요지

지주회사 사후관리기간 중 법령개정으로 지주회사에 해당하지 않게 되더라도 ⁠「조세특례제한법」에 따라 지주회사에 해당하는 것으로 보거나, 사후관리기간 종료 후 지주회사 제외신청을 하더라도 현물출자한 주주에게 과세이연한 양도소득세를 추징하지 않는 것임

회신

내국법인의 내국인 주주가 주식 등의 현물출자로「조세특례제한법」(2018.1016. 법률 제15785호로 일부개정되기 전의 것) 제38조의2에 따라 과세특례를 적용받는 경우에는 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 과세를 이연 받을 수 있는 것입니다

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

 ○ 사실관계

  - 질의법인은 인적분할(분할기일 2015.7.1.) 및 현물출자를 통해 공정거래법상 지주회사(금융지주회사는 아님)로 전환하였음

  - 현물출자한 주주는 「조세특례제한법」 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2018.1016. 법률 제15785호로 일부개정되기 전의 것)에 따라 양도소득세를 과세이연 신청함

  - 질의법인이 지주회사로 전환할 당시에는 공정거래법상 지주회사의 자산총액 요건은 1천억원 이상이었으나, 이후 공정거래법이 개정되어 자산총액 요건이 5천억원 이상으로 상향되었고, 자산총액 요건 개정사항은 2017.7.1.부터 적용됨

 - 공정거래법 개정 시 관련 부칙에서 종전 규정에 따른 지주회사는 2027.6.30.까지(10년) 자산총액 기준을 충족하도록 유예하는 한편, 2017.7.1.이후 지주회사 제외신고를 하는 경우에는 신고한 날부터 지주회사에서 제외되도록 규정함

 - 질의법인은 사후관리기한(2년^*)인 2017.12.31.까지 자산총액 요건을 충족하지 못하는 경우 지주회사 제외신고를 검토 중에 있음

  * 현물출자 등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년

 ○ 질의내용

    주식 현물출자에 따른 지주회사 설립으로 과세특례를 적용받는 지주회사가「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 ⁠‘공정거래법’이라 한다) 개정으로 지주회사 요건을 유지하지 못하거나 지주회사 제외신청을 하는 경우 지주회사에 현물출자한 주주가 당초 과세이연 받은 양도소득세를 납부해야 하는지

2. 질의내용에 대한 자료

□ 관련 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

 ○ 조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례】

① 내국법인의 내국인 주주가 2021년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

 1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

② 생략

③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자 등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자 등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

 1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

 2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

 3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

 4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자 등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

④ 이하 생략

  ○ 조세특례제한법시행령 제35조의3【지주회사 설립 등에 대한 법인의 과세특례】

①~⑥ 생략

⑦ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

⑧~⑩ 생략

⑪ 법 제38조의2제3항제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 법령의 개정으로 인하여 지주회사의 기준이 변경된 날(이하 이 항에서 "기준변경일"이라 한다)이 속하는 사업연도(지주회사의 기준이 변경되어 지주회사에 해당되지 아니하게 된 당해 지주회사의 사업연도를 말하며, 이하 이 항에서 같다)와 그 다음 사업연도 개시일부터 4년 이내에 종료하는 사업연도의 기간(이하 이 항에서 "유예기간"이라 한다)중 각 사업연도 종료일 현재 당해 지주회사의 신설 또는 전환 당시의 법령에 의한 지주회사 기준(신설 또는 전환 이후부터 기준변경일까지의 기간중에 지주회사의 기준이 2회 이상 변경된 경우에는 기준변경일에서 가장 가까운 때의 기준을 말한다)을 충족하고 있는 경우로서 당해 유예기간 중에 있는 경우를 말한다.

⑫ 이하 생략

 ○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조 【정의】

 1호 생략

 1의2. "지주회사"라 함은 주식(持分을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액이상인 회사를 말한다. 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다.

 3호 이하 생략

○독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조 【지주회사의 기준】 ⁠(2016.9.29. 대통령령 제27529호로 개정된 것)

① ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1호의2 전단에서 "자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다.

 1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할·분할합병·물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일·합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 5천억원 이상인 회사

 2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 5천억원 이상인 회사

② 이하 생략

 ○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 부칙

제1조(시행일) 이 영은 2016년 9월 30일부터 시행한다. 다만, 제2조제1항의 개정규정은 2017년 7월 1일부터 시행한다.

제2조(지주회사의 기준에 관한 경과조치) 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 전에 지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환하여 제15조제1항에 따라 신고를 한 지주회사로서 같은 시행일 당시 제2조제1항제1호 및 제2호의 개정규정에 따른 기준에 해당하지 아니하게 된 지주회사(이하 "기존 지주회사"라 한다)는 제2조제1항제1호 및 제2호의 개정규정에도 불구하고 2027년 6월 30일까지 제2조제1항제1호 및 제2호의 개정규정에 따른 지주회사의 자산총액 기준을 충족하여야 한다. 다만, 기존 지주회사가 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 제15조제4항에 따라 지주회사 제외 신고를 한 경우에는 신고한 날부터 지주회사에서 제외된다.

□ 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

 ○ 지주회사 제외신고 시 자산조정계정 환입 여부(서면-2018-법인-0001, 2018.04.17)

 「조세특례제한법」 제38조의2제1항 또는 제2항을 충족한 내국법인의 주주로부터 현물출자 등으로 주식을 취득하여 해당 주식의 가액을 장부가액으로 계상한 지주회사가 현물출자 등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일 부터 2년을 경과하여 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사 제외 신고를 함에 따라 지주회사에 해당하지 않는 경우 현물출자 등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자 등을 한 날 현재 시가와의 차액은 일시 익금 산입 대상에 해당하지 않는 것입니다.

출처 : 국세청 2019. 07. 17. 서면-2017-자본거래-3622[자본거래관리과-307] | 국세법령정보시스템