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부동산개발업자(이하 “양도인”)가 물류창고 개발사업이 진행 중인 사업부지와 함께 사업 관련 권리·의무 일체를 양수인에게 양도하는 계약을 체결한 후 해당 양수인의 지위를 지위승계인이 이전받기로 합의함에 있어 사업의 양도에 해당하는지 여부가 분명하지 아니한 경우에도 대리납부한 때에는 매입세액 공제가능한 것임
부동산개발업을 영위하는 사업자(이하 “양도인”)가 물류창고 개발사업이 진행 중인 사업부지와 함께 사업 관련 권리·의무 일체를 자산운용회사(이하 “양수인”)에게 양도하는 계약을 체결한 후 해당 양수인의 지위를 프로젝트금융투자회사(이하 “PFV”)가 이전 받기로 합의한 경우로서 ｢부가가치세법｣ 제10조제9항제2호 및 같은 법 시행령 제23조에 따라 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당하는지 여부가 분명하지 아니한 경우에도 같은 법 제52조제4항 및 같은 법 시행령 제95조제5항에 따라 그 양수에 따른 대가를 양도인에게 지급하는 때에 그 대가에 따른 부가가치세를 관할세무서장에게 신고·납부하는 경우 PFV가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 부담한 매입세액은 같은 법 제38조제1항제1호에 따라 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것입니다.
질의요지
○ 부동산개발업자가 물류창고 개발사업이 진행 중인 사업부지와 함께 사업 관련 권리·의무 일체를 양수인에게 양도하는 계약을 체결한 후 해당 양수인의 지위를 지위승계인이 이전 받기로 합의한 경우로서
- 사업 양수도 여부가 분명하지 않은 경우에도 부가가치세액을 대리납부한 경우 매입세액 공제가능 여부
사실관계
○ (’21.1.27.) ◎◎◎(이하“양수인”)는 ◈◈◈(이하 “양도인1”) 및 □□□(이하 “양도인2”)로부터 △△시 ◉◉리 산 9-1 외 9필지(이하 “본건사업부지”)에 대한 토지의 소유권을 이전 받음과 동시에
- 양도인1*로부터 물류창고 개발사업(이하 “본건사업”)에 대한 권리·의무일체를 양수하는 계약(이하 “본건계약”)을 체결하면서 총 양도대금 160억원의 10분의 1에 해당하는 16억원을 양도인1에게 계약금으로 지급
* 양도인1은 본건 사업부지에 본건사업을 추진하는 과정에서 물류창고를 신축하여 운영하기 위해 필요한 건축허가를 포함한 제반 법령상의 인허가를 득하기 위한 절차를 수행
○ (’21.6.3.) 양도인1은 본건사업부지의 관할 지자체인 △△시로부터 창고시설(물류창고) 부지조성을 위한 개발행위 허가를 득하였고
- (’21.12.2.) △△시로부터 건축허가를 득하였음
○ (’22.1.26.) 양수인은 본건계약과 관련하여 ▣▣▣(이하 “양도인3”)를 계약당사자로 추가하고 양도인3이 소유한 △△시 ○○리 147-18을 매매목적토지에 추가하여
- 기존 부속합의서의 내용 및 그 밖의 당사자들 간에 합의된 내용을 반영하는 변경 계약(이하 “본건변경계약”)을 체결함
○ (’22.1.27.) 신청법인(또는 “PFV”)는 양수인으로부터 본건계약 및 본건변경계약의 양수인 지위를 이전받기로 양도인들 및 양수인과 합의(이하 “본건이전합의”)하고
- 양수인이 양도인1에게 지급한 계약금 16억원을 양수인에게 지급하여 이를 정산하고, 본건 총 양도대금 160억원 중 144억원은 양도인들에게 지급하기로 함
○ (’22.1.28.) PFV는 잔금인 144억원 증 본건변경계약상의 유보금* 10억원을 제외한 134억원을 양도인들에게 지급하고
* 본경변경계약 제2.5(e)조에 따라 비관리청 도로공사 시행허가 이후 지급예정
- 양도인들로부터 본건 사업양수도 관련한 토지의 소유권, 본건인허가의 수허가자 지위, 그리고 본건사업과 관련한 양도인들의 권리·의무 일체를 이전받음
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구분 |
계약 내용 |
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양도인1 |
1. 매매목적토지1의 소유권, 매매목적토지3의 공유지분(3분의2)에 대한 소유권 2. 본건 인허가의 수허가자 지위 3. 본건 사업과 관련한 양도인의 권리·의무 일체 |
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양도인2 |
매매목적토지2의 소유권 |
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양도인3 |
매매목적토지3의 공유지분(3분의 1)에 대한 소유권 |
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○ 본건이전합의를 통해 PFV가 양도인들로부터 이전 받는 본건사업부지 등에 대한 대가는 아래 표와 같음
(단위: 원)
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양도인1 |
양도인2 |
양도인3 |
합계 |
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사업부지 대가 |
2,908,579,000 |
2,580,900,000 |
31,850,000 |
5,521,329,000 |
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사업관련 권리 대가 |
10,478,671,000 |
- |
- |
10,478,671,000 |
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합계 |
13,387,250,000 |
2,580,900,000 |
31,850,000 |
16,000,000,000 |
○ 한편, 본건사업과 관련하여 양도인1이 기 체결한 용역계약의 일체를 PFV에게 지위이전 완료하였으며, 해당 계약 목록은 아래 표와 같음
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번호 |
용역내용 |
용역사 |
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1 |
물류센터 신축공사 설계용역 |
A건축사무소 |
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2 |
인허가 완료에 필요한 모든 개발행위허가 용역 - 개발행위허가(농지,산지의제): 산림조사 및 적지복구 설계, 복구준공 - 도로점용허가, 굴착(우수관로 매설) - 옹벽구조설계 - 소규모환경영향평가: 실시 계획도면 작성 등 - 사전재해영향성 검토 |
B설계사무소 |
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제2조 본건 사업의 양수도 2.5 본건 거래의 대가 및 계약금 (f) 본건 사업의 양수도와 관련한 부가가치세의 징수, 신고, 납부는 양수인이 부가가치세법 제52조제4항에 따른 대리납부를 진행하기로 하고, 양도인들은 필요한 협조를 다한다. 양수인은 본 항에 따른 부가가치세의 대리납부로 인하여 양도인들에게 세법에 따른 부가가치세 및 가산세가 부과되는 경우 이를 배상한다. |
관련 법령
○ 부가가치세법 제6조【납세지】
① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.
② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 부가가치세법 시행령 제8조【사업장】
① 법 제6조제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다.
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사업 |
사업장의 범위 |
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3. 건설업·운수업과 부동산매매업 |
가. 법인인 경우 |
법인의 등기부상 소재지(등기부상의 지점소재지를 포함한다) |
○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】
① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
○ 부가가치세법 제10조【재화공급의 특례】
⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.
2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.
○ 부가가치세법 시행령 제23조【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도】
법 제10조제9항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(｢상법｣에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(｢법인세법｣ 제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.
1. 미수금에 관한 것
2. 미지급금에 관한 것
3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지‧건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것
○ 부가가치세법 제31조 【거래징수】
사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제29조제1항에 따른 공급가액에 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 징수하여야 한다.
○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】
① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
○ 부가가치세법 제52조【대리납부】
④ 제10조제9항제2호 본문에 따른 사업의 양도(이에 해당하는지 여부가 분명하지 아니한 경우를 포함한다)에 따라 그 사업을 양수받는 자는 그 대가를 지급하는 때에 같은 호 본문 및 제31조에도 불구하고 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 그 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 제49조제2항을 준용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 납부할 수 있다.
○ 부가가치세법 시행령 제95조【대리납부】
⑤ 법 제52조제4항에 따라 사업을 양수받는 자가 그 대가를 받은 자로부터 징수한 부가가치세는 다음 각 호의 사항을 적은 부가가치세 대리납부신고서와 함께 사업장 관할 세무서장에게 납부하거나 ｢국세징수법｣에 따른 납부서를 작성하여 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. (각호생략)
○ 부동산개발업의 관리 및 육성에 관한 법률(이하 “부동산개발업법) 제2조【정의】
이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. “부동산개발”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다. 다만, 시공을 담당하는 행위는 제외한다.
가. 토지를 건설공사의 수행 또는 형질변경의 방법으로 조성하는 행위
나. 건축물을 건축·대수선·리모델링 또는 용도변경 하거나 공작물을 설치하는 행위. 이 경우 “건축”, “대수선”, “리모델링”은 ｢건축법｣ 제2조제1항제8호부터 제10호까지의 규정에 따른 “건축”, “대수선”, “리모델링”을 말하고, “용도변경”은 같은 법 제19조에 따른 “용도변경”을 말한다.
2. “부동산개발업”이란 타인에게 공급할 목적으로 부동산개발을 수행하는 업을 말한다.
○ 부동산개발업법 제4조【부동산개발업의 등록 등】
① 타인에게 공급할 목적으로 건축물의 연면적(｢건축법｣ 제84조에 따른 연면적을 말한다)이 2천제곱미터 또는 연간 5천제곱미터 이상이거나 토지의 면적이 3천제곱미터 또는 연간 1만제곱미터 이상으로서 대통령령으로 정하는 규모 이상의 부동산개발을 업으로 영위하려는 자는 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 “시·도지사”라 한다)에게 등록을 하여야 한다.(단서생략)
○ 부동산개발업법 제13조【부동산개발업 양도의 내용】
제11조제1항제1호에 따라 부동산개발업을 양도하려는 자는 부동산개발업에 관련된 부동산등, 인·허가, 건설업자와 체결한 건설공사계약, 소비자와 체결한 공급계약 등에 관한 권리·의무로서 대통령령으로 정하는 권리·의무를 모두 양도하여야 한다.
○ 부동산개발업법 시행령 제13조【부동산개발업 양도의 내용】
법 제13조에서 “대통령령으로 정하는 권리·의무”란 다음 각 호의 권리·의무를 말한다. 다만, 다른 법령에 따른 양도의 제한이 없고 양도에 필요한 요건을 충족한 경우에 한정한다.
1. 부동산개발을 위하여 매수한 부동산에 관한 권리·의무
2. 부동산개발에 필요한 인·허가 등에 관한 권리·의무
3. 건설사업자와 체결한 건설공사계약에 의한 권리·의무
4. 소비자와 체결한 공급계약에 의한 권리·의무
○ 도로법 제36조【도로관리청이 아닌 자의 도로공사 등】
① 도로관리청이 아닌 자는 도로공사를 시행하거나 도로의 유지·관리를 할 때에는 미리 대통령령으로 정하는 바에 따라 도로관리청의 허가를 받아야 한다.(단서생략)
출처 : 국세청 2022. 04. 19. 사전-2022-법규부가-0311[법규과-1241] | 국세법령정보시스템
