요지

사업용자산의 취득용도로 지급받은 국고보조금이 당초부터 00광역시와 협의한 사업계획서상의 건축공사기간이 3년으로 정하여짐에 따라 국고보조금을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일 또는 그 다음 사업연도 개시일로부터 1년 이내에 사용할 수 없는 때에는「법인세법 시행령」제36조 제2항 후단을 적용할 수 있는 것임

회신

귀 질의의 경우 지급받은 국고보조금이 수익사업소득에 해당되는 경우로서, 00시와의 업무협약에 따라 추진하는 스마트양식 클러스터 조성사업과 관련하여 ⁠「법인세법」제36조 제1항에 의한 사업용자산의 취득용도로 ⁠「보조금 관리에 관한 법률」에 따라 지급받은 국고보조금이 당초부터 00시와 협의한 사업계획서상의 건축공사기간이 3년으로 정하여짐에 따라
현실적으로 해당 국고보조금을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일 또는 그 다음 사업연도 개시일로부터 1년 이내에 사용할 수 없는 때에는「법인세법 시행령」제64조 제7항 제4호의 사유가 발생한 것으로 보아 같은 법 제36조 제2항 후단을 적용할 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

○ △△부에서 20XX년 공모한 스마트양식 클러스터 조성사업에 00시가 낙찰되었으며, 질의법인은 00시와의 업무협약에 따라 스마트양식 클러스터 조성사업을 수행하기 위하여 설립된 비영리내국법인임

○ 스마트양식 클러스터 조성사업은 국고보조금(국비 00억원, 시비 00억원) 및 민간부담 00억원으로 국유지(□□대부지)위에 시설물을 건설하고 국유재산법에 의해 준공 즉시 □□대에 기부채납 후 20년간 무상사용하도록 되어 있음

  -00시와의 업무협약 및 보조금 신청서상 사업시행 예정기간(건축공사기간)은 착수예정일 20XX.X.X., 완료예정일 20XX.XX.XX.임

2. 질의내용

○ 국고보조금 지급시부터 정하여진 사업계획서상의 건축공사 기간으로 국고보조금을 지급받은 사업연도 종료일 또는 그 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내에 사용하지 못하는 경우 국고보조금에 대한 과세이연(법법§36) 가능여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제36조 【국고보조금등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입】

① 내국법인이 ⁠「보조금 관리에 관한 법률」, ⁠「지방재정법」, 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 보조금 등(이하 이 조에서 "국고보조금등"이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)을 취득하거나 개량하는 데에 사용한 경우 또는 사업용자산을 취득하거나 개량하고 이에 대한 국고보조금등을 사후에 지급받은 경우에는 해당 사업용자산의 가액 중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금등 상당액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.

② 국고보조금등을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용자산을 취득하거나 개량하지 아니한 내국법인이 그 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내에 사업용자산을 취득하거나 개량하려는 경우에는 취득 또는 개량에 사용하려는 국고보조금등의 금액을 제1항을 준용하여 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 허가 또는 인가의 지연 등 대통령령으로 정하는 사유로 국고보조금등을 기한 내에 사용하지 못한 경우에는 해당 사유가 끝나는 날이 속하는 사업연도의 종료일을 그 기한으로 본다.

③ 제2항에 따라 국고보조금등 상당액을 손금에 산입한 내국법인이 손금에 산입한 금액을 기한 내에 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용하지 아니하거나 사용하기 전에 폐업 또는 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 합병하거나 분할하는 경우로서 합병법인등이 그 금액을 승계한 경우는 제외하며, 이 경우 그 금액은 합병법인등이 제2항에 따라 손금에 산입한 것으로 본다.

④ 제1항을 적용할 때 내국법인이 국고보조금등을 금전 외의 자산으로 받아 사업에 사용한 경우에는 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 것으로 본다.

⑤ 제1항과 제2항을 적용하려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 국고보조금등과 국고보조금등으로 취득한 사업용자산의 명세서(제2항의 경우에는 국고보조금등의 사용계획서)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제64조 【국고보조금 등의 손금산입】

① 법 제36조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 사업용 유형자산 및 무형자산과 석유류를 말한다.

② 법 제36조제1항에 따라 손금에 산입하는 금액은 개별사업용자산별로 해당 사업용자산의 가액중 그 취득 또는 개량에 사용된 ⁠「보조금 관리에 관한 법률」, 「지방재정법」 또는 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률에 따른 보조금 등(이하 이 조에서 "국고보조금등"이라 한다)에 상당하는 금액으로 한다. 이 경우 사업용자산을 취득하거나 개량한 후 국고보조금등을 지급받았을 때에는 지급일이 속한 사업연도 이전 사업연도에 이미 손금에 산입한 감가상각비에 상당하는 금액은 손금에 산입하는 금액에서 제외한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용자산별로 다음 각호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

1. 감가상각자산：일시상각충당금

2. 제1호외의 자산：압축기장충당금

④ 제3항에 따라 손비로 계상한 일시상각충당금과 압축기장충당금은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 익금에 산입한다.

1. 일시상각충당금은 해당 사업용자산의 감가상각비(취득가액 중 해당 일시상각충당금에 상당하는 부분에 대한 것에 한한다)와 상계할 것. 다만, 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다.

2. 압축기장충당금은 당해 사업용자산을 처분하는 사업연도에 이를 전액 익금에 산입할 것

⑤ 제4항을 적용할 때 해당 사업용자산의 일부를 처분하는 경우의 익금산입액은 해당 사업용자산의 가액 중 일시상각충당금 또는 압축기장충당금이 차지하는 비율로 안분계산한 금액에 의한다.

⑥ 법 제36조제1항에서 "대통령령으로 정하는 법률"이란 다음 각 호의 법률을 말한다.

1. ⁠「농어촌 전기공급사업 촉진법」

2. ⁠「전기사업법」

3. ⁠「사회기반시설에 대한 민간투자법」

4. ⁠「한국철도공사법」

5. ⁠「농어촌정비법」

6. ⁠「도시 및 주거환경정비법」

7. ⁠「산업재해보상보험법」

8. ⁠「환경정책기본법」

⑦ 법 제36조제2항 후단에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 공사의 허가 또는 인가 등이 지연되는 경우

2. 공사를 시행할 장소의 미확정 등으로 공사기간이 연장되는 경우

3. 용지의 보상 등에 관한 소송이 진행되는 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 발생한 경우

⑧ 법 제36조제1항 및 제2항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 국고보조금등상당액 손금산입조정명세서(국고보조금등사용계획서)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

4. 관련예규 등

○ 사전답변, 법규법인 2009-0051, 2009.03.09

○○항만공사가「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 따른 국고보조금을 지급받아「항만법」제2조제6호가목의 항만시설공사(수역시설 개발)를 수행하고 그 수역시설에 대한 항만관리권을 취득하고자 하는 경우

그 국고보조금을 수령한 후 당해 공사의 설계부터 실시계획승인일까지의 기간이 8개월이 소요되고, 그 공사기간을 18개월로 하여「항만공사법」제22조에 따라 해양수산부장관의 승인을 받음으로써 현실적으로 당해 국고보조금을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일 또는 그 다음 사업연도 개시일로부터 1년 이내에 당해 국고보조금을 사용할 수 없는 때에는「법인세법 시행령」제64조제7항제4호의 사유가 발생한 것으로 보아 같은 법 제36조제2항 후단을 적용할 수 있는 것임

○ 사전답변, 법규법인2012-294, 2012.08.22.

비영리내국법인이 지방자치단체로부터 받은 보조금으로 시험연구용 건물을 건축하여 ⁠「국유재산법」에 따라 해당 지방자치단체 내의 국립대학에 기부채납하고 그 자산을 일정기간 동안 무상사용하는 권리를 받은 경우에는 「법인세법 시행령」 제24조제1항제2호사목에 따라 그 기부채납하는 자산의 장부가액을 사용수익기부자산으로 하는 것이며,

같은 령 제26조제1항제7호에 따라 사용수익기간(그 기간에 관한 특약이 없는 경우 신고내용연수를 말함) 동안 균등하게 안분한 금액을 상각하여 각 사업연도의 손금으로 산입하는 것입니다.

○ 법인, 서이46012-10700, 2003.04.03.

국고보조금 등으로 취득한 사업용자산 가액의 손금산입에 관한 법인세법 제36조의 규정을 적용할 수 있는 사업용자산에는 법인세법시행령(2002.12.30 대통령령 제17826호로 개정된 것) 제24조 제1항 제2호 바목의 규정에 의한 개발비도 포함되는 것이나, 기술개발촉진법 등에 의하여 정부로부터 지급받는 정부출연금은 ⁠[보조금의예산및관리에관한법률]의 적용을 받지 아니하는 것으로서 법인세법 제36조에서 규정하는 국고보조금 등에 해당하지 아니한다.

○ 법인, 제도46012-12497, 2001.08.01.

1. 질의 1)의 경우 법인이 시설물을 건설하여 국가 또는 지방자치단체에 기부한 후 그 자산을 사용ㆍ수익하는 법인세법시행령 제77조 제1항 제5호의 사용수익기부자산의 건설비에 대하여 국고보조금을 지급받는 경우에는 법인세법 제36조의 규정을 적용받을 수 없는 것입니다.

2. 질의 2)의 경우 쟁점 사실내용을 정확히 알 수 없으나 법인세법 제35조의 국고보조금 등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입규정은 국고보조금 등을 사업용자산을 취득 또는 개량하기 위한 목적으로 교부받아 그 사업용자산의 취득 도는 개량에 사용하는 경우에 적용받을 수 있는 것입니다.

○ 법인, 기획재정부 법인세제과-28, 2011.01.14.

지급받은 국가보조금으로 대학시설을 건설한 후 완공 즉시 지방자치단체에 기부채납하기로 되었다면 동 국고보조금은 법인세법 시행령 제11조 제5호에 규정하는 익금에 해당하지 아니하는 것입니다.

○ 법인, 서면-2018-법인-1781[법인세과-2490], 2018.09.13.

정부의 허가를 받아 설립된 비영리내국법인이 국가연구개발사업인 백신글로벌 산업화 기반구축사업을 위해 국가 또는 지방자치단체로부터 무상으로 받는 국고보조금은「법인세법」제3조 제3항 제1호에서 규정하는‘수익사업에서 생기는 소득’에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 국고보조금을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우에는「법인세법 시행규칙」제76조 제3항에 따라 자본의 원입으로 처리하는 것으로 해당 자금을 원천으로 하여 지출한 운영비(인건비 등) 및 취득한 기반시설 등의 고정자산에 대해「법인세법」제23조에 따라 계상한 감가상각비는 손금에 산입하는 것입니다.

출처 : 국세청 2020. 09. 29. 서면-2020-법인-1842[법인세과-3453] | 국세법령정보시스템