요지

질의의 경우 고속도로 휴게소 신축공사에 대하여 부가가치세를 과세하는 것이며 해당 공사 관련 매입세액은「부가가치세법」제38조에 따라 매출세액에서 공제하는 것임

회신

 ⁠「조세특례제한법」제106조에 따라 정부업무대행단체로 지정된「한국도로공사법」에 의한 한국도로공사가 그 고유의 목적사업으로서「한국도로공사법」제12조에 따른 사업에 대하여「조세특례제한법」제106조제1항제7호에 따라 부가가치세가 면제되는 것입니다. 다만, 국가나 지방자치단체 외의 자와 위수탁계약을 맺어 수탁받은 사업은 제외하는 것으로서 질의의 경우 고속도로 휴게소 신축공사에 대하여 부가가치세를 과세하는 것이며 해당 공사 관련 매입세액은「부가가치세법」제38조에 따라 매출세액에서 공제하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 당사는 한국도로공사와 서울외곽고속도로 본선 상공형 휴게시설 설치 및 운영에 관한 계약을 체결하고 휴게시설 설치(휴게소 건물 및 주차장 포장 등 주변시설물)는 당사가 부담하고 완공 후 25년간 운영한 후 한국도로공사에 기부채납하기로 함

  - 한국도로공사는 당사와 계약한 휴게시설에 대한 휴게소임대사업으로 수익을 얻을 예정임

○ 당사는 고속도로 위에 휴게소 건물을 짓기 때문에 1층 출입구 높이가 본선 도로레벨의 높이보다 7~8m 높게 올라가 있어 추가 성토공사를 진행하였고 흙의 붕괴를 막기 위한 보강토 옹벽공사를 실시함

  - 우수관로 공사는 한국도로공사 부담으로 설치완료 하였으나 추가 성토공사로 인해 우수관로의 하중이 증가되어 추가로 구조보강 공사를 당사에서 실시함

○ 상기 공사를 한국도로공사에 위탁하고 한국도로공사는 하청업체에 하도급으로 진행함

  - 한국도로공사는 당사가 의뢰한 공사비를 수익사업으로 인식하여 공사용역매출의 과세로 청구하였으나 공사용역매출의 공사비로 사용한 하청업체의 공사비에 대한 매입부가세를 불공제 처리하고 불공제 처리한 금액을 당사의 용역매출에 가산하여 청구한 바 당사의 공사비 부담금액이 가중됨

2. 질의내용

○ 당사가 한국도로공사에 휴게소시설 건축공사 일부분을 수탁하여 진행한 것으로 조세특례제한법 시행규칙 제48조 제1항 별표10의 11호(한국도로공사 사업이 국가나 지방자치단체외의 자와 위수탁계약을 맺어 수탁 받은 사업은 과세로 적용)에 적용되는 과세사업으로 한국도로공사가 하청업체에게 지급한 공사비의 매입세액이 공제가능한지 여부

○ 한국도로공사는 휴게시설 건축공사를 하기 위한 수탁공사를 진행한 것으로 한국도로공사는 휴게소 운영의 임대사업을 하기 때문에 조세특례제한법 시행령 제106조 제8항 제3호에 따른 부동산임대와 관련된 매입세액으로 공제가능한지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】

⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

11. ⁠「한국도로공사법」에 의한 한국도로공사

⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

3. 부동산임대업

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조 【부가가치세의 면제등】

① 영 제106조제8항 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

○ 한국도로공사법 제12조 【업무】

① 공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 업무를 수행한다.

1. 유료도로의 신설ㆍ개축ㆍ유지 및 수선에 관한 공사(工事)의 시행과 관리

2. 유료도로의 이용증진을 위하여 특히 필요한 도로(유료도로에 연결되는 통로를 포함한다)의 신설ㆍ개축ㆍ유지 및 수선에 관한 공사의 시행과 관리

3. 유료도로화할 대상으로 결정된 고속국도의 신설ㆍ개축ㆍ유지 및 수선에 관한 공사의 시행과 관리

4. 유료 자동차주차장의 설치와 관리

5. 유료도로에 따른 휴게소 및 주유소의 설치와 관리

6. 도로사업에 필요한 부동산의 취득 및 관리

7. 국가ㆍ지방자치단체 또는 타인의 위탁에 의한 도로의 신설ㆍ개축ㆍ유지 및 수선에 관한 공사의 시행과 그 공사를 위한 조사ㆍ측량ㆍ설계ㆍ시험 및 연구

8. 해외에서의 도로공사ㆍ유지관리ㆍ조사설계 및 시공감리

9. 국가ㆍ지방자치단체 또는 타인의 위탁에 의한 유료도로, 유료 자동차주차장, 그 밖에 이에 관련된 시설의 관리

9의2. 제1호부터 제6호까지 및 제9호에 따라 공사가 관리하는 부지 및 시설을 활용한 「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」 제2조제3호에 따른 신ㆍ재생에너지 설비의 설치, 운영 및 관리

10. 유료도로의 효용 증진을 위한 도로의 부지 및 시설 이용사업

11. 유료도로 연접지역에의 화물유통ㆍ보관시설의 설치 등 유료도로의 효용 증진과 이용자의 편익 증진을 위한 개발사업

12. 유료도로에 관한 연구 및 기술개발

13. 공사(公社)의 업무와 관련되는 사업에 대한 투자 및 출연

14. 제1호부터 제9호까지, 제9호의2 및 제10호부터 제13호까지의 업무에 딸린 업무

○ 부가46015-859, 1996.05.04

한국도로공사가 임대목적의 고속도로휴게소 및 주유소를 신축하고 기타부대 시설을 설치함에 있어서 당해 휴게소 및 주유소 부지조성과 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법 시행령 제60조 제6항 규정에 의해 토지조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이나, 토지와 구분되는 건물.구축물.기타 이와 관련부대 시설물 등의 건설공사(귀 질의의 휴게소 지하 및 측면 배수로와 집수정 설치공사, 휴게소 건물신축 등을 위한 옹벽공사,휴게소 진출입로와 주차장 포장공사, 휴게소 진출입로 가드레일, 담장, 표지판 설치공사, 기타 통로박스와 현장사무실 설치공사 증 과세사업 부분)와 관련된 매입세액은 동법 제17조 제1항 규정에 의해 매출세액에서 공제하는 것입니다.

출처 : 국세청 2017. 03. 31. 서면-2017-부가-0791[부가가치세과-812] | 국세법령정보시스템