요지

퇴직금 이중계상 여부 외에는 예외적으로 허용되는 재조사에 해당하고, 부과제척기간이 경과하지 않았음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 6. 26. 원고에게 한 별지1 목록 기재 각 부과처분 및 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1987. 7. 10. 자동차 부품 제조업 등을 목적으로 설립된 회사이다.

나. CC지방국세청장은 2018. 1. 4.부터 원고에 대하여 2007년도, 2008년도, 2015년도, 2016년도를 조사대상 과세기간으로 하고, 조사대상 세목을 통합조사(사업과 관련하여 세법에 따라 신고, 납부의무가 있는 모든 세목)으로 하여 세무조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)에 착수한 후, 아래 표 기재와 같이 그 조사범위를 확대하였고, 조사의 중지 및 재개를 거쳐 2020. 11.경 이 사건 세무조사를 종결하였다.

다. CC지방국세청장은 이 사건 세무조사를 통해 알게 된 아래 표1과 같은 과세원인을 피고에게 통보하였고, 피고는 통보받은 내용을 바탕으로 2018. 6. 26. 원고에게 아래 표2 기재와 같이 2008년도부터 2017년도까지의 법인세 합계 24,119,701,880원, 2008년도 1기분부터 2016년 2기분까지의 부가가치세 합계 615,316,380원을 각 경정·고지하였고, 2009년부터 2016년까지 합계 35,435,997,470원의 소득금액변동통지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2018. 9. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 12. 27. 이를 기각하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 6, 7, 77호증의 각 기재(가지번호가 있는 것은 가지번호를 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. LL지방국세청장은 2012년, 2016년 각 세무조사를 통해 원고의 2008 ~ 2014 사업연도에 관한 세무조사를 실시하였으므로 이 사건 세무조사는 중복세무조사에 해당한다. 따라서 이 사건 세무조사는 국세기본법 제81조의4에 의해 금지되고, 그 예외사유에도 해당되지 아니하며, 이와 같은 위법한 세무조사에 기초한 이 사건 각 처분 역시 위법하고, 4년의 장기간에 걸쳐 4차례의 세무조사 범위 확대까지 하면서 이루어진 재조사이므로 세무조사권 남용에 해당한다(이하 ⁠‘제1주장’이라 한다).

나. 원고는 2010년, 2013년 부품단가조정 등의 사유로 DD-EE에 대한 매출 및 그에 상응하는 매출채권을 감액한 것일 뿐이고, 감액사유가 없음에도 허위로 위와 같은 매출 및 매출채권을 감액하지 않았다. 따라서 위 감액을 허위로 보아 해당금액만큼 익금에 산입한 2010, 2013 사업연도의 법인세 부과처분과 해당금액을 대표이사인 KKK과 MMM의 상여로 본 소득금액변동통지는 위법하고, 나아가 위와 같은 원고의 회계처리 방식은 국세기본법 제26조의2의 ⁠‘부정행위’에 해당하지 아니하므로 이에 관한 2010 사업연도의 법인세 부과처분은 부과제척기간을 경과하여 이뤄진 것으로서 위법하다(이하 ⁠‘제2주장’이라 한다).

다. 이 사건 횡령금을 회수한 것은 동액 상당의 원고의 횡령직원에 대한 손해배상채권을 감소시켜 원고의 순자산에 변동이 없으므로 이 사건 횡령금 상당액이 원고의 2008 사업연도의 익금에 산입되어야 한다고 할 수 없다. 그리고 피고가 2008 사업연도에 외환차손 1,030,732,770원을 익금산입한 것은 다투지 않지만, DD-EE에 대한 외상매출채권은 감액되어야 하는 정당한 사유가 있었고, 설령 정당한 사유가 인정되지 않는다고 하더라도 외상매출채권은 발생한 사업연도에 이미 익금산입되었으므로 2008 사업연도에 회수하지 않았음에도 회수한 것처럼 회계처리를 했더라도 이를 재차 2008 사업연도에 익금산입할 수는 없다. 따라서 피고의 2008 사업연도에 대한 부과처분 중 11,551,453,706원을 익금산입한 부분과 위 금액을 대표이사인 KKK의 상여로 본 소득금액변동통지는 모두 위법하다. 또한 원고가 이 사건 횡령금 상당액을 익금에 산입하지 않은 것은 국세기본법 제26조의2의 ⁠‘부정행위’에 해당하지 아니하므로 이에 관한 2008 사업연도의 법인세 부과처분은 부과제척기간을 경과하여 이뤄진 것으로서 위법하다(이하 ⁠‘제3주장’이라 한다).

라. 원고가 FF 및 GG에 지급한 외주가공비 및 용역비는 과다하게 산정된 것이라고 할 수 없어 그 금액 전부가 원고의 손금으로 인정되어야 한다. 따라서 원고의 임원인 PPP이 위 업체들로부터 되돌려 받은 금원만큼 외주가공비 및 용역비가 과다하게 산정되었다고 보아 해당금액을 손금불산입한 2008 ~ 2014 사업연도의 법인세 부과처분, 위 금액을 PPP의 상여로 본 소득금액변동통지 및 해당기간의 부가가치세 부과처분은 모두 위법하다.(각주 1 피고는 위 쟁점과 관련하여 원고의 2008 ~ 2016 사업연도에 법인세를 부과 및 소득금액변동통지, 부가가치세부과처분을 하였으나, 원고는 위 각 처분 중 2008 ~ 2014 사업연도에 한하여 다투고 있다.) 또한 원고가 위 외주가공비 및 용역비를 모두 손금산입하여 법인세를 신고한 것은 국세기본법 제26조의2의 ⁠‘부정행위’에 해당하지 아니하므로 피고의 처분 중 2008 ~ 2012 사업연도에 관한 법인세 등 부과처분은 부과제척기간을 경과하여 이뤄진 것으로서 위법하다(이하 ⁠‘제4주장’이라 한다).

마. 원고는 특수관계법인인 HH에게 고철 등을 시가보다 낮은 가격에 판매하지 아니하였으므로 해당 거래에 부당행위계산부인규정을 적용할 수 없다. 따라서 이와 달리 위 거래에 관하여 부당행위계산부인규정을 적용하여 시가와의 차액을 2013 ~ 2014 사업연도에 익금산입한 피고의 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분 중 2013 ~ 2014 사업연도에 관한 부분은 위법하다(이하 ⁠‘제5주장’이라 한다).

바. 원고는 2011년 JJJ에 대한 퇴직급여를 비용으로 인식한 바가 없는데, 그럼에도 피고는 JJJ에 대한 퇴직급여가 2008년, 2011년 이중으로 손금산입되었음을 전제로 하여 2011 사업연도에 동액상당의 가지급금과 상계처리된 273,707,187원을 손금불산입하고, 대표이사인 KKK에게 위 금액이 귀속된 것으로 보아 소득금액변경통지를 하였으므로 이는 모두 위법하다. 또한 원고가 JJJ에 대한 퇴직급여와 가지급금을 상계하여 법인세를 신고한 것은 국세기본법 제26조의2의 ⁠‘부정행위’에 해당하지 아니하므로, 이에 관한 2011 사업연도의 법인세 등 부과처분은 부과제척기간을 경과하여 이뤄진 것으로서 위법하다(이하 ⁠‘제6주장’이라 한다).

3. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 제1주장에 관한 판단

1) 관련 법리

가) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제81조의4는 제1항에서 ⁠‘세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다’고 규정하는 한편, 제2항에서 ⁠‘세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다’고 규정하면서, 그 각 호에서 재조사가 허용되는 경우로 ⁠‘조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우’(제1호), ⁠‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’(제2호), ⁠‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’(제3호), ⁠‘이의신청이나 심사청구 또는 심판청구가 이유 있다고 인정되어 필요한 처분의 결정을 하여 그 결정에 따라 조사를 하는 경우’(제4호), ⁠‘납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우’(제5호), ⁠‘그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우’(제6호)를 들고 있다. 그 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28644호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의2는 예외적으로 허용되는 재조사의 하나로 ⁠‘조세범 처벌절차법 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’(제3호)를 규정하고 있다.

한편 국세기본법 제81조의9 제1항은 ⁠‘세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 국세기본법 시행령 제63조의11은 세무조사 범위를 확대할 수 있는 경우에 관하여 ’다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우‘(제1호), ’조사 과정에서 조세범 처벌절차법 제2조 제3호에 따른 조세범칙조사로 전환하는 경우‘(제2호), ’명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우‘(제3호) 등을 규정하고 있다.

나) 이러한 관련 규정의 문언과 체계, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 세무조사기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 등 참조).

다) 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 행하여져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 또한 납세자의 성실성 추정이 배제되어 우선적 세무조사의 대상이 되는 경우로서 구 국세기본법 시행령(1998. 2. 24. 대통령령 제15686호로 개정되기 전의 것) 제63조의4 제1항에서 규정하고 있는 ⁠‘납세자에 대한 구체적인 탈세제보가 있는 경우’, ⁠‘신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’ 등 보다는 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하여 해석하는 것이 규정체계상 합리적인 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 납세자의 실질적인 권익보호뿐만 아니라 세무조사 기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의3에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ⁠‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 엄격히 제한되어야 한다. 따라서 객관성과 합리성이 뒷받침되지 않는 한 탈세제보가 구체적이라는 사정만으로는 여기에 해당한다고 보기 어렵다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결 등 참조).

구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 ⁠‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 2개 이상의 과세기간에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미한다. 따라서 다른 과세기간에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 이러한 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다고 볼 수 없다. 그런데 완결적인 하나의 행위가 원인이 되어 같은 잘못이 2개 이상의 과세기간에 걸쳐 자동적으로 반복되는 경우는 물론, 하나의 행위가 그 자체로 완결적이지는 않더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 과세기간에 걸쳐 그 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는, 이러한 후속조치는 그 행위 당시부터 예정된 것이므로 마찬가지로 하나의 행위가 원인이 된 것으로서 이에 해당한다고 볼 수 있다. 그리고 재조사의 예외적인 허용사유는 재조사 개시 당시에 구비되어야 할 것이므로, 과세관청이 하나의 원인으로 2개 이상의 과세기간에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우임을 뒷받침할 만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시한 경우에 비로소 적법한 재조사에 해당한다(대법원 2017. 4. 27. 선고 2014두6562 판결, 대법원 2020. 4. 9. 선고 2017두50492 판결 등 참조).

2) 인정사실

갑 제4, 5, 30, 31, 33, 34호증, 을 제32호증의1, 23의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면 아래와 같은 사실이 인정된다.

가) LL지방국세청장은 2012년경 원고의 2009 사업연도 법인세에 관한 법인통합조사(이하 ⁠‘이 사건 1차 조사’라 한다)를 진행하였고, 2007 ~ 2011 사업연도에 대한 조사범위 확대를 거쳐 2012. 8. 16. 위 각 사업연도의 법인세를 추가로 산출하여 예상고지액 등을 결정하였으며, 원고에게 세무조사결과통지를 하였다.

나) 원고는 이 사건 1차 조사과정에서 LL지방국세청장에게 DD-EE를 포함한 해외법인에 대한 결제조건 등을 제출하였고, LL지방국세청장은 DD-EE를 포함한 원고의 해외현지법인에 대한 장기미수채권에 대하여 부당행위계산 부인하고, 인정이자를 계산하여 익금산입하였다. 또한 LL지방국세청장은 원고로부터 JJJ의 퇴직금상계전표, 원고의 2007년 가지급금 장부 사본, 2007년 임원들에 대한 인정이자 계산내역 등을 제출받았고, KKK의 2007년 단기대여금 잔액이 265,807,187원, 2008년부터 2011년까지의 단기대여금 잔액이 273,707,187원이라고 보아 이에 대한 인정이자를 계산하여 익금산입하고 상여처분을 하였다.

다) LL지방국세청장은 2016년경 원고에 대하여 2012 ~ 2014 사업연도 법인세에 관한 법인통합조사(이하 ⁠‘이 사건 제2차 조사’라 한다)를 진행하였고, 2017. 2. 22. 원고에 대한 위 각 사업연도의 법인세를 산출하고, 예상고지액 등을 결정하여 원고에게 세무조사결과통지를 하였다.

라) 원고는 이 사건 제2차 조사과정에서 HH에 고철을 판매한 것과 관련하여 LL지방국세청장에게 2011년부터 2014년까지의 고철판매품의서 등을 제출하였는데, LL지방국세청장은 미회수채권에 대하여 인정이자 등을 과세하였을 뿐, 위와 같은 HH와의 거래에 관하여 저가매도로 보지는 않았다.

3) 판단

위 인정사실에 을 제1, 4, 6, 7호증, 제9호증의1, 2, 제32, 33호증의 각 기재에 변론전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 세무조사는 이 사건 1, 2차 조사와의 관계에서 일부 세목 및 과세기간이 동일하여 재조사에 해당하나, 2018. 5. 31.자 조사범위 확대를 제외하고는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 각호의 예외사유에 해당하여 재조사가 허용된다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 제1주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

가) 앞서 본 바와 같이 이 사건 세무조사는 2018. 1. 4.부터 원고에 대하여 2007년도, 2008년도, 2015년도, 2016년도를 조사대상과세기간으로 하고, 조사대상 세목을 통합조사(사업과 관련하여 세법에 따라 신고, 납부의무가 있는 모든 세목)로 하여 시작되었는데, 이 사건 1차 조사와 세목과 과세기간이 중복되고, 이후 조사범위가 확대되면서 2017년도 가공 지급수수료에 관한 부분을 제외하고는 이 사건 1차, 2차 조사와 세목과 과세기간이 중복되므로 이 사건 세무조사 중 2007년도부터 2014년도까지의 법인세에 관한 부분은 중복세무조사에 해당된다(이 사건 세무조사 중 2015년, 2016년에 관한 부분은 이 사건 1차, 2차 조사와 그 대상기간을 달리하므로 애초부터 중복세무조사에 해당되지 아니한다).

나) 한편 이 사건 세무조사는 탈세제보를 받고 개시되었는데, 위 탈세제보서에는 2008년 상반기에 17명의 개인 계좌에서 원고의 계좌로 약 120억 원이 입금되었다는 내용, 위 입금은 그 금액 등에 비추어 재화나 용역의 공급에 따른 반대급부가 아니고, 원고의 2007년 감사보고서에 의하면 위 금액은 차입금에도 해당하지 않는 내용, 원고의 회계처리내역 및 원고의 주주인 QQ공사가 제출한 계정별 원장을 토대로 원고의 DD-EE에 대한 외상매출금이 허위로 회수된 것처럼 회계처리가 된 것으로 보인다는 내용, 원고의 가지급금 계정별 원장 및 단기대여금 명세서에 의하면 JJJ에 대한 가지급금이 실제 귀속자가 다른 것으로 보인다는 내용, 원고의 현금출납장을 토대로 원고의 과다한 현금 사용 등으로 인한 탈세혐의에 관한 내용 등이 기재되어 있다.

다) 위와 같은 탈세제보서의 내용에 의하면 피고로서는 원고의 2007, 2008 사업연도에 관한 세무조사를 실시할 필요성이 있을 뿐만 아니라, 위 내용은 실제 존재하는 객관적인 자료를 바탕으로 작성된 점, 17명의 이름과 입금액, 거래은행이 구체적으로 적시되어 있는 점, 앞선 이 사건 1차, 2차 조사과정에서 약 120억 원의 입금내역이 제출되지 않았던 것으로 보이고, DD-EE에 대한 외상매출금 허위회수에 관하여는 쟁점이 되지 않았던 것으로 보이는 점, 이후 검찰에서 이 사건 제보내용 중 DD-EE의 외상매출금 회수와 관련하여 고발의뢰도 있었던 점 등에 비추어 보면, 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료를 바탕으로 이 사건 세무조사가 개시되었다고 봄이 타당하다.

라) 한편, 이 사건 세무조사는 앞서 본 바와 같이 4차례에 걸쳐 그 조사범위가 확대되었는데, 최초에 이 사건 세무조사는 이후 확대된 조사범위를 그 조사대상으로 삼지 않았으므로 이후에 확대된 조사범위까지 이 사건 세무조사 개시시기를 기준으로 하여 재조사 허용여부를 판단하는 것은 부당한 점, 이 사건 세무조사는 제1, 2차 세무조사와 중복되지 않은 사업연도(2015년, 2016년)에 관한 세무조사 중 확보한 자료를 통해서도 그 조사범위가 확대되기도 한 점, 이 사건과 달리 조사범위를 확대하지 않고 별도의 세무조사를 개시할 경우, 별도의 세무조사 개시시점을 기준으로 재조사 허용여부를 판단하여야 하므로 결국 조사범위 확대와 동일한 결론에 이르는 점 등을 고려하면, 이와 같이 조사범위가 확대된 부분에 관한 중복세무조사의 예외적인 허용사유는 재조사 개시 당시가 아닌, 조사범위가 확대된 시기를 기준으로 판단하여야 함이 타당하다.

마) 이에 따라 먼저 2018. 3. 2.자 조사범위 확대에 관하여 보면, CC지방검찰청은 이 사건 세무조사의 조사범위가 확대되기 이전인 2018. 2. 26. CC지방국세청장에게 원고에 대한 고발을 의뢰하였고, 고발의뢰 범죄사실 및 첨부된 자료에 의하면 원고가 2010년 및 2013년에 DD-EE에 대한 매출금채권을 허위로 감액하였다고 볼만한 진술과 그 증거자료가 포함되어 있었다. 그리고 위 자료는 과세관청이 이 사건 1, 2차 세무조사에서 획득한 자료에 해당하지 아니한다. 따라서 이 사건 세무조사의 범위를 2010년 외화외상매출금 및 매출, 2013년 외화외상매출금 및 매출, 수선비, 소모품비, 건설중인 자산으로 확대한 피고의 2018. 3. 2.자 조사범위 확대는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호, 제6호, 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제3호에 따라 예외적으로 허용되는 재조사에 해당한다.

바) 다음으로 2018. 3. 15.자 조사범위 확대에 관하여 보면, 피고는 중복세무조사가 아닌 원고의 2015 ~ 2016 사업연도에 대한 세무조사 과정에서 ⁠‘원고의 임원인 PPP이 FF로부터 2007년부터 2017년경까지 외주가공비 부풀려 지급하고 위 금액 중 일부를 차명계좌를 통해 돌려받았다’는 진술을 확보하였다. 위와 같은 PPP의 진술은 검찰수사 과정에서도 확인되는 등 원고의 임원의 진술로서 그 신빙성이 높고, 과세관청이 이 사건 1, 2차 세무조사에서 획득한 자료에 해당하지도 않는다. 그리고 위와 같은 외주가공비를 돌려받는 행위는 2015 ~ 2016 사업연도에 국한되는 것이 아니라 원고와 FF 사이의 거래기간 동안 지속적으로 이루어진 것으로서 최초의 약정 등에 의해 자동적으로 반복되는 것에 해당한다. 따라서 이 사건 세무조사의 범위를 2009년 ~ 2010년 외주가공비, 복리후생비, 원재료, 잡이익, 미수금, 2011년 ~ 2012년 외주가공비, 복리후생비, 2013년 감가상각비, 외주가공비, 2014년 수선비, 소모품비, 감가상각비, 건설중인 자산, 외주가공비로 확대한 피고의 2018. 3. 15.자 조사범위 확대는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호, 제3호, 제6호, 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제3호에 따라 예외적으로 허용되는 재조사에 해당한다.

사) 2018. 5. 18.자 조사범위 확대를 보면, 피고는 중복세무조사가 아닌 원고의 2015 ~ 2016 사업연도에 대한 세무조사 과정에서 HH의 대표이사 RRR으로부터 ⁠‘KKK이 II제철과의 거래에 중간에 HH를 하나 끼어 넣어 생활하게 해주었다’는 취지의 진술을 확보하였고, 원고의 대표이사인 KKK도 2018. 5.경 ⁠‘HH는 자신의 외조카인 RRR 등이 운영하는 회사인데, 원고가 2002년부터 2015. 12.경까지 HH에게 고철을 판매하였고, 그 판매대금이 II제철에서 고시하는 고철의 시가보다 저가로 판매하였다’는 내용의 확인서를 제출하였다. 이들의 진술은 조세탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 발견된 것으로 볼 수 있고, 과세관청이 이 사건 1, 2차 세무조사에서 획득한 자료에 해당하지도 않는다. 그리고 위와 같은 고철의 저가판매행위는 원고와 HH 사이의 거래기간 동안 지속적으로 이루어진 것으로서, 최초의 약정 등에 의해 자동적으로 반복되는 것에 해당한다. 따라서 이 사건 세무조사의 범위를 2013년 ~ 2014년 부당행위계산부인(저가양도) 및 2014년, 2017년 가공 지급수수료로 확대한 피고의 2018. 5. 18.자 조사범위 확대는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호, 제3호, 제6호, 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제3호에 따라 예외적으로 허용되는 재조사에 해당한다.

아) 마지막으로 2018. 5. 31.자 조사범위 확대를 본다.

⑴ 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호에서 말하는 ⁠‘조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료’에 최초 세무조사에 획득한 자료도 포함된다고 할 경우에는 과세관청이 최초 세무조사때 추가 조사할 수 있었음에도 하지 않고 있다가 임의로 언제든지 중복세무조사를 할 수 있게 되어 세무조사가 남용될 수 있고, 중복세무조사를 금지하는 입법취지에는 납세자의 권익보호뿐만 아니라 세무조사 기술의 선진화도 포함되어 있으므로 위 ⁠‘자료’에는 최초 세무조사에서 획득한 자료는 특별한 사정이 없는 한 포함되지 않는다고 봄이 타당하다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결 참조).

⑵ 을 제1호증, 제9호증의1, 2의 각 기재에 의하면, 탈세제보서에 JJJ에 대한 가지급금이 실제 귀속자가 다른 것으로 보인다는 제보내용이 있는 사실, JJJ가 2018. 3. 18. 세무조사 과정에서 ⁠‘자신 앞으로 계상된 가지급금 273,707,187원은 KKK이 사용한 가지급금에 해당되고, 자신은 2008년 퇴직 당시부터 현재까지 원고로부터 퇴직금을 수령한 사실이 없다’는 확인서를 제출한 사실은 인정된다.

⑶ 그러나 갑 제33, 34호증, 을 제32호증의23의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사정, 즉 ① LL지방국세청장이 이미 이 사건 1차 세무조사당시 탈세제보서에 기재된 JJJ 앞으로 계상된 가지급금 273,707,187원과 관련된 자료를 제출받아 조사하였던 점, ② LL지방국세청장은 이 사건 1차 세무조사를 통해 KKK의 단기대여금 잔액이 2007년 265,807,187원, 2008년부터 2011년까지 273,707,187원이 있다고 보아 이에 대한 인정이자를 부과하였는데, 이는 2007년 JJJ 앞으로 계상된 가지급금 265,807,187원과 2008년부터 2011년까지 JJJ 앞으로 계상된 가지급금 273,707,187원이 실제로는 KKK에 대한 가지급금이라는 사실을 밝혀냈기 때문에 이와 같은 인정이자 처분을 하였던 것으로 보이는 점, ③ LL지방국세청장이 이 사건 1차 세무조사 당시 원고로부터 JJJ에 대한 미지급 퇴직금과 JJJ 앞으로 계상된 가지급금 273,703,187원을 상계하였다는 전표 자료를 획득하였던 점, ④ LL지방국세청장은 이 사건 1차 세무조사를 통해 JJJ 앞으로 계상된 가지급금이 KKK의 가지급금이라는 사실을 밝혀냈고, JJJ 앞으로 계상된 가지급금과 JJJ의 미지급 퇴직금을 상계한 전표를 확보하였으므로, 그 당시 확보한 자료에 의하더라도 원고가 상계를 할 수 없음에도 KKK의 가지급금과 JJJ의 미지급 퇴직금을 상계한 사실을 알았거나 쉽사리 알 수 있었을 것으로 보이는 점, ⑤ 그럼에도 이를 간과한 것은 세무조사공무원의 부주의나 게으름으로 평가될 수 있는 점 등에 비추어 볼 때, 피고의 2018. 5. 31.자 조사범위 확대는 재조사를 허용할 수 있는 예외사유에 해당한다고 보기 어렵다.

⑷ 따라서 이 사건 세무조사의 범위를 2011년 퇴직급여로 확대한 피고의 2018. 5. 31.자 조사범위 확대는 중복조사에 해당하여 위법하다.

나. 제2주장에 관한 판단

1) 인정사실

아래의 사실은 갑 제8호증의1 내지 3의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되거나 당사자 사이에 다툼이 없다.

가) 원고는 VV국 현지 합작회사인 DD-EE에게 시트 스트럭쳐(Seat Structure)를 반조립제품(Complete Knock Down)의 형태로 수출하였고, DD-EE는 원고가 수출한 반조립제품을 DD North에 위탁하여 시트 스트럭쳐의 완성품을 생산하였으며, 그 완성품을 시트제조업체인 SS Corporation(이하 ⁠‘SS’라 한다)에 납품하여 SS가 시트를 조립·생산하여 완성차 업체인 TT VV국법인에 납품하였다. 이와 같은 공급구조는 아래 그림과 같다.

(‘그림’ 생략)

나) 원고는 2010. 7. 31. 미화 8,639,695.36달러(한화 9,957,775,288원) 상당액의 DD-EE에 대한 매출 및 매출채권을 감액하였다.

다) 원고는 2010. 12. 31. 미화 2,892,338.23달러(한화 3,294,084,010원) 상당액의 DD-EE에 대한 매출 및 매출채권을 감액하였다.

라) 원고는 2013. 12. 31. 미화 5,670,910.12달러(한화 5,984,511,449원) 상당액의 DD-EE에 대한 매출 및 매출채권을 감액하였다.

마) 피고는 13,251,859,298원을 원고의 2010 사업연도에, 5,984,511,449원을 원고의 2013 사업연도에 각 익금산입하여 법인세를 부과하였고, 위 금액이 사외유출되어 그 귀속이 불분명하다고 보아 KKK과 MMM에게 각 귀속된 것으로 의제하여 KKK과 MMM의 2010 사업연도 및 2013 사업연도 대한 소득금액변동통지를 하였다.

2) 판단

갑 제9 내지 23호증, 제41 내지 44호증, 제62 내지 65호증, 제75, 81호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고의 위와 같은 매출 및 매출채권 감액은 허위로 이루어진 것으로 보기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 위 허위 감액으로 인한 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지는 위법하여 취소되어야 한다.

가) 원고와 같은 자동차 부품 업체들은 신규차종의 양산이 시작되기 전에 미리 부품의 공급을 하여야 하므로 통상 가단가에 따라 매출채권을 계상한 후, 정단가가 합의되면 매출채권에 그 차이를 조정하여야 한다.

나) TT VV국법인은 2009. 12. 22.경부터 UU VV국모델(이하 ⁠‘UUA’라 한다)의 양산을 시작하였고, 원고는 2009. 10. 25.경부터 DD-EE에게 UUA에 들어가는 이 사건 반조립제품을 가단가에 따른 금액으로 납품하기 시작하였다. 그런데 DD-EE의 2009. 11. 25.자 이사회 회의록에 의하면 위 가단가와 TT VV국법인의 목표가 간에 큰 차이가 발생하였다는 내용이 있고, 이후 원고는 위와 같은 차이를 좁히기 위하여 내부적 논의를 해온 것으로 보인다. 이후 2010. 2. 19.자로 최종합의된 이 사건 반조립제품 등의 정단가는 기존의 가단가에 비해 상당액이 감액되었다.

다) 원고의 대표이사였던 MMM는 위와 같이 감액된 정단가에 관하여 ⁠‘2009. 12. 15. VV국에서 양산되었던 UUA는 정단가 합의 시점이 2010. 2. 19., 최초 선적 시점이 2009. 10. 25.이었던 관계로 합의가인 정단가를 인보이스에 기재할 수 없었기 때문에 가단가를 수출가로 활용하였다’, ⁠‘가단가가 정단가보다 큰 이유는 원고가 당시 수출가격을 산정하면서 가단가 기준 88%, 설계원가 12%를 추가 반영하여 100% 가단가를 형성하였으나, 최종 합의된 정단가가 64%에 불과하였다’고 진술하였다.

라) 원고는 DD-EE에게 이 사건 반조립제품을 공급하면서 VV국 세관을 무관세로 통관하기 위하여 인보이스에 완성품 단위로 수량을 기재하고 선적하여 통관절차를 진행하여왔는데, 수출과정에서 이 사건 반조립제품의 일부 하위 부품이 적게 선적되는 등 완성품 기준으로 한 수량보다 적게 선적하게 되어 발주량에 미치지 못한 선적량으로 인한 문제가 발생해왔다. 결국 이 사건 반조립제품을 완성품 단위로 수출하는 바람에 장부상으로는 공급부족분 없이 전부 공급이 이루어진 상태로 매출 및 매출채권이 계상되었고, 실제로는 위와 같이 공급부족분이 발생하였다.

마) MMM는 이에 관하여 ⁠‘원고가 DD-EE로 제품을 납품할 때 일부 제품이 누락되어 선적되는 경우가 발생하였고, 이러한 것이 누적되어 인보이스 금액과 실제 선적 금액과의 차이가 발생하였다, DD-EE측에서 인보이스 금액과 실제 선적 금액의 차이가 있음을 인지해 이에 대한 정산을 요청하여 매출을 소급하여 감액하였다.’고 진술하였다.

바) 2009. 11. 25.자 DD-EE의 이사회 회의록에 의하면, DD-EE의 공동출자자인 원고와 DD-North는 DD-EE의 2006 ~ 2008 사업연도의 회계장부상 금액과 VV국 국세청에 신고된 자료가 상이하고, 원고가 검토한 결과로는 그 차액이 약 미화 620만 달러이며, VV국 국세청과 향후 더 큰 문제 발생을 예방하기 위해 신속한 조치가 필요하다는 내용의 협의를 하였다. 이후 2020. 3. 5.자 DD-EE의 이사회 회의록에 의하면, 원고는 DD-EE의 재무상태를 건전하게 하기 위해 540만 달러 상당의 신용증서를 발행하고, 이를 감사인에게 제출한다는 내용의 협의를 하였다. 원고는 위와 같은 협의를 거치는 등 원고와 DD-EE 사이의 채권, 채무 잔액의 괴리를 해결하기 위한 노력을 해왔고, 그 결과 DD-EE에 대한 약 480만 달러의 채권을 조정하기로 확정하였다. 이에 따라 원고는 위 약 480만 달러 중 2,222,520달러에 원고가 DD-EE에 미지급한 지원금 669,820달러를 합한 2,892,000 달러를 원고의 2010 사업연도 DD-EE에 대한 매출 및 매출채권을 감액하는 방식으로 회계처리를 하였다.

사) MMM는 이에 관하여 ⁠‘원고와 DD-EE 양사의 장부상 금액 차이가 발생하였고, 원고 및 DD의 이사들이 이를 함께 확인하여 매출채권액을 조정한 것으로 기억한다. 손정동 과장이 DD-EE를 실사한 후 조정대상금액을 확인하여 보고하였다.’고 진술하였다.

아) 원고는 2010. 2. 19. TT VV국법인과 UUA에 들어가는 시트 스트럭쳐 부품의 정단가를 합의하면서 3년간 1%씩 단가를 인하하기로 하는 장기공급계약을 체결하였는데, SS가 2013. 9.경 DD-EE에게 위와 같이 인하된 단가를 적용하여 소급적으로 정정할 것을 요구받기 전까지 원고는 위와 같은 단가 인하를 고려하지 않은 채 매출 및 매출채권을 계상하여 온 것으로 보인다. 나아가 2012. 10.경부터 2012. 12.경까지의 조정대상금액인 494,437.15달러의 경우, DD-EE의 직원의 실수로 원고의 DD-EE에 대한 매출채권에서 차감할 것을 오히려 추가하는 바람에 2013 사업연도에 이를 바로잡은 것으로 보인다.

자) MMM는 이에 관하여 ⁠‘위와 같은 장기공급계약에 따른 매출감소를 반영하여 매출을 감액한 것일 뿐 허위로 감액한 것이 아니며, 2012. 10.경 ~ 12.경까지의 매출소급반영분 494,437.15달러는 원래 DD-EE의 원고에 대한 채무금액에서 이를 차감하여야 하나 현지 직원의 실수로 추가함으로써 위 채무금액이 늘어나게 되었고, 이를 2013년도 회계에 바로잡은 것’이라고 진술하였다.

차) 제2주장과 관련한 처분사유의 경우, CC지방검찰청의 고발의뢰로부터 시작되었는데, CC지방검찰청 검사는 2021. 3. 22. 위 처분사유와 동일한 조세포탈혐의에 관하여 앞서 본 사정들에 비추어 매출채권의 단가 소급감액은 원고뿐만 아니라 자동차부품생산 업체의 통상적인 단가 정산 방법으로 판단되고, 실제 타당한 근거에 따라 매출채권을 감액한 사실이 인정된다는 이유로 불기소처분(혐의없음)을 하였다.

다. 제3주장에 관한 판단

1) 인정사실

아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제26, 71호증의 각 기재에 의하여 인정된다.

가) 원고의 직원 WWW는 2002. 6.경부터 2007. 10.경까지 사이에 허위 출금전표 작성, 출금액 과다 기재 등의 방법으로 원고 소유 자금 총 12,043,000,000원을 횡령하였다.

나) 원고는 2008. 2. 13.부터 2008. 3. 5.까지 사이에 위 횡령금 중 총 11,551,453,706원을 회수하였다.

다) 원고는 위 횡령금을 영업외 수익으로 계상하지 않고, 허위 전표·원화계좌 입출금을 작성하여 2008 사업연도에 DD-EE에 대한 매출채권 중 11,551,453,706원을 변제받은 것으로 처리하였고, 매출채권에 대한 외환차손 1,030,732,770원이 발생한 것처럼 회계처리를 하였다.

라) 피고는 12,582,186,476원(= 11,551,453,706원 + 1,030,732,770원)을 원고의 2008 사업연도에 익금산입하여 법인세를 부과하고, 위 금액이 원고의 대표이사 KKK에게 귀속된 것으로 보아 상여 처분하여 KKK의 2008 사업연도에 대한 소득금액변동통지를 하였다.

2) 판단

가) 원고는 2008 사업연도에 이 사건 횡령금에 대하여 DD-EE에 대한 외상매출채권을 변제받은 것처럼 회계처리를 하였다. 이 사건 횡령금 11,551,453,706원은 원고의 직원인 WWW가 횡령한 회사의 자금을 회수한 것인데, 이 사건 횡령금은 WWW의 횡령이 있었던 2002년부터 2007년까지 각 사업연도에 원고의 손해배상청구권으로 발생·확정되었다고 봄이 타당하므로, 2008년에 이 사건 횡령금의 일부를 회수하였더라도 2008년에 이를 익금에 산입할 것은 아니다(대법원 2020. 10. 29. 선고 2020도3972 판결 참조). 따라서 원고가 2008 사업연도에 이 사건 횡령금 11,551,453,706원을 외상매출채권의 회수인 것처럼 회계처리를 하였더라도 이러한 회계처리는 원고의 2008 사업연도 과세소득에 영향을 준다고 볼 수 없다.

나) 원고는 2008 사업연도에 DD-EE에 대한 외상매출채권 11,551,453,706원이 회수되지 않았음에도 회수된 것처럼 회계처리를 하였고, 그 후 DD-EE로부터 동액 상당의 매출채권을 실제로 회수하지 않았다. 을 제18, 19, 20호증, 제30호증의1 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래의 사정들을 종합하여 보면, 원고의 2008 사업연도에 있었던 이러한 변칙적인 회계처리는 DD-EE에 대한 외상매출채권 회수포기의 의사를 객관적으로 나타낸 것으로 평가할 수 있고, 원고의 채권회수포기에 정당한 사유도 인정되지 아니하므로, 원고가 2008 사업연도에 하였던 DD-EE에 대한 외상매출채권 11,551,453,706원에 대한 회수포기는 원고의 2008 사업연도에 익금산입되어야 한다.

① 외상매출채권의 회수포기는 일단 그 외상매출금 상당액만큼 법인의 순자산이 증가하였다가 같은 금액만큼 사외유출되는 거래로 관념할 수 있다(대법원 2021. 8. 12. 선고 2018두24305 판결 참조).

② 원고는 2008 사업연도에 DD-EE에 대한 외상매출채권을 회수하지 않았음에도 마치 회수한 것처럼 회계처리를 하였고, 그로 인하여 2008 사업연도 이후부터는 더 이상 원고의 회계장부 등에 DD-EE에 대한 매출채권이 드러나지 않게 되었다. 이는 원고가 2008 사업연도 이후로는 DD-EE에 대한 외상매출채권 11,551,453,706원을 회수하지 않겠다는 의사에서 비롯된 것으로 봄이 상당하다.

③ 원고는 2008 사업연도에 DD-EE에 대한 외상매출채권 11,551,453,706원을 회수한 것처럼 회계처리를 하여 원고의 2008 사업연도 DD-EE에 대한 기말 외화외상매출채권은 11,052,450299원이 남게 되었다. 한편, DD-EE는 원고에게 외상매입채무를 실제로 지급하지 않았음에도 원고에 대한 2008 사업연도 기말 매입채무를 미화 8,789,224.89달러(=한화 약 11,052,450,299원)로 기재하여 원고에게 지급하지 않은 외상매입채무가 11,052,450,299원 밖에 없는 것처럼 회계처리하였다. 이처럼 2008 사업연도 기말부터는 원고와 DD-EE의 매출채권과 매입채무가 일치하게 되었고, 그로 인하여 원고는 DD-EE에 대하여 외상매출채권 11,551,453,706원을 회수하는 것이 불가능한 상황에 놓이게 되었으므로, 원고의 DD-EE에 대한 외상매출채권의 회수포기는 2008 사업연도에 확정된 것으로 볼 수 있다.

④ 원고의 DD-EE에 대한 외상매출채권 회수포기에 정당한 사유가 있다면 이를 익금불산입할 여지가 있기는 하다. 그러나 원고의 주장과 같이 DD-EE에 대한 외상매출채권 11,551,453,706이 과다 계상된 것이어서 본래 감액되어야 하는 채권에 불과하였다면 이에 대하여 정당한 회계처리를 거쳐 손금산입하여 법인세를 감면받았어야 함이 당연함에도, 원고가 약 115억 원에 이르는 거액의 손금산입을 포기하며 DD-EE로부터 실제 매출채권을 회수한 것처럼 회계처리를 하며 법인세를 더 납부한 점, PPP은 공인회계사 박NN에게 이 사건 횡령금액 120억 원의 입금과 관련하여 부정한 회계처리 방법을 연구해달라고 집요하게 요구하였고, 직원들로부터 이 사건 횡령금의 분개전표가 차변에 보통예금, 대변에 외화외상매출금으로 작성되어 있는 것에 대하여 문제제기를 받았음에도 ⁠‘본인이 다 OK한 것이니까 그대로 정리하라’고 하는 등 정상적인 회계처리가 아님을 인식하였음에도 변칙적인 회계처리를 한 점(각주 2 검사는 이러한 관련자들의 진술 등을 바탕으로 ⁠‘XXX이 원고의 실제 대주주로서 2008. 3. 11. YYY을 통해 PPP에게 이 사건 횡령금을 장부상 드러나지 않게 유입시키라고 지시하여, PPP이 2008. 10.경 김NN 등과 이 사건 횡령금을 이익으로 계상하지 않고 해외미수채권을 회수한 것처럼 허위 처리하기로 하였다’는 내용으로 XXX을 기소하기도 하였다(CC지방법원 2OOO. OO. OO. 선고 2OOO고합OO 판결 참조), 원고가 제출한 증거들을 살피더라도 약 120억 원의 누적 매출채권 과다계상이 있었고 2008년경 개최된 이사회가 이를 해소하기 위한 것이었다는 사실을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없는 점, 최HH이 세무조사 과정에서 DD-EE와 채권·채무에 대해 서로 그 금액을 감면하는 등의 조정은 없었다고 진술한 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 회수를 포기한 DD-EE에 대한 외상매출채권 11,551,453,706원은 본래 감액되어야 하는 채권에 해당한다고 볼 수 없고, 원고가 2008 사업연도에 DD-EE에 대한 외상매출채권의 회수를 포기한 것은 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 채권회수 포기행위에 해당한다고 봄이 타당하다.

다) 원고는 2008 사업연도에 외환차손 1,030,732,770원이 발생한 것처럼 회계처리를 하였다. 위 외환차손 1,030,732,770원은 영업외비용으로 원고의 2008 사업연도 손금에 산입되었으나, 원고는 위 외환차손의 근거가 없음을 인정하며 피고가 위 외환차손 1,030,732,770원을 익금산입한 조치에 대하여는 다투지 않는다고 하였다(원고의 2022. 4. 12.자 준비서면 참조). 따라서 피고가 2008 사업연도에 외환차손 1,030,732,770원 상당액을 손금불산입한 것은 정당하다.

라) 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령(2018. 7. 16. 대통령령 제29045호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항은 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 각 처분하고, 다만 이 때 사외유출된 것은 분명하나 그 귀속자가 누구인지 불분명한 경우에는 대표자에 대한 인정상여로 소득처분을 하도록 규정하고 있다. 앞서 본 바와 같이 원고는 2008 사업연도에 DD-EE에 대한 외상매출채권 11,551,453,706원의 회수를 포기하였는데, 이는 그 외상매출금 상당액만큼 법인의 순자산이 증가하였다가 같은 금액만큼 사외유출되었으나 그 귀속이 불분명한 경우에 해당한다고 볼 수 있고, 원고가 2008 사업연도에 가공의 비용으로 계상한 외환차손 1,030,732,770원 상당액은 특별한 사정이 없는 한 사외유출된 것으로 보아야 하는데(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 참조), 사외유출된 위 외환차손 상당액은 그 귀속자가 누구인지 불분명하므로, 위 외상매출채권 및 외환차손 상당액의 합계 12,582,186,476원은 원고의 2008 사업연도 대표자인 KKK에게 상여로 귀속되어야 한다.

마) 원고는 2008년 사업연도에 DD-EE에 대한 매출채권을 실제로 회수하지 않았음에도 이 사건 횡령금이 DD-EE로부터 지급받은 매출채권인 것처럼 허위로 회계처리를 하였고, 그 과정에서 적극적으로 외환차손이 발생하였다고 허위로 회계처리를 하였다. 이러한 원고의 행위는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위로 법인세를 포탈한 것에 해당한다. 그러므로 부과제척기간이 도과하였다고 볼 수는 없다.

바) 따라서 피고가 12,582,186,476원(= 11,551,453,706원 + 1,030,732,770원)을 원고의 2008 사업연도에 익금산입 내지 손금불산입하여 법인세를 부과하고, 동액 상당액을 KKK에 대하여 상여처분을 한 것은 적법하므로, 원고의 제3주장은 이유 없다.

라. 제4주장에 관한 판단

1) 인정사실

아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제27, 38호증, 을 제23, 24, 26, 27호증의 각 기재에 의하여 인정된다.

가) FF는 시트 부품을 열처리하여 원고나 ZZ 등에 납품하는 업체이다. FF는 2000년부터 원고와 제품열처리 가공 용역 거래를 하였는데, 원고의 임원 PPP이 2007. 초순경 FF의 대표 aaa에게 부품 열처리 대가로 원고로부터 받은 거래대금의 일부를 돌려달라고 요구하였고, aaa은 2007년경부터 원고와의 매출액 11%를 리베이트 명목으로 PPP에게 제공하기로 약정하였다.

나) PPP은 2009. 9.경 원고의 직원 김mm에게 원고의 통근버스 운영업체 체결과 관련하여 소위 ⁠‘리베이트’를 줄 수 있는 업체를 찾아봐달라고 지시하고, 그 무렵 PPP의 위와 같은 취지를 김mm을 통해 전달받은 GG의 대표 ppp로부터 ⁠‘원고의 통근버스업체로 계약을 체결해주고 유지해주면 매달 사례를 하겠다’는 취지의 청탁을 받게 되자 GG을 원고의 통근버스 운영업체로 선정하여 계약을 체결하였다.

다) PPP은 2007. 6.경부터 2017. 1.경까지 FF로부터 합계 2,807,268,483원을 차명계좌를 통해 지급받았고, 2009. 7.경부터 2011. 9.경까지 GG으로부터 합계 61,300,000원을 차명계좌를 통해 지급받았다.

라) PPP은 위 다)항 기재 FF로부터의 금품수수 및 GG으로부터의 금품수수와 관련하여 배임수재죄로 기소되어 유죄판결을 선고받아 그 판결이 확정되었다[CC지방법원 2OOO. OO. OO. 선고 2OOO고합OO, OO(병합) 판결, CC고등법원 2OOO. OO. OO. 선고 2OOO노OO 판결].

마) 피고는 FF 및 GG과의 거래와 관련하여 원고의 2008 ~ 2016 사업연도에 대하여 법인세 부과, PPP에 대한 소득금액변동통지 및 부가가치세 부과처분을 하였다.

2) 판단

피고는 앞서 본 바와 같이 원고가 FF 및 GG에게 실제 비용보다 부풀려 외주가공비와 용역비를 지급하고, 이를 PPP이 차명계좌를 이용하여 되돌려 받은 것으로 보아 원고의 2008 ~ 2016 사업연도에 법인세와 부가가치세를 부과하고, PPP에게 상여처분을 하였다. 그러나 갑 제27, 28, 38호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 FF 및 GG에게 실제 비용보다 부풀려 외주가공비와 용역비를 지급하였다는 사실을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고가 다투는 2008 ~ 2014 사업연도에 대한 법인세, 소득금액변동통지 및 부가가치세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다. 따라서 원고의 제4주장은 이유 있다.

가) FF의 대표 aaa은 검찰에서 ⁠‘원고가 FF에 정상적인 용역 대가를 지급하거나, 오히려 FF가 본래 재하청업체였다는 이유로 정상적인 용역 대가 이하의 금액을 지급하였고, 이와 같은 상황에서 PPP에게 리베이트까지 주게 되어 손해를 보기도 하였다’고 진술하였다. 한편, aaa은 세무조사 과정에서 ⁠‘원고와 사실과 다른 거래를 하였다’는 취지의 진술을 하였으나, 검찰에서는 담당공무원이 ⁠‘돈을 돌려받았으면 세무상 과다 비용이 인정되니 일단 인정하고, 다른 법적인 문제는 검찰에 가서 이야기하라’고 하여, 위와 같은 진술을 하게 된 것이며 세무조사 과정에서 한 위 진술은 실제 사실관계와 다르다고 진술하였다.

나) FF가 지급받은 외주가공비와 FF와 동일한 품목에 대하여 열처리작업을 하던 KKLL에게 지급한 외주가공비를 비교하면, 양자가 같거나 오히려 KKLL가 더 많은 외주가공비를 지급받았다. 그리고 FF는 2000년부터 원고와 거래를 하였고, 2007년경 PPP으로부터 리베이트 제공을 요구받아 2007. 6.경부터 리베이트를 지급하기로 하였는데, FF가 PPP에게 리베이트를 제공하기로 약정한 이후 외주가공비의 단가가 기존보다 상승하였다는 자료는 보이지 않는다.

다) aaa은 2011. 7. 18. FF의 전무 이gg으로 하여금 PPP에게 리베이트 비율을 줄여달라고 요청하는 내용의 편지를 작성하게 하였으나, PPP에게 리베이트 비율을 줄여달라고 요청할 경우 물량이 줄어들 것을 우려하여 위 편지를 PPP에게 전달하지는 못하였다. 원고가 FF에게 본래 지급하여야 할 외주가공비를 부풀려서 지급한 것이라면 FF가 부풀려진 대금을 반환하더라도 손해가 발생하는 것은 아니므로, aaa이 리베이트 비율을 낮추려고 시도할 이유는 없어 보인다.

라) CC지방검찰청 검사는 2019. 3. 27. 위 처분사유 중 FF에 대한 외주가공비를 부풀렸다는 조세포탈혐의에 관하여 앞서 본 사정들에 비추어 PPP이 FF로부터 28억 원 상당의 리베이트를 받은 사실만으로 리베이트 금액이 허위 또는 과대 비용이라고 인정하기는 어렵다는 이유로 불기소처분(혐의없음)을 하였다.

마) 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있는데(대법원 2015. 2. 12. 선고 2014두43028 판결 등 참조), GG의 용역비가 다른 업체보다 부풀려진 것이라는 사실을 인정할 만한 객관적인 증거들, 즉 다른 업체와의 견적서, GG이 아닌 다른 업체와의 계약 내용, GG 대표 ppp의 진술 등이 없고, 피고의 주장에 부합하는 듯한 PPP에 대한 심문조서는 앞서 본 aaa의 수사기관에서의 진술, 검사의 불기소처분결정, 관련 형사판결의 내용 등에 비추어 볼 때 믿기 어려우므로, 피고가 제출한 증거만으로는 GG의 용역비가 다른 업체와 비교하여 과다하게 높은 금액에 해당한다는 사실을 인정하기 부족하다.

마. 제5주장에 관한 판단

1) 관련 법리

구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제52조에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 참조).

2) 판단 을 제6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 2013 ~ 2015 사업연도에 HH에게 고철 및 스크랩을 판매한 행위는 특수관계에 있는 자에게 자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 것으로서 경제적 합리성을 무시한 거래에 해당하여 부당행위계산부인 규정의 적용대상이 된다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 제5주장은 이유 없다.

가) HH는 2002. 2. 설립된 법인이고, HH의 대주주인 RRR과 대표이사 fff은 부부관계이며, 이들은 원고의 대표이사 KKK의 조카와 조카며느리이다. 따라서 원고와 HH는 법인세법 시행령 제78조에서 정한 특수관계인에 해당한다.

나) RRR은 외삼촌인 원고의 대표이사 KKK으로부터 고철 거래 사업을 해보라는 이야기를 듣고 HH를 설립하였다. RRR은 HH를 설립하기 이전에 고철 및 스크랩 거래 사업을 해본 적이 없었으나, KKK이 거래를 할 수 있게 해주어서 고철 및 스크랩 거래 사업을 영위할 수 있었다.

다) HH는 원고로부터 고철 및 스크랩을 매수하여 그 전부를 II제철에 재판매하였다. 그런데 이러한 HH와 II제철과의 거래는 HH의 개입 없이 원고에 의하여 결정되었다.

라) 원고는 HH와의 고철 및 스크랩 거래의 단가를 일방적으로 결정하였다. 그리고 II제철이 HH로부터 납품받는 고철 및 스크랩 가격은 II제철이 고시한 금액으로 정해져 있었다. 그렇기 때문에 HH는 II제철이 정한 스크랩 가격에서 kg당 30원을 뺀 금액, II제철이 정한 고철 가격의 80%에 해당하는 금액으로 원고로부터 고철 및 스크랩을 매수하여, 위 고철 및 스크랩을 전부 II제철에 재판매하면서 II제철로부터는 고시된 고철 및 스크랩 가격에 따른 대금을 지급받아왔다. II제철은 고시된 가격으로만 고철 및 스크랩을 매수하였던 것으로 보이는데, 원고가 HH가 아닌 II제철에 직접 고철 및 스크랩을 판매했더라면 II제철이 고시한 가격으로 판매할 수 있었을 것이 분명하므로, II제철이 고시한 고철 및 스크랩 가격은 원고, HH, II제철 사이의 고철 및 스크랩 거래에 있어 시가에 해당한다.

마) 원고와 II제철 사이의 거래과정에 HH가 개입될 합리적 이유나 필요성을 찾을 수 없다. 원고는 고철 및 스크랩을 II제철에 직접 판매하면 얻을 수 있는 이익의 약 20% 정도를 포기하면서 HH에 고철 및 스크랩을 판매하고, HH로 하여금 위 고철 및 스크랩을 그대로 II제철에 다시 판매하도록 하였다. 이에 대하여 원고는 II제철과 직접 거래를 하면 업체 등록을 하여야 하고 추가적인 업무 부담이 발생했기 때문에 HH에 고철 및 스크랩을 매각을 한 것이라고 주장하나, RRR의 진술에 의하면 원고, HH, II제철 사이의 고철 및 스크랩 거래는 HH의 관여 없이 원고와 II제철 사이에서 결정되었고, 업무 협의부터 세금계산서 발행 등 제반 업무가 실질적으로 원고에 의하여 이루어진 것으로 보이므로, 원고의 위 주장은 믿을 수 없다. 게다가 RRR은 세무조사 과정에서 ⁠‘원고가 무슨 이유에서 HH에 스크랩을 판매하였는지 잘 모릅니다. 그냥 KKK 회장이 중간에 거래를 하나 끼어 넣어 생활하라고 해서 한 것입니다’라고 진술하였는데, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없으므로(대법원 1998. 5. 22. 선고 98두2928 판결 참조), 원고의 대표이사 KKK이 II제철과의 거래에 있어 불필요한 HH와의 거래단계를 추가하였다고 봄이 타당하다.

바. 제6주장에 관한 판단

1) 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 하고, 더욱이 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있다. 같은 취지에서 국세기본법은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있는바, 그와 같이 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고, 나아가 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보아야 한다. 구 국세기본법 제81조의4 제1항, 제2항 규정의 문언과 체계, 재조사를 엄격하게 제한하는 입법 취지, 그 위반의 효과 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하다(대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결 참조).

2) 앞서 본 바와 같이 이 사건 세무조사 중 2018. 5. 31.자 조사범위 확대는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 각호에서 정한 재조사가 예외적으로 허용되는 경우에 해당한다고 볼 수 없어 같은 항에 따라 금지되는 것이었으므로, 피고가 2011 사업연도에 273,707,187원을 손금불산입하여 법인세를 부과하고, 위 금액이 KKK에게 귀속된 것으로 보아 2011 사업연도에 대한 소득금액변동통지를 한 것은 위법하다. 따라서 원고의 제6주장은 이유 있다.

사. 취소의 범위

1) 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).

2) 위에서 살핀 바와 같이 이 사건 각 처분 중 ① 2008 ~ 2014 사업연도에 대한 각 법인세 부과처분은 그 과세표준에 FF 및 GG 거래 관련 거래금액이 포함된 부분, DD-EE에 대한 외상매출채권 13,251,859,298원이 포함된 부분, DD-EE에 대한 외상매출채권 5,984,511,449원이 포함된 부분, JJJ 가지급금 273,707,187원에 대한 상계관련 부분이 포함된 부분에 한하여 위법하고, ② 2008 ~ 2014 사업연도에 대한 각 부가가치세 부과처분은 FF 및 GG 거래 관련 거래금액이 포함된 부분에 한하여 위법하며, ③ KKK에 대한 각 소득금액변동통지는 DD-EE에 대한 외상매출채권 13,251,859,298원이 포함된 부분, JJJ 가지급금 273,707,187원에 대한 상계관련 부분이 포함된 부분, DD-EE에 대한 외상매출채권 5,984,511,449원이 포함된 부분에 한하여 위법하고, ④ MMM에 대한 각 소득금액변동통지는 DD-EE에 대한 외상매출채권 13,251,859,298원이 포함된 부분, DD-EE에 대한 외상매출채권 5,984,511,449원이 포함된 부분에 한하여 위법하며, ⑤ PPP에 대한 각 소득금액변동통지는 FF 및 GG 거래 관련 거래금액이 포함된 부분에 한하여 위법하다 할 것인데, 이 사건에서 제출된 자료만으로는 각 과세기간별 정당한 세액을 산출할 수 없으므로 이 사건 처분은 그 전부를 취소할 수밖에 없다.

5. 결론

원고의 청구는 결과적으로 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지1]

목록

1. 법인세 부과처분

2. 부가가치세 부과처분

3. 소득금액변동통지

끝.

[별지2]

관계법령

■ 구 국세기본법 (2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것)

제81조의4(세무조사권 남용 금지)

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.

④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다.

제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한)

① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

■ 구 국세기본법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28644호로 개정되기 전의 것)

제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우)

법 제81조의4 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 처음의 세무조사(법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 세무조사를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에서 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.

제63조의11(세무조사 범위의 확대)

① 법 제81조의9 제1항에서 "구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우

2. 조사 과정에서 「조세범 처벌절차법」 제2조 제3호에 따른 조세범칙조사로 전환하는 경우

3. 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우

4. 그 밖에 구체적인 세금탈루 혐의가 있어 세무조사의 범위를 확대할 필요가 있는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

■ 법인세법

제15조(익금의 범위)

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입(이하 "수익"이라 한다)의 금액으로 한다.

제19조(손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용(이하 ⁠“손비”라 한다)의 금액으로 한다.

제40조(손익의 귀속사업연도)

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제67조(소득처분)

다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

■ 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

제52조(부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

■ 구 법인세법 시행령(2018. 7. 16. 대통령령 제29045호로 개정되기 전의 것)

제106조(소득처분)

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

3. 제1호에도 불구하고 다음 각 목의 금액은 기타 사외유출로 할 것

가. 법 제24조에 따라 익금에 산입한 금액

나. 법 제25조 및 「조세특례제한법」 제136조에 따라 익금에 산입한 금액

다. 법 제27조의2 제3항(같은 항 제2호에 따른 금액에 한정한다) 및 제4항에 따라 익금에 산입한 금액

라. 법 제28조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 이자ㆍ할인액 또는 차익에 대한 원천징수세액에 상당하는 금액

마. 법 제28조 제1항 제4호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

바. 삭제

사. 「조세특례제한법」 제138조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

아. 제1호 각 목 외의 부분 단서 및 제2항에 따라 익금에 산입한 금액이 대표자에게 귀속된 것으로 보아 처분한 경우 당해 법인이 그 처분에 따른 소득세 등을 대납하고 이를 손비로 계상하거나 그 대표자와의 특수관계가 소멸될 때까지 회수하지 아니함에 따라 익금에 산입한 금액

자. 제88조 제1항 제8호ㆍ제8호의2 및 제9호(같은 호 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산에 한정한다)에 따라 익금에 산입한 금액으로서 귀속자에게 ⁠「상속세 및 증여세법」에 의하여 증여세가 과세되는 금액

차. 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 그 외국법인 등에 귀속되는 소득

끝.

출처 : 대구지방법원 2022. 08. 17. 선고 대구지방법원 2019구합21612 판결 | 국세법령정보시스템