요지

사업자가 행복주택임대사업 승인조건으로 새로운 주민센터 등을 신축하여 지자체에 기부채납하는 경우로서 이에 상응하는 대가를 받지 아니하는 경우 부가가치세가 면제되는 것이며, 관련 매입세액은 공제되지 아니하는 것임

답변내용

위 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이, □□도시공사가 부가가치세가 면제되는 주택임대사업을 영위하기 위하여 ◇◇구(이하 ⁠“지자체”)와「공공주택 특별법」에 따라 ⁠「서울특별시 ◇◇구 △△1동 행복주택 건설사업 업무협약」을 체결하여 행복주택건설사업을 추진함에 있어 현재 ◇◇구 주민센터로 사용되고 있는 부지를 같은 법 시행령 제34조제1항 단서에 따라 무상으로 사용하면서 해당 사업의 승인조건으로 새로운 주민센터 등(주민센터와 주민편익시설 등 공공시설)을 신축하여 지자체에 기부채납하는 경우 해당 기부채납은 ⁠「부가가치세법」제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되는 것이며, 해당 주민센터 등 신축과 관련된 매입세액은 면세사업과 관련된 매입세액으로 매출세액에서 공제되지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ □□도시공사(이하 ⁠“신청법인”)는「지방공기업법」및「서울특별시 □□도시공사 설립 및 운영에 관한 조례」에 근거하여 서울시가 100% 출자하여 설립된 지방공사로

  - 택지의 취득․개발 및 공급, 주택의 건설․개량․공급․임대 및 관리사업 등을 주된 사업으로 하고 있음

 ○ 신청법인은 목적사업의 일환으로 대학생, 사회초년생, 신혼부부 등 젊은 층의 주거 안정을 위하여 서울시 ◇◇구와 협력하여 현재 △△1동 주민센터로 사용되고 있는

  - ◇◇구 소유 서울시 ◇◇구 △△1동31-138외 1필지(이하 ⁠“본건 사업부지”) 지상에「공공주택특별법 시행령」제2조제1항제3호의 공공임대주택 및 제4조제2호의 준주택(이하 ⁠“본건 행복주택”)을 건설하여 임대하는 사업(이하 ⁠“본건 행복주택 임대사업”)을 추진하고 있으며

  - 이를 위하여 2017.1.20. 본건 사업부지 소유자인 ◇◇구와「서울특별시 ◇◇구 △△1동 행복주택 건설사업 업무협약서」(이하 ⁠“본건 업무협약”)를 체결하였음

 ○ 본건 행복주택 임대사업은 국토교통부의 ⁠「2016년 주거종합계획」의 중점 추진과제 중의 하나인 ⁠‘행복주택 공급 확대 및 공급방식 다양화’에 따라 노후 주민센터인 공공건축물과 행복주택을 복합개발하는 방식으로 진행되는 국가정책 사업이며 공유재산 무상사용 등과 같은 특례가 주어짐

 ○ 특히 본건 행복주택 임대사업은 정부가 사업비를 사업시행자인 신청법인에게 지원(국고보조, 주택도시기금 융자)하고

  - ◇◇구청은 사업부지를 무상으로 임대하며, 신청법인은 공공시설인 주민센터를 ◇◇구에 기부채납하는 정부, 지자체 및 신청법인 간 협업모델로 행복주택을 공급하는 최초의 사례로써

  - 국토교통부 및 서울시가 중점적으로 추진하고 있는 행복주택 공급확대 정책 중 하나임

 ○ 본건 행복주택 임대사업의 개요 및 추진경위를 요약하면 아래와 같음

 [사업의 개요]

  - 2016.01.～04. : 국토부 협의, 사업타당성 검토 등(신청법인)

  - 2016.05.11. : ◇◇구와 신청법인 간 MOU 체결

  - 2016.08. : 신청법인 투자심사위원회 심의

  - 2016.10.26. : 신청법인 이사회 의결

  - 2016.11.15. : ◇◇구 공유재산심의

  - 2017.01.20. : 본건 업무협약 체결

 ○ 해당 지자체의 장 외의 자는 공유재산에 건물 등 영구시설물을 축조하지 못하는 것이 원칙임(「공유재산 및 물품관리법」제13조) 다만, ⁠「공공주택 특별법」제40조의3은 같은 법 제40조의2 제1항에 따라 시행되는 사업의 경우 공공주택사업자가 공유재산에 영구시설을 축조할 수 있도록 하고 있고

  - 신청법인은 위 조항에 근거하여 현재 공공시설인 노후 주민센터로 사용되고 있는 공유재산인 본건 사업부지에 현 주민센터를 철거하고 행복주택을 건축할 예정인바

  - 주민센터의 이용에 지장이 없는 범위 내에서만 본건 행복주택을 건축할 수 있음(「공공주택 특별법」제40조의2 제1항제2호 다목)

  - 따라서 본건 행복주택 임대사업을 추진하기 위해서는 본건 사업부지 내에 새로운 주민센터의 건축이 필수전제이고, 본건 행복주택건설사업계획의 승인조건으로 사업시행자인 신청법인은 주민센터를 새로 건축하여 ◇◇구에 기부채납하여야 함

 ○ 한편, 본건 사업부지 소유자인 ◇◇구는 해당 지역의 원활한 공공임대주택 공급을 위해 필요하다고 인정하여「공공주택 특별법 시행령」제34조제1항 단서에 의거 반대급부 없이 사업부지의 사용료를 면제함

 ○ 본건 행복주택 임대사업을 위하여 신청법인과 ◇◇구 사이에 체결된 본건 업무협약의 주요내용은 아래와 같음

○ 한편, 본건 행복주택 임대사업은 ⁠「부가가치세법」제26조제1항제12호 및 같은 법 시행령 제41조에 따라 부가가치세 면제대상임

2. 질의내용

 ○ 질의1. □□도시공사가 구 주민센터 부지에「공공주택특별법」에 따라 행복주택건설사업을 추진하기로 하는 업무협약을 체결하였고, 위 업무협약 및 주택건설사업계획승인 조건에 따라 주민센터 등을 신축하여 기부채납하는 경우 해당시설 기부채납이 부가가치세 과세대상인지 여부

     본건 기부채납은 행복주택건설사업계획의 승인조건에 따른 무상거래로 면세대상임

     본건 기부채납은 사업부지 무상사용과 경제적 대가관계가 있는 유상거래에 해당되지만, 면세인 본건 행복주택 임대사업에 부수된 공급으로서 면세대상임

     본건 기부채납은 사업부지 무상사용과 경제적 대가관계가 있는 유상거래에 해당되며, 면세인 본건 행복주택 임대사업에 부수된 공급으로 볼 수 없어 과세대상임

 ○ 질의2. ⁠‘병설’이 타당한 경우 기부채납대상 자산인 주민센터 건축과 관련된 매입세액 공제여부와 ⁠‘을설’ 또는 ⁠‘병설’이 타당한 경우 지방자치단체가 본건 사업부지의 임대용역을 제공한 것으로 보아 세금계산서를 발급하여야 하는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】

 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

 ② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제18조 【재화 공급의 범위】

 ① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

  1. 현금판매, 외상판매, 할부판매, 장기할부판매, 조건부 및 기한부 판매, 위탁판매와 그 밖의 매매계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

  2. 자기가 주요자재의 전부 또는 일부를 부담하고 상대방으로부터 인도받은 재화를 가공하여 새로운 재화를 만드는 가공계약에 따라 재화를 인도하는 것

  3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

  4. 경매, 수용, 현물출자와 그 밖의 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

  5. 국내로부터 보세구역에 있는 창고(제2항제1호 및 제2호에 따른 창고로 한정한다)에 임치된 임치물을 국내로 다시 반입하는 것

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

 ② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제12조 【용역 공급의 특례】

 ① 사업자가 자신의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 아니하고 공급함으로써 다른 사업자와의 과세형평이 침해되는 경우에는 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다. 이 경우 그 용역의 범위는 대통령령으로 정한다.

 ② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.

○ 부가가치세법 제14조【부수 재화 및 부수 용역의 공급】

 ② 주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다.

  1. 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

  2. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산 과정이나 용역의 제공 과정에서 필연적으로 생기는 재화

○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  12. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

  19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

  20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 공공주택 특별법 제40조의3【「국유재산법」 등에 대한 특례】

 ① 국가와 지방자치단체는「국유재산법」,「공유재산 및 물품 관리법」, 그 밖의 관계 법률에도 불구하고 제40조의2제1항에 따른 공공주택사업의 원활한 시행을 위하여 필요한 경우에는 그 공공주택사업자에게 수의계약의 방법으로 국유재산 또는 공유재산을 사용허가하거나 매각ㆍ대부할 수 있다. 이 경우 국가와 지방자치단체는 사용허가 및 대부의 기간을 50년 이내로 할 수 있으며, 대통령령으로 정하는 바에 따라 사용료 또는 대부료를 감면할 수 있다.

○ 공공주택 특별법 제40조의2【공공시설 부지 등에서의 공공주택사업에 대한 특례】

 ① 대통령령으로 정하는 공공건설임대주택을 공급하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 대통령령으로 정하는 비율 이상 포함하는 토지에서 공공주택사업을 시행하는 경우에는「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제76조에도 불구하고「건축법」제2조제2항에 따른 판매시설, 업무시설, 숙박시설 등 국토교통부장관이 정하여 고시하는 시설물을 공공주택과 함께 건설할 수 있다. 이 경우 제2조제2호 후단에 따른 주택비율은 적용하지 아니한다.

  2. 국가, 지방자치단체,「공공기관의 운영에 관한 법률」제5조에 따른 공공기관 또는 「지방공기업법」 제49조에 따라 설립하는 지방공사가 소유한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

   가. 이 법 또는 ⁠「택지개발촉진법」등의 관계 법률에 따라 매각을 목적으로 조성하였으나 매각되지 아니한 토지

   나. 공공시설 등을 설치할 목적으로 취득하였으나 그 목적대로 사용하지 아니하는 토지

   다. 공공시설 등을 설치하여 사용하고 있으나 해당 시설의 이용에 지장이 없는 범위에서 공공주택을 건설할 수 있는 토지

○ 공공주택 특별법 시행령 제34조【사용료 등의 감면】

 ① 국가 또는 지방자치단체가 법 제40조의3제1항에 따라 국유재산 또는 공유재산을 사용허가하거나 대부하려는 경우 해당 국유재산 또는 공유재산의 사용료 또는 대부료는 해당 재산가액에 1천분의 10 이상을 곱한 금액으로 한다. 다만, 지방자치단체가 해당 지역의 원활한 공공임대주택 공급을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 공유재산의 사용료 또는 대부료를 무상으로 하거나 해당 재산가액에 1천분의 10 미만을 곱한 금액으로 할 수 있다.

출처 : 국세청 2017. 05. 23. 사전-2017-법령해석부가-0164[법령해석과-1366] | 국세법령정보시스템