요지

내국법인이 당좌대출이자율 의무적용 사업연도에 수정신고를 통해 당좌대출이자율을 적용한 경우에도 당좌대출이자율을 의무적용한 사업연도로 보는 것임

회신

내국법인이「법인세법」제60조에 따라 법인세의 과세표준 신고 시 해당 사업연도에 대해 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용에 대한 이자율의 시가를 적용함에 있어서 같은 법 시행령 제89조 제3항 제2호에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우 이후 2개 사업연도는 계속 당좌대출이자율을 시가로 적용하는 것으로서,
이 경우 이후 2개 사업연도에 같은 법 제60조에 따라 법인세의 과세표준 신고 시 같은 법 시행령 제89조 제3항에 따른 가중평균차입이자율을 적용하였으나「국세기본법」제45조에 따른 수정신고서를 제출하여 당좌대출이자율을 적용한 경우에도 이후 2개 사업연도를 계속 당좌대출이자율을 시가로 적용한 사업연도로 보는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 설립이후 ’15사업연도까지 가지급금 인정이자 계산 시 가중평균차입이자율을 적용하다가 ’16사업연도부터 아래와 같이 이자율을 적용함

     * ’19사업연도의 경우 법령§89③(1)에 따라 당좌대출이자율을 한시 적용

 ○질의법인은 ’22사업연도에 당좌대출이자율을 의무적으로 적용하지 않은 사항에 대하여 당좌대출이자율을 적용하여 수정신고서를 제출함

2. 질의내용

 ○ 수정신고서를 제출하여 당좌대출이자율을 적용한 경우 해당 사업연도가 최초선택 이후 2년의 의무적용기간에 포함되는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

 ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ⁠“부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

 ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 ⁠“시가”라 한다)을 기준으로 한다.

 ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】

 ① 법 제52조제1항에서 ⁠“조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1.∼5. ⁠(생략)

  6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

   가.∼다. ⁠(생략)

  7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우. 다만, 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다.

  7의2.∼9. ⁠(생략)

 ②∼④ ⁠(생략)

○ 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

 ①∼② ⁠(생략)

 ③ 제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 ⁠“가중평균차입이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 ⁠“당좌대출이자율”이라 한다)을 시가로 한다.

  1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

  1의2. 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 등 기획재정부령으로 정하는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

  2. 해당 법인의 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우 : 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.

 ④∼⑥ ⁠(생략)

○ 법인세법 시행규칙 제43조【가중평균차입이자율의 계산방법 등】

 ① 영 제89조제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율"이란 자금을 대여한 법인의 대여시점 현재 각각의 차입금 잔액(특수관계인으로부터의 차입금은 제외한다)에 차입 당시의 각각의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금 잔액의 총액으로 나눈 비율을 말한다. 이 경우 산출된 비율 또는 대여금리가 해당 대여시점 현재 자금을 차입한 법인의 각각의 차입금 잔액(특수관계인으로부터의 차입금은 제외한다)에 차입 당시의 각각의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금 잔액의 총액으로 나눈 비율보다 높은 때에는 해당 사업연도의 가중평균차입이자율이 없는 것으로 본다.

 ② 영 제89조제3항 각 호의 부분 단서에서 ⁠“기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율”이란 연간 1,000분의 46을 말한다.

 ③ 영 제89조제3항제1호에서 ⁠“기획재정부령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우

  2. 차입금 전액이 채권자가 불분명한 사채 또는 매입자가 불분명한 채권·증권의 발행으로 조달된 경우

  3. 제1항 후단에 따라 가중평균차입이자율이 없는 것으로 보는 경우

  4.

 ④ ⁠(생략)

 ⑤ 영 제89조제3항제2호에 따라 법인이 이자율을 선택하는 경우에는 제82조제1항제19호에 따른 별지 제19호서식의 가지급금 등의 인정이자조정명세서(갑)를 작성하여 제출하여야 한다.

 ⑥ ⁠(생략)

○ 국세기본법 제22조의2【수정신고의 효력】

 ① 제22조제2항 각 호에 따른 국세의 수정신고(과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자의 수정신고로 한정한다)는 당초의 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가진다.

 ② 제1항에 따른 국세의 수정신고는 당초 신고에 따라 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

○ 국세기본법 제45조【수정신고】

 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

  1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

  2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

  3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)

 ②

 ③ 과세표준수정신고서의 기재사항 및 신고 절차에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

출처 : 국세청 2025. 05. 13. 서면-2024-법인-4774 | 국세법령정보시스템