요지

지점법인으로 등록된 비영리법인이 관련법률 개정에 따라 독립법인으로 승격되어 새로운 법인이 설립되는 경우 조직변경전의 사업연도가 계속되는 것으로 볼 수 없는 것임

회신

귀 질의와 같이 한국기초과학지원연구원의 지점법인으로 등록된 ⁠“한국기초과학지원연구원 부설 국가핵융합연구소”가 ｢과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률｣의 개정에 따라 독립법인인 ⁠“한국핵융합에너지연구원”으로 승격되어 새로운 법인으로 설립되는 경우 ｢법인세법｣ 제8조 제3항에 따른 ⁠‘조직변경 전의 사업연도가 계속되는 것’으로 볼 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

○ AAAA연구원 부설 ***연구소(이하 ⁠‘***’ 라함)는 ｢과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률｣ ⁠(이하 ⁠‘관계법령’이라 함)에 따라 설립된 ⁠“AAAA연구원”의 부설 정부출연 연구기관으로

- 관계법령의 개정에 따라 ⁠“AAAA연구원 부설기관”에서 독립법인인 ⁠“***연구원”(이하 ⁠‘핵융합연구원’이라 함)으로 승격이 결정되었고

- 관계법령 부칙 제4조에 따라 ⁠“AAAA연구원”의 재산과 권리·의무 중 ***연구원의 재산과 권리·의무를 승계하고

- 제5조에 따라 종전 ***연구소의 직원은 ***연구원의 직원으로 임명됨

○ ***연구소는 현재 AAAA연구원의 지점법인으로 등록되어 있으며 AQAAA연구원 정관에 따라 예산 및 회계를 독립적으로 편성·운영하고 있음

2. 질의내용

○관계법령의 개정에 따라 ⁠“AAAA연구원의 부설기관(지점)”에서 독립법인인 ⁠“****에너지연구원(본점)”으로 승격된 경우

- 법인세법상 조직변경으로 보아 ｢법인세법｣ 제8조 제3항에 따라 변경전의 사업연도가 계속되는 것으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제6조 【사업연도】

① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다.

② 법령이나 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 내국법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조제1항에 따른 법인 설립신고 또는 제111조에 따른 사업자등록과 함께 납세지 관할 세무서장(제12조에 따른 세무서장을 말한다. 이하 같다)에게 사업연도를 신고하여야 한다.

③ 제94조에 따른 국내사업장(이하 "국내사업장"이라 한다)이 있는 외국법인으로서 법령이나 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조제2항에 따른 국내사업장 설치신고 또는 제111조에 따른 사업자등록과 함께 납세지 관할 세무서장에게 사업연도를 신고하여야 한다.

④ 국내사업장이 없는 외국법인으로서 제93조제3호 또는 제7호에 따른 소득이 있는 법인은 따로 사업연도를 정하여 그 소득이 최초로 발생하게 된 날부터 1개월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 사업연도를 신고하여야 한다.

⑤ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 신고를 하여야 할 법인이 그 신고를 하지 아니하는 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 그 법인의 사업연도로 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 법인의 최초 사업연도의 개시일 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제8조 【사업연도의 의제】

① 내국법인이 사업연도 중에 해산(합병 또는 분할에 따른 해산과 제78조 각 호에 따른 조직변경은 제외한다)한 경우에는 다음 각 호의 기간을 각각 1사업연도로 본다.

1. 그 사업연도 개시일부터 해산등기일(파산으로 인하여 해산한 경우에는 파산등기일을 말하며, 법인으로 보는 단체의 경우에는 해산일을 말한다. 이하 같다)까지의 기간

2. 해산등기일 다음 날부터 그 사업연도 종료일까지의 기간

② 내국법인이 사업연도 중에 합병 또는 분할에 따라 해산한 경우에는 그 사업연도 개시일부터 합병등기일 또는 분할등기일까지의 기간을 그 해산한 법인의 1사업연도로 본다.

③ 내국법인이 사업연도 중에 제78조 각 호에 따른 조직변경을 한 경우에는 조직변경 전의 사업연도가 계속되는 것으로 본다.

○ 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

○ 법인세법 제78조【법인의 조직변경으로 인한 청산소득에 대한 과세특례】

내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.

1. ｢상법｣의 규정에 따라 조직변경하는 경우

2. 특별법에 따라 설립된 법인이 그 특별법의 개정이나 폐지로 인하여 ｢상법｣에 따른 회사로 조직변경하는 경우

3. 그 밖의 법률에 따라 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

○ 법인세법 시행령 제120조의26【법인의 조직변경의 범위】

법 제78조제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호에 해당하는 경우를 말한다.

1. ⁠「변호사법」에 따라 법무법인이 법무법인(유한)으로 조직변경하는 경우

2. ⁠「관세사법」에 따라 관세사법인이 관세법인으로 조직변경하는 경우

3. ⁠「변리사법」에 따라 특허법인이 특허법인(유한)으로 조직변경하는 경우

4. ⁠「협동조합 기본법」제60조의2제1항에 따라 법인등이 협동조합으로 조직변경하는 경우

5. 「지방공기업법」 제80조에 따라 지방공사가 지방공단으로 조직변경하거나 지방공단이 지방공사로 조직변경하는 경우

○ 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률 제8조 【연구기관의 설립】

① 이 법에 따라 설립되는 연구기관은 별표와 같다.

② 연구기관은 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

③ 제2항에 따른 설립등기 사항은 다음 각 호와 같다.

1. 목적(연구 분야를 포함한다. 이하 같다)

2. 명칭

3. 주된 사무소

4. 연구기관의 장의 성명과 주소

5. 공고의 방법

④ 연구기관의 설립 준비절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

4. 관련예규

○법인세법 기본통칙 6-0…1【법인의 조직을 변경한 경우의 사업연도】

「상법」･기타 법령에 따라 그 조직을 변경한 경우에도 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 한다.

○ 법인세과-756, 2010.08.09.

법률에 근거하여 경기도 지방자치단체의 조례로 설립된 비영리법인인 ⁠“재단법인바이오센터”와 ⁠“재단법인과학기술센터”가 당해 조례의 개폐로 새로이 신설된 ⁠“재단법인 □□과학기술진흥원”으로 통합하고, 해산하는 법인의 모든 재산과 법률상의 권리․의무 등을 포괄적으로 승계하는 경우에는 조직변경으로 보는 것임

○ 법인세과-936, 2009.08.27.

AA공사법에 의해 설립된 ⁠“AA공사”와 BB공단법에 의해 설립된 ⁠“BB공단”이 2010. 1. 1. CC공단법의 시행으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 포괄 승계되어 ⁠“CC공단”으로 그 조직이 변경되는 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것이며, 이 경우 통합일 이전의 2009. 1. 1. ～ 2009.12.31. 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액은 통합 전의 법인이 각각 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하는 것임

○ 법인세과-936, 2009.07.14.

관련법령의 변경에 따라 수익사업을 영위하고 있는 3개의 비영리법인이 새로이 하나의 비영리법인으로 통합되는 경우 법인세 신고방법에 대하여는 아래 회신사례를 참고하시기 바람

  ◈ 법인세과-548, 2009.05.11.

법인이 상법 ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로,

비영리 내국법인이 관련 법률개정으로 해산하고 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 신설된 비영리법인으로 포괄 승계되어 조직 변경되는 경우, 해산된 비영리법인이 계상한 수입이자로서 손익 귀속사업연도의 미도래로 세무상 익금불산입한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 신설된 비영리법인에게 승계되는 것임

○ 법인세과-637, 2009.05.28.

공공기관인 ⁠“AA진흥원”과 ⁠“BB진흥원” 및 CC진흥원”이 ABC에 관한 법률의 개정으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 포괄 승계되어 ⁠“AA진흥원”으로 그 조직이 변경되는 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것임

○ 법인세과-491, 2009.04.24.

법인이 상법ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로, dd법률에 의해 설립된 비영리법인으로 수익사업을 영위하는 ⁠“00진흥원”과 ee법률에 의해 설립된 비영리법인으로 수익사업을 영위하지 않는 ⁠“aa진흥원”이 dd법률 의 개정으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 포괄 승계되어 ⁠“cc기술원”으로 조직변경되는 경우 ⁠“aa진흥원”의 고유번호증을 반납하고 ⁠“00진흥원”의 사업자등록증은 기존의 신고사항 중 법인명·대표자 등 변경된 사항에 대하여 정정신고를 할 수 있는 것임

○ 서면2팀-1005, 2008.05.22.

상법ㆍ기타법령 등의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속 되는 것으로 보는 것이며, 법인설립신고 및 사업자등록은 기존 신고사항 중 변경된 사항에 대하여 정정신고를 하는 것임 ⁠(같은뜻 서면2팀-2141, '07.11.23, 서면2팀-1150, '06.6.19, 법인46012-559, '00.02.28 외 다수)

○ 서면2팀-966, 2006.05.30

석탄산업법에 의해 설립된 ○○사업단이 광산피해의방지및복구에관한법률의 규정에 의하여 ○○사업단으로 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것임

○ 서면2팀-75, 2006.01.10

비영리법인이 상법 또는 설립근거법률의 개정에 따라 새로운 법인으로 조직변경 되면서 종전의 수익사업부분을 별도의 대가없이 승계하여 계속 영위하는 경우 조직변경 전의 법인세법 제13조 제1항의 규정에 의한 이월결손금 및 세무조정시 사내유보로 처분된 금액은 조직변경 후의 법인에 승계되는 것이며, 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것임

○ 대법원2004두2745, 2004.05.28.

법인세법 제78조는 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니하는 경우로, 상법의 규정에 의하여 조직변경하는 경우와 특별법에 의하여 설립된 법인이 당해 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 상법상의 회사로 조직변경하는 경우의 2가지를 들고 있는데, 위와 같이 청산소득에 대하여 법인세를 과세하지 않는다는 입법취지는 위 두 경우 모두 조직변경 전후의 법인에 대하여 동일성을 그대로 인정하였기 때문이라고 할 것이고, 이 사건의 경우에도 위 인정과 같이 특별법인 개정전 주택건설촉진법에 의하여 설립된 공제조합이 위 법의 개정으로 인하여 상법상의 회사인 대한주택보증으로 조직변경된 경우에 해당되므로, 공제조합과 대한주택보증 사이에 동일성을 인정할 수 있는 점, 둘째, 개정된 주택건설촉진법에서도 대한주택보증 설립과 동시에 공제조합은 대한주택보증으로 전환된 것으로 보고, 그 경우 해산 및 청산절차를 거치지 아니하며(부칙 제5조), 대한주택보증이 공제조합의 모든 재산과 권리ㆍ의무를 포괄승계하고(부칙 제6조), 공제조합의 순재산액 및 출자자는 대한주택보증의 자본금 및 주주로 보며(부칙 제7조), 공제조합의 임직원을 대한주택보증의 임직원으로 보는(부칙 제9조) 등 공제조합과 대한주택보증의 동일성을 인정하는 취지의 규정을 다수 두고 있는 점,(중략) 제반 사정에 비추어 보면, 법인세법상 공제조합과 대한주택보증은 상호간에 동일성이 인정된다고 봄이 상당함

○ 사전-2016-법령해석법인-0049, 2016.04.19.

○○공사가 ⁠「지방공기업법」에 따라 공단으로 조직변경하는 경우 공단의 사업연도는 ○○공사의 사업연도가 계속되는 것으로 볼 수 없는 것임

☞ 2017.2.4. 법인령§120의26(5) 개정 전의 해석으로 영리법인에서 비영리법인으로 조직변경하는 경우 청산소득 과세누락 될 수 있어 사업연도가 계속되지 않는 것으로 본 사례 → 조직변경의 범위에 포함되는 것으로 개정됨

출처 : 국세청 2020. 11. 30. 서면-2020-법인-2781[법인세과-4255] | 국세법령정보시스템