요지

공공기관이 수도권 밖의 지역으로 이전하는 경우로서 공공기관의 종사자가 구성하는 1세대가 다른주택을 취득하는 경우 수도권 밖으로 이전할 당시 해당 공공기관에 종사하지 아니한 경우에는「소득세법 시행령」제155조제16항이 적용되지 아니하는 것입니다

회신

귀 서면질의 신청의 경우 우리 청의 기존 회신사례(서면-2019-부동산-0003, 2019.01.15.)를 참고하시기 바랍니다.
○ 서면-2019-부동산-0003(2019.1.15)
「국가균형발전 특별법」제2조제9호에 따른 공공기관이 수도권 밖의 지역으로 이전하는 경우로서 공공기관의 종사자가 구성하는 1세대가 해당 공공기관이 이전한 시(특별자치시・광역시 및「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다)・군 또는 이와 연접한 시・군의 지역에 소재하는 다른 주택을 취득하는 경우 수도권 밖으로 이전할 당시 해당 공공기관에 종사하지 아니한 경우에는「소득세법 시행령」제155조제16항이 적용되지 아니하는 것입니다.

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

-2012.03.00. 甲은 세종시 특별공급 당첨 및 계약(B주택)

  -2012.11.∼12. D부처 본부 세종시 이전

  - 2014.06.13. ⁠‘수원시 광교택지지구’ A주택 취득(‘16.2.15.∼현재까지 거주)

 -2014.11.11. 이전기관 종사자 특별분양으로 세종시 소재 B주택 취득

               *‘14.12.02.∼’16.02.14. 세대원 전원 B주택에 거주

  - 2018.12.05. '화성시 동탄 소재‘ C다가구주택 취득

  -2019.03.12. C주택 장기일반민간임대주택 등록(3가구, 가구별 기준시가 6억원 이하)

  -2019.11.11. A주택 양도 예정

     ※ 甲 근무지 이력

○ 질의내용

2년이상 거주한 A주택을 B주택 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우 일시적 1세대 2주택 비과세 특례 규정을 적용할 수 있는지

가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

　가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것

　나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

5. 「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 감소되어 같은 법 제20조에 따라 지급받는 조정금

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

② 상속받은 주택[법 제89조제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다]과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며, 상속개시일부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택 또는 증여받은 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택은 제외한다. 이하 이 항에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 다만, 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 1세대인 경우에는 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 세대를 합친 날 현재 직계존속 중 어느 한 사람 또는 모두가 60세 이상으로서 1주택을 보유하고 있는 경우만 해당한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침에 따라 2주택을 보유하게 되는 경우로서 합치기 이전부터 보유하고 있었던 주택만 상속받은 주택으로 본다(이하 제3항, 제7항제1호 및 제156조의2제7항제1호에서 같다).

1. 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택

2. 피상속인이 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 거주한 기간이 가장 긴 1주택

3. 피상속인이 소유한 기간 및 거주한 기간이 모두 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 상속개시당시 거주한 1주택

4. 피상속인이 거주한 사실이 없는 주택으로서 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 기준시가가 가장 높은 1주택(기준시가가 같은 경우에는 상속인이 선택하는 1주택)

③ 제154조제1항을 적용할 때 공동상속주택(상속으로 여러 사람이 공동으로 소유하는 1주택을 말하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유한 경우에는 제2항 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다) 외의 다른 주택을 양도하는 때에는 해당 공동상속주택은 해당 거주자의 주택으로 보지 아니한다. 다만, 상속지분이 가장 큰 상속인의 경우에는 그러하지 아니하며, 상속지분이 가장 큰 상속인이 2명 이상인 경우에는 그 2명 이상의 사람 중 다음 각 호의 순서에 따라 해당 각 호에 해당하는 사람이 그 공동상속주택을 소유한 것으로 본다.

1. 당해 주택에 거주하는 자

2. 삭제

3. 최연장자

④ 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 1주택을 보유하고 있는 60세 이상의 직계존속(다음 각 호의 사람을 포함하며, 이하 이 조에서 같다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침으로써 1세대가 2주택을 보유하게 되는 경우 합친 날부터 10년 이내에 먼저 양도하는 주택은 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 배우자의 직계존속으로서 60세 이상인 사람

2. 직계존속(배우자의 직계존속을 포함한다) 중 어느 한 사람이 60세 미만인 경우

3. 「국민건강보험법 시행령」 별표 2 제3호가목3), 같은 호 나목2) 또는 같은 호 마목에 따른 요양급여를 받는 60세 미만의 직계존속(배우자의 직계존속을 포함한다)으로서 기획재정부령으로 정하는 사람

⑤ 1주택을 보유하는 자가 1주택을 보유하는 자와 혼인함으로써 1세대가 2주택을 보유하게 되는 경우 또는 1주택을 보유하고 있는 60세 이상의 직계존속을 동거봉양하는 무주택자가 1주택을 보유하는 자와 혼인함으로써 1세대가 2주택을 보유하게 되는 경우 각각 혼인한 날부터 5년 이내에 먼저 양도하는 주택은 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택과 그밖의 주택(이하 이 항에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. ⁠「문화재보호법」 제2조제2항에 따른 지정문화재 및 같은 법 제53조제1항에 따른 등록문화재

2. 삭제

3. 삭제

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 밖의 지역 중 읍지역(도시지역안의 지역을 제외한다) 또는 면지역에 소재하는 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)과 그 밖의 주택(이하 이 항 및 제11항부터 제13항까지에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 다만, 제3호의 주택에 대해서는 그 주택을 취득한 날부터 5년 이내에 일반주택을 양도하는 경우에 한정하여 적용한다.

1. 상속받은 주택(피상속인이 취득후 5년이상 거주한 사실이 있는 경우에 한한다)

2. 이농인(어업에서 떠난 자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 취득일후 5년이상 거주한 사실이 있는 이농주택

3. 영농 또는 영어의 목적으로 취득한 귀농주택

⑧ 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유(이하 이 항에서 "부득이한 사유"라 한다)로 취득한 수도권 밖에 소재하는 주택과 그 밖의 주택(이하 이 항에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 부득이한 사유가 해소된 날부터 3년 이내에 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

⑨ 제7항제2호에서 "이농주택"이라 함은 영농 또는 영어에 종사하던 자가 전업으로 인하여 다른 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다)·구(특별시 및 광역시의 구를 말한다)·읍·면으로 전출함으로써 거주자 및 그 배우자와 생계를 같이하는 가족 전부 또는 일부가 거주하지 못하게 되는 주택으로서 이농인이 소유하고 있는 주택을 말한다.

⑩ 제7항제3호에서 "귀농주택"이란 영농 또는 영어에 종사하고자 하는 자가 취득(귀농이전에 취득한 것을 포함한다)하여 거주하고 있는 주택으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 삭제

2. 취득 당시에 제156조에 따른 고가주택에 해당하지 아니할 것

3. 대지면적이 660제곱미터이내일 것

4. 영농 또는 영어의 목적으로 취득하는 것으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

가. 1,000제곱미터 이상의 농지를 소유하는 자 또는 그 배우자가 해당 농지소재지(제153조제3항에 따른 농지소재지를 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 있는 주택을 취득하는 것일 것

나. 1,000제곱미터 이상의 농지를 소유하는 자 또는 그 배우자가 해당 농지를 소유하기 전 1년 이내에 해당 농지소재지에 있는 주택을 취득하는 것일 것

다. 기획재정부령이 정하는 어업인이 취득하는 것일 것

5. 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 거주할 것

⑪ 귀농으로 인하여 세대전원이 농어촌주택으로 이사하는 경우에는 귀농후 최초로 양도하는 1개의 일반주택에 한하여 제7항 본문의 규정을 적용한다.

⑫ 제7항의 규정을 적용받은 귀농주택 소유자가 귀농일(귀농주택에 주민등록을 이전하여 거주를 개시한 날을 말하며, 제10항제4호나목에 따라 주택을 취득한 후 해당 농지를 취득하는 경우에는 귀농주택에 주민등록을 이전하여 거주를 개시한 후 농지를 취득한 날을 말한다)부터 계속하여 3년 이상 영농 또는 영어에 종사하지 아니하거나 그 기간 동안 해당 주택에 거주하지 아니한 경우 그 양도한 일반주택은 1세대1주택으로 보지 아니하며, 해당 귀농주택 소유자는 3년 이상 영농 또는 영어에 종사하지 아니하거나 그 기간 동안 해당 주택에 거주하지 아니하는 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고·납부하여야 한다. 이 경우 3년의 기간을 계산함에 있어 그 기간 중에 상속이 개시된 때에는 피상속인의 영농 또는 영어의 기간과 상속인의 영농 또는 영어의 기간을 통산한다.

⑬ 제7항을 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 1세대1주택 특례적용신고서를 법 제105조 또는 법 제110조에 따른 양도소득세 과세표준신고기한 내에 기획재정부령으로 정하는 서류와 함께 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 제1호의 경우 신고인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 제출하도록 하여야 한다.

1. 주민등록표 등·초본

2. 일반주택의 토지·건축물대장 및 토지·건물 등기사항증명서

3. 농어촌주택의 토지·건축물대장 및 토지·건물 등기사항증명서

4. 취득농지의 등기부 등본

⑭ 제7항 내지 제13항을 적용함에 있어서 농어촌주택의 범위등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

⑮ 제154조제1항을 적용할 때 「건축법 시행령」 별표 1 제1호다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다.

제1항을 적용(수도권에 1주택을 소유한 경우에 한정한다)할 때 수도권에 소재한 법인 또는 「국가균형발전 특별법」 제2조제9호에 따른 공공기관이 수도권 밖의 지역으로 이전하는 경우로서 법인의 임원과 사용인 및 공공기관의 종사자가 구성하는 1세대가 취득하는 다른 주택이 해당 공공기관 또는 법인이 이전한 시(특별자치시·광역시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군 또는 이와 연접한 시·군의 지역에 소재하는 경우에는 제1항 중 "3년"을 "5년"으로 본다. 이 경우 해당 1세대에 대해서는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니한다.

나. 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면-2016-법령해석재산-3189, 2016.07.29

「수도권정비계획법」제2조제1호에 따른 수도권에 소재하는 공공기관이 수도권 밖의 지역으로 이전하는 경우로서 이전하는 시(특별자치시・광역시 및「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다.)・군 또는 이와 연접한 시・군의 지역에 소재하는“1주택(분양권은 제외함)”(이하“새로운 주택”이라 한다)을 취득할 당시 해당 공공기관에 종사하지 아니한 경우에는「소득세법 시행령」제155조제16항이 적용되지 아니하는 것임

○ 부동산거래관리과-292, 2012.05.24

「국가균형발전 특별법」 제2조제10호에 따른 공공기관이 수도권 밖의 지역으로 이전하는 경우로서 해당 공공기관이 이전한 시(광역시를 포함한다. 이하 같다)ㆍ군 또는 이와 연접한 시ㆍ군의 지역에 소재하는 주택을 취득할 때 해당 공공기관에 종사하지 않는 자가 구성하는 1세대는 「소득세법 시행령」제155조제16항의 특례기간(2년→5년)을 적용받을 수 없는 것입니다.

○ 서면-2019-부동산-0003, 2019.01.15.

 「국가균형발전 특별법」제2조제9호에 따른 공공기관이 수도권 밖의 지역으로 이전하는 경우로서 공공기관의 종사자가 구성하는 1세대가 해당 공공기관이 이전한 시(특별자치시・광역시 및「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다)・군 또는 이와 연접한 시・군의 지역에 소재하는 다른 주택을 취득하는 경우 수도권 밖으로 이전할 당시 해당 공공기관에 종사하지 아니한 경우에는「소득세법 시행령」제155조제16항이 적용되지 아니하는 것입니다.

출처 : 국세청 2019. 08. 26. 서면-2019-부동산-0812[부동산납세과-848] | 국세법령정보시스템