요지

스크랩등을 공급받은 사업자가 부가가치세 예정‧확정 신고기한이 지난 후에 부가가치세액을 입금하는 경우 스크랩등 공급자로부터 발급받은 세금계산서상 매입세액은 공제하지 아니하는 것임

회신

｢조세특례제한법｣ 제106조의9제1항에 따른 스크랩등을 공급받은 사업자가 ｢부가가치세법｣ 제48조, 제49조 및 제67조에 따른 과세표준 신고기한이 지난 후에 ｢조세특례제한법｣ 제106조의9제3항제2호에 따른 부가가치세액을 입금하는 경우 스크랩등을 공급한 사업자로부터 발급받은 세금계산서에 적힌 매입세액은 같은 조 제5항에 따라 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임

1. 사실관계

 ○ 스크랩등을 공급받은 사업자는 공급받은 날의 다음 날까지 스크랩등거래계좌에 스크랩등의 가액과 부가가치세액을 입금하여야 하고

  - 지정금융회사는 해당 사업자가 입금한 부가가치세액의 범위에서 스크랩등을 공급한 사업자가 입금한 부가가치세액을 환급 후 남은 부가가치세액을 매분기가 끝나는 날의 다음 달 25일까지 국고에 입금하여야 함

2. 질의내용

 ○ 스크랩등을 공급받은 사업자가 부가가치세 신고기한이 지난 후 부가가치세액을 입금한 경우 매입세액 공제 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제106조의9【스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품(이하 "스크랩등"이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 "스크랩등사업자"라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 스크랩등 거래계좌(이하 "스크랩등거래계좌"라 한다)를 개설하여야 한다.

  ② 스크랩등사업자가 스크랩등을 다른 스크랩등사업자에게 공급하였을 때에는 ｢부가가치세법｣ 제31조에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다.

  ③ 스크랩등사업자가 스크랩등을 다른 스크랩등사업자로부터 공급받았을 때에는 그 공급을 받은 날(스크랩등을 공급받은 날이 세금계산서를 발급받은 날보다 빠른 경우에는 세금계산서를 발급받은 날을 말한다)의 다음 날(이하 이 조에서 "부가가치세액 입금기한"이라 한다)까지 스크랩등거래계좌를 사용하여 제1호의 금액은 스크랩등을 공급한 사업자에게, 제2호의 금액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다. 다만, 기업구매자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법으로 스크랩등의 가액을 결제하는 경우에는 제2호의 금액만 입금할 수 있다.

   1. 스크랩등의 가액

   2. ｢부가가치세법｣ 제29조에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 "부가가치세액"이라 한다)

  ⑤ 스크랩등을 공급받은 스크랩등사업자가 제3항제2호에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 스크랩등을 공급한 스크랩등사업자에게서 발급받은 세금계산서에 적힌 세액은 ｢부가가치세법｣ 제38조에도 불구하고 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보지 아니한다.

  ⑥ 제3항에 따라 스크랩등거래계좌를 사용하지 아니하고 스크랩등의 가액을 결제받은 경우에는 해당 스크랩등을 공급하거나 공급받은 스크랩등사업자에게 제품가액의 100분의 10을 가산세로 징수한다. 다만, 제1항 각 호의 물품과 제106조의4제1항제3호의 제품이 혼합된 물품을 공급하거나 공급받으려는 사업자가 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 금거래계좌를 사용하는 경우에는 가산세를 징수하지 아니한다.

  ⑦ 관할 세무서장은 스크랩등을 공급받은 스크랩등사업자가 제3항에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 부가가치세액 입금기한의 다음 날부터 부가가치세액을 입금한 날(｢부가가치세법｣ 제48조, 제49조 및 제67조에 따른 과세표준 신고기한을 한도로 한다)까지의 기간에 대하여 대통령령으로 정하는 이자율을 곱하여 계산한 금액을 입금하여야 할 부가가치세액에 가산하여 징수한다.

  ⑧ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 스크랩등을 공급한 스크랩등사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다.

  ⑩ 제3항에 따라 부가가치세를 입금받은 제3항 본문에 따른 대통령령으로 정하는 자는 제8항에 따라 공제하거나 환급받을 세액에 가산한 후의 부가가치세액을 매 분기가 끝나는 날의 다음 달 25일까지 국고에 납부하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제106조의13【스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례】

  ④ 법 제106조의9제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 자"란 입금된 부가가치세액의 환급 및 국고에의 입금 등 부가가치세 매입자 납부특례제도를 안정적으로 운영할 수 있다고 인정되어 국세청장이 지정한 자를 말한다.

  ⑦ 법 제106조의9제7항에서 "대통령령으로 정하는 이자율"이란 1일 10만분의 25를 말한다.

  ⑫ 제4항에 따라 국세청장이 지정한 자에게 입금된 부가가치세액의 관리는 국세청장이 정하는 바에 따른다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조의6【스크랩등에 대한 부가가치세 매입자납부 특례】

  ① 영 제106조의13제4항에 따라 국세청장으로부터 지정받은 자는 법 제106조의9제3항에 따라 매입자가 입금한 부가가치세액(매출세액)의 범위에서 해당 사업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)을 국세청장이 정하는 바에 따라 해당 사업자에게 환급할 수 있다.

○ 부가가치세 매입자 납부특례제도를 운영하는 금융회사의 지정 등에 관한 고시(국세청 고시 제2019-30호)

  제2조(정의) 이 고시에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   5. ⁠“매출세액”이란 사업자가 금 관련 제품과 스크랩등을 공급하고 거래계좌를 통해 공급받은 자로부터 입금받은 부가가치세액을 말한다.

   6. ⁠“매입세액”이란 사업자가 금 관련 제품과 스크랩등을 공급받고 거래계좌를 통해 공급한 자에게 입금한 부가가치세액을 말한다.

  제3조(지정금융회사) 거래계좌를 관리하여야 하는 금융회사는 ㈜경남은행, ㈜광주은행, ㈜국민은행, 농협은행㈜, ㈜대구은행, ㈜부산은행, 수협은행, ㈜신한은행, ㈜우리은행, ㈜전북은행, 중소기업은행, ㈜하나은행, 한국산업은행(이하 ⁠‘지정금융회사’라고 한다.)으로 한다.

  제4조(지정금융회사에 입금된 부가가치세액의 관리)

  ① 지정금융회사는 사업자의 매입세액을 매출세액의 범위에서 환급한다. 다만, ｢조세특례제한법｣ 제106조의4제1항의 금거래계좌와 같은 법 제106조의9제1항의 스크랩등거래계좌는 각각 관리하고 양 거래계좌를 통합하여 환급해서는 안된다.

  ② 지정금융회사는 제1항에 따라 환급하고 남은 부가가치세액을 부가가치세 예정 및 확정 신고기한까지 국고에 입금한다.

○ 부가가치세법 제31조【거래징수】

  사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제29조제1항에 따른 공급가액에 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 징수하여야 한다.

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】

  법 제39조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 발급받은 경우

   7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 6개월 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

    가. ｢국세기본법 시행령｣ 제25조제1항에 따른 과세표준수정신고서와 같은 영 제25조의3에 따른 경정 청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우

    나. 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)이 결정 또는 경정하는 경우

○ 부가가치세법 제5조【과세기간】

  ① 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 다음 각 호와 같다.

   1. 간이과세자 : 1월 1일부터 12월 31일까지

   2. 일반과세자

○ 부가가치세법 제48조【예정신고와 납부】

  ① 사업자는 각 과세기간 중 다음 표에 따른 기간(이하 "예정신고기간"이라 한다)이 끝난 후 25일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하거나 시작하려는 자에 대한 최초의 예정신고기간은 사업 개시일(제8조제1항 단서에 따라 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 경우에는 그 신청일을 말한다)부터 그 날이 속하는 예정신고기간의 종료일까지로 한다.

○ 부가가치세법 제49조【확정신고와 납부】

  ① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 제48조제1항 및 제4항에 따라 예정신고를 한 사업자 또는 제59조제2항에 따라 조기에 환급을 받기 위하여 신고한 사업자는 이미 신고한 과세표준과 납부한 납부세액 또는 환급받은 환급세액은 신고하지 아니한다.

○ 부가가치세법 제67조【간이과세자의 신고와 납부】

  ① 간이과세자는 과세기간의 과세표준과 납부세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 확정신고를 하고 납세지 관할 세무서장 또는 한국은행등에 납부하여야 한다.

출처 : 국세청 2020. 10. 29. 기준-2020-법령해석부가-0220[법령해석과-3486] | 국세법령정보시스템