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칼럼 노동 근로시간·휴가·포괄임금제
노동 · 근로시간·휴가·포괄임금제 2026.03.26 조회 7

유연근무제 종류와 법적 근거, 실제 사례로 보는 핵심 쟁점 분석

김재상 변호사

결론부터 말하면, 유연근무제는 하나가 아니라 법적으로 명확히 구분되는 여러 유형이 있고, 각각 도입 요건이 전부 다릅니다. 요건을 충족하지 못하면 연장근로수당 미지급 문제로 직결되기 때문에, 유형별 법적 근거를 정확히 이해해야 합니다. 가상의 사례를 통해 핵심 쟁점을 짚어보겠습니다.

[사례 개요]

서울 마포구 소재 IT 스타트업 대표 A씨(38세)는 직원 45명 규모의 회사를 운영하고 있습니다. 개발팀에는 선택적 근로시간제를, 마케팅팀에는 탄력적 근로시간제를 적용하고 싶었습니다. 별도 서면합의 없이 사내 공지로 "이달부터 유연근무"를 선언했고, 6개월 뒤 퇴사한 개발자 B씨(29세)가 연장근로수당 약 720만 원을 청구했습니다. 마케팅팀 C씨(34세)도 탄력근무 기간 중 특정 주에 52시간을 초과해 근무한 사실을 근거로 추가 수당을 요구하고 있습니다.

쟁점 1. 유연근무제 4가지 유형, 법적 근거가 전부 다르다

근로기준법이 인정하는 유연근무제 유형은 크게 4가지입니다. 각 유형의 법적 근거와 핵심 요건을 정리하면 다음과 같습니다.

1
탄력적 근로시간제 (근로기준법 제51조, 제51조의2) 일정 단위기간을 평균하여 주 40시간을 초과하지 않으면, 특정 주에 40시간을 넘겨도 연장근로로 보지 않는 제도입니다. 2주 단위는 취업규칙 변경만으로 가능하지만, 3개월 이내 단위와 3개월 초과~6개월 이내 단위는 반드시 근로자대표와의 서면합의가 필요합니다.
2
선택적 근로시간제 (근로기준법 제52조) 1개월 이내 정산기간 동안 총 근로시간만 채우면, 출퇴근 시각을 근로자가 자유롭게 정하는 방식입니다. 근로자대표와의 서면합의로 정산기간, 총 근로시간, 의무근로시간대(코어타임) 등을 특정해야 합니다. 신상품 개발 등 업무의 경우 3개월까지 정산기간 확대가 가능합니다.
3
사업장 밖 간주근로시간제 (근로기준법 제58조 제1·2항) 영업직 등 사업장 밖에서 근무하여 실제 근로시간 산정이 어려운 경우, 소정근로시간 또는 노사가 서면합의한 시간을 근로한 것으로 간주합니다.
4
재량근로시간제 (근로기준법 제58조 제3항) 연구개발, 디자인, 방송 프로듀싱 등 업무 수행 방법을 근로자 재량에 맡길 필요가 있는 경우, 노사가 서면합의한 시간을 근로시간으로 봅니다. 대상 업무가 시행령에 한정 열거되어 있어 아무 직종에나 적용할 수 없습니다.

핵심은 이겁니다. 4가지 유형 모두 "서면합의" 또는 "취업규칙 변경"이라는 절차적 요건을 충족해야 법적 효력이 생깁니다. A씨처럼 사내 공지 한 장으로 도입하면, 법적으로는 유연근무제가 아예 시행되지 않은 것과 동일합니다.

쟁점 2. 서면합의 없는 선택적 근로시간제 - B씨의 수당 청구가 인정될까

결론부터 말하면, B씨의 연장근로수당 청구는 거의 확실하게 인정됩니다.

근로기준법 제52조는 선택적 근로시간제의 효력 요건으로 "근로자대표와의 서면합의"를 명시하고 있습니다. 서면합의에는 다음 사항이 반드시 포함되어야 합니다.

- 대상 근로자의 범위

- 정산기간 (1개월 이내, 예외적으로 3개월)

- 정산기간의 총 근로시간

- 반드시 근로해야 할 시간대(의무근로시간대)를 정하는 경우 그 시작·종료 시각

- 근로자가 선택할 수 있는 근로시간대의 시작·종료 시각

A씨 회사는 이 중 어느 것도 서면으로 합의하지 않았습니다. 따라서 선택적 근로시간제가 적법하게 시행된 것이 아니므로, B씨의 실제 근로시간 중 주 40시간·1일 8시간을 초과하는 부분은 모두 연장근로에 해당합니다. 통상임금의 50%를 가산한 연장근로수당을 지급해야 합니다.

실무에서 이 부분을 간과하는 기업이 매우 많습니다. 특히 IT·스타트업 업종에서 "자율출퇴근"이라는 명목으로 선택적 근로시간제를 운영하면서 서면합의를 갖추지 않은 사례가 빈번합니다. 이 경우 퇴직한 근로자가 3년의 임금 소멸시효 내에 청구하면 사업주가 패소할 가능성이 매우 높습니다.

쟁점 3. 탄력적 근로시간제에서 주 52시간 초과 - C씨의 주장은 타당한가

탄력적 근로시간제를 적법하게 도입했더라도, 무제한으로 특정 주의 근로시간을 늘릴 수 있는 것은 아닙니다.

단위기간별 1주 근로시간 한도

- 2주 단위: 특정 주 48시간 이내

- 3개월 이내 단위: 특정 주 52시간 이내

- 3개월 초과~6개월 이내 단위: 특정 주 52시간 이내

A씨가 마케팅팀에 3개월 단위 탄력적 근로시간제를 적용하려 했다면, 서면합의서에 단위기간, 단위기간별 주별 근로시간, 각 근로일의 근로시간을 특정해야 합니다. 그런데 첫째, A씨는 서면합의 자체가 없었으므로 탄력적 근로시간제가 성립하지 않습니다. 둘째, 설령 서면합의가 있었다 해도 특정 주에 52시간을 초과했다면, 초과 부분은 연장근로수당 지급 대상입니다.

C씨의 경우 이중으로 보호받는 셈입니다. 제도 자체가 무효이므로 주 40시간 초과분 전부에 대해 수당을 청구할 수 있고, 가사 제도가 유효했더라도 주 52시간 초과분에 대해서는 별도 수당이 발생합니다.


유연근무제 도입 시 반드시 지켜야 할 실무 포인트

1
근로자대표 선출이 선행되어야 합니다 과반수 노동조합이 없다면, 근로자 과반수의 동의를 받은 대표를 적법하게 선출해야 합니다. 대표이사가 임의로 특정 직원을 지정하면 서면합의 자체가 무효가 됩니다.
2
서면합의서에 법정 필수사항을 빠짐없이 기재하세요 유형별로 기재사항이 다릅니다. 탄력적 근로시간제는 "각 근로일의 근로시간"까지 특정해야 하고, 선택적 근로시간제는 "정산기간의 총 근로시간"을 명시해야 합니다.
3
근로시간 기록을 철저히 관리하세요 유연근무제 하에서도 사용자에게는 근로시간 파악 의무가 있습니다. 전자출퇴근 기록, 업무 로그 등 객관적 자료를 확보해 두어야 분쟁 발생 시 불리하지 않습니다.
4
3개월 초과 탄력근무제는 추가 보호조치가 필요합니다 임금보전방안을 마련해야 하고, 근로일 간 11시간 연속 휴식시간을 보장해야 합니다. 2021년 개정으로 신설된 조항이므로 놓치기 쉽습니다.

유연근무제는 기업과 근로자 모두에게 유리할 수 있는 제도이지만, 법적 요건을 하나라도 갖추지 못하면 오히려 사업주에게 막대한 수당 부담으로 돌아옵니다. 이번 사례에서 A씨가 직면한 수당 청구 총액은 B씨 720만 원에 C씨 분까지 합하면 수천만 원대에 달할 수 있습니다. 유형별 법적 근거를 정확히 파악하고, 절차적 요건을 반드시 충족한 뒤에 도입하는 것이 유일한 해답입니다.

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김재상 변호사의 코멘트
실무에서 유연근무제를 운영하면서 서면합의 없이 관행적으로 시행하다가 뒤늦게 수당 분쟁에 휘말리는 사례를 자주 봅니다. 특히 스타트업이나 중소기업에서 자율출퇴근과 선택적 근로시간제를 혼동하는 경우가 많은데, 제도의 법적 효력은 절차적 요건 충족 여부에 달려 있습니다. 이미 운영 중이라면 지금이라도 서면합의를 점검하시고, 미비한 부분이 있다면 전문가의 조력을 받으시길 권합니다.
이 글의 변호사
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본 콘텐츠는 일반적인 법률 정보를 제공하기 위한 것으로, 구체적인 법률 자문이 아닙니다. 개별 사안에 대해서는 반드시 변호사와 상담하시기 바랍니다. ⓒ 2026 알법(albup.co.kr)