지자체 위탁 정신건강·질환센터 운영비 부가가치세 과세여부

요지

사업자가 지방자치단체와의 위·수탁협약에 의해 위탁용역의 제공 대가로 지방자치단체로부터 지급받는 사업비 및 운영경비는 부가가치세 과세표준에서 제외되는 ⁠“재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”에 해당하지 않는 것임

회신

1. 사업자가 지방자치단체와의 위·수탁협약에 의해 정신건강복지센터(「정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률」제15조 및 관련 조례에 따라 설치) 또는 고혈압·당뇨병등록교육센터(「지역보건법」제11조·제30조,「보건의료기본법」제41조 및 관련 조례에 따라 설치)를 운영하고, 동 위탁용역의 제공 대가로 지방자치단체로부터 지급받는 사업비 및 운영경비(지급 재원은 보건복지부의 기금 및 지방자치단체의 시·도비 등)는「부가가치세법」제29조 제5항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 ⁠“재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”에 해당하지 않는 것임

2.「의료법」제33조 제2항 제4호에 따라 학교법인이 개설한 대학 부속 병원(「정신 건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률」제3조제5호나목에 따른 정신의료기관인 정신건강의학과 운영)이 그 고유의 사업목적을 위하여 지방자치단체의 위탁에 의해 지역 보건소 내에 설치된 위 정신건강복지센터에서 정신질환자 예방 및 정신건강 증진사업, 정신질환자 발견 및 등록 등을 실비로 수행하는 경우에는 ⁠「부가가치세법」 제26조 제1항 제18호 및 같은 법 시행령 제45조 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것임

3.「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」제25조에 따라 설립된 산학협력단이 지방자치단체의 위탁에 의해 지역 보건소 내에 설치된 위 고혈압·당뇨병등록교육센터에서 고혈압·당뇨병 환자 등록관리사업, 고혈압·당뇨병 예방관리 교육 및 홍보 등을 수행하고 그 대가를 받는 경우에는「부가가치세법」제11조제1항에 따라 부가가치세가 과세되는 것임

출처 : 기획재정부 2017. 08. 31. 부가가치세제과-441 | 국세법령정보시스템