 2013 사업연도 귀속 무신고가산세 및 납부불성실가산세 합계 36,604,860원 부분, 2014 사업연도 귀속 무신고가산세 및 납부불성실가산세 합계 10,880,709원 부분은 적법하다.⁷⁾ 반면에 2012 사업연도 귀속 증빙미수취가산세 447,161,401원 부분, 2013 사업연도 귀속 증빙미수취가산세에서 위 각하 부분을 제외한 나머지 1,392,169,803원 부분, 2014 사업연도 귀속 증빙미수취가산세 1,062,753,729원 부분은 위법하므로 취소되어야 한다(원고가 이 사건 매입거래에 대한 세금계산서를 수취할 의무가 없어 증빙미수취가산세 부분이 위법한 이상 증빙미수취가산세가 각 사업연도별로 1억 원의 한도 내에서 부과되어야 한다는 원고의 주장에 대하여는 따로 판단하지 아니한다).

138. 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부

      원고는 이 사건 매출거래에 대하여 영세율 과세표준을 신고하거나 세금계산서를 발급할 의무가 없다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다(이 사건 부가가치세 부과처분이 위법한 이상 부가가치세 가산세 면제사유로서 정당한 사유가 있다는 원고의 주장에 대하여는 따로 판단하지 아니한다).

139. 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부

      앞서 본 것처럼 이 사건 소득금액변동통지는 적법하다.

140. 결론

  그렇다면 피고 ○○○세무서장이 2016. 9. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 120,286,405원(증빙미수취가산세 중 일부)의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하할 것인데, 이와 달리 이 부분 원고의 청구를 기각한 제1심판결은 부당하므로, 제1심판결 중 이 부분에 관한 원고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 소를 각하한다. 또한 위 각하 부분을 제외한 원고의 피고 ○○○세무서장에 대한 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인데, 제1심판결의 원고 패소 부분 중 이와 결론을 일부 달리한 부분은 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 2012 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중447,161,401원 부분(증빙미수취가산세 부분), 2013 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 1,392,169,803원 부분(증빙미수취가산세에서 위 각하 부분을 제외한 나머지 부분), 2014 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 1,062,753,729원 부분(증빙미수취가산세 부분) 및 이 사건 부가가치세 부과처분을 각 취소하고, 원고의 나머지 항소를 기각한다. 한편 원고의 피고 ○○지방국세청장에 대한 청구는 이유 없어 기각할 것인데, 제1심판결 중 피고 ○○지방국세청장의 패소 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고 ○○지방국세청장의 항소를 받아들여 위 패소 부분을 취소하고, 원고의 피고 ○○지방국세청장에 대한 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 당사자 표시 등은 앞서 약칭을 사용하지 않고, 매매계약서의 원문 그대로 기재한다(이하 같다).

2) ○○해운과 참가인, 원고 서울영업소도 조세범 처벌법상 양벌규정으로 기소되었고, 그 밖에 FFF이 참가인으로부터 공급받은 선박연료유 관련 세금계산서 미수취 및 원고에게 공급한 선박연료유 관련 세금계산서 미발급으로 기소되었으며, AAA 한국지사도 조세범 처벌법상 양벌규정으로 기소되었다.

3) 앞서 본 것처럼 이 사건 매입거래에는 공급자가 AAA이 아닌 TTT 등인 기타 매입거래도 포함되지만, 공급자가 AAA인 거래가 대부분을 차지하는 점 등을 고려하여 이하에서는 이 사건 매입거래에 관하여 AAA과 관련된 거래를 중심으로 살펴본다.

4) 보다 구체적으로 살펴보면, 원고 싱가포르 본점은 선박연료유 전체를 구매하는 업무 외에도 포트 벙커링 업무를 수행하였고, 원고 서울영업소는 해상에서 판매용 카고를 공급하는 업무, 즉 오션 벙커링 업무를 수행하였다.

5) 이러한 AAA의 의사결정 구조, 계약체결 및 대금지급 내용, AAA 싱가포르 본점과 한국지사의 관계, AAA 한국지사의 역할 등에 비추어 보면, 이 사건 선행거래에서 참가인으로부터 선박연료유를 공급받는 자도 AAA 싱가포르 본점으로 봄이 타당하다.

6) 1MT(미터톤)은 1,000㎏이다.

7) 의무 위반에 정당한 사유가 있으므로 가산세가 면제되어야 한다는 원고의 주장은 이 사건 부가가치세 부과처분과 관련된 것이다. 나아가 살펴보더라도 이 사건 법인세의 본세 납부의무 위반에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

출처 : 서울고등법원 2022. 05. 26. 선고 서울고등법원 2021누36259 판결 | 국세법령정보시스템