요지

｢보건의료기본법｣에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비를 개발하는 비용은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 봄

답변내용

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, ｢법인세법 시행령｣ 제56조제6항에 따른 의료법인이 검체 검사를 수행하면서 취득한 환자 정보, 검사 결과, 검체 정보, 결과 참고치(이하 ⁠‘환자 정보 등’)의 신속․ 정확한 검사 결과 제공 및 효율적인 정보 관리를 위해 정보시스템 설비(이하 ⁠‘쟁점설비’)를 개발하는 경우로서
환자 정보 등이 ｢보건의료기본법｣에 따른 보건의료정보에 해당하는 경우 쟁점설비를 개발하는 비용은 ｢법인세법 시행령｣ 제56조제6항제3호가목 및 같은 법 시행규칙 29조의2제1항제3호에 따라 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이나,
환자 정보 등이 ｢보건의료기본법｣에 따른 보건의료정보인지 여부는 사실판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○A법인은 ｢법인세법 시행령｣ 제56조제6항에 따른 의료법인(보건업을 영위하는 비영리내국법인)으로

  -진단검사의학(특수생화학검사, 분자유전검사)과 병리학(조직, 세포병리)적 임상검사 등을 수행하여 의원, 대학병원 등의 의료기관에 검사 결과를 제공하는 수익사업을 영위하고 있음

 ○A법인은 검체 검사를 수행하면서 취득한 환자 정보, 검사 결과, 검체 정보, 결과 참고치(이하 ⁠‘환자 정보 등’)의 신속․정확한 검사 결과 제공 및 효율적인 정보 관리를 위해 정보시스템 설비를 개발 중에 있으며,

  -정보시스템 설비 개발에 지출하는 비용을 개발비(무형자산)로 계상하고 있음

 ○A법인은 검체 검사를 수행하면서 취득한 환자 정보 등이 보건의료정보에 해당하는지 여부에 대하여 보건복지부에 질의하였고,

  -보건복지부는 환자 정보 등을 ｢보건의료기본법｣ 제3조제6호에 따른 보건의료정보로 볼 수 있다고 답변하였음

2. 질의내용

 ○의료법인이 검체 검사를 수행하면서 취득한 환자 정보, 검사 결과, 검체 정보 등의 관리를 위해 정보시스템 설비를 개발하는 경우

  -｢법인세법 시행령｣ 제56조제6항제3호가목에 따라 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보는지 여부

3. 관련법령

○법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

 ①비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

○법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

 ⑤법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.

 ⑥법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

  3.의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액

   가.의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

○법인세법 시행규칙 제29조의2【의료기기 등의 범위】

 ①영 제56조제6항제3호가목에서 "의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

  1. 병원 건물 및 부속토지

  2. ｢의료기기법｣에 따른 의료기기

  3.｢보건의료기본법｣에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비

○법인세법 시행령 제24조【감가상각자산의 범위】

 ①법 제23조제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산

   바.개발비 : 상업적인 생산 또는 사용 전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 기업회계기준에 따른 개발비 요건을 갖춘 것(｢산업기술연구조합 육성법｣에 따른 산업기술연구조합의 조합원이 해당 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)

○보건의료기본법 제3조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  6."보건의료정보"란 보건의료와 관련한 지식 또는 부호ㆍ숫자ㆍ문자ㆍ음성ㆍ음향ㆍ영상 등으로 표현된 모든 종류의 자료를 말한다.

출처 : 국세청 2022. 04. 28. 사전-2022-법규법인-0477[법규과-1343] | 국세법령정보시스템